IT공통서비스 수수료 중 타국 관계사 관련 비용과 관리지원용역 수수료의 국조법상 용역거래의 손금 해당 여부

원고가 국외주주로부터 이 사건 IT 수수료와 관련되어 제공받은 용역은 국조법 시행령 제6조의2 제1항 제2호의 요건을 충족함

이 사건 경영지원 수수료 관련 용역은 국조법 제6조의2 제1항 제1,4호의 요건을 구비하지 못함

1. 피고 BBB이 2022. 5. 24. 원고에게 한 별지1 [표1] 기재 2017 내지 2020 사업연도 법인세 부과처분 중 같은 표 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소하고, 피고 인천지방국세청장이 2022. 7. 29. 원고에게 한 별지1 [표2] 기재 이전소득금액통지 중 같은 표 순번 1, 3, 5, 7번 기재 부분을 각 취소한다.

2. 원고의 피고들에 대한 나머지 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 1/3은 원고가, 나머지는 피고들이 각 부담한다.

조심-2024-인-5973(조심2024중5970, 소5971, 인5972, 인5973 병합)

사 건

2024구합68386 법인세 부과처분 등 취소청구

원 고

주식회사 AAA

피 고

1. BBB 2. CC지방국세청장

변 론 종 결

2026. 3. 26.

판 결 선 고

2026. 4. 23.

주 문

1. 피고 BBB이 2022. 5. 24. 원고에게 한 별지1 [표1] 기재 2017 내지 2020 사업연도 법인세 부과처분 중 같은 표 ‘정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소하고, 피고 CC지방국세청장이 2022. 7. 29. 원고에게 한 별지1 [표2] 기재 이전소득금액통지 중 같은 표 순번 1, 3, 5, 7번 기재 부분을 각 취소한다.

청 구 취 지

피고 BBB이 2022. 5. 24. 원고에게 한 별지1 [표1] 기재 2017 내지 2020 사업연도 법인세 부과처분 중 ‘원고 주장 정당세액’란 기재 각 금액을 초과하는 부분을 각 취소한다. 피고 CC지방국세청장이 2022. 7. 29. 원고에게 한 별지1 [표2] 기재 이전소득금액통지를 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 등 총 18개 지역에 창고형 할인매장을 설치하여 도매, 소매 및 유통업을 영위하고 있는 주식회사이다. DDD은 미국 법인으로 원고 발행 주식 100%를 간접적으로 소유하고 있는 대주주이자 구 국제조세조정에 관한 법률(2020. 12. 22. 법률 제17651호로 전부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조 제1항 제9호에 따른 국외특수관계인으로(이하 ‘국외주주’라 한다), 세계 각국에 해외 자회사를 보유한 회사이다.

나. 국외주주는 2016. 8.경 원고를 포함한 해외 자회사들과 International Information Technology Shared Services Agreement(이하 ‘이 사건 IT 공통서비스 계약’이라 한다)

를 체결하여, 국외주주가 AAA 그룹 전체의 IT 시스템 글로벌 개발, 관리, 운영 용역을 제공하고, 원고를 포함한 해외 자회사들은 위 용역에 대한 대가로 연간 회계기간 동안 발생한 공통서비스 비용(이하 ‘배부대상 원가’라 한다) 중 할당 비율에 해당하는 금액을 지급하기로 하였다. 원고는 이 사건 IT 공통서비스 계약에 따라 국외주주에게 아래 [표1] ‘IT 공통서비스 수수료’란 기재 금액을 지급하고 2017 내지 2020 사업연도 법인세 신고시 합계 5,833,023,147원을 손금으로 산입하였다.

[표1] 원고의 법인세 신고시 손금 산입 내역

사업연도

2017

2018

2019

2020

합계

IT 공통서비스 수수료

1,629,921,402

682,986,153

1,381,445,993

2,138,669,599

5,833,023,147

경영지원수수료

309,088,752

429,738,298

419,646,556

281,684,602

1,440,158,208

다. 원고는 2016. 9. 1.부터 2020. 8. 31.까지 국외주주에게 국외주주의 직원인 DDD(이하 ‘DDD’이라 한다)을 통하여 경영지원서비스를 제공받은 대가로 위 [표1] ‘경영지원 수수료’란 기재와 같이 합계 1,440,158,208원(이하 ‘이 사건 경영지원 수수료’라 한다)을 지급하였고, 2017 내지 2020 사업연도 법인세 신고시 위 금액을 손금에 산입하였다.

라. 피고 CC지방국세청장은 2021. 7. 7.부터 2022. 1. 31.까지 원고에 대한 세무조사를 실시한 결과, ① 위 IT 공통서비스 수수료 중 원고가 아닌 특정 해외 자회사를 위하여 지출된 외주비, 감가상각비 합계 2,533,525,823원(구체적인 내역은 아래 [표2] 기재와 같다. 이하 ‘이 사건 IT 수수료’라 한다)은 원고에게 기대편익이 없는 비용에 해당하고, ② 이 사건 경영지원 수수료는 원고와 국외주주 사이에 사전약정 체결 없이 지급되었고 경영지원 용역이 실제로 제공되었는지도 불분명하므로, 위 각 수수료는 각 구 국제조세조정법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31448호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제6조의2가 정하는 손금 인정 요건을 충족하지 못하였다고 보았다. 이에 피고 CC지방국세청장은 2022. 2. 14. 피고 BBB에게 이 사건 IT 수수료 및 이 사건 경영지원 수수료를 손금불산입하여 법인세를 과세하라고 통보하였다.

[표2] 이 사건 IT 수수료

외주비

167,047,069

193,628,824

221,990,283

582,666,176

감가

상각비

140,169,949

472,378,747

747,522,250

590,788,701

1,950,859,647

639,425,816

941,151,075

812,778,984

2,533,525,824

마. 피고 BBB은 2022. 5. 24. 원고에게 별지1 [표1] ‘법인세 부과처분’란 해당 부분 기재와 같은 금액으로 2017 내지 2020 사업연도 법인세를 경정·고지하였고, 피고 CC지방국세청장은 2022. 7. 29. 원고에게 별지1 [표2] 기재와 같이 이 사건 IT 수수료 및 이 사건 경영지원 수수료 상당액을 국외주주에 대한 배당소득으로 처분하여 이전소득금액통지를 하였다(이하 법인세 부과처분과 이전소득금액통지를 통틀어 ‘이 사

건 각 처분’이라 한다).

바. 원고는 2022. 8. 9. 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 4. 2. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 8호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

1) 이 사건 IT 수수료 관련 주장

국외주주는 원고를 포함한 해외 자회사들과 이 사건 IT 공통서비스 계약을 체결하였고, 그에 따라 AAA 그룹 전체 IT 시스템 및 솔루션의 중앙집권화와 현대화를 목적으로 한 글로벌 IT 프로젝트의 개발, 관리 및 운영에 관한 용역을 제공하였다. 그 용역대금을 산정하는 방법으로는 IT 공통서비스와 관련이 없는 원가는 배제하고 해외 자회사들에게 편익이 발생하는 부분을 배부대상 원가로 집계한 후, 해외 자회사의 매출액 비율로 그 금액을 안분하는 간접청구방식이 사용되었다. 원고가 국외주주로부터 이 사건 IT 공통서비스 용역을 제공받았음이 분명하고, 간접청구방식의 필요성, 배분기준의 합리성이 인정되는 이상, 그 용역 대가 전액은 법인세법 제19조 제1항 , 제2항이 정한 손금에 해당하고, 그 일부 비용을 떼어 손금에서 부인할 수 없다. 그럼에도 피고들은 배부대상 원가 중 특정 국가명이 기재된 부분에 대응하는 이 사건 IT 수수료를 따로 떼어 손금불산입하였다. 더욱이 이 사건 IT 수수료에 대응하는 특정 국가명이 기재된 프로젝트는 특정 국가에서 시험 삼아 새로운 IT 시스템을 도입하는 것으로 그 테스트 성패에 따라 다른 해외 자회사들에게도 위 시스템을 확장할 수 있는지 여부를 결정할 수 있다는 점에서 원고에게도 기대편익이 인정된다. 즉, 시범운영(Pilot) 프로젝트의 과정 자체와 그로 인해 얻어진 테스트 결과물, 그에 따라 도입될 시스템의 안정성 확보, 실패비용의 절감 등이 원고가 위 용역으로부터 얻을 수 있는 기대편익인 것이다. 따라서 이 사건 IT 수수료를 손금에서 부인할 수 없다.

2) 이 사건 경영지원 수수료 관련 주장

구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1호 에서 규정하는 ‘약정’은 처분문서에 의한 약정으로 국한되는 것이 아니라 묵시적 약정도 포함된다고 해석해야 한다. 원고는 2016. 4.경 국외주주의 소속 직원으로부터 경영지원서비스를 제공받고 그 대가를 지급하기로 하는 계약을 묵시적으로 체결하였고, 그 이후인 2017. 9.경 국외주주의 동아시아 소재 3개 해외 자회사와 국외주주에게 지급할 용역대금의 배분비율을 명확하게 하기 위해 경영지원서비스 계약을 체결하였다. 또한 DDD은 2016. 4.경부터 원고의 사업과 관련하여 개별 사안, 사업계획, 사업성과 등에 관하여 이메일로 보고를 받고 피드백을 제공하거나 원고의 매장을 방문하는 방법 등으로 회원제 창고형 할인매장 사업의 수행 및 관리, 미래 사업 전략 및 자금조달 계획 수립, 정기적인 사업 계획 및 예측 개발 등의 용역을 제공하였다. 이처럼 원고가 DDD으로부터 원고의 사업과 관련하여 용역을 실제로 제공받은 이상 이 사건 경영지원 수수료는 손금에 산입되어야 한다.

나. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

다. 이 사건의 쟁점

법인세법 제19조 제1항 , 제2항에 의하면, 손금은 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용(이하 ‘손비’라 한다)의 금액을 말하고, 여기서 손비는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 인정되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다. 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조에서는 법인세법상의 손비에 해당하는 비용에 대해 제1호에서 제21호까지 구체적으로 규정하고, 제22호에서 “그 밖의 손비로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액”으로 규정하고 있다.

한편, 구 국제조세조정법 제4조 제1항 에 의하면, 과세당국은 거래 당사자의 어느 한쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있다. 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 에서는 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래의 가격이 ① 용역 제공자가 사전에 약정을 체결하고 그 약정에 따라 용역을 실제로 제공할 것, ② 용역을 제공받은 자가 제공받은 용역으로 인하여 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것, ③ 제공받은 용역의 대가가 구 국제조세조정법 제5조 및 구 국제조세조정법 시행령 제4조 부터 제6조까지의 규정에 따라 산정될 것, ④ 제1호부터 제3호까지의 사실을 증명하는 문서를 보관·비치하고 있을 것의 요건을 모두 충족하는 용역거래의 가격인 경우에는 그 거래가격을 정상가격으로 보아 손금으로 인정한다고 규정하고 있다. ‘용역제공에 대한 대가’는 구 법인세법 시행령 제19조 제1호 에서 제21호까지의 비용에 해당하지 않으므로, 결국 구 법인세법 시행령 제19조 제22호 가 정한 손비로 볼 수 있는지 여부가 문제된다. 원칙적으로 법인의 순자산을 감소시킨 거래로 발생하는 손비의 금액은 법이나 시행령에서 손금불산입할 것으로 열거되어 있지 않은 한 손금이 된다고 보아야 하는데(대법원 2009. 6. 23. 선고 2008두7779 판결 참조), 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 은 거주자와 국외특수관계인 간의 용역거래에 있어서는 각 호의 요건을 갖춘 거래에 한하여 손금으로 인정한다고 규정하고 있어, 그 반대해석상 위 요건을 갖추지 못한 거래의 경우에는 손금불산입의 대상이 된다고 봄이 타당하다. 이 사건의 경우, 이 사건 IT 수수료 및 이 사건 경영지원 수수료가 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 에서 정한 손금 산입의 요건을 충족하였는지 여부가 쟁점이 된다.

라. 이 사건 IT 수수료에 관한 판단

1) 인정사실

위에서 본 증거, 갑 제6, 9 내지 17호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번

호 포함, 이하 같다)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 아래의 각 사실이 인정된다.

① 국외주주가 2016. 8.경 원고를 포함한 해외 자회사와 이 사건 IT 공통서비스 계약을 체결하였음은 위에서 본 바와 같다. AAA 그룹은 회원제 창고형 할인매장 사업의 경영, 운영 및 관리 개선, 중앙집중화 및 효율화를 위하여, 국외주주가 글로벌 IT 시스템 개발, 관리 및 운영에 관한 용역을 제공하고, 원고를 포함한 해외 자회사들이 이에 대한 비용을 지급하는 하기로 하는 내용으로 이 사건 IT 공통서비스 계약을 체결하였다.

② 국외주주는 Information Systems 산하 International IT 부서인 ‘Departmen 0555’(이하 ‘D555 부서’라 한다)를 신설하여 IT 공통서비스 프로젝트를 주도, 관리하는 업무를 수행하도록 하는 한편, D555 부서에게 프로젝트별로 ‘공통서비스’ 성격인지 특정 해외 자회사를 위한 현지 프로젝트인지 그 성격을 구분하고, 공통서비스에 관한 비용을 해외 자회사에게 배분하여 청구금액을 산출하는 업무를 담당하도록 하였다.

③ 배부대상 원가는 D555 부서에서 발생한 급여, 복리후생비, 출장비, 접대비, 외주용역비, 감가상각비, 기타 비용 등을 집계한 후, IT 공통서비스의 수혜자인 해외 자회사의 편익과 관련이 없는 비용으로 ① 급여, 복리후생비, 출장비, 접대비 중에 해당하는 부분, ② D555 부서가 자체적으로 사용하고 있는 국외주주 소유 SAP 관련 감가상각비, ③ 외주용역비 중 IT 공통서비스와 관련성이 없는 비용 합계액을 차감하는 방식으로 산정되었다. 그 중 ③항은 D555 부서가 지출한 외주용역비 중에서 D555 부서의 일상적인 운영을 위한 것 또는 특정 해외 자회사를 위한 것이어서 해외 자회사들에게 공통적으로 기대편익을 제공하였다고 볼 수 없는 것이라고 판단한 비용 (Non-International Expenses)을 포함한다. 이와 같이 공제되는 비용은 전체 비용의 약 30%를 차지한다. 일례로 D555 부서는 2019, 2020 사업연도에 관한 배부대상 원가를 산정할 때에 ‘China Operations Project’는 특정 해외 자회사에게 기대편익을 제공한 비용이라고 판단하고 배부대상 원가에서 제외하기도 하였다.

④ D555 부서는 이 사건 IT 공통서비스 계약에 따라 진행한 프로젝트에 관한 설명자료를 제공하였는데(갑 제10호증), 위 설명자료에는 D555 부서가 개발 등을 추진하는 IT 시스템과 관련하여 ‘프로젝트 설명, 사업적 이유, 시범운영(Pilot) 프로젝트 추진 일정, 향후 기대편익이 있는 지역’에 관한 내용이 포함되어 있다. 일례로 Global SAP Template Enhancements(글로벌 SAP 양식 개선)에 관한 설명을 살펴보면, 위 프로젝트는 다양한 지리적, 사업 영역에 걸쳐 SAP 인스턴트를 표준화하기 위해서 진행하는 것으로(프로젝트 설명), 모든 지역에 잠재적으로 이익이 되는 항목을 위 프로젝트를 통해 개발되고 현지 기능은 현지팀에 의해 완료될 예정이며(사업적 이유), 2017년부터 2021년까지 유럽, 중국, 프랑스 등에서 프로젝트를 시범운영할 계획이고(시범운영 프로젝트 추진 일정), 향후 기대편익이 있는 지역으로는 한국, 일본, 뉴질랜드, 멕시코 등 12개 지역으로, 현재 스페인, 프랑스 및 중국에서 사용 중인 글로벌 SAP 탬플릿이 모든 지역으로 배포될 예정인데, 한국은 위 시범운영을 통한 개선사항을 활용할 수 있어 견고한 시스템을 배치 받을 수 있는 혜택을 받을 수 있다(향후 기대편익이 있는 지역)는 취지의 설명이 있다.

⑤ 국외주주는 해외 자회사가 AAA 그룹의 목표 기준에 부합하는 IT 시스템을 구축할 수 있도록, 개발 단계(Scoping & Dev), 시범운영 단계(Testing), 문제점 개선 및 업데이트 단계(Rollout), 실제운영 단계(Go-Live)로 나누어 새로운 IT 시스템을 국가별로 순차 도입하고 있다. D555 부서가 진행한 프로젝트 중 ‘CARTS+ 통합 프로젝트’는 2020 사업연도까지 원고에게 실제로 적용되기도 하였다.

⑥ 피고 CC지방국세청장은 원고에 대한 세무조사를 실시하면서, 원고가 국외주주로부터 제공받았다는 이 사건 IT 공통서비스 중에서 관련 프로젝트 유형에 특정 국가명이 기재되어 있는 용역[Mexico System Standardization, Europe System Standardization, China Operations Project, New Zealand, MX Systems Standardization(intl), China Operations(Intl), Item On-boarding Simplification MX, Japan Timekeeping and Scheduling]을 특정하고, 1) 원고에게 위 용역과 원고와의 관련성에 관한 소명자료를 제출할 것을 요구하였다. 이에 원고는 위 ④항에서 본 설명자료 (갑 제10호증), D555 부서가 원고에게 제공한 서비스 내역을 정리한 자료(갑 제14호증) 등을 제출하였을 뿐, 이 사건 IT 수수료에 대응하는 용역의 구체적인 내용, 위 용역에 따라 개발된 IT 시스템이 원고에게 도입될 계획 등에 관한 소명자료를 제출하지 않았다. 피고들은 2026. 2. 4. 위 사항에 대한 석명을 신청하였으나, 원고는 이에 관해서도 구체적인 답변을 하지는 않았다.

2) 구체적 판단

관계 법령과 관련 법리, 위 인정사실 및 거시증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정들에 비추어 보면, 원고가 국외주주로부터 이 사건 IT 수수료와 관련되어 제공받은 용역은 원고에게 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있는 용역에 해당하여 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제2호 의 요건을 구비하였음에도, 이 사건 IT 수수료를 손금불산입한 것은 위법하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

① 2017년 OECD 이전가격 과세지침(OECD Transfer Pricing Guidelines for Multinational Enterprises and Tax Administrations 2017, 이하 ‘OECD 이전가격 과세지침’이라 한다) 문단 7.5는 “내부용역에 대한 이전가격분석에는 두 가지 문제가 있다. 하나는 ‘그룹내부 용역거래가 실제로 있었는지’이다. ‘다른 하나는 ’그러한 용역의 대가가 세무목적상 정상거래원칙에 부합하는지‘이다. 아래에서는 이러한 문제들을 논의한다.”라고 규정한다. OECD 이전가격 과세지침 문단 7.6은 내부용역이 제공되었는지의 판단 기준의 하나로 ’편익(Benefits) 테스트‘를 들고 있는데, 그 내용은 “정상거래원칙에 따라, 그룹의 한 구성원이 다른 구성원을 위하여 활동을 수행한 경우 내부 용역이 제공되었는지 여부는 그 활동이 다른 구성원에게 사업상 지위를 향상시키거나 유지시키는 경제적 또는 상업적 가치를 제공하였는지 여부에 달려있다. 비교가능상황에서 독립기업이라면 다른 독립기업이 그러한 활동을 수행하는 경우 기꺼이 대가를 지급할 것인지, 또는 자체적으로 그러한 활동을 수행할 것인지를 생각해 봄으로써 이 문제를 판단할 수 있다. 독립 기업이 기꺼이 대가를 지급하지 않거나, 또는 자체적으로 수행하지 않을 활동이라면, 정상거래원칙에 따라서 그 활동을 내부용역으로 볼 수 없다.”라는 것이다. 나아가 위 기준 등에 따라 내부용역이 제공된 것으로 결정되면, 그 후에 그 대가의 금액이 정상거래원칙에 부합하는지 판단하게 된다(OECD 이전가격 과세지침 문단 7.19). 이를 위해서 먼저 내부용역의 대가와 관련된 실제계약의 내용을 식별하는데, 내부용역에 대한 대가관련약정은 직접청구방식과 간접청구방식으로 준별된다(OECD 이전가격 과세지침 문단 7.20 내지 7.26).

② 구 국제조세조정법령의 관련 규정은 내부용역 거래에 관한 손금 판단기준에 관한 위 OECD 이전가격 과세지침의 내용과 체계를 입법화한 것으로 이해된다. 즉, 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제2호 는 OECD 이전가격 과세지침 문단 7.6의 편익 테스트와 유사한 내용(제공받은 용역으로 인하여 거주자에게 추가적으로 수익이 발생하거나 비용이 절감되기를 기대할 수 있을 것)을 기준으로 납세의무자가 국외특수 관계인으로부터 용역을 제공받았다고 볼 수 있는지를 판단하고, 위 요건이 충족되어 용역 제공의 실재성이 인정된 경우에 한하여 그에 대하여 지급된 대가를 정상가격으로 보아 손금으로 인정한다는 것이다.

③ 국외주주는 경영 효율화 등을 위하여 해외 자회사에 표준적인 글로벌 IT 시스템을 적용할 목적으로 D555 부서의 관리 하에 IT 시스템을 개발한 후, 특정 지역 단위에서 위 개발된 IT 시스템을 선행적으로 도입하여 시범운영, 문제점 개선 및 업데이트 과정을 거쳐, 전 세계 해외 자회사에 안정화된 IT 시스템을 순차적으로 도입하는 순서로 이 사건 IT 공통서비스 계약에 따른 용역을 제공하여 왔다. 원고가 독립기업으로서 활동을 하는 경우를 가정하더라도 IT 시스템을 개발, 업데이트할 수요가 있을 것으로 예상되고, 원고가 개별적으로 IT 시스템을 개발, 도입할 경우와 이 사건 IT 공통서비스 계약에 따라 국외주주가 개발한 IT 시스템을 도입하는 경우를 비교해보더라도 원고로서는 IT 시스템 개발 등과 관련된 비용 절감을 기대할 수 있을 것으로 보인다. 더욱이 글로벌 IT 서비스의 특성을 고려하면, 규모가 작은 시장에서 시범운영 과정을 거쳐 시스템의 안정성을 검증하고 한국과 같이 매출규모가 큰 시장에 도입여부를 결정할 필요가 인정된다. 시범운영 과정에서 글로벌 IT 시스템 개발이 실패하여 도입되지 않는 것으로 결정되더라도 그와 관련된 비용은 원고가 직접 위 시스템을 개발·도입할 경우 실패에 따른 비용을 절감할 수 있는 것이어서 원고에게 기대편익도 인정된다. 결국 원고가 국외주주로부터 이 사건 IT 수수료에 대응하여 제공받은 용역은 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제2호 의 요건을 갖춘 것으로서 손금에 해당한다고 봄이 타당하다.

④ 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있다고 할 것이나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 참조).

피고들은 원고가 국외주주로부터 제공받은 이 사건 IT 수수료에 대응하는 용역은 그 프로젝트 유형에 기재된 특정 국가의 해외 자회사에게만 기대편익이 인정되는 용역일 가능성이 존재한다는 주장만 개진할 뿐, 이를 뒷받침하는 구체적인 자료를 제출하지 못하고 있다. 여기에 D555 부서가 내부 관리 목적에서 용역 유형을 구분할 때에 해당 IT 시스템의 시범운영이 이루어지는 국가명을 기재한 것으로 보이고, 특정 국가에게만 기대편익이 있는 프로젝트의 경우 배부대상 원가에서 사전적으로 제외한 것으로 보이는 점을 고려해 보면, 피고들의 주장만으로는 과세관청이 이 사건 IT 수수료가 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정을 상당한 정도로 증명하였다고 보기 어렵다.

마. 이 사건 경영지원 수수료에 관한 판단

위에서 인정한 사실과 증거 및 갑 제7, 19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면 아래의 각 사실이 인정된다.

① 원고는 2017. 9. 4. 국외주주의 특수관계인인 AAA President Taiwan Inc., AAA Shanghai Trading Co. Ltd, Costco Wholesale Japan Ltd(이하 원고를 포함하여 ’AAA 동아시아 계열사‘라 하고, 개별적으로 지칭할 때에는 국가명을 붙여 ’OOOO OO‘로 특정한다)와 경영지원서비스 계약을 체결하였다(이하 ’이 사건 경영지원서비스 계약‘이라 한다). 위 계약은 AAA 동아시아 계열사 등은 국외 주주가 고용하여 대만에 파견한 리차드 창 등 3인으로부터 전반적인 회원제 창고형 할인매장 사업의 수행 및 관리, 미래 사업 전략 및 자금조달 계획 수립, 정기적인 사업 계획 및 예측 개발 등 경영지원서비스를 제공받고, 그 대가로 리차드 창 등 3인으로 인해 발생하는 모든 급여 및 복리후생비를 안분하여 국외주주에게 지급하는 것을 그 내용으로 한다.

② DDD은 1993.경 국외주주와 고용계약을 체결하여 근무해 오던 중, 국외주주가 체결한 파견계약에 따라 10년 넘게 AAA 대만의 부사장으로 근무하였고, 2016. 4.경부터는 대만에 거주하면서 AAA 아시아 지부 총괄 Senior Vice president 직책에서 근무하였으며, AAA 중국의 대표자(Authorized Representative) 지위에서 이 사건 경영지원서비스 계약을 체결하기도 하였고, 2015. 11. 24.부터 현재까지 원고의 기타비상무이사를 맡고 있다.

③ 원고는 2016. 9. 1.부터 2020. 8. 31.까지 DDD으로부터 경영지원서비스를 제공받았다는 전제 하에, 국외주주에게 이 사건 경영지원서비스 계약에 따라 DDD관련 인건비의 25%에 해당하는 이 사건 경영지원 수수료 합계 1,440,158,208원을 지급하였다.

위 인정사실 및 거시증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 아래의 사정을 종합하면, 이 사건 경영지원 수수료 관련 용역은 용역 제공자가 사전에 서면 약정을 체결하고 제공한 것이 아니므로 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1, 4호의 요건을 구비하지 못하였다. 이 사건 각 처분 중 이 사건 경영지원 수수료를 손금불산입한 부분은 적법하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1호 , 제4호를 종합하면 거주자와 국외특수관계인 사이의 용역거래에서는 용역 제공자가 사전 약정을 체결하고 그 사실을 증명하는 문서를 보관·비치하고 있는 경우에 한하여, 그 용역대금이 손금으로 인정될 수 있다. 위에서 인정한 바와 같이 이 사건 경영지원서비스 계약은 용역 제공자인 국외주주 또는 리차드 창과 체결된 계약이 아니라, 위 경영지원서비스의 수혜자인 AAA 동아시아 계열사 사이에 체결된 계약에 불과하다.

② 원고는 이 사건 경영지원서비스 계약이 체결됨에 따라 국외주주와 원고 사이에도 묵시적인 용역계약이 체결된 것으로 볼 수 있어, 이 사건 경영지원 수수료는 구 국세조세조정법 시행령 제6조의2 제1항이 정하는 손금 요건이 충족되었다는 취지로 주장한다. 국외주주와 DDD, 원고의 법률적 관계, 이 사건 경영지원서비스 계약이 정한 인건비 비용분담의 내용 등을 종합하여 보면, 원고와 국외주주 사이에 국외주주가 자신의 소속 직원을 통하여 원고 등에게 경영지원서비스를 제공하고, 원고로부터 위 소속 직원에 대한 인건비 중 일부를 용역대금으로 지급받기로 하는 묵시적 합의가 있었던 것으로 보이기는 한다. 그러나 원고가 주장하는 바와 같이 용역 제공자와의 ’묵시적‘ 합의가 존재한다는 이유로 손금 산입을 인정하게 되면 ’용역 제공자와의 사전 서면 계약‘을 손금 산입의 요건으로 명시하고 있는 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1호 , 제4호를 사실상 사문화하는 것이어서, 위 주장을 받아들이기는 어렵다.

③ 더욱이 구 국제조세조정법 시행령 제6조의2 제1항 제1호 는 ’사전‘ 약정을 체결할 것을 손금의 요건으로 명시하고 있다. 원고는 국외주주에게 2016. 9. 1.경부터 DDD으로부터 경영지원서비스를 제공받았다는 전제에서 이 사건 경영자문 수수료를 지급한 반면, 이 사건 경영지원서비스 계약은 그로부터 1년 이상 경과한 2017. 9. 4.에체결되었다. 계약기간을 1년마다 갱신하기로 하는 이 사건 경영지원서비스 계약 제3조의 내용에 의하더라도 적어도 2017 및 2018 사업연도 2) 에 대해서는 ’사전‘ 약정이 존재한다고도 볼 수 없다.

3. 결론

원고의 피고들에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각한다.

1) 세부항복은 갑 제4호증 제39면 이하 참조

2) 원고는 8월말 결산법인으로, 2017 사업연도는 2016. 9. 1.부터 2017. 8. 31.까지 2018 사업연도는 2017. 9. 1.부터 2018. 8. 31.까지이다.