출연금의 과세특례 적용 여부

공제회는 비영리법인이라 중소기업에 해당하지 않고, 그 밖에 사회적기업, 협동조합, 소비자생활협동조합에도 해당하지 않음도 명백하므로, 이 사건 출연금은 이 사건 과세특례 조항이 정한 ‘협력중소기업의 사내근로복지기금에게 한 출연금’에 해당하지 않고, 그 밖에 이 사건 과세특례 대상에 해당하지도 않음

사 건

2024구합201337 법인세부과처분취소

원 고

주식회사 A

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 27.

판 결 선 고

2025. 4. 24.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2018. xx. xx. 원고에게 한 2019 사업연도 법인세 x,xxx,xxx,xxx 원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 ○○ 제조 및 판매 등을 목적으로 하는 회사이다. 그리고 사단법인 B(이하 ‘B’라고만 한다)는 원고의 임․직원 등을 조합원으로하여 조합원의 생활안정 도모 및 직무능률 향상 등을 목적으로 설립되어 위 목적 달성을 위하여 기금조성사업 등을 수행하는 비영리법인이고, B 사내근로D은 B에 근무하는 직원의 생활안정과 복지증진을 목적으로 하여 근로복지기본법 제52조 제1항 에 따라 설립된 법인(이하 ‘이 사건 D’이라고만 한다)이다. 또 C 주식회사(이하 ‘C’이라고 한다)는 사업시설관리 및 사업지원 서비스업을 영위하는 회사이다.

나. 원고는 2019. 12. 16. 이 사건 D에게 자기주식 xx,xxx 주(가액 x,xxx,xxx,xxx 원)를, C의 사내근로D에게 자기주식 xxx,xxx 주(가액 xx,xxx , xxx,xxx 원) 등 합계 xxx,xxx 주(합산 가액 xx,xxx , xxx,xxx 원)를 무상으로 출연하였다.

다. 원고는 2019 사업연도 법인세 신고를 하면서 위 각 출연이 구 조세특례제한법(2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라고만한다) 제100조의32 제2항 제1호 다목 및 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라고만 한다) 제100조의32 제14항 제2호의 ‘ 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호 에 따른 협력중소기업의 사내근로D에게 한 출연금’(이하 ‘이 사건 과세특례’내지 ‘이 사건 과세특례 조항’이라고 한다)에 해당한다고 보아 위 각 출연금에 100분의300을 곱한 금액을 기업소득에서 차감하여 미환류소득에 대한 법인세를 0원으로 신고하였다.

라. 국세청장은 2021. xx. xx. 부터 2021. xx. xx. 까지 ○○ 지방국세청에 대한 세원관리취약분야 실태점검 특정감사를 실시한 후 B와 C은 각 중소기업내지 협력중소기업에 해당하지 않는다는 등의 이유로 위 각 출연금이 이 사건 과세특례 적용대상에 해당하지 않는다고 보아 법인세 경정을 하도록 현지시정 조치를 하였다. 이에 피고는 2022. 11. xx. 원고의 2019 사업연도 미환류소득에 대한 법인세를 재계산하여 법인세 xx,xxx , xxx,xxx 원(가산세 포함)의 부과처분을 하였고, 위 부과처분은 2022. 11. xx. 원고에게 도달하였다.

마. 원고는 이에 불복하여 2022. 12. xx. 조세심판청구를 하였고, 조세심판원은 2024. 1. xx. ‘원고가 이 사건 D에게 자기주식을 출연한 것은 이 사건 과세특례 적용대상에 해당하지 않으나, C의 사내근로D에게 자기주식을 출연한 것은이 사건 과세특례가 적용된다’고 보아 그 과세표준 및 세액을 경정하고 나머지 청구를 기각한다는 결정을 하였고, 위 결정은 2024. 1. xx. 원고에게 도달하였다.

바. 피고는 2024. 1. xx. 조세심판원의 위 결정에 따라 2022. 11. xx .자로 부과된 법인세 xx,xxx , xxx,xxx 원을 x,xxx , xxx,xxx 원으로 감액하는 경정처분을 하였다 1) (이하 감액 경정하고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라고 하고, 이 사건의 쟁점으로 남은 부분인 이 사건 D에 대하여 출연한 자기주식 상당액을 ‘이 사건 출연금’이라고 한다).

1) 국세기본법에 규정된 심판절차에서 원처분을 취소 또는 변경하는 결정이 있으면 특단의 사정이 없는 한 그 결정의 효력에 의하여 원처분은 당연히 취소 또는 변경된다고 할 것이나, 심판청구에 대한 결정이 양도가액과 취득가액을 국세심판소장이 인정하는 금액으로 하여 원처분을 경정한다고 선언함에 그치고 경정한 처분의 내용을 명시하지 않고 있는 경우에는 그 결정만으로는 원처분의 변경범위가 명확치 아니하므로 이로써 원처분이 당연히 변경되었다고 보기 어렵고, 원처분청이 국세심판소장의 경정결정 취지에 따라 과세표준과 세액의 경정결정을 하여 이를 원고에게 통지한 때에 비로소 원처분 변경의 효력이 발 생한다(대법원 1982. 7. 27. 선고 82누91 판결 참조).

[인정 근거]

다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증, 을 제1 내지 4호증(각 가지번호 있는 것은 가지번

호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 과세특례 조항은, 기업소득이 투자, 임금 등으로 지출됨으로써 가계소득에 환류 되도록 유도하고자 하는 조항으로, B 소속 근로자들의 복지를 위해 기업소득을 출연한 이 사건 출연금은 위 입법취지에 정확히 부합한다. 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호 , 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 제2항 은 ‘협력중소기업’이 무엇인지 정의하며 ‘중소기업’이라는 용어를 사용하고 있으나, 이 사건 과세특례 조항의 입법취지 및 관련 법령의 원용 방식에 비추어볼 때 ‘B’가 설립한 이 사건 D에 대한 이 사건 출연금도 이 사건 과세특례 적용대상에 당연히 포함된다고 보아야 한다. 그럼에도 불구하고 피고가 이와 달리 이 사건 출연금을 과세특례 적용대상에 해당하지 않는다고 본 것은 위법하다.

나. 또 피고는, ① B가 원고와 법인세법 시행령 제2조 제5항 이 정한 특수관계인에 해당하고, ② 이 사건 D이 B와 특수관계인에 해당하므로, ③ 원고는 ‘특수관계인’인 B를 ‘통하여’ 이 사건 기금법인에 지배적인 영향력을 행사하고 있고, 따라서 원고와 이 사건 D은 특수관계에 있다고 보아 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제14항 단서에 따라 이 사건 과세특례 조항의 적용을 배제하였다. 그러나 이것은 위법하다.

즉 대법원은 구 지방세기본법(2016. 12. 27. 법률 제14474호로 개정 전의 것) 제2조 제34호의 ‘특수관계인’과 관련하여 본인이 그 특수관계에 있는 자를 ‘통하여’ 어떤 법인에 지배적인 영향력을 행사하였다고 보기 위해서는 본인이 그 대주주이자 대표이사를 좌지우지할 수 있다고 볼 만한 사정이 있어야 하고, 그렇지 않은 이상 본인과 그 법인사이의 특수관계를 인정할 수 없다고 보아 왔다. 이러한 대법원 판례의 법리는 구 지방세기본법 규정과 그 문구와 구조가 동일한 법인세법 시행령 제2조 제5항 의 해석에 있어서도 그대로 적용되어야 한다.

그러므로 이 사건에서도 법인세법 시행령 제2조 제5항 제4호 , 제5호가 정한 특수관계인이 되기 위해서는 원고가 그와 일정한 관계에 있는 B의 의사결정을 좌우함으로써 원고가 직접 이 사건 D에 대해 지배적인 영향력을 행사하는 것과 동일하게 볼 수 있을 정도가 되어야 한다. 그런데 원고가 임직원을 ‘통하여’ B에 대해 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 볼 추가적인 입증이 없으므로, B는 원고에 대한 관계에서 법인세법 시행령 제2조 제5항 제4호 의 ‘특수관계인’에 해당한다고 볼 수 없다. 또 원고가 B를 ‘통하여’ 이 사건 D에게 지배적인 영향력을 행사하고 있다고 볼 추가적인 입증도 없으므로, 이 사건 D은 원고에 대한 관계에서 법인세법 시행령 제2조 제5항 제5호 의 ‘특수관계인’도 아니다.

3. 관련 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법여부

가. 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에 부합한다(대법원 2003. 1. 24. 선고 2002두9537 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

앞서 든 증거 및 갑 제5호증, 을 제5, 7호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 출연금은 이 사건 과세특례 조항이 정한 ‘협력중소기업의 사내근로D에게 한 출연금’에 해당하지 않고, 그 밖에 이 사건 과세특례 대상에 해당하지도 않으므로, 이 사건 처분은 적법하다. 원고의 주장은 받아들이지 않는다(이 사건 출연금이 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 제14항 본문에서 정한 이 사건 과세특례 대상에 해당하지 않아 이 사건 과세처분이 적법한 이상, 과세특례 대상에 해당하는 경우를 전제로 하는 원고의 특수관계인에 대한 주장은 더 나아가 판단하지 않는다).

가) 이 사건 과세특례 조항인 구 조세특례제한법 시행령 제100조의32 는 ‘구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호 에 따른 협력중소기업의 사내근로D에 출연하는 경우 그 출연금’을 과세특례로 규정하고 있고, 구 조세특례제한법 제8조의3 제1항 제1호 는 ‘대․중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률 제2조 제6호에 따른 수탁기업 등 대통령령으로 정하는 중소기업’을 ‘협력중소기업’이라고 칭하고 있으며, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령 제7조의2 는 제1호부터 제4호까지 중 어느 하나에 해당하는 중소기업이 협력중소기업에 해당한다고 규정하였다. 그 중 제1호가 원용하고 있는 조항인 구 대․중소기업 상생협력 촉진에 관한 법률(2020. 2. 11. 법률 제16996호로 개정되기 전의 것) 제2조 제6호, 제4호는 물품 등의 제조 등을 위탁받은 중소기업을 ‘수탁기업’으로 정의하고 있고, 같은 조 제1호는 ‘중소기업’이란 중소기업기본법 제2조 에 따른 중소기업을 말한다고 규정하고 있다. 구 중소기업기본법(2019. 12. 10. 법률 제16815호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업기본법’이라고만 한다) 제2조 제1항은 각 호 중 어느 하나에 해당하는 기업 또는 조합 등을 ‘중소기업’으로 정의하며 구체적으로는,일정한 요건을 갖추고 영리를 목적으로 사업을 하는 기업(제1호), 일정한 요건의 사회적기업, 협동조합, 소비자생활협동조합(제2, 3, 4호)을 규정하고 있다.

즉, 이 사건 과세특례 조항이 말하는 ‘협력중소기업의 사내근로D’은 구 중소기업기본법 제2조 제1항 의 ‘중소기업’ 개념을 전제하고 있고, 그에 따라 ‘중소기업’에 해당하려면 최소한 영리법인, 사회적기업, 협동조합, 소비자생활협동조합 중 하나에 해당되어야 한다.

그런데 B는 비영리법인이므로 앞서 본 중소기업에 해당하지 않고, 그밖에 사회적기업, 협동조합, 소비자생활협동조합에 해당하지 않음도 명백하다.

나) 나아가 이 사건 과세특례 조항의 입법취지는 ‘대․중소기업 간 상생협력을 위하여 지출된 금액’에 과세특례를 적용함으로써 대․중소기업 간 상생협력 촉진에 관한 법률의 입법목적, 즉 대기업과 중소기업 간 상생협력 관계를 공고히 하며, 대기업과 중소기업의 경쟁력을 높이고, 대기업과 중소기업의 양극화를 해소하여 동반성장을 달성함을 촉진하려는 것에 있다. 관련 법령을 합목적적으로 해석한다 하더라도 ‘중소기업과의 상생’이라는 요건은 이 사건 과세특례 조항의 가장 핵심적인 요소로서 이를 배제하는 해석은 허용될 수 없다. 이러한 사정을 앞서 본 조세법률주의에 관한 법리에 비추어 볼 때, 원고가 주장하는 사정만으로는 “‘중소기업이 아닌 비영리법인’의 사내근로D에 대한 출연”에 대해서도 이 사건 과세특례 조항을 유추적용해야 한다고 할 수 없다.

5. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.