심판 단계 서면 제출을 후발적 경정청구 및 그에 대한 거부처분으로 볼 수 없음

심판 단계에서 원고가 제출한 서면으로 후발적 경정청구가 이루어졌다고 볼 수 없고, 그에 대한 답변이 담긴 피고가 제출한 서면을 그에 대한 거부처분이라고도 볼 수 없음

사 건

2025구합54285 부가가치세경정거부처분취소

원 고

주식회사 해AA

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 18.

판 결 선 고

2026. 4. 23.

주 문

1. 이 사건 소를 각하한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 7. 10. 원고에게 한 2002년 2기분 부가가치세 60,000,000원(가산세 포함), 2002 사업연도 법인세 123,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 컴퓨터 소프트웨어 및 데이터베이스 설계ㆍ제작ㆍ개발ㆍ구축 등을 목적으로 설립되어 2010. 12. 1. 휴면회사로서 해산한 것으로 간주되었다가 2013. 12. 2. 청산이 종결된 것으로 간주된 회사이고, 문AA은 원고의 해산간주 당시 대표이사로서 당연히 청산인이 된 사람이다.

나. 문AA은 원고의 대표이사로서 2001. 10. 5.부터 2003. 12. 27.까지 총 39회에 걸쳐 가공의 세금계산서 39장을 발급하고, 2002. 4. 15.부터 2003. 6. 27.까지 총 22회에 걸쳐 가공의 세금계산서 22장을 수취하였다는 이유로, 2005. 3. 24. 조세범처벌법위반죄에 대하여 전부 유죄판결을 받았고(AAAAAA법원 0OOOOOOOOO호, 이하 ‘재심대상판결’이라 한다), 2005. 4. 1. 재심대상판결이 확정되었다.

다. 문AA은 2020. 7. 2. AAAAAA법원에 재심대상판결에 대한 재심을 청구하였고, 위 법원은 재심대상판결의 확정 후 과세관청의 경정처분이 있었다는 이유로 재심 개시결정을 하였다. 위 재심사건의 법원은 2022. 11. 24. 원고가 2002. 7.경부터 같은 해 9.경까지 총 3회에 걸쳐 주식회사 엔BB(이하 ‘엔BB’이라 한다)으로부터 수취한 공급가액 합계 5억 원의 세금계산서 3장(이하 통틀어 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)의 경우 과세관청이 정상매입으로 인정하고 당초의 조세부과처분을 경정하였다는 이유로 문AA에게 일부 무죄 판결을 선고하였고(AAAAAA법원 OOOOOOOO호, 이하 ‘재심판결’이라 한다), 문AA의 항소(AAAAAA법원 0OOOOOOOO호) 및 상고(C법원 0OOOOOOOO호)가 모두 기각되어 2024. 5. 17. 재심판결이 확정되었다.

라. 원고는 문AA의 재심판결에서 이 사건 세금계산서가 실물거래 있는 상태에서 발급된 것으로 판단되었다는 이유로, 2024. 4. 19. 조세심판원에 피고를 상대로 2002년 2기분 부가가치세와 2002 사업연도 법인세에 관한 감액경정을 하여줄 것을 구하는 내용의 심판청구를 하였다.

피고는 과세관청이 정상매입으로 인정한 것은 원고가 2002. 10.경부터 같은 해 12.경까지 총 2회에 걸쳐 엔BB으로부터 수취한 공급가액 합계 5억 원의 세금계산서 2장(이하 통틀어 ‘별건 세금계산서’라 한다)이지 이 사건 세금계산서가 아니라는 이유로, 2024. 7. 10. 조세심판원에 이 사건 세금계산서와 관련하여 후발적 경정청구사유가 없다는 내용의 ‘추가 답변서’를 제출하였다(이하 편의상 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 조세심판원은 원고가 피고를 상대로 후발적 경정청구를 한 사실이 없어 심판청구의 대상이 되는 처분이 존재하지 않는다는 이유로, 2025. 3. 11. 원고의 심판청구를 각하하는 결정을 하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 4, 5, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안전항변에 관한 판단

가. 피고의 본안전항변 요지

1) 이 사건 처분을 이 사건 세금계산서에 관한 후발적 경정청구에 대한 거부처분이라고 볼 수는 없으므로, 이 사건 소는 대상적격이 인정되지 않아 부적법하다.

2) 설령 이 사건 처분이 이 사건 세금계산서에 관한 후발적 경정청구에 대한 거부처분에 해당한다고 보더라도, 이 사건 소는 전심절차를 거치지 않고 제기된 것이어서 부적법하다.

나. 대상적격 흠결 여부에 관한 판단

1) 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 는 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자 또는 국세의 과세표준 및 세액의 결정을 받은 자는 최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때에는 그 사유가 발생한 것을 안 날부터 3개월 이내에 결정 또는 경정을 청구할 수 있다’고 규정하고 있는데(이하 ‘후발적 경정청구’라 한다), 원고가 이 사건 세금계산서와 관련하여 조세심판원의 심판청구사건에 제출한 ‘심판청구서’나 ‘항변서’가 이에 해당한다고 볼 수는 없고, 달리 원고가 이 사건 세금계산서와 관련하여 후발적 경정청구를 하였다고 볼 만한 증거가 없다.

2) 피고가 2024. 7. 10. 조세심판원에 이 사건 세금계산서와 관련하여 후발적 경정청구사유가 없다는 내용의 ‘추가 답변서’를 제출하기는 하였으나, 이는 원고의 심판청구에 대하여 피고가 조세심판원에 제출한 서류에 불과하므로, 이 사건 처분이 항고소송의 대상이 되는 행정처분에 해당한다고 보기는 어렵다.

나아가 살피더라도, 재심판결에서 이 사건 세금계산서 부분에 관하여 무죄판결을 받았다고 하더라도, 이는 특별한 사정이 없는 한 국세기본법 제45조의2 제2항 제1호 에서 말하는 ‘최초의 신고 등에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한 판결 등에 의하여 다른 것으로 확정된 경우’에 해당한다고 볼 수 없다(대법원 2020. 1. 9. 선고 2018두61888 판결 참조).

3) 따라서 피고의 이 부분 본안전항변은 이유 있다(대상적격 흠결에 관한 피고의 본안전항변을 받아들여 이 사건 소를 각하하는 이상 피고의 나머지 본안전항변에 관하여는 더 나아가 판단하지 않는다).

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하여 주문과 같이 판결한다.