분할합병에 따른 분할법인 주주에 대한 의제배당소득을 산정함에 있어 분할대가에서 차감할 당초 주식가액을 분할기일 기준으로 산정하는지 분할등기일 기준으로 산정하는지 여부

분할합병에 따른 분할법인 주주에 대한 의제배당소득을 산정함에 있어 분할대가에서 차감할 당초 주식가액은 분할등기일 기준 자기자본비율로 산정함

불완전 분할합병, 의제배당, 분할대가, 주식 취득가액, 분할기일, 분할등기일

사 건

2025누7313 종합소득세경정청구거부처분취소

원 고

김AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2026. 5. 28.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2023. 1. 25. 원고에게 한 2021년 귀속 종합소득세 *원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고가 이 법원에서 주장하는 사유는 제1심에서 원고가 주장한 내용과 크게 다르지 않고, 제출된 증거들을 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 이에 이 법원의 판결이유는 아래와 같이 고치거나 제2항과 같이 원고가 강조하는 주장에 관한 판단을 보충하는 것 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제2쪽 아래에서 2행의 “0.*”을 “0.**을”로 고친다.

○ 제1심판결 제3쪽 8행 아래에 다음과 같은 내용을 추가한다.

“바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 3. *. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2024. 4. *. 기각되었다.”

○ 제1심판결의 별지 ‘관계 법령’을 이 법원의 별지 ‘관계 법령’으로 교체한다.

2. 보충 판단

가. 원고 주장의 요지

피고가 이 사건 분할합병에 따른 의제배당소득을 산정하면서 적용한 자기자본비율방식이 분할비율 방식에 비하여 객관적․합리적이라고 보기 어렵고, 오히려 분할비율방식이 실제 소득에 근접하게 과세됨으로써 분할합병대가와 분할법인 주식의 취득가액 산정시점 사이의 괴리를 해소할 수 있다. 의제배당소득이 분할합병대가에서 분할법인 주식의 취득가액을 공제하는 방식으로 산정되므로, 분할합병대가와 분할법인 주식의 취득가액은 동일한 기준을 적용하여 산정되어야 함에도 피고는 분할대가는 이 사건 분할비율을, 분할법인 주식의 취득가액은 이 사건 자기자본비율을 적용하여 산정함으로써 합리적 이유 없이 다른 기준을 적용하였다. 또한 피고는 소득세법상 위임의 근거가 없음에도 법인세법 기본통칙 16-0…1을 근거로 자기자본비율 방식을 적용하여 분할법인 주식의 취득가액을 산정함으로써 조세법률주의 원칙을 위반하였다.

나. 판단

각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 피고가 이 사건 분할신주의 취득가액을 분할합병등기일 기준 자기자본비율 방식으로 산정하여 이 사건 처분을 한 것이 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 이와 다른 전제에서 한 원고의 주장은 이유 없다.

1) 구 소득세법 제17조 제2항 , 제4항 및 같은 법 시행령(2024. 12. 31. 대통령령 제35121호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제27조 제1항은 분할법인 주식의 취득가액을 산정함에 있어 ‘취득 당시의 시가’를 기준으로 하고, 그러한 가액이 불분명한 경우 그 주식의 액면가액을 취득가액으로 본다고 규정할 뿐, 그 밖의 구체적인 산정기준을 정하지 않고 있다. 따라서 관계 법령을 고려하여 그 주식의 실체적 가치를 총체적으로 반영할 수 있는 객관적, 합리적인 방법에 의하여 분할법인 주식의 취득가액을 산정할 필요가 있다.

원고는 분할합병대가에서 차감하는 분할법인(**) 주식의 취득가액을 분할비율 방식을 적용하여 산정한 *원(＝ ** 매수가액 *원 × 이 사건 분할비율 0.*)이라고 주장하는 반면, 피고는 자기자본비율 방식을 적용하여 산정한 **원(＝ ** 매수가액 *원 × 이 사건 자기자본비율 0.*)이라고 주장한다. 그런데 원고가 주장하는 이 사건 분할비율 또한 분할합병계약 당시를 기준으로 분할합병 되는 ** 투자사업 부문의 자기자본비율을 의미하므로, 결국 원고가 주장하는 분할비율 방식과 이 사건 처분의 전제가 된 자기자본비율 방식은 그 산정방식이 동일하나 비율 산정을 위한 기준시점만이 다를 뿐이다. 따라서 이 사건의 실질적 쟁점은 분할합병대가에서 차감되어야 할 분할로 인하여 감소된 부분에 해당하는 ** 주식의 취득가액을 원고 주장과 같이 분할합병계약일 기준 자기자본비율로 안분할 것인가, 이 사건 처분과 같이 분할합병등기일 기준 그것으로 안분할 것인가의 문제이다.

2) 이 사건 분할합병으로 **의 자산 및 부채가 ○○에 실질적으로 귀속되는 시기는 분할합병의 효력이 발생하는 등기일이고( 상법 제530조의11 , 제234조 등 참조), 구 소득세법 제17조 제5항 , 제2항 및 같은 법 시행령 제46조 제5호 다목에 따라 의제배당소득의 수입시기 또한 분할합병등기일이다. 즉 원고가 분할합병의 효력이 발생하는 분할합병등기일에 이 사건 분할신주의 소유권을 취득하고, 그 날의 시가로 분할합병의 대가가 산정되므로, 분할합병의 대가에서 차감되어야 할 ** 주식의 취득가액도 분할합병등기일 기준의 자기자본비율을 기준으로 안분하는 것이 타당하다.

3) 이 사건 자기자본비율을 적용하는 방식은 분할합병등기일을 기준으로 재무제표라는 객관적 장부를 기초로 한 청산가치를 반영할 수 있다는 점에서 객관성과 합리성이 있다.

이에 대하여 원고는 자기자본비율 방식을 적용하면 분할합병의 대가와 ** 주식의 취득가액 산정시점 사이에 괴리가 발생하고, 실제 분할된 주식수와 지출금액을 반영할 수 없으며, 1주당 취득가액이 불일치하는 모순이 발생한다고 주장한다.

그러나 자기자본비율 방식의 취득가액 또한 원고가 ** 주식을 매수하면서 실제 지출한 **원을 기준으로 한 것이고, 앞서 본 바와 같이 이 사건의 쟁점은 위 금액에 어느 시점의 자기자본비율을 적용하여 ** 주식의 취득가액을 안분하는 것이 합리적인가의 문제이다. 따라서 자기자본비율 방식이 실제 지출금액을 반영하지 못하였다거나, 그 자체로 가상의 비율을 적용한 값이어서 부당하다고 보기 어렵다. 나아가 의제배당소득 제도 자체가 당해 주식의 보유기간 중의 가치증가분이 있더라도 사내에 유보된 이익 등을 일률적으로 배당소득으로 의제한다는 것으로 반드시 그 구체적인 금액이 실제 지출금액과 일치하여야 하는 것은 아니므로(대법원 2010. 10. 28. 선고 2008두19628 판결 취지 참조), 이러한 의제배당소득 제도의 취지상 의제된 소득에 대한 과세가 응능과세원칙에 위배된다고 볼 수 없고, 분할합병등기일 기준으로 그때까지 사내에 유보된 이익의 장부상 가치를 반영할 수 있다는 측면에서 자기자본비율 방식이 의제배당소득 제도의 취지에 부합하는 기준이라고 할 수 있다.

4) 국세청의 법인세법 기본통칙 16-0…1 1) 은 분할신주를 취득하는 법인주주의 의제배당액을 산정할 때에는 세무회계상 자기자본비율을 적용하고 있고, 이 사건 처분 또한 이와 마찬가지 기준을 적용함을 전제로 하고 있다.

조세법률주의 원칙상 조세법규를 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추․해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조). 그런데 회사의 주주라는 지위에서 의제배당소득을 취득한다는 점에서는 개인 주주와 법인 주주를 달리 취급할 이유가 없고, 법인세법 제16조 제1항 제6호 는 구 소득세법 제17조 제2항 제6호 와 분할합병 시 의제배당에 관하여 동일한 문언과 규정 체계를 취하고 있으므로, 의제배당소득의 발생경위나 산정에 있어 법인 주주와 개인 주주 사이에 본질적인 차이가 존재하지 않는다. 이와 같이 동일한 사실관계에서 개별 세법이 달리 규정하고 있지 아니한 이상 개인 주주와 법인 주주에게 같은 기준을 적용하는 것이 불합리하다거나 조세법률주의에 반한다고 보기 어렵다.

5) 한편 원고는 이 사건 처분의 근거가 된 이 사건 자기자본비율은 이른바 ‘세무상 자기자본비율’을 적용한 것인데, ‘회계상 자기자본비율’이나 이 사건 분할비율과 같은 더 합리적인 기준이 존재함에도 아무런 법적 근거 없이 이 사건 자기자본비율을 적용하는 것은 객관성과 합리성이 결여되었다고도 주장한다. 그러나 세법상 과세기준을 정함에 있어 기업의 세무상 유보 금액을 반영하는 세무상 자기자본비율을 적용하는 것이 불합리하다고 할 수 없고, 이 사건 분할비율은 분할합병계약 당시의 자기자본비율을 의미함은 앞서 본 바와 같은데, 의제배당소득이 분할합병등기일에 발생하는 이상 분할합병계약 이후 분할합병의 효력이 발생할 때까지 증감된 자기자본비율도 반영할 수 있는 분할합병등기일 기준 자기자본비율로 ** 주식의 취득가액을 안분하는 것이 의제배당 제도의 취지에 부합한다고 할 수 있다.

6) 이 사건 분할비율은 이 사건 분할합병계약의 당사자인 **와 ○○이 분할합병계약 당시 **의 투자사업 부문을 분할하는 대가로 **의 주주에게 지급할 분할신주의 수를 정할 목적으로 산정되었고, ** 주식의 취득가액은 분할합병의 효력이 발생한 이후에 의제배당소득을 산정하기 위해 분할합병등기일을 기준으로 산정된 분할합병대가(분할신주의 시가)에서 분할로 인하여 감소된 부분에 해당하는 ** 주식의 취득가액을 차감할 목적으로 산정되었다. 즉 이 사건 분할비율은 분할합병계약 당시 분할합병계약의 당사자들이 분할합병대가를 지급하기 위한 기준으로 산정되었고, ** 주식의 취득가액은 소득세법상 의제배당소득을 도출하기 위해 분할합병계약에 따라 원고가 취득한 분할대가에서 차감되어야 할 ** 주식의 가액을 세법 고유의 과세체계 내에서 산정한 것이다. 위와 같이 이 사건 분할비율과 자기자본비율은 산정되는 시기와 목적 등을 달리하므로, 원고의 주장과 같이 이 사건 분할합병과 관련하여 분할합병대가의 산정과 분할신주의 취득가액 산정이 반드시 동일한 기준에 의하여 산정되어야 한다고 보기 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이 하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 기각한다.

1) 법인세법 제16조 제1항 제6호 의 규정을 적용함에 있어 분할법인이 존속하는 경우 소각 등에 의하여 감소된 “주식을 취득하기 위하여 소요된 금액”은 다음 산식에 의하여 계산한다.

분할 전 법인주식 취득가액 × 분할등기일 현재 감소한 분할법인의 자기자본(자본금과 잉여금의 합계액 중 분할로 인하여 감소되는 금액) / 분할 전 당해 법인의 자기자본