종합부동산세 해석 오류로 인한 고지 납부 금액이 부당이득금인지 여부

사 건

2023가단5505166 부당이득금

원 고

AA

피 고

대한민국

변 론 종 결

2026. 3. 19.

판 결 선 고

2026. 4. 16.

주 문

1. 피고는 원고에게 18,482,392원 및 이에 대하여 2019. 12. 17.부터 2025. 2. 27.까지는 연 1.2%, 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 연 12%의 각 비율로 계산한 돈을 지급하라.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

4. 제1항은 가집행할 수 있다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고는 의료법 제48조 에 따라 설립된 의료법인으로, 제주시 ○○동 000 등 부동산(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)을 소유하고 있다.

나. 이 사건 토지는 구 지방세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18656호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항(이하 ‘이 사건 경감 규정’이라 한다)에 의해 ‘ 의료법 제48조 에 따라 설립된 의료법인이 과세기준일 현재 의료업에 직접 사용하는 부동산’에 해당하여 2019. 1. 1.부터 2020. 12. 31.까지 재산세의 100분의 50이 경감되는 토지이다(이하 이 사건 토지 중 이 사건 경감규정에 따라 재산세 경감 비율에 해당하는 부분을 ‘이 사건 경감 부분’이라 하고, 나머지 부분을 ‘이 사건 비경감 부분’이라 한다).

다. ○○세무서장은 2019년 이 사건 경감 부분을 종합합산과세대상 또는 별도합산과 세대상으로 포함시킨 후 이 사건 경감규정에 따라 과세표준을 경감하는 방식으로 이 사건 토지에 관한 종합부동산세 및 농어촌특별세를 산정하여 부과처분(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다)을 하였고, 이에 따라 원고는 해당 연도 종합부동산세 및 농어촌특별세를 납부하였다. 원고가 납부한 위 세액은 ‘이 사건 경감 부분을 과세대상에서 제외하여 산정한 세액’보다 18,482,800원이 더 많다.

라. 원고가 이 사건 부과처분에 따라 납부한 종합부동산세 및 농어촌특별세는 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것) 제2조 제1호 (차), (카)목에 따라 국세로서 피고에 귀속되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 포함), 을 제5호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 규정

구 지방세법(2019. 12. 3. 법률 제16663호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서 (나)목 및 제2호 단서는 구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지는 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상으로 보지 않는다고 규정하고 있었다. 즉, 구 지방세법 제106조 제1항 에서는 ‘토지에 대한 재산세 과세대상은 종합합산과세대상, 별도합산과세대상 및 분리과세대상으로 구분한다.’고 정하고 있었고, 같은 항 제1호에서 종합합산과세대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 별도합산과세대상 또는 분리과세대상이 되는 토지를 제외한 토지’로 정하되, 다만 그 단서에서는 ‘이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세가 비과세되거나 면제되는 토지[(가)목]와 이 법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지[(나)목] 중 어느 하나에 해당하는 토지는 종합합산과세대상으로 보지 않는다.’고 정하고 있었으며, 또한 같은 항 제2호에 서 별도합산과세대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지’로 정하되, 다만 그 단서에서는 ‘제1호 (가)목 및 (나)목에 따른 토지는 별도합산과세대상으로 보지 않는다.’고 정하고 있었다. 그리고 같은 항 제3호에서는 분리과세 대상 토지를 ‘과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 토지 중 국가의 보호ㆍ지원이 필요한 토지로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 토지’로 정하고 있었다.

3. 이 사건 부과처분이 민사소송의 대상이 될 수 없다는 주장에 관한 판단

피고는 원고가 이 사건 부과처분에 대하여 국세 불복절차 및 행정소송으로 이를 다투어야 할 뿐, 이 사건과 같이 민사소송으로 그 반환을 구할 수는 없다는 취지로 주장한다. 그러나 뒤에서 보는 바와 같이 이 사건 부과처분이 당연무효에 해당하는 이상, 조세부과처분이 당연무효임을 전제로 하여 이미 납부한 세금의 반환을 청구하는 것은 민사상 부당이득반환청구로서 민사소송절차에 따라야 하므로(대법원 1995. 4. 28. 선고 94다55019 판결 등 참조), 원고로서는 위와 같은 불복절차 및 행정소송과 관계없이 민사소송으로 그 부당이득반환을 구할 수 있다 할 것이다. 피고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

4. 부당이득반환청구권의 성립 여부에 관한 판단

가. 당사자들의 주장

1) 원고

이 사건 경감 부분은 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서에 따라 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외됨이 명백하므로 구 지방세법 제106조 제1항 제3호 의 분리과세대상에 해당하는데, 피고는 이 사건 토지 중에서 이 사건 경감 부분을 과세대상에서 제외하지 않고 종합부동산세를 산정하고, 그 종합부동산세를 과세표준으로 하여 농어촌특별세를 산정하였다.

이와 같은 산정방식에 의하여 이루어진 이 사건 부과처분은 그 하자가 중대하고도 명백하여 당연무효이므로, 이 사건 부과처분에 따라 납부한 이 사건 재산세 등의 귀속주체인 피고는 원고에게, 원고가 이미 납부한 세액에서 관련 법령에 따라 정당하게 산정된 세액을 제외한 나머지 금액 및 이에 대한 국세 환급가산금과 지연손해금을 지급할 의무가 있다.

2) 피고

구 지방세법 제106조 제1항 이 명시적으로 재산세 감면대상 토지를 분리과세대상으로 규정하지 않고 있어 원고의 주장과 달리 해석하는 것도 충분히 가능하고, 해당조항의 해석 여부가 여러 사건에서 문제되고 있어 통일된 해석이 존재한다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 이 사건 토지 전체를 종합합산과세대상 또는 별도합산과세 대상으로 분류하여서 한 이 사건 부과처분의 하자가 중대ㆍ명백하여 당연무효라고 볼 수 없다. 또한 이 사건 토지가 종합합산과세대상 등에 해당하는지 여부는 제주특별자치도의 사실관계 조사 등에 의하여 결정되는 것이고, 종합부동산세는 위 재산세 자료를 근거로 산정하는 것이므로 피고가 종합부동산세를 부과 처분한 것에는 중대ㆍ명백한 하자가 없다.

나. 이 사건 부과처분의 당연무효 여부

1) 관련 법리

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적ㆍ의미ㆍ기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사

실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결 참조). 한편 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 결과, 과세처분 요건이 충족되지 아니한 상태에서 해당 처분을 한 경우에는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있다고 볼 수 없다(대법원 2014. 5. 16. 선고 2011두27094 판결 참조).

2) 구체적 판단

살피건대, 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하면, 이 사건 부과처분에는 중대하고 명백한 하자가 존재하므로 이 사건 각 부과처분은 무효라고 봄이 타당하다.

① 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서는 ‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 종합합산과세대상이나 별도합산과세대상으로 보지 아니한다.‘고 명확히 규정하고 있고, 구 지방세법 제106조 제1항 은 재산세 과세대상인 토지를 종합합산과세대상, 별도합산과세대상, 분리과세대상으로 구분하고 있다. 따라서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’가 분리과세대상에 해당함은 위 규정의 문언상 명백하다.

② 구 지방세법[2005. 1. 5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 지방세법(2005년)’이라 한다] 제234조의15 제2항 단서, 제3항 단서는 제2항 제1호 및 제2호에 열거된 토지의 가액을 종합합산과세표준 또는 별도합산과세표준에 합산하지 아니한다고 규정하고 있기는 하다. 그러나 구 지방세법(2005년) 제234조의15 제2항 단서, 제3항 단서가 ‘과세표준’에 관하여 규정하고 있는 것과 달리, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목, 제2호 단서는 ‘과세대상’에 관한 규정임이 분명하고, 과세요건을 충족시키기 위한 물적 요소인 ‘과세대상’과 ‘과세대상’에 대한 구체적인 세액을 산정하기 위한 기초인 ‘과세표준’은 명백히 구분되므로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목, 제2호 단서를 ‘과세표준’에 관한 규정으로 해석하는 것은 문언의 객관적인 범위를 넘어서는 확장해석으로서 허용되지 않고, 이는 이 사건 부과처분을 할 당시라고 하여 달라지지 않는다.

③ 지방세법은 ‘구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서의 입법취지는 종합토지세를 경감할 때 경감비율만큼 종합토지세 과세표준에서 차감하던 방식을 새로 개편된 재산세와 종합부동산세에도 동일하게 적용하기 위함이었으나, 그 의미가 명확히 표현되지 않았다’는 이유로, 제106조 제1항 제1호 단서 각 목 및 제2호 단서를 삭제하고, 세율 적용에 관하여 규정하고 있는 제113조 제1항 단서로 ‘다만, 이 법 또는 관계 법령에 따라 재산세를 경감할 때에는 다음 각 호의 과세표준에서 경감대상 토지의 과세표준액에 경감비율(비과세 또는 면제의 경우에는 이를 100분의 100으로 본다)을 곱한 금액을 공제하여 세율을 적용한다’는 규정을 추가하는 내용으로 개정되었다(2019. 12. 3. 법률 제16663호). 그러나 입법취지를 고려하여 합목적적으로 법률을 해석하더라도 이는 문언상 가능한 범위 내에서 이루어져야 하므로, 이 사건 부과처분 당시 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 나목 및 제2호 단서가 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하되 그 과세표준만을 경감비율만큼 감축하기 위한 규정으로 해석될 여지가 있었다고 보기 어렵다.

④ 과세관청이 그동안 대부분의 재산세 과세처분에서 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 분리과세대상으로 분류하지 아니하였고, 이 사건 부과처분 당시까지는 구 지방세법 제106조 제1항 의 해석에 관한 법원의 판단을 받은 적이 없더라도, 이는 과세관청이 법령 규정의 문언상 과세처분 요건의 의미가 분명함에도 합리적인 근거 없이 그 의미를 잘못 해석한 것에 불과하다. 또한 하자의 명백성은 처분의 하자가 객관적으로 분명한지 여부에 따라 판단하는 것이지 납세자가 처분 당시 하자를 알았는지에 따라 판단하는 것이 아니므로, ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 합산과세대상으로 포함하는 실무례가 정립되어 있었다는 이유만으로, 구 지방세법 제106조 제1항 제1호 단서 및 제2호 단서에 관한 해석에 다툼의 여지가 있었다고 인정할 수도 없다.

⑤ 피고는 이 사건 토지가 종합합산과세대상 등에 해당하는지 여부가 사실관계 조사 등에 의하여 결정되는 것임을 전제로, 이를 토대로 종합부동산세를 산정한 것에는 중대ㆍ명백한 하자가 없다는 취지로 주장하나, 앞서 본 바와 같이 ‘재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’가 분리과세대상에 해당함은 규정의 문언상 명백하고, 사실관계를 정확히 조사하여야만 과세대상이 되는지가 밝혀질 수 있는 경우에 해당하지 아니하는바, 이와 다른 전제로 한 피고의 위 주장은 이유 없다.

⑥ 재산세 부과처분에 있어 과세대상을 잘못 판단한 중대ㆍ명백한 하자가 있어 해당 처분이 당연무효라면, 재산세 부과처분의 기초가 된 과세자료에 근거하여 이루어지는 종합부동산세 부과처분도 당연무효라고 봄이 타당하다. 이와 달리 본다면, 재산세 부과처분이 당연무효인 경우 납세자는 이에 대하여 구제받을 수 있는 반면, 동일한 사실관계와 자료를 기초로 한 종합부동산세 부과처분은 불복기간 도과 등 사유로 다투거나 구제받을 수 없게 되는 불합리한 결과가 초래될 우려가 있다. 이는 잘못된 법령 해석으로 인해 발생한 불이익을 과세관청이 아닌 납세의무자에게 전가시키는 부당한 결과를 가져온다.

⑦ 피고는, 이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 보는 경우에도 구체적인 세액의 계산방식이 다를 수 있으므로 이 사건 종합부동산세 부과처분의 하자가 명백하다고 볼 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 경감 부분은 구 지방세법 제106조 제1항 에 따라 재산세 분리과세대상으로 간주됨으로써 분리과세대상의 예에 따른 과세표준 및 세율을 적용하여야 함에도, 이 사건 경감 부분을 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 보아 재산세 등을 산정한 이 사건 부과처분 중 종합부동산세 부과처분에는 중대하고 명백한 하자가 존재한다고 보아야 한다. 나아가 설령 피고 주장과 같이 구체적인 세액의 계산방식이 다양할 수 있다고 하더라도, 이 사건 경감 부분을 종합합산과세대상 또는 별도합산과세대상으로 보아 재산세 등을 산정한 이 사건 부과처분 중 종합부동산세 부과처분은 그 자체로 무효라고 볼 수밖에 없고, 위와 같은 정당한 세액의 계산방식은 부당이득반환의 범위에 관한 문제일 뿐이다.2) 피고의 이 부분 주장도받아들일 수 없다.

⑧ 구 지방세특례제한법(2023. 3. 14. 법률 제19232호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제180조에서는 동일한 과세대상에 대하여 지방세를 감면할 때 둘 이상의 감면 규정이 적용되는 경우에는 그중 감면율이 높은 것 하나만 적용하도록 하여 중복 감면을 배제하고 있고, 지방세특례제한법 제2조 제1항 제6호 에서는 “지방세 특례”에 재산세 과세대상 구분전환을 포함하고 있다. 그러나 구 지방세법에서는 토지를 재산세 과세대상으로 하고(제105조) 이를 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상으로 구분하여(제106조 제1항) 이에 따른 과세표준과 세율을 결정하도록 하고 있으며 (제110조, 제111조), 지방세 과세대상인 토지는 구 지방세법 제106조 제1항 에 따른 종합합산과세대상․별도합산과세대상․분리과세대상 중 어느 하나에 해당하여야 한다.

‘구 지방세법 또는 다른 법령에 따라 재산세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지’를 종합합산과세대상 및 별도합산과세대상에서 제외하는 구 지방세법 제106조 제1항 제2호 단서, 제1호 단서 (나)목에 따라 이 사건 경감 부분이 분리과세대상이 되는 것은 당초부터 분리과세대상에 해당하는 것일 뿐 과세대상 구분전환에 해당하는 것으로 볼 수 없다. 따라서 이 사건 경감 부분이 과세대상 구분전환에 해당함을 전제로 구 지방세특례제한법 제180조 에서 배제하고 있는 지방세 감면의 중복 적용에 해당한다는 취지의 피고 주장 역시 받아들일 수 없다.

⑨ 지방세기본법 제20조 제3항 에서는 ‘이 법 및 지방세관계법의 해석 또는 지방세 행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 따른 행위나 계산은 정당한 것으로 보며 새로운 해석 또는 관행에 따라 소급하여 과세되지 않는다.’, 국세기본법 제18조 제3항 에서는 ‘세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 않는다.’고 정하고 있다. 그런데 조세법률관계에서 신의성실의 원칙이나 신뢰보호의 원칙또는 비과세 관행 존중의 원칙은 합법성의 원칙을 희생하여서라도 ‘납세자의 신뢰’를 보호함이 정의에 부합하는 것으로 인정되는 특별한 사정이 있을 경우에 한하여 적용되는 예외적인 법 원칙이다. 그런데 이 사건 부과처분 중 종합부동산세 부과처분은 앞서 본 분명한 법률문언에 반하여 ‘납세자에게 불리하게’ 조세부과처분이 이루어진 경우여서 위와 같은 신뢰보호원칙 등이 적용될 만한 특별한 사정이 존재한다고 보이지 않는

다. 위와 같은 사정들을 종합하면 이 사건 경감 부분을 종합합산과세대상 내지 별도합산과세대상으로 분류하여 내려진, 이 사건 토지에 관한 재산세 및 종합부동산세부과처분 내지 신고는 그 위법이 중대ㆍ명백하다. 또한 농어촌특별세는 종합부동산세를 과세표준으로 하여 산출되므로, 위와 같이 종합부동산세 부과처분에 관한 위법이 중대ㆍ명백한 이상, 농어촌특별세 부과처분에 관한 위법도 중대ㆍ명백하다.

5. 부당이득 액수

‘원고가 납부한 세액’에서 ‘이 사건 경감 부분을 분리과세대상으로 보고 산정한 이 사건 토지의 2019년 귀속 종합부동산세 및 농어촌특별세의 정당한 세액’을 공제한 과오납액이 000000원이라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

따라서 피고는 위와 같은 범위 내에서 원고가 구하는 바에 따라 원고에게 18,482,392원 및 이에 대하여 2019. 12. 17.5)부터 2025. 2. 27.자 청구취지 변경신청서 송달일인 2025. 2. 27.까지는 연 1.2%의 비율로 계산한 환급가산금을(기간에 따라 환급가산금 이율이 증가한 구간도 있지만 원고가 구하는 바에 따라 연 1.2% 비율의 환급가산금을 인정한다), 그다음 날부터 다 갚는 날까지는 소송촉진 등에 관한 특례법이 정한 연 12%의 각 비율로 계산한 지연손해금을 지급할 의무가 있다(원고의 청구가 일부 기각되기는 하나 기각된 부분이 근소하므로 피고가 이행의무의 존부나 범위에 관하여 항쟁함이 타당하다고 인정되지 않는다).

6. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있으므로 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.