부과 제척기간 만료 3개월 이내인 경우 과세전적부심사를 제외하고 양도소득세를 처분한 것이 절차적 하자에 해당한다고 할 수 없음

과세전적부심사 제도는 조세 부과의 제척기간이 임박한 경우 등에는 생략할 수 있어 과세처분의 필수적 전제가 되는 것은 아니며, 부과제척기간 제도의 취지나 특성상 단지 부과권 행사가 제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 이루어졌다는 사정만으로 이를 두고 위법하다고 할 수 없음

사 건

2025누7665 양도소득세부과처분취소

원 고

박AA

피 고

BB세무서장

변 론 종 결

2025. 11. 12.

판 결 선 고

2015. 12. 10.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

피고가 2024. 4. 10. 원고에게 한 2018년 귀속 양도소득세 134,000,000원(가산세 47,000,000원 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 정당한 제1심 판결 인용과 추가 등

원고 항소이유는 제1심에서 한 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료를 원고 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단(이 사건 처분에 원고의 과세전적부심사청구권을 침해한 절차적 위법이 있다고 보기 어렵고, 이 사건 수목 가액이 이 사건 양도의 양도가액에 포함된다고 본 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없다는 판단)은 정당한 것으로 인정된다.

이에 항소심인 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는, 원고가 이 법원에서 강조하거나 추가하는 주장 등에 관하여 제1심 판결 이유 중 해당 부분을 아래 제2항 기재와 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하고, 아래 제3항 기재 판단을 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어, 별지를 포함하여 이를 인용한다[다만, 제1심 약어인 이 사건 법인은 HH농업회사법인으로 고친다].

2. 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심 판결문 제5면 제20행(비어있는 행을 포함하여 계산한다, 이하 같다)과 제21행 사이에 다음 법리를 추가한다.

『다) 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다. 따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 등 참조).』

○ 제1심 판결문 제6면 제1행부터 제7면 제18행까지 부분 “앞서 든 증거들과 … 볼 수 없다” 을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『앞서 든 증거들과 을 제3호증의 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 따라 판단하면, 피고가 정당한 사유 없이 과세권 행사를 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 하였다고 볼 수 없고, 이 사건 처분에 원고의 과세전적부심사청구권을 침해한 절차상 위법이 있다고 보기 어려우므로, 원고의 주위적 주장은 받아들이지 아니한다.

가) 원고가 이 사건 각 토지 및 수목을 양도한 시점은 2018. 12. 4.경으로, 그에 대한 양도소득세 부과제척기간 만료일은 2024. 5. 31.이다[구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제110조 제1항, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 본문]. 이 사건 처분일인 2024. 4. 10.부터 그 부과제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하임이 역수상 명백하므로, 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유가 인정된다.

나) 이 사건 수목에 관하여 입목에 관한 법률에 따른 입목등기가 이루어지지 않았으므로, 피고가 관계 법령에 따라 등기소 등으로부터 과세 자료를 통보받았다고 하더라도 피고로서는 이 사건 수목의 양도사실을 파악할 수 없었을 것으로 보인다. 또한, 원고가 2019. 1. 8. 이 사건 양도에 관한 양도소득세 신고 당시 이 사건 임목 매매계약서를 제출하지 않았으므로(원고 스스로도 이 사건 양도소득세 신고 당시 이 사건 수목 매매계약서를 제출하지 않았다고 주장하고 있다(2025. 4. 10. 제출 원고 준비서면 제8면 참조)), 피고로서는 이 사건 양도의 양도가액에서 이 사건 수목가액을 제외한 원고의 양도소득세 신고가 과소 신고임을 인지하기 어려웠을 것으로 판단된다.

다) HH농업회사법인의 법인세 관할 과세관청인 CC세무서장은 2024. 2. 23. 피고에게 이 사건 임목 매매계약에 관련된 자료를 통보하였다. 피고는 위와 같이 통보받은 지 약 2주일 만인 2024. 3. 9. 원고에게 과세예고통지를 하였다. 따라서 피고가 과세행정을 장기간 해태하였다거나 과세자료를 방치하는 등 비정상적인 사정으로 인하여 원고의 과세전적부심사가 배제되었다고 보기 어렵다.

라) 헌법 제12조의 적법절차원칙이 구체적으로 어떠한 절차를 어느 정도로 요구하는지는 규율되는 사항의 성질, 관련 당사자의 권리와 이익, 절차 이행으로 제고될 가치, 국가작용의 효율성, 절차에 소요되는 비용, 불복의 기회 등 다양한 요소를 비교하여 개별적으로 판단할 수밖에 없다(헌법재판소 2015. 9. 24. 선고 2012헌바302 결정 등 참조). 부과제척기간이 얼마 남지 않은 상태에서 과세전적부심사 절차를 거치도록 하는 경우 부과제척기간의 도과로 정당한 세금을 징수하지 못하게 될 위험이 발생하고, 납세의무자가 부과제척기간을 도과시키기 위한 목적으로 이를 남용할 가능성도 배제할 수 없다. 또한 납세의무자로서는 과세전적부심사 절차를 거치지 않더라도 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 등을 통하여 과세처분에 대하여 다툴 수 있는 절차적 기회가 보장되어 있다. 실제로 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 6. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였다.

마) 원고는, 피고가 이 사건 처분에 앞서 ‘양도소득세 사무처리규정’에 따른 ‘양도소득세 해명자료 제출 안내’ 등의 절차를 거치지 않았으므로 이 사건 처분에 절차상 위법이 있다거나 피고가 과세행정을 해태한 것이라는 취지로 주장한다. ‘양도소득세 사무처리규정’이 국세청 훈령으로서 행정기관 내부 구성원이 지켜야 할 사무처리준칙에 해당하기는 하나, 국민이나 법원을 구속하는 법규명령이 아니므로 그 위반만으로 이 사건 처분이 위법하다고 볼 수 없다.　나아가 위 제16조(확인대상자 선정)는 ‘국세청장 또는 지방국세청장이 세원정보 또는 과세자료의 제출 및 관리에 관한 법률에 따라 제출된 자료, 외부기관으로부터 수집한 자료 등을 활용하여 확인대상자를 선정한 후 지방국세청장 또는 세무서장에게 신고내용 및 대상자를 시달할 수 있고, 확인담당자는 확인대상자의 신고내용 확인 업무를 실시하여야 한다’고 규정하고, 제18조(해명안내등) 제1항은 ‘확인 담당자는 납세자의 해명이 필요한 경우 ‘양도소득세 해명자료 제출 안내(별지 제1호의3 서식)’로 서면 요구하여야 한다.’고 규정하고 있으므로, 위 규정에 따르더라도 피고 소속 세무공무원이 반드시 모든 납세자에게 양도소득세 해명자료 제출 안내 등을 하여야 하는 것은 아니다.』

○ 제1심 판결문 제9면 제5행부터 제10면 제6행까지 부분 “앞서 든 증거들에 … 아니한다” 을 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『갑 제2, 3호증의 각 기재에 의하면, 이 사건 임목 매매계약서가 이 사건 부동산 매매계약서와 별도로 작성된 사실을 인정할 수 있다. 그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 원고가 이 사건 각 토지에서 임업을 영위하기 위하여 사업자등록을 한 사실이 없고, 그 임업과 관련하여 소득을 신고한 사실도 없으며, 이 사건 수목에 관하여 입목에 관한 법률에 따른 등기를 하거나 명인방법을 갖춘 사실도 없는 점, ② 원고가 이 사건 각 토지를 소유하면서 ‘세운녹화회’ 등을 통하여 수익을 목적으로 한 사업 활동으로 평가할 수 있을 정도로 육림 활동을 계속적, 반복적으로 하였다고 볼 만한 수목의 구입, 식재, 관리에 들인 비용에 관한 자료나 수목 매도 실적에 관한 자료를 찾을 수 없는 점, ③ 이 사건 임목 매매계약서에는 매매의 목적물로 ‘이 사건 각 토지에 설치한 시설물(임목 일체) 등’이라고만 기재되어 있을 뿐, 수목의 종류, 나이, 수량 및 개별적인 가격이 기재되어 있지 않은 점, ④ 원고 또한 전체 계약금액만으로 보고 이 사건 각 매매계약서에 서명하였다는 취지로 주장하고 있는 점2), ⑤ 원고 주장에 의하더라도 이 사건 각 매매계약 체결 과정에서 원고와 HH농업회사법인 사이에 이 사건 각 토지의 매매대금 액수와 이 사건 수목의 매매대금 액수에 관한 개별적인 협의가 존재하지 않았고, 다만 HH농업회사법인의 요구에 따라 계약서만 별도로 작성한 것인 점, ⑥ 원고와 HH농업회사법인이 이 사건 수목의 종류, 나이, 수량을 확인하거나 이 사건 수목의 객관적인 가치를 평가하는 절차를 거쳤다고 볼 만한 자료도 발견되지 않는 점, ⑦ HH농업회사법인은 이 사건 각 토지에 관하여 위 법인 앞으로 소유권

이전등기를 마치고 곧바로 제3자에게 이 사건 각 토지를 매도하는 매매계약을 체결하였으므로 HH농업회사법인이 이 사건 수목을 재배하기 위하여 이 사건 수목과 이 사건 각 토지를 구분하여 매입하였다고 보기 어려운 점 등을 위 법리에 따라 판단하면, 이 사건 수목 가액이 원고의 사업 소득이라거나 이 사건 수목이 이 사건 각 토지와는 별도의 거래 대상이 되었다고 평가할 수 없다. 따라서 이 사건 수목 가액 259,000,000원을 포함한 410,000,000원을 이 사건 양도의 양도가액으로 본 이 사건 처분이 위법하다고 할 수 없으므로, 원고의 예비적 주장도 받아들이지 아니한다.』

3. 추가 판단

가. 원고 항소심 주장 요지

피고가 선량한 관리자로서 주의의무를 다하지 아니하여 2018년 귀속 양도소득세의 조기경정 또는 수정신고가 이루어지지 못하였다. 따라서 원고와는 무관한 사유로 이 사건 처분이 장기간 지연된 것이므로, 이 사건 처분 중 납부불성실가산세 부과처분은 부당하다.

나. 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다(대법원 2002. 8. 23. 선고 2002두66 판결, 대법원 2016. 10. 27. 선고 2016두44711 판결 등 참조).

2) 이 사건 처분이 원고의 양도소득세 신고일인 2019. 1. 8.로부터 상당 기간이 지난 2024. 4. 10.에 이루어진 사실은 인정된다. 그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들, 즉 ① 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고･납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의･과실은 고려되지 않으므로 법령의 부지 또는 오인은 그 정당한 사유에 해당한다고 볼 수 없는 점[대법원 2010. 1. 28. 선고 2008두8505, 2008두8512(병합) 판결 등 참조], ② 납부불성실가산세는 납세의무자로 하여금 성실하게 납부하도록 유도하고 그 납부의무의 이행을 확보함과 아울러 신고납부기한까지 미납부한 금액에 대하여는 금융혜택을 받은 것으로 보아 그 납부의무 위반에 대하여 가하는 행정상 제재인 점(대법원 1998. 11. 27. 선고 96누16308 판결 등 참조), ③ 이 사건 수목 가액이 이 사건 양도의 양도가액에 포함되는지 여부에 관하여 관계 법령의 해석을 두고 치열한 견해의 대립이 존재한다고 보기 어려운 점, ④ 원고 또한 이 사건 각 매매계약서상 대금의 총액(이 사건 각 토지 매매대금과 이 사건 수목 가액 합계액)을 이 사건 양도의 양도가액으로 인식하고 있었던 점5) 등을 종합하면, 원고가 당초 양도소득세를 과소신고·납부한 것은 조세법령의 부지 또는 착오에서 비롯되었다고 봄이 타당하고, 피고가 이 사건 처분을 하면서 납부불성실가산세를 부과한 것이 위법하다고 볼 수 없다.

따라서 원고의 위 주장도 역시 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 하고, 제1심 판결은 이와 결론이 같아 정당하다. 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.