사업인정고시가 없는 경우에도 조특법상 감면요건을 충족하는지 여부

이 사건 협의수용에 대한 사업인정 및 사업인정고시가 없다고 하더라도 입법취지상 조특법상 감면요건을 충족한 것으로 보아야 함

사 건

2025누4120 양도소득세부과처분취소

원 고

OOO

피 고

●●세무서장

변 론 종 결

2025. 11. 28.

판 결 선 고

2026. 02. 06.

주 문

1. 제1심판결을 취소한다.

2. 피고가 202X. X. X. 원고에 대하여 한 202X년 귀속 양도소득세에 대한 경정거부처분을 취소한다.

3. 소송 총비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지 및 항 소 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 200X. X. X P1 0 전 000㎡, 같은 리 0 전 000㎡에 관하여, 199X. X. XX. 같은 리 산0 임야 000㎡, 같은 리 산 임야 000㎡(이하 합하여 ‘이 사건 각 토지’라 한다)에 관하여 원고 명의로 각 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 국방시설본부장은 202X. X. X. 국방ㆍ군사시설부지 매입사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)의 사업시행자로서 이 사건 사업에 편입된 이 사건 각 토지 등 14필지 000㎡에 대하여 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률(이하 ‘토지보상법’이라 한다) 제15조에 따른 ‘국방ㆍ군사시설부지 매입사업 보상계획’을 공고하였다[국방시설본부(000시설단) 공고 제202X-XX호].

다. 원고는 202X. X. X. 대한민국과 이 사건 각 토지에 관하여 토지보상법 제17조에 따른 매매대금 및 보상금 합계 000원의 손실보상협의계약을 체결하고, 202X.X. X. 이 사건 각 토지에 관하여 202X. X. X.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 대한민국 앞으로 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

라. 원고는 202X. 7.경 이 사건 각 토지를 비사업용 토지로 보아 이 사건 양도에 대하여 10%의 추가 세율을 적용하고 구 조세특례제한법(2023. 12. 31. 법률 제19936호로 개정되기 전의 것, 달리 개정 연혁을 표시하지 않는 한 이하 같다) 제77조 제1항의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면규정을 적용(감면세액 000원)하여 202X년 귀속 양도소득세 000원을 신고ㆍ납부하였다.

마. 원고는 202X. X. X. 피고에게 이 사건 각 토지가 사업용 토지이므로 이 사건 양도에 대하여 10%의 추가 세율이 적용되지 않는다며 000원의 환급을 구하는 경정청구를 하였다. 피고는 202X. X. X. 원고에게 이 사건 각 토지가 사업용 토지에 해당하나, 이 사건 각 토지에 대한 사업인정고시가 없어 구 조세특례제한법 제77조 제1항의 공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세 감면규정을 적용할 수 없다는 이유로 경정청구한 양도소득세 세액 중 000원만 환급하는 결정을 하였다(이하 환급되지 않고 남은 부분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 202X. X. X. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 조세심판원은 202X. X. X. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 내렸다.

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장 요지

1) 원고

이 사건 각 토지는 토지보상법에 따라 수용된 것으로 볼 수 있고, 이 사건 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 구 조세특례제한법 제77조 제1항 제1호(‘토지보상 법이 적용되는 공익사업에 필요한 토지 등을 그 공익사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득’) 또는 같은 항 제3호(‘토지보상법이나 그 밖의 법률에 따른 토지 등의 수용으로 인하여 발생하는 소득’)(위 두 규정을 아울러 이하 ‘이 사건 감면규정’이라 한다)가 적용될 수 있다. 또한 이 사건 사업지역에 관하여 사업인정 및 사업인정고시가 있었거나 법률상 의제되었다고 보아야 한다. 설령 사업인정고시가 없었더라도 구 조세특례제한법 제77조 제1항의 취지에 비추어, 이 사건 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여 이 사건 감면규정이 적용될 수 있다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고

이 사건 감면규정을 적용하기 위해서는 이 사건 사업에 관한 사업인정고시가 있어야 한다. 그런데 대한민국은 원고로부터 이 사건 각 토지를 협의취득하였고, 이 사건 사업에 관하여 사업인정이나 사업인정고시, 또는 이를 법률상 의제하는 절차(이를 통칭 하여 ‘사업인정고시 등’이라 한다)가 이루어진 사실이 없으므로, 이 사건 감면규정을 적용하지 아니한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 이 사건 양도를 토지보상법에 따른 수용으로 볼 수 있는지 여부 및 이 사건 사업에 관하여 사업인정고시 등이 있었는지 여부

살피건대 위 인정사실에다가 앞서 든 증거들, 이 법원의 00시설단에 대한 사실조회결과 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 원고의 주장 사정이나 제출된 증거들만으로는 이 사건 양도를 토지보상법에 따른 수용으로 볼 수 있다거나 이 사건 사업에 관하여 사업인정고시 등이 이루어졌다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 이와 다른 원고의 주장은 이유 없다. 나아가 이 사건 양도를 토지보상법에 따른 수용으로 볼 수 없는 이상, 이 사건 감면규정 중 제3호 소정의 요건을 충족하지 못하므로 이 사건 양도로 인하여 발생한 소득에 대하여 이 사건 감면규정 중 제3호가 적용된다는 취지의 원고 주장은 더 살펴 볼 필요 없이 이유 없다.

1) 원고는, 000 시설단이 202X. X. X. 원고에게 수용사실확인서를 작성하여준 점을 들어 이 사건 각 토지가 토지보상법에 따라 수용되었다고 볼 수 있고, 토지보상법 제2조 제7호는 ‘사업인정이란 공익사업을 토지 등을 수용하거나 사용할 사업으로 결정하는 것을 말한다’고 정하고 있으므로, 수용에 수반되는 사업인정 또한 성립하였다는 취지로 주장한다.

그러나 ① 협의취득에 관한 규정인 토지보상법 제14조 제1항 본문에서 ‘사업시행자는 공익사업의 수행을 위하여 제20조에 따른 사업인정 전에 협의에 의한 토지등의 취득 또는 사용이 필요한 때’라고 기재된 점에 비추어, 토지보상법 제14조 이하 협의취득 절차가 진행되어 완료된 경우에는 같은 법 제20조에 따른 사업인정을 필요로 하지 않는다. ② 사업인정이란 공익사업을 토지 등을 수용 또는 사용할 사업으로 결정하는 것으로서 공익사업의 시행자에게 그 후 일정한 절차를 거칠 것을 조건으로 일정한 내용의 수용권을 설정하여 주는 형성행위로서(대법원 2019. 2. 28. 선고 2017두71031 판결 참조), 그 효과 측면에서 협의취득과 차이점이 존재한다. 즉, 사업인정을 통해 수용할 목적물의 범위가 확정되고 수용권자로 하여금 목적물에 관한 현재 및 장래의 권리자에 대항할 수 있는 공법상의 권리로서의 효력을 발생시키는바, 이는 토지보상법 제14조 제1항의 단서에 해당하거나 협의매수 제한 또는 보상금 저렴 등의 사유로 협의가 불성립하였을 때 이루어지는 절차이다[‘국방·군사시설 부지 매입사업 보상 안내문’에서도 협의 불성립 시 수용재결 절차가 이루어질 예정임을 안내하고 있다]. ③ 대한민국은 원고로부터 이 사건 각 토지를 협의취득하였음을 전제로 이 사건 각 토지에 관하여 토지보상법 제17조에 따라 원고와 손실보상협의계약을 체결하였을 뿐 이 사건 사업에 관하여 국토교통부장관으로부터 사업인정을 받은 바 없고, 원고 또한 공공용지의 협의취득을 원인으로 하는 소유권이전등기를 대한민국 앞으로 마쳐주었다. ④ 00시설단이 원고에게 ‘토지 등 수용사실 확인서’(갑 제X호증)를 작성하여 준 것은 손실보상금 취득과 관련하여 원고의 양도소득세 신고를 위해 필요한 서류를 제공한 것일 뿐, 위 문서명의 기재만으로는 해당 기관이 이 사건 각 토지에 관하여 수용이 이루어졌음을 확인한 것이라고 볼 수 없다. 이와 같은 사정들을 종합하여 보면 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 한편 이 사건 사업에 관하여 사업인정고시 등이 있는지에 대하여 본다.

가) 우선 사업인정(토지보상법 제20조 제1항)과 이에 따른 사업인정고시(같은 법 제22조 제1항)가 이루어졌다고 인정할 만한 증거가 없다.

나) 국방ㆍ군사시설 사업에 관한 법률(이하 ‘국방시설사업법’이라 한다) 제5조 제3항은 ‘국방시설사업법에 따른 사업계획 승인은 토지보상법 제20조 제1항에 따른 사업인정으로 보고, 국방시설사업법에 따른 사업계획 승인의 고시 및 통보는 토지보상법 제22조 제1항 및 제2항에 따른 고시 및 통지로 본다.’라고 규정하고 있으나, 이 사건 사업에 관하여 국방시설사업법 제4조 제1항에 따른 사업계획의 승인과 같은 조 제4항에 따른 사업계획승인고시가 이루어졌다고 인정할 증거가 부족하다. 원고가 제출한 국방시설본부장의 2022. 3. 2.자 ‘국방ㆍ군사시설부지 매입사업 보상계획’(갑 제5호증)은 토지보상법 제15조에 따른 것이고, 국방부장관의 2022. 4. 28.자 ‘2022년도 국유재산 관리처분 집행계획 승인 통보(2차)’(갑 제6호증)는 국유재산법 제9조 등에 근거한 것에 불과하다.

다) 이 법원의 00시설단에 대한 사실조회 결과 또한 ‘(이 사건 각 부동산에 대해서는) 협의취득으로 종결되어 별도의 사업인정고시가 이루어진 사실이 없고, 다른 소유자 또한 마찬가지이다. 관리처분 집행계획도 국방부장관의 승인 절차이나, 국방시설사업법 제4조에 따른 사업계획 승인과는 별도의 절차이다.’는 취지이다.

다. 사업인정고시 등이 없더라도 이 사건 감면규정을 적용할 수 있는지 여부

1) 관련 규정의 연혁

가) 구 토지수용법(토지보상법 제정으로 폐지된 법률)은 공익사업에 필요한 토지의 수용 내지 사용에 관한 사항을 정하였던 것에 반하여, 구 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법은 공공사업에 필요한 토지 등의 협의에 의한 취득 또는 사용과 이에 따르는 손실보상에 관한 기준과 방법을 정하였다. 이후 구 토지수용법 및 구 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 각 폐지되고 이를 통합한 토지보상법이 2002. 2. 4. 법률 제6656호로 제정되어 2003. 1. 1.부터 시행되었다.

나) 위 구법들을 통합하여 제정된 토지보상법은 제1조에서 ‘이 법은 공익사업에 필요한 토지 등을 협의 또는 수용에 의하여 취득하거나 사용함에 따른 손실의 보상에 관한 사항을 규정함으로써 공익사업의 효율적인 수행을 통하여 공공복리의 증진과 재산권의 적정한 보호를 도모하는 것을 목적으로 한다.’고 정하고 있고, 구 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 법률상의 협의취득 규정을 토지보상법 내에 반영하여 제14내지 17조가 신설되었다.

다) 한편 위 가)항 기재와 같이 토지보상법이 제정될 무렵 이 사건 감면규정의 전후 개정 연혁을 보면, 아래 표 기재와 같다.

2) 관련 법리

가) 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장ㆍ축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

나) 법해석의 목표는 어디까지나 법적 안정성을 저해하지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 데 두어야 한다. 그리고 그 과정에서 가능한 한 법률에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하는 것을 원칙으로 하고, 나아가 법률의 입법 취지와 목적, 그 제ㆍ개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 법해석의 요청에 부응하는 타당한 해석이 되도록 하여야 한다(대법원 2013. 1. 17. 선고 2011다83431 전원합의체 판결, 대법원 2022. 10. 27. 선고 2022두44354 판결 등 참조).

다) 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법에 기한 협의취득은 비록 법형식에 있어서는 사법상 매매계약의 형태를 취하고 있으나 같은 특례법에 규정된 '공공사업'과 토지수용법에 규정된 '공익사업'은 그 내용과 범위가 동일하여 같은 특례법에 의하여 협의취득될 수 있는 재산권은 바로 토지수용법에 의하여 수용될 수 있고 양 법률에 있어서의 손실보상에 관한 전체적인 원리와 기본정신이 동일한 기조 위에 서 있으며, 같은 특례법상의 협의취득의 과정에는 여러 가지 공법적 규제가 있는 점 등을 고려하면, 같은 특례법의 배후에는 토지수용법에 기한 강제취득 방법이 사실상의 후속 조치로 남아 있어 토지 등의 소유자로서는 협의에 불응하면 바로 수용을 당하게 된다는 심리적 강박감으로 인하여 실제로는 그 의사에 반하여 협의에 응하는 경우가 많기때문에, 같은 특례법은 실질적으로는 토지수용법과 비슷한 공법적 기능을 수행하고 있다 할 것이다(헌법재판소 1994. 2. 24. 선고 92헌가15 내지 17, 20 내지 24 전원재판부 결정 참조).

3) 구체적 판단

살피건대 앞서 든 증거들, 제1심 법원 및 이 법원의 00시설단에 대한 각 사실조회회신결과, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들에다가 관계 법령의 문언과 그 취지, 앞서 본 개정연혁을 종합하여 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 양도와 같이 공익사업용 토지에 관한 협의취득의 경우에는 별도의 사업인정고시 등이 없다고 하더라도 이 사건 감면규정 중 제1호가 적용될 수 있고, 앞서 본 바와 같이 원고가 이 사건 각 토지를 늦어도 200X. X. X.부터 소유하고 있었던 이상 원고가 이 사건 각 토지를 이 사건 양도일인 202X. X. X 이전에 2년 이상 보유하였으므로, 원고에 대하여 이 사건 감면규정 중 제1호가 적용된다고 봄이 타당하다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있고, 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

가) 토지보상법이 제정되기 전의 법률인 구 조세특례제한법(2001. 12. 29. 법률 제6538호로 일부개정된 것) 제77조 제1항 제1호는 ‘공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지 등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득’을 감면대상으로 정하고 있는바 구 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 법률에 따른 협의취득으로 발생한 양도소득 또한 감면대상으로 정하고 있음이 분명한 데, 위 법에 따른 협의취득이 이루어진다고 하여 관련 사업지역에 관하여 구 토지수용법과 같이 사업인정에 따른 고시 절차가 반드시 진행되는 것은 아니었다. 그럼에도 위 제1항 각 호 외 부분에서는 ‘당해 토지 등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지 등을 2003년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득(괄호 내용 생략)에 대하여는 양도소득세의 100 분의 10에 상당하는 세액을 감면한다.’라는 취지로 규정하고 있었다. 이와 같은 문언 및 체계를 종합하여 보면, 위 제1항 각 호 외 부분에서 ‘(사업인정고시일 전에 양도하는 경우 에는 양도일)’라고 기재한 부분은 (양도일 이후에라도) 사업인정고시가 이루어질 것을 반드시 요구하는 것은 아니라고 해석함이 합리적이다. 즉 ‘(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는 양도일)’은 ‘양도일 이전에 사업인정고시가 없는 상황’으로 해석할 수 있고, 다만 그 경우 토지 보유기간(2년)의 기준일을 양도일로 정한다는 의미라고 할 것이다.

나) 한편 앞서 본 [표] 기재와 같이, 조세특례제한법 제77조 제1항이 2002. 12. 11. 법률 제6762호로 일부개정되었으나 이는 구 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 법률 및 구 토지수용법이 각 폐지되고 토지보상법으로 통합·제정됨에 따라 이에 맞추어 문언을 개정할 것일 뿐, 당시 개정이유를 살펴보더라도 이전과 달리 공익사업용 토지에 관하여 공익사업시행자의 협의매수에 응한 토지소유자를 조세특례제한법 제77조 제1항상의 감면대상에서 제외하겠다는 입법자의 뚜렷한 의사를 추단할 수 없다.

다) 구 조세특례제한법 제77조 제1항의 취지는 공익사업의 시행자가 공익사업용지 등을 확보하는 데 있어서의 어려움을 덜어주고 토지 등의 이용을 효율화하기 위하여 당해 토지 등을 공익사업 용지 등으로 양도한 자에 대하여 양도소득세를 감면해 주는 데 있다. 즉 위 규정의 취지는 공익사업용 토지 양도에 대하여 세금을 감면하여 줌으로써 공익사업 수행이라는 공법적 기능의 실현에 기여하고자 하는 것인바, 토지양도에 이르게 된 절차상의 차이는 위 규정의 적용 여부에 결정적인 요소라고 볼 수 없다. 앞서 본 관련 법리(헌법재판소 92헌가15 등 결정)에 비추어, 공익사업용 토지에 관하여 토지보상법에 따른 협의취득이 이루어진 경우와 같은 법에 따른 수용이 이루어진 경우는 공법적 기능 측면에서 실질적인 차이가 없다. 이 사건 양도와 같은 협의취득에 대해서도 위 규정에 따라 양도소득세를 감면해주는 것은 토지소유자로 하여금 협의매수에 적극 응하게 할 유인을 가지게 함으로써 공익사업이 원활하게 진행하는 데 기여하므로 앞서 본 취지에 부합한다. 만약 피고의 주장과 같이 사업인정고시가 있어야만 이 사건 감면규정이 적용될 수 있는 것이라면 공익사업에 적극 협조하여 별도의 사업인정고시 등이 이루어지지 않았더라도 협의매수에 응하여 토지를 양도한 자가, 협의에 불응하다가 사업인정에 대한 고시가 이루어진 후 결과적으로 토지를 수용된 자보다 감면을 받지 못하게 되어 조세형평주의 및 조세정의에 반하는 결과가 발생한다.

라) 실무적으로도 ‘사업인정 전에 협의에 의한 토지 등 취득’에 해당하는 토지의 경우 양도일을 사업인정고시일로 보아 이 사건 감면규정을 적용받아 양도소득세를 감면하는 것으로 처리하였던 것으로 보인다(제1심 법원 및 이 법원의 00시설단에 대한 각 사실조회회신결과 참조).

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 달리하여 부당하므로 원고의 항소를 받아들여 제1심판결을 취소하고 이 사건 처분을 취소하기로 한다.