이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하며 원고 법인은 선의의 거래당사자로 볼 수 없음

이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하며, 업무담당 직원이 법인장에게 이 사건 이메일을 보낸 이후에 발급한 부분에 대해서는 사실과 다른 세금계산서임을 잘 알고 있었다고 볼 수 있으므로 원고 법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 없음 또한, 부정과소가산세 부과처분은 정당함

사 건

2024구합67597 부가가치세부과처분취소

원 고

주식회사 AA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2025. 6. 11.

판 결 선 고

2025. 8. 13.

주 문

1. 피고가 2022. ×. ×. 원고에 대하여 한 2015년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) ×××원의 부과처분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 80%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. ×. ×. 원고에 대하여 한 2015년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) ×××원의 부과처분, 2016년 제1기분 부가가치세(가산세 포함) ×××원의 부과처분 및 2016년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) ×××원의 부과처분을 각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 화물운송 및 알선사업 등을 목적으로 설립된 법인으로, 택배회사로부터 택배터미널의 위탁운영에 관한 도급을 받아 물류 상하차, 분류작업 등 물류센터 운영 업무를 수행하였다.

나. 원고는 2014. ×. ×.경 BB주식회사와 사이에 세종에 위치한 QQ터미널에 관한 도급계약(계약기간 : 2014. 1. 1.부터 2014. 12. 31.까지)을 체결하였고, 2015. 7. 1.경 CC로지스틱스 주식회사와 사이에 대전에 위치한 SS터미널에 관한 도급계약(계약기간 : 2년)을 체결하였다. 원고는 위 각 도급계약을 이행함에 있어서 택배 상하차 등 현장 업무수행에 필요한 인력은 원고가 직접 고용하지 않고 인력관리 용역업체에 하도급을 주어 현장에서 일용직 근로자들을 사용하였다.

다. 원고의 2014년 제2기 과세기간에 대한 범칙조사 결과, 원고가 QQ터미널 운영 당시 실제로는 DDD 등으로부터 용역을 공급받았음에도 불구하고 다른 거래처들로부터 사실과 다른 세금계산서를 수취하였다는 점이 밝혀지자, 피고는 원고에 대하여 2014년 제2기분 부가가치세 ×××원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 ‘이 사건 선행처분’이라 한다).

라. 이후 이 사건 선행처분의 취소를 구하는 행정소송 및 원고 등의 조세범처벌법위반에 관한 형사사건이 진행되었다.

형사사건의 제1심 법원은 ‘DDD은 원고의 QQ터미널 현장에 인력을 공급하면서도, 택배 하차작업을 하는 일용근로자로부터 사업자 명의를 대여받아 속칭 ‘폭탄업체’를 설립하여 ‘폭탄업체’ 명의로 허위 세금계산서를 발급하는 등 거래를 가장하고, ‘폭탄업체’ 계좌로 입금된 공급가액 10% 상당의 부가가치세를 현금으로 인출하며, ‘폭탄업체’를 6개월간 한시적으로 운영하다가 순차 폐업시키는 방법으로 부가가치세를 탈루하였다‘고 판단하고, QQ터미널의 운영책임자였던 원고 직원 EEE의 ’DDD을 통해 원고가 허위세금계산서를 발급받고, 허위 내용의 매입처별세금계산서합계표를 작성하여 제출하였다‘는 범죄사실에 대하여 유죄를 선고하였다. 반면 원고에 대하여는 ’판시 범죄사실은 EEE의 비정상적인 일탈행위로 봄이 타당하고, 검사가 제출한 증거들 만으로는 원고가 EEE의 그러한 일탈행위를 방지하기 위해 그 업무에 관하여 상당한 주의와 감독을 게을리한 사실을 인정하기 부족하다‘고 하여 무죄를 선고하였다(대전지방법원 2020. ×. ×. 선고 2019고단××× 판결). 위 제1심 판결 중 원고에 대한 부분은 항소가 기각됨으로써 확정되었다(대전지방법원 2022. ×. ×. 선고 2020노××× 판결, 이하 통틀어 ’관련 형사사건‘이라 한다).

이후 이 사건 선행처분에 관한 행정소송에서는, 관련 형사사건의 판결 내용을 고려하여 피고가 이 사건 선행처분을 직권취소하고 원고가 소를 취하하기로 하는 내용의 조정이 이루어짐에 따라, 피고가 이 사건 선행처분을 취소하고, 원고가 해당 소를 취하하였다(서울행정법원 2020구합×××호, 이하 ’관련 행정사건‘이라 한다).

마. 한편 피고는 2020. ×. ×.부터 2022. ×. ×.까지 사이에 원고의 2015년 제2기, 2016년 제1, 2기 과세기간에 대한 부가가치세 조사를 실시한 결과, 원고가 SS터미널 운영 당시 실제로는 DDD 등으로부터 용역을 공급받았음에도 불구하고 별지 1 목록기재 거래처들(이하 ’이 사건 거래처들‘이라 한다)로부터 사실과 다른 세금계산서 총 ×××매, 공급가액 합계 ×××원(이하 ’이 사건 세금계산서‘라 한다)을 수취하여 매입세액을 부당하게 공제받았다고 보아, 2022. ×. ×. 원고에 대하여 2015년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) ×××원, 2016년 제1기분 부가가치세(가산세 포함) ×××원, 2016년 제2기분 부가가치세(가산세 포함) ×××원의 부과처분을 하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 11호증, 을 제1호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장 요지

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 원고는 이 사건 거래처들과 정상적으로 도급계약을 체결하였고, 위 거래처들의 사업자등록상 대표인 소사장들로부터 일용직 근로자들을 실제로 공급받았다. DDD은 이 사건 거래처들의 실운영자가 아니라, 위 거래처 사장들에게 용역비를 선지급하여 빌려주는 ’전주‘의 지위에 있었을 뿐이다. 특히 처분결과통지서에 의하면, 이 사건 거래처들 중 FF물류, GG, HH물류의 경우에는 실운영자가 DDD로 분류되어 있지도 않고, 위 거래처들의 실운영자가 따로 있었다고 판단할 근거도 없다. 따라서 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하지 않는다.

2) 설령 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라 하더라도, 원고는 본사 운영팀 소속 직원으로 하여금 해당 사업자를 직접 면담한 뒤 하도급계약을 체결하도록 하였고, 계약 체결 전 사업자등록증, 통장사본, 인감증명서 등을 모두 확인한 점, 수시로 본사 인력을 현장에 보내어 용역업무 실태를 점검하도록 한 점, 세금계산서에 사업자의 인감이 날인된 것을 확인하고, 계약 시 제출한 계좌로만 용역비가 입금되도록 한 점, 본사 인력에게 수시로 현장에서 거래처들과 회의를 진행하도록 한 점, 원고는 SS터미널을 QQ터미널과 동일한 구조로 운영하였는데, QQ터미널에 대하여 관련 형사사건에서 원고에 대한 무죄판결이 선고된 점 등을 고려하면, 원고는 선의의 거래당사자에 해당한다.

3) 이 사건 세금계산서 수취는 원고의 사용인의 배임적 부정행위에 해당하거나, 그렇지 않더라도 원고는 이를 방지하기 위하여 상당한 주의를 다하였으므로, 이 사건 처분 중 부정과소신고가산세를 부과한 부분은 위법하다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 판단

1) 사실과 다른 세금계산서 여부

가) 관련 법리

구 부가가치세법(2017. 12. 19. 법률 제15223호로 개정되기 전의 것, 이하 ’부가가치세법‘이라 한다) 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고, 제32조 제1항 제1호는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭을 세금계산서의 필요적 기재사항의 하나로 규정하고 있으므로, 실제 공급하는 사업자와 세금계산서상의 공급자가 다른 경우에 있어서의 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하여 그 매입세액을 공제받을 수 없다(대법원 2009. 6. 25. 선고 2007두15469 판결 등 참조).

나) 판단

앞서 채택한 각 증거에, 갑 제12 내지 31호증, 을 제2 내지 13호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 이 사건 세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당한다고 판단된다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 이 사건 거래처들 대부분의 사업자등록 명의상 대표자는 일용직 근로자로일하던 이들이며 종전에 인력공급업을 영위하여본 경험도 없다. 위 대표자들 일부는 DDD 또는 OOO(2015. 6.경부터 2016. 9.경까지 사이에 SS터미널 현장에서 근무하였던 원고의 직원)으로부터 제안을 받고 사업자등록 명의를 빌려주었다는 취지로 진술하였다.

(2) 이 사건 거래처들 중 GG, JJ물류의 전자세금계산서 발급 IP주소가 일치하며, KK, LL, MM, NN의 전자세금계산서 발급 IP주소는 DDD이 운영하는 사업장의 전자세금계산서 IP주소와 일치하는 점이 확인되었다.

(3) 원고가 이 사건 거래처들의 통장으로 용역대금을 지급하고 나면 즉시 그 대부분이 현금 등으로 출금된 것으로 보인다.

(4) 원고의 직원 OOO은 세무조사 당시 ‘DDD이 MM와 NN의 실운영자이며, SS터미널 용역비 정산에 대한 내역을 2014년부터 2016년까지 계속하여 DDD이나 PPP(DDD 밑에서 일하던 소사장)에게만 보고한다’, ‘이 사건 거래처들에 용역대금을 지급하면서, NN과 MM의 사업자등록상 대표가 아닌 실운영자 DDD에게 지급결의서와 용역대금 정산내역을 발송하였다’고 진술하였다.

(5) 원고는 OOO의 2023. 3. 20.자 사실확인서를 제출하며, DDD이 이 사건 거래처들의 실운영자가 아닌 전주에 불과하다고 주장한다. 그러나 위 사실확인서는 OOO의 종전 진술에 반하는 내용으로 뒤늦게 작성된 것인바, 그 내용을 그대로 믿기 어렵다.

(6) DDD은 ‘사업자 명의를 대여받아 2014. 1.경부터 2015. 12.경까지 사실은 해당 명의자가 원고에게 용역을 공급한 것이 아닌데도 불구하고 부가가치세 확정신고를 하면서 공급자를 해당 명의자로 거짓 기재한 매출처별 세금계산서합계표를 세무서에 제출하였다’는 등의 조세범처벌법위반의 범죄사실로 유죄판결을 선고받았다(대전지방법원 2020. ×. ×. 선고 2018고단××× 판결). 위 판결에서는 아래와 같은 사실이 인정되었다.

○ 피고인은 택배 상하차작업을 하는 일용근로자로부터 사업자 명의를 대여받아 속칭 ‘폭탄업체’를 설립한 후 ‘폭탄업체’ 명의로 허위매출세금계산서를 발급하는 등 거래를 가장하고, ‘폭탄업체’ 계좌로 입금된 공급가액 10% 상당의 부가가치세를 현금으로 인출한 후, ‘폭탄업체’를 6개월간 한시적으로 운영하다가 순차 폐업시키기로 마음먹었다.

○ 피고인은 택배 상하차 업무를 하면서 일용근로자의 팀장 또는 반장의 역할을 하던 박○○과 최○○을 알게 되었다. 피고인은 택배 상하차 작업을 하는 일용근로자에게서 사업자 명의를 빌려 인력사무소를 설립하기로 하고, 박○○과 최○○을 통하여 명의를 대여할 일용근로자를 소개받거나 직접 명의대여자를 물색하였다.

○ BB택배와 CC택배는 각각 택배화물 상하차 물류센터인 QQ터미널과 대화터미널을 운영하면서, 원고, QQ로지스 주식회사, RR로지스 주식회사 또는 주식회사 SS로지스틱스에 택배화물 하차입고 작업 ‧ 상차출고 작업 ‧ 분류 업무와 이에 부대되는 전산 업무 및 터미널 관련 일체의 제반 업무를 도급하였다.

(7) 원고 주장에 의하더라도, SS터미널의 현장담당자였던 OOO은 이 사건거래처들의 대표가 아닌 DDD에게 관련 세금계산서과 일일 투입 인원수가 확인되는 출퇴근기록부를 보내주었고, DDD이 직접 이 사건 거래처들 대표자 명의의 통장을 가지고 있으면서 원고가 해당 통장에 용역비(부가가치세 포함)를 입금하면 DDD이 해당 금액을 확인하고 본인이 빌려준 인건비 및 인당 2,000~3,000원 정도의 수수료 및 부가가치세 상당액을 가져가고 나머지를 소사장에게 지급하였다는 것이다. 이러한 업무 및 대금지급 방식을 보면 DDD이 단순히 돈을 빌려준 전주의 지위에 있을 뿐이라고 보기는 어렵고, 실제 원고에게 인력공급을 한 주체라고 봄이 타당하다.

(8) 원고는, 이 사건 거래처들 중 FF물류, GG, HH물류의 경우에는 실운영자가 DDD로 판명되지 않았으므로 이 사건 세금계산서 중 위 각 업체에 관한 것은 사실과 다른 세금계산서로 볼 수 없다는 취지로 주장한다.

그러나 ① GG의 경우, 세무조사 결과 ‘원고와의 거래는 2015. 7.경부터 시작된 것에 반하여 도급계약서는 작성일이 2016. 8.인 점, 사업자등록상 대표자인 박○○은 일용근로자인 점, 사업장이 단기간 운영된 후 폐업되었고, 인건비 지급 등 증빙자료가 전혀 없으며, 일용근로자들에 대한 인적사항을 관리하고 있지 않은 점’ 등에 비추어, GG에서 원고에게 인력을 공급하였다고 볼 근거가 없다고 판단된 점, ② FF물류의 경우, 세무조사 당시 사업자등록상 대표자 김○○이 ‘돈을 받을 목적으로 사업자등록을 하였을 뿐 사업에 전혀 관여하지 않았고, 사업자등록 후 그 명의의 휴대폰, 은행계좌, OTP카드, 인증서 암호 등을 제3자에게 주었다’고 진술한 점 등에 비추어, 위 사업체를 제3자(이인후 등)가 실질적으로 지배하였다고 판단한 점, ③ HH물류의 경우, 세무조사 당시 대표자가 ‘JJ물류 등이 원고에 인력을 공급하던 중이었고 저희가 중간관리를 하기로 하고 사업을 시작하였는데, 계약내용과 현장이 달라 JJ물류 등과 하도급계약을 체결하기도 전에 원고에 계약해지를 요구하였다. 그런데 원고가 2016년 7월 한 달분에 대한 대금은 HH물류 앞으로 지급해야 한다고 하여, 원고로부터 용역대금을 지급받아 다시 JJ물류 등에 그대로 지급했다.’고 진술한 점에 비추어, HH물류는 원고의 요청에 따라 실물 거래 없이 세금계산서를 발행하였다고 판단된 점 등에 비추어 보면, 이 부분 세금계산서 또한 사실과 다른 세금계산서라고 볼 수 있다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

2) 원고가 선의의 거래당사자인지 여부

실제 공급하는 사업자와 세금계산서상 공급자가 다른 세금계산서는 부가가치세법 제39조 제1항 제2호 본문의 ‘그 내용이 사실과 다르게 적힌 경우’로서 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결, 대법원 1997. 6. 27. 선고 97누4920 판결 등 참조).

앞서 채택한 각 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 고려하면, 원고는 적어도 2015년 8월 이후에는 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서임을 잘 알고 있었다고 보이므로, 2015년 8월 이후에도 원고가 선의의 거래당사자라는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

(1) ① 관련 형사사건에서 원고가 2014년 제2기 과세기간에 QQ터미널을 운영함에 있어서 인력공급 업체들이 발행한 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점을 알고 있었는지가 쟁점이 되었는데, 제1심 및 항소심 법원은 EEE의 행위는 개인의 일탈행위에 불과하며, 검사가 제출한 증거만으로는 원고가 EEE의 일탈행위를 방지하기 위한 상당한 주의와 감독을 게을리한 사실을 인정하기에 부족하다고 하여 원고의 조세범처벌법위반 혐의에 대하여 무죄를 선고한 사실, ② 관련 형사사건은 EEE가 원고 회사의 차장으로서 QQ터미널 현장에서 용역업체 선정 및 도급계약 체결 등을 비롯하여 전반적인 업무를 관리·감독할 책임자의 지위에 있었음에도 불구하고 스스로 허위 세금계산서 수취 등 범행에 나아갔고, 그 과정에서 DDD로부터 음성적인 금전 수수를 한 정황도 보이는바, EEE가 원고에게 자신의 비위가 드러날 수 있는 보고를 하지는 않았을 것이라고 판단한 사실, ③ 위 형사사건에서 원고의 직원들(OOO 포함)이 ‘원고 회사 차원에서는 DDD이 허위 세금계산서를 발행한다는 사실을 몰랐을 것’이라고 진술하였으며, 2014년 제2기에 원고의 법인장(사실상 원고의 대표이사 역할을 하는 지위에 있다)이었던 TTT도 그 무렵 폭탄업체의 존재를 보고받지 못하였다고 진술한 사실, ④ 이에 따라 관련 행정사건에서도 피고가 2014년 제2기분 부가가치세 부과처분을 취소하는 것으로 조정이 이루어진 사실 등은 인정되고, 이 사건에서 문제되는 SS터미널과 위 QQ터미널은 유사한 구조로 운영된 것으로 보이기는 한다.

(2) 그러나 관련 형사사건에서 문제된 QQ터미널과 달리, 이 사건에서는 아래의 사정들을 고려하면 원고는 회사 차원에서 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서라는 점을 알 수 있었다고 판단된다.

(가) SS터미널 현장담당자인 OOO은 QQ터미널의 운영 당시부터 EEE 밑에서 실무자로 일하던 사람으로, DDD이 바지사장의 명의를 빌려 허위세금계산서를 발행한다는 사실을 잘 알고 있었다. 그리고 OOO은 SS터미널 운영을 함에 있어서 DDD에게 이 사건 거래처들의 세금계산서, 근로자 출퇴근기록부 등을 보내주며 DDD의 허위세금계산서 발행에 적극 협조하였고, 심지어 이 사건 거래처들 중 일부는 OOO이 직접 바지사장을 물색하여 사업자등록을 하도록 하였던 것으로 보인다.

(나) 관련 형사사건의 제1심 법원은 관련자들의 진술 등을 통해 인정되는 사실관계를 종합하여, 2014년 제2기 과세기간의 허위세금계산서 발행은 EEE의 단독 일탈행위이고 당시 원고의 법인장이었던 TTT은 이를 보고거나 알지 못하였다고 판단하였다. 그러나 이 사건에서 문제된 2015년 제2기 및 2016년 제1, 2기 과세기간에는 EEE가 퇴사하여 현장 담당자가 OOO으로 변경되었으며, 법인장 또한 UUU으로 변경되었으므로 관련 형사사건에서 인정된 사실관계가 그대로 적용된다고 보기는 어렵다. 실제로 원고 본사에서 회계를 담당했던 서은혜는 관련 형사사건에서 ‘폭탄업체의 존재는 2015 내지 2016년경에 알게 되었다’고 증언하기도 하였다.

(다) EEE가 2013. 10. 19. TTT에게 보낸 이메일에 첨부된 ‘용역사 현황’ 자료에는 인력공급 업체들의 실제 운영자가 DDD로 기재되어 있었고, ‘실운영자와 사업자등록상 대표자가 상이하여 계약의 안정성에 의문’이라는 내용도 기재되어 있었다. 그러나 이에 대하여 관련 형사사건의 제1심은 ‘위 이메일은 이 사건에서 문제가 된 (BB택배) QQ터미널 현장이 아닌 (CC택배) SS터미널 현장의 용역사 현황에 관한 내용이 주된 것이고, EEE가 QQ터미널 현장에 관하여도 TTT에게 위 이메일과 같이 용역사 현황 등을 보고했다고 볼 만한 자료가 없다’고 하여, TTT이 위 이메일의 내용만으로 QQ터미널 현장에 인력을 공급하는 용역업체가 ‘폭탄업체’라는 사실을 바로 인식하였을 것으로 단정할 수 없다고 판단하였다. 이를 반대로 보면, 이 사건에서 문제되는 ‘SS터미널’에 있어서는 원고 본사에 DDD의 허위세금계산서 발행에 관한 보고가 되었을 여지가 있다.

(라) OOO은 2015. 8.경 원고의 법인장이었던 UUU에게 SS터미널 현장의 비용절감 방안 등을 제시하는 이메일(이하 ‘이 사건 이메일’이라 한다)을 보냈는데, 그 내용은 기존에 DDD이 용역비를 지급받아 부가가치세 수입 및 인원당 2~3,000원 수수료를 빼고 소사장에게 지급하던 방식에서, 원고가 DDD을 거래에서 제외하고 직접 소사장들에게 용역대금을 지급하는 방식으로 변경하는 방안에 대하여 설명하는 것이다. 구체적으로 이 사건 이메일에는 ‘용역비를 DDD에게 지급하면 DDD이 부가가치세 수입을 취하고 인력수급 인원에서 일정 금액을 빼고 소사장에게 지급한다’는 이 사건에서의 대금지급 구조가 그대로 기재되어 있으며, ‘DDD 사장 측면에서는 (…) 인력이 모자를 시 실질적으로 운영하는 BB택배 쪽으로 인력을 우선공급함으로써 (…) 고정인력 확보에 도움이 된다’, ‘월 투입입원은 DDD 사장 쪽에서 7월 3주차에 넣은 인원으로 반영된 도표임’이라고 하여, 인력을 공급하는 주체가 DDD임을 명확히 하고 있다.

따라서 원고의 법인장 1) 으로서 실질적으로 원고를 대표하는 지위에 있던 UUU으로서는 이 사건 이메일을 통하여 DDD이 실제로 인력을 공급하고 이 사건 거래처들의 명의로 세금계산서를 발행한다는 점을 충분히 알 수 있었다고 봄이 타당하다.

이에 대하여 UUU은 2025. 6. 2.자 진술서(갑 제28호증)를 통하여 이 사건 이메일의 내용을 OOO으로부터 보고받지 못하였다고 주장하나, 위 이메일 내용은 원고가 조세심판 단계에서 ‘OOO이 2015. 8.경 SS터미널과 관련하여 법인장에게 보고한 내용’이라고 하며 직접 제출하였던 자료인바, UUU의 위 진술서는 이를 그대로 믿기 어렵다.

다) 취소의 범위

그렇다면 원고는 적어도 이 사건 세금계산서 중 OOO이 UUU에게 이 사건 이메일을 보낸 2015년 8월 이후에 발급된 부분에 대하여는 사실과 다른 세금계산서임을 잘 알고 있었다고 볼 수 있다.

다만, 관련 형사사건의 판시내용, 관련자들의 진술, QQ터미널과 SS터미널의 운영구조가 유사하다고 보이는 점 등 앞서 본 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 세금계산서 중 2015년 8월 이전에 발급된 부분에 대하여는 선의의 거래당사자라고 봄이 타당하므로, 이 부분 세금계산서는 매입세액에서 공제하여 2015년 제2기분 부가가치세를 다시 산정하여야 할 것인바, 제출된 자료들만으로는 그 정당세액을 산출하기 어려우므로 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

3) 부정과소신고가산세 부과의 적법 여부(이 사건 처분 중 2016년 제1, 2기분에 한하여)

납세자가 그 세금계산서상의 공급자와 실제 공급자가 다르게 적힌 ‘사실과 다른 세금계산서’를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우 그러한 행위가 구 국세기본법(2016. 12. 20. 법률 제14382호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제47조의3 제2항 제1호가 규정한 ‘부당한 방법으로 과세표준을 과소신고한 경우’에 해당하기 위하여는, 납세자에게 사실과 다른 세금계산서에 의하여 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 또는 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2015. 1. 15. 선고 2014두11618 판결 등 참조).

앞서 채택한 각 증거에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사정들, 즉 ① OOO이 UUU에 보낸 이 사건 이메일에는 부가가치세가 DDD의 수입으로 반영되어 있고, ‘부가가치세는 DDD이 신고를 하지 않고 수입. 원칙적으로 불법이나 모든 택배회사의 용역사들은 암묵적으로 부가세를 날린다는 표현으로 부가세신고 않음’이라고 기재되어 있는바, 원고는 일반적으로 용역사들이 부가가치세를 신고‧납부하지 않는다는 사실과 DDD 또한 이 사건 거래처들을 운영하며 부가가치세를 납부하지 않고 있는 사실을 잘 알고 있었다고 보이는 점, ② 원고가 비용절감을 위하여 검토한 변경방안을 보더라도, 부가가치세를 소사장들의 수입으로 반영하면서 ‘부가가치세 부분을 소사장들의 이익으로 넘겨준다면 (…) 얼마든지 고정인력 확보에 도움을 줄 것으로 예상됨’이라고 하고 있는바, 부가가치세가 납부되지 않는 것을 전제로 하여 거래구조를 짜고 있는 점, ③ 이처럼 원고는 사실과 다른 세금계산서를 발급한 자가 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 이에 대한 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점을 잘 알고 있음에도 불구하고 이 사건 세금계산서(2016년 이후에 발행된 것에 한한다)에 대한 매입세액을 공제받은 점 등을 종합하면, 원고는 ‘부당한 방법으로 과세표준을 과소신고한 경우’에 해당하여 부정과소신고가산세의 부과대상이 된다고 봄이 타당하다. 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라. 소결론

이 사건 처분 중 2016년 제1, 2기분 부가가치세 부과처분은 적법하나, 2015년 제2기분 부가가치세 부과처분은 제출된 자료만으로는 그 정당세액을 계산할 수 없으므로 그 전부를 취소할 수밖에 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구 중 2015년 제2기분 부가가치세 부과처분에 대한 부분은 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 부분은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.

1) 2014. 7.부터 2014. 12.까지 원고의 법인장으로 근무하였던 TTT은 관련 형사사건에서 증인으로 출석하여, 원고의 법인장은 원고를 대표하여 대표이사 역할을 수행하였다고 증언하였는데, UUU은 TTT을 이어서 2015. 1.부터 2019. 7.까지 원고의 법인장으로 근무하였다.