정상가격에 의한 과세조정 적용

사 건

2023구합67980 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 A 외 1

피 고

○○세무서장 외 2

변 론 종 결

2025. 8. 28.

판 결 선 고

2025. 11. 27.

주 문

1. 피고 ○○지방국세청장이 2021. 11. 8. 원고 B 주식회사에 대하여 한 별지 2인용 부분 기재 각 소득금액변동통지를 각 취소한다.

2. 원고 B 주식회사의 피고 ○○지방국세청장에 대한 나머지 청구와 원고 주식회사 A의 청구 및 원고 B 주식회사의 피고 △△세무서장에 대한 청구를 각 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 주식회사 A과 피고 ○○세무서장 사이에 생긴 부분은 원고 주식회사 A이 부담하고, 원고 B 주식회사와 피고 △△세무서장 사이에 생긴 부분은 원고 B 주식회사가 부담하며, 원고 B 주식회사와 피고 ○○지방국세청장 사이에 생긴 부분의 30%는 원고 B 주식회사가, 나머지는 피고 ○○지방국세청장이 각 부담한다.

청 구 취 지

피고들이 원고들에 대하여 한 별지 1 처분 내역 기재 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지를 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자들의 지위

1) 원고 주식회사 A(이하 ‘원고 A’이라고 한다)은 원고 B 주식회사(이하 ‘원고 B’이라고 한다)가 지분 100%를 보유한 자회사로, 1987. 1. 26. 설립되어 고무제품 제조 및 판매업 등을 영위하는 회사이다.

2) 원고 B은 1955. 6. 21. 설립되어 스웨터 제조업(섬유사업), 정밀주조 및 금형 제조업(금속사업) 등을 영위하는 회사이고, 2017년 초 섬유사업을 중단한 이후에는 금속제조업에 주력하고 있다.

나. 원고들에 대한 과세처분

1) 피고 ○○지방국세청장은 2021. 6. 24.부터 2021. 9. 12.까지 원고들에 대하여 2016년 내지 2020년 귀속 법인세 통합조사를 실시하였다.

2) 피고 ○○지방국세청장은 피고 ○○세무서장에게 원고 A이 소유하고 있던 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 *** 공장용지 39,687.5㎡(위 토지에서 같은 리 ***-* 공장용지 13,200㎡가 분할되었다. 이하 ‘이 사건 공장용지’라고 한다)는 법인세법 제27조 제1호 에 따른 업무무관부동산으로 원고 A이 이와 관련하여 2018년 내지 2020년 사업연도에 지출한 지급이자, 재산세, 종합부동산세 등 관련 비용을 손금불산입하고, 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 에 따른 비사업용 토지로 보아 이 사건 공장용지의 양도소득에 대하여 중과세를 적용하여야 한다는 등의 조사 결과를 통보하였다.

3) 피고 ○○지방국세청장은 피고 △△세무서장에게, ① 원고 B이 방글라데시 치타공 소재 법인인 CCC Co., Ltd.(이하 ‘CCC’라고 한다)과 방글라데시 ○○ 소재 법인인 DDD, Ltd.(이하 ‘DDD’라고 하고, CCC와 합하여 ‘이 사건 해외 현지법인들’이라고 한다)에 대한 매출채권 및 미수금채권(이하 ‘이 사건 매출채권 및 미수금채권’이라고 한다)을 정상회수기간이 도과하였음에도 회수하지 않았다고 보아 위 채권들에 대한 정상이자 상당액을 2016년, 2017년 사업연도의 익금에 산입하여야 하고(임시유보처분), ② 원고 B이 2018년, 2019년 CCC의 ○○은행 방글라데시 ○○ 지점에 대한 대출금을 대위변제하였으나 그 구상채권(이하 ‘이 사건 구상채권’이라고한다)을 임의포기한 것으로 보아 2018년, 2019년 사업연도에 이 사건 구상채권 관련 대위변제액을 업무무관비용으로서 손금불산입하여야 하며, ③ 원고 B이 보유한 ○○ ○○군 ○○면 소재 ○○리조트 ○○ ****동 4***호에 관한 등기제 운영 회원권(이하 ‘이 사건 콘도회원권’이라고 한다)을 회사 업무와 관계없이 사적으로 사용한 부분과 관련하여 2017년 내지 2020년 사업연도에 이 사건 콘도회원권에 대한 연회비, 감가상각비, 재산세 등 관련 비용을 업무무관비용으로서 손금불산입하여야 한다는 내용 등의 조사 결과를 통보하였다.

4) 위 조사 결과에 따라, 피고 ○○세무서장은 2021. 11. 4. 원고 A에 대하여, 피고 △△세무서장, ○○지방국세청장은 원고 B에 대하여 별지 1 처분 내역 기재와 같은 부과처분 등을 하였다.

다. 원고들의 심판청구

1) 원고들은 2022. 1. 27. 피고들의 별지 1 처분 내역 기재와 같은 부과처분 등에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였다. 조세심판원은 2023. 3. 20. 원고 B의 심판청구를 기각하였고, 2023. 5. 10. 원고 A의 심판청구 중 이 사건 공장용지에 관한 부분을 기각하고 나머지 심판청구를 인용하였다.

2) 피고들의 원고들에 대한 과세처분 중 위 조세심판원 결정에 따라 취소되고 남은 부분은 별지 1 처분 내역 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지와 같다(이하 별지 1 처분 내역 중 원고 A에 대한 각 법인세 부과처분을 ‘이 사건 제1처분’이라고 하고, 별지 1 처분 내역 중 원고 B에 대한 각 법인세 및 부가가치세 부과처분과 소득금액변동통지를 ‘이 사건 제2처분’이라고 하며, 위 각 처분을 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 8 내지 10호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 3 기재와 같다. 3. 이 사건 제1처분의 적법 여부

가. 원고 A의 주장 요지

1) 손금불산입 부분

가) (1) 아래와 같은 이유로 이 사건 공장용지는 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목, 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제1호 에서 정하고 있는 유예기간 내에 양도한 것으로 보아야 하므로, 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 가목의 업무무관부동산에 해당하지 않는다.

(2) 원고 A은 이 사건 공장용지에서 건설공사에 착공하였으나 2016. 10.경 공사를 중단하였다. 이 사건 공장용지의 취득일부터 공사 중단일인 2016. 10.경까지는 업무무관기간에 해당하지 않고, 업무무관기간으로 보지 않는 유예기간은 공사 중단일인 2016. 10.경부터 기산된다. (3) 이 사건 공장용지와 같은 산업용지는「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」(이하 ‘산업집적법’이라고 한다)에 의하여 처분에 상당한 제한이 따르게 되고, 처분 신청서를 제출한 이후에는 관리기관이 처분절차를 주관하게 되므로, 원고 A이 산업 집적법에 따라 이 사건 공장용지에 대한 처분신청서를 제출한 2017. 6. 14.을 양도일로 보아야 한다. 이 사건 공장용지의 취득일을 유예기간의 기산일로 보더라도 원고 A이 유예기간 내에 이 사건 공장용지를 양도한 결과는 마찬가지이다.

나) 원고 A이 처분신청서를 제출하고 원상회복의무를 이행하는 등 정상적인 노력을 다하였으나, 관리기관인 ○○군의 재정상황 및 매수인 선정 절차 지연 등 외부적 사유로 양도가 지연되었으므로, 이 사건 공장용지는 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서, 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제30호 에 따라 업무무관 부동산의 범위에서 제외된다. 2) 양도소득 중과세 부분 법인세법 제55조의2 제1항 제3호 , 법인세법 시행령 제92조의11 제3항 제5호 , 법인세법 시행규칙 제46조의2 제3항 제11호 는 산업집적법에 따라 입주기업체가 산업용지를 관리기관(유관기관 포함)에 양도하는 토지를 부득이한 사유가 있어 비사업용 토지로 보지 않는다고 규정하고 있다. 산업용지의 양수인이 ‘관리기관 또는 유관기관’인 경우

와 ‘관리기관이 선정한 다른 기업체’인 경우는 실질적으로 아무런 차이가 없음에도 과세처분에 있어 이들을 차별적으로 취급하는 것은 과세의 형평 및 합목적성에 반하여 부당하므로, 이 사건 공장용지는 양도소득 중과세 대상인 비사업용 토지가 아니라고 보아야 한다.

나. 인정사실

1) 원고 A은 본사 외에 □□공장，○○공장，○○영업소，○○영업소를 두고 있는데, 본사 및 □□공장을 이전하기 위해 2011. 10. 25. ○○산업단지개발 주식회사와 ○○ ○○군 소재 ○○일반산업단지 8BL 1LT 39,670㎡(이후 지적공부 정리로 이 사건 공장용지가 되었다)에 관하여 용지분양계약을 체결하였고, 2013. 12. 30. 이 사건 공장용지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다.

2) 한EE가 2004년에 원고 B의 경영권을 인수한 이후 기존 사주와 사이에 원고 A 발행 주식과 관련된 분쟁이 있었고, 그 법적 분쟁이 2016년에 마무리되면서 원고 A의 현 사주 및 경영진이 원고 A을 운영하게 되었다.

3) 원고 A은 2014. 6.경 이 사건 공장용지에 관한 착공신고를 하고 콘크리트 기초공사 등을 진행하였으나, 위와 같이 경영진이 교체된 이후에 본사 및 □□공장 이전 관련 투자계획의 사업성을 재검토하여 공장이전계획을 철회하였고, 이에 2016. 10.경이 사건 공장용지에 관한 추가공사를 중단하였다.

4) 원고 A은 2017. 6. 14. ○○군수에게 경영상의 이유로 이 사건 공장용지를 처분한다는 내용의 처분신청서를 제출하였다.

5) 원고 A은 2019. 11. 30. F 주식회사에 이 사건 공장용지 중 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 *** 토지를 매도하였고, 주식회사 G에 이 사건 공장용지 중 ○○ ○○군 ○○면 ○○리 ***-* 토지를 매도하였으며, 2020. 2. 5. 위 각 회사에 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제5 내지 10호증, 을 제3, 7호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

다. 손금불산입 부분 주장에 대한 판단

1) 관련 법령

■ 법인세법

제27조(업무와 관련 없는 비용의 손금불산입)

내국법인이 지출한 비용 중 다음 각 호의 금액은 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손

금에 산입하지 아니한다. 1. 해당 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 자산으로서 대통령령으로 정하는 자

산을 취득·관리함으로써 생기는 비용 등 대통령령으로 정하는 금액

■ 법인세법 시행령

제49조(업무와 관련이 없는 자산의 범위 등)

① 법 제27조 제1호에서“대통령령으로 정하는 자산”이란 다음 각호의 자산을 말한다. 1. 다음 각목의 1에 해당하는 부동산. 다만, 법령에 의하여 사용이 금지되거나 제한된 부

동산,「자산유동화에 관한 법률」에 의한 유동화전문회사가 동법 제3조의 규정에 의하

여 등록한 자산유동화계획에 따라 양도하는 부동산 등 기획재정부령이 정하는 부득이

한 사유가 있는 부동산을 제외한다. 가. 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 기간

(이하 이 조에서“유예기간”이라 한다)이 경과하기 전까지의 기간 중에 있는 부동

산을 제외한다.

나. 유예기간 중에 당해 법인의 업무에 직접 사용하지 아니하고 양도하는 부동산. 다만, 기획재정부령이 정하는 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우를 제외한

다. ■ 법인세법 시행규칙

제26조(업무와 관련이 없는 부동산 등의 범위)

① 영 제49조 제1항 제1호 가목 단서에서“기획재정부령이 정하는 기간”이란 다음 각 호

의 어느 하나에 해당하는 기간(이하 이 조에서“유예기간”이라 한다)을 말한다. 1. 건축물 또는 시설물 신축용 토지 : 취득일부터 5년(「산업집적활성화 및 공장설립에 관

한 법률」제2조 제1호의 규정에 의한 공장용 부지로서「산업집적활성화 및 공장설립에

관한 법률」또는「중소기업 창업지원법」에 의하여 승인을 얻은 사업계획서상의 공장

건설계획기간이 5년을 초과하는 경우에는 당해 공장건설계획기간)

③ 영 제49조 제1항 제1호의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는

당해부동산을 업무에 직접 사용한 것으로 본다. 1. 토지를 취득하여 업무용으로 사용하기 위하여 건설에 착공한 경우(착공일이 불분명한

경우에는 착공신고서 제출일을 기준으로 한다). 다만, 천재지변·민원의 발생 기타 정

당한 사유 없이 건설을 중단한 경우에는 중단한 기간 동안 업무에 사용하지 아니한 것

으로 본다. ⑤ 영 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서“기획재정부령이 정하는 부득이한 사

유가 있는 부동산”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 부동산을 말한다. 30. 당해 부동산의 취득후 제2호부터 제29호까지의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한

사유로 인하여 업무에 사용하지 아니하는 부동산

⑨ 영 제49조 제1항 제1호 각목의 1에 해당하는 부동산에 대하여 업무와 관련이 없는 것으

로 보는 기간은 다음 각호에 의한다. 1. 영 제49조 제1항 제1호 가목에 해당하는 부동산 : 당해 부동산을 업무에 직접 사용하

지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간. 다만, 당해 부동산을 취득

한 후 계속하여 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우에는 취득일(유예기간이 경과

되기 전에 제5항 제2호 가목 및 나목에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 제8항 제1호

의 규정에 의한 기간계산의 기산일)부터 양도일까지의 기간

⑩ 영 제49조 제1항 제1호 각 목의 어느 하나에 해당하는 부동산이 다음 각 호에 따라 수

용되거나 이를 양도하는 경우에는 제9항에도 불구하고 해당 부동산을 업무에 직접 사용

하지 아니한 기간 중 유예기간과 겹치는 기간을 제외한 기간을 해당 부동산에 대하여

업무와 관련이 없는 것으로 보는 기간으로 한다. 2.「산업집적활성화 및 공장설립에 관한 법률」제2조 제14호에 따른 산업단지 안의 토지

를 같은 법 제39조에 따라 양도하는 경우

2) 구체적 판단

가) 이 사건 공장용지가 유예기간 내에 양도되었는지 여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 관계 법령의 규정 내용과 체계, 앞서 본 사실에 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 원고 A은 법인세법령이 정한 유예기간 내에 이 사건 공장용지를 양도하였다고 볼 수 없으므로, 이 사건 공장용지는 법인세법시행령 제49조 제1항 제1호 가목의 업무무관부동산에 해당한다. 원고 A의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) 원고 A은 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 에 따라 취득일 이후로서 업무무관기간이 되는 공사 중단일인 2016. 10.경을 유예기간의 기산일로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 법인세법 시행규칙 제26조 제3항 제1호 는 유예기간의 기산일을 정하고 있는 규정이 아니므로, 법인세법 시행규칙 제26조 제1항 제1호 에 따라 유예기간의 기산일은 취득일인 2013. 12. 30.로 보는 것이 타당하다. 따라서 유예기간은 2013. 12. 30.부터 5년이 되는 날까지이다.

(2) 원고 A은 산업집적법에 의하여 이 사건 공장용지와 같은 산업용지의 처분에상당한 제한이 따르게 되고, 처분신청서를 제출한 이후에는 관리기관이 처분절차를 주관하게 되므로, 원고 A이 이 사건 공장용지에 관하여 소유권이전등기를 마쳐 준 2020. 2. 5.이 아니라 이 사건 공장용지에 대한 처분신청서를 제출한 2017. 6. 14.을 양도일로 보아야 한다고 주장한다. 법인세법은 ’양도’의 개념을 별도로 정의하고 있지 않으나, ‘양도’의 사전적 정의는 “재산이나 물건을 남에게 넘겨줌 또는 그런 일. 권리나 재산, 법률에서의 지위 따위를 남에게 넘겨줌 또는 그런 일”이고, 소득세법상 양도소득에서의 양도는 “자산에 대한 등기 또는 등록과 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등을 통하여 그 자산을 유상으로 사실상 이전하는 것”을 의미하므로( 소득세법 제88조 제1호 전문), 법인세법상 양도의 의미에 대하여 위와 같은 사전적 의미와 소득세법상 양도의 의미를 참고할 수 있다. 산업집적법령은 처분신청서가 제출된 이후의 양도절차를 규정하고 있어 처분신청서 제출과 양도를 구분하고 있고, 산업집적법에 따른 산업용지의 처분과 관련하여 처분신청서 제출일을 양도일로 의제하는 법령상 규정은 없다. 원고 A의 주장과 같이 산업집적법에 따라 ‘처분신청서 제출‘을 ’양도‘로 보는 것은 법령상 문언의 가능한 범위를 벗어난 해석에 해당한다. 따라서 이 사건 공장용지의 양도일은 소유권이전등기를 마쳐 준 2020. 2. 5.이고, 위 양도일에는 유예기간을 경과하였다.

나) 업무에 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부

(1) 관련 법리

법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제30호 에 규정된 ’정당한 사유‘는 법령에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, ’정당한 사유‘의 유무를 판단함에 있어서는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금불산입 요건으로 하고 있는 입법 취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지의 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 해당 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지의 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조).

(2) 구체적 판단

앞서 본 사실 및 앞서 든 증거들에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 공장용지는 법인세법 시행령 제49조 제1항 제1호 각 목 외의 부분 단서에서 규정하는 업무무관부동산에서 제외되는 부동산에 해당한다고 볼 수 없으므로, 이 사건 공장용지와 관련하여 지출된 지급이자, 재산세 등은 손금불산입 대상이다. 원고 A의 이 부분 주장은 이유 없다. (가) 원고 A 발행 주식과 관련된 법적 분쟁이 마무리되면서 원고 A의 현 사주 및 경영진이 원고 A을 운영하게 되었고, 변경된 경영진이 본사 및 □□공장 이전 관련 투자계획의 사업성을 재검토하여 공장이전계획을 철회하였다. 이러한 사정은 경영판단에 따른 내부적인 사유에 해당하는 것으로 볼 수는 있으나 외부적인 사유로 공장이전계획을 부득이하게 중단하게 된 것이라고 볼 수는 없다.

(나) 원고 A은 유예기간 내에 이 사건 공장용지를 업무에 사용하려는 시간적인 여유가 없었던 것이 아니라 업무에 사용하지 않기로 하는 경영상 판단을 하여 이 사건 공장용지를 업무에 사용하지 않은 것이고, 유예기간 이후에 이 사건 공장용지를 양도한 것일 뿐이다. 산업집적법상 처분절차의 지연 등 원고 A이 들고 있는 사정들은 유예기간 경과와 관련한 것이지 업무에 직접 사용하지 못한 이유와 관련되는 것은 아니다.

(다) 2016. 10. 작성된 ’○○일반산업단지 현황보고‘ 자료 중 ’○○산업단지 당사 이전부지 투자 취소시 문제점‘ 중 ‘3. 현 상태 계속 보유시 penalty’에 따르면 5년 이상 토지만 보유하는 경우 비업무용 토지로 본다는 내용이 기재되어 있다. 원고 A은 이 사건 공장용지를 취득할 당시부터 당초 계획대로 이 사건 공장용지를 직접 사용하지 않고 처분하게 되는 경우 법인세법령에 따른 불이익을 받게 된다는 사정을 인식하고 있었다. 원고 A은 ○○군수에게 이 사건 공장용지에 대한 처분신청서를 제출하기 전에 ‘지방자치단체에 재정이 없어서 자체 인수는 불가능하고, 자체적인 양도대상자 확보 노력을 진행하여야 한다.’는 사정도 인식하고 있었다.

라. 양도소득 중과세 부분 주장에 대한 판단

법인세법 제55조의2 제1항 제3호 에 의하면 내국법인이 비사업용 토지를 양도한 경우에는 그 토지의 양도소득에 대하여 중과세가 적용되고, 법인세법 제55조의2 제3항 , 법인세법 시행령 제92조의11 제3항 제5호 , 법인세법 시행규칙 제46조의2 제3항 제11호 에 의하면 산업집적법 제39조 에 따라 산업시설구역의 산업용지를 소유하고 있는 입주기업체가 산업용지를 산업집적법 제2조 에 따른 관리기관( 산업집적법 제39조 제2항 각 호의 유관기관 포함)에 양도하는 토지는 중과세 대상에서 제외된다. 이처럼 법인세법령은 산업집적법 제39조 에 따른 양도에 있어 양도소득 중과세 대상인 비사업용 토지에서 제외되는 경우를 양수인이 ‘ 산업집적법 제2조 에 따른 관리기관 또는 산업집적법 제39조 제2항 각 호의 유관기관’인 경우로 명확히 규정하고 있다. 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다. 원고 A의 주장처럼 양수인이 산업집적법에 따른 관리기관 또는 유관기관인 경우와 다른 기업체인 경우가 실질적으로 차이가 없다는 이유만으로 다른 기업체에 양도되는 토지를 양도소득 중과세 대상에서 제외되는 것으로 확장해석하거나 유추해석할 수 없다. 원고 A의 이 부분 주장은 이유 없다.

마. 소결론

이 사건 제1처분은 적법하다. 4. 이 사건 제2처분의 적법 여부

가. 원고 B의 주장 요지

1) 이 사건 매출채권 및 미수금채권 관련 정상이자 상당 익금산입 관련

원고 B은 이 사건 해외현지법인들을 통해 섬유사업을 영위하고 있었는데, 이 사건 해외현지법인들의 재무상태가 악화되어 이 사건 매출채권 및 미수금채권을 회수할 수 없었으므로 그 회수 지연에 경제적 합리성이 있다. 설령 이 사건 매출채권 및 미수금채권의 회수 지연에 경제적 합리성이 결여되었다고 보더라도 정상이자 산정에 있어 가중평균차입률을 이자율로 적용한 것은 구「국제조세조정에 관한 법률」(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라고 한다)에 따른 것이라고 할 수 없다. 2) 이 사건 구상채권의 손금불산입 관련 원고 B은 CCC에 대하여 이 사건 구상채권의 채무를 면제한다는 의사를 표시하지 않았고, 원고 B이 채무를 면제한 것이 아니라 CCC의 재무상태로 인하여 이를 변제받지 못하였던 것일 뿐이다. 3) 이 사건 콘도회원권 비용 손금불산입 관련 이 사건 콘도회원권은 원고 B이 접대목적 또는 복리후생 목적으로 보유․이용한 것으로 그 자체가 업무관련성이 인정된다. 이 사건 콘도회원권이 회사 업무와 관계없이 일부 부적절하게 이용된 부분이 있다고 하더라도 관련 비용 중 일부 부분만을 업무무관비용으로 보아 손금불산입할 수 없고, 재산세 및 감가상각비가 사외유출된 것이 아니므로 그 이용자에게 해당 소득이 귀속될 수 없다.

1) 이 사건 매출채권 및 미수금채권 관련

가) 원고 B은 1990년대 중반부터 이 사건 해외현지법인들을 운영하여 왔고, 이 사건 해외현지법인들의 지분 100%를 보유하고 있다. 나) 아래 그림과 같이 원고 B과 이 사건 해외현지법인들 사이에는, 원고 B이 CCC에 원사를 공급하면 CCC는 원고 B으로부터 공급받은 원사에 염색공정을 진행하여 염색원사를 생산한 다음 이를 DDD 및 현지 거래처에 판매하였고, DDD는 CCC로부터 공급받은 염색원사를 사용하여 스웨터를 제조하여 판매하는 거래구조를취하고 있다.

* 연도말 채권 잔액: 2011년 10,897, 2012년 9,336, 2013년 9,114, 2014년 13,400, 2015년 13,860 라) 이 사건 해외현지법인들은 2011년 또는 2012년부터 자본잠식상태였고, 2015년경부터는 방글라데시에서의 사업환경이 불안해짐에 따라 재무상태가 더욱 악화되었다. 이에 따라 원고 B은 이 사건 해외현지법인들로부터 2016년, 2017년 사업연도 이 사건 매출채권 및 미수금채권을 회수하지 않았다.

[CCC의 재무상황]

[DDD의 재무상황]

마) 원고 B은 2017년 초 이 사건 해외현지법인들의 시설 및 자산을 매각한 이후 섬유사업을 더 이상 영위하지 않았다.

바) 피고 ○○지방국세청장이 이 사건 매출채권 및 미수금채권에 대하여 산정한 정상이자는 가중평균차입 이자율로 아래와 같다.

채무자

구 분

2016 사업연도

2017 사업연도

CCC

이 사건

매출채권

채권잔액(연말)

15,361백만원

13,746백만원

정상이자율

3.48%

3.28%

정상회수기간

120일

정상이자

475,853,483원

474,153,354원

미수금채권

125백만원

373백만원

0일

4,350,728원

6,416,987원

DDD

587백만원

20,376,626원

18,710,249원

합계

500,580,837원

499,280,590원

2) CCC의 대출금 대위변제 관련

가) 원고 B은 CCC가 2014년경 ○○은행 방글라데시 ○○지점으로부터 대출받은 미화 약 850,000달러에 대하여 지급보증을 하였고, 이에 따라 2018년에 92,745,118원, 2019년에 280,084,679원 합계 372,829,797원의 대출금을 대위변제(이하 ‘이 사건 대위변제액’이라고 한다)하였다.

나) 원고는 CCC를 상대로 이 사건 구상채권을 행사하지 않았고, 2018년 사업연도에는 중단사업손실, 2019년 사업연도에는 잡손실로 이 사건 대위변제액에 관한 회계처리를 하였다.

다) 원고 B은 2018. 6.경 CCC의 매각에 따른 수입지출현황을 작성하였고, 2019. 4.경 법무법인 매헌과 CCC의 청산을 위한 법률용역 계약서를 작성하였으나 2021. 9.경까지 CCC의 청산이 이루어지지 않았다. 3) 이 사건 콘도회원권 관련 원고 B은 2013. 4.경 ○○ ○○군 ○○면 소재 ○○리조트 ○○ ****동 ****호에 관한 이 사건 콘도회원권을 매입하여 보유하고 있다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제3, 5 내지 25호증, 을 제11 내지 19, 제21 내지 24호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 이 사건 매출채권 및 미수금채권 관련 주장에 대한 판단

1) 경제적 합리성을 결여하였는지 여부

가) 구 국제조세조정법 제2조 제1항 제10호 에 의하면 정상가격은 내국법인 등이 국외특수관계인이 아닌 자와의 통상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격을 말하고, 제4조 제1항 본문에 의하면 과세당국은 거래 당사자의 어느 한 쪽이 국외특수관계인인 국제거래에서 그 거래가격이 정상가격보다 낮거나 높은 경우에는 정상가격을 기준으로 내국법인 등의 과세표준 및 세액을 결정하거나 경정할 수 있으며, 제5조 제1항에 의하면 정상가격의 산출방법과 관련하여 비교가능 제3자 가격방법, 재판매가격방법, 원가가산방법, 이익분할방법, 거래순이익률방법, 대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법을 들고 있다. 구 「국제조세조정에 관한 법률 시행령」(2018. 2. 13. 대통령령 제28643호로 개정되기 전의 것) 제4조 제3항에 의하면 정상가격의 산출방법 중 ’대통령령으로 정하는 그 밖에 합리적이라고 인정되는 방법‘은 거래의 실질 및 관행에 비추어 합리적이라고 인정되는 방법을 말하고, 제5조 제1항에 의하면 구 국제조세조정법 제5조 제1항 에 따라 정상가격을 산출할 때에는 ‘특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 거래 사이에 비교가능성이 높을 것’ 등을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 하며, 제6조 제7항에 의하면 거주자와 국외특수관계인의 국제거래에서 적용되는 자금거래의 정상이자율은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 이자율로 하고, 이 경우 거주자와 국외특수관계인의 자금거래는 통상적인 회수기간 및 지급기간이 지난 채권의 회수 및 채무의 지급 등 사실상의 자금거래를 포함한다. 위 각 규정에 따르면 내국법인과 국외특수관계인 사이의 통상적인 회수기간 및 지급기간을 넘어서는 채권 회수를 정상가격조정 대상거래로 보고 있고, 다만 정상가격조정 대상거래 여부를 판단함에 있어서는 거래조건과 거래행위의 여러사정, 비특수관계자 간의 거래가격, 거래 당시의 특별한 사정 등을 참작하여 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하였는지 여부도 고려하여야 한다.

나) 앞서 본 사실에 갑 제11 내지 14호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정을 종합하여 보면, 이 사건 매출채권 및 미수금 채권의 회수 지연에 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하였다고 보기 어렵다. 원고 B의 이 부분 주장은 이유 있고, 이 사건 제2처분 중 별지 2 인용 부분 기재 각 소득금액변동통지는 위법하다.

(1) 이 사건 해외현지법인들이 방글라데시에서 사업을 개시한 이후 처음부터 계속하여 적자가 발생하였던 것은 아니었다. 2011년 방글라데시 내 의류산업 전반에 방글라데시의 정세불안으로 인한 큰 피해가 발생하였는데, 이 사건 해외현지법인들도 당시 위와 같은 외부적 상황으로 인하여 큰 경영상 위기를 겪게 됨에 따라 2011년, 2012년경부터 자본잠식상태에 빠지게 된 것으로 보인다. 이 사건 해외현지법인들은 방글라데시에서 사업을 지속할 수 있을지조차 불투명한 상황에서 당분간 적자를 감수하면서도 사업을 유지할 것인지에 대하여 고민을 거듭하였을 것으로 보인다.

(2) 원고 B은 원사제조업체로부터 원사를 공급받아 CCC에 원사를 공급하여 이 사건 해외현지법인들이 원사를 가공하여 판매하는 중계무역방식으로 이 사건 해외현지 법인들과 거래를 하였으나, 2017년 초 이 사건 해외현지법인들의 시설 및 자산을 매각하여 섬유사업을 중단하였다.

(3) 원고 B은 이 사건 해외현지법인들을 매각하기 전까지는 어려운 상황에 있는 이 사건 해외현지법인들에 대한 매출채권 등의 회수를 지연하는 방법으로 이 사건 해외현지법인들이 회사 운영에 필요한 최소한의 유동성을 확보하도록 하였던 것으로 보인다.

(4) 원고 B이 원사 등을 공급하고 그 매출채권 등의 회수를 늦추는 것이 이 사건 해외현지법인들의 경영 정상화에 적절한 수단으로 보이고, 이 사건 해외현지법인들의 경영 정상화는 결과적으로 원고 B에 이익이 되었을 것으로 보인다.

(5) ○○지방검찰청 검사는 2019. 11. 21. 원고 B의 대표이사 한EE가 이 사건 해외현지법인들에 원사를 계속 공급하거나 별도의 담보 없이 대출을 계속 해주도록 하여 원고 B에 손해를 가하였다는 배임혐의에 대하여 혐의없음(증거불충분) 처분을 하였다. 2) 부당행위계산부인 규정을 적용할 수 있는지 여부

가) 피고 ○○지방국세청장이 주장하는 예비적 과세근거

원고 B이 이 사건 매출채권 및 미수금채권을 회수하지 않은 행위는 실질적으로는 ‘자산의 무상이전’ 또는 ‘채무면제’에 해당하므로 법인세법 제52조 에 따른 부당행위계산부인의 적용대상인데, 원금 및 이자 상당에 대하여 부당행위계산부인 규정이 적용되어야 하지만 그 중 일부인 이자 상당액에 대하여만 과세처분을 하였다.

나) 구체적 판단

국제조세조정법이 제정되기 전의 구 법인세법 시행령(1995. 12. 30. 대통령령 제14861호로 개정되기 전의 것) 제46조 제4항은 국제거래의 경우 부당행위계산부인의 기준이 되는 시가 등의 산정방법을 정함으로써 국제거래에 관하여도 법인세법에 따른 부당행위계산부인을 할 수 있도록 정하였다. 그런데 1995. 12. 6. 법률 제4981호로 제정된 국제조세조정법(2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 국제조세조정법’이라고 한다)은 특수관계 있는 자 간의 국제거래에 대하여 국제적으로 일반화되어 통용되고 있는 기준에 따르기 위하여 국제조세조정법을 다른 법률에 우선적용하도록 하고 이와 아울러 법인세법 등에서 관련 규정을 모두 삭제하였다. 다만 국제조세조정법에서 정한 정상가격에 의한 과세조정(이른바 ‘이전가격세제’)의 적용 요건과 법인세법에서 정한 부당행위계산부인의 요건이 서로 달라 이들 규정의 적용범위에 관하여 논란의 소지가 있자, 2002. 12. 18. 법률 제6779호로 개정되어 2003. 1. 1.부터 시행된 국제조세조정법(2006. 5. 24. 법률 제7956호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 국제조세조정법’이라고 한다)은 제3조 제2항을 신설하여 이전가격세제의 적용이 어려운 일정한 자산의 증여 등에 대하여는 법인세법의 부당행위계산부인 규정을 적용하도록 하였다. 이러한 법인세법과 국제조세조정법의 제․개정 연혁과 상호관계, 개정 국제조세조정법 제3조 2) 제2항의 내용과 그 신설 경위, 부당행위계산부인과 이전가격세제의 취지와 목적 등을 종합하여 보면, 국외 특수관계자와의 국제거래에 대하여 개정 국제조세조정법이 시행된 이후부터는 그 제3조 제2항에서 정한 일정한 자산의 증여 등에 한하여는 법인세법의 부당행위계산부인 규정이 적용되고, 나머지 거래에 관하여는 개정 국제조세조정법의 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정이 적용된다고 해석함이 타당하다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2013두6862 판결 등 참조). 원고 B이 이 사건 매출채권 및 미수금채권의 회수를 지연한 것은 사실상의 특수관계인 사이의 자금거래에 해당한다고 봄이 타당하나, 이러한 거래는 구 국제조세 조정법의 정상가격에 의한 과세조정에 관한 규정이 적용될 뿐 법인세법의 부당행위계산부인 규정이 적용되지 않는다. 이와 다른 전제에 선 피고 ○○지방국세청장의 위 주장은 이유 없다.

라. 이 사건 구상채권 관련 주장에 대한 판단

제19조의2(대손금의 손금불산입)

① 내국법인이 보유하고 있는 채권 중 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없는 채권의 금액[이하“대손금”이라 한다]은 대통령령으로 정하는 사업연도의

소득금액을 계산할 때 손금에 산입한다. ② 제1항은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 채권에는 적용하지 아니한다. 1. 채무보증(「독점규제 및 공정거래에 관한 법률」제24조 각 호의 어느 하나에 해당하는

채무보증 등 대통령령으로 정하는 채무보증은 제외한다)으로 인하여 발생한 구상채권

제52조(부당행위계산의 부인)

① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산

이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소

시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하“부당행위계

산”이라 한다)과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다. ④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정 등에 필

요한 사항은 대통령령으로 정한다. ■ 법인세법 시행령

제88조(부당행위계산의 유형 등)

① 법 제52조 제1항에서“조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우”란 다

음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 9. 그 밖에 제1호부터 제3호까지, 제3호의2, 제4호부터 제7호까지, 제7호의2, 제8호 및

제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되

는 경우

2) 관련 법리

법인이 특수관계인에 대한 채권을 포기하여 특수관계인에게 그 채권가액 상당의 이익을 분여한 것으로서 건전한 사회통념이나 상관행에 비추어 경제적 합리성을 결여하여 조세의 부담을 부당하게 감소시켰다고 인정할 수 있는 경우에는 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 에 의한 부당행위계산부인의 대상이 될 수 있다(대법원 2020. 3. 26. 선고 2018두56459 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 피고 △△세무서장이 이 사건 대위변제액을 손금불산입한 부분은 적법하다. 원고 B의 이 부분 주장은 이유 없다. 가) 법인세법 제19조의2 제2항 제1호 에 의하면 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권은 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없게 되었다고 하더라도 손금에 산입할 수 없으므로, 법인세법 제52조 제1항 , 제4항, 법인세법 시행령 제88조 제1항 제9호 에서 규정하고 있는 부당행위계산부인의 대상에 해당하는지 여부와 관계없이 이를 손금에 산입할 수 없다. 나) 원고 B은 CCC가 2014년경 ○○은행 방글라데시 ○○지점으로부터 대출받은 미화 약 850,000달러에 대하여 지급보증을 하였고, 위 채무보증으로 인하여 2018년에 92,745,118원, 2019년에 280,084,679원 합계 372,829,797원의 대출금을 대위변제하였다. 이와 관련하여 원고 B은 2018년 사업연도에는 중단사업손실, 2019년 사업연도에는 잡손실로 회계처리를 하였고, 채무자의 파산 등 대통령령으로 정하는 사유로 회수할 수 없게 되었다. 그러나 이 사건 대위변제액은 채무보증으로 인하여 발생한 구상채권이므로 이를 손금에 산입할 수 없다. 마. 이 사건 콘도회원권 관련 주장에 대한 판단

1) 관련 법리

가) 법인세 부과처분 취소소송에서 과세처분의 적법성 및 과세요건사실의 존재에 대한 증명책임은 과세관청에게 있으므로 과세표준의 기초가 되는 각 사업연도의 익금과 손금에 대한 증명책임도 원칙적으로 과세관청에게 있으나, 납세의무자가 신고한 어느 손금의 용도나 지급의 상대방이 허위라거나 손금으로 신고한 금액이 손비의 요건을 갖추지 못하였다는 사정이 과세관청에 의하여 상당한 정도로 증명된 경우에는 증명의 난이라든가 공평의 관념 등에 비추어 그러한 비용이 실제로 지출되었다거나 다른 사정에 의하여 손비의 요건이 충족된다는 점에 관한 증명의 필요는 납세의무자에게 돌아간다(대법원 2014. 8. 20. 선고 2012두23341 판결 등 참조).

나) 과세처분은 과세요건의 충족으로 객관적, 추상적으로 이미 성립하고 있는 조세채권을 구체적으로 현실화하여 확정하는 절차이고, 과세처분의 취소소송은 위와 같은 과세처분의 실체적, 절차적 위법을 그 취소원인으로 하는 것으로서, 그 심리의 대상은 과세관청이 인정하여 산정한 과세표준 또는 세액이 실제의 과세표준 또는 정당한 세액을 초과하는지 여부이므로, 취소소송의 변론종결시까지 제출된 모든 주장과 자료에 의하여 이를 판단하여야 할 것이다(대법원 1997. 6. 13. 선고 96누7441 판결 등 참조).

갑 제16, 18, 19호증, 을 제21 내지 23호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 콘도회원권 관련 비용은 업무무관비용으로서 손금불산입되어야 하고, 그 비용 상당액은 이용자인 한JJ, 문HH 등에게 소득처분되어야 한다. 원고 B의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 한EE는 2001. 11.경 이 사건 콘도회원권을 구입하여 보유하다가 2013. 4. 17. 원고 B에 이를 매도하였다.

나) 이 사건 콘도회원권은 한EE, 한EE의 자녀인 한JJ, 한EE의 배우자인 문HH 등이 주로 이용하였고, 특히 한EE는 개인 열쇠를 소지하고 있어 이를 자유롭게 이용할 수 있었다.

다) 원고 B은 내부적으로 휴양시설 운영규정을 두고 있었으나 콘도이용신청서와 이에 대한 승인내역 등이 존재하지 않는 등 이 사건 콘도회원권 이용이 위 운영규정에 따라 운영된 것으로 보이지 않고, 달리 이 사건 콘도회원권 이용과 관련하여 업무관련성을 인정할 수 있는 자료가 없다. 라) 피고 △△세무서장은 원고 B의 임직원이 사용한 기간 129일을 제외하고, 한JJ와 문HH이 사용한 기간에 상응하는 재산세, 감가상각비 등을 손금불산입을 하였다. 이 사건 콘도회원권의 업무관련성을 인정할 수 있는 구체적인 자료가 제출되지 아니하여 관련 비용 전체를 업무무관비용으로 볼 수 있으나, 피고 △△세무서장은 그 중 일부만을 업무무관비용으로 보았으므로 정당한 세액을 초과하지 않는다. 원고 B은 회사 업무와 무관하게 이 사건 콘도회원권에 관한 재산세와 감가상각비 등 관련 비용을 부담하였고, 이용자인 한JJ 등이 이 사건 콘도회원권을 보유하였더라면 위 관련 비용을 부담하였을 것이므로, 위 비용은 사외유출된 것으로 평가할 수 있다.

바. 소결론

이 사건 제2처분 중 이 사건 매출채권 및 미수금채권 관련 부분인 별지 2 인용 부분 기재 각 소득금액변동통지는 위법하고, 이 사건 제2처분 중 나머지 부분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면, 원고 B의 피고 ○○지방국세청장에 대한 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 원고 B의 피고 ○○지방국세청장에 대한 나머지 청구와 원고 A의 청구 및 원고 B의 피고 △△세무서장에 대한 청구는 이유 없으므로 이를 각 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.