회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사할 수 있는 지위에 있다고 볼 수 없으므로 제2차 납세의무지정처분은 위법함

원고는 차명주주에 해당할 가능성이 있고, 원고가 이 사건 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당한다고 인정하기 어려우므로 제2차 납세의무지정처분은 위법함

사 건

2024구합76585 부가가치세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 4. 23

판 결 선 고

2026. 5. 28.

주 문

1. 피고가 2024. XX. XX. 및 2024. XX. XX. 원고에게 한 별지 1 목록 기재 각 부가가치세 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문 기재와 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 BBB(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)은 2017. XX. XX. 통신판매업, 경비 용역업 등을 목적으로 설립된 자본금 XX,000,000원의 회사이다.

나. 원고는 2020. XX. XX.부터 2023. XX. XX.경까지 이 사건 회사의 주주명부에 발행주식(10,000주)의 30%(3,000주, 이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)를 보유한 주주로 등재되어 있다.

다. 이 사건 회사의 대표이사는 원고의 처남인 CCC이고, 원고는 2020. XX. XX. 이 사건 회사의 사내이사로 취임하였다가 2022. XX. XX. 사임과 동시에 다시 사내이사로 취임하였다.

라. 이 사건 회사가 2021년 제2기, 2022년 제1, 2기, 2023년 제1기분의 귀속 부가가치세를 각 체납하자, 피고는 구 국세기본법(2024. 12. 31. 법률 제20611호로 개정되기 전의 것, ‘개정 국세기본법’이라 한다) 제39조 제2호에 따라 체납세액의 납세의무 성립일을 기준으로 원고와 CCC가 이 사건 회사의 과점주주(원고 30%, CCC 40%)에 해당한다고 보아, 원고를 제2차 납세의무자로 지정하여 아래와 같은 체납세액을 납부고지하였다(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 부과처분에 불복하여 2024. XX. XX. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. XX. XX. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 5, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 2 관계 법령 기재와 같다.

3. 원고 주장의 요지

원고는 대표이사 CCC의 부탁에 따라 주주 명의를 대여하여 형식상 이 사건 회사의 주주명부에 주주로 등재된 차명주주에 불과하고 같은 이유로 법인등기사항증명서상 사내이사로 등기되었을 뿐, 이 사건 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사한 사실이 없다. 따라서 원고가 ‘과점주주’로서 이 사건 회사의 제2차 납세의무자에 해당하지 아니하므로 이를 전제로 하는 이 사건 부과처분은 위법하다.

4. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 관련 법리

1) 개정 국세기본법 제39조 제2호 는 법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 등에 충당하여도 부족한 경우 법인의 납세의무 성립일 현재 주주로서 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자(과점주주)에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 그 지분율(= 실질적으로 권리를 행사하는 주식 수 ÷ 발행주식 총수) 한도 내에서 제2차 납세의무를 진다고 규정하고 있다.

2) 구 국세기본법(2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되기 전의 것) 제39조 제2호는 과점주주의 요건으로 ‘주주와 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계가 해당 법인의 발행주식 총수의 50%를 초과하면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들’일 것을 요구하였는데, ‘주식에 대한 실질적인 권리 행사’는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것은 아니고, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하였다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결 등 참조). 반면, 개정 국세기본법 제39조 제2호 는 종전 규정에 따른 과점주주에 해당하지만 법인 경영에 영향력이 없는 자에 대해서도 제2차 납세의무를 부담하게 하는 것은 법인격 남용 방지 목적을 넘어서 납세의무를 부여하는 측면이 있어 상법상 주주의 유한책임원칙에 보다 부합하도록 과점주주의 범위를 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자’로 축소하였다. 여기서 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는지 여부는 법인의 주요 의사결정이나 업무집행에 관하여 사실상 구속력 있는 결정이나 지시를 할 수 있는 지배적인 근거를 갖추고 그에 따라 지배적인 영향력을 행사하는 것을 의미하고, 이러한 요건에 해당하는지 여부는 해당 과점주주를 기준으로 그가 법인의 경영에 관여하여 실질적인 영향력을 행사하였는지 여부에 따라 판단하여야 한다.

3) 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주에 해당한다는 사실은 과세관청이 주장ㆍ증명하여야 한다(대법원 1995. 1. 20. 선고 94누7997 판결 참조). 다만 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 증명하면 되고, 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 참조).

나. 판단

1) 앞서 든 증거, 갑 제4 내지 5호증, 을 제3, 4호증의 각 기재에 의하면, 원고는 2015. XX. XX. 주식회사 DDDDD(이하 ‘DDDDD’라 한다)에 입사하여 2021. XX. XX.부터 2023. XX. XX.까지 경영관리 부장으로, 2024. XX. XX.경에는 경영관리 본부장으로 근무한 사실, 원고는 2023. XX. XX. EEE에게 이 사건 주식을 15,000,000원에 양도한 사실이 인정된다.

2) 위 인정사실에 다음과 같은 사정들을 보태어 보면, 원고는 차명주주에 해당할 가능성이 있고, 원고가 이 사건 회사의 사내이사 중 한 명의 지위에 있었다거나 이 사건 주식을 양도한 후 증권거래세를 납부하였다는 점만으로 이 사건 회사의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자에 해당한다고 인정하기 어려우며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고가 이 사건 회사의 과점주주에 해당한다고 보기 어려우므로 이를 전제로 한 이 사건 부과처분은 위법하다. 원고의 주장은 이유 있다.

➊ 이 사건 회사는 자본금 XX,000,000원의 소규모 회사로, 액면가 X,000원 상당의 주식 10,000주를 발행하였다. 그런데 원고가 이 사건 회사에 출자를 하거나 주금을 부담하거나 배당금을 지급받았음을 알 수 있는 금융거래자료 등 객관적 자료는 나타나 있지 않다.

➋ 원고는 처남(妻男)이자 이 사건 회사의 대표인 CCC의 부탁을 받고 주주명의를 빌려주게 되었다고 주장하는 바, 이 사건 회사의 규모나 대표와의 관계에 비추어 그 주장이 이례적이라고 보기 어려운 점, 원고는 2015년부터 OO시 소재 DDDDD에서 근무하고 있는 점, 이 사건 회사는 통신판매업, 경비 용역업 등을 사업목적으로 하는 반면, 원고가 근무하는 DDDDD는 식음료 사업을 하는 회사로서 원고가 DDDDD에 근무함과 동시에 이 사건 회사의 사내이사로서의 업무도 실질적으로 담당하였다고 보기는 어려운 점, 원고가 2020. XX. XX. 이 사건 회사의 이사로 취임할 당시 원고 외에도 CCC, FFF이 사내이사로 재직 중이었고, 피고는 원고가 이 사건 회사에서 구체적으로 어떠한 직무를 수행하였는지에 관하여 아무런 주장을 하지 않고 있는 점 등에 비추어 보면, 원고가 이 사건 회사와는 무관하게 소득활동을 하면서 처남 CCC의 부탁을 받아 주주명의를 대여하고, 사내이사로 등기되는 것을 형식상 허용하였다고 볼 여지가 있다.

➌ 원고가 이 사건 회사로부터 보수를 지급받았다거나 주주나 이사로서 주주총회․이사회 등에 참석하는 등 이 사건 회사의 주요 의사결정이나 업무집행에 관하여 사실상 구속력 있는 결정이나 지시를 하였음을 인정할 증거가 없다. 이와 달리 원고가 약 2년 동안 이 사건 회사의 주주 및 등기 이사의 지위에 있다가 2023. XX.경 주식 전부를 처분하고 증권거래세를 납부하였다거나 이 사건 부과처분 전까지는 형식상 주주임을 밝히지 않았다는 점만으로 원고가 이 사건 회사의 경영에 지배적인 영향력을 행사하였다고 단정하기는 어렵다.

5. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.