토지와 건물 등을 함께 공급하는 경우 건물 등의 공급가액 계산

원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 토지와 이 사건 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있다는 점은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고가 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호를 적용하여 이 사건 건물의 공급가액을 기준시가로 안분계산한 금액으로 하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

사 건 2025구합50381 부가가치세부과처분취소

원 고 AAA

피 고 aa세무서장

변 론 종 결 2026. 3. 19.

판 결 선 고 2026. 4. 16.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 11. 1. 원고에게 한 2021년 제2기 부가가치세 ×××,×××,×××원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 ① 서울 강서구 공항동(이하 ‘공항동’만 표시) □□-□□ 대 718㎡ 및 공항동 □□-□□□ 대 35㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)와 ② 위 토지 지상에 있는 공항동 □□-□□ bbbb사옥 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 합하여 ‘이 사건 부동산’이라 한다)의 소유자로, 이 사건 부동산에서 부동산임대업을 영위하였다.

나. 원고는 2021. 10. 1. ccc지역주택조합에 이 사건 부동산을 170억 원(＝ 이 사건 토지 170억 원 + 이 사건 건물 0원)에 매도하기로 매매계약을 체결하고, 2021. 11. 17. 위 조합에 소유권이전등기를 마쳐 주었다. 원고는 2022. 2. 3. 이 사건 토지의 양도가액을 170억 원, 이 사건 건물의 양도가액을 0원으로 하여 이 사건 부동산의 양도에 따른 양도소득 과세표준 예정신고를 하였다. 원고는 이 사건 건물에 대한 부가가치세는 신고하지 않았다.

다. 피고는 2023. 11. 1. 원고에게, 원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 토지와 이 사건 건물의 가액이 기준시가로 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있다는 이유로, 구 부가가치세법(2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제29조 제9항 제2호, 구 부가가치세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제64조 제1호에 근거하여 이 사건 건물의 공급가액을 기준시가로 안분계산한 ×,×××,×××,×××원으로 하여 2021년 제2기 부가가치세 ×××,×××,×××원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 3,6 내지 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 처분은 아래와 같은 이유로 위법하다.

1) ccc지역주택조합은 이 사건 토지에서 주택건설사업을 시행할 목적으로 이 사건 건물을 철거하기 위해 주택법 제22조에 따라 매수하였다. 철거가 예정된 건물의 양도는 부가가치가 창출되는 재화의 공급에 해당하지 않는다. 주택법 제22조에 따라 이루어진 협의취득은 구 부가가치세법 시행령 제18조 제3항 제3호에서 재화의 공급으로 보지 않는 수용절차에 해당한다. 이 사건 건물의 양도는 부가가치세 과세 대상이 아니다.

2) 2021. 12. 8. 개정된 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서, 2022. 2. 15. 개정된 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호는 토지와 건물을 함께 공급받은 후 건물을 철거하고 토지만 사용하는 경우 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다. 이러한 부가가치세법령의 개정 취지는 과세불평등을 해소하고 과세행정의 일관성을 도모하기 위한 것이다. 이 사건 건물의 양도에 관하여 위와 같이 개정된 부가가치세법령이 적용되어야 한다.

나. 이 사건 건물의 양도가 재화의 공급에 해당하는지 여부

1) 구 부가가치세법 제9조 제1항, 제2항, 구 부가가치세법 시행령 제18조 제1항 제1호는 ‘매매계약에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것’을 ‘재화의 공급’으로 규정하고 있다. 부가가치세의 과세원인이 되는 재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 부가가치세의 성질에 비추어 그 인도 또는 양도는 그 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고 재화를 사용․소비할 수 있도록 소유권을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함한다(대법원 1995. 2. 10. 선고 93누18396 판결, 1996. 6. 11. 선고 96누3371 판결 등 참조).

앞서 인정한 사실, 갑 제4호증, 을 제4호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ➀ 원고는 2008. 5. 20.경부터 이 사건 부동산에서 부동산임대업을 영위하였는데, 원고가 2020년 귀속 종합소득세 신고 시 제출한 재무상태표에 이 사건 건물의 장부가액이 ×,×××,×××,×××원으로 계상되어 있는 점, ➁ 이 사건 건물은 양도 당시에도 객관적 가치가 있었다고 보이고, ccc지역주택조합이 그 선택에 따라 이 사건 건물을 사용ㆍ수익할 가능성이 없었다고 단정할 수 없는 점, ➂ ccc지역주택조합은 이 사건 건물에 관하여 2021. 11. 17. 소유권이전등기를 마친 다음 2023. 6. 29.경 해체공사 착공신고를 하고 이 사건 건물을 철거하였는바, 이러한 일련의 행위는 ccc지역주택조합이 이 사건 건물의 처분권을 이전받아 행사한 것으로 평가할 수 있는 점 등에 비추어 보면, 설령 이 사건 건물의 철거가 예정되어 있었다고 하더라도 이 사건 건물의 양도는 부가가치세 과세대상인 재화의 공급에 해당한다.

2) 원고는 ‘도시 및 주거환경정비법, 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률 등에 따른 수용절차에서 수용대상 재화의 소유자가 수용된 재화에 대한 대가를 받는 경우’를 재화의 공급으로 보지 않는다고 규정한 구 부가가치세법 시행령 제18조 제3항 제3호를 들면서 이 사건 건물의 양도가 여기에 해당한다는 취지로 주장한다.

그러나 지역주택조합이 주택건설사업을 시행하기 위해 부동산을 양수하는 행위의 법적 성질은 사법상 매매이므로, 수용절차에 관한 규정인 구 부가가치세법 시행령 제18조 제3항은 적용되지 않는다. 또한 원고는 이 사건 건물의 양도가 주택법 제22조에 따른 것이라고도 주장하나, 갑 제5호증의 기재에 의하면 이 사건 건물의 양도가 이루어진 2021. 11. 17.은 ccc지역주택조합이 사업계획승인을 받은 2022. 12. 7. 이전이므로, 사업계획승인을 받았을 것을 요건으로 하는 주택법 제22조가 적용될 여지도 없다. 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

다. 이 사건 건물의 양도에 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호가 적용되는지 여부

1) 구 부가가치세법 제29조 제9항은 ‘사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 또 는 구축물 등을 함께 공급하는 경우에는 건물 또는 구축물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다. 다만, 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액을 공급가액으로 한다’고 규정하면서, 제2호에서 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우’를 들고 있다. 그 위임에 따른 구 부가가치세법 시행령 제64조는 ‘법 제29조제9항 각 호 외의 부분 단서 및 같은 항 제2호에 따른 안분계산한 금액은 다음 각 호의 구분에 따라 계산한 금액으로 한다’고 규정하면서, 제1호 본문에서 ‘토지와 건물 또는 구축물 등(이하 ’건물등‘이라 한다)에 대한 소득세법 제99조에 따른 기준시가(이하 ’기준시가‘라 한다)가 모두 있는 경우: 공급계약일 현재의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한 금액’을 들고 있다. 한편 부가가치세법이 2021. 12. 8. 법률 제18577호로 개정되면서 제29조 제9항 제2호 단서가 신설되어 제2호가 ‘사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우. 다만, 다른 법령에서 정하는 바에 따라 가액을 구분한 경우 등 대통령령으로 정하는 사유에 해당하는 경우는 제외한다’는 내용으로 변경되었다. 또한 부가가치세법 시행령이 2022. 2. 15. 대통령령 제32419호로 개정되면서 제64조 제2항 제2호에 부가가치세법 제29조 제9항 제2호 단서의 위임에 따라 건물의 실지거래가액을 공급가액으로 하는 경우 중 하나로 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’가 신설되었다. 부가가치세법 부칙(2021. 12. 8.) 제7조는 개정 부가가치세법 시행(2022. 1. 1.) 전에 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우의 공급가액에 관하여는 종전의 규정에 따른다고 규정하고 있고, 부가가치세법 시행령 부칙(2022. 2. 15.) 제2조는 개정 부가가치세법 시행령은 시행일(2022. 2. 15.) 이후 재화나 용역을 공급하는 경우부터 적용한다고 규정하고 있다.

2) 앞서 본 부가가치세법 및 부가가치세법 시행령 부칙의 내용 및 취지에 비추어 위와 같이 개정된 규정은 단순한 확인적 규정에 해당한다고 볼 수 없고, 위 개정 부가가치세법령 시행 전인 2021. 11. 17. 이루어진 이 사건 건물의 양도에 관하여는 구 부가가치세법령이 적용된다. 원고가 실지거래가액으로 구분한 이 사건 토지와 이 사건 건물의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있다는 점은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 피고가 구 부가가치세법 제29조 제9항 제2호, 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호를 적용하여 이 사건 건물의 공급가액을 기준시가로 안분계산한 금액으로 하여 이 사건 처분을 한 것은 적법하다.

3) 원고는 조세평등원칙, 실질과세원칙 등에 비추어 이 사건 건물의 양도에 대하여 개정된 부가가치세법령을 적용하여야 한다는 취지로 주장한다. 앞서 본 바와 같은 부가가치세법령 개정은 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우로서 토지와 건물 등의 가액구분이 당사자의 진정한 합의에 기한 것으로 인정되는 예외적인 경우 관련 법령에 따라 안분계산한 금액을 기준으로 과세하는 것은 불합리하다는 인식에서 이를 수정하여 과세기준을 합리화하기 위한 것으로 보이기는 한다. 그러나 개정 규정이 적용되는 시점을 언제부터로 할지는 광범위한 입법재량의 영역에 놓여있다고 할 것인데, 입법자는 위 예외규정을 그 시행 이전으로 소급하여 적용하는 것을 허용하게 되면 조세행정의 원활한 운영이 어려워질 수 있는 점 등을 종합적으로 고려하여 그 개정 규정의 적용시기를 위 개정 법률 규정 시행 이후 토지와 건물 등을 함께 공급한 경우부터 적용하도록 규정한 것이므로, 이를 두고 합리적인 입법재량의 한계를 일탈하였다고 볼 수 없다. 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.