주택에서 근린생활시설로 용도변경한 경우 용도변경일부터 보유기간을 산정하여 장기보유특별공제액을 산정함

주택에서 근린생활시설로 용도변경한 경우 용도변경일부터 보유기간을 산정하여 장기보유특별공제액을 산정함

사 건

2025구단53017 양도소득세경정거부처분취소

원 고

p 외 2명

피 고

00세무서장 외 1명

변 론 종 결

2025. 11. 26.

판 결 선 고

2025. 12. 24.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청구취지

피고 00세무서장이 0000. 00. 00. 원고 p에게 한 0원의 0000년 귀속 양도소득세에 대한 경정거부처분 및 피고 **세무서장이 0000. 00. 00. 원고 s에게 한 0원의, 원고 j에게 한 0원의 각 0000년 귀속 양도소득세에 대한 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 p, s은 g의 손자이고, 원고 j은 g의 증손자이자 원고 s의 자녀이다.

나. 원고 p는 0000. 00. 00. g 소유의 00시 00구 0길 0 소재 지하 1층, 지상 2층, 연면적 합계 0㎡의 건물(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다) 중 1/0 지분에 관하여 0000. 00. 00. 자 증여를 원인으로 하는 소유권일부이전등기를, 원고 s은 0000. 00. 00. 이 사건 부동산 중 1/0 지분에 관하여 0000. 00. 00. 자 증여를 원인으로 하는 소유권일부이전등기를, 원고 j은 0000. 00. 00. 이 사건 부동산 중 1/0 지분에 관하여 0000. 00. 00. 자 증여를 원인으로 하는 소유권일부이전등기를 각 마쳤다.

다. 원고들 등은 00구청장에게 이 사건 부동산의 용도를 ‘단독주택’에서 ‘제2종근린생활시설(사무소)’로 변경하는 용도변경허가 신청을 하여 0000. 00. 00. 00구청장으로부터 그 허가(사용승인 포함)를 받았고, 같은 날 일반건축물대장상 이 사건 부동산의 용도가 ‘단독주택’에서 ‘제2종근린생활시설(사무소)’로 변경되었다.

라. 원고들 등 이 사건 부동산의 공유자 전원은 0000. 00. 00. 주식회사 k(이하 ‘k’이라 한다)과 이 사건 부동산에 관하여 매매대금 0원의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하고, 0000. 00. 00. k에 이 사건 부동산에 관하여 이 사건 매매계약을 원인으로 하는 공유자전원지분전부이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건 양도’라 한다).

한편 원고 p가 속한 세대는 이 사건 부동산의 취득 시부터 이 사건 양도 시까지 조정대상지역 내 다른 주택을 보유하고 있었고, 원고 j, s이 속한 세대는 이사건 부동산의 취득 시부터 이 사건 양도 시까지 조정대상지역 내 다른 주택들을 보유하고 있었다.

마. 원고들은 이 사건 양도에 대하여 장기보유특별공제를 배제하여 0000. 00. 00. 0000년 귀속 양도소득세 합계 0원(= 원고 p 00원 + 원고 s 00원 + 원고 j 00원)을 신고ㆍ납부하였다.

바. 원고 p는 0000. 00. 00. 피고 00세무서장에게, 원고 s, j은 0000. 00. 00. 피고 **세무서장에게 원고들의 증여를 원인으로 하는 이 사건 부동산 취득일부터 보유기간을 기산하여 장기보유특별공제를 적용해야 한다는 이유로 양도소득세 합계 0원(= 원고 p 00원 + 원고 s 0원 +원고 j 00원) 1) 의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나, 피고 00세무서장은 0000. 00. 00. 원고 p에게, 피고 **세무서장은 0000. 00. 00. 원고 s, j에게 ‘용도변경일부터 보유기간이 기산되어 장기보유특별공제가 적용되지 않는다’는 이유로 이를 거부하였다(이하 합하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2호증, 을 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체

의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 원고들 주장의 요지

이 사건 부동산은 이 사건 양도 당시 소득세법상 ‘주택’이었으므로 이 사건 양도에 대하여 소득세법 시행령 부칙<2022. 5. 31. 대통령령 제32654호> 제4조에 따라, 2022. 5. 31. 대통령령 제32654호로 소득세법 시행령이 개정되면서(이하 ‘개정 소득세법 시행령’이라 한다) 신설된 제167조의3 제1항 제12호의2 및 제167조의10 제1항 제12호의2(이하 합하여 ‘개정 소득세법 시행령 조항들’이라 한다)가 적용되어 이 사건 부동산 취득일부터 이 사건 양도 시까지 장기보유 특별공제액 산정을 위한 기준이 되는 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 설령 이 사건 양도에 대하여 개정 소득세법 시행령 조항들이 적용되지 않는다고 하더라도, 구 소득세법(2023. 12. 31. 법률 제19933호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제4항은 ‘자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 규정하고 있는 점, 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 장기보유특별공제를 이 사건 양도에 적용하지 않을 이유가 없는 점 등을 고려하면, 이 사건 양도에 대하여 이 사건 부동산 취득일부터 이 사건 양도 시까지 장기보유 특별공제액 산정을 위한 기준이 되는 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 각 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 이 사건 부동산이 이 사건 양도 당시 구 소득세법상 ‘주택’인지 여부

1) 구 소득세법 제88조 제7호 는 허가 여부나 공부상의 용도 구분과 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 ‘주택’으로 정의하면서, 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다고 규정하고 있다. 일시적으로 주거가 아닌 다른 용도로 사용되고 있다고 하더라도 그 구조ㆍ기능이나 시설 등이 본래 주거용으로서 주거용에 적합한 상태에 있고 주거기능이 그대로 유지ㆍ관리되고 있어 언제든지 본인이나 제3자가 주택으로 사용할 수 있는 건물의 경우에는 이를 주택으로 보아야 한다(대법원 2005. 4. 28. 선고 2004두14960 판결 참조).

2) 원고들 등이 00구청장에게 이 사건 부동산의 용도변경허가 신청을 하였고, 0000. 00. 00. 그 허가에 따라 일반건축물대장상 이 사건 부동산의 용도가 ‘단독주택’에서 ‘제2종근린생활시설(사무소)’로 변경된 사실은 앞서 본 바와 같다. 여기에 앞서 든 증거들과 갑 제3, 4호증, 을 제10호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되거나 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들, 즉 ① 위 용도변경허가 신청 당시 첨부된 용도변경 평면도(변경 전ㆍ후)에 기존의 ‘침실, 안방, 거실, 주방/식당, 다용도실’이 모두 ‘제2종근린생활시설(사무소)’로 변경되었다고 표시되어 있는 점, ② 이 사건 매매계약서의 부동산의 표시 중 용도란에 이 사건 부동산의 용도가 ‘근린생활시설’이라고 기재되어 있고 이 사건 매매계약서의 특약사항란에 ‘현 시설 상태의 매매계약이며’, ‘토지 및 건축물 포함한 매매대금임(건물분 부가세 별도)’이라고 기재되어 있는 점, ③ k은 이 사건 부동산의 공부상 용도에 따라 이 사건 부동산의 취득에 관하여 ‘주택’이 아닌 ‘일반건축물’에 적용되는 세율을 적용한 취득세를 납부하였고, 이 사건 부동산을 취득한 후 3개월도 되지 않은 0000. 00. 00. 이 사건 부동산을 멸실시켰으며, 0000. 00. 00.경 **세무서 담당자에게 ‘당사는 취득 시점 그대로의 현상과 공부에 따라 이 사건 부동산을 매수하였다’고 회신한 점, ④ 이 사건 부동산에 대한 계약 종합정보내역(갑 제3호증)에 의하면, 0000. 00. 00.부터 이 사건 양도 시까지 전기 및 티브이 요금 청구금액 및 수납금액은 모두 0원이고, 0000. 00. 00.부터 이 사건 양도 시까지 전기사용량은 0kWh인 점, ⑤ 이 사건 부동산에 주민등록을 두고 있던 고령의 g(0000년생)는 0000. 00. 00. 이 사건 부동산에서 전출하여 ‘00시 00구 000로’에 전입한 점 등을 더하여 보면, 이 사건 부동산은 이 사건 양도 당시 구 소득세법상 ‘주택’에 해당하지 않는다고 봄이 타당하다.

다. 장기보유특별공제 적용 여부

1) 구 소득세법 제95조 제1항 은 ‘양도소득금액은 양도차익에서 장기보유 특별공제액을 공제한 금액으로 한다’고 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 양도차익에서 공제할 ‘장기보유 특별공제액’을 규정하면서 그 본문에서 ‘제94조 제1항 제1호에 따른 자산(제104조 제3항에 따른 미등기양도자산과 같은 조 제7항 각 호에 따른 자산은 제외한다)으로서 보유기간이 3년 이상인 것에 대하여 그 자산의 양도차익에 다음 표 1에 따른 보유기간별 공제율을 곱하여 계산한 금액을 말한다’고 규정하고 있다.

위 규정의 문언과 형식에 의하면, 구 소득세법 제95조 제2항 본문 괄호 부분에서 정한 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산인 경우에는 장기보유특별공제 대상에서 제외된다고 해석함이 타당하다.

이와 같이 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 괄호 규정은 ‘구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 따른 자산’을 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외하고 있는데, 구 소득세법 제104조 제7항 제1호 는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’을 규정하고 있고, 같은 항 제3호는 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’을 규정하고 있다.

원고들은, 원고들이 이 사건 부동산을 ‘주택’으로 보유하였던 기간도 구 소득세법 제95조 제2항 의 장기보유 특별공제액 산정을 위한 기준이 되는 보유기간에 포함되어야 한다고 주장하나, ① 장기보유특별공제제도는 자산의 보유기간이 3년 이상인 장기보유자산에 대한 양도소득금액 산정 시 일정액의 공제를 통하여 부동산의 건전한 투자 내지 소유를 유도하고, 물가상승에 따른 명목소득의 성격이 강한 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위한 취지에서 마련된 것인 점(대법원 2015. 4. 23. 선고 2014두36921 판결 참조), ② 주택투기를 억제하고자 하는 입법정책적 판단에 따라 구 소득세법은 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택에 해당하는 주택’ 등 다주택 보유자에 대한 장기보유특별공제를 배제하고 있는 점, ③ 다주택 보유자가 일부 주택을 근린생활시설로 용도변경하고 양도하였다고 하여 용도변경일이전 주택으로 보유하였던 기간에 대하여도 장기보유특별공제 혜택을 받는다면, 용도변경 이전에 해당 주택을 장기간 보유하였을수록 오히려 더 높은 공제율의 적용을 받게 되는바, 이는 다주택 보유자에 대하여 장기보유특별공제를 배제한 구 소득세법의 입법취지에 정면으로 반하게 되는 점, ④ 구 소득세법 제95조 제4항 본문은 ‘제2항에서 규정하는 자산의 보유기간은 그 자산의 취득일부터 양도일까지로 한다’고 규정하고 있는바, 그 문언 및 체계상 위 ‘제2항에서 규정하는 자산’에서 같은 조 제2항 본문의 괄호 규정에서 장기보유특별공제 대상이 되는 자산에서 제외되는 것으로 명시하고 있는 자산, 즉 구 소득세법 제104조 제7항 각 호에 해당하는 자산은 제외되는 것으로 볼수 있는 점 등에 비추어 보면, 원고들이 ‘조정대상지역에 있는 주택으로서 대통령령으로 정하는 1세대 2주택 이상에 해당하는 주택’에 해당하던 이 사건 부동산을 근린생활시설로 용도변경한 후 양도한 이 사건에서 장기보유 특별공제액 산정을 위한 기준이 되는 보유기간은, 위 용도변경일부터 이 사건 양도 시까지의 기간으로 한정된다고 봄이 타당하다.

그런데 앞서 본 구 소득세법 제95조 제2항 에 의하면, 장기보유특별공제의 대상이 되는 자산이 되기 위해서는 그 보유기간이 3년 이상일 것이 요구되는바, 원고들이 제출한 증거만으로는 원고들의 보유기간 중 이 사건 부동산이 장기보유특별공제의 대상이 되는 자산이 되는 기간이 3년 이상이 된다는 점을 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다(이 사건 부동산이 제2종근린생활시설로 용도변경된 후 이 사건 양도 시까지 기간은 약 00개월 남짓에 불과하다).

2) 원고들은 개정 소득세법 시행령 조항들이 적용됨에 따라 이 사건 부동산에 대하여 원고들의 이 사건 부동산 취득일부터 이 사건 양도 시까지 장기보유 특별공제액 산정을 위한 기준이 되는 보유기간을 계산하여 장기보유특별공제를 적용하여야 한다는 취지로도 주장한다.

그러나 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 양도에 대하여 개정 소득세법 시행령 조항들이 적용된다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고들의 위 주장은 받아들일 수 없다.

가) 양도소득세는 양도행위를 과세요건으로 하고 양도차익을 과세대상으로 하므로 양도자산이 과세요건 및 감면요건에 해당하는지 여부는 양도 시기를 기준으로 판단하여야 하고, 개정법 부칙에서 종전의 규정을 소급적으로 적용한다는 명백한 규정을 두지 아니한 이상 관련 경과규정인 부칙의 해석에 있어 그 범위를 함부로 확장해석 할 것은 아니다(대법원 2008. 6. 12. 선고 2007두15124 판결 참조).

나) 개정 소득세법 시행령 조항들은 1세대 2주택자나 3주택자가 2023. 5. 9.까지 보유기간 2년 이상인 ‘주택’을 양도하는 경우에 한시적으로 중과세율 적용을 배제하도록 규정하고 있을 뿐이다. 개정 소득세법 시행령은 부칙 제1조에서 ‘이 영은 공포한 날로부터 시행한다’고 규정하면서, 부칙 제4조에서 ‘제167조의3 제1항 제12호의2, 제167조의4 제3항 제6호의2, 제167조의10 제1항 제12호의2 및 제167조의11 제1항 제12호의 개정규정은 2022년 5월 10일 이후 주택을 양도하는 경우부터 적용한다’는 경과규정을

두어 ‘2022. 5. 10. 이후 주택을 양도하는 경우’에만 개정 소득세법 시행령 조항들을 소급적으로 적용한다고 명시적으로 규정하고 있다.

그런데 원고들은 개정 소득세법 시행령 시행일(2022. 5. 31.) 이전인 0000. 00. 00. 이 사건 부동산을 양도하였고, 앞서 살펴본 것처럼 이 사건 부동산은 이 사건 양도당시 구 소득세법상 ‘주택’에 해당하지 아니하였으므로, 원고들이 위 ‘2022. 5. 10. 이후 주택을 양도한 경우’에 해당한다고 볼 수 없다.

다) 개정 소득세법 시행령 조항들의 개정이유는 ‘다주택자에 대한 세 부담을 한시적으로 완화하고 주택매매의 활성화를 유도’하는 것이다(개정 소득세법 시행령 개정이유 참조). 이 사건 양도와 같이 주택이 아닌 ‘제2종근린생활시설’을 양도하는 경우에도 개정 소득세법 시행령 조항들을 적용하는 것이 ‘주택매매의 활성화 유도’라는 개정 소득세법 시행령 조항들의 입법취지에 부합한다고 보기 어렵다.

3) 따라서 이와 같은 전제에서 원고들의 경정청구를 거부한 이 사건 각 처분이 위법하다고 할 수 없다.

4. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.