이 사건 처분이 특례제척기간 적용대상인지 여부

이 사건 처분은 이 사건 소득금액 변동통지와 ‘동일한 납세의무자’, ‘동일한 세목’에 대한 것이고, 소득금액 변동통지의 취소에 따라 부수되는 처분에 불과하므로 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호 특례제척기간이 적용되어야 한다고 주장하나, 특례제척기간에 관한 법리 및 그 입법 취지 및 원천징수세의 납세의무에 관한 판례 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 이 사건 처분에 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호에 따른 특례제척기간이 적용된다고 볼 수 없고, 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 뒤 이루어진 처분으로서 위법하여 취소되어야 함

주 문

1. 피고가 2024. 9. 24. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 *,***,***,***원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청구취지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 1. 3. 주식회사 ooooo의 주식 ***주(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다)을 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’라 한다)에 합계 **,***,***,***원(1주당 ***,***원)에 양도하고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 2018. 5. 18. 피고에게 이에 관한 양도소득세를 *,***,***,***원으로 신고ㆍ납부하였다.

나. ○○세무서장은 이 사건 양도와 관련하여 AAA가 원고로부터 이 사건 주식을 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다)에 따른 보충적 평가액(1주당 **,***원)보다 높은 가격으로 매입하였으므로 이 사건 양도는 법인세법상 부당행위계산 부인대상이 된다고 보아 2024. 3. 18. AAA에 대하여 이 사건 주식 양도대금(**,***,***,***원)과 상증세법에 따른 보충적 평가액(***,***,***원)의 차액 **,***,***,***원을 AAA에 익금산입하고, 원고에게 기타소득 **,***,***,***원으로 소득처분하는 내용의 소득금액 변동통지(이하 ‘이 사건 소득금액 변동통지’라 한다)를 하였다.

다. 피고는 이 사건 소득금액 변동통지에 따라 원고의 이 사건 주식양도대금 **,***,***,***원 중 **,***,***,***원을 양도소득이 아닌 기타소득으로 그 소득 구분을 변경하고, 2024. 5. 28. 원고에 대하여 아래와 같이 양도소득세 합계 *,***,***,***원(= 환급금 *,***,***,***원 + 환급가산금 ***,***,***원)을 환급하되, 이를 이 사건 소득금액 변동통지에 따른 종합소득세(기타소득) *,***,***,***원에 충당하여 최종적으로 **,***,***원을 환급하는 내용의 국세환급금 충당통지를 하였다.

라. AAA는 이 사건 양도는 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 시가에 따라 거래된 경제적 합리성이 있는 거래로서 부당행위계산 부인 규정이 적용될 수 없다고 주장하면서 ○○세무서장이 AAA에 대하여 한 이 사건 소득금액 변동통지의 취소를 구하는 심사청구를 제기하였다.

마. 국세청은 2024. 8. 14. AAA의 위 심사청구에 관하여 ‘AAA가 이 사건 주식을 1주당 ***원으로 평가하여 거래한 가액은 객관적 교환가치를 적정하게 반영한 시가에 해당하므로, ○○세무서장이 시가가 불분명한 경우로 보아 상증세법상 보충적 평가액으로 이 사건 주식의 시가를 산정한 후 그 가액과 이 사건 양도의 거래가액의 차액에 대하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하여 AAA에 대하여 한 이 사건 소득금액 변동통지는 잘못되었다’고 판단하면서 이를 취소하는 결정(이하 ‘이 사건 심사결정’이라 한다)을 하였다.

바. 피고는 이 사건 심사결정 이후 2024. 9. 24. 원고에게 이 사건 주식양도에 따른 양도소득세 *,***,***,***원(납부불성실 가산세 **,***,***원 포함)을 부과하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 한편, 피고는 2024. 9. 26. 원고에게 기타소득세 환급액 *,***,***,***원(= 환급금 *,***,***,***원 + 환급가산금 **,***,***원) 중 이 사건 처분에 따른 양도소득세 *,***,***,***원을 충당하고 남은 ***,***,***원을 환급하는 내용의 국세환급금 충당통지서를 발송하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 국세기본법 제26조의2 제1항 및 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 따른 통상제척기간이 도과된 후에 이루어졌고, 같은 법 제26조의2 제6항 및 제7항에 따른 특례제척기간의 적용대상도 아니므로, 국세 부과제척기간이 도과하여 이루어진 과세처분으로서 위법하다.

나. 관계 법령 및 법리

구 국세기본법(2013. 1. 1. 법률 제11604호로 개정되기 전의 것) 제26조의2는 제1항에서 국세부과의 제척기간을 규정한 다음, 제2항 제1호에서 국세의 부과에 관한 이의신청·심사청구·심판청구, 감사원법에 의한 심사청구 또는 행정소송법에 의한 소송에 대한 결정 또는 판결이 있는 경우에는 제1항의 규정에도 불구하고 그 결정 또는 판결이 확정된 날부터 1년이 경과하기 전까지는 해당 결정·판결에 따라 경정결정 기타 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다. 이와 같이 제척기간에 대한 특례를 정한 구 국세기본법 제26조의2 제2항 의 당초 입법취지는 국세에 관한 부과처분이 있은 후에 그 처분에 대한 행정심판 또는 행정소송 등의 쟁송절차가 장기간 경과되어 그 결정 또는 판결이 부과제척기간이 지난 후에 확정된 경우에 과세관청이 쟁송절차에서 유리한 결과를 이끌어 낸 납세자에 대하여 그 결정이나 판결에 따른 처분조차도 할 수 없게 되는 불합리한 사태가 발생하는 것을 방지하려는 데에 있었다. 특례제척기간에 관한 규정을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 할 것은 아니지만(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조), 특례제척기간의 적용범위를 지나치게 확장하는 것은 이러한 입법취지에 반한다.

그리고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하고 그 중에서도 예외규정 내지 특례규정은 더욱 엄격한 해석이 요구된다. 확정된 결정이나 판결의 기판력이 미치는 범위는 그 쟁송대상이 되었던 과세단위에 제한될 뿐이고 이를 넘어서 별개의 과세단위에 관련된 판단이 이루어졌다고 하더라도 이러한 판단에 기판력이 있다고 할 수 없으므로 그러한 판단을 경정결정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있는 근거가 되는 특례규정상의 ‘해당 결정ㆍ판결’에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2012. 10. 11. 선고 2012두6636 판결 참조). 따라서 소송 등에서 실체적 사유를 이유로 다투어져 판결 등에 의하여 과세처분의 취소가 확정된 경우, 특별한 사정이 없는 한, 과세관청에서 특례규정에서 정한 제척기간을 적용하여 그 과세처분과 세목이나 과세단위가 다른 별개의 처분을 할 수는 없다고 봄이 타당하다.

다. 구체적인 판단

이 사건 처분이 이 사건 주식양도에 관한 양도소득세의 통상제척기간(2019. 6. 1.부터 5년이 경과한 2024. 5. 31.)이 도과하여 이루어졌다는 점에 관하여는 당사자간 다툼이 없으나, 피고는 이 사건 처분은 이 사건 소득금액 변동통지와 ‘동일한 납세의무자’, ‘동일한 세목’에 대한 것이고, 소득금액 변동통지의 취소에 따라 부수되는 처분에 불과하므로, 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호 특례제척기간이 적용되어야 한다고 주장한다.

그러나 앞서 본 특례제척기간에 관한 법리 및 그 입법 취지, 원천징수세의 납세의무에 관한 판례 등을 종합적으로 고려하여 볼 때, 이 사건 처분에 국세기본법 제26조의2 제6항 제1의2호에 따른 특례제척기간이 적용된다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분은 부과제척기간이 도과한 뒤 이루어진 처분으로서 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 피고는 국세기본법 제26조의2 제6항 은 동일한 납세의무자에 대한 처분을 전제로 하고 있는데, 이 사건 처분과 이 사건 소득금액 변동통지의 납세의무자는 모두 원고로 동일하다고 주장한다. 원고 주장과 같이 국세기본법 제2조 제9호 에서는 “납세의무자란 세법에 따라 국세를 납부할 의무(국세를 징수하여 납부할 의무는 제외한다)가 있는 자를 말한다”고 정하고 있으므로, 이에 의하면 AAA에 대한 소득금액 변동통지에 따른 원천징수와 관련하여 AAA는 납세의무자에 해당하지 않는다고 해석될 여지가 있기는 하다.

2) 그러나 아래와 같은 점에서 이 사건 소득금액 변동통지에 따른 납세의무자는 AAA이고, 이 사건 처분의 납세의무자는 원고로서, 동일한 납세의무자임을 전제로 한 국세기본법상 특례부과제척기간은 적용될 수 없다고 봄이 타당하다.

○ 원천징수제도는 원천납세의무자가 실체법적으로 부담하고 있는 원천납세의무의 이행이 원천징수라는 절차를 통하여 간접적으로 실현되는 제도로서 원천징수세액의 납부로 인하여 원천납세의무자는 국가에 대한 관계에서 당해 납세의무를 면하게 된다.

원천징수하는 소득세 또는 법인세에 있어서는 원천징수의무자가 원천납세의무자에게 소득금액 또는 수입금액을 지급하는 때에 원천징수의무자가 국세를 납부할 의무가 성립하고, 납세의무가 성립하는 때에 특별한 절차 없이 그 세액이 확정되며, 원천징수의무자인 법인으로서는 원천징수세액을 그 다음 달 10일까지 관할 세무서장 등에게 납부하여야 한다.

위와 같이 원천징수에 있어서 국가에 대하여 법률상 납세의무를 부담하는 자는 원천징수의무자인 반면에, 원천납세의무자로서 국가에 대하여 원칙적으로 직접적인 납세의무를 부담하는 것은 아니고 원천징수의 과세요건이 성립하였을 경우 그 원천세 공제를 수인할 의무를 부담하는 의미에서의 추상적인 납세의무만을 진다고 할 것이다.

○ 판례가 소득금액 변동통지는 원천징수의무자인 법인의 납세의무에 직접 영향을 미치는 행위로서 항고소송의 대상이 되는 조세행정처분이라고 보아 원천징수의무자가 그 취소를 구할 수 있다고 보는 반면(대법원 2006. 4. 20. 선고 2002두1878 전원합의체 판결 참조)

소득금액 변동통지가 원천납세의무자의 권리나 법률상 지위에 영향을 준다고 볼 수 없어 원천납세의무자에게는 그 취소를 구할 법률상 이익이 없다(대법원2013. 4. 26. 선고 2012두27954 판결 등 참조)고 하는 것도 위와 같이 국가에 대한 관계에 있어서는 원천징수의무자가 그 납세의무를 지고 있는 자임을 전제로 한 것으로 이해할 수 있다.

○ 더욱이 소득금액 변동통지가 위법하다는 이유로 이를 취소하는 결정 또는 판결에 있은 후 과세관청이 재처분을 함에 있어 절차적인 문제인 특례제척기간의 적용 범위와 관련하여 ‘동일한 납세의무자’인지 여부는 위 소득금액 변동통지의 상대방이자 국가에 대한 관계에서 절차상 납세의무자인 원천징수의무자를 기준으로 판단함이 타당하고, 이와 달리 원천징수의무에 따른 궁극적인 조세 부담이 원천납부의무자에게 귀속된 다는 이유로 이 사건 소득금액 변동통지와 이 사건 처분의 납세의무자가 동일하다고 보아 국세기본법상 특례제척기간을 적용할 수 있다고 보는 것은 특례제척기간의 적용범위를 지나치게 확장하는 것으로서 그 입법 취지에도 반한다고 할 것이다.

3) 또한 이 사건 처분은 원고에 대한 양도소득세이고, 이 사건 소득금액 변동통지에 따른 원천징수처분의 과세대상은 법인세법 제67조 에 따라 원고의 기타소득으로 의제된 소득으로, 그 과세단위를 달리한다(대법원 2001. 4. 24. 선고 99두5412 판결 참조)는 점에 있어서도, 특례제척기간이 적용되는 재처분의 범위에 속한다고 보기 어렵다.

4) 원고는 당초 이 사건 양도와 관련하여 그 과세처분의 근거가 되는 사실을 밝히고 양도소득세 납세의무를 이행하였으나, 과세관청이 이 사건 양도에 관하여 부당행위계산 부인 규정을 적용하고 양도소득세를 환급하면서 기타소득세를 부과하였고, 이후 이 사건 양도에 부당행위계산 부인을 적용할 수 없다는 국세청의 심사결정이 있자, 기타소득세를 환급하고 이 사건 처분으로 양도소득세를 부과한 것이다. 위와 같이 처분청이 잘못된 처분을 하고 시정하는 과정에서 원고에 대한 양도소득세 부과제척기간이 도과하여 원고에 대하여 과세를 할 수 없게 된 것일 뿐이므로, 국세기본법상 특례부과제척기간이 적용되지 않아 원고가 납세의무를 면하게 되었다고 하여 피고의 주장과 같이 과세형평이나 조세정의에 반한다고 볼 수는 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.