과세자료처리 담당자지정 후 별다른 사유 없이 부과절차를 이행하지 않다가 제척기간 만료 3개월 이내라는 이유로 과세전적부심사절차를 이행하지 않고 한 과세처분은 절차상 하자로 위법함

과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하는데 본 사건에서는 정당한 사유가 없어서 절차적 위법이 있으므로 과세처분은 위법

사 건

2025구합55836 종합소득세부과처분취소

원 고

최AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 25.

판 결 선 고

2026. 4. 29.

주 문

1. 피고가 2024. 3. 14. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 종합소득세 142,035,540원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다..

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2018. 5. 18. 주식회사 ◇◇◇◇◇◇◇◇◇◇에 서울 △△△ △△△ 212지상 관광호텔 건물(지상 8층, 지하 3층, 이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 건물에서 ‘호텔□□□□□□’라는 상호로 영위되던 관광호텔업 및 휴게음식점업 사업을 ‘이사건 호텔 사업’이라 한다) 1/2 지분을 28억 원에 매도하기로 하는 매매계약을 체결하였는데, 그 매매계약 특약사항에는 ‘본 계약과 별도로 호텔관련 집기 3억 5,000만 원은 별도 계약으로 작성하며 매수인은 매도인에게 추가로 지급한다’고 정하였다(이하 위 특약사항 상 ‘호텔관련 집기’의 대가로 기재된 3억 5,000만 원을 ‘이 사건 대가’라 한다).

나. 원고는 2018. 7. 18. 이 사건 건물 1/2 지분에 대하여 양도가액을 28억 원으로 하여 양도소득세 31,700,105원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 2021. 3. 17.부터 2021. 4. 12.까지 원고의 2018년 귀속 종합소득세에 대한 조사를 실시하여 이 사건 대가가 사업용 유형자산을 함께 양도함으로써 발생하는 소득인 사업소득임에도 불구하고 원고가 종합소득세 신고 당시 이를 누락하였다고 판단하고, 2024. 3. 4. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 141,956,817원에 대한 과세예고통지를 한 뒤 2024. 3. 14. 142,035,540원(가산세 포함)을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2024. 4. 26. 피고에게 이의신청을 제기하였으나 2024. 5. 21. 이의신청이 기각되었고, 2024. 8. 16. 조세심판원에 심판청구를 하였으나2025. 7. 21. 심판청구가 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함, 이하 달리 특정하지 않는 한 같다), 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

1) 피고는 정당한 사유 없이 이 사건 처분을 해태하다가 국세부과제척기간 만료일이 임박해서 과세예고통지를 함으로써 원고가 과세전적부심사를 받을 기회를 박탈하였는바, 이 사건 처분은 위와 같이 원고의 과세전적부심사 기회를 박탈한 중대한 절차적 하자가 존재하여 무효에 해당하여 취소되어야 한다.

2) 이 사건 대가에는 호텔 영업권의 대가가 포함되어 있으므로 그 실질에 따라 양도소득으로 과세되어야 함에도, 이 사건 처분은 이와 달리 이 사건 대가를 사업용 유형자산 양도에 따른 사업소득이라고 보아 실질과세원칙에 반하는 위법이 있어 취소되어야 한다.

나. 절차적 하자 존부에 관한 판단

1) 관련 법리

국세기본법 제81조의15 제3항 각 호는 긴급한 과세처분의 필요가 있거나 형사절차상 과세관청이 반드시 과세처분을 할 수밖에 없는 등의 일정한 사유가 있는 경우에는 과세전적부심사를 거치지 않아도 된다고 규정하면서, 이러한 예외사유 가운데 하나로‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인경우’(제3호)를 들고 있다. 그러나 과세관청이 정당한 사유 없이 스스로 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 납세자로부터 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이른 경우에는, 과세관청이 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 해당한다고 할 수 없다. 과세예고통지가 부과제척기간 만료일부터 3개월이 남지 않은 시점에 이루어지기만 하면 아무런 제한 없이 과세전적부심사를 생략할 수 있다고 볼 경우, 과세관청이 임의로 부과제척기간 만료일이 임박한 시점에 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사를 회피할 수 있을 뿐 아니라, 과세전적부심사에 관한 납세자의 절차적 권리가 과세관청의 선택에 의하여 좌우되는 부당한 결과를 초래하기 때문이다.

따라서 과세관청이 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 의 사유를 들어 납세자에게 과세전적부심사의 기회를 부여하지 아니한 채 과세처분으로 나아간 것이 절차상 정당성을 갖추었다고 보기 위해서는, 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 추가로 인정되어야 하고, 이에 관하여는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원 2025. 6. 5. 선고 2025두33014 판결 참조).

2) 구체적 판단

가) 을 제3 내지 5호증의 각 기재에 의하면 ① 피고 재산세과에서 2021. 3. 17.부터 2021. 4. 12.까지 원고에 대한 2018년 귀속 양도소득세 조사를 실시하여 원고가 이 사건 대가에 대하여 신고한 사실이 없음을 확인하고 2022. 1. 11. 소득세 과세자료를 생성하여 피고 소득세과로 위 과세자료를 통보하였으며, 같은 날 담당자가 지정된 사실,② 피고는 2023. 2. 21. 이 사건 건물의 공유자였던 신BB에게 이 사건 건물 매매 특약사항 중 ’본 계약과 별도로 호텔 관련 집기 3억 5,000만 원은 별도 계약으로 작성하며, 매수인은 매도인에게 추가로 지급한다‘는 부분과 관련하여 거래내역 또는 신고내용, 금융거래 내용 등 해명자료를 2023. 3. 15.까지 제출하라고 안내하면서 ’제출 기한까지 회신이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 세금이 부과될 수 있다‘고 안내한 사실, ③ 피고 소득세과 담당자는 2024. 2. 15. 재차 신BB에게 문의사항에 대한 답변을 메일로 회신하여 달라는 취지로 문자메시지를 보낸 사실을 각 인정할 수 있고, 이후 피고가 2024. 3. 4. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 141,956,817원에 대한 과세예고통지를 한 뒤 2024. 3. 14. 이 사건 처분을 한 사실은 앞서 인정한 바와 같다.

나) 앞서 든 증거, 위 인정사실을 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정들을 위 법리에 비추어 보면, 피고 제출 증거만으로 피고의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 부과제척기간의 만료일이 임박하게 되었고 이로 인하여 부과제척기간의 만료 전까지 과세전적부심사를 거칠 시간적 여유가 없게 되었다는 등의 정당한 사유가 증명되었다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 이 사건 처분은 원고의 과세전적부심사기회를 박탈한 절차적 하자가 있어 위법하므로 취소되어야 하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 이 사건 대가에 대한 종합소득세 부과제척기간 만료일은 2024. 5. 31.인데[구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 제1항 제3호 및 제5항, 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의3 제1항 제1호, 소득세법 제70조 제1항 참조], 피고는 원고에게 과세예고통지를 한 시점(2024. 3. 4.)으로부터 불과 10일 후인 2024. 3. 14. 이 사건 처분을 함으로써 원고에게서 과세전적부심사의 기회를 박탈하였다.

(2) 피고 재산세과에서 피고 소득세과에 이 사건 대가 관련 과세자료를 통보하여 피고 소득세과 담당자가 지정된 시점은 2022. 1. 11.이고, 과세예고통지를 한 시점은 2024. 3. 4.인데, 약 2년 2개월에 가까운 기간 동안 피고가 원고에 대한 종합소득세 부과 여부를 검토하거나 관련 사실을 조사하였다고 볼 증거가 없다. 이에 대하여 피고는 신BB에게 해명자료 제출을 요구하였음에도 신BB이 해명자료를 제출하지 아니하였고, 최종 소명요구일인 2024. 2. 15. 다음달인 2024. 3. 4. 원고에게 과세예고통지를 하였으므로 피고가 장기간 과세자료를 방치하였다고 볼 수 없다는 취지로 주장하나, 신BB이 이 사건 건물의 공유자이자 이 사건 호텔사업의 공동사업자였던 점을 고려하더라도 원고가 아닌 신BB에게 해명자료 제출을 요구한 것이 원고에 대한 종합소득세부과를 위한 조사라고 보기는 어렵다(피고가 2024. 2. 15. 신BB에게 보낸 문자메시지에 의하더라도, 원고와 신BB은 각각 별도로 이 사건 건물 각 1/2 지분에 관한 매매계약서를 작성하였고, 각 매매계약의 특약사항에 호텔 관련 집기의 대가로 3억 5,000만 원이 정하여져 있다).

(3) 신BB에 대한 해명자료 제출 요청부터 원고에 대한 과세예고통지 및 이 사건 처분에 이르기까지의 경과에 비추어 보더라도, 피고는 통상 납세자에게 과세자료에 대한 해명요청을 하였으나 납세자가 불응하는 경우 피고가 그 때까지 확보한 과세자료의 내용대로 세금을 부과한다는 것이고(피고 2026. 4. 2. 자 참고서면 2/4면), 이 사건에서도 2023. 2. 21. 신BB에게 해명자료 제출을 안내하면서 2023. 3. 15.까지 회신이 없거나 제출한 자료가 불충분할 때에는 과세자료의 내용대로 세금이 부과될 수 있음을통지하였다. 그러나 피고는 이후 신BB으로부터 별다른 회신을 받지 못하였음에도 약 1년의 시간이 흐른 2024. 3. 4.에야 원고에게 과세예고통지를 하였다.

(4) 피고의 원고에 대한 과세예고통지일인 2024. 3. 4.로부터 이 사건 대가에 대한 종합소득세 부과제척기간 만료일인 2024. 5. 31.까지는 3개월에서 단 4일이 부족하였을 뿐이므로, 피고는 과세전적부심사를 거치고서도 부과제척기간 내에 목적한 과세처분을 할 수 있었을 것으로 보인다.

다. 소결론

따라서 이 사건 처분은 절차상 하자가 있어 위법하므로, 실체적 하자에 관한 원고의 주장에 대하여 더 나아가 살필 필요 없이 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.