지식재산권 사용료 수입시기는 사용료계약서상 지급일이며 사후적 사용료계약 합의해제계약서 작성경위로 보았을 때 진의에 의한 해제도 아닌 것으로 보여 후발적 경정사유에 해당하지도 아니하는 것을 판단

원고의 이 사건 쟁점회사에 대한 지식재산권 사용료계약서상 사용료 지급일이 도래함으로써 원고의 사용료 사업소득이 발생한 것으로 보아야 하고 계약미이행 사실확인서 작성만으로 사업소득이 불성립했다고 볼 수 없으며 사용료계약 합의해제계약서 역시 진의에 의한 것이 아닌 것으로 보여 사후적 경정사유에도 해당하지 아니함

지식사용권 사용료;수입시기;자산임대;합의해제;사후적 경정청구;미이행 확인서

사 건

2025구합54637 종합소득세경정거부처분취소

원 고

안AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 25.

판 결 선 고

2026. 4. 15.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 9. 30. 원고에 대하여 한 2022년 귀속 종합소득세 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주식회사 BBBBBB의 대표이사(2024. 6. 13. 취임), 주식회사 CCC의 사내이사(2024. 6. 3. 취임)의 지위에 있는 사람이다(이하 위 각 회사를 ‘BBBBBB’, ‘CCC’라 하고, 위 각 회사를 아울러 ‘이 사건 각 회사’라 한다).

나. 원고는 이 사건 각 회사에 자신이 출원하거나 소유 중인 지식재산권 및 신지식재산권(이하 ‘이 사건 지식재산권’이라 한다)에 대해 사용권을 부여하는 내용으로, ① 2021. 4. 1. 주식회사 BBBBBB과 계약기간 2년, 월 사용료 x,000만 원으로 하는 계약 및 ② 2022. 10. 28. 주식회사 CCC와 계약기간 2년, 월 사용료 x,000만 원(2023년 2월부터 x,000만 원에서 x,000만 원으로 감액)으로 하는 계약을 각 체결하였는데(이하 ‘이 사건 각 계약’이라고 하고, 위 각 계약에 따라 이 사건 각 회사가 지급의무를 지는 사용료를 ‘이 사건 사용료’라 한다), 그 주요 내용은 다음과 같다.

BBBBBB과의 2021. 4. 1.자 계약

제 3 조(사용권의 범위) 이 건 계약에 있어서 사용권의 범위는 다음과 같다.

1. 사용기간 : 2021년 04월 01일부터 2023년 03월 31일까지(24개월)

※ 기존 사용에 대한 것은 무상 사용으로 인정.

제 6 조(사용료)

1. BBBBBB은 「본 건 재산권」을 사용한 서비스에 대해 사용료 月 一金 x천만원(₩,000,000)을 현금으로 원고에게 매월 말일에 지급하여야 한다. 다만, 3조에서정한 사용기간 동안에는 사용료는 무상으로 하며 계약의 갱신 시점에 사용료에 대해 협의하기로 한다.

2. 사용료를 무상으로 하는 기간이 연장되었다 하더라도 원고의 사용료 지급 요청이 있으면 즉시 사용료를 납부하여야 하며 사용료는 일할 계산한다.

3. 사용료는 계약기간 내에라도 원고와 협의에 의해 조정할 수 있다.

제 7 조(사용료의 연체)

BBBBBB은 제5조에서 규정하고 있는 사용료를 지급기한 내에 지급하지 않는 경우 지급기일 익일부터 월 3%의 지연이자를 지급한다.

CCC와의 2022. 10. 28.자 계약

1. 사용기간 : 2022년 10월 28일부터 2024년 10월 27일까지(24개월)

1. CCC는 「본 건 재산권」을 사용한 서비스에 대해 사용료 月 一金 x천만원(₩,000,000)을 현금으로 원고에게 매월 말일에 지급하여야 한다. 다만, 2023년 2월부터는 一金 x천만원(一金 ₩,000,000)으로 감액하며 계약의 갱신 시점에 사용료에 대해 협의하기로 한다.

2. 사용료는 계약기간 내에라도 원고와 협의에 의해 조정할 수 있다.

CCC는 제6조에서 규정하고 있는 사용료를 지급기한 내에 지급하지 않는 경우 지급기일 익일부터 월 3%의 지연이자를 지급한다.

다. 원고는 2023. 5. 31.경 2022년 귀속 종합소득세로 이 사건 사용료를 사업소득에 포함하여 사업소득 수입금액 340,000,000원, 세액 77,715,895원으로 신고·납부하였다.

라. 원고는 2024. 6. 13.경 피고에게 기신고한 사업소득금액을 ‘0원’으로 하여 2022년 귀속 종합소득세 77,715,895원의 환급을 구하는 경정청구를 하였으나(이하 ‘이 사건 경정청구’라 한다), 피고는 2024. 9. 30. 원고의 위 경정청구를 거부하였다(이하 ‘이 사건처분’이라 한다).

마. 원고는 이 사건 경정청구 후 이 사건 처분이 있기 전 ① 2024. 7. 3. BBBBBB과 사이에 ‘해당 사용에 대하여 실제 계약대로 실행되지 않아 BBBBBB으로부터 2020. 3. 31.부터 어떠한 형태로의 사용료를 지급받은 바 없고, 계약은 취소되었음을 상호간에 인정하고 확인한다’는 취지의 내용이 담긴 ‘계약 미실행 확인서’를, ② 2024. 8. 7. CCC와 사이에 같은 취지에서 ‘2022. 10. 28.부터 어떠한 형태로의 사용료를 지급받은 바 없다’는 내용이 담긴 ‘계약 미실행 확인서’를 각 작성하였다(이하 ‘이 사건 각 계약 미실행 확인서’라 한다)

바. 원고는 피고의 이 사건 처분에 대하여 2024. 12. 24. 조세심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2025. 4. 4. 원고의 청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증(가지번호가 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 통상 경정청구로서 주장

이 사건 지식재산권은 비물리적 자산으로 그 사용료는 ‘자산을 임대하거나 지역권·지상권을 설정하여 발생하는 소득’이라 할 수 없으므로, ‘지급일로 정해진 날’이 아니라[구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 법률 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제48조 제10호의4], ‘대금을 청산한 날’에 수입이 발생한다고 보아야 하는데(구 소득세법 시행령 제48조 제11호 ), 이 사건 회사들은 당초부터 이 사건 사용료를 지급할 능력이 없었고 실제 지급한 바도 없었으며 결국 이 사건 계약은‘취소’되었으므로, 실질과세 원칙상 원고가 이 사건 사용료 소득이 발생하였다고 할 수 없다.

2) 후발적 경정청구로서 주장

설령 원고의 이 사건 경정청구를 후발적 경정청구로 보더라도, 이 사건 각 회사의 영업 부진과 지급불능 등 계약 성립 후 발생한 사정변경으로 경정을 구할 부득이한 사유가 존재한다.

나. 판단

1) 통상 경정청구 사유 존부

가) 관련 법리

(1) 소득세법상 소득의 귀속시기를 정하는 원칙인 권리확정주의란 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기 사이에 시간적 간격이 있는 경우 과세대상소득이 실현된 때가 아닌 권리가 발생한 때를 기준으로 하여 그때 소득이 있는 것으로 보고 당해 연도의 소득을 산정하는 방식으로서, 실질적으로는 불확실한 소득에 대하여 장래 그것이 실현될 것을 전제로 하여 미리 과세하는 것을 허용하는 원칙이다(대법원 2011. 9. 8.자 2009아79 결정 참조).

(2) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 해야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 않고(대법원 2025. 3. 27. 선고 2024두62738 판결 참조), 조세법률상 개념에 별도의 정의 규정을 두고 있지 않은 이상 민사법과 동일하게 해석하는 것이 법적 안정성이나 조세법률주의가 요구하는 엄격해석의 원칙에 부합한다(대법원 2013. 3. 14. 선고 2011두24842 판결 참조).

구 소득세법 시행령 제48조 는 사업소득의 유형에 따라 수입시기를 각호로 정하면서 제10의4호에서 ‘자산을 임대하거나 지역권ㆍ지상권을 설정하여 발생하는 소득’에 대해 ‘계약 또는 관습에 따라 지급일이 정해진 것’인 경우 ‘그 정해진 날’(가.목), ‘계약 또는 관습에 따라 지급일이 정해지지 아니한 것’인 경우 ‘그 지급을 받은 날’(나.목)로 각 규정하는 한편, 같은 조 제11호에서 ‘제1호부터 제10호까지 및 제10호의2부터 제10호의4까지에 해당하지 아니하는 자산의 매매’의 경우 ‘대금을 청산한 날. 다만, 대금을 청산하기 전에 소유권 등의 이전에 관한 등기 또는 등록을 하거나 해당 자산을 사용수익하는 경우에는 그 등기ㆍ등록일 또는 사용수익일‘로 정하고 있다. 한편 상법 제446조의2 는 ’회사의 회계는 이 법과 대통령령으로 규정한 것을 제외하고는 일반적으로 공정하고 타당한 회계관행에 따른다‘고 규정하고 있고, 이에 해당하는 일반기업회계기준의 「재무회계개념체계」제90문단은 ’자산‘을 ’과거의 거래나 사건의 결과로서 현재 기업실체에 의해 지배되고 미래에 경제적 효익을 창출할 것으로 기대되는 자원‘이라고 폭넓게 규정하고 있다.

나) 구체적 판단

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 원고의 사업소득인 이 사건 사용료는 이 사건 각 계약에 정해진 ’지급할 날‘에 그 수입시기가 도래하여 2022년 귀속 사업소득이 발생하였다고 봄이 상당하다.

(1) 이 사건 각 계약으로 원고와 BBBBBB은 이 사건 지식재산권 사용료로’x0,000,000원을 현금으로 원고에게 매월 말일에 지급하여야 한다‘고 정한 바 있고, 원고와 CCC도 위 지식재산권 사용료로 ’x0,000,000원을 현금으로 원고에게 매월 말일에 지급하여야 한다‘고 정한 바 있으며, 특히 BBBBBB과의 계약에 있어서는 ’기존 사용에 대한 것은 무상 사용으로 인정‘하되, ’사용기간 동안에는 사용료는 무상으로 하며 계약의 갱신 시점에 사용료에 대해 협의하기로 한다‘거나, ’사용료를 무상으로 하는 기간이 연장되었다 하더라도 원고의 사용료 지급 요청이 있으면 즉시 사용료를 납부‘한다고 정하고 있다. 위 각 계약의 문언과 그 체계적 해석에 의하면, 이 사건 각 계약상 원고는 위 각 계약 체결 시점부터 사용료 지급일로 약정한 매월 말일 이 사건 사용료 상당의 소득을 얻게 되며, 다만 BBBBBB과 관계에서는 기존 사용분 또는 무상 사용으로 정한 사용기간 분에 대해서도 원고와 협의 또는 원고의 요청에 따라 사용료를 지급받게 되어 소득을 얻게 된다고 보인다.

(2) BBBBBB은 이 사건 계약에 따른 2022년 사용료 총 xx0,000,000원(월 x0,000,000원의 12개월 분)을 개발비로 계상하면서 원고의 사업소득에 관하여 원천징수한 바 있고, CCC 또한 2022년 사용료 총 xx0,000,000원(월 x0,000,000원의 2개월 분)을 개발비로 계상하면서 원고의 사업소득에 관하여 원천징수한 바 있다. 특히 BBBBBB은 이 사건 지식재산권의 2022년의 사용분 중 계약체결시점인 2022. 4. 1.자 이전의 3개월 분 사용료에 대해서도 원고에 대한 지급을 전제로 원천징수 처리를 하였는바, 2022. 1.~3.의 3개월분에 대하여도 원고에 대한 사용료 지급 협의가 이루어진 것으로 보인다.

(3) BBBBBB은 이 사건 계약으로 발생한 원고에 대한 채무 xx,080,000원(xx0,000,000원에서 3.3%의 원천징수세액을 공제한 금액)을 2022년 재무상태표상 같은 금액의 ‘주주 등 차입금’으로 계상한 바 있고, CCC는 이 사건 계약에서 발생된 원고에 대한 채무 xx,700,000원(xx0,000,000원에서 3.3%의 원천징수세액을 공제한 금액)을 2022년 재무상태표상 같은 금액의 ‘주주 등 차입금’으로 계상한 바 있으며, 위 각 차입금은 당초 ‘미지급금 채무’를 전환한 것으로 보인다.

(4) 이 사건 각 회사의 위와 같은 회계처리는 이 사건 각 사용료 지급채무 그리고 그에 상응하는 원고의 사업소득이 성립되었음을 확인할 수 있는 유력한 사정이다. 원고는 2022년 초 BBBBBB 주식 지분 59.95%를, CCC 주식 지분 92%를 보유하고 있었고, 이 같은 지배력은 2022년 말경까지도 직·간접적 형태로 유지되었던 것으로 보이는바, 이 사건 각 회사의 회계처리와 이로부터 시사되는 이 사건 사용료에 대한 인식이 원고와 무관한 이 사건 각 회사 측의 일방적인 것일 뿐이라 보기는 어렵다.

(5) 이 사건 지식재산권은 특허권(‘리셀상품의 온라인 거래방법 및 시스템’, ‘빅데이터를 이용한 리셀 상품의 미래 가치 평가시스템 및 방법’, ‘리셀 상품의 가치 평가에 기반한 동산 담보 대출시스템 및 리셀 상품의 온라인 등기 시스템’ 등)과 상표권, 도메인 네임 등으로 구성되는데, 이 사건 각 회사는 위 각 계약이 정한 바에 따라 실제 위 각 지식재산권 중 적어도 그 일부를 사용해 온 것으로 보이고, 이로써 매월 이 사건 사용료 지급채무 또한 발생하였다고 보인다. 한편 이 사건 각 계약 중 BBBBBB과의 계약 제6조 제1, 2항은 무상 사용 가능성에 대한 규정을 두고 있기는 하나,이러한 무상 사용 합의가 별도로 이루어졌다고 볼 사정은 없고, BBBBBB의 위 회계처리 내역에 비추어 볼 때 실제 이 사건 사용료가 발생했다고 판단된다.

(6) 앞서 본 바와 같이 상법 및 회계기준의 규정과 그 해석에 비추어 ’자산‘을 물리적 실재를 가진 ’유형자산‘으로만 한정지을 근거는 찾아볼 수 없다. 또한 구 소득세법 시행령 제48조 제11호 는 같은 조 제1호 내지 제10의4호까지 정한 것 외의 자산의 ’매매‘로 인하여 발생한 사업소득의 수입시기를 규정하고 있을 뿐이고, ’대금을 청산하기 전 해당 자산을 사용수익하는 경우에는 사용수익일‘을 수입시기로 정하고 있기도 하다. 결국 이 사건 사용료는 구 소득세법 시행령 제48조 제10의4호에 따라 이 사건 각 계약에 정해진 지급일에 사업소득으로서 수입이 이루어졌다고 보인다.

(7) 원고는 2024. 7.~8.경에 이르러 이 사건 각 회사와 사이에 이 사건 각 계약미실행 확인서를 작성한 바 있으나(원고의 통상 경정청구와 관련하여, 위 각 확인서는 이 사건 각 계약의 취소·해제 등 사후적 사정변경이 아니라, 당초부터 과세대상 소득이 발생하지 않았다는 취지를 확인하는 차원의 문서로 작성된 것으로 보인다), 위 각 확인서가 2022년 과세기간 종료 후 1년 이상이 경과하여 비로소 작성된 점, 그 작성 당시 원고가 이 사건 각 회사의 대표자 지위에 있었던 점 등을 고려할 때, 이 사건 각 계약미실행 확인서 기재 내용만으로 2022년 사업소득이 발생한 사실을 부정하기 어렵고, 이를 회수할 수 없게 된 미수금 채권, 즉 구 소득세법 시행령 제55조 제1항 제16호 및 제2항과 위 각 규정이 준용하는 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 각 호에 따른 필요경비로서 ’대손금‘이라고 볼 근거로도 부족하다.

2) 후발적 경정청구 사유 존부

소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생하여 과세요건이 충족됨으로써 일단 납세의무가 성립하였다 하더라도 그 후 일정한 후발적 사유의 발생으로 말미암아 소득이 실현되지 아니하는 것으로 확정됨으로써 당초 성립하였던 납세의무가 그 전제를 잃게 되었다면, 사업소득에서 대손금과 같이 소득세법이나 관련 법령에서 특정한후발적 사유의 발생으로 말미암아 실현되지 아니한 소득금액을 그 후발적 사유가 발생한 사업연도의 소득금액에 대한 차감사유로 별도로 규정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한 납세자는 국세기본법 제45조의2 제2항 등이 규정한 후발적 경정청구를 하여 납세의무의 부담에서 벗어날 수 있다. 따라서 납세의무의 성립 후 소득의 원인이 된 채권이 채무자의 도산 등으로 인하여 회수불능이 되어 장래 그 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 된 것이 객관적으로 명백하게 되었다면, 이는 국세기본법 시행령 제25조의2 제2호 에 준하는 사유로서 특별한 사정이 없는 한 국세기본법 시행령 제25조의2 제4호 가 규정한 후발적 경정청구사유에 해당한다고 봄이 타당하다(대법원 2014. 1. 29. 선고 2013두18810 판결, 대법원 2018. 5. 15. 선고 2018두30471 판결 등 참조).

계약의 합의해제는 명시적으로뿐만 아니라 당사자 쌍방의 묵시적인 합의에 의하여도 할 수 있으나, 묵시적인 합의해제를 한 것으로 인정되려면 계약이 체결되어 그 일부가 이행된 상태에서 당사자 쌍방이 장기간에 걸쳐 나머지 의무를 이행하지 아니함으로써 이를 방치한 것만으로는 부족하고, 당사자 쌍방에게 계약을 실현할 의사가 없거나 계약을 포기할 의사가 있다고 볼 수 있을 정도에 이르러야 한다. 이 경우에 당사자 쌍방이 계약을 실현할 의사가 없거나 포기할 의사가 있었는지 여부는 계약이 체결된 후의 여러 가지 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 1996. 6. 25. 선고 95다12682, 12699 판결, 대법원 2011. 2. 10. 선고 2010다77385 판결, 대법원1991. 4. 12. 선고 91다2113 판결 등 참조).

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정들을 종합하면, 원고와 이 사건 각 회사 사이에 이 사건 각 계약을 합의해제함으로써 사후적으로원고의 소득이 실현될 가능성이 전혀 없게 되었다고 볼 사정, 즉 후발적 경정청구 사유가 발생하였다고 보기 어렵다.

(1) 원고는 BBBBBB에 2024. 6. 13., CCC에 2024. 6. 3. 각 대표자로 취임한 직후, 원고 자신의 2022년분 소득세 감액을 구하는 2024. 6. 13. 이 사건 경정청구를 하였다. 이 사건 각 계약 미실행 확인서는 그 이후부터 피고의 2024. 9. 30. 이 사건 처분이 있기 전까지 사이인 2024. 7. 3. 및 2024. 8. 7.에 비로소 작성된 것이다.

(2) 이 사건 각 계약 미실행 확인서에는 원고가 이 사건 사용료를 지급받지 않은 점, 이 사건 각 계약이 취소되었음을 상호간 인정·확인한다는 점 외에 이 사건 각 계약의 합의해제에 따른 정산관계에 대하여 아무런 정함이 없다. 특히 이 사건 각 회사는 실제 이 사건 지식재산권을 사용한 것으로 보이는데도 이에 대한 사용료 또는 부당이득의 반환에 관한 정함이 없고, 이 사건 지식재산권의 원상회복 등에 대해서도 규정된 바 없어, 진정한 합의해제의 의사가 상호 일치하여 위 각 확인서가 작성된 것인지에 대해서는 상당한 의문이 있다.

(3) 앞서 보았듯이 이 사건 각 회사는 이 사건 사용료를 원고에게 지급하였거나 그와 같은 채무를 진다는 전제 하에 원천징수 처리하거나 원고에 대한 주주차입금 등 채무로 계상한 바 있다. 또한 원고가 이 사건 각 회사를 상대로 소송 등 이 사건 사용료를 지급받기 위한 노력을 기울인 사정도 찾아볼 수 없는바, 이 점에서도 원고와 이 사건 각 회사가 이 사건 경정청구에 이르러 이 사건 각 계약 미실행 확인서를 작성한 데에 이 사건 계약을 해소시키고 당초 원고에게 귀속된 이 사건 사용료 소득을 원상회복시키거나 사후적으로 소멸시키고자 하는 진의가 있다고 보기 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.