법인이 대표이사로부터 매입한 특허관련 매입액이 상여금에 해당하는지 여부

이 사건 각 특허권의 양수대금은 이 사건 각 특허권에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다고 판단됨

사 건

2025구합52417 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 AAAAAAAAAAAAAA

피 고

〇〇세무서장

판 결 선 고

2026. 5. 8.

주 문

1. 원고들의 피고들에 대한 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 202X. X. X. 원고에 대하여 한 201X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분 중 XX,XXX,XXX원을 초과하는 부분, 201X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분 중 X,XXX,XXX원을 초과하는 부분, 202X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분 중 X,XXX,XXX원을 초과하는 부분, 202X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함)의 부과처분 중 XX,XXX,XXX원을 초과하는 부분 및 202X. X. X. 원고에 대하여 한 201X 사업연도 귀속 BBB의 상여소득금액 XXX,XXX,XXX원의 소득금액변동통지 처분 중 XX,XXX,XXX원을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 200X. X. XX. 건축 설계업 등을 영위하기 위해 설립된 회사로서, 임원으로 대표이사 BBB 등이 있다.

나. BBB은 자신을 특허권자 및 발명자로 하여, 201X. XX. X. ‘노출콘크리트 공법 기반 콘크리트 구조물 시공방법’에 관한 특허를 출원하여 201X. X. XX. 등록번호 ‘XX-XXXXXXX’으로 등록하였고(이하 ‘이 사건 제1특허권’이라 한다), 201X. X. XX. ‘복합적인 터파기 영역에서 적용 가능한 토류벽 구조물’에 관한 특허를 출원하여 201X. XX. X. 등록번호 ‘XX-XXXXXXX’으로 등록하였다(이하 ‘이 사건 제2특허권’이라 하고, 이 사건 제1특허권과 통틀어 ‘이 사건 각 특허권’이라 한다).

다. 원고는 특허가치평가를 거쳐 BBB으로부터 201X. X. X. 이 사건 제1특허권을 X억 X,XXX만 원에, 201X. XX. XX. 이 사건 제2특허권을 X억 X,XXX만 원에 각 양수하여 이를 무형자산으로 계상하였고, 이 사건 각 특허권에 대한 감가상각비를 201X 내지 202X 사업연도의 손금에 산입하여 해당 사업연도의 법인세를 각 신고하였다.

라. 〇〇지방국세청장은 202X. X. X.부터 같은 해 X. X.까지 원고의 201X 내지 202X사업연도에 관한 법인세 통합세무조사를 실시하여 이 사건 각 특허권의 실질적인 소유권은 BBB이 아닌 원고에게 있고, 경제적 가치가 없는 무수익자산에 해당한다고 보아 이 사건 각 특허권의 양수를 부인하고, 양수대금 합계 X억 X,XXX만 원은 BBB에 대한 상여금에 해당하며, 이 사건 각 특허권의 감가상각비를 손금불산입하여야 한다는 등의 세무조사결과를 원고에게 통보하였다. 이에 피고는 202X. X. X. 원고에 대하여 201X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함), 201X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함), 202X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함), 202X년 귀속 법인세 XX,XXX,XXX원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였고, 202X. X. X. 원고에게 이 사건 각 특허권의 양수비용 등 XXX,XXX,XXX원을 BBB의 201X년 귀속 상여로 하는 내용의 소득금액변동통지를 하였다(원고는 청구취지 기재와 같이 위 부과처분 중 이 사건 각 특허권과 관련한 부분만을 다투고 있으므로 이 부분만을 통틀어 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 202X.

XX. XX. 이를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제4, 5, 8 내지 11호증, 을 제1 내지 13호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

BBB이 건축심의위원 활동 등을 통해 이 사건 각 특허권을 스스로 발명하고 특허등록비용을 스스로 부담한 사실 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 특허권은 원고가 아닌 BBB의 소유였고, 재산적 가치도 존재하여 무수익자산으로 볼 수 없다. 또한 피고의 주장처럼 BBB이 원고의 대표이사 본연의 업무를 수행하면서 이 사건 각 특허권에 관한 발명을 하였다고 볼 수 없고, 설령 그렇다고 하더라도 이 사건 각 특허권의 양수비용은 BBB의 직무발명에 대한 정당한 보상금으로 보아야 한다. 따라서 이와 다른 전제에 선 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 관련 법리

가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제19조 제1항, 제20조 제1호는 이익처분에 의하여 손비로 계상한 금액을 원칙적으로 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있고, 같은 법 제26조 제1호는 인건비 중 대통령령이 정하는 바에 따라 과다하거나 부당하다고 인정되는 금액은 내국법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 손금에 산입하지 않도록 규정하고 있으며, 그 위임에 따라 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제43조 제1항은 ‘법인이 그 임원 또는 사용인에게 이익처분에 의하여 지급하는 상여금은 이를 손금에 산입하지 아니한다.’라고 규정하고 있다. 법인이 해당 법인의 영업과 관련하여 임원 또는 직원이 발명, 고안, 창작한 특허권, 디자인권 기타 지적재산권을 취득하면서 해당 임원 또는 직원에게 지급하는 대가는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조 제1호 , 구 법인세법 시행령 제43조 의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 임원 등에게 대가를 지급하였더라도, 그 대가가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 지적재산권의 가치평가의 적절성, 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 대가가 지적재산권에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일하므로 구 법인세법 제43조 제1항 에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성 내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2017. 9. 21. 선고 2015두60884 판결 등 참조).

나) 발명자가 되기 위해서는 단순히 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공하였거나, 연구자를 일반적으로 관리하였거나, 연구자의 지시로 데이터의 정리와 실험만을 하였거나 또는 자금·설비 등을 제공하여 발명의 완성을 후원·위탁하였을 뿐인 정도 등에 그치지 않고, 발명의 기술적 과제를 해결하기 위한 구체적인 착상을 새롭게 제시·부가·보완한 자, 실험 등을 통하여 새로운 착상을 구체화한 자, 발명의 목적 및 효과를 달성하기 위한 구체적인 수단과 방법의 제공 또는 구체적인 조언·지도를 통하여 발명을 가능하게 한 자 등과 같이 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하기에 이르러야 한다(대법원 2014. 11. 13. 선고 2011다77313,77320 판결 등 참조). 그리고 발명자에 해당하는지 여부는 특허출원서의 발명자란의 기재 여부와 관계없이 실질적으로 정해지는 것이다(대법원 2011. 12. 13. 선고 2011도10525 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 특허권이 BBB의 명의로 출원·등록되었으나, 앞서 든 증거들과 갑 제2, 3, 12, 13호증, 을 제14, 16, 19호 증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정에 비추어 보면, 위와 같은 사실과 원고가 제출한 증거들만으로는 BBB이 이 사건 각 특허권의 실질적인 소유자라고 보기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다.

① 이 사건 각 특허권에 관한 기술은 노출콘크리트 공법 기반 콘크리트 구조물 시공방법, 절곡지점이 형성되는 복합적인 형태의 터파기 영역에 설치하기 용이한 토류벽 구조물에 관한 것으로 그 연구·개발을 위해서는 현장에서의 다양한 실험이나 그에 상응하는 비용이 소요될 것으로 보인다.

② 그런데 원고가 제출한 자료들만으로는 BBB이 구체적으로 어떠한 방법으로 이사건 각 특허권에 관한 기술의 발명에 기여하였는지를 알기가 어렵다. 즉 원고는 BBB이 건축심의위원 활동 등을 통해 위 기술에 관한 아이디어를 고안하고, 연구노트를 작성하였다고 주장하나, 그에 따르더라도 BBB이 위 기술의 발명에 대한 기본적인 과제와 아이디어만을 제공한 것을 넘어 기술적 사상의 창작행위에 실질적으로 기여하였다고 단정하기 어렵다. 또한 BBB이 위 기술의 연구·개발을 위한 비용을 지출하였음을 알 수 있는 객관적인 자료 역시 제출되지 않았다.

③ 원고는 201X년경부터 기업부설연구소를 두고 기술지원 및 연구 등을 해왔고, 201X 사업연도에는 XXX,XXX,XXX원을, 201X 사업연도에는 XXX,XXX,XXX원을 경상개발비로 사용해 왔으며, 원고가 기존에 보유한 특허 4건(공동주택용 전기케이블 보호케이스,공동주택용 전기케이블 트레이, 공동주택용 전기분전함 고정구, 공동주택용 실내에 매설되는 콘센트 박스)은 모두 BBB이 발명하였음에도 원고 명의로 출원·등록된 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 각 특허권에 관한 기술의 발명에 원고의 직원 및 시설이 이용되었을 가능성도 배제할 수 없다.

④ 한편 원고는 위 기업부설연구소가 형식적으로 존재하는 것에 불과하다고 주장하나, 위와 같이 원고의 경상개발비가 존재하는 점, 원고의 주장과 같이 기업부설연구소가 형식적으로만 존재한다 하더라도 원고의 기업부설연구소에 관한 자료 및 기술사업계획서의 내용 등에 비추어 원고의 다른 부서에 속한 직원들이 실질적으로 기술지원 및 연구 등을 해온 것까지 부인할 수는 없는 점 등을 종합하여 보면, 원고의 위 주장을 그대로 받아들일 수 없다.

⑤ 또한 BBB이 이 사건 각 특허권을 개인 명의로 취득하고자 특허출원과정에서 그 비용을 지급하였다 하더라도 그러한 사정이 이 사건 각 특허권이 BBB에게 실질적으로 귀속된다는 중요한 근거가 된다고 볼 수는 없다(더구나 특허출원과정에서 지출된 비용이 BBB의 계좌에서 지급되지 않고 현금으로 지급되었다는 점에서 실제로 BBB이 위 비용을 부담하였는지 여부도 의심스럽다).

나) 설령 BBB이 이 사건 각 특허권에 관한 기술을 발명하였다고 하더라도, 앞서든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이는 BBB이 원고의 대표이사로서 직무에 관하여 행한 직무발명에 해당한다고봄이 타당하다.

① 이 사건 각 특허권은 원고의 사업 분야인 건축 설계업에 관한 것으로서 원고의사업과 직접 관련이 있다고 할 수 있고, 앞서 본 바와 같이 원고는 이 사건 각 특허권의 출원·등록 전에도 BBB이 발명자로 되어 있는 기술에 관하여 원고 명의로 특허권을 출원·등록한 사실이 있다.

② BBB은 200X년경부터 원고의 대표이사로 재직해왔는데, BBB이 원고의 사업과 관련이 있는 이 사건 각 특허권에 관한 기술 발명 등을 통해 원고의 건축기법 등을 개선하고, 매출 증대를 위하여 노력하는 것은 BBB의 지위 및 직무내용과 책임 범위 등에 비추어 마땅히 예정되거나 기대되는 행위로서 원고를 위한 직무수행의 일환으로 볼 수 있다.

다) 한편 구 발명진흥법(2021. 4. 20. 법률 제18094호로 개정되기 전의 것)은 종업원 등의 직무발명보상금에 관한 정당한 보상을 받을 권리를 규정하면서(제15조 제1항), 이를 심의하기 위한 직무발명심의위원회의 구성·운영절차, 보상규정의 작성 및 변경과 보상에 관한 통지방법 등을 구체적으로 정하고 있고(제15조 제2항 내지 제4항, 제17조), 보상액이 직무발명에 의하여 사용자 등이 얻을 이익과 그 발명의 완성에 사용자 등과 종업원 등이 공헌한 정도를 고려한 경우에 한하여 ‘정당한 보상을 한 것’으로 보고 있는데(제15조 제6항), 원고가 위 규정에 따른 절차를 준수하고 사용자인 원고 등의 공헌도를 참작하여 BBB에 대한 직무발명보상금을 산정하였음을 인정할 자료가 없는 점 등에 비추어 보면, 이 사건 각 특허권의 양수대금이 BBB의 직무발명에 대한 ‘정당한 보상금’에 해당한다고 볼 수도 없다.

라) 이러한 사정들에다가 앞서 든 증거들과 갑 제6호증, 을 제19호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 종합하여 보면, 이 사건 각 특허권의 양수대금은 이 사건 각 특허권에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 대가의 형식을 취한 것에 불과하다고 판단된다. 따라서 원고가 BBB에게 지급한 이 사건 각 특허권의 양수대금은 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 실질이 동일한 것으로 보이고, 나아가 원고가 제출한 증거들만으로는 이 사건 각 특허권의 정당한 취득가액을 인정하기 어려우므로 이 사건 각 특허권의 양수대금 전부를 손금불산입의 대상으로 보아야 한다. 따라서 이를 전제로 이 사건 각 특허권의 감가상각비를 손금불산입하고, 이 사건 각 특허권의 양수대금을 BBB에 대한 상여로 하는 소득금액변동통지를 한 이 사건 처분은 적법하다.

① 원고는 이 사건 제1특허권에 관하여, BBB이 201X. X. XX. 이를 등록한 후 약 4개월 후 이를 양수하였고, 이 사건 제2특허권에 관하여, BBB이 201X. XX. X. 이를 등록한 후 약 1개월 후 이를 양수하였다. 즉 원고가 이 사건 각 특허권을 양수하기 전까지 이 사건 각 특허권에 관한 기술이 실제 현장에서 활용되거나 한 적은 없었던 것으로 보이고, 이 사건 각 특허권을 출원한 CC 특허법률사무소의 ‘회계처리 안내’ 문건의 기재내용에 의하면 오히려 이 사건 각 특허권의 취득은 가지급금 채무 상계처리 등을 통한 BBB과 원고의 절세를 위한 것으로 볼 수 있다. 실제 이 사건 각 특허권의 양수대금은 BBB에 대한 가지급금 채권과 상계하는 방식으로 지급되기도 하였다.

② 원고로부터 이 사건 각 특허권에 대한 특허가치평가를 의뢰받은 CC 특허법률사무소는 이 사건 각 특허권의 가액을 합계 X억 X,XXX만 원으로 평가하였는데, 원고와 BBB의 관계, 평가의뢰 경위 등을 고려할 때, 위 특허가치평가는 이 사건 각 특허권의 가치가 최대한 높게 평가되기를 바라는 원고와 BBB의 의도에 부합하는 방향으로 그 가치를 평가하였을 가능성이 상당한 것으로 보인다.

③ 또한 위 특허가치평가는 로열티 공제법을 적용하여 이뤄졌는데, 이는 대상 기술의 사업화를 통해 발생할 매출액 추정부터 시작되며 합리적인 추정근거가 제시되어야 한다. 그러나 위 특허가치평가는 원고가 제공한 자료 등을 토대로 평균 매출성장률을 연평균 3.80%로 만연히 추정한 점 등에 비추어 그 평가결과가 적정하다고 단정할 수 없다.

④ 법인이 대표이사 등의 임원으로부터 특허권을 양수하면서 그 대금을 대표이사 등 임원의 가지급금과 상계할 경우, 법인으로서는 특허권을 장부에 자산으로 계상하여 감가상각비를 손금으로 인정받아 법인세를 절감할 수 있다. 또한 대표이사 등의 임원이 상여 등을 통해 법인의 이익잉여금을 배당받을 경우 구 소득세법(2020. 12. 29. 법률 제17757호로 개정되기 전의 것) 제55조에 따라 최대 42%의 세율이 적용되는 반면, 이를 특허권의 양도대금으로 지급받을 경우에는 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정되기 전의 것) 제21조 제1항 제7호, 구 소득세법 시행령(2019. 2. 12.대통령령 제29523호로 개정되기 전의 것) 제87조 제1의2호에 따라 기타소득으로 분류되어 70%를 필요경비로 인정받음으로써 보다 적은 세율이 적용된다.

3. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.