피고는 법인으로 보는 단체로 승인받은 바가 없어 1거주자로 보아 이 사건 경정청구를 거부한 처분은 적법함

법인세법 시행령 제3조 제1항에 따라 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 날이 법인의 사업연도 개시일이고, 원고는 이 사건 임야 등을 양도한 후에야 주무관청으로부터 구 국세기본법 제13조 제2항에 따른 법인으로 승인받았으므로 이 사건 처분은 적법함

사 건

2025구단53007 양도소득세경정거부처분취소

원 고

AAAAAAAAAA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 27.

판 결 선 고

2026. 5. 8.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 20xx. x. x. 원고에게 한 20xx년 귀속 양도소득세 xxx,xxx,xxx원의 경정청구에 대한 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 19xx. x. xx. XX시 XX읍 XX리 산X-XX 임야 X,XXX㎡(이하 ‘이 사건 임야’라고 한다), 같은 리 XXX-XX 전 XX.X㎡ 및 같은 리 XXX-XXX 전 XXX.X㎡에 관한 각 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2018. X. XX. XX시에게 공익사업을 위한 협의취득을 원인으로 이 사건 임야를 포함한 가.항 기재 각 토지를 양도하면서 XX시로부터 보상금 X,XXX,XXX,XXX원을 수령하였다.

다. 원고는 이 사건 임야 등 양도에 관하여, 2018. X. XX. 예정신고를 하고 2018년 귀속 양도소득세로 XXX,XXX,XXX원을 납부하였다가, 2019. 5. 31. 납부할 세액을 양도소득세 XXX,XXX,XXX원 및 농어촌특별세 X,XXX,XXX원으로 하여 확정신고를 하면서 이미 납부한 양도소득세 중 일부를 환급받고, 위 농어촌특별세를 납부하였다.

라. 원고는 2024. X. XX. 피고에게 ‘원고는 법인으로 보는 단체에 해당하여 법인세법의 적용을 받고, 이 사건 임야는 법인세법상 비과세 요건을 충족하므로, 위 임야에 대한 양도소득세 XXX,XXX,XXX원은 환급되어야 한다’라는 취지로 주장하면서 이미 납부한 2018년 귀속 양도소득세 등에 대한 경정청구를 하였고, 피고는 2024. X. X. ‘원고가 위 임야 등 양도 당시 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 법인으로 보는 단체로 신청하여 승인을 받은 바 없다’라는 이유로 이를 거부하였다(이하 위 거부처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2024. X. XX. 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2025. X. XX. 기각되었다.

바. 한편 원고는 2016. 11. 11. 이전 XX시장으로부터 부동산등기용 등록번호(XXXXXX-XXXXXXX)를 부여받고, 2023. 11. 8.경 ○○세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받아 고유번호(XXX-XX-XXXXX)를 부여받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5, 6, 9, 12, 14, 15, 17, 18, 19호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 제1 내지 5, 7, 8, 9호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

1) 원고가 이 사건 임야 양도 전 부동산등기법과 법인 아닌 사단․재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정에 의하여 XX시장으로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받은 점, 이는 국가 등기시스템을 통하여 원고가 독립된 재산을 소유하고 법률관계를 형성할 수 있는 실체를 완비하였음을 공식적으로 확인받았음을 의미하는 점, 기초자치단체에 부동산등기용 등록번호를 신청하여 부여받은 경우 이를 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에 정한 ‘주무관청에의 등록’으로 인정함이 타당한 점, 실질과세의 원칙, 원고가 3년 이상 위 임야를 고유목적사업에 직접 사용한 점 등에 비추어 볼 때, 원고는 위 국세기본법 규정에 정한 법인으로 보는 단체에 해당하여, 비영리 내국법인으로서 소득세법령이 아닌 법인세법령의 적용을 받을 뿐이고, 원고가 위 임야를 처분하고 취득한 보상금에 대하여는 법인세가 면제되는바, 이와 다른 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

2) 한편, BBBBBBBBBB 종중(이하 ‘이 사건 종중’이라 한다)은 2016. 5. 3.경 ○○세무서장으로부터 국세기본법 제13조 제2항 에 따라 법인으로 보는 단체로 승인받았고, 원고는 위 종중의 내부조직에 불과하여 원고에게도 위 승인의 효력이 미치는바, 원고 또한 위 규정에 따라 법인으로 보는 단체에 해당하게 됨으로써 법인세법령의 적용을 받는다 할 것이므로, 이를 간과한 이 사건 처분은 위법하다.

3) 설령 원고가 이 사건 종중과 별개라고 하더라도, 원고는 위 종중으로부터 이 사건 임야를 명의신탁 받았을 뿐이고, 위 종중은 위 임야 양도 전 이미 법인으로 보는 단체로 승인을 받았는바, 위 임야를 양도하고 취득한 보상금은 비영리 내국법인인 위 종중이 3년 이상 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산을 매각하여 생긴 수입에 해당하여 그에 관한 법인세가 면제되므로, 이 사건 처분은 위법하다.

나. 판단

위에서 인정한 사실, 앞서 든 증거들 및 갑 제13호증, 을 제6호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고는 이 사건 임야 등 양도에 관하여 소득세법령에 따른 양도소득 과세 대상이라 할 것이므로, 이러한 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하고, 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

1) 이 사건 종중이 EEEE공 CCC를, 원고가 CCC의 16세손인 FF공 DDD를 각 공동시조로 하여 그 각 후손들로 구성되어 있는 점, 위 종중과 원고가 별개로 종규를 제정하고 개정하여 온 점, 위 종중의 종규와 원고의 종규에 정한 묘제의 일시 및 장소가 서로 다른 점, 위 종중과 원고가 별개로 부동산등기용 등록번호를 부여받고, 법인으로 보는 단체 승인도 별도로 받은 점 등에 비추어 보면, 원고가 주장하는 바와 같이 위 종중과 원고의 현재 대표자 및 주사무소 소재지가 동일하다는 등 사정만으로는 원고가 위 종중의 내부조직이라고 보기 어렵고, 오히려 원고는 위 종중과 별개의 종중으로 법인격 없는 사단에 해당한다고 봄이 타당하다. 원고 또한 스스로 원고가 위 종중으로부터 분파된 하위 종중이라고 진술한 바 있다.

2) 구 국세기본법(2018. 12. 31. 법률 제16097호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국세기본법’이라 한다) 제13조 제1항은 법인격 없는 사단, 재단, 그 밖의 단체를 ‘법인 아닌 단체’라고 하면서, 위 단체들 중 ‘주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것’ 및 ‘공익을 목적으로 출연된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것’의 요건을 갖춘 단체를 법인으로 본다고 규정하고 있으므로, 법인격 없는 사단은 법인격 없는 재단과는 달리 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 주무관청에 등록한 것이 아니라면 세법의 적용에 있어서 법인으로 볼 수 없고, 위 규정은 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상을 특정하기 위하여 법인격 없는 사단, 재단, 그 밖의 단체 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 것으로서 조세법의 특성 및 법적 안정성에 기초한 합리적인 규정이라 할 것인데(대법원 2002. 2. 8. 선고 2000두1652 판결 참조), 원고는 위 규정에 정한 요건을 갖춘 바 없다.

3) 앞서 본 바와 같이 원고가 2016. 11. 11. 이전 XX시장으로부터 부동산등기용 등록번호를 부여받아 이 사건 임야 등에 관한 소유권이전등기 등 등기업무를 처리하였음은 인정되나, 위 부동산등기용 등록번호는 부동산등기법 제26조 제1항 , 제48조 제2항, 제49조 제1항 제3호, 법인 아닌 사단․재단 및 외국인의 부동산등기용 등록번호 부여절차에 관한 규정 제8조에 의하여 부동산 등기에 관하여 등기권리자나 등기의무자의 기재를 하기 위한 것일 뿐이고, 부동산등기법 제49조 제1항 제3호 가 시장․군수․구청장을 법인 아닌 사단․재단의 부동산등기용 등록번호 부여권자로 규정하고 있다하여 위 시장․군수․구청장이 구 국세기본법 제13조 제1항 제1호 에서 정한 원고의 주무관청이 된다고 볼 수도 없다.

4) 국세기본법 제14조 에서 규정하는 실질과세의 원칙은, 납세의무자가 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우 그 형식이나 외관에 불구하고 그 뒤에 숨어 있는 실질에 따라 과세요건이 되는 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 발생, 귀속과 내용 등을 파악하여 과세하여야 한다는 국세부과의 원칙을 말하는 것이고(대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 참조), 위에서 본 바와 같이 국세기본법 제13조 는 조세법의 특성상 과세되는 조세의 종류 및 과세대상 특정을 위하여 법인격 없는 사단 등 중 일정한 요건을 갖춘 단체에 대하여만 세법의 적용에 있어 법인으로 본다는 규정인바, 설령 원고가 구 국세기본법 제13조 제1항 에 정한 법인으로 보는 단체로서의 실질을 갖추었다 하더라도, 위 규정에서 정한 요건을 충족하지 못한 원고를 법인으로 보는 단체로 보지 않고 거주자로 보아 양도소득세를 부과하는 것이 실질과세의 원칙에 위배된다고 볼 수는 없다.

5) 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제3조 제1항 제1호 라.목은 관할 세무서장으로부터 법인으로 보는 단체로 승인받은 날을 법인의 사업연도 개시일로 규정하고 있는데, 원고는 이 사건 임야 등을 양도한 후인 2023. 11. 8.경에야 주무관청으로부터 구 국세기본법 제13조 제2항 에 따른 법인으로 보는 단체로 승인받았다.

6) 원고의 종규 제18조가 ‘원고 재산은 상위 종중인 이 사건 종중의 신탁재산 중 EEEE공의 16세손 FF공(명 : 시표) 후손 명의로 신탁하여 등록한(된) 위 종중으로부터 분파하면서 계승된 재산(자산)을 원고 명의로 특별조치법에 기하여 등기한 재산 등(임야, 전, 답, 잡종지, 하천 등의 토지와 이에 따른 제각 등 부수물)을 기초로 한다’라고 정하여, 이 사건 임야 등이 원고가 위 종중으로부터 승계한 것임을 나타내고 있는 점, 원고 스스로도 ‘위 종중은 소유 부동산을 종원들에게 명의신탁하여 관리하고 있었는데, 위 종중으로부터 원고가 분파되어 나오게 되면서 위 종중의 재산을 명의신탁 받은 종원들 중 원고에 속하여 분파되어 나올 FF공의 후손인 종원이 명의신탁 받아 관리하고 있던 부동산은 원고에게 관리권한을 넘기기로 결정되었다. 위 임야를 명의신탁 받아 관리하고 있던 GGG 외 2명이 원고에 속하게 됨에 따라 위 임야도 원고에게 넘어오게 되었고, 원고는 부동산소유권이전등기등에관한특별조치법에 따라 위 임야의 소유자로 등기하게 되었다’라고 진술한 점 등에 비추어 볼 때, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 위 종중으로부터 위 임야를 명의신탁받았다고 인정할 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없어 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.