재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당함

이 사건 세금계산서는 실제 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 실제로 이 사건 매입처로부터 이 사건 매입계산서에 상응하는 용역을 제공받았다거나 이 사건 매출처에 용역을 제공하였다고 인정하기에 부족함

사 건

2025구합50572

원 고

AA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 26.

판 결 선 고

2026. 4. 23.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 6. 14. 원고에게 한 별지1 표 ‘납부고지금액’란 기재 부가가치세 및 종합소득세[부가가치세 합계 xxx원(각 가산세 포함), 종합소득세 합계 xxx원(각 가산세 포함) 총 xxx원] 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2019. 8. 2. ‘A인테리어’라는 상호로 사업자등록을 하고 건설업(종목 전문건설하도급)을 영위하는 개인사업자이다.

나. 원고는 2021년 제2기부터 2023년 제2기까지, ① 주식회사 B(이하‘이 사건 매출처’라 한다)에 2022년 제2기 및 2023년 제2기 각 매출세금계산서(2022년제2기 공급가액 합계 xxx원 상당, 2023년 제2기 공급가액 xxx원 상당,이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 하고, 기초가 된 거래를 ‘이 사건 매출거래’라 한다)를 발급하고, ② C 인테리어 등 4개의 사업자(이를 합하여 이하 ‘이 사건 매입처’라 한다)로부터 아래 표 기재와 같이 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 하고, 기초가 된 거래를 ‘이 사건 매입거래’라 한다)를 수취하여(이 사건 매출․매입세금계산서를 합하여 이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다), 이에 기해 2021년 제2기분 내지 2023년 제2기분 각 부가가치세 및 2021년 및 2022년 귀속 각 종합소득세를 신고․납부하였다.

다. 피고는 2024. 2. 26.부터 2024. 5. 24.까지 원고를 대상으로 세무조사를 실시하여 이 사건 세금계산서가 실제 용역의 공급 없이 발급․수취된 것으로 판단하였고, 그에 따라 2024. 6. 14. 원고에게 2021년 제2기 내지 2023년 제2기 부가가치세 합계 xxx원(가산세 포함), 2021년 및 2022년 귀속 종합소득세 합계 xxx원(가산세 포함)을 각 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 원고는 이에 불복하여 2024. 9. 5. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 1. 7. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 피고는 이 사건 매입처의 대표자들을 상대로 이 사건 매입거래에 관한 조사절차 등을 거치지 않은 채 세무조사를 종결하였고 무리하게 조세범칙 사건으로 전환함으로써 원고로부터 과세전적부심사 기회까지 박탈하였다. 위 세무조사에는 세무조사권을 남용한 절차적 위법이 존재한다(‘주장 ①’이라 한다).

나. 원고는 이 사건 매출처, 매입처에 대하여 실제 용역을 공급하거나 공급받고 이 사건 세금계산서를 발급․수취하였다(‘주장 ②’라 한다).

다. 가사 이 사건 매입세금계산서에 형식적 하자가 있어 이 사건 매입거래에 대한 매입세액을 불공제하더라도, 수익비용 대응의 원칙상 원고의 매출에 대응하는 매입비용은 필요경비로 인정되어야 한다(‘주장 ③’이라 한다).

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 인정사실

앞서 든 증거들, 갑 제5 내지 10호증, 을 제3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하면 다음 사실이 인정된다.

1) 원고는, 대형 가구전문 업체(D, E 등)에서 인테리어 공사를 도급받은 실내시공 업체(F 등)로부터 부분 하도급을 받는 형태로 싱크대, 일반가구, 문짝 양중, 조립 등 설치공사를 해왔다.

2)

가) 세무조사에서 확인된 원고, 이 사건 매입처 등과의 금융거래내역에 의하면,매출거래처로부터 원고의 사업용계좌에 입금된 거래대금이 이 사건 매입처 계좌로 지급된 후 그 대금 중 일부가 원고의 개인계좌 또는 원고의 배우자, 형(a) 명의의 계좌로 다시 입금되거나, 이 사건 매입처 계좌에서 현금으로 인출되어 당일 원고의 개인계좌에 다시 현금 입금되는 유형의 금융거래가 확인되었다(가공매입 ①유형). 또한 정상거래라면 이 사건 매입세금계산서의 공급가액만큼의 대가가 이 사건 매입처에 지급되어야 하나 위 금융거래내역 상 전액이 지급되지 않은 유형의 거래 또한 확인되었다(가공매입 ②유형).

나) 이 사건 매입처의 현황에 관하여 본다.

(1) ‘C인테리어’ 2021. 7. 22. 개업하여 원고에게 이 사건에서 문제된 세금계산서 등을 발급한 후 2022. 7. 31. 고액체납(체납액 xxx원 상당)을 사유로직권 폐업되었다.

(2) ‘G인테리어’는 2022. 8. 9. 개업하여 원고에게 이 사건에 문제된 세금계산서 등을 발급한 후 2023. 2. 16. 고액체납(체납액 xxx원 상당)을 사유로 직권 폐업되었다.

다른 세무관서(□□세무서)에서 G인테리어를 대상으로 실시한 세무조사결과 원고에게 발급한 공급가액 총 11억 원의 매출세금계산서 중 합계 4억 원 상당의 매출세금계산서가 허위의 세금계산서임이 확인되어 위 업체 대표가 조세범 처벌법 위반 혐의로 고발되었다.

(3) ‘H가구’는 2022. 9. 21. 개업하여 원고에게 이 사건에서 문제된 세금계산서 등을 발급한 후 부가가치세를 신고하지 않았고, 2023. 8. 31. 직권 폐업되었다.다른 세무관서(△△세무서)에서 H가구에 대하여 실시한 세무조사 결과 H가구가 원고에게 발급한 세금계산서가 전부 허위 세금계산서로 판단되어, 위 업체 대표자가 조세범 처벌법 위반 혐의로 고발되었다.

(4) ‘II인테리어’는 2023. 7. 13. 개업하여 원고에게 이 사건에서 문제된 세금계산서를 발급한 후 부가가치세에 관하여 무실적 신고를 하였다.

다) 피고는 원고가 이 사건 매입처로부터 수취한 매입세금계산서에서 가공매입①유형, ②유형의 각 공급대가 관련한 공급가액을 가공매입으로 판단하였다.

3) 이 사건 매출거래에 관하여 보면, 원고에 대한 세무조사에서 원고와 이 사건 매출처 사이에는 거래대금 관련한 금융거래내역이 확인되지 않았다. 이 사건 매출처는 2019. 11. 25. 개업하여 현재 고액(xxx원 상당)의 체납액이 있으며, 이 사건 매입처 중 ‘G인테리어’에 대한 위 세무조사 당시 G인테리어가 이 사건 매출처에 발급한 공급가액 합계 xxx원 상당의 세금계산서는 모두 허위인 것으로 판단되었다.

4) 피고는 원고에 대한 세무조사를 종결하고 2024. 6월경 원고를 조세범 처벌법 제3조 제1항 및 제10조 제3항 제1호 위반 등의 혐의로 고발하였다.

나. 판단

1) 원고에 대한 세무조사의 절차적 위법 여부[주장 ①]

위 인정사실 및 앞서 든 증거들, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음 사정을 종합하면, 원고에 대한 세무조사가 부실 조사라거나 피고가 세무조사권을 남용하였다고 보기 어려우므로, 이에 반하는 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 피고는 세무조사에서 원고와 이 사건 매입․매출거래처 사이의 금융거래내역 분석, 다른 세무관서에서 파생한 조사결과 확인, 위 거래처들의 현황과 사업 실체성에 대한 조사 등을 진행하였다.

나) 이 사건 매입처를 상대로 실제 거래인지 여부를 조사하지 않았다는 취지의 주장과 관련하여, 피고는 이 사건 매입처 4곳에 거래사실조회의뢰문을 발송하였으나 모두 반송되었고, II인테리어(당시 중국 체류 중)를 제외하고는 전화통화도 불가능하였다. 이 사건 매입처는 전부 대표자가 중국 출신(원고는 세무조사에서 이 사건 매입처 대표자들이 중국 지인들이라는 취지로 진술한 바 있다)으로, 피고가 고발한 형사사건에서 또한 중국체류 등의 사유로 소재가 파악되지 않은 것으로 보인다. 이 사건 매입처중 3곳은 단기간 사업 운영 후 고액체납 등을 사유로 직권 폐업되었고, G인테리어와 H가구의 대표자가 다른 세무관서에서 고발조치 되었음은 앞서 본 바와 같다(피고가 세무조사 시 제출한 의견이나 2025. 7. 15. 제출된 답변서에 의하면 이 사건 매입처 모두 매출에 대응하는 매입세금계산서나 인건비 신고내역 또한 존재하지 않는다),아울러 II인테리어 대표자는 세무조사 당시 전화통화에서 부가가치세 무실적 신고에 대하여 신고 착오로서 수정신고하겠다는 취지로 진술하였으나 현재까지 수정신고 이력은 확인되지 않는다.

다) 또한 원고가 조세범 처벌법 위반 혐의 등으로 고발됨에 따라 원고에게 과세전적부심 청구 기회가 보장되지 않았으나, 이는 국세기본법 제81조의15 제3항 제2호 에서 세무서장이 납세자를 조세범 처벌법 위반으로 고발하는 경우 과세전적부심사청구에 관한 위 규정 제2항이 적용되지 않는다고 한 것에 따른 절차로서, 앞서 살핀 원고에 대한 세무조사의 내용이나 경과 등에 비추어 이 사건 매입처에 대한 조사를 포함하여 원고에 대한 세무조사가 부실하게 이루어졌다고 보기 어려운 이 사건에서, 피고가 세무조사권을 부당하게 남용하였다거나 원고의 절차적 권리를 침해하였다는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

2) 이 사건 세금계산서의 허위 여부[주장 ②]

가) 관련 법리

특정 거래가 실질적인 용역의 제공이 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래 과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 ‘사실과 다른 세금계산서’에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2009. 6.23. 선고 2008두13446 판결 참조).다만 납세의무자가 신고한 특정 재화 또는 용역의 공급 거래에 관한 세금계산서가 재화 또는 용역의 수수 없이 허위로 작성되었다는 점이 과세관청에 의해 상당한 정도로 증명되어 그것이 가공거래인지 여부가 다투어지고, 납세의무자가 주장하는 특정 거래가 실제로 재화의 인도 또는 용역의 제공 등이 없는 가공거래라는 사실이 상당한 정도로 증명된 경우에는 그러한 거래에 있어서 재화가 실제로 수수되었다거나 용역의 공급이 실제로 있었다는 점에 관하여 장부와 증빙 등의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다고 봄이 타당하다(대법원 2009. 8. 20. 선고2007두1439 판결, 대법원 2013. 1. 10.자 2012두21253 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위 인정사실과 앞서 든 증거들, 을 제4호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음의 사정들을 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 세금계산서는 실제 거래 없이 허위로 작성되었다는 점이 상당한 정도로 증명되었다고 할 것이고, 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 실제로 이 사건 매입처로부터 이 사건 매입계산서에 상응하는 용역을 제공받았다거나 이 사건 매출처에 용역을 제공하였다고 인정하기에 부족하며, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

(1) 이 사건 매입거래에 관하여

○ 앞서 살핀 원고와 이 사건 매입처간 금융거래내역을 분석한 결과에 의하면 원고가 지급한 거래대금이 다시 원고에게 귀속되는 형태를 띠고 있어 원고와 이 사건 매입처 간에 해당 매입거래를 정상거래로 위장하기 위하여 대금지급내역을 조작하였을 가능성이 상당하다.

○ 세무조사뿐만 아니라 소송 과정을 통해서도 이 사건 매입처가 실제 원고로부터 인테리어 공사 재하도급을 받아 공사를 하였다면 통상 작성되었으리라 보이는 공사 내역서, 현장 작업일지, 정산서 등의 증빙자료가 제출된 바 없다. 원고는 세무조사 과정에서 매입, 매출 거래가 구두계약으로서 계약서는 존재하지 않는다는 취지로 진술하였고, 소송 과정에서는 단순히 원고의 사업형태, 규모에 비추어 재하도급이 불가피한 상황에서 매출거래가 진성거래인 이상 매입거래는 실재하는 것이라는 취지로만 변론하고 있다. 그런데 이 사건 매입처는 단기간 사업을 영위하여 고액체납하거나 무신고 후 폐업하였고, 모두 매출에 대응하는 매입세금계산서나 인건비 신고내역은 확인되지 않는 업체들로서 사업의 실체가 불분명하다.

○ 원고는 가공매입 ①유형의 금융거래와 관련하여, 이 사건 매입처에 현장인건비 충당 등의 목적으로 대여한 돈을 변제받은 것이라는 취지로 주장하나, 이 사건 매입처 대표자들 명의의 확인서만 제출되었을 뿐 이와 같은 별도의 금전거래를 증명할 만한 금융거래내역, 차용증 등의 자료는 제출된 바 없다. 매출처의 거래대금이 매입처에 지급된 당일 반환되는 금융거래 유형이 가공 매입에서의 금융거래 전형에 가깝다는 점에서 그 추정을 저지할 별도의 금전거래의 존재는 적어도 금융거래, 차용증, 장부 등의 객관적인 증빙을 요하나, 이를테면 원고의 대여금 지급에 관한 금융증빙이 없을 뿐더러 이와 관련한 타당한 설명도 제시되지 않았다(인건비를 현금으로 지급할 필요성이나 건설현장의 자금운용 현실이 원고가 직접 현금으로 이를 마련할 필요성이나 자료가 부존재한 사정을 충분히 설명하는 것은 아니다).

(2) 이 사건 매출거래에 관하여

○ 세무조사 과정에서 원고와 이 사건 매출처 사이에는 거래대금과 관련한 금융거래내역이 확인되지 않은 점, 이 사건 매입처인 G인테리어에서 이 사건 매출처로 상당한 금액의 허위 세금계산서가 발급된 것으로 보이는 점 등은 앞서 인정한 바와 같고, 갑 제8호증의 기재만으로는 이 사건 매출거래가 실제 거래임을 증명하기에 부족하다.

○ 이 사건 매출거래와 관련하여 원고는 혐의없음(증거불충분)의 불송치 결정을 받은 것으로 보이나, 형사재판과 행정재판은 증명책임의 분배나 증명의 정도를 달리하므로 위와 같은 불송치 결정 사실만으로 이 사건 매출거래가 가공거래임이 부인되는 것은 아니다.

○ 한편 이 사건 매출세금계산서가 허위의 세금계산서가 아니라고 보더라도, 과세처분 취소소송에 있어서의 심판대상은 과세관청이 부과 고지한 과세표준과 세액이 객관적으로 존재하는가의 여부로서, 과세처분 취소소송의 소송물은 각 개별 쟁점 그 자체(쟁점주의)가 아닌 과세관청이 결정한 과세표준 및 세액의 객관적 존부(총액주의)인데, 이 사건 매입세금계산서에 따른 매입세액 공제가 부당한 이상, 이 사건 매출세금계산서가 허위 세금계산서가 아니라고 볼 경우 부가가치세 및 종합소득세 과세표준이 이 사건 처분의 과세표준보다 증가될 수밖에 없어 결과적으로 원고가 부담하여야 할 부가가치세 및 종합소득세는 이 사건 처분의 세액을 초과하게 된다. 따라서 이 사건 매출세금계산서가 허위 세금계산서인지 여부와 관계없이 이 사건 처분은 위법하다

고 볼 수 없다.

3) 매출에 대응하는 매입비용이 필요경비로 인정되어야 한다는 주장[주장 ③]

납세의무자가 신고한 비용 중의 일부 금액에 관한 세금계산서가 과세관청인 피고에 의해 실물거래 없이 허위로 작성된 것이 판명되어 그것이 실지비용인지의 여부가 다투어지고 납세의무자가 주장하는 비용의 용도와 그 지급의 상대방이 허위임이 상당한 정도로 입증되었다면, 그러한 비용이 실제로 지출되었다는 점에 대하여는 그에 관한 장부기장과 증빙 등 일체의 자료를 제시하기가 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다(대법원 2014. 12. 11. 선고 2012두20618 판결 참조).앞서 본 바에 의하면, 원고가 실물 거래 없이 이 사건 매입세금계산서를 수취한 것으로 인정되는 이상, 필요경비에 산입되어야 하는 비용의 지출에 관하여는 원고가 이를 증명할 필요가 있다. 이와 관련하여서도 원고는 매출처로부터 공사를 하도급받아 자신이 인력을 모으거나 이 사건 매입처 등에 재하도급을 주어 공사를 수행하는 방식으로 사업을 하였고 매출거래가 진성거래인 이상 상응하는 매입비용이 지출된 것으로 봄이 타당하다는 취지의 주장 외에는 개별 거래에서 지출된 인건비 등 구체적인 비용에 관하여 주장․증명을 하고 있지 않다. 원고가 들고 있는 대법원 2012. 1. 26. 선고2011두23443 판결은, 허위의 세금계산서 수취에도 불구하고 실제 지출된 매입비용이 인정되는 경우 이를 손금에 산입할 수 있다고 본 사례로, 원고가 지출한 매입비용 자체가 증명되지 아니한 이 사건에 위 판결을 그대로 원용할 수 없다.따라서 원고의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.