철거예정건물의 공급가액을 “0”으로 신고한 것이 적정한지 여부

원고가 부가가치세 신고한 이 사건 건물의 가액인 0원은 위와 같이 기준시가로 안분계산한 가액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하나, 이 사건 건물의 공급과 관련한 세금계산서 미발급 가산세를 부과한 처분은 위법하여 취소되어야 함

사 건

2023누69727 부가가치세부과처분취소

원고, 상고인

AAA

피고, 피상고인

BB세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 13.

판 결 선 고

2026. 4. 10.

주 문

1. 제1심판결 중 아래에서 취소를 명하는 부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소한다.

피고가 2021. 11. 1. 원고에 대하여 한 2020년 제1기 귀속 부가가치세 106,xxx,760원(가산세 포함)의 부과처분 중 세금계산서 미발급 가산세 15,xxx,652원 부분을 취소한다.

2. 원고의 나머지 항소를 기각한다.

3. 소송총비용 중 85%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 11. 1. 원고에 대하여 한 2020년 제1기 귀속 부가가치세 106,xxx,760원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위, 2. 처분의 적법 여부

이 법원이 이 부분에 관하여 적을 이유는, 아래와 같이 그 일부를 추가하거나 고쳐쓰는 외에는 제1심판결의 이유 중 해당 부분(제1심판결 제2쪽 제2행부터 제8쪽 제16행) 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지와 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제3쪽 제4행의 “가산세 포함”을 “일반과소신고 가산세 7,xxx,825원, 세금계산서 미발급 가산세 15,xxx,652원, 납부지연 가산세 9,xxx,196원 포함”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제3쪽 제5행의 “가산세 포함”을 “일반과소신고 가산세 7,xx,825원, 세금계산서 미발급 가산세 15,xxx,652원, 납부지연 가산세 8,xxx,021원 포함”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제3쪽 마지막 행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『3) 적어도 매매대금을 안분하여 계산한 가액과 실지거래가액의 차액에 대하여 세금계산서를 교부할 의무가 있다고 보기 어려우므로, 이 사건 처분 중 세금계산서 미발급가산세를 부과한 부분은 위법하다.』

○ 제1심판결 제4쪽 마지막 행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『원고는, 이 사건 회사는 원고와 이 사건 매매계약을 체결하기 전부터 서울주택도시공사에 행복주택을 공급하기 위해 애초부터 이 사건 토지와 건물을 매수 후 이 사건 건물을 신속히 철거하고 그 부지에 행복주택을 신축·매각하려 하였고, 실제로 이 사건 건물을 철거하였으므로, 이 사건 건물을 건물로 사용할 여지가 없었고 이 사건 건물이 창출하는 부가가치 또한 없었기에, 원고가 이 사건 건물을 재화인 건물로 ‘사용’하도록 공급하였다거나 재화인 건물로 ‘인도’하였다고 볼 여지가 없어 부가가치세법상의 재화의 공급이 있다고 볼 수 없고, 원고가 수령한 매매대금에도 이 사건 건물과 실질적·경제적 대가 관계에 있는 금원이 포함되어 있지도 아니한바, 이처럼 이 사건 건물의 이전은 부가가치세법에서 정하는 ‘재화의 공급’에 해당하지 아니하므로 구 부가가치세법 제29조 제9항 을 적용할 수 있는 전제 자체가 성립하지 아니한다고 주장한다.

살피건대, 구 부가가치세법 제9조 제1항 은 부가가치세의 과세대상이 되는 거래 중 재화의 공급에 관하여 “재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것으로 한다.”고 정하고 있으며, 구 부가가치세법 시행령 제18조 제1항 제4호 는 구 부가가치세법 제9조 제1항 에 따른 재화 공급의 하나로 “경매, 수용, 현물출자와 그 밖의 계약상 또는 법률상의 원인에 따라 재화를 인도하거나 양도하는 것”으로 규정하고 있다. 그런데 원고가 이 사건 매매계약을 체결한 다음 이 사건 매매계약을 원인으로 하여 이 사건 건물에 관하여 이 사건 회사 명의의 소유권이전등기를 마쳐준 사실은 앞서 본 바와 같고, 앞서 든 증거들을 비롯하여 원고가 당심에 이르기까지 제출한 증거들을 더하여 보면, 이 사건 회사가 이 사건 매매계약에 따라 이 사건 토지와 그 지상에 있는 이 사건 건물을 원고로부터 인도받아 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지 지상에 주거형 오피스텔을 신축한 사실을 인정할 수 있다. 그렇다면 이 사건 회사는 원고로부터 이 사건 토지 및 그 지상에 있던 이 사건 건물을 이 사건 매매계약을 원인으로 하여 양수하고 인도받았다고 할 것이므로, 그와 같은 건물의 양도와 인도는 구 부가가치세법에서 정하는 과세대상 거래인 재화의 공급에 해당하고, 비록 이 사건 회사가 이 사건 건물을 양수하여 인도받은 다음 그대로 이를 활용하거나 사용하려는 것은 아니었고 양도인인 원고 역시 그러한 사정을 알고 있었다고 하더라도 이를 달리 평가할 것은 아니라고 할 것이다. 원고의 위 주장은 이유 없다.』

○ 제1심판결 제7쪽 제9행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『라. 세금계산서 미발급 가산세 부과처분의 위법 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 부가가치세법 아래에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 하므로, 사업자등록과 함께 부가가치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다. 이러한 취지를 반영하여 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 등 참조).

사업자가 그와 특수관계에 있는 자와 거래를 함에 있어서 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급한 것이 부가가치세법상 부당행위계산의 부인 대상에 해당하는 경우, 해당 재화 또는 용역의 시가를 과세표준으로 간주하는 부가가치세법 규정은 부당하게 낮은 대가로 물품을 공급하는 자의 과세표준을 재계산하는 효력을 가지고 있을 뿐이고, 특수관계자와 사이에 적법·유효하게 성립된 법률행위의 사법상 효력을 부인하거나 실지거래를 재구성하는 효력을 가지는 것은 아니라고 할 것이므로, 정상적인 거래 시가와 낮은 대가와의 매출차액에 대하여 세금계산서를 교부할 의무가 있다고 보기 어렵고, 당사자 합의에 따라 실제거래금액을 공급가액으로 하여 교부된 세금계산서가 정상적인 거래 시가를 공급가액으로 하지 않았다는 이유로 사실과 다른 세금계산서라고 할 수도 없다(대법원 2004. 9. 23. 선고 2002두1588 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거들에 의하면, 피고가 이 사건 건물 양도에 관하여 매매대금을 기준시가로 안분계산한 가액 754,xxx,597원을 공급가액으로 한 세금계산서를 발급하지 않았다는 이유로 구 부가가치세법 제60조 제2항 제2호 본문에 따라 원고에게 세금계산서 미발급 가산세 15,xxx,652원(= 공급가액 754,xxx,597원 × 2%)을 부과한 사실을 인정할 수 있다.

그런데 앞서 든 증거들과 갑 제3, 7, 8, 11, 15, 36호증(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하면, ① 원고는 이 사건 매매계약 체결 당일인 2020. 2. 21. 이 사건 회사에게 이 사건 토지의 건축허가 및 심의를 위한 사용을 승낙한 사실, ② 그 무렵 이 사건 회사는 이 사건 토지와 인근 토지들(서울 금천구 OO동 ㅇㅇㅇ-15, 26) 지상에 주거용 오피스텔을 신축하기 위한 건축물 설계계약을 체결하고, CCCCCC공사에 이 사건 토지 지상에 신축할 주거용 오피스텔의 매도를 신청하였으며, 2020. 4. 6.에는 주식회사 DDD종합건설과 사이에 이 사건 건물의 철거 등을 위한 공사계약을 체결한 다음 이 사건 건물의 철거에 착수하여 2020. 6. 26. 피고로부터 건축물 해체공사 완료(멸실) 신고확인증을 발급받은 사실, ③ 이 사건 회사는 2020. 7. 29. CCCCCC공사와 사이에 이 사건 토지 등 지상에 신축 중인 주거용 오피스텔에 관하여 매매이행 약정을 체결하였고, 이후 그 신축공사를 진행하여 2022년 5월 무렵에는 그 공사를 마친 사실을 인정할 수 있다. 위 인정사실에 의하면, 이 사건 회사는 이 사건 건물을 철거한 후 이 사건 토지와 그 인근 토지들에 주거용 오피스텔을 신축할 목적으로 이 사건 토지, 건물을 매수하였고, 원고와 이 사건 회사는 매수인 측의 그와 같은 사정을 고려하여 이 사건 매매계약에서 이 사건 건물의 거래가액을 0원으로 정하였다고 볼 수 있는바, 비록 이 사건 매매계약에서 정한 매매대금(4,xxx,xxx,000원)이 실제로는 이 사건 건물의 가액을 포함하여 산정된 것이라거나, 이 사건 건물의 거래가액을 0원으로 정한 것이 통상의 거래관행을 벗어나는 비합리적인 약정이라고 평가할 수 있다고 하더라도 그와 같은 사정만으로 이 사건 매매계약에서 정한 이 사건 건물의 거래가액이 실지거래가액이 아니라고 보기는 어렵고, 달리 그러한 사정을 인정할 증거도없다(피고 스스로도 이 사건 매매계약에 따른 이 사건 건물의 실지거래가액이 0원임을 전제로, “사업자가 실지거래가액으로 구분한 가액이 대통령령으로 정하는 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우”에 해당하다고 판단하고 이 사건 처분에 이르렀다).

또한, 이 사건 매매계약에서 정한 이 사건 건물의 거래가액이 아닌 구 부가가치세법 제29조 제9항 단서 제2호과 구 부가가치세법 시행령 제64조 제1호 본문에 따라 계산한 금액을 이 사건 건물의 공급가액으로 보고 이 사건 건물의 공급에 따른 부가가치세액을 산정하여야 함은 앞서 판단한 바와 같으나, 위 규정들은 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 등을 함께 공급하는 경우 중 일정한 경우(실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 또는 구축물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우, 사업자가 실지거래가액으로 구분한 토지와 건물 또는 구축물 등의 가액이 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분계산한 금액과 100분의 30 이상 차이가 있는 경우)에 과세표준 산정을 위한 건물 등의 공급가액을 토지와 건물 등의 기준시가에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분한 금액으로 보도록 하는 것일 뿐이지, 거래당사자들 사이에 적법·유효하게 성립된 법률행위의 사법상 효력을 부인하거나 실지거래를 재구성하는 것은 아니라고 할 것이다.

그렇다면 원고에게 위 규정들에 의하여 산정된 이 사건 건물의 공급가액을 토대로 산정된 부가가치세를 납부할 의무가 있음은 별론으로 하고, 그와 같이 산정된 이 사건 건물의 공급가액과 실지거래가액의 차액(실지거래가액이 0원이므로, 결국 위 규정들에 의하여 산정된 이 사건 건물의 공급가액이 이에 해당한다)을 공급가액으로 하는 세금계산서를 발급할 의무가 있다고는 보기 어렵다(더욱이 이 사건에 있어서는 원고는 이 사건 매매계약에서 정한 매매대금을 이 사건 토지와 이 사건 건물의 각 기준시가로 안분하여 계산한 가액을 양도가액으로 하여 양도소득세를 신고하였고, 따라서 원고가 그와 같은 세금계산서를 발급하지 않았다고 하여 소득세 등의 세원 포착 관련 과세행정에 곤란을 야기하였다거나 기타 세금탈루의 가능성이 있다고 보기도 어렵다). 결국 피고가 원고에게 세금계산서 미발급을 이유로 가산세 15,xxx,652원을 부과한 부분은 위법하다.』

○ 제1심판결 제7쪽 제10행의 “라. 가산세를 면제할 정당한 사유의 존부에 관한 판단”을 “마. 나머지 가산세를 면제할 정당한 사유의 존부에 관한 판단”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8쪽 제9행의 “더욱이 원고가”부터 제13행까지를 삭제한다.

○ 제1심판결 제8쪽 제15~16행의 “원고의 이 부분 주장도 이유 없다.”를 “이 사건 처분 중 앞서 본 바와 같이 위법한 것으로 인정되는 세금계산서 미발급 가산세를 제외한 나머지 가산세 부분, 즉 일반과소신고 가산세 및 납부지연 가산세에 관한 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제8쪽 제16행 다음에 아래 내용을 추가한다.

『바. 소결론

피고가 원고에게 이 사건 건물의 공급과 관련한 세금계산서 미발급 가산세 15,xxx,652원을 부과한 처분은 위법하여 취소되어야 하는바, 이 부분에 관한 원고의 청구는 이유 있다.』

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이 사건 처분 중 세금계산서 미발급 가산세 15,xxx,652원 부분에 관하여 이유 있어 이를 인용하고 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인 바, 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하다. 따라서 원고의 항소 중 일부를 받아들여 제1심판결 중 위 인용부분에 해당하는 원고 패소 부분을 취소하고, 이 사건 처분 중 세금계산서 미발급 가산세 15,xxx,652원 부분을 취소하며, 원고의 나머지 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 한다.