국세청 내부 감사절차를 거쳐 제척기간에 임박하여 과세처분을 한 것이 납세자의 과세전적부심사를 받을 권리를 부당하게 침해한 처분인지 여부

매출누락을 조사하더라도 주식 평가액이 증액되어 법인세에 영향을 미친다는 것이 쉽게 예상할 수 있지 않으므로, 세무조사 이후 곧바로 양도소득세 등을 증액경정하지 않은 것을 두고 고의로 지연하였다고 단정할 수 없음

사 건

2023누35113 법인세등부과처분취소

원 고

손○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 7.

판 결 선 고

2025. 4. 11.

주 문

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고들이 원고 손 ○○ , 손 ○○ , 손 ○○ 에 대하여 한 별지 1 기재 각 양도소득세 및 증권거래세 증액 경정처분 및 피고 ○○ 세무서장이 원고 주식회사 ○○ 에 대하여 한 별지 1 기재 법인세 증액 경정처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 기재할 이유는 아래와 같이 일부 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결의 해당란 기재와 같으므로 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제3면 제3행의 “상속세 및 증여세법”을 “ 상속세 및 증여세법 시행령”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제4면 제9행부터 제13행까지를 다음과 같이 고쳐 쓴다.

『바. 원고들은 이 사건 과세예고통지를 받고 2021. 2. 1. 과세전적부심사를 청구하였으나, 부산지방국세청장은 2021. 2. ○○ . 원고 양도인들에게 양도소득세 부분에 관하여는 해당 처분이 적법하다는 이유로 각 불채택 결정을 하고, 증권거래세 부분에 관하여는 이 사건 과세예고통지를 한 날로부터 부과제척기간의 만료일(2021. 2. ○○ .)까지의기간이 3개월 이하인 경우에 해당한다는 이유로 각 심사제외 결정을 하였고, 이어서 2021. 3. ○○ . 원고 회사에게 이 사건 과세예고통지를 한 날로부터 법인세 부과제척기간의 만료일(2021. 3. ○○ .)까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당한다는 이유로 심사제외 결정을 하였다.』

○ 제1심판결 제5면 아래에서 제3, 4행의 “(가지번호 있는 것은 이를 각 포함)의 각 기재”를 “, 을 제6호증의 각 기재(가지번호 있는 경우 가지번호 포함)”로 고쳐 쓴다.

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장 요지

1) ① 피고 ○○ 세무서장은 이 사건 세무조사를 통해 이 사건 매출누락을 알게 되었고, 그에 관한 과세자료도 모두 확보하고 있었으므로, 당시 이 사건 주식의 1주당 가액을 재평가하여 원고들에게 이 사건 처분을 위한 과세예고통지를 할 수 있었던 점,

② 이 사건 감사 과정에서 2020. 8. ○○ . 이 사건 평가조서가 작성되었음에도 부산지방국세청장의 피고 ○○세무서장에 대한 감사 지적은 2020. 12. ○○ .에야 이루어진 점,

③ 위 2020. 12. 23.에 곧바로 과세예고통지가 이루어졌다면 원고 회사의 과세전적부심사 청구에 대하여 구 국세기본법(2023. 12. 31. 법률 제19926호로 개정되기 전의 것,이하 같다) 제81조의15 제3항 제3호를 이유로 심사제외 결정을 할 수는 없었을 것인 점 등에 비추어, 이 사건 처분에는 원고들이 과세전적부심사를 받을 기회를 부당하게 박탈한 절차적 하자가 있다.

2) ① 원고들은 스스로 법인세, 양도소득세 및 증권거래세를 각 수정 신고·납부하기도 한 점, ② 피고 ○○ 세무서장은 원고들이 위와 같이 수정 신고·납부한 날로부터 약 4년이 경과한 후에야 이 사건 과세예고통지를 한 점, ③ 원고 양도인들은 원고 회사의 사업현황이나 재무구조를 파악하는 데 한계가 있는 점, ④ 피고 ○○ 세무서장도 조세심판원의 결정에 따라 이 사건 매출누락금액을 일부 감액하여 이 사건 주식의 1주당 가액을 재평가하기도 한 점 등에 비추어, 원고들은 이 사건 매출누락으로 인해 이 사건 주식 1주당 평가액이 증가하리라고 예측할 수 없었으므로, 가산세를 면제할 정당한 사유가 있다.

나. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

다. 이 법원의 판단

1) 과세전적부심사를 받을 기회를 부당하게 박탈하였는지 여부

가) 관련 법리

(1) 구 국세기본법 제81조의15 제1항 은 “세무서장 또는 지방국세청장은 다음 각호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 미리 납세자에게 그 내용을 서면으로 통지(이하 ‘과세예고통지’라 한다)하여야 한다.”라고 하면서, ‘납부고지하려는 세액이 100만 원 이상인 경우’(제3호) 등을 과세예고통지 대상으로 규정하고 있다. 한편 같은 조 제2항 본문 및 제2호는 “과세예고통지를 받은 자는 통지를 받은 날부터 30일 이내에 통지를 한 세무서장이나 지방국세청장에게 통지 내용의 적법성에 관한 심사(이하 ‘과세전적부심사’라 한다)를 청구할 수 있다.”라고 규정하고, 같은 조 제3항은 각호에서 과세전적부심사를 거치지 않아도 되는 예외사유를 규정하고 있는데, 제3호에서 ‘과세예고통지를 하는 날부터 국세부과 제척기간의 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우’를 들고 있다.

(2) 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 는 과세전적부심사의 예외사유 인정 요건으로 과세예고통지 실시를 전제하고 있으므로, 과세관청은 구 국세기본법 제81조의15 제1항 이 정한 과세예고통지 대상에 해당하는 경우에는 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 3개월 이하인 때에도 과세예고통지를 하여야 하며, 절차적 정당성이 상실되지 않았다고 볼 만한 특별한 사정이 없는 한 과세예고통지 없이 이루어진 과세처분은 위법하다고 보아야 한다. 다만 과세관청의 귀책사유 없이 부득이한 사정으로 국세부과 제척기간 만료일까지 기간이 매우 임박하게 되었고, 이로 인하여 과세관청이 과세예고통지 없이 과세처분을 하게 된 데에 정당한 사유가 있는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 과세예고통지를 하지 않았다는 사정만으로 과세처분이 위법하게 된다고 평가하기는 어렵다. 이러한 특별한 사정의 존재는 과세관청이 증명하여야 한다(대법원2025. 2. 13. 선고 2023두52642 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위 법리에 비추어 이 사건에 관하여 살피건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 이에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 종합하면, 과세예고통지를 거쳐 이 사건 처분이 이루어지는 일련의 과정에서 원고들이 과세전적부심사를 받을 기회를 부당하게 박탈당하는 등 이 사건 처분에 절차적 위법이 있다고 보기는 어렵다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(1) 원고 회사가 원고 양도인들로부터 이 사건 주식을 양수함에 따른 원고들에 대한 법인세, 증권거래세의 부과제척기간은 구 국세기본법 제26조의2 제1항 에 따라 이를 ‘부과할 수 있는 날부터 5년’으로서, 원고 회사 법인세에 대한 부과제척기간의 종기는 2021. 3. ○○ .이고, 원고 양도인들의 증권거래세에 대한 부과제척기간의 종기는 2021. 2. ○○ .이므로, 이는 모두 이 사건 과세예고통지일(2021. 1. 5.)로부터 그 각 만료일까지의 기간이 3개월 이하인 경우에 해당한다. 따라서 과세관청이 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 에 따라 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있는 예외사유에 일응 해당한다(원고 양도인들에 대한 양도소득세 부분은 과세전적부심사 청구가 이유 없다는 이유로 각 불채택 결정되었음은 앞서 본 바와 같다).

(2) 다만, 일응 구 국세기본법 제81조의15 제3항 각 호에 해당하는 경우라도 같은 조 제1항에 따른 과세예고통지 자체나 같은 조 제2항에 따른 과세전적부심사 청구권 자체를 배제하는 것으로 해석하여서는 아니될 것이다. 과세예고통지가 있었다고 하더라도, 과세전적부심사 청구가 있으면 국세심사위원회의 심사를 거쳐 결정을 하여 그 결과를 청구받은 날부터 30일 이내에 청구인에게 통지하여야 하고(구 국세기본법 제81조의15 제4항 ), 납세자는 과세전적부심사 절차에서 과세전적부심사 청구와 관련한 서류를 열람할 수 있으며(같은 조 제6항, 같은 법 제58조), 국세심사위원회의 심사 과정에서 과세관청 소속 공무원 등 관계인의 신문, 감정, 검증 등 증거조사를 신청하거나(같은 법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제36조 제1항 ), 구술심리를 신청할 수도 있음은 물론, 이를 신청한 경우에는 서면심리만으로 결정할 수 있다고 인정하는 경우 외에는 구술심리를 원칙으로 하게 되어 있는 등(같은 법 제81조의15 제7항, 행정심판법 제40조 ) 절차상의 보장이 뒤따르므로, 납세자에게 과세처분 전에 의견을 개진하고 소명자료를 제출할 사실상의 기회를 부여하였다는 사정만으로, 과세전적부심사의 기회를아예 박탈하는 결과까지 정당화할 수는 없다. 즉 과세관청이 스스로 정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태하여 부과제척기간 만료 시점에 임박하여서야 뒤늦게 과세예고통지를 함으로써 과세전적부심사의 기회를 박탈하기에 이르렀다면, 이러한 경우에는 비록 형식상 과세예고통지를 하였다고 하더라도 구 국세기본법 제81조의15 제3항 제3호 가 전제하고 있는 적법한 과세예고통지가 있었다고 볼 수 없으므로 해당 과세처분에는 취소사유에 해당하는 절차상 하자가 있다고 봄이 타당하다.

(3) 그러나 이 사건 인정사실 및 기록을 통하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 피고들이 정당한 사유 없이 이 사건 처분을 위한 절차를 장기간 해태하여 부과제척기간 만료 시점에 임박하여서야 뒤늦게 이 사건 과세예고통지를 하여 과세전적부심사의 기회를 박탈하였다고 볼 수는 없다.

(가) 피고 ○○세무서장은 이 사건 매출누락 등에 관한 사항을 반영하여 2018. 11.경 원고 회사에게 2015사업연도 법인세를 증액 경정·고지하였다. 이 사건 매출누락으로 인해 이 사건 주식의 1주당 평가액이 증액되고 그로 인해 원고 회사의 법인세에 영향을 미친다는 것이 매출누락 행위로 인해 필연적으로 수반하여 발생된다거나 이를 쉽게 예상할 수 있었다고 보기 어렵다. 따라서 피고 ○○세무서장이 이 사건 세무조사 이후 곧바로 원고 회사 법인세와 원고 양도인들의 양도소득세 및 증권거래세(이는 납세의무자 및 세목도 상이하다)를 증액 경정하지 않았다고 하여 이를 가리켜 과세관청이 이 사건 처분을 부당하게 지연하였다고 평가할 수는 없다.

(나) 이 사건 감사 과정에서 이 사건 평가조서가 2020. 8. ○○ .에 작성된 사실은 인정된다. 그러나 이는 감사 담당공무원이 위 감사 절차 진행 중에 그 내용을 확인하고 검토하여 작성한 기초 자료인 것이지, 이 사건 평가조서 작성으로 인해 곧바로 감사 지적사항이 결정된다거나 그 내용대로 감사 결과가 통보되는 것은 아닌 것으로 보인다. 한편 이 사건 감사는 과세관청 내부에서 상급기관이 하급기관에 대하여 하는 업무 감사였고, 부산지방국세청장은 2020. 9.경 업무 담당자들에 의한 감사 업무 수행이 종료된 후 처분청인 피고 ○○ 세무서장에게 질문서 발부, 답변서 수령, 지방국세청 및 국세청 본청 내부에서의 감사 결과에 대한 회의, 감사결과 보고 등의 과정을 거쳐 2020. 12. 23. 피고 ○○세무서장에게 이 사건 처분에 관한 지시를 하였는데, 이러한 일련의 과정에서 이 사건 감사 절차나 결과 통보 등에 통상과 다른 납득하기 어려운 절차적 지연이 있었다는 등의 사정도 찾아볼 수 없다.

(다) 피고 ○○ 세무서장은 2020. 12. ○○ . 부산지방국세청으로부터 이 사건 감사 결과를 통보받았고, 그로부터 불과 13일이 경과한 2021. 1. ○○ . 원고들에게 이 사건 과세예고통지를 하였다. 비록 이 사건 과세예고통지가 부과제척기간 만료 시점에 임박한 때에 이루어지기는 하였으나, 그 전후 사정과 제반 경위 등을 종합하여 보면 과세관청인 피고가 ‘정당한 사유 없이 과세행정을 장기간 해태함으로써 과세전적부심사의 기회를 박탈하거나 과세예고통지 절차를 부당하게 지연한 경우’에 해당한다고 평가하기는 어렵다.

2) 가산세 면제의 정당한 사유 여부

세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세의무자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상의 제재이다. 따라서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 인해 납세의무자가 그 의무를 알지 못하는 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있을 때 또는 그 의무의 이행을 그 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무를 게을리 한 점을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이러한 제재를 과할 수 없다. 그러나 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립 등이 있다고 할 수 없음에도 납세의무자가 자기 나름의 해석에 의하여 납세등의 의무가 면제된다고 잘못 판단한 것은 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 않는다(대법원 2013. 6. 27. 선고 2011두17776 판결, 대법원 2021. 1. 28. 선고 2020두44725 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되거나 이에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 종합하면, 원고들에게 이 사건 주식의 정당한 가액을 기초로 한 법인세, 양도소득세 및 증권거래세를 신고·납부할 것을 기대하는 것이 무리라거나 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기는 어렵다고 판단된다. 원고들의 이 부분 주장도 받아들일 수 없다.

(1) 이 사건에서의 본세인 법인세, 양도소득세 및 증권거래세는 모두 신고납세방식의 조세로서 원칙적으로 납세의무자인 원고들이 이 사건 주식의 정당한 가액을 산정하여 과세표준과 세액을 신고·납부할 의무가 있다. 가산세 제도는 일반적으로 신고납세제도의 정착과 발전을 위하여 설정된 제도로 이해되고 있는데, 신고납세제도는 납세액은 국민이 스스로 결정하는 것이고 국가라고 하는 공동사회를 유지하기 위한 공통의 비용은 국민이 스스로 부담한다는 이념에 입각한 제도이므로, 이러한 신고납세제도하에서는 납세의무자의 자발적인 신고·납부가 없다면 그 제도의 성공을 기대할 수 없기 때문에 성실하게 신고·납부하지 않는 행위에 대하여 제재(가산세)에 의한 차별을 함으로써 국가의 조세권 내지는 조세채권의 적정한 실현을 담보하는 기능을 한다(헌법재판소 2006. 4. 27. 선고 2003헌바79 전원재판부 결정 참조).

(2) 이 사건에서 원고들에 대한 가산세 부과의 근본적인 원인은, 원고 회사가 원고 양도인들(원고 회사의 대표이사 ○○ 의 누나 또는 자녀들이다)로부터 이 사건 주식을 양수함에 따른 세금 신고를 하는 과정에서 이 사건 매출누락을 반영하지 않은 채 이 사건 주식 1주당 가액으로 각 과세표준을 산정한 데에 기인한 것이다. 원고 회사는 공인회계사를 통해 법인세 과세표준 및 세액신고를 하면서(을 제6호증), 원고 회사의 NAS(Network attached Storage)의 매출대장에서 이 사건 매출누락분을 제외한 금액을 매출액으로 신고하였음이 세무조사 과정에서 확인되었다.1)

(3) 가산세가 면제되기 위해서는 납세자에게 단순한 법률의 부지나 오해를 넘어 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유가 있어야 한다. 그러나 원고들의 경우 이 사건 매출누락을 반영하지 않고 과세표준을 산정하였고, 그러한 상황이 세법해석상 의의(疑意)로 인한 견해의 대립이 있는 등으로 원고들이 세금 신고·납부의무가 있음을 알지 못하는 것이 무리가 아니었다거나 그 의무의 이행을 기대하는 것이 무리였다고 보기는 어렵다.

(4) 과세관청이 신고납세방식의 세금에서 신고 내용의 오류를 발견하여 경정·고지하기 어려울 뿐만 아니라, 이 사건 주식의 1주당 가액을 산정하는 것은 그 확정된매출누락금액을 원고 회사의 순자산가치 및 순손익가치에 반영하는 기술적인 문제이므로, 피고들이 원고들의 수정 신고·납부 당시 오류를 발견하지 못하였다거나, 이 사건 주식의 1주당 가액이 수 차례에 걸쳐 달리 평가되었다거나 그 과정에서 다소 긴 시간이 소요되었다는 등의 사정만으로 원고들이 납세의무를 이행하지 않은 데에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 각 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고들의 항소는 이유 없어 이를 각 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.