원고를 이 사건 토지의 실질 소유자로 보아 과세한 처분은 적법함

재판상 화해를 통해 쟁점법인과 매도인 간에 매매계약은 합의해제되었다고 보아야 하며, 그 내용을 무효라고 할 수 없으므로 원고를 양도소득의 납세의무자로 보아 과세한 처분은 적법함

사 건 2025구단52282 양도소득세등부과처분취소

원 고 AAA

피 고 SS세무서장

변 론 종 결 2025. 8. 27.

판 결 선 고 2025. 10. 15.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

피고가 2023. 8. *. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 **,***,***원(가산세, 농어촌특별세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 쟁점법인의 토지 매수

1) 주식회사 ccc(이하 ‘쟁점법인’이라 한다)는 2001. 1. *. 소프트웨어자문, 개발 및 공급 서비스업을 목적으로 설립되었고, 2007. 12. 31. 폐업하였다. 원고 및 원고의 배우자 MMM이 쟁점법인의 주식을 각 50%씩 소유하고, 원고는 법인의 대표자이다.

2) 쟁점법인은 2003. 11. 10. HHH와 사이에, HHH로부터 ### 소재 다음 토지(이하 ‘### OO’로 표시, 토지 전체를 ‘### 토지’라 한다)를 **억원에 매수하기로 매매계약을 체결하였다.

(표 생략)

3) 쟁점법인은 2003. 11. **.부터 2003. 12. **.까지 HHH에게 합계 5억 원을 지급하였다가, 2004. 2. *.부터 2005. 2. *.까지 HHH로부터 합계 *억 *,000만 원을 돌려 받았다.

나. 원고의 토지 취득 및 양도

1) 원고는 2007. 3. 2** ### 토지 중 ### 산&& 임야 (이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 2007. 3. *.자 매매를 원인으로 소유권이전등기를 마쳤다(신고된 거래가액 2,100만 원).

2) 원고는 2021. 11. **. 이 사건 토지에 관하여, 주식회사 dd에 2021. 10.*.자 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 이 사건 처분

1) 원고는 이 사건 토지의 양도에 관하여, 2022. 1. *. 양도가액을 ***,***,***원, 취득가액을 ***,000,000원으로 하여 2021년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

2) 피고는 원고에 대한 2021년 귀속 양도소득세 조사 결과, 이 사건 토지의 취득가액을 &,*00만 원으로 보아 2023. 7. *. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 **,***,***원(가산세 *,***,***원 포함) 및 농어촌특별세 ***,***원(가산세 **,***원 포함)을 경정‧고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3) 원고는 불복하여 이의신청을 거쳐 심판청구를 하였으나 2024. 11. *. 조세심판원으로부터 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제2 내지 8, 13, 을 제1 내지 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

❶ 이 사건 토지의 취득가액은 *억 *,000만 원이다.

❷ 토지거래허가를 받지 못하자 쟁점법인이 원고에게 명의를 신탁하여 원고가 소유권 이전등기를 마쳤을 뿐 이 사건 토지의 실질 소유자는 쟁점법인이다.

나. 인정사실

1) 쟁점법인은 2003. 11. *. HHH와 사이에 ### 토지에 관한 매매계약을 체결하면서, ‘골프장 건설에 대한 민원 및 제반 행정처리는 매도인 책임으로 하고, 골프장 건설에 필요한 기부체납토지는 매도인 책임하에 모든 것을 해결하고, 건축 승인업무까지 매도인 책임하에 허가를 득한다’고 매매조건을 정하였다.

2) HHH는 LLL을 상대로 이 사건 토지에 관하여 주위적으로 소유권이전등기를 구하거나 예비적으로 매매대금 *,*00만 원의 반환을 구하는 소를 제기하였다(**지방법원 2006가단22890).

3) 민사소송절차에서, HHH, LLL은 원고를 화해참가인으로 하여 2006. 12. *. 다음과 같이 화해하였다.

[화 해 조 항]

1. 피고는 금일 화해참가인에게 이 사건 토지를 매매대금 *,100만 원에 매도하고, 화해참가인은 이를 매수한다.

2. 화해참가인과 피고는 화해참가인이 피고에게 위1항 기재 매매대금을 이미 지급하였음을 확인한다.

3. 피고는 화해참가인에게 위1항 기재 매매를 원인으로 한 토지거래허가신청절차를 이행하고, 화해참가인이 이 사건 토지에 관하여 토지거래허가를 받는 것을 조건으로 화해참가인에게 이 사건 토지에 관하여 위 매매를 원인으로 한 소유권이전등기절차를 이행한다.

4. 원고와 피고, 화해참가인은 피고와 주식회사 ccc간에 2003. 12. *. 체결된 이 사건 토지에 대한 매매계약이 합의해제 되었음을 확인한다.

5. 원고는 이 사건 소를 취하한다.

6. 소송비용은 각자 부담한다.

4) MMM은 2011. 6. *. HHH에게 ‘골프장 용지로 변경해 주겠다는 계약사항을 이행하지 않고, 현재까지 계약금 등도 환불하지 않은 채 장기간 방치되고 있다’는 취지로 부동산 매매계약 이행을 촉구하였다.

5) 원고는 2021. 5. *. 이 사건 부동산에 관하여, 채권자 **신용협동조합, 채권 최고액 *,*50만 원인 근저당권설정등기를 마쳤다.

[인정근거] 갑 제3 내지 5, 9 내지 11호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

다. 판단

1) 처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 이 사건 토지의 취득가액은 거래신고된 *,100만 원으로 봄이 상당하다.

❶ 쟁점법인과 HHH 사이에 체결된 2003. 12. *.자 매매계약은, ### 토지 6필지에 대한 매수계약이고, 매도인 책임 하에 골프장 용지로 변경해 주는 조건이었다. HHH는 관련 민사소송 소장에서 이 사건 토지의 매수대금을 *,400만 원이라고도 주장하였다. 2003. 12. *.자 매매계약에서 이 사건 토지의 매수대금을 별도로 특정하지는 않았고, 위 매매계약 조건이 토지 형질변경 등이 포함되어 있는 점 등을 고려하면, 쟁점법인이 HHH로부터, HHH에게 지급한 *억 원 중 *억 5,000만 원만 돌려받았다고 하여, 이 사건 토지의 취득가액을 *억 5,000만 원이라고 할 수 없다.

❷ 재판상 화해는 확정 판결과 동일한 효력이 있고, 화해 내용에 따라 기존의 법률관계는 소멸되고 새로운 법률관계가 창설되는 효과가 있다( 민사소송법 제220조 , 민법 제732조 참조). HHH, LLL, 원고는 재판상 화해를 통해, 쟁점법인과 HHH 사이에 체결된 2003. 12. *.자 매매계약이 합의해제되었음을 확인하고, 이 사건 토지의 매수대금을 *,100만 원으로 정하였으며, 원고가 이 사건 토지를 매수한 것으로 정하였다.

당초 매매계약 내용, 소 제기 과정, 원고가 재판상 화해를 통해 토지거래허가를 받아 소유권이전등기까지 마친 점 등을 고려하면, HHH, LLL, 원고가 이 사건 토지에 관하여 새로운 법률관계를 창설한 것이고, 그 내용을 무효라고 할 수 없다.

2) 처분의 경위 및 인정사실에서 알 수 있는 다음 사정을 고려하면, 이 사건 토지의 실질적인 소유자를 쟁점법인이라 할 수 없고, 원고가 소유자이다.

❶ 쟁점법인은 원고 및 원고 배우자가 각 50%의 지분을 소유한 회사이고, 2007년경 폐업하여 더 이상 법인으로 실체가 남아있지 않다.

❷ 쟁점법인이 아니라 MMM이 HHH에게 2003. 12. *.자 매매계약에 따라 지급된 금원의 반환을 독촉하였다.

❸ 원고는 2007년경 토지거래허가를 받고 재판상 화해에 따라 이 사건 토지에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 2021년경 이 사건 토지에 관하여 근저당권설정등기를 마치고 금원을 대출받기도 하였다. 원고가 장기간 토지의 소유 명의자로서 이 사건 토지를 사용, 수익하였다.

3. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.