경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 존재하는 이상 납세의무자가 경험칙을 배제하여야 하는 특별한 사정을 증명하지 못하는 한 처분의 위법성을 단정할 수 없음

세무조사의 경위와 내용 등에 비추어 매출누락액을 산정한 방법이 합리적이고 적법한 실지조사방법으로 보아야 하고, 이를 배제하여야 하는 충분한 주장 및 입증이 없다면 과세요건을 충족시키지 못한 위법 처분이라 볼 수는 없음

사 건

2024구합54366 법인세등부과처분취소

원 고

주식회사 ○○○○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 26.

판 결 선 고

2026. 4. 23.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 10. 4. 원고에게 한 별지1 목록 ‘부과세액’란 기재 각 법인세 및 부가가치세 부과처분 중 ‘정당세액’란 기재 세액을 초과하는 부분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2015. 3. 6. 석제품 수입업, 도소매업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 피고는 2023. 3. 2.부터 2023. 8. 31.까지 원고에 대한 법인통합조사를 실시한 결과, 원고가 2015년부터 2021년까지 합계 5,035,256,401원의 매출을 신고 누락하고 그 거래에 관한 세금계산서를 발급하지 아니하였다고 보아, 2023. 10. 4. 원고에게 아래와 같이 부가가치세 합계 1,102,204,919원(가산세 포함), 법인세 합계 1,800,333,469원(가산세 포함)을 경정.고지하였다.

-표 생략-

다. 원고는 이에 불복하여 2023. 12. 29. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2024. 5. 22. 원고의 2015년 제1기분, 2019년 제2기분, 2020년 제1기분의 부가가치세 및 2015년 귀속 법인세 감액경정처분에 대한 취소청구 부분은 각하하고, 나머지 청구를 기각하는 결정을 하였다(이하 피고의 위 2023. 10. 4.자 부과처분 중 감액경정 부분을 제외한 나머지 부과처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 한편 피고가 원고의 대표이사인 AAA 과 원고를 조세범 처벌법 위반 등의 혐의로 고발한 사건에서, 2026. 2. 12. 위와 같이 매출신고를 누락하는 방법으로 사기 기타 부정한 행위로써 조세를 포탈하였다는 공소사실이 전부 인정되어 각 유죄판결이 선고되었다( 인천지방법원 2025고합○○○호 ).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

피고는 세무조사 과정에서 원고 법인이 업무상 사용하는 내부 전산시스템(경영정보관리시스템, 이하 ‘이 사건 시스템’이라 한다)의 석자재 출고금액을 실제 매출액으로 보아 매출신고 누락액을 산정하였는데 위 출고금액에는 거래처에 납품되지 못하고 회수되어 실제 매출로 발생하지는 않은 이른바 ‘반품 미처리 금액’ 합계 2,104,657,190원이 포함되어 있다. 과세대상 금액에서 위 반품 미처리 금액은 제외되어야 하므로 이 사건 처분 중 이를 반영하여 산정한 정당세액을 초과한 부분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

과세관청이 납세의무자의 부가가치세 및 법인세의 과세표준 및 세액을 조사.결정하는 때에는 납세의무자가 갖추고 있는 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의하여야 하고, 다만 장부의 기록 내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 과세관청이 실지조사한 내용에 따라 결정할 수 있다. 이러한 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 참조).

한편 일반적으로 세금부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 관한 증명책임은 과세권자에게 있다. 그렇지만 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀진 경우에는, 납세의무자가 문제로 된 해당 사실이 경험칙을 적용하기에 적절하지 아니하다거나 해당 사건에서 그와 같은 경험칙의 적용을 배제하여야 할 만한 특별한 사정이 있다는 점 등을 증명하지 못하는 한, 해당 과세처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 단정할 수 없다(대법원 2016. 6. 10. 선고 2015두60341 판결 참조).

나. 인정사실

앞서 든 증거들, 갑 제6 내지 16호증, 을 제4 내지 6호증의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지에 의하면, 다음 사실이 인정된다.

1) 피고는 원고에 대한 법인통합조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다) 착수 당일 AAA 이 원고 사업장 기숙사 내에 숨겨둔, 이 사건 시스템이 구축된 자체 컴퓨터 서버를 확보하였다. 피고는 이 사건 시스템에 저장된 ‘제품 출고일자, 출고번호, 담당자, 거래처 상호, 거래처 대표자, 거래처 사업자번호, 거래처 ID, 출고금액, 출고부가세, 출고상태, 현장명’ 등 40개 항목이 기재된 출고내역에서 출고일자별 ‘출고금액’에 근거하여 2015년부터 2021년까지의 원고의 매출액을 아래와 같이 산정하였다.

2) 가) 피고는 원고 사업장 내에서 ‘사업장별 매출현황’(갑 제9호증, 을 제4호증), ‘22년 신년 업무회의’(갑 제10호증, 을 제5호증의 1), ‘23년 신년 업무회의’(을 제5호증의 2) 등 자료도 함께 확보하였는데, ‘사업장별 매출현황’ 상 월별 매출액은 이 사건 시스템에서 월별로 집계한 출고금액과 일치하거나 유사하였고, 위 신년 업무회의 자료에는 2018년도부터 2021년까지의 월별 매출내역과 전년대비 증감률, 상위거래처의 수, 매출합계 등이 기재되어 있었다.

나) 그리고 위 ‘사업장별 매출현황’에는 ‘수주매출액’, ‘수주부가세’, ‘재고매출액’, ‘재고부가세’와 함께 ‘반품금액’ 및 ‘반품부가세’도 월별로 기재되어 있고, 이 사건 시스템의 출고내역에도 ‘출고완료’라고 기재되어 있으나, ‘출고금액’이 0원인 내역이 이 사건 과세기간 동안 총 562건 존재하였다.

3) 또한 AAA 이 원고 명의의 계좌 외에 자신 또는 자신의 지인, 직원, 친인척 명의 계좌 등 다수의 차명 계좌로 매출대금을 입금받은 사실이 확인되었는데, AAA 은 그중 일부(29억 1,200만 원 상당)가 매출누락에 따른 것임을 시인하였다.

4) 피고는 이러한 조사 경과에 따라, 위 1)에서 산정한 원고의 이 사건 과세기간별 매출액과 매출신고액의 차액에 해당하는 아래 매출신고누락액(이하 ‘이 사건 매출누락액’이라 한다)을 산정하였다.

다. 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거들 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음의 사정을 관련 법리에 비추어 보면, 이 사건 매출누락액은 적법한 실지조사방법에 따라 산정된 것으로 봄이 타당하고, 원고가 제출한 증거들만으로는 위 누락액에 ‘반품 미처리 금액’이 포함되어 있어 이 사건 처분의 세액이 과다하게 산정되었다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고의 주장은 이유 없다.

1) 이 사건 시스템은 원고의 설립 당시부터 사용된 프로그램으로 위 시스템 상 출고내역을 ‘사업장별 매출현황’, 각 ‘신년 업무회의’ 자료와 비교하면, 출고내역을 근거로 산정한 2015년부터 2021년까지의 원고의 매출액 합계 783억 1,800만 원 상당은 ‘사업장별 매출현황’에 기재된 같은 기간 매출액 합계 811억 5,600만 원 상당보다 다소 적고, 출고내역을 근거로 산정한 2018년부터 2021년까지의 원고의 매출액 합계 441억 400만 원 상당은 신년 업무회의 자료에 기재된 같은 기간 매출액 464억 6,700만 원 상당보다 다소 적은 금액이다. 위와 같이 이 사건 시스템이 사용된 기간, 위 시스템의 세부 구성항목과 데이터 내역, 세무조사 과정에서 위 시스템이 발견된 경위, 여기에 원고는 신고된 매출액을 관리하는 프로그램을 별도로 사용하였으므로 전체 매출액을 관리하는 프로그램이 필요했으리라 판단되는 점까지 보태어 보면, 이 사건 시스템 상 출고내역은 신빙할 수 있는 자료로 보이고, 이를 토대로 원고의 매출액을 산정한 것이 부당하다고 보이지 않는다.

2) 또한 이 사건 시스템의 출고내역 일자를 기준으로 월별로 집계한 금액이 ‘사업장별 매출현황’의 월별금액과 다수 일치하는데 사업장별 매출현황에는 반품내역이 반영되어 있으므로(‘수주매출액’ + ‘재고매출액’ . ‘반품금액’ = ‘매출액의 합계’인 것으로 보인다), 위 출고내역에도 이미 원고가 주장하는 반품금액은 포함된 것으로 볼 수 있다. 이는 앞서 보았듯 위 시스템상 ‘출고완료’에도 불구하고 ‘출고금액’이 0원인 출고내역이 다수 발견된 점에 비추어 보면 더욱 그러하다.

3) 이에 관해 원고는, ‘반품 미처리 건’은 석재 공급거래의 특성상 이 사건 시스템에 개별적으로 반영하는 것이 시스템의 기능적 한계로 인하여 불가능하고[따라서 별도의 엑셀파일(갑 제7호증)을 작성하여 관리하였다], 다만 경계석과 같은 규격품의 경우에는 이 사건 시스템을 통한 처리가 가능하여 ‘일반 환불’4) 건 중 규격품은 이 사건 시스템에서 직접 반품 처리하여 해당 매출액이 차감된 것이라면서, 사업장별 매출현황이나 이 사건 시스템 상 출고내역에 반영된 반품금액은 위와 같은 반품물량을 의미하는 것이어서 원고가 주장하는 반품 미처리 건과는 상이하고, 출고금액이 0원인 출고내역은 원고가 예비적으로 발주한 재고 물량에 관한 것이어서 반품 미처리 건과 무관하다는 취지로 주장한다. 그러나 원고는 그와 같은 특정 반품내역만이 사업장별 매출현황이나 이 사건 시스템 상 출고내역에 반영되었다는 점에 관하여 충분한 근거를 들거나 납득할 정도로 설명하지 못하고 있을 뿐만 아니라, ‘반품 미처리 건’을 객관적으로 증명할 만한 물품 회수 기록, 반품 요청서 등의 자료를 제출하지 못하고 있다[반품금액에 대하여 수정세금계산서를 발행하지 않은 사정과 관련한 원고 주장(위와 같은 반품 미처리 금액에 대하여는 해당 차수의 매출대금에서 해당 대금을 제외하고 매출세금계산서를 발행하였다는 취지)에 의하더라도 원고로서는 적어도 상품수불부를 작성하여 보관하거나 그에 따른 내부 회계처리를 하였어야 하는데, 그러한 법인의 기본적인 의무 역시 게을리한 것으로 보인다5)].

4) 원고가 반품 미처리 건에 해당하는 자료라며 제출한 자료 중 갑 제7호증(반품 미처리 자재현황 내역)은 수주번호, 거래처, 품목 등이 기재되어 있기는 하나, 반품된 자재의 출고일자, 반품일자 등은 기재되어 있지 않고, 이를 검증할 상품수불부 등도 존재하지 않으며, 을 제6호증(사업장별 월별 매출현황, 세무조사 말미에 제출된 것으로서 원고는 이 소송에서는 이를 제출하지 않았다)은 A/S출고, 반품미처리로 항목을 구분하여 해당 금액을 월별로 집계한 것이나 해당 재고가 언제 발생한 것인지, 반품된 매출처는 어디인지, 그 세부 품목, 수량, 단가 등은 전혀 확인할 수 없는 자료로, 이와 같은 자료들로는 해당 내역이 이 사건 시스템 상 출고내역 중 어느 부분에 해당되는지, 원고 주장의 반품 미처리 건이 위 출고내역에 포함되어 있는지 여부를 가려낼 수 없다. 더욱이 위 각 자료는 그 출처가 불분명하거나 사후 작성된 것으로서 그 자체로 신빙하기 어려운 면도 있다.

5) 원고는 반품 미처리 자재가 하치장에 보관된 사진(갑 제8호증), 반품 미처리 금액을 산정하기 위하여 감정업체에 의뢰한 사감정 보고서(갑 제11호증)를 제출하며, 반품 미처리 관련 물량이 실제로 발생하였다고 주장한다. 그러나 위 보고서에 나타난 감정 진행 방식과 내용[위 감정의견은 원고가 작성한 ‘반품 미처리 자재현황 내역’을 일부 거래업체에게 제시한 후 서명, 날인을 통하여 회신받은 ‘반품내역 확인조회서’를 전제로 한 것으로(갑 제11호증 제8면), 거래처에서 반품 미처리 내역을 확인할 수 있는 객관적인 자료를 제출한 것이 아니라 단순히 부동문자로 작성된 확인서에 서명, 날인만 한 것이다], 원고의 평택하치장 실사 결과 산정된 재고 가격(308,644,679원)에 비추어, 원고가 주장하는 금액을 반품 미처리 금액으로 인정하기 어렵고, 평택하치장에 보관되어 있는 재고품이 모두 반품 미처리 건에 해당하는 제품이라고 볼 증거도 없다.

6) 결국 이 사건 세무조사의 경위와 내용 등에 비추어 보면, 피고가 원고의 이 사건 매출누락액을 산정한 것은 합리적이고 적법한 실지조사방법에 속한다고 보아야 하고, 원고가 제출.주장하는 증거나 사정만으로는 이를 뒤집고 이 사건 매출누락액에 반품 미처리 금액이 포함되어 이 사건 처분이 과세요건을 충족시키지 못한 위법한 처분이라고 볼 수 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.