소득세법상 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우 안분계산하는 방법은 부가가치세법상 방법을 준용한다는 의미로 해석될 뿐임

소득세법 시행령 제166조 제6항의 문언을 보면 “법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조에 따라 안분계산하며”라고 기재되어 있는바, 이는 문언상 안분계산을 함에 있어 부가가치세법 시행령 제64조에 정한 ‘방법’을 준용한다는 의미로 해석될 뿐이므로, 안분계산의 방법을 정한 부가가치세법 시행령 제64조 제1항의 규정을 적용함이 타당함

사 건

2025구단52809 양도소득세부과처분취소

원 고

AAA

피 고

aa세무서장

변 론 종 결

2025. 11. 21.

판 결 선 고

2025. 12. 19.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 4. 29. 원고에게 한 2022년 귀속 양도소득세 xxx원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 서울 **구 **동 ****-** 토지 ***.*㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 건물 ***.**㎡(근린생활시설 및 주택, 이하 ‘이 사건 건물’이라 하고 이 사건 토지와 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 BBB 주식회사(이하 ‘매수인’이라 한다)에 매매대금을 xxx원으로 정하여 양도하였다.

나. 원고는 2022. 4. 22. 피고에게 이 사건 토지의 양도가액을 xxx원, 이 사건 건물의 양도가액을 xxx원으로 계산하여 2022년 귀속 양도소득세 xxx원을 신고·납부하였다.

다. 피고는 bb지방국세청장의 지시에 따라 이 사건 토지 및 건물 양도가액의 안분기준이 없고 기준시가로 안분한 가액과 비교할 경우 100분의 30 이상 차이가 발생하여 소득세법 제100조 제2항 및 제3항에 정한 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는 것으로 보아 자산별 기준시가 비율로 안분계산하여 2022. 4. 29. 원고에게 2022년 귀속 양도소득세 xxx원을 경정·고지하였다(이하 위 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 기재 및 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 부동산의 양도 당시 매수인은 이 사건 건물을 철거하고 이 사건 토지만을 사용할 것을 예정하고 있었다. 그리고 이 사건 부동산의 양도로 인한 양도소득세는 국세기본법 제21조 제3항 제3호 에 정한 중간예납하는 소득세에 해당하여 납세의무 성립일은 2022. 5. 31.이다. 위 납세의무 성립일에 적용되는 구 소득세법(2024. 12. 31. 법률 제20615호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법’이라 한다) 제100조, 구 소득세법 시행령(2023. 2. 28. 대통령령 제33267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 소득세법 시행령’이라 한다) 제166조 제6항이 적용되고, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 은 부가가치세법 시행령 제64조 를 준용하고 있는데, 부가가치세법 시행령 제64조 제2항 제2호 에서는 ‘토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’ 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 건물의 공급가액은 원고가 매매계약 당시 기재한 실지거래가액인 xxx원으로 보아야 할 것임에도, 이 사건 토지, 건물 가액을 안분계산하여야 함을 전제로 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계 법령 : 별지 기재와 같다.

다. 구체적 판단

1) 이 사건 부동산의 양도로 인한 양도소득세는 국세기본법 제21조 제3항 제2호 의 ‘예정신고납부하는 소득세’에 해당하고, 따라서 양도소득세 납부의무 성립시기는 2022. 3. 31.이다.

2) 소득세법 제100조 제2항 에 의하면, 토지와 건물을 함께 양도하면서 실지거래가액에 따라 양도가액을 각각 구분하여 기장하여야 하는데, 그 가액 구분이 불분명할 때에는 ‘ 소득세법 시행령 제166조 제6항 이 정하는 바에 따라 안분계산한 가액’(이하 ‘안분계산가액’이라 한다)으로 한다. 나아가 소득세법 제100조 제3항 에 의하면, 가액 구분이 분명한 때라 하더라도 그 가액이 ‘안분계산가액’과 30/100 이상 차이가 있는 경우에는 그 가액 구분이 불분명한 때로 간주하고. ‘안분계산가액’을 양도가액으로 하게 된다. 위 간주규정은 ‘조세회피의 목적이 있을 것’을 요건으로 하지 아니한다.

한편 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 에 의하면, ‘안분계산가액’은 부가가치세법 시행령 제64조 에 따르도록 정하고 있고, 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에서는 안분계산 방법에 관하여 정하고, 제2항에서는 ‘다른 법령에서 정하는 바에 따란 토지와 건물 등의 가액을 구분한 경우 또는 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우’에는 건물 등의 실지거래가액을 공급가액으로 한다고 정하고 있다.

3) 이 사건 부동산의 양도차익을 계산함에 있어서는 구 소득세법 제100조 제2항 , 제3항이 적용된다. 이 사건 부동산의 양도는 토지나 건물 등을 함께 양도한 경우에 해당하는 바, 위 조항의 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하는지 확인하기 위하여는 제2항에 따라 안분계산한 가액과 토지와 건물 등을 구분 기장한 가액이 100분의 30 이상 차이가 있는 경우에 해당하는지 여부를 보게 된다.

구 소득세법 제100조 제2항 은 안분계산의 방법에 관하여 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라’라고 규정하여 대통령령에 위임하고 있고, 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 에서는 안분계산의 방법에 관하여 ‘ 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산’한다고 기재되어 있다. 부가가치세법 시행령 제64조 에서는 제1항에서 안분계산의 방법을 정하고 있는데, 토지와 건물의 기준시가가 모두 있는 경우 그것을 기준으로 하고(제1호), 토지와 건물 중 어느 하나 또는 모두의 기준시가가 없는 경우로서 감정평가가액이 있는 경우에는 감정평가가액에 의하고 감정평가가액이 없는 경우에는 장부가액(장부가액이 없는 경우에는 취득가액)에 비례하여 안분 계산한 후 기준시가가 있는 자산에 대하여는 그 합계액을 다시 기준시가에 의하여 안분 계산한 금액으로 하며(제2호), 제1, 2호를 모두 적용할 수 없거나 적용하기 곤란한 경우에는 국세청장이 정하는 바에 따라 안분하여 계산한 금액으로 한다(제3호)고 정하고 있다.

이 사건 토지, 건물에 대하여 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 의 기준에 따라 안분계산한 가액과 이 사건 토지, 건물을 구분 기장한 가액 사이에 100분의 30 이상 차이가 있는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 그렇다면 이 사건 양도는 ‘토지와 건물 등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하여 양도차액의 산정은 구 소득세법 제100조 제2항 , 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 , 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 에 따라 안분계산한 금액에 의하여야 할 것이다. 따라서 피고의 이 사건 처분은 적법하다.

4) 원고는 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 에서 부가가치세법 시행령 제64조 를 준용하고 있고, 부가가치세법 시행령이 2022. 2. 15. 개정됨에 따라 동 시행령 제64조 제2항에서 토지와 건물 등을 함께 공급받은 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에는 실지거래가액을 공급가액으로 하도록 규정하고 있는데 원고의 납세의무 성립시점에도 위 규정이 시행되었던 점, 2025. 2. 28. 소득세법 시행령 제166조 제8항 이 신설됨에 따라 토지, 건물 등을 함께 취득한 후 건물 등을 철거하고 토지만 사용하는 경우에 대하여는 소득세법 제100조 제3항 의 적용을 배제하는 것으로 개정된 점 등을 고려할 때, 이 사건 양도에 대하여도 ‘토지와 건물등의 가액 구분이 불분명한 때’에 해당하지 아니하는 것으로 보아야 한다고 주장한다.

그러나 구 소득세법 시행령 제166조 제6항 의 문언을 보면 “법 제100조 제2항의 규정을 적용함에 있어서 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 부가가치세법 시행령 제64조 에 따라 안분계산하며”라고 기재되어 있는바, 이는 문언상 안분계산을 함에 있어 부가가치세법 시행령 제64조 에 정한 ‘방법’을 준용한다는 의미로 해석될 뿐이므로, 안분계산의 방법을 정한 부가가치세법 시행령 제64조 제1항 의 규정을 적용함이 타당하다. 또한 2025. 2. 28. 신설된 소득세법 시행령 제166조 제8항 은 2025. 2. 28.부터 시행된 규정이고 소급 적용 규정도 없어, 이 사건 부동산의 양도로 인한 양도소득세를 계산함에 있어서는 고려할 요소로 보이지 않는다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.