국세기본법 제39조 제1항 제2호 및 국세기본법 시행령 제20조에 따른 제2차납세의무자 지정

국세기본법 제39조 제1항 제2호 및 국세기본법 시행령 제20조가 법인의 발행주식 총수의 51% 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주집단의 일원을 과점주주라고 하여서 그에 대하여 법인의 체납국세에 대한 제2차 납세의무를 지우는 것은, 그 소유주식수에 따라 주주총회에서의 의결권의 행사 등을 통하여 회사경영을 사실상 지배할 가능성이 있는 지위에 있다고 보기 때문이므로, 위 규정에서 말하는 51% 이상의 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니고, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족함

사 건

2025구합20626 제2차납세의무자지정처분취소

원 고

1. A

2. B

3. C

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026. 3. 11.

판 결 선 고

2026. 4. 8.

주 문

1. 피고가 별지 1 표 기재 고지일에 원고 C에 대하여 한 별지 1 표 기재 순번 1 내지 10 각 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

2. 원고 A, B의 청구를 모두 기각한다.

3. 소송비용 중 원고 C과 피고 사이에 발생한 부분은 피고가 부담하고, 원고A, B과 피고 사이에 발생한 부분은 원고 A, B이 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 별지 1 표 기재 고지일에 원고들에 대하여 한 별지 1 표 기재 각 부과처분(가산세 포함)을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

1) 원고 A은 주식회사 D(이하 ‘D’이라고만 한다)의 대표이사였던 사람이고, 원고 B은 원고 A의 아내, 원고 C은 원고 A의 처제로서 친족관계에 있는 자들이다.

2) 원고 A과 소외 E는 2009년경 D의 지분 100%를 약 00억 원에 인수하고(원고들 75%, E 25%), 그 무렵부터 공동으로 회사를 운영하였다. 원고들의 세부적인 주식보유 현황은 원고 A 5%(0,000주), 원고 B 35%(00,000주), 원고 C 35%(00,000주)이다.

3) 원고 A은 2009. 0. 00. D의 사내이사로 등재되었다가, 2020. 00. 00. 감사로 취임하여 현재까지 감사로 등재되어 있고, 원고 B은 2010. 0. 00. 사내이사로 취임하여 현재까지 사내이사로 등재되어 있다(아래 표 1, 2 참조). 원고 C이 별도로 D의 임원으로 등재된 사실은 없다.

<표1> A의 임원 등재내역

순번

이름

임원에 관한 사항

취임

사임

사내이사

0000. 00. 00.

대표이사

사내이사/대표이사

감사

<표2> B의 임원 등재내역

나. 선행 처분 및 이 사건 처분

1) D은 2018 사업연도 법인세 등 합계 0,000,000,000원을 체납하였는데, 이에 피고는 2024. 00. 00 및 2025. 00. 00. 총 2회에 걸쳐 원고들이 D의 과점주주라고 보고, 원고들을 제2차 납세의무자로 지정하였다. 이후 피고는 별지 1 표 기재 고지일에 원고들에게 D의 체납세액 합계 000,000,000원(원고 A 00,000,000원, 원고 B 000,000,000원, 원고 C 000,000,000원)을 납부할 것을 고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’ 이라 한다).

2) 원고들은 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2025. 0. 00. 국세기본법 제39조 제2호 가 2020. 12. 22. 법률 제17650호로 개정되면서 제2차 납세의무를 부담하는 과점주주의 범위가 ‘법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들’로 한정되었음을 이유로 원고 C에 대한 000,000,000원의 납부고지처분 중 2021 사업연도 법인세 체납세액 000,000,000원을 취소하고, 원고들의 나머지 청구는 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관련 법령

별지 2 기재와 같다.

3. 원고들 주장의 요지

원고 B과 원고 C은 원고 A에게 주주명의를 대여하였을 뿐이고, D을 실질적으로 운영한 사람은 E이지 원고 A이 아니다. 원고들은 D의 경영에 관여한 사실이 없고, 영향력을 행사할 수 없었으므로 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

4. 판단

가. 원고 C의 경우

1) 관련 법리

국세기본법 제39조 제2호 에 의하여 법인의 주주에게 제2차 납세의무를 부과시키기 위해서는 과점주주로서 그 법인의 운영에 관여할 수 있는 위치에 있음을 요하고 단지 형식상으로 법인의 주주명부에 주주로 등재되어 있다는 사유만으로는 납세의무를 부과시킬 수 없는 것이므로, 회사의 주식 전부를 실질적으로 소유하고 있는 친척인 설립자의 부탁에 의하여 회사설립 시 발기인 명의만을 빌려준 원고들이 실제로 주식을 취득하거나 회사의 운영에 간여하거나 주주로서의 배당을 받은 사실이 전혀 없이 회사와는 관계없는 생업에 따로 종사하고 있는데 설립자가 임의로 원고들을 주주명부에 등재하여 놓은 경우에는 원고들에게 과점주주로서의 제2차 납세의무를 부담시킬 수 없다(대법원 1991. 6. 11. 선고 90누7821 판결 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거 및 갑 제14호증의 기재, 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는다음과 같은 사실 및 사정, 즉 원고 C은 원고 A의 처제로, 원고 A과 주거를 같이 하지 않는 비동거인척인 점, 원고 C은 D의 임원으로 등재된 사실이 없고, 건강보험자격득실확인서(갑 제14호증)에 의하면 D의 직원으로 급여 등을 받은 사실도 없는 점, 후술하는 바와 같이, 원고 A이 원고 C에게 신탁한 주식 등을 토대로 D을 실질적으로 경영하여 온 것으로 보일뿐, 원고 C이 D의 경영에 관여한 사정이 전혀 보이지 않는 점 등을 종합하면, 원고 C은 원고 A에게 주주명의를 대여하였을 뿐 법인의 운영에 관여할 수 있는 지위에 있었다고 볼 수 없다. 따라서 이 사건 처분 중 원고 C에 대한 부분은 국세기본법 개정 전후와 관계없이 전부 위법하여 취소되어야 한다.

나. 원고 A, B의 경우

국세기본법 제39조 제1항 제2호 및 국세기본법 시행령 제20조 가 법인의 발행주식 총수의 51% 이상의 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 주주집단의 일원을 과점주주라고 하여서 그에 대하여 법인의 체납국세에 대한 제2차 납세의무를 지우는 것은, 그 소유주식수에 따라 주주총회에서의 의결권의 행사 등을 통하여 회사경영을 사실상 지배할 가능성이 있는 지위에 있다고 보기 때문이므로, 위 규정에서 말하는 51% 이상의 주식에 관한 권리 행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사할 것을 요구하는 것은 아니고, 국세의 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있으면 족하다고 보아야 할 것이다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2003두8418 판결 참조).

주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식이동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 증명하면 되고, 다만 위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자가 증명하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결, 대법원 2008. 9. 11. 선고 2008두983 판결 참조).

앞서 든 증거, 갑 제8, 13, 14호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정되는 다음과 같은 사실 및 사정을 종합하면, 원고 A, B[이하 ‘2) 구체적 판단 부분’에 국한하여 원고 A, B만을 ‘원고들’로 칭한다]은 주주권을 행사할 수 있는 지위에 있었을 뿐 아니라 지배적으로 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 과점주주로서 제2차 납세의무를 부담한다고 봄이 타당하다.

○ 원고들은 원고 A이 아닌 E가 D의 실질적인 경영자이므로원고들은 주주권을 행사할 수 있는 지위에 없었다는 취지로 주장하나, 원고 A이 2019. 00. 0. E와 체결한 공장임대차계약서(갑 제8호증)를 보면, 원고들의 주장은 사실과 다르다.

우선 해당 공장건물은 D 소유였는바, 이에 대하여 원고 A이 임대인의 지위에서 E에게 이를 임차하는 내용의 임대차계약을 체결한 행위 자체가 원고 A이 D을 실질적으로 경영하여 왔음을 방증한다.

여기에 임대차계약의 특약사항 즉, ❶ 원고 A과 원고 B을 회사 직원으로 급여 신고를 하고 급여 대신 원고 A의 카드대금(월 0백만 원)을 지급하도록한 점, ❷ 차용금 0억 원을 E로 하여금 매달 0천만 원씩 원금을 상환하게 하고 그 이자는 원고 A에게 지급하도록 한 것과 D의 외상매출금 0억 0천만원에 대해서도 그 중 원고 A에게 0억 원을 지급하고 나머지 0억 0천만 원은 D의 채무를 갚는 데 쓴다고 약정한 것은 회사의 경영을 E에게 맡기면서도 그로 인한 경제적인 이익은 원고 A에게 귀속시키는 것으로 이 또한 회사 지배권이 원고 A에게 있음을 보여주는 것인 점, ❸ 원고 A이 계약과 동시에 회사 경영 및 인사관리 등 회사 업무에 관여하지 않는다고 기재하여 두긴 하였으나, 정작 직원 급여인상 등은 원고 A과 협의하여야 하고, E로 하여금 원고 A의 대표자 회의 및 대표자 여행을 지원하도록 정한 점 등을 보태어 보면, 원고 A은 임대차계약 이후에도 여전히 D의 경영과 관련하여 지배적 영향력을 행사해왔고, E는 원고 A의 의사대로 업무를 수행한 것으로 보인다.

○ 원고들은 원고 B 역시 원고 C과 마찬가지로 원고 A에게 명의만 빌려주었을 뿐이라고 주장하나, 주주명의를 도용당하였거나 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정은 원고들이 증명책임을 부담하는데, 원고 B의 건강보험자격득실확인서(갑 제13호증)에 의하면, 오히려 원고 B은 2011. 0. 0.부터 2021. 0. 00.까지, 2011. 0. 00.부터 2011. 0. 0.까지 D의 직장가입자 내지 직장피부양자였던 것으로 확인이 되고, D의 등기사항일부증명서(을 제1호증)에 의하면, 원고 B은 현재에도 D의 사내이사인바, 주주명의를 도용당하였거나, 실질소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다고 볼 수 없다.

○ 원고들은 E의 사실확인서, 형사사건기록 등을 증거로 제출하며 E가 D의 실질 소유자이자 경영자라고 주장하나, 형사사건기록은 E의 조세범처벌법위반, 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(거짓세금계산서교부등) 혐의에 관한 것이어서 E가 D의 대표이사로서 위와 같은 위법행위를 저질렀다는 사정만으로 원고들이 실질적 과점주주 또는 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들이 아니라고 볼 수 없고, E가 작성한 각 사실확인서의 경우 현재 확인되는 재산이 없는 E로서는 원고들이 체납세액 납부 의무를 회피할 수 있도록 원고들에게 유리한 진술을 하여주거나 확인서를 작성할 동기가 있어 보이는 점 등에 비추어 보면, 위 증거들만으로 원고들이 D의 실질적 과점주주 또는 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들이 아니라고 볼 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고 C의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하고, 나머지 원고들 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.