이 사건 양도소득은 구 법인세법 상'국내원천소득'에 해당하지 않고, 이 사건 주식은 구 증권거래세법 상'주권'이 아니며, 이 사건 거래에 구 국제조세조정법 제2조의2를 적용하여 과세하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용될 수 없다.

법적 안정성 및 납세자의 예측가능성 등을 보장하기 위하여, 주식 거래로 인한 과세요건과 절차, 범위, 한계를 설정하는 구체적인 과세의 근거 규정이 마련되지 않는 한 다단계 지배구조를 통해 실질적으로 내국법인을 지배하면서 그 상위법인의 주식을 양도하였다고 하더라도, 실질과세 원칙을 규정한 일반조항을 근거로 내국법인이 보유한 주식의 거래로 재구성하여 법인세나 증권거래세를 부과할 수는 없다고 봄이 타당하다.

사 건

(제주)2025누1053 법인세징수처분등취소의 소

원 고

AA

피 고

ㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2025. 8. 27.

판 결 선 고

2025. 12. 10.

주 문

1. 피고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 피고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 2021. xx. xx. 원고에게 한 법인세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 xxx,xxx,xxx원 포함)의 징수처분 및 증권거래세 x,xxx,xxx,xxx원(가산세 xxx,xxx,xxx원 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 기각한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

피고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 아니하고, 이 사건 변론에 제출된 모든 증거와 소송자료를 피고의 주장과 함께 다시 살펴보더라도 제1심의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다.

이에 이 법원이 이 사건에 관하여 적을 이유는 제1심판결 10쪽 10행의 “구 법인세법 제93조 제9조”를 “구 법인세법 제93조 제9호 ”로, 11쪽 제12행의 “구 증권거래세법 제1조의2 각 호”를 “구 증권거래세법 제1조의2 제1항 각 호”로 각 고쳐 쓰고, 피고가 이 법원에서 추가하거나 강조하는 주장에 관하여 제2항 기재 판단을 추가하는 것 외에는 제1심 판결 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용(약어 및 별지 포함)한다.

2. 추가 판단

가. 피고 주장의 요지

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 적법하다.

1) BB그룹은 CC 주식을 직접 양도하는 경우 발생하는 법인세와 증권거래세를 회피할 목적으로, 세법상 도관회사에 불과한 DD, EE을 설립하였고, 이를 통해 CC 주식을 간접적으로 보유하면서, FF이 이 사건 주식을 양도하는 거래의 외관을 취하였는바, 이 사건 거래의 실질적 과세물건은 이 사건 주식이 아닌 CC 주식이고 그 담세력 또한 CC 주식에 있다고 보는 것이 실질과세원칙에 부합한다.

2) 따라서 이 사건 양도소득은 CC이 발행한 주식을 양도함으로써 발생한 것으로 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제93조 제9호 가목에 따른 외국법인의 국내원천소득에 해당하고, 실질적으로 CC 주식을 거래목적으로 한 이 사건 거래는 구 증권거래세법(2017. 12. 19. 법률 제15229호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 증권거래세법’이라 한다) 제2조 본문, 제1조의2 제1항 제1호에 따라 증권거래세 과세대상이 되므로, 원고는 이 사건 양도소득에 관한 법인세의 원천징수의무 및 이 사건 거래에 관한 증권거래세의 납세의무를 부담한다.

나. 관련 법령의 내용

1) 외국법인은 내국법인과 달리 국내원천소득에 대해서만 법인세 납세의무가 있는데( 법인세법 제2조 제1항 제2호 참조), 구 법인세법 제93조 제9호 에서 ‘내국법인이 발행한 주식(가목)’ 또는 ‘자본시장과 금융투자업에 관한 법률에 따른 증권시장에 상장된 외국법인이 발행한 주식(나목)’을 양도함으로써 발생한 소득으로서 대통령령으로 정하는 소득을 국내원천소득으로 들고 있고, 구 법인세법 시행령(2018. 2. 13. 대통령령 제20640호로 개정되기 전의 것) 제132조 제8항 제2호 본문은 국내사업장이 없는 외국법인이 원천이 국내인 주식을 양도함으로써 발생한 소득도 원칙적으로 과세대상으로 삼고 있다. 또한 구 법인세법 제98조 제1항 에 따라 국내원천소득으로서 국내사업장과 실질적으로 관련되지 않거나 그 국내사업장에 귀속되지 않는 소득을 지급하는 양수인은 그 지급을 할 때에 양도인의 법인세를 원천징수하여 납부하여야 한다.

2) 일정한 주권의 양도 거래에 대하여 구 증권거래세법 제2조 에 따라 증권거래세가 과세되는데, 구 증권거래세법 제1조의2 제1항 에서 증권거래세 과세대상인 주권을‘ 상법 또는 특별한 법률에 따라 설립된 법인의 주권(제1호), 외국법인이 발행한 주권으로서 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 제8조의2 제4항 제1호 에 따른 증권시장에 상장된 것(제2호)’으로 정하고 있다. 국내사업장이 없는 외국법인이 금융투자업자를 통하지 않고 주권을 양도하는 경우 구 증권거래세법 제3조 제3호 단서 및 제9조에 따라 양수인이 증권거래세의 납세의무자가 되고, 납세의무자는 양도인으로부터 증권거래세를 징수하여야 한다.

3) 구 국제조세조정에 관한 법률(2017. 12. 19. 법률 제15221호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 국제조세조정법’이라 한다) 제2조의2 제2항은 ‘국제거래에서 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식과 관계없이 그 실질 내용에 따라 조세조약을 적용한다.’고 규정하고, 같은 조 제3항은 ‘국제거래에서조세조약 및 이 법의 혜택을 부당하게 받기 위하여 제3자를 통한 간접적인 방법으로 거래하거나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거친 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질에 따라 당사자가 직접 거래한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래로 보아 조세조약과 이 법을 적용한다.’고 규정한다.

다. 판단

이 사건 거래는 외국법인인 FF과 원고 사이에 이루어진 외국법인(DD)이 발행한 비상장 주식에 대한 양도거래이므로 이 사건 양도소득은 구 법인세법 제93조 제9호 의‘국내원천소득’에 해당하지 않고, 이 사건 주식은 구 증권거래세법 제1조의2 제1항 각 호에서 정한 ‘주권’이 아니며, 이 사건 거래에 구 국제조세조정법 제2조의2 를 적용하여 과세하는 것은 조세법률주의의 원칙상 허용될 수 없다고 봄이 타당하다. 그 판단의 근거는 다음과 같다.

1) 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데에 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조). 피고는「이 사건 거래의 실질은 BB그룹이 원고에게 이 사건 주식이 아니라 국내법인인 CC의 주식을 양도하는 것임에도 한싱조세조약 제13조 제3항에 따라 위 주식의 원천지국인 대한민국에 부담할 법인세 등의 부담을 회피할 목적으로 아무런 가치가 없는 도관회사에 불과한 DD의 주식을 양도하는 방식을 선택하였는바, 실질과 괴리되는 비합리적인 형식과 외관을 취한 경우라 할 수 있다. 따라서 실질과세원칙에 따라 이 사건 거래의 목적물을 내국법인인 CC의 주식으로 재구성하여야 한다.」라는 취지로 주장한다.

그러나 위 주장은 다음과 같은 이유로 받아들일 수 없다.

가) 납세의무자가 경제활동을 함에 있어서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위하여서도 여러 가지의 법률관계 중 하나를 선택할 수 있는 것이고, 과세관청으로서는 특별한 사정이 없는 한 당사자들이 선택한 법률관계를 존중하여야 한다(대법원 2001. 8. 21. 선고 2000두963 판결 등). 또한 다국적 기업이 조세중립적이고 투자자에게 우호적인 국가에 지주회사를 설립하는 것은, 가능한 한 이중과세의 위험성을 없애고, 투자자에게 최대한의 이익을 제공하기 위해 세금이 부과되지 않거나 적게 부과되도록 효율적인 구조를 만들 필요성에서 비롯되는 것으로, 이와 같이 조세피난처를 이용하여 지주회사를 설립하는 행위는, 그것이 조세회피의 목적으로 통상 이루어지지 않는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 인정되는 경우가 아닌 한 허용되는 것이고, 허용되지 않는 조세회피행위에 해당한다고 보아야 하는 특별한 사정이 존재한다는 점을 입증할 책임은 과세관청에게 있다.

FF, DD, EE은 BB그룹의 투자금 및 투자이익 회수 전략을 용이하게 하기 위하여 자본의 이득에 대하여 과세하지 아니하는 싱가포르 혹은 조세피난처인 BVI(영국령 버진아일랜드)에 각 설립 국가의 관련 법령에 따라 적법하게 설립된 법인으로 이러한 지주회사를 이용한 거래는 국제법상 허용된다. BB그룹은 이 사건 사업의 합작 투자관계에서 탈퇴하고 투자금을 회수하기로 하면서 DD의 지주회사인 FF이 이 사건 주식을 양도하는 형식의 거래구조를 택하였고, 원고도 그 선택에 따라 BB그룹과 이 사건 거래를 하였는바, 위 회사들의 설립과 운용 및 이 사건 거래의 선택에 관한당사자들 사이의 의사와 그로 인해 형성된 법률관계는 존중되어야 한다. 더구나 이 사건 거래가 국제법상 위법한 거래라고 볼 만한 특별한 사정이 발견되지도 않는다.

나) 피고는 이 사건 거래가 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 것으로 평가되어야 한다고 주장하면서 그 주된 근거로 ① 피고의 세무재조사 결과 DD과 EE은 BB그룹의 다국적 투자를 위하여 설립되었고, 각 자회사의 지분을 보유하고 있는 외에 독자적으로 영위하는 사업이 없으며, 타 회사와 사업장을 공유하는 등 인적·물적 설비가 미비된 사실 등이 확인되었으므로 모두 회사로서의 실체가 없는 도관회사로 보아야 한다는 점과 ② BB그룹이 만약 FF이 이 사건 주식을 양도하는 방안 대신 HPBL이 CC 주식을 양도하는 방안을 채택하였더라면 대한민국의 법인세 등 과세의 대상이 되었을 것이라는 점을 들고 있다.

그러나 앞서 본 바와 같이 다국적 기업이 조세피난처 등 투자자에게 우호적인 나라에 지주회사를 설립한 사실을 두고 곧바로 허용되지 아니하는 조세회피행위에 해당한다고 평가할 수 없다. 이러한 지주회사는 자회사의 지분 보유 자체를 목적으로 하여 설립되는 특성상 상주 임직원이나 사무실을 두지 아니하고 상위 회사의 이사 등이 지주회사의 이사직 등을 겸직하면서 지주회사의 실질적인 업무를 위탁받아 수행하는 경우가 많으므로, 인적·물적 설비가 미비하다는 사실만으로 섣불리 도관회사에 불과하다고 단정할 것은 아니며, 자회사의 주주총회 참여를 통한 의결권 행사, 각종 회계·법률 수수료의 지출, 경영활동에 대한 모니터링, 주식의 관리 및 이사회 결의에 의한 재무제표 승인 등 실질적으로 자회사의 지배적 지분을 소유하거나 자회사의 경영 전략에 영향력을 행사하기 위하여 주식을 확보·유지하는 사업을 계속하는지 여부 등을 살펴 회사로서의 실체성을 갖추었는지 여부를 판단하여야 한다. 그런데 피고는 조세심판원의 결정에 따른 세무재조사 당시 DD과 EE의 설립 목적이나 인적·물적 시설의 구비 여부에 관하여만 확인한 것으로 보이고, DD과 EE이 지주회사로서의 사업을 계속하여 온 바 없다는 사실을 뒷받침할 만한 별다른 증거를 제출하지 아니하였다. 또한 납세자 입장에서는 동일한 경제적 목적을 달성하기 위한 여러 거래방식 중 자신이 부담할 세금을 최소화하는 방안을 택할 수 있는 것인바, 위와 같은 사정들을 종합하여 고려하면, BB그룹이 GG → FF → DD → EE로 이어지는 지배구조 하에서 대한민국의 법인세 등 과세의 대상이 되는 거래방식인 EE이 CC 주식을 양도하는 방안을 채택하지 아니하고 FF이 이 사건 주식(DD 주식)을 양도하는 방안을 채택하였다는 이유로 곧바로 이 사건 거래가 조세회피의 목적 하에 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관에 불과한 방식을 취한 것이라고 평가할 것은 아니다.

2) 양도소득에 대한 법인세에 있어 원천징수의무자인 양수인이 원천납세의무자인 양도인으로부터 원천징수액을 징수함 없이 이를 납부한 경우, 원칙적으로 양수인은 양도인에게 대하여 구상권을 행사할 수 있고(대법원 2011. 11. 24. 선고 2009다16889 판결 등 참조), 법인간 이루어진 주식거래에 관하여 법인세와 증권거래세가 부과되는 경우 주식의 양도인이 누구인지는 각 과세처분의 동일성 여부를 판단하는 요소가 되기도 하므로, 과세관청으로서는 법인세나 증권거래세의 부과처분시 과세물건의 양도인이 누구인지 명확히 확정하여야 할 필요가 있다. 특히 과세물건에 관한 거래가 과세 국가의 조세 관할권 외에서 외국법인 사이에 이루어진 경우에는 국가간 조세권의 충돌 문제가 발생할 수 있으므로 더욱 그러하다. 그런데 피고의 주장처럼 BB그룹의 투자금 회수를 위한 주식양도거래를 실질적으로 CC 주식의 양도거래로 재구성할 수 있다면, BB그룹이 형성한 지배구조 내에 어떠한 단계의 주식거래에 대해서도 법인세나 증권거래세를 부과할 수 있게 되어 외국법인에 대한 과세대상이 지나치게 확대될 뿐 아니라 과세관청의 자의에 따라 과세 여부 및 납세의무자가 달라지는 결과로 이어질 수 있다.

3) 실질과세원칙은 조세법의 기본원리인 조세법률주의와 대립관계에 있는 것이 아니라 조세법규를 다양하게 변화하는 경제생활관계에 적용함에 있어 예측가능성과 법적안정성이 훼손되지 않는 범위 내에서 합목적적이고 탄력적으로 해석함으로써 조세법률주의의 형해화를 막고 실효성을 확보한다는 점에서 조세법률주의와 상호보완적이고 불가분적인 관계에 있다고 할 것인바(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 판결 등 참조), 앞서 살핀 사정들을 고려하면 법적 안정성을 저해하지 아니하고 납세자의 예측가능성 등을 보장하기 위하여, 주식의 거래로 인한 과세요건과 절차, 범위, 한계를 설정하는 구체적인 과세의 근거 규정이 마련되지 않는 한 다단계 지배구조를 통해 실질적으로 내국법인을 지배하면서 그 상위법인의 주식을 양도하였다고 하더라도, 실질과세원칙을 규정한 일반조항을 근거로 내국법인이 보유한 주식의 거래로 재구성하여 법인세나 증권거래세를 부과할 수는 없다고 봄이 타당하다.

4) 개발도상국 사이에서 자산이 위치한 국가의 조세를 부당하게 회피하기 위해 해당 국가에 위치한 자산을 소유한 법인을 그 국가의 조세관할권 외에서 양도하는 거래, 이른바 ‘역외 간접 거래(Offshore Indirect Transfers, OIT)’가 이용된다는 우려가 존재함에 따라, 국제통화기금(IMF), 경제협력개발기구(OECD), 국제연합(UN), 세계은행 그룹(World Bank Group, WBG)이 설립한 ‘조세협력 플랫폼(The Platform for Collaboration on Tax, 이하 ‘PCT’라 한다)’은 OECD BEPS[Base Erosion and Profit Shifting(과세기반 잠식 및 소득이전)] 프로젝트 하에서 개발도상국 사이에서 이루어지는 ‘역외 간접 거래’에 대한 과세방안을 연구하였고, 2020. 6. 4. 그 연구 결과를 담은 보고서(The Taxation of Offshore Indirect Transfers- A Toolkit, 이하 ‘PCT 보고서’라 한다)를 발간하였는바, 위 보고서에서는 역외 간접 거래에 대한 과세를 위하여 채택할수 있는 두 가지 입법모델로서 개발도상국에 소재한 법인의 지배권이 변경되었을 때, (i) 그 개발도상국 소재 회사가 자산을 양도한 것으로 간주하여 과세하는 방법(Model 1: taxation of a deemed direct sale by a resident)과 (ii) 주식을 양도한 비거주자에게 과세하는 방법(Model 2: taxation of the non-resident seller)을 제시하고, 이 사건 처분과 같이 비거주자에게 과세(Model 2)하기 위하여는 과세 국가의 내국법에 그 소득(즉, 역외 간접 양도로 인한 소득)이 내국자산의 양도에 의하여 발생한 것으로 간주하는 명시적, 묵시적 규정이 마련되어야 한다는 점을 지적하고 있다.

나아가 PCT 보고서는 일반적 조세회피 방지조항(General Anti-Avoidance Rule, GAAR)에 의한 과세가능성에 대하여 언급하면서,‘역외 간접 거래’에서 다단계 지배구조를 부인하고 비거주자의 내국자산 양도로 간주하는 근거조항을 통해 과세권을 행사하는 나라로 중국을 들고 있는바, 중국의 조세회피조항인 ‘Circular 698’은 ‘외국인투자 회사가 중국거주자기업의 지분을 간접양도하는 경우 ① 외국인투자회사의 소재국(지역)의 실질 세부담이 12.5%보다 낮거나 혹은 거주자의 해외소득에 대해 소득세를 징수하지 아니하는 경우, 중국거주자기업의 소재지 주관 세무기관에 관련 자료를 제공하여야 하고, ② 관련 자료 확인 결과 외국인투자자가 ㉮ 조직형태의 남용이 있었고, ㉯ 합리적 상업목적이 없으며, ㉰ 주된 목적이 중국의 소득세 납세의무를 회피하기 위한 경우에 해당하면, 중국의 주관 세무기관은 경제 실질에 의거하여 당해 지분양도거래의 성격에 대해 재정의 한 후 외국인투자자의 존재를 부정하고 거래를 재구성 하여 외국인 투자자가 중국회사의 지분을 양도한 것으로 보아 과세권을 행사할 수 있다.’고 규정한다.

위 Circular 698 규정은 일반적 조세회피 방지 조항(General Anti-Avoidance Rule, GAAR)이 아닌 특정 조세회피 방지 조항(Specific Anti-Avoidance Rule, SAAR)으로 평가되는바, 위 규정의 내용과 구 국제조세조정법 제2조의2 제2항 , 제3항의 내용을 비교하면, 구 국세조세조정법 규정이 PCT 보고서가 제시하는 기준에 부합하는 조세회피방지 조항에 해당한다고 보기 어렵다.

PCT 보고서는 법적 구속력은 없으나 ‘역외 간접 거래’는 본질적으로 국가간 조세권 배분의 문제를 야기하므로, 이에 관하여 범세계적 협의체에 의하여 성립된 논의를 존중해야 할 필요가 있다[실제로 많은 나라들이 BEPS가 제시하는 최소 기준 등을 국제조세의 연성규범(soft law)으로 수용하고 있고, 조세조약 해석 시 참고자료로 활용하고 있으며, 법제화를 통해 구속력과 강제력을 부여하기도 한다].

라. 소결론

이 사건 양도소득은 구 법인세법 제93조 제9호 가목에서 정한 국내원천소득에 해당하지 않고, 이 사건 주식은 구 증권거래세법 제1조의2 제1항 각 호에서 정한 주권에 해당하지 않는다. 이 사건 거래 및 양도소득에 대하여 법인세, 증권거래세를 부과하려면 구 국제조세조정법 제2조의2 제2항 , 제3항의 일반적인 조항이 아닌 과세요건과 절차, 범위, 한계 등을 규율하는 구체적인 근거규정이 마련되어야 한다. 따라서 구 국제조세조정에 관한 법률 제2조의2 의 실질과세원칙에 근거하여 이 사건 거래의 대상을 CC 주식으로 평가하여야 한다는 전제 하에 이루어진 이 사건 처분은 조세법률주의에 반하여 위법하므로 취소되어야 한다.

3. 결론

원고의 청구는 모두 이유 있으므로 인용되어야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다. 따라서 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.