사용수익기부자산에 대한 자본적 지출은 잔여사용기간 동안 균등 상각하다가 대체되는 시점에 잔액을 일시상각할 수 있음

사용수익기부자산에 대한 자본적 지출은 잔여사용기간 동안 균등 상각하다가 대체되는 시점에 잔액을 일시상각할 수 있음

사 건

서울고등법원2025누6248 법인세부과처분취소

원고, 항소인

주식회사 AAAAAAA

피고, 피항소인

ㅇㅇㅇ세무서장

제1심 판결

인천지방법원 2022. 1. 20. 선고 2020구합51994 판결

환송전 판결

서울고등법원 2023. 2. 8. 선고 2022누36584 판결

환송판결

대법원 2025. 2. 27. 선고 2023두37544 판결

판결선고

2025.10.31

주 문

1. 환송 후 이 법원에서 변경, 추가된 청구를 포함하여 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2023. 2. 2. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세(가산세 포함) 증액경정처분 중 34,995,040원 부분 및 2018 사업연도 법인세(가산세 포함) 증액경정처분 중 369,118,719원 부분을 각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 모두 기각한다.

2. 소송총비용 중 10%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

1. 청구취지

피고가 원고에 대하여 한 별지 1 법인세(가산세 포함) 경정ㆍ고지 내역 기재 각 순번 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 ‘취소 청구세액’란 기재 각 금액 부분을 모두 취소 한다[원고는 환송 전 당심에서 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2018 사업연도법인세(가산세 포함) 부과처분 중 5,789,254,535원 부분 등의 취소청구를 하였다. 피고는 환송 전 당심 변론종결일 후인 2023. 2. 2. 2017, 2018 각 사업연도 법인세에 관하여 별지 1 법인세(가산세 포함) 경정ㆍ고지 내역 기재 순번 4, 5의 ‘2023. 2. 2. 증액경정세액’란 기재 각 금액을 증액하는 경정결정 등을 하였다. 이에 원고는 위 증액경정결정에 따라 당초 처분이 흡수되어 소멸하였고, 위 증액경정결정이 쟁송의 대상이 된다고 보아(대법원 1999. 5. 28. 선고 97누16329 판결 등 참조), 환송 후 이 법원에서 ① 환송 전 당심에서 구하였던 위 2018 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 5,789,254,535원 부분의 취소청구를, 피고가 2023. 2. 2. 원고에 대하여 한 2018 사업연도 법인세(가산세 포함) 증액경정처분 중 별지 1 기재 순번 5의 ‘취소 청구세액’란 금액 부분 취소청구로 변경하였고, ② 피고가 2023. 2. 2. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세(가산세 포함) 증액경정처분 중 별지 1 기재 순번 4의 ‘취소 청구세액’란 금액 부분 취소청구를 추가하였다 2) ].

2. 항소취지

제1심판결을 취소한다. 원고의 청구를 모두 기각한다.

이 유

1. 이 법원의 심판범위

가. 원고는 제1심에서 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 458,912,840원 부분, 2015 사업연도 법인세(가산세 포함)부과처분 중 1,805,946,270원 부분, 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중5,575,395,640원 부분, 2017 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 5,266,817,480원 부분, 2018 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 5,789,254,520원 부분의 각 취소를 구하였는데, 제1심법원은 이 사건 시스템 대체비용을 자본적 지출에 해당한다고 보면서도 피고가 계산한 일괄 상각방식은 위법하다고 보아 위 각 취소청구를 모두 인용하였다.

나. 이에 대하여 피고가 전부 불복하여 항소하였는데, 환송 전 당심은, 환송 전 당심에서 별지 1 기재 ‘당초 취소 청구세액’란 각 금액과 같이 확장된 청구를 포함하여, 이 사건 소 중 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2015 내지 2018 각 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 ‘2022. 10. 28.경 직권취소세액’란 기재 각 금액 부분에 관한 소를 각하하고(이하 위와 같이 각하된 부분을 ‘제1 각하 부분’이라 한다), 피고가2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중458,922,554원 부분, 2015 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 201,777,794원 부분, 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 71,274,142원 부분, 2018 사업연도 법인세(가산세 포함) 부과처분 중 942,194,206원 부분을 모두 취소하는 것으로, 제1심판결을 변경하는 판결을 선고하였다.

다. 이에 대하여 피고들이 피고 패소 부분 전부에 대하여 상고하였는데, 대법원은 환송 전 당심 판결의 피고 패소 부분 가운데 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 455,215,983원 부분, 2015 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 172,394,758원 부분, 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 51,471,563원 부분을 모두 파기하고, 이 부분에 관한 제1심판결을 취소하며, 이 부분 소를 각하하고(이하 위와 같이 각하된 부분을 ‘제2 각하 부분’7)이라 한다), 2014 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 3,706,571원 부분,8) 2015 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 29,383,036원 부분,9) 2016 사업연도 법인세(가산세 포함) 중 19,802,579원 부분,10) 2018 사업연도 법인세(가산세 포함) 942,194,206원11) 부분을 모두 파기·환송하였다.

라. 원고는 환송 후 이 법원에서 앞서 본 바와 같이 일부 청구를 변경하고 새로운 청구를 추가하였다.

마. 따라서 제1, 2 각하 부분은 환송 판결로 분리·확정되었고, 이 법원의 심판범위는 위와 같이 파기·환송된 부분 및 위와 같이 환송 후 이 법원에서 변경, 추가된 청구 부분에 한정된다.

2. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 설시할 이유는 다음과 같이 일부 고치는 부분을 빼면 제1심판결의 이유 중 ‘1. 처분의 경위’ 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약칭을 포함하여 이를 인용한다(다만 제1심판결 별지 1은 이 판결 별지 1로 교체한다).

○ 제1심판결 제5면 표 아래 제4행의 “차감 고지세액”을 “고지세액”이라 고친다.

○ 제1심판결 제5면 표 아래 제6행의 “취소 청구세액”을 “당초 취소 청구세액”으로 고친다.

○ 제1심판결 제6면 제1행의 아래에 다음의 내용을 추가한다.

『바. 피고의 추가 경정·고지

1) 피고는 2022. 10. 28.경 피고가 2019. 12. 2. 원고에 대하여 한 2015 내지 2018 각 사업연도 법인세 부과처분 중 별지 1 기재 순번 2 내지 5의 ‘2022. 10. 28.경 직권취소세액’란 기재 각 금액 부분(이 사건 처분 중 이 사건 후순위차입금 지급이자의 손금불산입에 관한 부과처분 부분으로 제1 각하 부분)을 직권으로 취소하였다.

2) 피고는 2023. 2. 2. 이 사건 시스템 대체비용의 내용연수를 10년으로 보아 매년 균등액을 상각하는 방법으로 계산하여, 2014 내지 2016 각 사업연도 법인세 부과처분 중 별지 1 기재 순번 1 내지 3의 ‘2023. 2. 2. 자 직권취소세액’란 기재 각 금액 부분(제2 각하 부분)을 직권으로 취소하였고, 2017, 2018 각 사업연도 법인세에 관하여 별지 1 기재 순번 4, 5의 ‘2023. 2. 2. 자 증액경정세액’란 기재 각 금액을 증액하는 경정결정을 하였다.』

3. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 당사자 주장의 요지

1) 원고 주장의 요지

가) 자본적 지출의 경우 감가상각자산 자체에 대한 지출이어야 하고, 당해 감가상각자산의 증가된 가치가 감가상각자산의 내용연수 동안 계속해서 미치므로 당해 감가상각자산의 내용연수 동안 상각하며, 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출 여부는 당해 감가상각자산인 사용수익기부자산을 기준으로 판단하여야 한다. 이 사건 시스템 대체비용은 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권 자체에 대한 지출이 아니라 이 사건 도로 등에 대한 지출로서, 그 경제적 효익의 존속기간이 이 사건 관리운영권의 사용수익기간보다 짧고, 이 사건 관리운영권의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는 것이 아니므로 자본적 지출에 해당하지 않는다.

나) 설령 이 사건 시스템 대체비용이 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권에 대한 자본적 지출이라고 하더라도, 피고는 이 사건 시스템 대체공사가 이루어지기 전에는 사용수익기부자산에 대한 내용연수(2030년까지)를 적용하여 정액법에 따라 매년 균등 상각하다가 시스템 대체가 이루어진 2018년에 해당 사용수익기부자산이 멸실 또는 계약 해지된 것으로 보아 미상각잔액을 일시 상각하여 손금산입하는 방법으로 감가상각 시부인을 하였는데, 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권의 사용수익기간 만료 전에 이 사건 시스템 대체공사가 이루어진 경우 그때까지의 미상각잔액을 일시 상각하여 손금산입하는 방식은 법인세법령상 아무런 근거가 없다. 오히려 자산별ㆍ업종별 내용연수는 법정되어 있고, 법인세법 시행규칙 [별표 3]과 [별표 5]의 적용을 받는 재산을 제외한 모든 감가상각자산에 대한 내용연수는 법인세법 시행규칙 [별표 6]이 적용되므로, 자본적 지출 성격의 이 사건 시스템 대체비용을 배분하는 기간은 새로운 감가상각자산을 취득한 경우에 준하여 기준내용연수에 따라야 한다.

다) 이 사건 시스템 대체비용이 이 사건 관리운영권에 대한 자본적 지출에 해당하고, 위와 같이 이 사건 시스템 대체비용의 감가상각비를 사용수익기부자산에 대한 내용연수를 적용하여 정액법에 따라 매년 균등 상각하다가 대체가 완료된 시점에 미상각잔액을 일시 상각하여 손금산입 하는 방법이 정당하다 하더라도, 피고가 2023. 2. 2. 원고에 대하여 한 증액경정처분 중 별지 1 기재 순번 4, 5의 ‘2023. 2. 2. 자 증액경정세액’란 기재 금액 부분은 위와 같이 정당하게 계산된 세액을 초과하여 증액된 것으로 위법하여 취소되어야 한다.

2) 피고 주장의 요지

이 사건 시스템 대체비용은 사용수익기부자산의 자본적 지출에 해당하므로, 구 법인세법 시행령 제72조 제5항 제2호 에 따라 이를 당해 자산의 취득가액에 가산하고, 이 사건 시스템 대체비용의 내용연수는 구 법인세법 시행령 제26조 제1항 제7호 에 따라 이 사건 관리운영권의 사용수익기간 만료 시까지로 보아야 하고, 그 사용수익기간 만료 전에 새로운 시스템을 설치하고 기존 시스템을 폐기하였다면 이 사건 시스템 대체비용은 그 사용수익기간 동안 균등 상각하다가 기존 시스템의 폐기가 이루어진 사업연도에 미상각잔액을 일시 상각하는 것(이하 ‘피고의 감가상각 계산방식’이라 한다)은 타당하다. 다만, 2008년에 취득한 시스템이 10년만인 2018년에 대체되었던 것을 감안하여 이 사건 시스템 대체비용을 10년 간 균등 상각하다가 대체가 완료되는 마지막 해에 미상각잔액을 일시 상각하는 것으로 계산한 것은 원고에게 유리하여 부당하지 않다는 취지이다.

나. 관계 법령

별지 3 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 시스템 대체비용의 자본적 지출 해당 여부

가) 관련 법리

구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제23조는 제1항 본문에서 “고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액(이하 ‘상각범위액’이라 한다)의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고, 제3항에서 ‘제1항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’으로 한다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제24조 제1항은 “법 제23조 제3항에서 ‘건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’이란 다음 각 호의 고정자산(이하 ‘감가상각자산’이라 한다)을 말한다.”라고 규정하고, 제2호 ㈔목에서 무형고정자산인 사용수익기부자산을 감가상각자산 중 하나로 정하면서 사용수익기부자산가액을 ‘금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체 등에 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액’으로 정의하고 있으며, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제7호는 사용수익기부자산가액의 상각범위액 계산에 관하여 ‘당해 자산의 사용수익기간(그 기간에 관한 특약이 없는 경우 신고내용연수를 말한다)에 따라 균등하게 안분한 금액(그 기간 중에 당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 말한다)을 상각하는 방법에 의한다.’고 규정하여 균등 상각을 원칙으로 하되, 예외적으로 일시 상각을 허용하고 있다.

구 법인세법 시행령 제72조 제5항 제2호 는 법인이 보유하는 자산에 대하여 ‘제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액’을 취득가액으로 보도록 규정하고, 같은 법 시행령 제31조 제2항은 자본적 지출을 ‘법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비’라 규정하면서, 그 예시로서 ① 본래의 용도를 변경하기 위한 개조, ② 엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치, ③ 빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치, ④ 재해 등으로 인하여 멸실 또는 훼손되어 본래의 용도에 이용할 가치가 없는 건축물ㆍ기계ㆍ설비 등의 복구, ⑤ 기타 개량․확장․증설 등 앞선 사례와 유사한 성질의 것을 들고 있다. 한편 구 법인세법 시행규칙(2019. 3. 20. 기획재정부령 제730호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조는 ① 건물 또는 벽의 도장, ② 파손된 유리나 기와의 대체, ③ 기계의 소모된 부속품 또는 벨트의 대체, ④ 자동차 타이어의 대체, ⑤ 재해를 입은 자산에 대한 외장의 복구ㆍ도장 및 유리의 삽입, ⑥ 기타 조업가능한 상태의 유지 등 위와 유사한 것을 수익적 지출로 규정하는 한편, 수익적 지출의 경우 자본적 지출에 해당하지 않는다고 규정하고 있다.

한편, 구 법인세법 시행령 제31조 에 따라 즉시상각이 의제되는 자본적 지출인지 아니면 즉시상각이 의제되지 아니하는 수익적 지출에 해당하는지 여부는 먼저 위의 각 지출비용이 법인이 소유하는 고정자산의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 비용인지 아니면 당해 고정자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 고정자산의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용인지 여부를 가려서 이에 따라 결정하여야 할 것이고, 그와 같은 구분이 분명하지 아니한 경우에는 구 법인세법 시행령 제31조 제2항 및 같은 법 시행규칙 제17조의 규정에 따라 판단하여야 한다(대법원 1985. 3. 12. 선고 84누151 판결, 대법원 1988. 12. 20. 선고 88누520 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

위 법리에 비추어 보건대, 앞서 든 각 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정을 종합할 때, 이 사건 시스템 대체비용은 자본적 지출에 해당하는 것이라고 봄이 상당하다.

⑴ 구 법인세법 시행령 제31조 제2항 에 의하면 자본적 지출은 ‘법인이 소유하는 감가상각자산’에 대하여 지출한 수선비를 말하며, 같은 법 시행령 제24조 제1항 제2호 사목에 따르면, 사용수익기부자산은 무형고정자산으로서 감가상각자산에 해당하는데, 원고는 앞서 인정한 실시협약에 따라 이 사건 도로 및 부속시설을 준공과 동시에 대한민국에 기부채납하고 이 사건 관리운영권만을 취득하였으므로, ‘법인이 소유하는 감가상각자산’이란 사용수익기부자산으로서 원고가 소유한 이 사건 관리운영권을 의미한다고 봄이 타당하다. 따라서 이 사건 시스템 대체비용이 사용수익기부자산에 대하여 지출한 비용에 해당하는지, 이에 해당한다면 이 사건 관리운영권의 내용연수를 연장시키거나 그 가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 해당하는지, 아니면 이 사건 관리운영권의 원상을 회복하거나 능률유지를 위하여 지출한 비용에 해당하는지 여부를 기준으로 위 비용의 성격을 판단하여야 한다.

⑵ 이 사건 시스템 대체비용은 다음과 같은 사정에 비추어 볼 때, 사용수익기부자산인 이 사건 관리운영권에 대한 비용으로 볼 수 있다.

㈎ 앞서 인정한 것과 같이 원고는 이 사건 도로에 대한 관리운영의 일환으로 1999. 12.부터 2000. 12.까지 이 사건 시스템을 구축하였는데, 최초 실시협약 제39조, 제42조에 따라 이 사건 도로를 유지보수 및 관리하고 교통관리체계를 운영할 의무를 부담하고(갑 제3호증의 1), 2000. 12. 27. 자 실시협약 제2조 제49호, 제3조, 제35조, 제42조에 따라 이 사건 도로의 기능을 보전하고 원활한 교통과 시설물 이용자의 편의와 안전을 위하여 일상적으로 점검, 정비하고 손상된 부분을 원상복구하며, 시간 경과에 따라 요구되는 시설물의 개량, 보수, 보강하여야 하는 유지보수 및 관리운영의무를 부담하고, 이에 따라 원고가 대체하여야 하는 이 사건 시스템의 주기를 6년으로 정하였다(갑 제3호증의 2). 그 후 원고는 2013. 12. 23. 자 6차 변경실시협약에서 교통관리,요금징수, 계측 시스템, 교량 유지관리, 도로 유지관리 등에 따라 그 대체주기를 6년내지 10년으로 변경하였고(갑 제92호증의 3), 이에 따라 2008년경 이 사건 시스템을 전반적으로 대체한 후, 2014년부터 2018년까지 이 사건 시스템을 단위 설비별로 단계적으로 대체하게 되었다. 이러한 사정에 비추어 보면, 원고는 위와 같은 실시협약에 따라 부담하게 되는 이 사건 도로에 관한 유지·관리 및 교통관리체계 운영 의무 등을 이행하기 위하여, 즉 ‘이 사건 관리운영권’을 원활하게 행사하기 위하여 이 사건 시스템대체비용을 지출한 것이다.

㈏ 원고는 민간투자법 제4조 제1호 에 따라 사회기반시설 준공과 동시에 해당 시설의 소유권이 국가 또는 지방자치단체에 귀속되고, 사업시행자에게 일정기간의 시설관리운영권을 인정하는 방식으로 이 사건 사업을 시행하였다. 민간투자법 제26조 제1항 은 ‘주무관청은 제4조 제1호 또는 제2호에 따른 방식으로 사회기반시설사업을 시행한 사업시행자가 제22조에 따라 준공확인을 받은 경우에는 제25조 제1항에 따라 무상으로 사용·수익할 수 있는 기간 동안 해당 시설을 유지·관리하고 시설사용자로부터 사용료를 징수할 수 있는 사회기반시설관리운영권을 그 사업시행자에게 설정할 수 있다.’고 규정하였다. 2000. 12. 27. 자 실시협약 제2조 제29호는 ‘부속시설’을 ‘이 사건 도로구간 내 휴게소, 주유소 등 도로이용객에게 편의를 제공하기 위한 시설로서 본 도로의 운영 및 그 기능발휘에 필수적이라고 판단되는 보조기능시설’로 정의하면서, 최초 실시협약 제5조, 2000. 12. 27. 자 실시협약 제5조에 따라 이 사건 도로 및 그 부속시설의 소유권은 민간투자법 및 실시협약에 따라 대한민국에 귀속된다고 정하고 있다.

위와 같은 관련 법령 및 원고가 체결한 각 실시협약의 내용에 비추어 보면, 원고가 지출한 비용으로 인하여 마련된 도로 및 부속시설 등의 소유권은 모두 대한민국에 귀속되고 원고는 그에 대한 무상사용권과 관리운영권만을 취득하게 되는데, 그중 이 사건 사용수익기부자산에 해당하는 이 사건 관리운영권에는 도로 등 시설의 유지관리 및 사용료징수권 등이 포함된다. 그런데, 이 사건에서 쟁점이 되고 있는 원고가 대체비용을 투입한 시스템은 ‘지능형 교통체계 시스템’ 및 ‘교량계약관리 시스템’ 등으로, 원고가 관리운영권 행사를 제대로 할 수 있도록 지원하는, 아래에서 보는 바와 같이 ‘이 사건 관리운영권’의 가치를 증가시키기 위한 것에 해당한다고 볼 수 있는바,

이를 가지고 원고가 자기 소유의 자산(기계장치)으로 취득하는 데에 든 비용으로 본다거나 또는 대한민국의 소유인 도로에 소요되는 비용이라거나 도로 그 자체의 가치를 증가시키기 위한 비용이라고 볼 수는 없다.

⑶ 이 사건 시스템 대체비용은 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 관리운영권의 가치를 현실적으로 증가시키는 비용에 해당한다고 볼 수 있다.

㈎ 자본적 지출은 당해 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 가치를 실질적으로 증가시키므로 수익ㆍ비용대응의 원칙에 따라 이를 기존 감가상각자산의 취득가액에 가산하여 구 법인세법 제23조 제1항 본문 및 구 법인세법 시행령 제26조 에 따라 감가상각을 통해 손금에 산입하거나, 그 지출액을 손금으로 계상한 경우에는 구 법인세법 시행령 제31조 제1항 에 따라 이를 감가상각한 것으로 보아 상각범위액을 계산하게 되는 것이다. 그에 반하여 수익적 지출은 그 지출의 효과가 당기의 수익을 얻는데 영향을 미칠 뿐 장래에는 경제적 효익을 제공하지 않는다고 보아 수익․비용대응의 원칙에 따라 지출이 이루어진 사업연도에 손금으로 처리한다. 자본적 지출과 수익적 지출의 손금처리 방식과 그와 같은 방식을 채택한 이유 등에 비추어 볼 때, 이 사건 시스템 대체비용이 장래의 이 사건 관리운영권에 대한 경제적 효익을 제공할 수 있다면 그 비용을 자본적 지출로 볼 수 있고, 그러한 장래의 경제적 효익이 존재하는지 여부는 원고의 수익과 비용의 측면을 모두 고려하여 판단함이 상당하다.

㈏ 원고는 2008년 이 사건 시스템의 일괄 대체를 통하여 하이패스 시스템, 과적단속시스템 등의 교통관리․통행료 징수 시스템과 교량상태를 상시 감시할 수 있는 교량계측시스템 등을 도입하였고, 2014년 장애인과 보훈대상자를 대상으로 한 통합복지카드 요금징수시스템 기능과 교량유지관리시스템을 개선하였으며, 2018년 이 사건 시스템 대체를 통해 다차로 하이패스시설, 기후반응 지능형 가변속도 단속시스템, 교통관제센터 구축 등의 교통관리․통행료 징수 시스템과 실시간 지진․균열감지가 가능한 교량계측시스템 등을 도입하였다. 하이패스 시스템의 도입․개량으로 인하여 요금수납원에 대한 인건비 절감이 가능해졌고, 기후반응 지능형 가변속도 단속시스템 등으로 인하여 교통사고로 인한 손해배상 위험이 감소할 수 있게 되었으며, 교량계측시스템 등으로 인하여 교량을 적시에 유지보수 할 수 있게 됨에 따라 교량유지 비용도 장기적으로 감소하게 되어 원고의 장기적 비용절감에 기여하였다. 비록 이 사건 시스템대체가 이미 정해져 있는 이 사건 관리운영권의 사용수익기간 자체를 연장시킬 수는 없지만, 단순히 기존 시스템의 기능을 그대로 유지하면서 대체하는 정도에 그친 것이 아니라, 이 사건 시스템 대체비용 지출을 통해 장기적인 투입 비용의 절감 등으로 이 사건 관리운영권의 장래의 경제적 효익에 기여함으로써 이 사건 관리운영권의 가치를 현실적으로 증가시켰다고 볼 수 있다.

㈐ 또한 이 사건 시스템 대체는 이 사건 도로의 교통관리를 개선하여 교통체증을 감소시키는 효과를 가져왔고, 그에 따라 이 사건 도로의 차량통행량은 2015년 24,350,327대에서 2019년 34,708,066대로 지속적으로 증가한 것으로 보인다. 이 사건 시스템 대체는 원고의 수익 증대 가능성을 높였다는 점에서 이 사건 관리운영권의 장래의 경제적 효익에 기여하였다고 평가할 수 있다.

원고는, 2000. 12. 27. 자 실시협약 제2조 제20호, 제48조 제2항과 2004. 4. 21. 자 실시협약 제2조, 제3.1조에 의한 통행료수입 환수에 관한 협약 내용으로 인하여 이 사건 시스템 대체로 도로 통행량이 증가하였다고 하더라도 원고의 수익에는 별다른 영향을 미치지 못한다고 주장한다. 그러나 위 2004. 4. 21. 자 실시협약 제3.1조에 따르면, 원고가 추정통행료 수입의 80% 이상 110% 이하의 실제 통행료수입을 얻을 경우 그중 일부만이 대한민국에 환수될 뿐 그 나머지 수입을 취득할 수 있게 되므로, 위와같이 통행료수입 중 일부가 환수된다는 사정만으로 이 사건 시스템 대체가 원고의 수익 증가에 기여 가능성이 전혀 없다고 단정하기 어렵다. 또한 2000. 12. 27. 자 실시협약 제48조 제2항 및 2004. 4. 21. 자 실시협약 제3.2조에 따르면, MRG 보장 및 통행료의 환수는 운영개시일인 2001. 1. 1.부터 20년이 경과하는 시점부터 중단되기 때문에, 위 시점 이후부터는 이 사건 시스템 대체가 원고의 수익 증가에 직접적인 영향을 미칠 것이 예상되므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

⑷ 또한 민사소송법 제436조 제2항 에 의하여 환송받은 법원이 기속되는 ‘상고법원이 파기이유로 한 법률상 판단’에는 상고법원이 명시적으로 설시한 법률상 판단뿐아니라 명시적으로 설시하지 아니하였더라도 파기이유로 한 부분과 논리적·필연적 관계가 있어서 상고법원이 파기이유의 전제로서 당연히 판단하였다고 볼 수 있는 법률상판단도 포함되는 것으로 보아야 한다(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011다106136 판결 등 참조). 그런데, 이 사건은 이 사건 시스템 대체비용이 자본적 지출에 해당함을 전제로 한 환송 전 원심판결에 대하여 피고만이 상고하면서 이 사건 시스템 대체비용을 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출이라고 하면서도 상각범위액 산정방식은 건축물과 부속설비에 대한 것을 적용할 수 있다고 판단한 잘못이 있다고 주장한 것에 대하여, 환송판결은 이 사건 시스템 대체비용을 사용수익기부자산가액에 대한 자본적 지출이라고 본 환송 전 원심판결의 판단에 잘못이 없음을 전제로 하여, 다만 사용수익기부자산에 대한 상각범위액 계산에 관한 명시적인 규정(구 법인세법시행령 제26조 제1항 제7호 )

이 있음에도 그 규정에 따르지 아니하였다는 피고의 주장을 받아들여 파기한 것으로,이 사건 시스템 대체비용이 사용수익기부자산에 대한 자본적 지출임을 논리적 전제로하고 있으므로, 환송 판결의 기속력은 이 사건 시스템 대체비용의 성격에 관한 판단에대하여도 미친다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 환송 판결의 기속력에도 반한다.

2) 피고의 감가상각 계산방식이 정당한지 여부

⑴ 조세법률주의의 원칙상 조세법규는 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장ㆍ축소해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

⑵ 구 법인세법 제23조 는 제1항 본문에서 “고정자산에 대한 감가상각비는 내국법인이 각 사업연도에 손금으로 계상한 경우에만 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 상각범위액의 범위에서 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 이를 손금에 산입하고, 그 계상한 금액 중 상각범위액을 초과하는 부분의 금액은 손금에 산입하지 아니한다.”라고 규정하고, 제3항에서 ‘제1항에 따른 고정자산은 토지를 제외한 건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’으로 한다고 규정하고 있다. 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령 제24조 제1항 은 “법 제23조 제3항에서 ‘건물, 기계 및 장치, 특허권 등 대통령령으로 정하는 자산’이란 다음 각 호의 감가상각자산을 말한다.”라고 규정하고, 제2호 ㈔목에서 무형고정자산인 사용수익기부자산을 감가상각자산 중 하나로 정하면서 사용수익기부자산가액을 ‘금전 외의 자산을 국가 또는 지방자치단체 등에 기부한 후 그 자산을 사용하거나 그 자산으로부터 수익을 얻는 경우 해당 자산의 장부가액’으로 정의하고 있으며, 같은 법 시행령 제26조 제1항 제7호는 사용수익기부자산가액의 상각범위액 계산에 관하여 ‘당해 자산의 사용수익기간(그 기간에 관한 특약이 없는 경우 신고내용연수를 말한다)에 따라 균등하게 안분한 금액(그 기간 중에 당해 기부자산이 멸실되거나 계약이 해지된 경우 그 잔액을 말한다)을 상각하는 방법에 의한다.’고 규정하여 균등 상각을 원칙으로 하되, 예외적으로 일시 상각을 허용하고 있다는 점은 앞서 본 바와 같다.

⑶ 한편 구 법인세법 시행령 제72조 제5항 제2호 는 ‘법인이 보유하는 자산에 대하여 제31조 제2항의 규정에 의한 자본적 지출이 있는 경우에는 그 금액을 가산한 금액을 자산의 취득가액으로 한다.’고 규정하고, 같은 법 시행령 제31조 제2항은 ‘자본적 지출’을 ‘법인이 소유하는 감가상각자산의 내용연수를 연장시키거나 당해 자산의 가치를 현실적으로 증가시키기 위하여 지출한 수선비‘로 정의하면서 ’자본적 지출‘의 구체적 예시로 ‘엘리베이터 또는 냉난방장치의 설치’(제2호), ‘빌딩 등에 있어서 피난시설 등의 설치’(제3호) 등을 들고 있으며, 제7항은 ‘시설의 개체 또는 기술의 낙후로 인하여생산설비의 일부를 폐기한 경우에는 당해 자산의 장부가액에서 1천 원을 공제한 금액을 폐기일이 속하는 사업연도의 손금에 산입할 수 있다.’고 규정하여 감가상각자산의 일부 폐기에 따른 일시 상각을 허용하고 있다.

⑷ 앞서 본 법리 및 관련 규정의 문언과 체계, 법인세법령은 수익비용대응 원칙 등을 이론적 근거로 하는 감가상각제도를 두면서 납세자의 자의에 의한 과세소득 계산을 배제하고 과세형평을 도모하기 위하여 감가상각자산의 내용연수와 상각방법 등을 정형적으로 규정하고 있는 점 등을 종합적으로 고려하면, 사용수익기부자산가액에 대한 자본적 지출이 있는 경우에는 원칙적으로 해당 자본적 지출액을 사용수익기부자산가액에 가산한 다음 이를 구 법인세법 시행령 제26조 제1항 제7호 에 따라 사용수익기부자산의 잔여 사용수익기간 동안 균등하게 안분하여 상각하는 방법으로 상각범위액을 계산하여야 한다. 다만 잔여 사용수익기간 중에 해당 자본적 지출 부분이 대체ㆍ폐기되는 등으로 법인의 사업에 더 이상 사용되지 않게 된 때에는 특별한 사정이 없는 한 해당 자본적 지출액의 미상각잔액을 그러한 시점이 속한 사업연도에 일시 상각하는 방법으로 상각범위액을 계산할 수 있다.

위 법리에 비추어 보건대, 사용수익기부자산가액에 대한 자본적 지출인 이 사건 시스템 대체비용을 이 사건 관리운영권의 잔여 사용수익기간에 따라 균등하게 안분하여 상각하다가 이 사건 시스템의 대체가 완료한 시점이 속한 사업연도에 이 사건 시스템 대체비용의 미상각잔액을 일시 상각하여 상각범위액을 계산한 피고의 감가상각계산방식은 객관적이고 합리적인 감가상각방법으로서 정당하다.

결국 이 사건 처분 중 2022. 10. 28.경 이 사건 후순위차입금 지급이자의 손금불산입에 관한 부과처분과 관련하여 피고가 직권 취소하고 남은 잔여부분(이 사건 시스템 대체비용의 감가상각비 손금불산입에 관한 부분으로, 이하 ‘2022. 10. 28.경 이 사건 처분’이라 한다)은 정당한 감가상각 계산방식에 의한 것으로 적법하다. 그런데, 원고가 환송 후 당심에 이르러 2014 내지 2016 사업연도에 대한 각 법인세에 대하여서는 2022. 10. 28.경 이 사건 처분 중 2023. 2. 2. 자로 재차 직권취소된 부분을 뺀 나머지 금액에 해당하는 별지 1 기재 순번 1 내지 3의 ‘취소 청구세액’란 각 금액 부분의 취소를 구하고 있는바, 위 각 취소 청구부분은 정당하게 산정된 세액에서 피고에 의하여 직권으로 감액되고 남은 잔액으로 원고에게 불리하지 아니한 이상 이를 취소할 수는 없다.

반면, 2023. 2. 2. 이루어진 2017 사업연도 법인세 증액경정처분 중 34,995,040원 부분과 2018 사업연도 법인세 증액경정처분 중 369,118,719원 부분은 2022. 10. 28.경 이 사건 처분 중 2017, 2018 사업연도별 각 법인세에서 해당 금액만큼씩 증액된 것이다. 따라서 위 각 증액 부분은 적법한 감가상각 계산방식에 따라 산정되었던 세액을 그만큼 초과한 것으로 부적법하므로 취소되어야 한다[원고가 취소를 구한 2018 사업연도 법인세 증액경정처분 1,311,312,925원에서 위 증액분(369,118,719원)을 제외하고 남은 942,194,206원 부분(별지 1 기재 ‘당초 취소 청구세액’란 금액에서 ‘2022. 10. 28.경 직권취소세액’란 금액을 뺀 나머지)은 적법한 감가상각 계산방식에 따라 산정된 세액으로 정당하다].

3) 소결론

피고가 2023. 2. 2. 원고에 대하여 한 2017 사업연도 법인세 증액경정처분 중34,995,040원 부분 및 2018 사업연도 법인세 증액경정처분 중 369,118,719원 부분은위법하여 모두 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 피고에 대한 이 사건 각 청구는 위 인정 범위 내에서 이유 있어 이를 인용하여야 하고, 나머지 각 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 할 것인바, 제1심판결은 이와 일부 결론을 달리하여 부당하므로, 피고의 항소를 일부 받아들여 이 법원에서 변경, 추가된 청구를 포함하여 위와 같이 변경하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.