제2차 납세 처분의 부과제척기간 도과 여부는 원납세자에게 적용된 특례부과제척기간이 적용되는지 여부 및 원납세자에 관한 선행판결의 효력이 미치는지 여부와 무관함

제2차 납세 처분의 부과제척기간 도과 여부는 원납세자에게 적용된 특례부과제척기간이 적용되는지 여부 및 원납세자에 관한 선행판결의 효력이 미치는지 여부와 무관함

사 건

의정부지방법원2024구합15126, 2025구합10545(병합) 법인세부과처분취소

원 고

1. 주식회사 BBBAA

2. BBB

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2025.09.02.

판 결 선 고

2025.11.04.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가, 2023. 4. 6. 원고 주식회사 BBBAA에 대하여 한 2011 사업연도 법인세324,849,550원, 2012 사업연도 법인세 195,869,550원, 2013 사업연도 법인세 98,952,250원, 2014 사업연도 법인세 118,518,430원, 2015 사업연도 법인세 27,211,500원의 각 부과처분 및 2023. 6. 1. 원고 BBB에 대하여 한 2013 사업연도 법인세 102,662,950원, 2014 사업연도 법인세 122,962,860원, 2015 사업연도 법인세 28,231,920원의 각 부과처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 기초사실

가. 원고들의 지위

1) 원고 주식회사 BBBAA(이하 ‘원고 법인’이라 한다)는 2008. 2. 18. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇㅇ를 본점 소재지로 하여 도기타일 등 건축자재 판매업 등을 목적으로 설립되었다가 2017. 6. 14. 폐업한 주식회사이고, 원고 BBB는 원고 법인의 대표이사이다.

2) 원고 법인의 주식등변동상황명세서 등에 의하면, 원고 BBB는 2013. 1. 4.부터 원고 법인의 2013 내지 2015 사업연도 법인세의 과세기간 동안 원고 법인의 발행주식 총수 4만 주(1주당 금액 5,000원, 자본금 합계 2억 원) 전부를 보유하고 있었다.

나. 최초 법인세 부과처분

1) ㅇㅇ지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 12. 5.부터 2017. 3. 17.까지 원고 법인에 대한 법인통합조사(조사대상기간: 2011. 1. 1. ~ 2016. 12. 31., 이하 ‘이사건 조사’라 한다)를 실시하였다.

2) 조사청은 이 사건 조사 결과, 원고 법인이 원고 BBB와 aaa, bbb, ccc, ddd 명의의 5개 계좌(이하 ’이 사건 차명계좌‘라 한다) 및 aaa, bbb 명의의 3개 계좌(이하 ‘이 사건 별개 계좌’라 한다), 합계 8개 계좌를 차명계좌로 사용하여 공급가액 합계 12,287,129,620원 상당의 매출대금(이하 ‘이 사건 매출누락금액’이라 한다) 및 2,040,633,891원 상당의 매입대금(이하 ‘이 사건 매입누락금액’이라 한다)을 수수하였음에도 이와 관련된 세금계산서를 발급․수취하지 않았다고 판단한 뒤, 피고에게 그 과세자료를 통보하였다.

3) 피고는 이 사건 매출누락금액에 비추어 원고 법인의 수입금액 허위기장률이 평균 42%에 달하고, 이 사건 매출누락금액과 매입누락금액을 반영하여 산정한 원고 법인의 소득률이 평균 36.2%인데 기타 건축자재 도소매업의 업종별 평균소득률인 7.8%에 비추어 지나치게 높다는 이유로, 원고 법인이 이 사건 조사 당시 제출한 장부나 그밖의 증명서류의 중요한 부분이 미비되었거나 또는 허위인 경우에 해당한다고 판단하였다. 피고는 법인세법 제66조 제3항 및 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제104조 제2항 제1호에 따라 원고 법인의 소득금액을 추계방법으로 산정한 뒤, 이에 근거하여 2017. 4. 6. 원고 법인에 2011 내지 2015 사업연도 법인세 2,547,087,500원(가산세 포함)을 경정․고지하였다(이하 ‘최초법인세 부과처분’이라 한다).

4) 한편, 원고 BBB는 이 사건 조사과정에서 이 사건 매출누락금액이 모두 원고 법인의 매출누락금액임을 시인하였다.

5) 원고 법인은 2017. 6. 9. 최초 법인세 부과처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2018. 10. 17. 원고 법인의 위 심판청구를 기각하였다.

다. 관련 형사사건의 경과

1) 조사청은 2017. 4. 14. 의정부지방검찰청 고양지청장에게 원고 BBB가 이 사건 매출누락금액 및 매입누락금액에 대하여 세금계산서를 미발급․미수취하여 법인세를 포탈하였다는 취지로 고발하였다가, 2017. 12. 8. BBB가 부가가치세 관련 매출누락금액에 관하여 거짓으로 기재한 세금계산서합계표를 제출하였다는 취지의 추가고발서를 제출하였다.

2) 원고 BBB에 대한 위 고발사건을 수사한 담당검사는 2017. 12. 19. 2011 사업연도 법인세 포탈 부분, 2011. 1. 1.부터 2012. 6. 30.까지 사이의 세금계산서 미발급․미수취 부분 및 2012. 4. 25., 2012. 7. 25. 및 2012. 10. 25. 거짓 매출처․매입처별세금계산서합계표 제출 부분은 공소시효가 지났다는 이유로 각 공소권 없음의 불기소처분을 하였고, 2012 내지 2015 사업연도 법인세 포탈 부분은 원고 BBB가 조사청의 이 사건 조사에 불성실하게 대응하여 조세의 부과․징수를 현저히 곤란하게 하였다고 단정하기 어렵다는 이유로, 2012년 제2기 무렵부터 2016년 제2기 무렵까지 사이의 세금계산서 미발급․미수취 부분은 피의사실이 구체적으로 특정되었다고 볼 수 없다는 이유로 각 혐의없음(증거불충분)의 불기소처분을 하였다.

3) 2013. 1. 25.부터 2017. 1. 19.까지 사이의 거짓 매출처․매입처별세금계산서합계표 제출로 인한 조세범처벌법위반의 공소사실로 기소된 원고 BBB는 형사소송 과정에서 그 공소사실을 모두 자백하였고, 법원은 2018. 4. 12. 이를 모두 유죄로 판결하였다(의정부지방법원 고양지원 2017고단3705호). 위 유죄판결(이하 ‘관련 형사판결’이라한다)은 2018. 4. 20. 그대로 확정되었다.

라. 관련 행정소송의 경과

1) 원고 법인은 의정부지방법원 2019구합10165호로 피고를 상대로 최초 법인세 부과처분 등의 취소를 구하는 소를 제기하였다.

2) 위 법원은 2021. 2. 9. 추계과세는 수입금액이나 과세표준의 근거가 되는 납세자의 장부나 증명서류 등이 없거나 그 내용이 미비 또는 허위이어서 근거과세의 방법으로 사용할 수 없는 경우에 예외적으로 인정되는 것인데, 원고 법인이 최초 과세처분의 과세대상기간에 관하여 수기 및 전산장부 을 제4 내지 8호증(각 가지번호 포함) 월별판매현황, 이하 ‘이 사건 각 장부’라 한다 를 작성‧관리하였고, 이 사건 조사 당시에도 이 사건 각 장부를 비치‧보관하였던 점, 소송과정에서 이 사건 각 장부가 제출되었고, 피고도 위 전산 장부에 원고 법인의 거래내역이 모두 기재되어 있다고 인정한 점, 이 사건 각 장부는 실지조사를 위한 적법한 자료가 아니라고 볼 수 없고, 이 사건 조사 과정에서 확보한 자료들과 이 사건 각 장부를 더하여 원고 법인의 실제 소득금액을 계산할 수 없다고 보기 어려운 점 등에 비추어 보면, 추계의 방법으로 이루어진 최초 법인세 부과처분은 위법하므로 모두 취소하는 등의 판결을 선고하였다.

3) 원고 법인과 피고는 위 제1심판결에 대하여 항소하였다(서울고등법원 2021누37535호).

4) 피고는 위 항소심 소송 계속 중인 2022. 1. 11. 소송 과정에서 주장한 각 정당세액을 반영하고, 법인세 부정과소신고 가산세 및 부가가가치세 부당과소신고 가산세 대신 일반과소신고 가산세를 부과하겠다며, 최초 법인세 부과처분 중 일부를 직권 취소하여 그만큼 감액 경정하는 취지의 처분을 원고 법인에 고지하였다(이와 같은 감액경정 후 남은 최초 법인세 부과처분의 부과세액은 별지1 표 해당 ‘잔존 세액’란 기재금액과 같다. 이하 위와 같은 과정을 거쳐 남은 법인세 부과처분을 ‘종전 법인세 부과처분’이라 한다).

5) 위 항소심 법원은 2022. 4. 5. (1) 피고가 직권 감액 경정한 세액 부분에 관한취소를 구하는 소는 법률상 이익이 없어 부적법하므로 각하하고, (2) 종전 법인세 부과처분 부분은 추계의 방법으로 소득금액을 결정할 요건을 갖추지 못하였음에도 추계에 의한 처분을 한 잘못이 있음을 이유로 취소하는 등의 판결을 선고하였다.

6) 피고는 위 항소심판결에 대하여 상고하였으나(대법원 2022두414171호), 2022. 9. 1. 위 상고가 기각되어 위 항소심 판결(이하 위 판결을 ‘선행판결’이라 한다)이 그대로 확정되었다(이하 위 행정소송을 ‘선행소송’이라 한다).

마. 피고의 원고들에 대한 법인세 부과처분 등

1) 인천지방국세청장은 2023. 1. 12. 선행판결에 따른 재고지를 원인으로 하여 원고 법인에게 2011 내지 2015 사업연도 법인세 합계 765,401,332원을 부과하겠다는 내용의 과세예고통지를 하였고, 이에 대하여 원고 법인이 과세전적부심사를 청구하였으나, 인천지방국세청은 2023. 3. 29. 원고 법인의 위 청구에 대하여 불채택 결정을 하였다.

2) 피고는 2023. 4. 6. 원고 법인에 2011 사업연도 법인세 324,849,550원, 2012 사업연도 법인세 195,869,550원, 2013 사업연도 법인세 98,952,250원, 2014 사업연도 법인세 118,518,430원, 2015 사업연도 법인세 27,211,500원의 합계 765,401,280원을 경정․고지하였다(이하 ‘이 사건 재처분’이라 하고, 위 재처분 중 2013 내지 2015 사업연도 법인세 합계액을 ‘이 사건 체납액’이라 한다).

3) 원고 법인은 이 사건 재처분의 납부기한인 2023. 4. 30.까지 이 사건 체납액을 납부하지 않았고, 피고는 원고 법인의 재산으로는 이 사건 체납액 및 체납처분비(강제징수비)를 충당하기에 부족하다고 판단하여 원고 BBB를 국세기본법에 따른 제2차 납세의무자(과점주주)로 지정한 후 2023. 6. 1. 원고 BBB에게 2013 사업연도 법인세102,662,950원, 2014 사업연도 법인세 122,962,860원, 2015 사업연도 법인세28,231,920원의 합계 274,043,830원을 부과(이하 ‘이 사건 2차 납세처분’이라 한다)하였다.

4) 원고 법인은 이 사건 재처분에, 원고 BBB는 이 사건 2차 납세처분에 각 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은, 2024. 5. 16. 원고 법인의 위 심판청구를, 2024. 11. 13. 원고 BBB의 위 심판청구를 각 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 8, 13 내지 20호증, 을 제1 내지 10호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들의 주장

가. 원고 법인의 주장

이 사건 재처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다.

1) 이 사건 재처분 중 원고 법인에 대한 2011 사업연도 법인세의 부과제척기간은2012. 4. 1.부터 2017. 3. 31.까지임에도 피고는 이를 도과한 2017. 4. 6. 원고에 대하여 최초 법인세 부과처분을 하였으므로, 최초 법인세 부과처분 중 2011 사업연도 법인세 부분은 부과제척기간을 도과하여 이루어진 당연무효의 처분이고, 이를 전제로 한 이 사건 재처분 중 2011 사업연도 법인세 부분 역시도 당연무효이다.

2) 피고는 선행판결 확정 이후 새로운 과세자료인 이 사건 각 장부 등에 따라 소득금액을 산정한 후 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간을 적용하여 이 사건 재처분을 하였으나, 위와 같이 새로운 과세자료에 따라 과세표준인 소득금액 자체를 새롭게 산정하는 것은 위 규정이 정한 ‘그 밖에 필요한 처분’에 해당한다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 재처분에는 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간이 적용될 수 없으므로, 이 사건 재처분은 부과제척기간을 도과하여 이루어진 당연무효의 처분이다.

3) 이 사건 재처분은 새로운 과세자료인 이 사건 각 장부 등에 따라 소득금액을 산정한 후 부과된 것이므로, 실질적으로 중복세무조사에 해당한다.

4) 피고는 선행소송에서 이 사건 각 장부는 소득금액을 계산할 수 있는 자료가 아니라는 취지로 주장하였음에도 불구하고, 이 사건 재처분 당시 위 각 장부를 소득금액 산정의 과세자료로 삼아 이 사건 재처분을 하였다.

나. 원고 BBB

이 사건 2차 납세처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로, 취소되어야 한다.

1) 제2차 납세의무자에 대한 부과처분은 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 의 ‘그밖에 필요한 처분’에 포함되지 않는다.

2) 원고 법인의 제2차 납세의무자이자 선행판결의 당사자가 아닌 원고 BBB에게는 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다.

3) 제2차 납세의무는 주된 납세의무와 별개인바, 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간을 적용하여 주된 납세의무자에 대한 ‘경정이나 그 밖의 필요한 처분’이 있었다고 하더라도 그에 따른 제2차 납세의무자에 대한 부과처분의 부과제척기간까지 당연히 성립, 확정된다고 볼 수 없으므로, 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간을 적용하여 주된 납세의무자에 대하여 ‘경정이나 그 밖의 필요한 처분’이 있었다고 하더라도 제2차 납세의무자에 대하여 부과처분을 하기 위해서는 위 주된 납세의무자에 대한 ‘경정이나 그 밖의 필요한 처분’이 통상의 부과제척기간내에 이루어져야 한다고 해석함이 타당하다. 이 사건 재처분은 원고 법인의 2011 내지 2015 사업연도 법인세의 통상의 부과제척기간이 도과한 이후에 이루어졌으므로, 원고BBB에 대한 이 사건 2차 납세처분 역시 그 부과제척기간이 도과된 이후에 이루어진 당연무효의 처분이다.

4) 피고는 이 사건 2차 납세처분 당시 원고 BBB에게 과세예고통지를 하지 않았다.

3. 관계 법령

별지2 기재와 같다.

4. 이 사건 재처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 2011 사업연도 법인세 부분의 부과제척기간이 도과되었다는 주장에 관한 판단

1) 관련 규정 및 법리

구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항은 원칙적으로 국세의 부과제척기간을 5년으로 규정하고 있으나(제3호), ‘납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급․공제받은 경우’에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년으로 연장하고 있다(제1호). 구 국세기본법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29534호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항은 국세의 부과제척기간이 10년으로 연장되는 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’를 조세범 처벌법 제3조 제6항 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로 규정하고 있다.

구 국세기본법 제26조의2 제1항 의 입법 취지는 조세법률관계의 신속한 확정을 위하여 원칙적으로 국세 부과권의 제척기간을 5년으로 하면서도 국세에 관한 과세요건 사실의 발견을 곤란하게 하거나 허위의 사실을 작출하는 등의 부정한 행위가 있는 경우에 과세관청으로서는 탈루신고임을 발견하기가 쉽지 아니하여 부과권의 행사를 기대하기가 어려우므로 당해 국세에 대한 부과제척기간을 10년으로 연장하는 데에 있다.

따라서 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’는 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말한다(대법원 2013. 12. 12. 선고 2013두7667 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 본 처분의 경위, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 위 관련 법리에 비추어 살펴보면, 최초 법인세 부과처분 중 2011 사업연도 법인세 부분에 대하여는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 규정한 10년의 부과제척기간이 적용된다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에 있는 원고 법인의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

① 선행판결 확정 이후 피고는 이 사건 각 장부 등에 대한 실지조사를 통해 원고 법인이 2011 사업연도부터 2015 사업연도까지 이 사건 차명계좌를 이용하여 약 98억 원 상당의 매출을 누락한 사실을 확인하였다. 원고 법인은 위와 같이 약 98억 원 상당의 매출을 누락하고 그에 해당하는 법인세를 과소신고 하였는데, 원고 법인이 조세포탈을 적극적으로 의도하지 않았다면 이 사건 차명계좌를 이용하여 지급받은 매출누락금액에 대하여 법인세를 신고하였을 것임에도 이를 신고하지 않았는바, 원고 법인은 수입금액을 누락하여 법인세를 포탈할 의도로 이 사건 차명계좌를 사용한 것으로 봄이 합리적이다.

② 법인세는 납세의무자가 스스로 과세표준과 세액을 신고함으로써 조세채무가 확정되는 신고납부방식의 조세이다. 원고 법인은 법인세를 포탈할 의도로 이 사건 차명계좌를 이용하여 매출을 누락하고, 거짓 세금계산서합계표를 제출하였다. 이처럼 원고는 매출을 누락하고 거짓 세금계산서합계표를 제출하여 과세관청의 세무조사를 피하려고 한 것으로 보인다.

③ 원고 법인의 대표이사인 원고 BBB도 이 사건 조사과정에서 이 사건 매출누락금액이 모두 원고 법인의 매출누락금액임을 시인하였다.

④ 원고 BBB가 조세포탈이 아닌, 거짓 세금계산서합계표 제출로 인한 조세범처벌법위반으로만 기소되어 처벌받았다는 사정은 원고 법인이 조세를 포탈할 목적으로 이 사건 차명계좌에 입금된 매출액의 신고를 누락하였음을 인정하는 데에 방해가 되지 않는다.

나. 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간 적용 주장에 관한 판단

국세기본법은 제26조의2 제1항 본문은 ‘국세를 부과할 수 있는 기간은 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년으로 한다’라고 국세부과권의 일반 제척기간에 관하여 규정한 다음, 제6항 제1호에서 행정소송법에 따른 소송에 대한 판결이 있은 경우에는 제1항에도 불구하고 판결이 확정된 날부터 1년이 지나기 전까지 해당 판결에 따라 경정이나 그 밖에 필요한 처분을 할 수 있다고 규정하고 있다.

국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 규정된 특례제척기간을 오로지 납세자를 위한 것이라고 보아 납세자에게 유리한 결정이나 판결을 이행하기 위한 경우에만 적용된다고 볼 수는 없다(대법원 1996. 5. 10. 선고 93누4885 판결 등 참조). 다만, 그 문언상 과세권자로서는 해당 판결에 따른 경정결정이나 그에 부수하는 처분만을 할 수 있을 뿐, 판결이 확정된 날로부터 1년 내라 하여 그 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니다(대법원 2020. 8. 20. 선고 2017두30757 판결 등 참조).

앞서 인정된 사실, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 위 관련 규정 및 법리에 비추어 보면, 이 사건 재처분은 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 선행사건의 확정판결에 ‘그 밖에 필요한 처분’에 해당한다고 봄이 타당하다. 나아가 2023. 4. 6. 이루어진 이 사건 재처분이 선행판결 확정일인 2022. 9. 1.로부터 1년 이내에 이루어졌음은 역수상 명백하므로, 이 사건 재처분은 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 가 정하고 있는 특례제척기간 내에 이루어졌다. 따라서 이와 다른 전제에 있는 원고의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

① 선행소송에서 법원은 추계의 방법으로 소득금액을 결정할 요건을 갖추지 못하였음에도 추계에 의한 처분을 한 잘못이 있다는 이유로 종전 법인세 부과처분을 취소하였다. 이에 피고는 선행판결에서 지적된 문제들을 시정하기 위하여 선행소송 진행과정에서 원고 법인이 제출한 이 사건 각 장부 등에 대한 실지조사를 통하여 원고 법인의 2011 내지 2015 사업연도 소득금액을 산정하여 이 사건 재처분을 하였다.

② 종전 법인세 부과처분과 이 사건 재처분은 모두 원고 법인의 2011 내지 2015 사업연도 법인세에 관한 것으로서 그 세목, 과세기간, 과세대상이 동일하다. 즉, 피고는 선행판결에서 지적된 위법사항을 시정하여 종전 법인세 부과처분과 동일한 세목, 과세기간, 과세대상에 관하여 이 사건 재처분을 하였다. 여기에 이 사건 재처분이 종전 법인세 부과처분의 세액 범위 내에 있는 점까지 고려하여 보면, 피고는 확정된 선행판결에 따라 이 사건 재처분을 한 것으로 볼 수 있고, 선행판결과 별개의 새로운 과세처분을 하였다고 볼 수 없다.

③ 선행소송에서 법원은 종전 법인세 부과처분의 과세원인사실 자체에 대한 증명이 부족하다는 것을 이유로 종전 법인세 부과처분을 취소한 것이 아니라, 법인세법 제66조 제3항 및 구 법인세법 시행령 제104조 제2항 제1호 가 정한 추계의 방법에 의한 소득금액 결정 요건에 대한 증명부족을 이유로 종전 법인세 부과처분을 취소한 것으로서 실질적으로는 정당세액에 대한 증명이 부족하다는 취지에서 종전 부과처분을 취소한 것에 불과하다. 특례제척기간에 관한 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 는 증거를 보완하여 판결에 따른 처분을 하는 것을 금지하고 있지 않고, 세액을 다투는 납세자로서는 과세관청의 세액 산정 방식의 잘못으로 과세처분이 취소되더라도 재차 과세처분이 내려지리라는 것을 충분히 예상할 수 있으며, 과세관청이 판결이나 결정에 따르지 아니하는 새로운 결정이나 증액경정결정까지도 할 수 있는 것은 아니므로, 정당세액에 대한 증명 부족을 이유로 과세처분이 취소된 경우에 재처분을 허용한다고 하더라도 납세자의 법적 안정성이 심각하게 침해되지도 않는다. 행정소송은 국민의 권리 또는 이익의 침해를 구제하는 것뿐만 아니라, 공법상의 권리관계 또는 법적용에 관한 다툼을 적정하게 해결하는 것도 그 목적으로 하는 것으로서( 행정소송법 제1조 ), 분쟁의 일회적 해결만을 추구하지 않고 정당세액의 증명이 문제되는 이 사건과 같은 경우에 특례제척기간 규정을 적용하여 재처분을 허용한다고 하더라도 재판제도의 존재 의의가 상실되지도 않는다.

다. 중복세무조사 주장에 관한 판단

1) 국세기본법 제2조 제21호 는 ‘세무조사’를 ‘국세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하기 위하여 질문을 하거나 해당 장부ㆍ서류 또는 그 밖의 물건을 검사ㆍ조사하거나 그 제출을 명하는 활동’이라고 규정하고 있고, 같은 법 제81조의4 제2항은 ‘세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다’고 규정하여 재조사 금지 원칙을 규정하고 있다.

2) 세무공무원의 조사행위가 재조사가 금지되는 ‘세무조사’에 해당하는지는 조사의 목적과 실시 경위, 질문조사의 대상과 방법 및 내용, 조사를 통하여 획득한 자료, 조사행위의 규모와 기간 등을 종합적으로 고려하여 구체적 사안에서 개별적으로 판단해야 한다. 세무공무원의 조사행위가 사업장의 현황 확인, 기장 여부의 단순 확인, 특정한 매출사실의 확인, 행정민원서류의 발급을 통한 확인, 납세자 등이 자발적으로 제출한 자료의 수령 등과 같이 단순한 사실관계의 확인이나 통상적으로 이에 수반되는 간단한질문조사에 그치는 것이어서 납세자 등으로서도 손쉽게 응답할 수 있을 것으로 기대되거나 납세자의 영업의 자유 등에도 큰 영향이 없는 경우에는 원칙적으로 재조사가 금지되는 ‘세무조사’로 보기 어렵다(대법원 2017. 3. 16. 선고 2014두8360 판결 등 참조).

3) 피고가 선행소송 진행 과정에서 원고 법인이 제출한 이 사건 각 장부 등을 과세자료로 삼아 실지조사의 방법으로 원고 법인의 2011 내지 2015 사업연도 소득금액을 산정하여 이 사건 재처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같고, 피고가 이 사건 재처분을 위해 원고 법인에 대한 세무조사나 현장확인을 실시하였음을 인정할 아무런 증거가 없는바, 피고가 이 사건 재처분 과정에서 재조사가 금지되는 ‘세무조사’를 실시하였다고 볼 수 없으므로, 이와 전제를 달리하는 원고의 이 부분 주장 또한 받아들이지 않는다.

라. 이 사건 각 장부가 적법한 과세자료에 해당하지 않는다는 주장에 관한 판단

선행소송에서 법원이 원고 법인이 최초 법인세 부과처분의 과세기간에 관하여 이 사건 각 장부를 작성ㆍ관리하였고, 이 사건 조사 당시에도 이 사건 각 장부를 비치‧보관하였던 점, 선행소송과정에서 이 사건 각 장부가 제출되었고, 피고도 위 전산 장부에 원고 법인의 거래내역이 모두 기재되어 있다고 인정한 점 등을 근거로 하여 이 사건 각 장부를 실지조사를 위한 적법한 자료가 아니라고 볼 수 없다고 판단하였음은 앞서 본 바와 같고, 여기에 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, 선행소송에서 원고 법인 스스로도 이 사건 각 장부가 소득금액 산정에 관한 적법한 과세자료에 해당함을 전제로 하여 이 사건 각 장부에 대한 조사없이 이루어진 종전 법인세 부과처분이 위법하다는 취지로 주장한 점 등을 더하여 보면, 이 사건 각 장부는 원고 법인의 2011 내지 2015 사업연도 소득금액 산정을 위한 적법한 과세자료에 해당한다고 봄이 타당하다. 따라서 이와 전제를 달리하는 원고 법인의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

5. 이 사건 2차 납세처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 적용 여부 등 주장에 관한 판단

가) 국세기본법 제39조 제2호 에 의하면, 법인(대통령령으로 정하는 증권시장에 주권이 상장된 법인은 제외한다)의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세 및 강제징수비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 주주와 그의 특수관계인 중 대통령령으로 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행 주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하면서 그 법인의 경영에 대하여 지배적인 영향력을 행사하는 자들(과점주주)에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다.

나) 일반적으로 국세를 부과할 수 있는 날이라고 함은 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한이 규정되어 있는 경우를 제외하고는 원칙적으로 그 납세의무의성립시기라고 할 것이므로(대법원 1999. 4. 9. 선고 98두11250 판결 등 참조), 제2차 납세의무에 대해서도 주된 납세의무와는 별도로 그 부과의 제척기간이 진행한다고 할 것이고, 그 부과제척기간은 특별한 사정이 없는 한 이를 부과할 수 있는 날인 제2차 납세의무가 성립한 날로부터 5년간으로 봄이 상당하다(대법원 2008. 10. 23. 선고 2006두11750 판결 등 참조). 그리고 제2차 납세의무가 성립하기 위하여는 주된 납세의무자의 체납 등 그 요건에 해당되는 사실이 발생하여야 하므로 그 성립시기는 적어도 ‘주된 납세의무의 납부기한이 경과한 이후’이다(대법원 2005. 4. 15. 선고 2003두13083 판결 등 참조). 따라서 제2차 납세의무에 대하여는 적어도 ‘주된 납세의무의 납부기한이 경과한 다음날’로부터 5년간의 제척기간이 적용된다.

가) 원고 BBB가 원고 법인의 2013 내지 2015 사업연도 법인세 과세기간 동안 원고 법인 발행주식 전부를 보유하고 있었던 사실, 원고 법인이 이 사건 재처분의 납부기한인 2023. 4. 30.까지 이 사건 체납액을 납부하지 않자, 피고가 원고 BBB를 국세기본법에 따른 제2차 납세의무자(과점주주)로 지정한 후 원고 BBB에게 이 사건 2차 납세처분을 한 사실은 앞서 본 바와 같다.

나) 원고 BBB는, 제2차 납세의무자에 대한 부과처분은 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 의 ‘그 밖에 필요한 처분’에 포함되지 않고, 원고 법인의 제2차 납세의무자이자 선행판결의 당사자가 아닌 원고 BBB에게는 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간이 적용되지 않는다는 취지로 주장한다. 그런데, 원고 BBB의 이 부분 주장은 피고가 원고 BBB에 대하여 한 이 사건 2차 납세처분이 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 특례제척기간을 적용한 것임을 전제로 하나, 피고는 원고 법인이 이 사건 체납액을 납부기한까지 납부하지 않자 국세기본법 제39조 제2호 에 따라 해당 과세기간 동안 원고 법인의 과점주주였던 원고 BBB를 제2차 납세의무자로 지정하고, 그에 따라 이 사건 2차 납세처분을 한 것일 뿐이므로, 이 사건 2차 납세처분의 부과제척기간 도과 여부는 이 사건 2차 납세처분에 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 가 적용되는지 여부 및 원고 BBB에게 선행판결의 효력이 미치는지 여부와 무관하다.

다) 앞서 본 관련 법리에 의하면, 이 사건 2차 납세처분의 부과제척기간은 주된 납세의무의 납부기한이 경과한 다음날 즉, 이 사건 재처분에서 정한 납부기한인 2023. 4. 30.의 다음날부터 5년간으로 봄이 상당한데, 2023. 6. 1. 이루어진 이 사건 2차 납세 처분이 주된 납세의무자인 원고 법인에 대한 이 사건 재처분의 납부기한인 2023. 4. 30.로부터 5년 이내에 이루어졌음은 역수상 명백하다. 따라서 이 사건 2차 납세처분은 부과제척기간 내에 이루어졌으므로, 이와 전제를 달리하는 원고 BBB의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

나. 이 사건 재처분이 통상의 부과제척기간을 도과하여 부과되었다는 주장에 관한 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정들 즉, ① 이 사건 2차 납세처분은 주된 납세의무자인 원고 법인의 과점주주인 원고 BBB에게 제2차 납세의무를 부과하는 부과처분으로서의 성격을 지니고 있는 점, ② 원고 법인에 대한 2017. 4. 6.자 최초 법인세 부과처분은 선행판결에 따라 취소되었으므로, 이미 소멸된 최초 법인세 부과처분은 이 사건 제2차 납세의무 성립의 전제가 되는 주된 납세의무의 부과처분이라고 할 수 없는 점, ③ 국세기본법 제39조 는 주된 납세의무자의 체납 등을 제2차 납세의무의 요건으로 규정하고 있을 뿐, 주된 납세의무자에 대한 부과처분이 특례제척기간이 아닌 통상의 부과제척기간 내에 부과되어야 함을 그 요건으로 규정하고 있지 않은 점, ④ 제2차 납세의무는 국세 등 부과처분 당시가 아닌 주된 납세의무의 과세기간 동안 해당 법인의 과점주주였던 자에게 성립하므로, 제2차 납세의무자로 지정된 과점주주로서는 국세기본법 제26조의2 제6항 제1호 에 따른 이의신청, 심사청구, 심판청구, 행정소송 진행 과정에서 해당 법인이 자신이 과점주주였던 과세기간에 부과된 국세 및 강제징수비를 납부하지 못할 경우 자신이 국세기본법 제39조 제2호 에 따라 제2차 납세의무를 부담할 것임을 충분히 예상할 수 있으므로, 주된 납세의무에 대하여 특례제척기간이 적용되어 제2차 납세의무의 부과제척기간이 사실상 연장되는 결과가 되었다고 하더라도 이를 부당하다고 보기 어려운 점, ⑤ 원고 BBB는 원고 법인의 2013 내지 2015 사업연도 과세기간 동안 원고법인의 1인 주주이자 대표이사였으므로, 선행소송 진행 과정에서 원고 법인이 이 사건 재처분에 따른 법인세를 체납하는 경우 자신이 국세기본법 제39조 에 따라 제2차 납세의무를 부담할 것이라는 점을 충분히 예견하였거나 예견할 수 있었을 것으로 보이는 점 등을 종합하여 보면, 이 사건 재처분이 통상의 부과제척기간 내에 이루어져야만 이 사건 2차 납세처분이 가능하다는 원고 BBB의 이 부분 주장도 받아들이지 않는다.

다. 과세예고통지를 하지 않았다는 주장에 관한 판단

1) 관련 법리

과세예고통지는 주로 과세전적부심사의 선행 절차로서의 의미를 가진다. 즉, 과세예고통지는 과세관청이 조사한 사실 등의 정보를 미리 납세자에게 알려줌으로써 납세자가 충분한 시간을 가지고 준비하여 과세전적부심사와 같은 의견청취절차에서 의견을 진술할 기회를 가짐으로써 자신의 권익을 보호할 수 있도록 하기 위한 처분의 사전통지로서의 성질을 가진다. 나아가 과세예고통지를 받은 납세자는 과세처분 전에 과세관청에 자신의 의견을 사실상 전달함으로써 과세처분의 오류를 미리 바로잡을 기회를 가질 수 있고, 조기결정신청권을 행사함으로써 가산세를 줄이는 이익을 누릴 수도 있는 등 과세전적부심사 외에도 과세예고통지에 관한 일정한 절차적 이익을 가진다(대법원 2025. 2. 13. 선고 2023두41659 판결 참조). 한편 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에, 그 원래의 납세의무자와 특수관계에 있는 제3자에 대하여 원래의 납세의무자로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담하게 하는 제도이다(대법원 1982. 12. 14. 선고 82누192 판결 참조). 이에 따라 제2차 납세의무자에 대한 납부고지는 형식적으로는 독립된 과세처분이지만, 실질적으로는 과세처분 등에 의하여 확정된 주된 납세의무자에 대한 징수절차상의 처분으로서의 성격을 갖는 것이므로, 제2차 납세의무자에 대한 납부고지에 앞서, 주된 납세의무자에 대하여 과세처분 등을 하여 그의 구체적인 납세의무를 확정하는 절차를 거쳐야 한다(대법원 1998. 10. 27. 선고 98두4535 판결 등 참조).

위와 같이 과세예고통지가 처분의 사전통지로서 가지는 기능과 목적, 제2차 납세의무 제도의 의의 및 제2차 납세의무자에 대한 납부고지의 실질적 성격 등을 고려하면, 주된 납세의무자에 대한 조세의 부과 단계에서 과세예고통지 등 절차적 권리를 부여하는 것 이외에, 이미 확정된 주된 납세의무의 징수 단계에 이르러 제2차 납세의무자에게 과세예고통지가 별도로 이루어져야 한다고 볼 수 없다(대법원 2025. 9. 4. 선고 2024두47074 판결 참조).

위 관련 법리에 비추어 살피건대, 피고가 이 사건 2차 납세처분 전 원고 BBB에 대하여 과세예고통지를 하지 않은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으나, 제2차 납세의무자인 원고 BBB에게 과세예고통지가 별도로 이루어져야 한다고 볼 수 없으므로, 이와 다른 전제에 있는 원고 BBB의 이 부분 주장 또한 받아들이지 아니한다.

6. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.