이 사건 염해농지를 포함하여 이 사건 농업법인이 보유한 토지 전체에 관한 감정평가액과 취득가액의 차액이 이 사건 농업법인의 주식의 통상적인 가치 상승분이라고 본 이 사건 처분은 위법

통상적인 가치 상승분은 해당 재산가액(이 사건 농업법인의 주식의 가액)이 상증세법령이 정한 보충적 평가방법에 따라 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액으로 계산되었음을 고려할 때, 이 사건 농업법인이 보유한 자산의 정상적인 가치상승분에 100분의 80을 곱한 금액

사 건

2024구합59541 증여세부과처분취소

원 고

김OO 외1

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 21.

판 결 선 고

2025. 7. 2.

주 문

1. 피고가 2023. 2. 3. 원고 김XX에게 한 증여세 597,723,221원(가산세 포함)의 부과처분, 2023. 2. 2. 원고 김YY에게 한 증여세 597,723,210원(가산세 포함)의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자의 지위

1) 원고들의 아버지인 김OO(XXXX년생)는 2007. 10.경 ㅁㅁㅁ에너지 주식회사를 설립한 자로서, 2016. 6.경 전남 AA군 JJ면에 위치한 농지를 매입(각주1: 농지법 제6조 제1항 에 의하면, 농지는 자기의 농업경영에 이용하거나 이용할 자가 아니면 소유하지 못한다.)할 목적으로 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률(이하 ‘농어업경영체법’이라 한다)에 따라 설립된 농업회사법인 SSSS 주식회사(이하 ‘이 사건 농업법인’이라 한다)를 인수한 다음, 2018. 3.경부터 2020. 5.경까지 태양광 발전사업(각주2: 농지법 제36조 제1항 은 ‘농지를 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 용도로 일시 사용하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 일정 기간 사용한 후 농지로 복구한다는 조건으로 시장ㆍ군수 또는 자치구구청장의 허가를 받아야 한다’고 정하고 있고, 2018. 12. 24. 법률 제16073호로 개정되어 2019. 7. 1. 시행된 농지법 제36조 제1항 제4호 는, 농지의 타용도 일시사용 허가 대상에 공유수면매립 토지 중 토양 염도가 일정 수준 이상인 지역 등에 설치규모 등 요건에 적합하게 설치하는 태양에너지 발전설비를 정하고 있다.) 등을 목적으로 하는 TTTTTT 주식회사(이하 ‘이 사건 대상회사’라 한다), TTTTTT2 주식회사(이하 ‘별건 회사’라 한다), TTTTTT3 주식회사를 각각 설립하여 실질적으로 운영하고 있다.

2) 원고 김YY은 김창희의 장녀로 XXXX년생이고, 원고 김XX은 김OO의 장남으로 XXXX년생이다.

나. 원고들의 이 사건 농업법인 주식 취득

원고들은 2016. 6. 8.부터 2018. 3. 12.까지 아래 표 기재와 같이 3차례에 걸쳐 아버지인 김OO로부터 주식을 증여받거나 김OO로부터 증여받은 현금으로 주식을 취득하는 방법으로 이 사건 농업법인의 주식 각 81,420주(지분율 각 13.57%, 이하 통틀어‘이 사건 주식’이라 한다)를 취득하였다.

(표 생략)

다. 이 사건 농업법인의 염해농지 취득 및 태양광 발전사업 회사 각각 설립

1) 이 사건 농업법인은 2017. 2. 7. 공매를 통하여 전남 AA군 JJ면에 위치한 농지 약 89만 평[그중 이 사건 대상회사의 태양광 발전사업(96MW) 부지로 편입된 NN리 일대 약 25만 평을 ‘이 사건 염해농지’라 하고, 별건 회사의 태양광 발전사업(204MW) 부지로 편입된 GG리 일대 약 44만 평을 ‘별건 염해농지’라 한다]을 취득하였다.

2) 이 사건 농업법인은 2017. 11. 29. 산업통상자원부장관으로부터 설비용량 6MW의 태양광 발전사업 허가를 받았으나, 태양광 발전사업은 농어업경영체법 제19조의4 제1항 에서 정한 농업법인의 사업범위에 포함되지 않았다.(각주3: 농어업경영체법 제20조의3 제2항 제3호 에 의하면, 시장ㆍ군수ㆍ구청장은 같은 법 제19조의4 제1항에 따른 사업범위에서 벗어난 사업을 하는 농업법인에 대하여 법원에 해산을 청구할 수 있다.)

3) 김OO와 이 사건 농업법인은 2018. 3. 20. 이 사건 염해농지에 태양에너지 발전설비를 설치ㆍ운영할 목적으로 이 사건 대상회사를 설립하였다. 김OO가 2020. 3. 18. LLL 주식회사에 이 사건 대상회사의 주식 50,000주를 양도하기 전까지 기간 동안 이 사건 대상회사의 발행주식총수는 200,000주였고, 그중 120,000주(지분율 60%)를 김OO가, 나머지 80,000주(지분율 40%)를 이 사건 농업법인이 각각 보유하고 있었다.

그밖에도 김OO와 이 사건 농업법인은 2020. 3. 27. 별건 염해농지에 태양에너지 발전설비를 설치ㆍ운영할 목적으로 별건 회사를 설립하였고, 2021. 12. 31. 기준으로 발행주식총수의 80%를 김OO가, 나머지 20%를 이 사건 농업법인이 보유하고 있었다.

라. 이 사건 염해농지에 관한 임대차계약 체결 및 개발행위 허가 등

1) 이 사건 농업법인은 2018. 7. 27. 및 2020. 9. 24. 이 사건 대상회사와 사이에 이 사건 염해농지에 관하여 토지 임대차계약서 및 토지 사용승낙서를 작성하였고, 2020. 12. 9. 위 각 계약서를 변경ㆍ대체하는 토지 사용승낙서를 작성하였는데(이하‘이 사건 임대차계약’이라 한다), 그 주요 내용은 아래와 같다.

(토지 사용승낙서 등 생략)

그밖에도 이 사건 농업법인은 2020. 4. 28. 별건 회사 사이에 별건 염해농지에 관하여 이 사건 임대차계약과 같이 사용료를 ‘개발행위 허가용량 × 연간 23,000,000원(부가세 별도)’으로 정하여 토지 사용승낙서를 작성하였다.

2) 이 사건 대상회사는 2019. 1. 30. 산업통상자원부장관으로부터 설비용량 90MW의 태양광 발전사업 허가를 받았고, 이 사건 농업법인으로부터 설비용량 6MW의 태양광 발전사업을 양수한 다음 2019. 3. 18. 산업통상자원부장관으로부터 설비용량96MW(= 90MW + 6MW)의 태양광 발전사업(이하 ‘이 사건 태양광 발전사업’이라 한다)허가를 받았다.

그밖에도 이 사건 대상회사는 2020. 2. 26. 설비용량 204MW의 태양광 발전사업허가를 받았다가, 2020. 3. 27. 별건 회사가 설립되자 2020. 5. 26. 별건 회사에 설비용량 204MW의 태양광 발전사업(이하 ‘별건 태양광 발전사업’이라 한다)을 양도하였다.

3) 이 사건 대상회사는 2020. 4. 8. AA군수로부터 이 사건 염해농지에 관하여 국토의 계획 및 이용에 관한 법률(이하 ‘국토계획법’이라 한다) 제56조 제1항에 따라 태양광 발전시설 부지 조성 및 설치 목적으로 공작물의 설치 및 토지의 형질 변경을 할 수 있는 개발행위의 허가를 받았다(이하 ‘이 사건 개발행위 허가’라 한다).

그밖에도 TTTTTT2 주식회사는 2020. 12. 29. AA군수로부터 별건 염해농지에 관하여 국토계획법 제56조 제1항 에 따라 태양광 발전시설 부지 조성 및 설치 목적으로 공작물의 설치 및 토지의 형질 변경을 할 수 있는 개발행위의 허가를 받았다(이하 ‘별건 개발행위 허가’라 한다).

마. 이 사건 대상회사 주식 일부 양도 및 태양광 발전사업 개시

1) 김OO는 2020. 3. 18. 태양광 발전사업 EPC(각주4:EPC는 설계(Engineering)ㆍ조달(Procurement)ㆍ시공(Construction)의 약자이고, EPC 업체란 태양광 발전사업 등에서 설계, 부품 및 소재의 조달, 공사를 일괄 도급받아 수행하는 회사를 말한다.) 업체인 LLL 주식회사(이하‘이 사건 EPC 업체’라 한다)에 이 사건 대상회사의 주식 50,000주를 1주당 가액을 500,000원(이하 ‘이 사건 매매사례가액’이라 한다)으로 정하여 총 250억 원에 양도하였는데, 그중 25억 원은 계약 체결과 동시에, 75억 원은 2020. 3. 20.에, 100억 원은 이 사건 개발행위 허가를 받은 이후에, 나머지 50억 원은 별건 태양광 발전사업을 양도한 이후에 각각 지급받기로 하였다.

2) 이 사건 매매사례가액은 ① 이 사건 대상회사가 이 사건 염해농지에서 이 사건 태양광 발전사업을 수행할 목적으로 설립된 특수목적회사(Special Purpose Company, SPC)이고, ② 이 사건 염해농지에 관하여 이 사건 개발행위 허가가 이루어질 것이며,③ 이 사건 대상회사에 2,600억 원을 투자하여 9개월 내에 설비용량 96MW의 태양에너지 발전설비를 설치하고 향후 20년 동안 태양광 발전사업을 운영할 것임을 전제로, 향후 20년 동안 발생할 것으로 예상되는 주주잉여현금흐름(Free Cash Flow to Equity, FCFE)(각주5:주주잉여현금흐름(FCFE)이란 주주에게 귀속되는 현금 흐름으로, 당기순이익에 감가상각비를 가산한 뒤 운전자본의 증가와 자본적 지출을 차감하고 부채의 순증가분을 가산하여 구한다.)을 현재가치로 할인하여 평가한 값(할인율(각주6:할인율은 미래에 발생할 현금흐름을 현재가치로 환산할 때 적용하는 비율로, 투자자가 특정 투자에 대해 기대하거나 최소한으로 받아야 하는 수익률인 요구수익률(Required Rate of Return)을 반영하고, 요구수익률은 무위험수익률에 위험할증률(투자 대상의 위험도에 따른 추가 보상)을 더하여 산출한다.) 8%를 적용할 경우, 더클회계법인은 130,519,000,000원이라고 평가하였고, 삼정회계법인은 125,552,000,000원이라고 평가하였다)을 기초로 산정된 것이었다.

3) 이 사건 대상회사는 2020. 5. 19. AA군수로부터 이 사건 염해농지에 관하여 농지법 제36조 제1항 제4호 에 따라 일시사용용도를 태양광발전소 부지조성, 일시사용 기간을 2020. 5. 1.부터 2025. 4. 30.까지(각주7:구 농지법 시행령(2021. 10. 14. 대통령령 제32045호로 개정되기 전의 것) 제38조 제1항 제1호 (다)목, 제2항 제1호 (나)목에 의하면, 농지를 농지법 제36조 제1항 제4호 의 용도로 일시사용하는 경우 일시사용기간은 5년 이내이고, 15년을 초과하지 않는 범위에서 연장할 수 있고, 이 사건 임대차계약 역시 이 사건 염해농지의 타용도 일시사용기간이 20년(= 5년 + 15년)으로 연장되는 것을 전제로 체결된 것으로 보인다. 참고로 2024. 7. 2. 대통령령 제34634호로 개정된 농지법 시행령 제38조 제1항 제1호 (가)목, 제2항 제1호 (나)목에 의하면, 위와 같은 경우 일시사용기간은 7년 이내이고, 18년을 초과하지 않는 범위에서 연장할 수 있다.)로 하는 농지의 타용도 일시사용허가를 받았고, LLL 주식회사가 2020. 11. 23. 이 사건 염해농지에 태양에너지 발전설비를 설치하자 2020. 12. 2. 이 사건 태양광 발전사업을 개시하였다.

바. 이 사건 대상회사 주식 일부 양도 및 태양광 발전사업 개시

1) 광주지방국세청장(이하 ‘조사청’이라 한다)은 원고들의 이 사건 주식 취득과 관련하여 증여세 세무조사를 실시한 결과, 원고들이 직업, 연령, 소득 및 재산상태로 보아 자력으로 해당 행위를 할 수 없다고 인정되는 자들로서 특수관계인인 아버지 김OO로부터 이 사건 주식을 증여받고, 이 사건 주식을 취득한 날부터 5년 이내에 개발사업의 시행, 형질변경, 사업의 인ㆍ허가 등 재산가치증가사유로 인하여 대통령령으로 정하는 기준금액 이상의 이익을 얻었다고 보아, 상속세 및 증여세법(이하 ‘상증세법’이라 한다) 제42조의3 제1항에 따라 그 이익에 상당하는 금액에 대하여 증여세를 부과하여야 한다고 판단하였다.

2) 조사청은 상증세법 제42조의3 제2항, 상증세법 시행령 제32조의3 제3항에 따라 원고들의 이 사건 주식에 관한 재산 취득 후 재산가치 증가에 따른 이익을, ㉮ 해당 재산가액에서 ㉯ 해당 재산의 취득가액, ㉰ 통상적인 가치 상승분을 차감하여 각 1,453,672,680원[= 1주당 17,854원(= 63,926원 –9,923원 –36,149원) × 81,420주]으로 계산하였는데(㉱ 재산취득자의 가치상승 기여분은 없다고 판단한 것으로 보인다), 구체적인 내역은 아래와 같다.

가) 해당 재산가액(㉮): 이 사건 개발행위허가가 이루어진 2020. 4. 8. 기준으로 이 사건 주식에 관하여 상증세법령이 정한 보충적 평가방법에 따라 산정한 1주당 63,926원[이 사건 농업법인의 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액(각주8:이 사건 농업법인은 자산총액 중 부동산등의 가액이 차지하는 비율이 48.96%로 부동산과다보유법인에 해당하지 않았고, 2020. 4. 8. 기준으로 1주당 순손익가치와 1주당 순자산가치를 각각 3과 2의 비율로 가중평균한 가액이 31,963원으로, 1주당 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액인 63,296원보다 낮았다.), 이 사건 농업법인의 순자산가치는 재무상태표상의 순자산가액 46,768,726,912원(= 74,656,726,657원 –27,887,999,745원)에 평가차액 39,130,886,578원을 가산하는 방법으로 계산되었고, 평가차액 39,130,886,578원에는 이 사건 농업법인이 보유하고 있던 이 사건 대상회사의 주식 80,000주의 가액이 장부가액(1주당 10,000원)에서 이 사건 매매사례가액(1주당 500,000원)으로 평가됨에 따른 39,200,000,000원(= 1주당 490,000원 × 80,000주)이 포함되어 있다]

나) 해당 재산의 취득가액(㉯): 이 사건 주식에 관한 1주당 취득가액 9,923원[(1주당 5,000원 × 1,250주 + 1주당 10,000원 × 8,750주 + 1주당 10,000원 × 71,420주)(각주9:원고들은 2016. 6. 8. 김OO로부터 증여받은 현금으로 이 사건 농업법인의 주식을 1주당 5,000원에 각 1,250주를 취득하였고, 2017. 1. 16. 김OO로부터 각 8,750주를 증여받고 2018. 6. 30. 각 기한 후 신고를 하면서 1주당 평가액 10,000원을 기초로 증여재산가액을 산정하였으며, 2018. 3. 12. 김OO로부터 증여받은 현금으로 유상증자에 참여하여 각 71,420주를 취득하면서 1주당 10,000원을 납입하였다.) ÷ (1,250주 + 8,750주 + 71,420주), 원 미만 반올림]

다) 통상적인 가치 상승분(㉰): 2020. 4. 8. 기준으로 이 사건 염해농지를 포함하여 이 사건 농업법인이 보유한 토지 전체에 관한 감정평가액과 취득가액의 차액을 이 사건 농업법인의 발행주식총수로 나누어 산정한 1주당 36,149원(원 미만 반올림)(각주10:대화감정평가법인은 이 사건 농업법인의 의뢰를 받고 2019. 12. 31. 기준으로 이 사건 염해농지를 포함하여 이 사건 농업법인이 보유한 토지 전체의 시가 합계를 개별공시지가에 따라 55,221,532,660원으로 평가하였는데, 이를 2020. 4. 8. 당시 시가로 보아, 이 사건 염해농지를 포함하여 이 사건 농업법인이 보유한 토지 전체의 취득가액(취득세 포함) 16,361,701,593원과의 차액인 38,859,831,067원(= 55,221,532,660원 –16,361,701,593원)을 2020. 4. 8. 당시 이 사건 농업법인의 발행주식총수 1,075,000주로 나누었다.)

3) 피고는 조사청으로부터 위와 같은 과세자료를 통보받고 원고들의 증여세 과세표준을 위 각 1,453,672,680원으로 하여 2023. 2. 2. 원고 김YY에게 증여세 597,723,210원(가산세 포함)의 부과처분을 하였고, 2023. 2. 3. 원고 김XX에게 증여세 597,723,221원(가산세 포함)의 부과처분을 하였다(이하 통틀어 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 10, 12호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1 내지 3, 7 내지 12호증의 각 기재, 이 법원의 삼성세무서장에 대한 과세정보제출명령 회신결과, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 구 상증세법(2023. 12. 31. 법률 제19932호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제42조의3 제1항은 재산취득사유를 ‘특수관계인으로부터 재산을 증여받은 경우(제1호)’,‘특수관계인으로부터 차입한 자금 또는 특수관계인의 재산을 담보로 차입한 자금으로 재산을 취득한 경우(제3호)’라고 정하고 있었는데(각주11:2023. 12. 31. 개정된 상증세법 제42조의3 제1항 제3호는 재산취득사유에 특수관계인으로부터 증여받은 자금으로 재산을 취득하는 경우를 추가하였다.), 이 사건 주식 중 2016. 6. 8. 및 2018. 3. 12. 취득한 각 72,670주(= 1,250주 + 71,420주, 이하 ‘이 사건 쟁점주식’이라 한다)는 원고들이 특수관계인인 김OO로부터 증여받은 현금으로 취득한 것이다.

피고는 실질과세의 원칙에 따라 원고들이 김OO로부터 이 사건 쟁점주식을 증여받은 것으로 볼 수 있다고 주장하나, 2018. 12. 24. 농지법 개정으로 비로소 염해농지에 태양에너지 발전설비를 설치할 수 있게 된 것이어서 원고들에게 조세회피목적이 있다고 인정하기 어려우므로, 원고들이 김OO로부터 이 사건 쟁점주식을 증여받은 것으로 재구성할 수는 없다.

따라서 원고들의 이 사건 쟁점주식 취득은 구 상증세법 제42조의3 제1항에서 말하는 재산취득사유에 해당하지 않는다(이하 ‘재산취득사유 불해당 주장’이라 한다).

2) 이 사건 개발행위 허가를 받은 주체는 이 사건 농업법인이 아니라 이 사건 대상회사이므로, 재산가치증가사유인 이 사건 개발행위 허가와 이 사건 농업법인의 주식 가치 증가 사이에 인과관계가 인정된다고 보기 어렵다(이하 ‘인과관계 불인정 주장’이라 한다).

3) 상증세법 제42조의3에서 정한 재산 취득 후 재산가치 증가에 따른 이익을 계산할 때 공제되는 이 사건 농업법인의 통상적인 가치 상승분은 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익 등을 고려하여 정상적인 가치상승분에 상당하다고 인정되는 금액인데, 피고는 이 사건 농업법인이 보유한 토지의 가치 상승분만이 통상적인 가치 상승분에 해당한다고 보았으므로, 과세대상 이익 산정에 위법이 있다(이하 ‘과세대상 이익 산정 위법 주장’이라 한다).

나. 판단

1) 재산취득사유 불해당 주장에 관한 판단

가) 국세기본법 제14조 에서 규정하는 실질과세의 원칙은, 납세의무자가 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취한 경우 형식이나 외관에 불구하고 뒤에 숨어 있는 실질에 따라 과세요건이 되는 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 발생, 귀속과 내용 등을 파악하여 과세하여야 한다는 국세부과의 원칙을 말하는 것이다(대법원 2015. 9. 10. 선고 2010두1385 판결 참조).

나) 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면, ① 원고들의 아버지인 김OO가 2016. 6. 8. 원고 김YY에게 6,250,000원을 송금하고, 원고 김YY이 같은 날 양도인인 김VV에게 이 사건 농업법인의 주식 1,250주의 대금 6,250,000원을 송금한 사실, ② 원고들의 아버지인 김OO가 2016. 6. 8. 양도인인 김VV에게 원고 김XX이 양수받은 주식 1,250주의 대금 6,250,000원을 송금한 사실, ③ 원고들의 아버지인 김OO가 2018. 3. 12. 원고들에게 현금 각 714,290,000원을 증여하고, 원고들이 같은 날 유상증자를 통하여 이 사건 농업법인의 주식 각 71,420주를 각 714,200,000원에 취득한 사실, ④ 원고들의 아버지인 김OO가 세무조사 과정에서 이 사건 농업법인의 인수는 모두 김OO의 주도 아래 이루어진 것으로 원고들은 양도인인 김VV을 만난 적이 없다고 진술하고, 원고 김XX이 세무조사 과정에서 이 사건 농업법인의 주식을 취득하기 위하여 김OO로부터 현금 증여를 받았다고 진술한 사실, ⑤ 원고들의 아버지인 김OO는 이 사건 농업법인을 인수하기 10년 전 ㅁㅁㅁ에너지 주식회사를 설립하여 운영하고 있었고, 이 사건 농업법인은 설립 당시부터 법인등기부에 ‘태양광 발전업’을 사업목적 중 하나로 기재하고 있었으며, 원고 김XX은 세무조사 과정에서 이 사건 농업법인에 관하여 농지를 구입해서 태양광 발전사업 부지로 임대하는 사업을 영위하는 회사라고 진술한 사실을 인정할 수 있다.

다) 위 인정사실에 의하여 알 수 있는 현금 증여와 주식 취득의 시간적 근접성, 금액의 동일성, 현금 증여의 목적, 증여자인 김OO의 의도 및 역할, 주식 취득에 있어 김OO의 관여 정도, 이 사건 농업법인의 사업 구조 등에 비추어 볼 때, 원고들은 아버지인 김OO로부터 이 사건 쟁점주식을 증여받았다고 봄이 타당하므로, 이와 다른 전제에서 이루어진 원고들의 재산취득사유 불해당 주장은 받아들이기 어렵다.

2) 인과관계 불인정 주장에 관한 판단

가) 상증세법 제42조의3 제1항의 문언, 입법 취지 및 관련 시행령 조항과의 관계 등에 비추어 보면, 상증세법 제42조의3 제1항에서 정한 재산가치증가사유로 인하여 법인의 재산가치가 증가함에 따라 해당 법인의 주주가 주식가치 증가의 이익을 얻은 경우라도 재산가치증가사유와 주식가치 증가분 사이에 인과관계가 인정된다면 그 이익도 상증세법 제42조의3 제1항의 과세대상 이익에 해당한다고 보아야 하고, 취득한 재산과 재산가치증가사유의 직접적 대상이 되는 재산이 동일하지 않다는 이유만으로 상증세법 제42조의3 제1항의 과세대상에서 배제된다고 볼 것은 아니다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2018두41327 판결 참조).

나) 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 아래와 같은 사정, 즉 ① 이 사건 농업법인은 태양광 발전사업 목적으로 염해농지를 구입하되, 직접 태양광 발전사업을 시행할 경우 농지법상 해산사유가 될 수 있음을 고려하여, 농지별로 특수목적회사(SPC)를 설립하여 그 특수목적회사(SPC)를 통하여 태양광 발전사업 허가ㆍ개발행위 허가ㆍ농지의 타용도 일시사용 허가를 받아 태양광 발전사업 시행으로 인한 이익을 직ㆍ간접적으로 향유하는 사업구조를 지니고 있는 것으로 보이는 점, ② 이 사건 대상회사는 이 사건 염해농지에서 이 사건 태양광 발전사업을 수행할 목적으로 설립된 특수목적회사(SPC)에 해당하는 것으로 보이는 점, ③ 이 사건 개발행위 허가는 그 자체의 경제적 효과로서 아직 태양광 발전사업 부지 조성 및 태양에너지 발전설비 설치가 완료되지 않았더라도 장차 태양광 발전사업 부지 조성 및 태양에너지 발전설비 설치가 이루어져 발생할 것으로 예상되는 기대이익을 현재가치로 할인(각주12:이때 할인율, 즉 요구수익률(= 무위험수익률 + 위험할증률)은 태양광 발전사업의 진행에 따라 초기 단계의 높은 값에서 성숙한 단계의 낮은 값으로 내려갈 것이다.)하여 평가한 값만큼 기대이익이 현실화되어 그 시점에서 이 사건 염해농지의 경제적 가치가 상승하게 되는 점, ④ 이 사건 염해농지는 이 사건 임대차계약에 따라 농지의 타용도 일시사용기간 동안 이 사건 농업법인이 이를 처분하는 것이 제한되고 일시사용기간이 끝나면 농지로 복구되므로, 경제적 가치 상승으로 인한 이익은 대부분 이 사건 염해농지를 활용하여 태양광 발전사업을 영위하는 이 사건 대상법인의 주식가치 증가분에 반영될 것으로 보이는 점[다만 아래 3)항에서 보는 바와 같이, 역으로 이 사건 대상법인의 주식가치 증가분이 대부분 이 사건 염해농지의 이 사건 개발행위 허가로 인한 사용ㆍ수익 가치 상승분으로 설명할 수 있다고 단정하기는 어렵다], ⑤ 이 사건 농업법인은 이 사건 개발행위 허가 당시 이 사건 대상회사의 발행주식총수 200,000주 중 80,000주(지분율 40%)를 보유하고 있었고, 이 사건 농업법인의 주식가치는 상증세법령이 정한 보충적 평가방법에 따라 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액으로 계산되므로, 이 사건 농업법인이 보유한 이 사건 대상법인의 주식의 가치증가분에 100분의 80을 곱한 금액 만큼 이 사건 농업법인의 주식가치가 증가하게 되는 점 등에 비추어 볼 때, 재산가치 증가사유인 이 사건 개발행위 허가와 이 사건 농업법인의 주식가치 증가 사이에는 인과관계가 인정된다고 봄이 타당하다.

다) 따라서 원고들의 인과관계 불인정 주장은 받아들이기 어렵다.

3) 과세대상 이익 산정 위법 주장에 관한 판단

가) 상증세법 제42조의3 제2항 전단은 재산 취득 후 재산가치 증가에 따른 이익은 재산가치증가사유 발생일 현재의 해당 재산가액, 취득가액(증여받은 재산의 경우에는 증여세 과세가액을 말한다), 통상적인 가치상승분, 재산취득자의 가치상승 기여분 등을 고려하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액으로 한다고 정하고 있고, 상증세법 시행령 제32조의3 제3항은 법 제42조의3 제2항 전단에서 ‘대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 금액’이란 해당 재산가액[재산가치증가사유가 발생한 날 현재의 가액, 상증세법 제4장(재산의 평가)에 따라 평가한 가액을 말한다. 단서 생략]에서 ① 당해 자산의 취득가액(실제 취득하기 위하여 지급한 금액, 증여받은 재산의 경우에는 증여세 과세가액), ② 통상적인 가치 상승분[제31조의3(주식등의 상장 등에 따른 이익의 계산방법 등) 제5항에 따른 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익 등을 고려하여 해당 재산의 보유기간 중 정상적인 가치상승분에 상당하다고 인정되는 금액], ③ 가치 상승기여분(개발사업의 시행, 형질변경, 사업의 인가ㆍ허가 등에 따른 자본적지출액 등 해당 재산가치를 증가시키기 위하여 지출한 금액)을 뺀 것을 말한다고 정하고 있다.

그리고 상증세법 시행령 제31조의3(주식등의 상장 등에 따른 이익의 계산방법 등) 제5항은 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익은 1주당 손순익액을 기준으로 계산하되 결손금등이 발생하여 1주당 순손익액으로 계산하는 것이 불합리한 경우에는 제55조(순자산가액의 계산방법)에 따라 계산한 1주당 순자산가액의 증가분으로 계산할 수 있다고 정하고 있고, 제55조(순자산가액의 계산방법) 제1항 전단은 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 재산을 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액으로 하며, 순자산가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다고 정하고 있다.

나) 상증세법 제42조의3은 최초의 증여 후에 발생한 재산가치 증가분에 대하여 타인의 기여(재산가치증가사유 발생)에 의한 변칙증여에 적극적으로 대응하기 위하여 이익이 실현되지 않은 상태이지만 증여로 취득한 재산의 가치 증가분에 대하여 증여세를 과세(각주13:증여로 취득한 재산을 처분하는 시점에 재산의 가치 증가분 전부에 대하여 양도소득세를 과세하는 방법도 생각해 볼 수 있지만, 상증세법 제42조의3은 타인의 기여에 의한 변칙증여에 적극적으로 대응하기 위하여 이익이 실현되지 않은 상태이지만 재산가치 증가분에 대하여 증여세를 과세하고 있다.)하는 것으로, 재산가치증가사유 발생일 이후 증여로 취득한 재산의 가치가 하락하더라도 세액을 조정하는 장치를 두고 있지 않으므로, 장래의 재산가치 증가가 객관적으로 예정된 것이어야 한다는 내재적 한계를 가지고 있다(대법원 2023. 6. 1. 선고 2019두31921 판결 참조).

그리고 상증세법 제42조의3 제1항, 상증세법 시행령 제32조의3 제1항은 이른바 유형별 포괄주의(각주14: 일단 명백한 부분을 열거하고 나서 마지막에 보충규정으로 ‘기타 이와 유사한 것으로서 ……한 것’이라는 표현을 추가하는 입법 형식을 말한다.)의 방식으로 재산가치증가사유를 규정하고 있고, 상증세법 시행령 제24조 제1항 제3호는 재산가치증가사유에 따라 증여시기를 달리 하고 있다는 점 등을 고려할 때, 증여로 취득한 재산이 주식인 경우 ‘재산가치증가사유로 인하여 증가된 법인의 순자산가치가 반영된 주식가치 증가분’이 과세대상이 되는 것이지, ‘재산가치증가사유 발생으로 가능해진 사업기회에 추가적인 기여를 투입하여 취득하게 되는 법인의 영업이익 일체’가 과세대상이 되는 것이라고 볼 수 없고, 상증세법 제42조의3 제2항 전단, 상증세법 시행령 제32조의3 제3항이 과세대상 이익을 산정할 때 통상적인 가치 상승분, 즉 ‘기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익 등을 고려하여 해당 재산의 보유기간 중 정상적인 가치상승분에 상당하다고 인정되는 금액’을 공제하도록 규정하고 있는 것 역시 이를 고려한 것이라고 봄이 타당하다.

다) 살피건대, 이 사건 농업법인의 주식가치 증가분은 이 사건 농업법인이 보유한 이 사건 대상법인의 주식의 가치증가분에 100분의 80을 곱한 금액이므로, 이 사건에서 과세대상 이익은 ‘이 사건 개발행위 허가로 인하여 증가된 이 사건 대상법인의 순자산가치가 반영된 이 사건 대상법인의 주식의 가치증가분에 100분의 80을 곱한 금액’이라고 볼 수 있다.

다만 상증세법 시행령 제32조의3 제3항은 과세대상 이익을 산정할 때, 해당 재산가액에서 ① 당해 재산의 취득가액, ② 통상적인 가치 상승분, ③ 가치상승기여분을 공제하는 방식으로 계산하도록 정하고 있으므로, 위와 같은 조정은 ② 통상적인 가치 상승분을 계산함에 있어 반영되는 것이고, 구체적으로는 해당 재산가액(이 사건 농업법인의 주식의 가액)이 상증세법령이 정한 보충적 평가방법에 따라 순자산가치에 100분의 80을 곱한 금액으로 계산되었음을 고려할 때, 이 사건 농업법인이 보유한 자산의 정상적인 가치상승분에 100분의 80을 곱한 금액이 될 것이다. 이때 이 사건 농업법인이 보유한 자산 중 토지의 경우 정상적인 지가상승률(유사 토지의 개별공시지가 상승률)을 적용하여 정상적인 가치상승분을 계산할 수 있겠지만, 이 사건 대상회사의 주식의 경우 이 사건 매매사례가액에는 이 사건 염해농지의 이 사건 개발행위 허가로 인한 사용ㆍ수익가치 상승분뿐만 아니라 이 사건 대상회사가 향후 20년 동안 태양광 발전사업을 운영하여 얻는 영업이익 일체가 반영되어 있으므로, 그중 이 사건 대상회사의 기업가치의 실질적인 증가로 인한 이익 등을 고려하여 정상적인 가치상승분에 상당하다고 인정되는 금액을 가려내야 할 것이다.

그럼에도 불구하고 피고는 이 사건 염해농지를 포함하여 이 사건 농업법인이 보유한 토지 전체에 관한 감정평가액과 취득가액의 차액이 이 사건 농업법인의 주식의 통상적인 가치 상승분이라고 보았는데(각주15:원고들은 이 사건 농업법인의 순자산가치 증가분이 통상적인 가치 상승분에 해당하고 아래 표 기재와 같이 계산되므로, 이를 공제하면 과세대상 이익이 발생하지 않는다고 주장한다. (표 생략) 원고들의 주장과 같이 상증세법 시행령 제31조의3 제5항에 따라 이 사건 농업법인의 순자산가액 증가분이 통상적인 가치 상승분에 해당한다고 보는 것이 문언상 허용되지 않는다고 단정하기는 어려우나, 앞서 본 바와 같이 상증세법상 순자산가액은 당해 법인의 재산을 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액을 말하는 것인데, 원고들이 계산한 ‘취득일이 속한 사업연도 개시일’의 순자산가액이 상증세법령에 따라 평가된 가액을 기초로 하는지 의문이 들고, 원고들이 계산한 ‘재산가치증가사유 발생 직전일’의 순자산가액에는 이 사건 개발행위 허가가 이루어질 것임을 전제로 산정된 이 사건 매매사례가액에 따른 평가차액이 포함되어 있으므로, 이 사건 농업법인의 순자산가치 증가분이 원고들이 계산한 값과 일치하여 이를 공제하면 과세대상 이익이 발생하지 않는다고 보기는 어렵다.), 이와 같은 과세대상 이익 산정이 상증세법령에 따른 것이라고 볼 수는 없으므로, 이를 지적하는 원고들의 이 부분 주장은 이유 있고, 결국 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

이에 대하여 피고는 해당 재산가액 및 통상적인 가치 상승분을 계산할 때 이 사건 농업법인이 보유한 토지 전체에 관하여 이 사건 개발행위 허가가 이루어지기 전인 2019. 12. 31. 기준 감정평가액을 사용하였으므로 피고가 계산한 세액이 정당한 세액의 범위 내에 있다는 취지로 주장하나, 상증세법 시행령 제55조(순자산가액의 계산방법) 제1항에 의하면, 순자산가액은 평가기준일 현재 당해 법인의 자산을 상증세법 제60조 내지 제66조의 규정에 의하여 평가한 가액에서 부채를 차감한 가액을 말하는 것이고, 상증세법 제60조 제3항, 제61조 제1항 제1호 본문은 토지에 대하여 시가를 산정하기 어려운 경우에는 개별공시지가에 의하도록 규정하고 있는데, 이 사건 개발행위 허가가 이루어진 2020. 4. 8. 기준으로 이 사건 농업법인이 보유한 토지 전체의 시가가 어떠한지에 관하여 피고의 주장ㆍ증명이 없으므로(피고는 이 사건 농업법인이 보유한 토지 중 ** AA군 JJ면 NN리 723 전 3,995㎡의 개별공시지가가 2020. 1. 1.

3,400원/㎡에서 2021. 1. 1. 9,450㎡로 상승하였다고 주장하고 있을 뿐이다), 피고가 계산한 세액이 정당한 세액의 범위 내에 있는지를 알 수 없어 피고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

4. 결론

그렇다면, 원고들의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.