관리처분계획은 변경인가로 장래를 향하여 소멸되므로 소급효를 전제로 일시적 2주택 비과세혜택을 적용할 수 없음

관리처분계획은 변경인가로 장래를 향하여 소멸되므로 소급효를 전제로 일시적 2주택 비과세혜택을 적용할 수 없음

사 건

2023구단79503 양도소득세부과처분취소

원 고

장AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 1. 15.

판 결 선 고

2025. 2. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2022. 8. 1. 원고에 대하여 한 2019년 귀속 양도소득세 383,200,760원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. ○○재건축정비사업조합(이하 ‘○○재건축조합’이라고만 하다)은 ○○구청장으로부터 2006. 7. 5. 사업시행계획을, 2008. 4. 16. 관리처분계획을 각 인가받았다.

나. ○○재건축조합의 일부 조합원들은 위 조합을 상대로 ○○구청장으로부터 인가받은 2008. 4. 16.자 관리처분계획의 무효확인 등을 구하는 소를 제기하였는데, ○○재건축조합이 소송 중에 2013. 11. 28. ○○구청장으로부터 관리처분계획변경인가를 받게 되자, 항소심 법원은 ‘○○재건축조합이 소송진행 중 2008. 4. 16.자 관리처분계획의 주요부분을 실질적으로 변경하는 새로운 관리처분계획을 수립하여 변경인가를 받았으므로 위 종전 관리처분계획은 소급적으로 실효되었다’는 취지로, 더는 2008. 4. 16.자 관리처분계획의 하자를 다툴 법률상 이익이 없다는 이유로 각하판결을 선고하였고(서울고등법원 2014. 2. 6. 선고 2010누33810 판결, 이하 ‘관련 판결’이라고 한다), 이는 그 무렵 확정되었다. ○○재건축조합이 추진한 일련의 재건축사업 진행경과는 아래와 같다.

다. 한편, 원고는 2012. 7. 27. 서울 ○○구 ○○동 ○○아파트 0동 00호(이하 ‘종전 주택’이라고 한다)를 강제경매로 인한 매각을 원인으로 취득하였다.

라. 이후 2017. 6. 22.자로 준공인가가 재건축된 아파트에 대해 이루어짐에 따라 원고

는 서울 ○○구 ○○동 00 번지 ○○ 00동 00호(이하 ‘이 사건 주택’이라고 한다)를 취득하였고, 2019. 9. 2. 이 사건 주택을 2,120,000,000원에 양도하였다.

마. 원고는 2019. 9. 3. 구 소득세법(2019. 12. 31. 법률 제16834호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제1항 제3호 나목, 구 소득세법 시행령(2019. 6. 25. 대통령령 제29892호로 개정되어 같은 해 9. 16. 시행되기 전의 것, 이하 같다) 제154조 제1항, 제8항, 제155조 제1항의 ‘일시적 1세대 2주택’ 비과세 대상(일시적으로 2주택이 된 경우로서 종전의 주택을 취득한 날부터 1년 이상이 지난 후 신규 주택을 취득하고 그 신규 주택을 취득한 날부터 3년 이내에 종전의 주택을 양도하는 경우 1세대 1주택으로 보아 비과세 특례적용)으로 보아 양도차익 중 9억 원을 초과하는 부분에 장기보유특별공제를 적용하여 양도소득세 83,935,814원을 신고ㆍ납부하였다.

바. ○○지방국세청장은 피고에 대한 감사를 실시한 뒤 원고가 이 사건 주택을 양도할 당시 아래와 같이 이 사건 주택 외에도 2017. 11. 20. 취득한 ○○ ○○구 ○○동 00번지 ○○ 00동 00호(이하 ‘신규주택’이라고 한다)를 보유하였으므로 2주택자에 해당하는데, 신규주택의 취득일(2017. 11. 20.)이 이 사건 주택의 취득일(2017. 6. 22.)로부터 1년이 지나지 않아 일시적 2주택자의 비과세 요건이 충족되지 않았다는 내용으로, 피고에게 감사처분 지시를 내렸다.

이에 피고는 이 사건 주택의 양도차익 전부가 과세대상에 해당할 뿐 아니라 장기보유특별공제 역시 적용되지 않는다고 보아, 2022. 8. 1. 원고에게 2019년 귀속 양도소득세 383,200,760원(가산세 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라고 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3, 7, 9 내지 11, 17호증, 을 제3호증(가지번

호 있는 경우 이를 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

1) 원고는, ○○재건축조합이 추진한 재건축사업과 관련하여, 당초의 2008. 4. 16.자 관리처분계획이 2013. 11. 28.자 변경인가로 인해 소급적으로 실효되었으므로, 원고는 2012. 7. 27.을 기준으로 종전 주택을 ’조합원입주권‘으로서가 아니라 ’부동산‘으로취득한 것으로 평가되어야 하고, 이에 따라 재건축된 이 사건 주택의 취득일은 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호 에 따라 종전 주택의 취득일인 2012. 7. 27.로 보아야 하므로, 신규주택은 이 사건 주택의 취득일로부터 1년이 지난 후에 취득한 셈이 되어, 일시적 1세대 2주택 비과세 요건을 충족하게 되고, 1세대 1주택에 대한 장기보유특별공제 역시 이 사건 주택의 양도에 대해 적용되어야 하며, 따라서 원고가 내야할 세액은 당초 신고ㆍ납부한 바가 그대로 정확하므로, 이와 달리 본 피고의 이 사건처분은 위법하다고 주장한다.

2) 이에 대해 피고는, 2013. 11. 28.자 변경인가는 장래를 향해서는 효력이 있을 뿐, 당초의 2008. 4. 16.자 관리처분계획이 소급적으로 실효된 것이 아니므로, 원고가 2012. 7. 27.을 기준으로 종전 주택을 ’부동산‘으로서 취득하였다는 원고 주장은 타당하지 않고, 따라서 피고가 종전 주택이 ’조합원입주권‘으로서의 법적 성격을 지녔음을 전제로 이 사건 주택의 양도에 관해 일시적 1세대 2주택 비과세 요건이 충족되지 아니하고 장기보유특별공제가 적용되어서는 아니 된다고 보아 이 사건 처분을 한 것은 그대로 적법하다고 주장한다.

나. 관계법령

나. 판단

1) 이 사건 처분의 적법 여부는, ○○재건축조합이 추진한 재건축사업과 관련하여 당초의 2008. 4. 16.자 관리처분계획은 2013. 11. 28.자 변경인가로 인해 소급적으로 실효되었는지(원고의 입장), 아니면 장래에 향해서는 실효된 것으로 볼 것인지(피고의 입장)에 달려 있다고 볼 수 있다. 원고의 입장과 같이 볼 경우, 재건축된 이 사건 주택의 취득일은 구 소득세법 제98조 에도 불구하고 구 소득세법 시행령 제154조 제8항 제1호 에 따라 종전 주택의 취득일인 2012. 7. 27.로 보아야 하므로(피고도 이에 관해서는 별다른 이의를 제기하지 않고 있다) 신규주택은 이때로부터 1년 이상이 지난 후에 취득한 것이 되어 구 소득세법 시행령 155조 제1항 의 요건을 일응 충족하게 되고, 아울러 원고가 이 사건 주택을 보유한 기간 역시 장기보유특별공제에 관한 구 소득세법 제95조 제2항 이 정한 기간 이상이라는 결론을 쉽게 도출할 수 있는 반면, 피고의 입장처럼 볼 경우 ○○지방국세청장이 피고에게 감사처분 지시를 내린 바와 같이 이 사건 주택의 취득일과 신규주택의 취득일 사이의 시간적 간극이 1년에 미치지 못한다고 보게 되어 구 소득세법 시행령 제155조 제1항 의 요건을 충족하는 것이 불가능해지고 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 정하여진 장기보유특별공제를 적용받기 위한 요건이 충족

되지 않았다는 결론으로 나아가기 때문이다(재건축된 이 사건 주택 자체는 2017. 6. 22. 취득된 것으로서 양도일인 2019. 9. 2.과의 시간적 간극이 구 소득세법 제95조 제2항 본문에 명시된 보유기간 3년에 미달하고, 아울러 피고의 견해에 의할 경우 원고는 조합원입주권을 원래의 조합원으로부터 취득한 셈이 되어 구 소득세법 제95조 제2항 본문의 두 번째 괄호에 걸리게 된다).

2) 살피건대, 「도시 및 주거환경정비법」(이하 ’도시정비법‘이라고 한다) 중 관리처분계획의 인가에 관한 규정의 내용, 형식 및 취지 등에 비추어 보면, 당초 관리처분계획의 경미한 사항을 변경하는 경우와는 달리 당초 관리처분계획의 주요 부분을 실질적으로 변경하는 내용으로 새로운 관리처분계획을 수립하여 시장·군수의 인가를 받은 경우에는 당초 관리처분계획은 달리 특별한 사정이 없는 한 효력을 상실하는바, 이때 당초 관리처분계획이 효력을 상실한다는 것은 당초 관리처분계획이 유효하게 존속하다가 변경 시점을 기준으로 장래를 향하여 실효된다는 의미이지 소급적으로 무효가 된다는 의미가 아니고, 이에 따라 당초 관리처분계획 중 변경되는 부분은 장래를 향하여 실효된다(대법원 2016. 6. 23. 선고 2014다16500 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 보건대, 비록 앞서 본 바와 같이 ‘○○재건축조합이 소송진행 중 2008. 4. 16.자 관리처분계획의 주요부분을 실질적으로 변경하는 새로운 관리처분계획을 수립하여 변경인가를 받았으므로 위 종전 관리처분계획은 소급적으로 실효되었다’는 취지의 관련 판결이 선고ㆍ확정된 바가 있기는 하나, 이는 앞서 본 대법원 2014다16500 판결의 법리에 정면으로 반하는 것으로서(관련 판결에서 인용한 대법원 2011.2. 10. 선고 2010두19799 판결 중에는 ‘변경인가된 관리처분계획으로 인하여 종전 관리처분계획이 소급하여 실효되었다’는 문구가 포함되어 있기는 하나, 이는 해당 사안의 특수성을 감안하여 이러한 표현이 쓰였을 따름이지, 위 대법원 2014다16500 판결과 법리상 상충ㆍ모순이 있다고 반드시 단정할 것은 아니라는 견해도 상정 가능하다. 설령 위 대법원 2010두19799 판결과 위 대법원 2014다16500 판결이 서로 배치된다고 가정하더라도, 미공간된 전자보다는 정식으로 공간된 후자의 법리가 우선한다고 부득이 보아야 할 것이다), 관련 판결에서의 앞서 본 내용을 2008. 4. 16.자 관리처분계획이

2013. 11. 28.자 변경인가로 인해 소급적으로 실효되었다는 법적인 근거로 삼을 수 없다. 오히려 위 대법원 2014다16500 판결 법리에 따라 2008. 4. 16.자 관리처분계획은 2013. 11. 28.자 변경인가로 인해 장래를 향해서만 실효되었다고 보는 것이 타당하다.

관련 판결은 부적법 각하 판결로서 확정된 청구인용판결에서나 주어지는 행정소송법 제30조 제1항 에 따른 기속력이 부여된다고 볼 수 없을뿐더러, 관련 판결로 인한 기판력 등도 이 사건에서의 원ㆍ피고에게 미칠 리 없고, 갑 제3호증 및 을 제4호증의 3의 각 기재에 의하더라도 2013. 11. 28.자 변경인가 당시 2008. 4. 16.자 관리처분계획을 소급적으로 실효시킨다는 내용이 전혀 포함되어 있지 아니함을 알 수 있기에 더욱 그러하다.

따라서 당초의 2008. 4. 16.자 관리처분계획은 2013. 11. 28.자 변경인가로 인하여 소급적으로 실효되었음을 전제로 하는 원고 주장은 받아들일 수 없고, 피고가 한 이 사건 처분은 위법하다고 볼 수 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.