이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

이 사건 전산시스템은 기존의 업무를 효율적으로 운영하고 더 나은 고객 서비스를 제공하기 위하여 그 당시의 정보기술 등을 활용하여 위탁개발한 것인바, 이 사건 전산시스템의 위탁개발은 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하여 정보기술 등 과학기술 분야의 진전을 이루기 위한 활동으로 볼 수 없으므로 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

[ 세 목 ]

법인

[ 판결유형 ]

국승

[ 사건번호 ]

서울고등법원-2020-누-44697(2025.5.16)

[직전소송사건번호 ]

서울행정법원-2018-구합-79292(2020.05.15)

[심판청구 사건번호 ]

조심-2016-서울청-3532(2018.7.2)

[ 제 목 ]

이 사건 전산시스템의 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 과학기술활동에 해당하지 않음

[ 요 지 ]

[ 판결내용 ]

판결 내용은 붙임과 같습니다.

[ 관련법령 ]

구 조세특례제한법 제10조 【연구ㆍ인력개발비에 대한 세액공제】

사 건

2020누44697 법인세경정거부처분취소

원 고

○○○○ 주식회사

피 고

○○지방국세청장, ○○세무서장

변 론 종 결

2025. 3. 28.

판 결 선 고

2025. 5. 16.

주 문

1. 원고의 항소를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2016. 6. 9. 원고에 대하여 한 법인세 2012 사업연도 ***원, 2013 사업연도 ***원, 2014 사업연도 ***원의 각 경정청구 거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않다.

구 조세특례제한법(2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되어 2015. 1. 1. 시행되기 전의 것, 이하 ’구 조특법‘이라 한다) 제10조 제1항은 ’내국인이 각 과세연도에 연구ㆍ 인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제한다‘고 규정하여 연구ㆍ인력개발비 세액공제(이하 연구개발비에 대한 세액공제를 ’쟁점 세액공제‘라 한다) 제도를 두고 있고, 제9조 제2항 제1호는 ’연구ㆍ인력개발비‘의 의미를 ’연구개발 및 인력개발에 필요한 비용(새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 연구개발 중 대통령령으로 정하는 비용)‘으로 정의하고 있으며, 그 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29527호로 개정되기 전의 것) 제8조 제1항은 “법 제9조 제2항 제1호에서 ’대통령령으로 정하는 비용‘이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발 및 인력개발을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다”라고 규정하고, 구 조특법 제9조 제5항은 연구개발을 “과학적또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동(이하 ’과학기술활동‘이라 한다)”과 “새로운 서비스 및 서비스 전달체계를 개발하기 위한 활동(이하 ’서비스활동‘이라 한다)”으로 구분하고 있으므로, 전산시스템의 위탁개발비용이 쟁점 세액공제를 적용받는 연구개발비에 해당하기 위해서는 그 위탁개발이 ’과학기술활동‘에 해당하는 경우이어야 한다. 여기에서 구 조특법 제9조 제5항이 규정한 연구개발인 ’과학기술활동‘이란 ’과학기술 분야의 식을 축적하거나 새로운 응용방법을 찾아내기 위하여, 축적된 창의적 지식을 활용하는 체계적이고 창조적인 활동으로서 새로운 제품 및 공정을 개발하기 위한 시제품의 설계ㆍ제작 및 시험 등 사업화 전까지의 모든 과정’을 의미하고, 연구개발이 과학기술활동에 해당하기 위해서는 해당 연구개발이 과학적 또는 기술적 불확실성을 체계적으로 해소하기 위한 활동이어야 하며, 결과의 불확실성은 연구개발활동 자체에 내재된 속성이므로, 위탁연구개발이 연구개발로 인정될 수 있기 위해서는 위탁자뿐만 아니라 연구개발활동을 실제로 수행하는 수탁자의 입장에서도 결과의 불확실성이 있어야 한다. ‘과학기술활동’에 해당하는지 여부는 해당 연구개발 활동의 목표와 결과 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다(대법원 2024. 12. 24. 선고 2021두56510 판결 참조).

위와 같은 법리를 바탕으로 제1심 및 당심에서 제출된 증거들을 원고 주장과 함께 다시 살펴보더라도, 원고의 이 사건 차세대 전산시스템 위탁개발은 구 조특법 제9조 제5항에서 정한 ‘과학기술활동’에 해당하지 않으므로, 그와 같은 위탁개발을 위하여 지출된 비용은 쟁점 세액공제의 대상이 아니라는 이유로, 위 위탁개발을 위한 비용이 쟁점 세액공제 대상임을 전제로 하여 법인세 환급을 구하는 원고의 경정청구를 거부한 이 사건 처분에 위법이 있다고 인정할 수 없다는 취지의 제1심의 사실인정과 판단은 정당하다. 이는 원고가 항소심에서 강조한 이 사건 차세대 전산시스템의 개발 경위와 과정 및 그 시스템의 내용, 위 전산시스템이 일본으로 수출되었다는 사정 등을 고려하더라도 마찬가지이다.

따라서 이 법원의 판결 이유 중 결론을 제외한 부분은 제1심판결 이유의 해당 부분과 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 의하여 약어를 포함하여 이를 인용한다.

2. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.