건축물 등의 설치가액을 임대차계약기간의 월수로 나누어 과세대상기간 합계액의 과세표준에 포함한 과세처분은 위법함

임대기간이 종료됨에 따라 건축물 등의 소유권이 무상귀속이 이루어진다 하더라도 건축물 등의 공사비용을 선수임대료로 보아 토지의 과세표준을 안분계산하여 임대차계약기간의 월수로 나눈 산정방법은 정당하지 않음

사 건

2024구합51961 부가가치세부과처분취소

원 고

AAAAAA공사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 22.

판 결 선 고

2025. 7. 10.

주 문

1. 피고가 2022. 7. 15. 원고에 대하여 한 2017년 제1기분 부가가치세 948,330,970원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 토지의 취득․개발․비축․공급, 도시의 개발․정비, 주택의 건설․공급․관리 업무를 수행함으로써 국민주거생활의 향상과 국토의 효율적인 이용을 도모하여 국민경제의 발전에 이바지할 목적으로 AAAAAA공사법에 의하여 설립된 공기업으로, 위 법에 따라 AAAA공사의 재산과 채권·채무, 그 밖의 권리·의무를 포괄적으로 승계하였다(이하에서는 위 AAAA공사와 원고를 구분하지 않고 ‘원고’로 칭한다).

나. 원고는 2007. 2. 28. BBBBBBBB사업단과 ○○ ○○지구 외국인투자유치 프로젝트 중 테마파크형 골프장 사업(이하 ‘이 사건 골프장 사업’이라 합니다)의 시행을 위한 사업협약을 체결하고(이하 ‘이 사건 사업협약’이라 하고, 그 문서를 ‘이 사건 사업협약서’라 한다), 2007. 6. 29. 이 사건 사업협약에 따라 설립된 주식회사 BBBBBB개발(이하 ‘BBBBBB’라 한다)에게 이 사건 골프장 사업의 시행을 위하여 ○○ ○○ ○○동 투자3, 4 블록(변경전 블록명: BL-1, BL-2) 1,390,012㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)를 임대기간 2007. 6. 29.부터 2027. 6. 29.까지 20년(1차에 한하여 10년 연장 가능), 임대료 연간 7,034,000,000원(매년 물가변동률 2% 반영, 매년 1. 20.까지 납부)으로 임대하기로 하는 계약을 체결하였다(이하 ‘이 사건 임대차계약’이라 하고, 그 문서를 ‘이 사건 임대차계약서’라 한다). 이 사건 사업협약 및 임대차계약에 의하면, BBBBBB가 이 사건 토지에 설치한 골프장, 부대시설 기타 시설물(이하 그중 골프코스 및 그 부속물을 ‘이 사건 골프코스’라 하고, 건축물 그 밖의 구축물을 ‘이 사건 건축물 등’이라 하며, 합하여 ‘이 사건 골프장 등 시설물’이라 한다)의 소유권은 임대기간이 종료됨과 동시에 원고에게 무상으로 귀속되고, 다만 원고가 귀속을 원하지 않는 시설물에 대해서는 임대기간 종료 전 3개월까지 원고가 BBBBBB에게 철거를 요구할 수 있으며 이 경우 BBBBBB의 부담으로 그 시설물을 철거하도록 되어 있다.

다. BBBBBB는 이 사건 사업협약 및 이 사건 임대차계약에 따라 이 사건 골프장 사업을 진행하여 2011. 11. 18. 골프장을 준공한 후 2012. 5. 27. 골프장(CCCCCC ○○ 골프장, 이하 ‘이 사건 골프장’이라 한다)을 개장하였다.

라. 원고는 이 사건 임대차계약에 따라 BBBBBB로부터 매년 1월 수취한 임대료를 토지임대용역에 대한 대가인 임대수입금으로 보고 그에 대하여 세금계산서를 발행하고 부가가치세를 신고․납부하였다.

마. ○○지방국세청장은 2022. 6. 2.부터 2022. 10. 29.까지 원고에 대한 2017-2019 사업연도에 대한 통합세무조사를 실시하면서, 원고가 BBBBBB로부터 매년 초에 지급받은 임대료뿐만 아니라 임대기간 종료 시 원고에게 무상으로 이전되는 건축물 등 설치가액 및 골프장 조성을 위해 지출한 공사비용이 토지임대용역에 대한 대가인 임대수입에 해당한다고 보아, 위 조사기간 중인 2022. 7. 19. 이 사건 골프코스 조성비용 128,986,142,208원을 골프장 개장일인 2012. 5. 27.부터 임대종료일인 2027. 6. 29.까지의 181개월에 안분하고, 이 사건 건축물 등 설치가액 합계 37,669,983,343원1)을 골프장 준공일인 2011. 11. 22.부터 위 임대종료일까지의 187개월에 안분하여 2017년 제1기분 부가가치세 975,370,360원(가산세 포함)을 경정·고지하였는데, 2022. 10. 26. 그중 27,039,390원이 직권 감액되어 경정·고지된 세액은 948,330,970원(가산세 포함)이 되었다(이하 위와 같이 직권 감액된 위 경정·고지 처분을 ‘이 사건 처분’이라 한다).

바. 원고는 2022. 10. 11. 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2023. 12. 27. 원고의 위 청구를 기각하는 재결을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 11호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

1) 이 사건 골프장 사업은 공모 당시부터 골프장 및 부대시설을 건설․운영하는 골프장 운영사업과 골프장 내에 단독주택을 건설․분양하는 주택분양사업을 하나의 사업으로 기획하였다. 원고는 BBBBBB에게 골프장 내 단독주택용지를 원형지 가격으로 저가 공급하여 BBBBBB로 하여금 3,300억 원 상당의 단독주택 분양수입을 얻도록 하고 그 가운데 약 1,880억 원 상당을 골프장 조성 공사 등 이 사건 골프장 등 시설물 설치공사에 투입하게 함으로써 이 사건 골프장 등 시설물 설치비용을 원고가 실질적으로 부담하였고, 그에 따라 임대차목적물이 조성된 골프장임을 전제로 차임을 정하였다. 이와 같은 사정을 고려하면 원고가 실질적으로 이 사건 골프장 등 시설물 설치비용을 부담하였다고 할 것인데 그럼에도 불구하고 임대차기간 종료 후 원고가 이 사건 골프장 등 시설물을 넘겨받는다고 하여 이를 차임으로 보고 부가가치세를 부과할 수는 없으므로, 이에 반하는 이 사건 처분은 위법하다(이하 ‘① 주장’이라 한다).

2) 설령 이 사건 골프장 등 시설물 설치비용을 이 사건 토지 임대 용역에 대한 공급대가로 보더라도, 이 사건 골프장 등 시설물 등 중 이 사건 건축물 등의 경우, 원고는 임대기간 종료 후 그 소유권을 이전받게 되므로 이는 후불 임대료에 해당한다. 따라서 이 사건 건축물 등의 경우 임대기간 종료 시의 시가를 부가가치세 부과 시점을 기준으로 현가한 가액을 기초로 산정하여야 한다. 그럼에도 피고는 이를 선불임대료로 보고 이 사건 건축물 등의 설치가액을 기준으로 이 사건 처분을 하였으므로 이 사건 처분은 임대료 산정방법이 잘못된 것으로 위법하다(이하 ‘② 주장’이라 한다).

3. 판단

가. 관계 법령

별지 기재와 같다.

나. 인정 사실

가) 이 사건 골프장 사업을 포함한 ‘ ○○ ○○ 지구 외국인투자유치 프로젝트 사업자 공모지침서(이하 ’이 사건 공모지침서‘라 한다)’는 이 사건 골프장 사업 등과 관련하여 다음과 같이 규정하고 있다.

나) 사업자 공모과정에서 BBBBBBBB사업단이 제출한 ‘사업성분석 및 관리운영계획’에는 총 투자비 산정결과 및 총투자비 자금조달계획에 대해 아래와 같이 기재되어 있다. 투자비 투입 계획의 구체적 내용은 총 투자비 중 자기자본은 출자자들의 내부유보자금 등을, 타인자본은 원화차입․외화차입․외화채권 발행 등을 통해 각 조달하고, 단독주택 분양을 통해 분양수입이 발생하는 시기의 투자비는 분양수입 중 일부(총 분양수입 약 3,300억 원 중 약 1,880억 원)로 조달한다는 것이다.

다) 이 사건 사업협약서는 사업대상지 내 공사와 관련하여 아래와 같이 규정하고 있다(이 사건 사업협약서에서 ‘갑’은 BBBBBBBB사업단, ‘을’은 원고, ‘병’은 BBBBBBBB사업단이 협약에 따라 설립하는 외국인투자기업, 즉 BBBBBB를 말한다. BBBBBB가 BBBBBBBB사업단의 지위를 승계한 것으로 보이므로, 이하 BBBBBB와 BBBBBBBB사업단을 구분하지 않고 ‘BBBBBB’라 한다).

라) 이 사건 임대차계약서는 부가가치세, 조성공사비 등 부담에 관하여 아래와 같이 규정하고 있고, 원고와 BBBBBB 사이에 이 사건 임대차계약 체결일과 같은 날(2007. 6. 29.) ○○ ○○ ○○ 동 투자3, 4 블록(변경전 블록명: BL-1, BL-2) 132,232㎡(이 사건 골프장에 의해 둘러싸여 있는 것으로 보인다2). 이하 ‘이 사건 단독주택 용지’ 라 한다)에 관하여 체결된 용지매매계약서는 조성공사비 등 부담에 관하여 아래와 같이 규정하고 있다(위 각 계약서에서 ‘갑’은 BBBBBB, ‘을’은 원고를 말한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 앞서 거시한 증거, 갑 제8호증의 기재, 변론 전체의 취지

다. ① 주장에 관한 판단

원고는 BBBBBB에게 골프장 내 단독주택용지를 원형지 가격으로 저가 공급하여 BBBBBB로 하여금 3,300억 원 상당의 단독주택 분양수입을 얻도록 하고 그 가운데 약 1,880억 원 상당을 골프장 조성 공사 등 이 사건 골프장 등 시설물 설치공사에 투입하게 함으로써 이 사건 골프장 등 시설물 설치비용을 원고가 실질적으로 부담하였다고 주장하나, 앞서 인정한 사실 및 앞서 거시한 증거에 의해 인정되는 다음과 같은 사실 또는 사정에 비추어 보면, 원고가 이 사건 골프장 등 시설물 설치비용을 부담하였다고 볼 수 없으므로, 이를 전제로 한 원고의 주장은 나아가 살펴볼 필요 없이 이유 없다.

1) 이 사건 단독주택용지의 공급가격은 이 사건 용지매매계약 체결시 감정평가를 거쳐 산정된 금액이므로(이 사건 공모지침서 제9조 제3항), 원고가 이를 저가에 공급하였다고 볼 수 없다.

2) 이 사건 사업협약서 등의 내용에 의하면 처음부터 사업으로 인한 수익 및 위험은 모두 사업자가 부담하는 것이고, 이 사건 골프장 사업 중 단독주택 분양으로 인해 발생하는 분양수익을 BBBBBB가 가져가는 것은 당사자 사이의 계약에 따른 것이므로, 원고가 주장하는 사정만으로는 시설물 설치비용을 원고가 부담했다고 볼 수 없다. 더욱이 BBBBBB는 이 사건 단독주택용지를 이용하여 시행한 단독주택 분양사업으로 오히려 상당한 손실을 본 것으로 보인다(을 제1증의3 16 내지 18면).

3) 이 사건 공모지침서에는 이 사건 단독주택용지에 단독주택을 건설·분양한 수익으로 이 사건 골프장 등 시설물의 설치비용을 조달하여야 한다거나 그렇게 할 수 있다는 내용이 전혀 나타나 있지 않다.

4) 앞서 본 바와 같이 이 사건 사업협약서, 이 사건 공모지침서에는 주택 및 골프장 공사와 관련된 투자비를 BBBBBB가 조달한다고 되어 있을 뿐 원고가 시설물 설치비용을 부담한다는 내용은 없고, 단독주택 분양수입을 시설물 설치비용에 투자하겠다는 내용은 BBBBBB에서 제출한 재원조달계획의 내용일 뿐이다. 따라서 이 사건 골프장 등 시설물 설치비용은 원고가 아니라 BBBBBB에서 부담하였다고 보아야 한다.

5) 원고는, 이 사건 처분에 의할 경우 이 사건 토지의 임대료가 3,400억 원[실제 지급받은 임대료 합계 약 1,700억 원 + 골프장 코스 조성비용 약 1,289억 원(선수임대료) + 건축물 설치가액 약 372억 원(후불임대료)]인데 이는 이 사건 토지 임대료에 대한 감정평가액의 2배가 넘고, BBBBBB의 전체 매출액보다 많거나 유사한 수준이어서 부당하다는 취지로 주장한다. 그러나 이 사건 처분은 부가가치세법 제29조 , 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제7호 의 규정에 따라 계산한 공급가액에 근거하여 이루어진 것이고 실제 적정 임대료가 얼마인지를 기준으로 처분이 이루어진 것은 아니므로, 원고 주장처럼 위와 같이 산정한 임대료가 다소 많다고 하더라도 시설물 설치비용을 원고가 실질적으로 부담한 것으로 볼 수는 없다(다만, 위 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제7호 규정을 적용하는 것이 적법한지 여부는 아래에서 본다).

라. ② 주장에 대한 판단

1) 간주임대료의 지급시기

BBBBBB가 이 사건 골프코스 조성비용을 지출함으로 인하여 원고 토지의 가치가 증가하였으므로 그 조성비 상당은 원고의 토지 임대에 대한 대가로 볼 수 있으며, 원고 토지의 가치 증가는 골프장 공사 완료 시에 이미 이루어졌으므로 원고는 그 무렵 골프장 조성비 상당의 임대료를 미리 받은 것으로 보아야 한다(대법원 2022. 1. 27. 선고 2017두51983 판결 참조). 그러나 원고가 이 사건 임대차계약 기간 만료 후 BBBBBB로부터 이 사건 골프장 등 시설물 중 이 사건 건축물 등의 소유권을 무상으로 이전받는 것은 실질적으로 이 사건 토지에 대한 임대료의 일부를 후불로 지급받는 것에 해당한다(위 대법원 판결 참조).

2) 이 사건 건축물 등의 귀속으로 인한 간주임대료의 계산방식

부가가치세법 제29조 제1항 은 ‘재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 해당 과세기간에 공급한 재화 또는 용역의 공급가액을 합한 금액으로 한다’ 고 규정하고, 제3항은 제1항의 공급가액은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다.’고 규정하면서, 제1호에서 ‘금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가’를, 제2호에서 ‘금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가’를 각 규정하고 제10항 제3호는 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우의 공급가액은 대통령령으로 정하는 바에 따른 계산한 금액으로 한다고 규정하며, 부가가치세법 시행령 제29조 제5항 은 ‘법 제29조 제10항 제3호에 따라 사업자가 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 부동산 임대용역을 공급하고 그 대가를 선불이나 후불로 받는 경우에는 해당 금액을 계약기간의 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 공급가액으로 한다’고 규정하고 있다. 따라서 2017년 제1기의 부가가치세 과세표준을 산정함에는 부가가치세법 제29조 제1항 , 제3항 제2호에 의하여 당해 과세기간에 원고가 실제로 공급한 토지 임대용역 중 이 사건 건축물 등과 대가관계 있는 부분의 시가를 합산하여야 하고(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조), 이 경우 금전 외의 대가인 후불 임대료로서 합산하여 하는 공급가액은 이 사건 임대차기간 종료 시의 이 사건 건축물 등의 시가를 기초로 과세시점의 추정가격을 산정하여 이를 이 사건 임대차 계약기간 개월 수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액이 된다(대법원 2022. 1. 27. 선고 2017두51983 판결 참조).

3) 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제7호 등의 적용여부

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 엄격하게 하여야 하고 확장해석이나 유추해석은 허용되지 아니한다(대법원 2004. 3. 12. 선고 2002두5955 판결, 대법원 2006. 5. 25. 선고 2005다19163 판결, 대법원 2025. 3. 27. 선고 2024두62738 판결 등 참조).

피고는 이 사건 건축물 등이 사회기반시설에 대한 민간투자법(이하 ‘민간투자법’ 이라 한다) 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 해당함을 전제로 부가가치세법 제29조 제3항 제6호 , 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제7호 , 제29조 제2항 제4호에 따라 이 사건 건축물 등의 ‘설치가액’을 이 사건 골프장 준공일부터 임대종료일까지의 개월 수에 안분하는 방식으로 부가가치세액을 계산할 수 있다고 주장한다.

위 법리에 기초하여 살피건대, ① 이 사건 공무지침서나 이 사건 협약서 등 어느 문서에도 이 사건 골프장사업에 민간투자법 제4조 제3호 의 방식을 포함하여 위 법의 전부 또는 일부를 ‘준용’한다는 문구를 찾아 볼 수 없고, 달리 BBBBBB나 원고가 이 사건 건축물 등을 설치하기 위하여 민간투자법 제4조 제3호 의 방식을 ‘준용하였음’ 을 인정할 증거가 없는 점, ② 이 사건 협약서나 이 사건 임대차계약서 등에 위 법의 내용을 실질적으로 반영한 조항이나 내용이 없고, 이 사건 골프장 사업에 다른 법률에 따른 인가·허가 등의 의제 등 위 법이 정한 특례가 적용되었음을 확인할 수 있는 자료도 전혀 제출되지 않은 점, ③ 원고는 민간투자법 제4조 제3항 이 규정한 국가 또는 지방자치단체가 아니고, 이 사건 건축물 등을 사회기반시설로 보기도 어려운 점, ④ 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제7호 가 규율하는 용역은 ‘해당 시설의 사용’인데 반하여 이 사건 임대차계약에 따라 원고가 BBBBBB에 제공하는 용역은 ‘이 사건 토지의 사용’이어서 위 시행령 규정이 직접 적용될 수도 없는 점 등에 비추어 보면, 원고가 제출한 제출하거나 인용한 증거 또는 자료만으로는 이 사건 건축물 등이 민간투자법 제4조 제3호 의 방식을 준용하여 설치된 시설임을 인정하기 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 피고의 위 주장은 이유 없다.

4) 소결

피고는 부가가치세법 시행령 제61조 제2항 제7호 , 제29조 제2항 제4호에 따라 이 사건 건축물 등의 ‘설치가액’을 임대차계약기간의 월수로 나눈 금액의 과세대상기간 합계액을 과세표준에 포함하여 부가가치세 부과처분을 하였다. 그러나 앞서 본 것처럼 이 사건 건축물 등은 민간투자법 제4조 제3호 를 준용하여 설치한 시설이라고 볼 수 없으므로, 위 시행령 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

마. 취소의 범위

객관적인 과세표준과 세액을 뒷받침하는 주장과 자료에 의하여 적법하게 부과될 정당한 세액이 산출되는 때에는 그 정당산 세액을 초과하는 부분만을 취소하여야 하나, 제출된 모든 자료에 의하여도 정당한 세액 등이 산출되지 않는 경우라면, 법원은 과세관청이 아니므로 부득이 과세처분 전부를 취소할 수밖에 없고, 그 경우 법원이 직권에 의하여 적극적으로 합리적이고 타당성 있는 산정방법을 찾아내어 정당한 부과세액을 계산할 의무까지 지는 것은 아니다(대법원 1995. 4. 28. 선고 94누13527 판결 참조). 이 사건의 경우 변론종결 당시까지 제출된 모든 자료에 의하더라도, 원고가 실제로 공급한 토지 임대용역 중 이 사건 건축물 등과 대가관계 있는 부분의 과세기준일 기준 시가(추정가격)가 얼마인지 알 수 없어 이를 전제로 하여서는 정당한 부가가치세의 세액을 새로 산정하는 것이 불가능하므로, 이 사건 처분 전부를 취소하기로 한다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로, 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.