이 사건 임대주택의 양수인이 원고의 주택임대사업자 지위를 포괄승계하여 임대사업을 계속하여 이 사건 임대주택의 임대기간요건을 충족하였다는 사유는 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호에서 '임대기간요건 산정특례'로 규정하고 있는 경우에 해당하지 아니함

구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호가 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다고 정한 사유 외에는 임대기간요건의 예외를 인정하여 이 사건 특례조항을 적용할 수 없다고 봄이 타당

사 건

2025구단53105 양도소득세 부과처분 등 취소청구

원 고

이OO

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 10.

판 결 선 고

2025. 10. 15.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 6. 5. 원고에게 한 2021년 귀속 양도소득세 123,216,440원(가산세 25,489,214원 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 11. 11. 서울 AA구 BB동 849-24 외 1필지 CCCCC아파트 401호의 1/2 지분(이하 ‘이 사건 거주주택’이라 한다)을 취득하였고, 2018. 3. 6. 서울 DD구 EE동 353 FFFFF 203동 1101호의 1/2 지분(이하 ‘이 사건 임대주택’이라 한다)을 취득하였다.

나. 원고는 2018. 3. 16. 민간임대주택에 관한 특별법(이하 ‘민간임대주택법’이라 한다)에 따라 이 사건 임대주택을 단기(4년)민간임대주택으로 등록하고, 그 무렵 임대사업자로 등록하였다.

다. 원고는 2021. 5. 6. ZZZ에게 이 사건 거주주택을 535,000,000원에 양도하고(이하 ‘이 사건 양도’라 한다), 2021. 7. 8. 구 소득세법 시행령(2022. 2. 15. 대통령령 제32420호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제155조 제20항, 제21항에 따른 1세대 1주택 비과세 특례 등을 적용하여 2021년 귀속 양도소득세 2,036,410원을 신고ㆍ납부하였다.

라. 원고는 2021. 5. 11. YYY와 원고가 YYY에게 이 사건 임대주택을 매도하는 매매계약을 체결하면서 YYY가 원고의 주택임대사업자 지위를 포괄승계하기로 약정하였고, 이에 따라 2021. 5. 25. YYY에게 이 사건 임대주택을 양도하였다.

마. 피고는 원고가 이 사건 거주주택을 양도한 후 이 사건 임대주택의 임대기간요건을 충족하지 못하였다고 보아 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제1호 에 따라 2024. 6. 5. 원고에게 2021년 귀속 양도소득세 123,216,440원(가산세 25,489,214원 포함)을 경정ㆍ고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제2, 3, 5 내지 8호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 원고로부터 이 사건 임대주택을 양수한 YYY가 원고의 주택임대사업자 지위를 포괄승계한 다음 임대사업을 계속하여 이 사건 임대주택의 임대기간요건을 충족한 이상, 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 에서 규정하는 ‘임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때’에 해당하지 않으므로, 이 사건 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되어야 한다(이하 ‘제1 주장’이라 한다).

2) 설령 이 사건 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 특례가 적용되지 않는다고 하더라도, 이 사건 양도에 대하여 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제1호 에 따라 양도소득세를 신고하지 않은 것은 구청 및 렌트홈 담당 공무원의 이 사건 임대주택을 양도하여도 문제가 없다는 취지의 공적인 견해표명을 신뢰하였기 때문이어서 원고가 그 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 존재한다(이하 ‘제2 주장’이라 한다).

나. 원고의 제1 주장에 대한 판단

1) 관련 규정

구 소득세법 시행령 제155조 제20항 은 “제167조의3 제1항 제2호에 따른 주택(이하 ’장기임대주택‘이라 한다)과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 1세대가 각각 제1호와 제2호 또는 제1호와 제3호의 요건을 충족하고 해당 1주택(이하 ’거주주택‘이라 한다)을 양도하는 경우에는 국내에 1개의 주택을 소유하고 있는 것으로 보아 제154조 제1항을 적용한다”고 규정하고, 제1호에서 ’거주주택‘에 관하여 ‘보유기간 중 거주기간이 2년 이상일 것’, 제2호에서 ‘장기임대주택’에 관하여 ‘양도일 현재 법 제168조에 따른 사업자등록을 하고, 장기임대주택을 민간임대주택법 제5조 에 따라 민간임대주택으로 등록하여 임대하고 있으며, 임대보증금 또는 임대료의 증가율이 100분의 5를 초과하지 않을 것’을 요건으로 규정하고 있다. 또한 같은 조 제21항은 “1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우에도 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용한다”고 규정하고, 제22항은 “1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부해야 한다”고 규정하는 한편 “이 경우 제2호의 임대기간요건 및 운영기간요건 산정특례에 해당하는 경우에는 해당 규정에 따른다”고 규정하고 있다.

즉, 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 은 임대주택사업자의 거주용 주택 양도에 대하여 일정 요건 하에 1세대 1주택 비과세 특례를 적용하고, 제21항은 1세대가 장기임대주택의 임대기간요건을 충족하기 전에 거주주택을 양도하는 경우라도 일단 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보아 제20항을 적용해 1세대 1주택으로 보아 비과세를 하도록 하는 한편, 1세대가 제21항을 적용받은 후에 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 때에는 제22항에 따라 그 사유가 발생한 날이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 제1호(각주1:‘거주주택 양도 당시 해당 임대주택을 장기임대주택으로 보지 아니할 경우에 납부하였을 세액’ - ‘거주주택 양도 당시 제20항을 적용받아 납부한 세액’)의 계산식에 따라 계산한 금액을 양도소득세로 신고ㆍ납부하도록 하면서, 다만 그러한 경우에도 기획재정부령으로 정하는 부득이한 사유로 해당 임대기간요건을 충족하지 못하게 되는 경우 등을 비롯하여 제2호에서 정하는 ‘임대기간요건 산정특례’에 해

당하는 경우에는 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 보도록 하고 있다.

2) 판단

가) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조).

나) 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 시행령 제155조 제20항 과 제21항(이하 ‘이 사건 특례조항’이라 한다)은 임대주택의 공급을 활성화함으로써 서민들의 주거안정을 지원하기 위하여 임대주택사업자의 거주용 주택 양도에 대하여 일정 요건 하에 1세대1주택 비과세 조항을 적용함으로써 세제상의 혜택을 부여하고 있다. 그리고 구 소득세법 시행령 제22항 은 이 사건 특례조항에 따라 세제상의 혜택을 받고도 임대기간요건을 충족하지 못하게 된 경우 이 사건 특례조항의 적용을 배제하도록 하는 한편 다만 그 예외로서 제2호에서 정하는 ‘임대기간요건 산정특례’에 해당하는 경우에는 임대기간요건을 충족한 것으로 보아 다시 1세대 1주택 비과세의 혜택을 부여하고 있다.

위와 같이 이 사건 특례조항과 마찬가지로 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 는 1세대 1주택 비과세 특례라는 조세감면의 특혜를 규정한 조항이므로 엄격하게 해석하여야 하는 점, 위 조항에서 ‘임대기간요건 산정특례’ 사유를 상세히 규정함으로써 여기에 해당하지 않는 한 모두 특례조항을 적용하지 않으려는 것이 입법자의 의도라고 볼 수 있는 점 등에 비추어 보면, 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 가 해당 임대주택을 계속 임대하는 것으로 본다고 정한 사유 외에는 임대기간요건의 예외를 인정하여 이 사건 특례조항을 적용할 수 없다고 봄이 타당하다.

그런데 원고가 주장하는 ‘이 사건 임대주택의 양수인이 원고의 주택임대사업자 지위를 포괄승계하여 임대사업을 계속하여 이 사건 임대주택의 임대기간요건을 충족하였다’는 사유는 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 에서 ‘임대기간요건 산정특례’로 규정하고 있는 경우에 해당되지 않는다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 제1주장은 받아들일 수 없다.

다) 원고는 이 사건 특례조항의 임대주택 공급 활성화 취지, 구 민간임대주택에 관한 특별법(2021. 9. 14. 법률 제18452호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 민간임대주택법’이라 한다) 제43조 제2항이 임대사업자가 임대의무기간 동안에도 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 허용하고 있는 점, 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제2호 (라)목 1)에서 구 민간임대주택법 제6조 제1항 제11호 에 따라 임대사업자의 임대의무기간 내 등록 말소 신청으로 등록이 말소된 경우를 ‘임대기간요건 산정특례’ 중의 하나로 규정하고 있는 점 등을 고려하면, ‘이 사건 특례조항과 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 을 적용함에 있어 임대기간요건의 충족 여부는 해당 임대주택을 기준으로 판단하여야 한다’는 취지로도 주장한다.

그러나 ① 이 사건 특례조항 등은 장기임대주택과 그 밖의 1주택을 국내에 소유하고 있는 ‘1세대’가 각각의 요건을 충족하고 거주주택을 양도한 경우에 적용된다는 점은 그 문언상 분명한 점, ② 구 민간임대주택법 제43조 제2항 에서 임대사업자가 임대의무기간 동안에도 민간임대주택을 다른 임대사업자에게 양도할 수 있도록 허용하고 있다고 하여 원고의 주장과 같이 이 사건 특례조항 등을 해석하는 것이 논리 필연적으로 연결된다고 볼 수도 없는 점, ③ 원고가 주장하는 사정만으로 조세감면의 특혜를 규정한 조항인 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 의 임대기간요건 산정특례를 확대하는 것은 오히려 조세의 형평에 반할 우려가 있는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장도 받아들일 수 없다(원고는 이 사건 처분이 비례의 원칙을 위반한 재량권 일탈ㆍ남용으로 위법하다는 취지로도 주장하나, 양도차익에 대한 과세뿐만 아니라 비과세는 모두 기속행위이어서 원고가 주장하는 사정을 참작하여 과세 여부를 결정할 재량권이 피고에게 인정되는 것이 아니므로, 이와 다른 전제의 원고의 위 주장은 이유 없다).

다. 원고의 제2 주장에 대한 판단

1) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 법이 정하는 바에 따라 부과하는 행정상 제재로서 납세자의 고의ㆍ과실은 고려되지 아니하고 법령의 부지ㆍ착오 등은 그 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니한다(대법원 2004. 6. 24. 선고 2002두10780 판결 참조).

2) 앞서 본 것처럼 이 사건 양도에 대하여 1세대 1주택 비과세 혜택이 적용될 수 없고, 원고가 구 소득세법 시행령 제155조 제22항 제1호 에 따라 양도소득세를 신고ㆍ납부하지 않은 것은 조세법령의 부지 또는 착오에서 비롯되었다고 보아야 하므로(원고가 구청 및 렌트홈 담당 공무원으로부터 이 사건 임대주택을 양도하여도 세제상 문제가 없다는 취지의 답변을 받았다고 인정할 아무런 자료도 없다), 원고에 대하여 가산세를 부과한 것이 위법하다고 보기 어렵다. 따라서 원고의 제2 주장 역시 받아들일 수 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.