조특법 제97조의9(현행법 제97조의10)에서 '공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자'의 의미는 '공공주택사업자와 매매이행약정을 체결한 자'임

조특법 제97조의9(현행법 제97조의10)에서 '공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자'의 의미는 '공공주택사업자와 매매이행약정을 체결한 자'로 보아야 하고, 공공주택사업자로부터 매입심의위원회의 매입가결 통보를 받은 자는 '약정을 체결한 자'라고 볼 수 없음

사 건

2024구단68531 양도소득세경정거부처분취소

원 고

1. A 2. B

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 10. 15.

판 결 선 고

2025. 11. 26.

주 문

1. 원고들의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 0. 0. 0. 원고들에게 한 각 0000년 귀속 양도소득세 경정 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고들의 토지 양도 등

1) 원고들은 0000. 00. 00. 증여를 원인으로 서울 000 000 000(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)에 관하여 각 2분의 1 지분으로 하여 소유권이전등기를 마치고, 0000. 00. 00. 이 사건 토지 지상에 건물을 신축하여 임대사업을 하였다.

2) 원고들은 0000. 00. 00. ㈜0000(이하 ‘C’라고 한다)와 사이에 C에 이 사건 토지 및 지상 건물을 00억 원에 매도하기로 매매계약을 체결하고, 0000. 00. 00. C에 이 사건 토지 및 지상 건물에 관하여 소유권이전등기를 마쳐주었다.

3) 원고들은 0000. 00. 00. 00년 귀속 양도소득세 0원으로 각 신고하였고, 0000. 00. 00. 토지 취득가액을 감액하여 00년 귀속 양도소득세 0원으로 각 수정신고 납부하였다.

4) C는 0000. 00. 00. S와 사이에 C가 이 사건 토지 지상에 건설 예정인 주택을 S에 매도하기로 약정하는 매매이행약정을 체결하였다.

나. 이 사건 처분

1) 원고들은 0000. 00. 00. 피고에게, 이 사건 토지가 구 조세특례제한법(2024. 12. 31. 법률 제20671호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제97조의9 제1항(이하 ‘이 사건 규정’이라 한다)에 따른 공공매입임대주택 건설을 목적으로 양도한 토지에 해당하여 양도소득세 감면대상이므로 기 납부 양도소득세 0원을 환급해야 한다는 취지로 각 경정청구를 하였다.

2) 피고는 0000. 00. 00. 원고들에게, ‘청구인이 양도한 토지의 양도일(0000. 00. 00.)까지 매수인 C와 공공주택사업자 간 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 한 약정이 체결되지 아니하여 과세특례 요건을 미충족’하였다는 이유로 각 경정청구를 거부하였다(이하 원고들에게 대한 각 처분을 합하여 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

3) 원고들은 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였고, 0000. 00. 00. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 갑 제1 내지 5호증, 을 제1, 2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 위법 여부

가. 당사자 주장의 요지

1) 원고 : 공공매입임대주택을 건설하여 양도하는 절차상 토지소유권확보 후 매매이행약정이 체결된다. 매매이행약정체결일(0000. 00. 00.)을 기준으로 이 사건 규정을 적용하면, 이 사건 규정에 따라 감면을 받을 수 있는 토지 소유주는 없다. 이 사건 조항에서 ‘공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결’한 것은, 공공주택사업자가 매도신청주택을 매입하기로 결정을 하였다는 의미여서 매입을 결정한 매입심의일이나 매입심의결과 통보일(0000. 00. 00.) 기준으로 세액감면을 적용해야 한다.

2) 피고 : 매입심의결과 통보만으로 주택건설사업자에게 권리가 발생하지 않는다. 이 사건 조항의 문언에 따라 매매이행약정일(2021. 5. 6.)을 기준으로 이 사건 규정을 적용해야 한다.

나. 관련 법령

별지.관례 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 원고들은 0000. 00. 00. C과 사이에, 이 사건 토지 및 지상 건물에 관하여 매매계약을 체결하였고, 특약 사항으로 ‘매수인은 본 부동산의 건물을 멸실 후 신축하기 위하여 매수하는 목적임을 쌍방은 인지하고 계약을 체결한다’라고 정하였다.

2) 이 사건 규정은 ‘공공임대주택의 공급을 확대하기 위하여 공공매입임대주택을 건설할 자에게 주택의 건설을 위한 토지를 양도한 거주자에 대한 양도소득세를 감면’하기 위하여 2021. 3. 16. 법률 제17926호로 신설되었다.

3) 공공주택사업자인 S는, 0000. 00. 00. 매도신청 기간을 ‘0000. 00. 00.부터 0000. 00. 00.까지’로 정하여 건축예정주택을 임대목적으로 매입한다는 취지로 0000년도 제0차 매입임대주택 매입공고를 하였다. 매입공고상 건축예정주택의 매입 절차는 다음과 같다.

4) C는 0000. 00. 00. S에 이 사건 토지에 신혼부부용 도시형 생활주택을 선축 예정이라는 취지로 주택매도신청을 하였다. S는 0000. 00. 00. C에게, 0000년 제0차 매입심의위원회 심의결과 ‘죄측면 중간 띠 패턴 삭제 검토’를 내용으로 ‘조건부가결’이 되었고, 매입주택부와 조건부 협의 완료 후 감정평가신청이 가능하다고 통보하였다. 매입심의위원회의 매입가결 통지 효력기간은 통지일로부터 1년이며 효력기간 내 매매이행약정을 체결하지 못하는 경우 1년이 속하는 날의 익일부터 매입가결 통지 효력이 자동 상실된다.

5) C는 0000. 00. 00. 조건부 가격 내용을 반영하여 설계 도면을 변경하고, 이 사건 토지에 대한 소유권이전등기를 마친 후 0000. 00. 00. S에 1차 감정평가 시행을 신청하였다. C는 0000. 00. 00. S와 사이에, 이 사건 토지 지상에 건설 예정인 주택에 관하여 ‘매매이행약정’을 하였다. 매매이행약정은 건설예정인 건물을 매입하는 신축예정주택 사업의 특성에 따라 매매계약체결 전 S가 주택건설사업자(C)와 체결하는 것으로 매매이행약정금, 주택설계기준, 약정해제기준 등을 포함하고 있다.

6) S는 매매애행약정을 체결 완료하기 전까지 주택건설사업자에게 매입약정체결을 확인하는 서류를 발급해주지 않는다.

7) C는 이 사건 토지 지상 건물을 철거하고, 이 사건 토지 지상에 지하 1층, 지상 6층 규모의 도시형 생활주택(집합건물)을 신축하여 0000. 00. 00. 소유권보존등기를 마쳤다. C는 0000. 00. 00. S와 사이에, 위 공사에 위 생활주택을 매도하기로 매매계약을 체결하고, 0000. 00. 00. 위 공사에 위 집합건물에 관하여 소유권이전등기를 마쳐주었다.

[인정근거] 갑 제4호증 내지 11호증의 각 기재, S에 대한 각 사실조회 회신(일부), 변론 전체의 취지

라. 판단.

1) ‘공공매입임대주택’은 공공주택사업자가 직접 건설하지 아니하고 매매 등으로 취득하여 공급하는 공공임대주택이다. 이 사건 조항(구 조특법 제97조의9 제1항)은 거주자가 공공매입임대주택을 건설할 자에게 2024. 12. 31.까지 주택건설을 위한 토지를 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여 10%의 세액을 감면하되, ‘공공매입임대주택을 건설할 자’를 ‘공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자’로 한정하고 있다. 한편 구 조특법 제97조의9 제3항은 주택건설사업자가 토지를 양도받은 날부터 3년 이내에 해당 토지에 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 양도하지 아니하는 경우, ‘주택건설사업자’가 이 사건 조항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 소득세 또는 법인세로 납부하도록 규정하고 있다. 즉 주택건설사업자가 공공매입임대주택으로 사용할 주택을 건설하지 못할 경우 감면된 세액에 대하여 혜택을 받은 토지 양도인이 아니라 주택건설사업자가 토지 취득을 위해 감면된 세액에 대해서까지 책임을 진다.

2) 다음과 같은 주택매도신청 절차나 경위, 법상 의무 부담 내용 등을 고려하면, 주택건설사업자인 C는 매매이행약정을 통해 비로소 공공주택사업자인 S에게 주택을 건설하여 양도할 의무를 부담하게 된다고 봄이 상당하다.

이 사건 조항의 주택건설사업자는 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결한 자이다. ‘약정을 체결하였다’는 의미는 약정에 따라 계약상 의무를 부담한다는 취지이다. 이 사건 조항에서 정한 주택건설사업자에 해당 여부는, C이 공공주택사업자인 S에게 계약상 의무를 부담하게 된 매매이행약정 시점을 기준으로 하여야 한다. 원고들은 C의 매매이행약정 전에 이 사건 토지를 C에 양도하여 이 사건 조항에 따른 세금감면을 받을 수 없다. 이 사건 처분은 적법하다.

① 주택건설사업자는, 토지소유권 취득 전이라도 매도신청 및 매입결정을 받는 것이 가능하다. 매입결정의 효력은 1년이고, 매도신청인은 그 기간 내에 건축허가를 받고 토지소유권을 확보하고 토지에 대한 1차 감정을 거쳐 매매이행약정을 체결하게 된다. 주택건설사업자가 공공주택사업자에게 감정신청을 하지 않으면 매매이행약정 등 이후 절차로 나아가지 않는다. 매도신청인은 매입심의위원회의 가결 통보와 상관 없이 타인과 매매계약을 체결하거나 매도하지 않을 수 있다. 주택건설사업자는 매입신청에 대해 매입결정을 받은 것만으로 공공주택사업자에게 주택건설 및 양도의무를 부담한다거나 의무 미이행에 따라 제재 등을 받지 않는다. 매입결정만으로는 주택건설사업자의 주택 건설 및 양도 의무가 확정된다고 할 수 없다. 공공주택사업자도 매입심의위원회의 가결만으로 주택건설사업자가 건설할 예정인 주택을 매수하는 것이 확정되지 않나, 공공주택사업자도 매입심의위원회 가결만으로 매도 신청 주택을 매입하여야 할 의무가 없다.

S의 심의결과 통보는 매입심의위원회의 심의결과를 안내하는 것이다. 심의결과 통보에 의해 주택건설사업자에게 매매이행약정과 같은 계약상 의무를 발생시키지 ㅇ낳기 때문에, 그 통보를 주택건설사업자가 공공주택사업자와 약정을 체결한 것이라 할 수 없다. 심의결과 통보나 심의위원회의 조건부 가결만으로는 이 사건 조항에서 정한 주택건설사업자가 공공주택사업자와 공공매입임대주택을 건설하여 양도하기로 약정을 체결하였음을 인정할 수 없다.

② ‘매매이행약정’은 건설 중 또는 건설예정인 주택을 준공완료 후 소유권을 이전받기 위해 매매계약 전에 매매이행을 약정하는 내용이다. 매매이행약정은 매매이행약정금, 주택설계기준, 약정해제기준 등의 계약 내용을 포함하여 이 사건 조항에서 정한 바와 같이 주택건설사업자에게 구속력 있는 의무를 부담시킨다. 매매이행약정은, 장래 일정한 본계약을 체결할 것을 약정하는 계약으로서 본 계약을 체결할 의무를 부담하여 일종의 ‘매매계약의 예약’이다.

주택건설사업자는 매매이행약정 후부터 매매이행약정에 따라 정해진 기준에 맞는 주택을 건설하여 공공주택사업자에게 매도하여야 할 의무를 부담하게 된다. 주택건설사업자는 매매이행약정을 통해 비로소 매매이행약정금을 지급받고, 매매이행약정이 해제될 경우 약정금과 그 10%의 위약금을 공공주택사업자에게 반환하여야 하는 등으로 계약상 의무를 부담하게 된다. 공공주택사업자도 매입약정이 확정되지 않았기 때문에 매매이행약정 전까지는 주택건설사업자에게 매입약정체결을 확인하는 서류를 발급하지 않는다.

③ 토지를 양도한 자에 대한 양도소득세액 감면에 대해 거주자가 아니라 주택건설사업자가 향후 책임을 부담한다. 주택건설사업자의 토지 매수 목적이 토지 매매계약 내용이 되지도 않았는데, 향후 주택건설사업자가 해당 토지를 다른 용도로 사용한다고 하여 이를 이유로 매도인이 혜택을 받은 세액을 납부하게 하는 것은 주택건설사업자에게 계약상 의무 없는 일을 하도록 하는 것이다. 양도소득세 감면에 대해 주택건설사업자에게 책임을 지우는 것이 정당화되기 위해서는 주택건설사업자도 해당 내용을 알고 그 목적으로 토지를 매수하고, 그 내용이 토지 매매계약의 내용이 되어야 한다. 이 사건 규정의 입법 취지를 고려하더라도 토지 매도인도 ‘공공매입임대주택 건설울 위해’ 토지를 양도하여야 한다.

이 사건 조항에 따라 세액감면이 가능한 경우는, 토지 매도인과 주택건설사업자 사이에서 주택건설사업자가 목적 토지를 공공임대주택의 건설에 사용한다는 것이 토지 매매계약의 내용에 포함되는 경우이다. 토지 매도인과 주택건설사업자 사이 매매게약에서 주택건설사업자가 공공주택사업자와 사이에 매매이행약정 체결되지 않는 것을 해제조건으로 소유권이전등기를 선이행하거나 매매이행약정과 소유권이전등기가 동시에 이행되는 경우이다.

원고들은 S의 매입공고가 있거나, 이 사건 조항이 신설되기도 전에, C와 이 사건 토지 및 지상 건물에 대하여 매매계약을 체결하였다. C는 이 사건 토지의 사용 용도에 대해 매매계약에서 특약사항으로 이 사건 토지 지상 건물을 철거하고 건물을 신축하기 위한 목적이라고 정하였을 뿐 이 사건 토지 지상에 임대주택을 건설하고 이를 공공주택사업자에게 양도할 것이라고까지 정하지 않았다. C가 S에게 이 사건 토지 지상에 건물을 신축하여 임대주택으로 매도하는데 이 사건 토지를 제공하기로 하는 것이 토지 매매계약의 내용이 된 것으로 보이지 않는다.

공공매입임대주택 건설용 토지로 제공하는 것이 토지 매매계약의 내용이 되지도 않았고, 공공주택사업자의 매입결정만으로 주택건설사업자에게 주택건설 및 양도 의무가 확정되지도 않았다. 토지 매도인인 원고들에게 세액감면 혜택을 부여할 수 없다.

3. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.