미환류소득 산정 시 차감할 수 있는 결손금의 의미

미환류소득 산정 시 차감할 수 있는 결손금은 ‘해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 실제로 공제한 이월결손금’을 의미함

사 건

2024구합73608 법인세경정청구거부처분취소

원 고

aaa

피 고

AA세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2026. 1. 23

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 주택건설 및 분양공급업 등을 영위하는 법인으로, 2015년과 2018년에 aaa주식회사, 주식회사 aaa주택, bbb 주식회사, 주식회사 aaa하우징, 주식회사 ccc, 주식회사 aaa을 흡수합병함에 따라 위 회사들의 이월결손금을 승계하였다.

나. 원고는 특정 사업연도의 미환류소득 산정 시 차감한 이월결손금을 그 다음 사업연도의 미환류소득 산정 시에 재차 차감할 수 없다고 전제한 다음 그에 따라 2017 내지 2019 사업연도 법인세를 신고ㆍ납부하였다.

다. 이후 원고는 각 사업연도의 미환류소득 산정 시 각 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산시 공제되지 아니한 금액을 전액(재차) 차감할 수 있으므로 기존에 미환류소득에 대한 법인세를 과다하게 납부하였다고 보고 2022. 4. 29. 피고에게 2017 내지 2019 사업연도의 각 법인세에 대한 감액경정을 청구하였으나, 피고는 2022. 10. 6. 미환류소득 산정 시 이월결손금의 재차 차감이 불가능하다는 이유로 2017 사업연도 법인세 151,943,903원의, 2018 사업연도 법인세 140,325,335원의, 2019 사업연도 법인세 246,547,695원의 각 경정청구에 대하여 이를 거부하는 처분(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다)을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 이 사건 각 처분의 위법 여부

가. 미환류소득 산정 시 차감할 이월결손금의 범위

1) 관련 법령

미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 법인세법이 2014. 12. 23. 법률 제12850호로 개정되면서 제56조에 근거를 두어 2015. 1. 1.부터 일몰기한을 2017. 12. 31.까지로 하여 한시적으로 도입되었고, 2018. 1. 1.부터는 조세특례제한법이 2017. 12. 19. 법률 제15227호로 개정되어 제100조의32에서 이를 ‘투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례 제도’로 규율하면서 시행되었으며, 2022. 12. 31. 조세특례제한법이 개정되면서 2023. 1. 1.부터는 독점규제 및 공정거래에 관한 법률 제31조 제1항 에 따른 상호출자제한기업집단에 속하는 내국법인에만 위 과세제도가 적용되게 되었다. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제56조는 내국법인의 ‘대통령령으로 정하는 소득’에 일정한 비율을 곱하여 산출한 금액에서 투자합계액, 임금증가금액 등을 차감함으로써 산출되는 미환류소득에 대하여 법인세를 추가적으로 과세하도록 규정하였고, 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것) 제93조 제4항은 위 대통령령으로 정하는 소득을 ‘각 사업연도 소득에 일정한 가산항목의 합계액을 더하고 일정한 차감항목의 합계액을 뺀 금액’으로 정하면서 그 차감항목 중 하나로 ‘법 제13조 제1호에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 법 제45조ㆍ제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’(제2호 라목)을 규정하였다. 한편 구 법인세법(2017. 12. 19. 법률 제15222호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1호 전문은 ‘각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라고 규정하고 있다. 구 조세특례제한법 제100조의32 (2019. 12. 31. 법률 제16835호로 개정되기 전의 것)는 각 사업연도 소득 중 대통령령으로 정하는 소득에 일정한 비율을 곱하여 산출한 금액에서 투자합계액, 임금증가금액 등을 차감함으로써 미환류소득을 산정하고, 해당 미환류소득에 20% 세율을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 납부하도록 정하였고, 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30390호로 개정되기 전의 것)1) 제100조의32 제4항은 위 대통령령으로 정하는 소득을 ‘ 법인세법 제14조 에 따른 각 사업연도의 소득에 제1호의 합계액을 더한 금액에서 제2호의 합계액을 뺀 금액’이라고 정하면서 그 차감항목 중 하나로 ‘ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금(합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 및 제46조의4에 따라 계산한 금액을 말한다)’(제2호 라목, 이하 구 법인세법 제93조 제4항 제2호 라목과 통틀어 ‘이 사건 결손금 차감규정’이라 한다)을 규정하며, 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것) 제13조 제1항은 ‘내국법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준은 각 사업연도의 소득의 범위에서 다음 각 호의 금액과 소득을 차례로 공제한 금액으로 한다. 다만, 제1호의 금액에 대한 공제는 각 사업연도 소득의 100분의 60을 한도로 한다’고 규정하고 같은 조항 제1호는 1) 2018년 내지 2019년 사업연도에 적용되는 규정 중 일부 개정된 부분이 있으나 이 사건과 관련된 부분에 실질적인 차이가 없으므로 편의상 위 시행령을 기재한다. 각 사업연도의 개시일 전 발생한 각 사업연도의 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제되지 아니한 금액 중 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금이고 제60조에 따라 신고하거나 제66조에 따라 결정ㆍ경정되거나 「국세기본법」 제45조 에 따라 수정신고한 과세표준에 포함된 결손금이어야 한다고 정하고 있다.

2) 구체적 판단

앞서 본 관련 법령의 문언과 체계, 입법 경위 등에다가 앞서 든 증거들, 갑 제7호증, 을 제1호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 더하여 인정할 수 있는 아래와 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 결손금 차감규정이 정한 결손금이란 ‘해당 사업연도 법인세 과세표준 계산 시 실제로 공제한 이월결손금’을 의미한다고 봄이 타당하다. 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

가) 미환류소득에 대한 법인세 과세제도는 기업소득을 투자, 임금증가, 배당에 활용하도록 유도하기 위하여 투자, 임금증가, 배당 등이 당기 소득의 일정액에 미달한 경우 추가과세를 함으로써 기업소득과 가계소득간 선순환을 통해 경제활성화를 달성하기 위한 목적에서 도입되었다. 이에 비추어 보면 기업 내에 유보되어 있는 유휴소득이 충분하지 않을 경우에는 법인세 추가과세 대상이 되는 미환류소득으로 산정하지 않는 것이 타당한 측면이 있을 수 있다. 그러나 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니한다(대법원 2025. 7. 17. 선고 2025두33235 판결 등 참조). 또한 법령의 문언 자체가 비교적 명확한 개념으로 구성되어 있다면 원칙적으로 더 이상 다른 해석방법은 활용할 필요가 없거나 제한될 수밖에 없다(대법원 2022. 12. 15. 선고 2018두63143 판결 등 참조). 이 사건 결손금 차감규정은 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공̊제̊한̊결손금’을 기업소득 산정 시의 차감항목으로 규정하고 있으므로, 구 법인세법 제13조 제1호 에 따른 이월결손금 중 해당 사업연도의 법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금을 의미한다는 것이 문언상 분명하다. 따라서 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 다른 해석방법은 제한될 수밖에 없다.

나) 구 법인세법 시행령에 대한 입법예고(2014. 12. 26. 기획재정부 공고 제2014-201호) 당시 이 사건 결손금 차감규정의 원안은 “제18조에 따른 이월결손금”이었고, 그 무렵 시행 중이던 법인세법 시행령 제18조 등2)의 내용에 비추어 위 원안에서는 기업소득 계산 시의 차감항목인 이월결손금이 법인세 과세표준 계산 시 공제될 것까지는 요구하지 않았던 것으로 보인다. 그럼에도 이와 달리 ‘ 법인세법 제13조 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제한 결손금’을 기업소득 계산 시 차감하도록 이 사건 결손금 차감규정이 도입되었으므로 ‘공제한’이라는 문구를 단순한 입법 오류라고 볼 수는 없다.

다) 기획재정부는 2016. 3. 30. ‘기업의 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 해당 사업연도의 공제한 결손금은 법인세법 제13조 제1호 의 각 사업연도의 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도의 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액’이라는 유권해석을, 2020. 12. 7. ‘ 조세특례제한법 제100조의32 조에 따른 미환류소득 계산 시 각 사업연도의 소득에서 차감하는 결손금의 의미’에 관한 갑설(각 사업연도의 소득에서 실제 차감된 결손금), 을설(해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제하지 아니한 금액) 중 을설을 채택하는 유권해석을, 2021. 8. 19. ’ 조세특례법 제100조의32 의 미환류소득 계산 시 차감하는 합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금의 의미‘에 관한 제1안(피합병법인으로부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 해당 사업연도에 공제한 결손금), 제2안 피합병법인의 해당 사업연도 개시일 전 10년 이내에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금(2020년 1월 1일 이후에 개시한 사업연도에서 발생한 결손금은 15년)으로서 그 후의 각 사업연도 과세표준 계산을 할 때 공제되지 아니한 금액 중 제2안을 채택하는 유권해석(이하 위 각 유권해석을 통틀어 ’종전 유권해석‘이라 한다)을 하였다. 그러나 종전 유권해석은 이 사건 결손금 차감규정의 문언에 반하는데 그 해석

의 근거를 전혀 알 수 없고, 종전 유권해석에 이 법원을 구속하는 효력도 없으므로 종

전 유권해석을 근거로 이 사건 결손금 차감규정을 그 문언과 달리 해석할 수는 없다.

조세특례제한법 집행기준(2018년) 100의32-100의32-3 제4항이 기획재정부의 위 2016. 3. 30. 자 유권해석과 같은 내용을 규정하고 있다는 점을 고려하더라도 마찬가지이다.

라) 한편 조세특례제한법 시행령이 2022. 2. 15. 대통령령 제32413호로 개정되면서 이 사건 결손금 차감규정은 ’ 법인세법 제13조 제1항 제1호 에 따라 해당 사업연도에 공제할 수 있는 결손금. 이 경우 같은 조 제1항 각 호 외의 부분 단서의 한도는 적용하지 않으며, 합병법인 등의 경우에는 같은 법 제45조 제1항ㆍ제2항과 제46조의4 제1항에 따른 공제제한 규정은 적용하지 않는다‘는 내용으로 변경되었다. 그러나 위 개정 시행령 부칙 제1조가 이 시행령은 공포한 날부터 시행한다고 정하여 개정 시행령이 소급하여 적용되지 않음을 분명히 밝히고 있는 점, 기획재정부가 그 개정이유를 기업소득 환류여력 반영 및 납세편의 제고로 들고 있는 점 등을 고려하면, 위 시행령 규정은 입법공백을 메우거나 위헌적 요소를 없애려는 반성적 고려에서 신설된 것이 아니라 입법자의 입법재량권 행사에 따라 신설된 것으로 보이므로, 이 사건에 위 규정을 소급적용할 수도 없고 위와 같은 개정을 이유로 이 사건 결손금 차감규정을 달리 해석할 수도 없다.

마) 원고는 법인세법 시행규칙 별지 제50호 서식이 법인세 과세표준 계산 시 공제한 이월결손금을 관리하도록 하는 것과 달리 ’미환류소득에 대한 법인세 신고서‘ 서식인 조세특례제한법 시행규칙 별지 제114호 서식에서 과거 사업연도의 이월결손금 차감 내역을 기재하도록 하는 부분이 없다는 점을 들어 이전 사업연도의 기업소득 계산시 차감하였던 결손금을 이후 사업연도에서 재차 차감할 수 있다고도 주장한다. 그러나 위 별지 제114호 서식은 차감항목으로 ’이월결손금 공제액‘을 규정하고 있고, 이 사건 결손금 차감규정에 따른 결손금을 그 문언과 같이 ‘법인세 과세표준 계산 시 공제한 결손금’을 의미한다고 보는 이상, 법인세법 시행규칙 별지 제50호 서식 등만으로도 기업소득 계산 시 공제할 수 있는 이월결손금을 특정할 수 있다고 할 것이므로 법인세법 시행규칙 별지 제50호 서식 등과 별개로 미환류소득에 대한 법인세 신고를 위해 공제한 이월결손금을 관리해야 한다고 보기는 어렵다.

나. 비과세관행의 존재 여부

1) 관련 규정 및 법리

국세기본법 제15조 는 “납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.”라고 규정하고 있고, 제18조 제3항은 “세법의 해석이나 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석이나 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한 것으로 보며, 새로운 해석이나 관행에 의하여 소급하여 과세되지 아니한다.”라고 규정하고 있다. 조세법률관계에서 과세관청의 행위에 대하여 국세기본법 제15조 , 제18조 제3항의 규정이 정하는 신의칙 내지 비과세의 관행이 성립되었다고 하려면 장기간에 걸쳐 어떤 사항에 대하여 과세하지 아니하였다는 객관적 사실이 존재할 뿐만 아니라 과세관청 자신이 그 사항에 대하여 과세할 수 있음을 알면서도 어떤 특별한 사정에 의하여 과세하지 않는다는 의사가 있고 이와 같은 의사가 대외적으로 명시적 또는 묵시적으로 표시될 것임을 요한다고 해석되며, 같은 법 제18조 제3항 규정에서의 ‘일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행’이란 비록 잘못된 해석 또는 관행이라도 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다(대법원 2010. 4. 15. 선고 2007두19294 판결 등 참조). 한편 국세기본법 제18조 제3항 에 위반된다거나 어떠한 유권해석이 존재하여 새로운 유권해석에 의한 과세가 소급과세로서 조세법상의 신의칙상 금지된다고 하기 위해서는 당해 과세처분이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 세법의 해석 또는 국세행정의 관행을 변경하여 행하여졌다는 사정만으로는 부족하고, 납세자가 세법에 대한 종전의 유권해석을 신뢰한 나머지 이로 인하여 어떠한 행위나 계산을 하였어야만 한다(대법원 1995. 7. 28. 선고 94누3629 판결, 대법원 1998. 6. 26. 선고 97누18097 판결 등 참조).

2) 판단

기획재정부는 2022. 8. 24. ‘합병법인이 피합병법인으로부터 승계받은 이월결손금으로서 각 사업연도 과세표준 계산 시 공제되지 않은 금액을 매년 미환류소득 계산 시 계속하여 차감할 수 있는지 여부’에 관한 1안(매년 이월결손금 공제 가능), 2안(매년 이월결손금 공제 불가능) 중 2안을 채택하는 유권해석을 하였다. 이에 대하여 원고는 기획재정부가 종전 유권해석을 위와 같이 변경하면서 피고가 이 사건 각 처분을 한 것으로 이는 비과세관행이나 신뢰보호의 원칙을 위반하는 것으로 위법하다고 주장한다. 그러나 기획재정부의 종전 유권해석은 이 사건 결손금 차감규정의 문언에 반하는 것으로 보이는 점, 이에 원고와 같은 납세자들이 기획재정부의 종전 유권해석에도 불구하고 이 사건 결손금 차감규정의 문언대로 법인세 과세표준 신고 시 공제한 이월결손금만을 기업소득 계산 시의 차감항목인 결손금으로 반영하였던 것으로 보이는 점 등에 비추어 보면 그러한 기획재정부의 종전 유권해석이 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이르렀다고 보기는 어렵다. 설령 기획재정부의 종전 유권해석과 같은 내용의 비과세관행을 인정할 수 있다고 하더라도 원고가 그와 같은 기획재정부의 종전 유권해석을 신뢰하여 종전 유권해석과 같은 방식으로 미환류소득에 대한 법인세를 신고ㆍ납부한 것이 아니라 이 사건 결손금 차감규정의 문언에 따라 법인세를 신고ㆍ납부하였으므로 원고에게 보호하여야 할 신뢰가 있다고 보기도 어려워 이 사건 각 처분이 신의성실의 원칙에 반한다고 보기도 어렵다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

4. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.