조정대상지역 내 1세대 3주택 보유자가 양도한 주택에 대하여 소득세법 부칙 제14조가 적용되는 상황에서 장기보유특별공제를 적용할 수 없음

이 사건 양도는 구 소득세법 제104조 제7항 제3호, 구 소득세법 시행령 제167조의3이 규정한 ‘1세대 3주택 이상에 해당하는 주택’의 양도에 해당하여 구 소득세법 제95조 제2항에 따라 장기보유 특별공제의 대상이 될 수 없으므로, 구 소득세법 제95조 제3항과 구 소득세법 시행령 제156조의 내용 중 장기보유 특별공제에 대한 부분은 적용될 여지가 없다.

사 건

2025누8239 양도소득세경정거부처분취소

원 고

유○○외1

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 12. 23.

판 결 선 고

2026. 1. 23.

주 문

1. 원고들의 항소를 모두 기각한다.

2. 항소비용은 원고들이 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2024. 4. 30. 원고 유○○○에게 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함) 및 2024. 5. 2. 원고 소○○에게 한 2018년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함)의 각 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

원고들의 항소이유는 제1심에서의 주장과 크게 다르지 않고 원고들의 주장을 다시 살펴보더라도 제1심에서의 사실인정과 판단은 정당한 것으로 인정된다. 따라서 이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 별지 및 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제3면 제7행의 “이 사건 양도에 대하여도”부분 다음에 “양도차익 전부에 대하여”를 추가한다.

○ 제1심판결 제4면 제2행의 “고가주택에 대하여는” 부분 다음에 “9억 원을 초과하는 양도차익 부분에 대해서도”를 추가한다.

○ 제1심판결 제7면 제2행의 “특별공제가 인정될 경우” 부분 다음에 “양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 대하여 적용되는”을 추가한다.

○ 제1심판결 제7면 제5~6행의 “양도차익으로 인정하고 있고” 부분 다음에 “(구 소득세법 제95조 제3항 , 구 소득세법 시행령 제160조 제1항 제1호 에서는 고가주택에 해당하는 자산의 양도에 적용할 양도차익은 ‘구 소득세법 제95조 제1항 에 따른 양도차익’과 ‘양도가액에서 9억 원을 공제한 금액을 양도가액으로 나눈 비율’을 곱하여 계산하도록 정하고 있다)”를 추가한다.

○ 제1심판결 제7면 제13행의 “이는” 부분 다음에 “양도소득의 비과세대상에서 제외되는 고가주택의 경우“를 추가한다.

○ 제1심판결 제9면 제13행의 ”그렇다면“ 부분 다음에 ”2009. 3. 16.부터 2012. 12. 31.까지 취득한 주택의 장기보유 특별공제와 관련하여서는 이 사건 부칙규정에 아무런 규정을 두고 있지 않은 상태에서, 위 2018. 1. 1. 이후 양도가 이루어진“을 추가한다.

○ 제1심판결 제12면 제2행의 ”해당한다.“ 부분을 ”해당한다[구 소득세법의 개정이유에서도 ‘물가안정과 주택정책을 뒷받침하기 위하여 장기보유특별공제율을 합리적으로 조정하고, 부동산 투기를 억제하기 위하여 2주택 이상 보유자가 조정대상지역 내 주택 양도시 장기보유특별공제의 적용을 배제한다’는 점이 명시되어 있었다(을 제1호증 참조)].“로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제14면 제2행의 ”어렵다“ 부분을 ”어렵다(원고는, 임대주택사업자가 일시적 2주택이 된 경우 중과세율이 적용되지 않고 장기보유특별공제가 적용된다는 행정해석을 신뢰하였다고 주장하면서 이에 부합하는 증거로 갑 제7, 8, 9호증을 제출하기도 하였으나, 이는 원고의 경우와 달리 장기임대주택을 보유하고 있는 경우 거주주택 양도시 일시적 2주택 특례를 적용받을 수 있다는 취지일 뿐, 이 사건 양도 당시의 관련 법령상 조정대상지역에 있는 주택으로서 1세대 3주택에 해당하는 주택을 양도한 경우에 대하여도 원고 주장과 같이 장기보유특별공제가 적용된다고 해석할 근거가 된다고 보기는 어렵다)“로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제14면 제2행 아래에 다음의 내용을 추가한다.

『원고들은, 국세청이 2019. 2. 14.자 질의회신(갑 제10호증)으로 고가주택의 경우 9억 원 초과분에 대하여 중과세율이 적용되고 장기보유특별공제가 적용되지 않는다는 취지의 답변을 함으로써 종전의 해석을 변경하였고, 이는 새로운 해석이나 관행에 의한 소급과세에 해당하므로 국세기본법 제18조 제3항 에 위반된다는 취지로 주장하기도 한다.

그러나 해당 질의회신은, 소득세법이 2017. 12. 19. 개정됨에 따라 그 개정 소득세법 규정이 적용되는 사안에 관한 답변인 반면, 원고들이 지적하는 종전의 질의회신들은 모두 위 소득세법 개정 전 법령이 적용되는 사안에 관한 것일 뿐이다. 따라서 구체적 사안에 대한 세액 산정 등이 법령의 개정으로 달라지게 된 것을 가리켜 과세관청이 종전과 달리 그 해석을 새롭게 변경한 경우에 해당한다고 볼 수는 없다. 원고들의 위 주장 역시 받아들일 수 없다.』

3. 결론

그렇다면 원고들의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 모두 기각하여야 한다. 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고들의 항소는 이유 없어 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.