원고에게 국가 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 보기 어려움

원고에게 매입처가 매입세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 매입세액 공제를 받는 것 또는 매출처에 매출세금계산서를 발급하는 것이 결과적으로 국가 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 보기 어려움

사 건

2024구합72880 부가가치세부과처분취소(가산세포함)

원 고

정○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2026.01.15.

판 결 선 고

2026.02.05.

주 문

1. 이 사건 소 중 2018년 2기, 2019년 1기, 2019년 2기 및 2020년 1기 각 부가가치세 본세 부과처분의 취소청구 부분을 각하한다.

2. 피고가 2023. 9. 6. 원고에게 한

가. 2016년 2기 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 3,623,035원을 초과하는 부분,

나. 2017년 1기 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 21,737,258원을 초과하는 부분,

다. 2017년 2기 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 25,635,262원을 초과하는 부분,

라. 2018년 1기 부가가치세(가산세 포함) 부과처분 중 15,972,234원을 초과하는 부분을

각 취소한다.

3. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

4. 소송비용은 중 1/2은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 9. 6. 원고에게 한 2016년 2기부터 2020년 1기까지의 부가가치세 합계 264,215,198원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 2. 6.부터 ○○시 ○○로000번길 0 (○○동)에서 ‘○○○’이라는 상호로 의약품 도매업을 영위하고 있는 개인사업자이다.

나. ○○지방국세청장은 2021. 2. 2.부터 2021. 4. 19.까지 원고의 매입처인 주식회사 A(이하 ‘A’이라 한다)에 대한 세무조사를 실시한 결과, A이 원고에게 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 발급하였다고 보고, 피고에게 그에 관한 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 2023. 5. 30.부터 2023. 8. 5.까지 원고의 2016년 2기부터 2020년 1기까지의 과세기간에 대하여 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 원고가 B, 주식회사 C, D(이하 ‘이 사건 매출처’라 한다)에 대하여 실물거래 없이 공급가액 합계 161,000,000원의 사실과 다른 세금계산서를 발급하였고(이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다), A, E 주식회사(이하 ‘E’이라 하고, A과 함께 ‘이 사건 매입처’라 한다)로부터 실물거래 없이 총 공급가액 합계 4,451,000,000원의 사실과 다른 세금계산서(이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 수취한 것으로 판단하였다.

라. 위와 같은 조사결과에 따라, 피고는 2023. 9. 6. 아래 <표1>와 같이 원고에게 2016년 2기부터 2020년 1기까지의 각 부가가치세(본세) 및 가산세 합계 264,215,198원을 경정·고지하였다[이하에서는 아래 <표1> 기재에 따른 과세기간별 각 과세처분 중, 부가가치세 본세 부분의 경우 고지세액이 양수인 2016년 2기부터 2018년 1기까지는 ‘본세 증액경정처분’, 고지세액이 음수인 2018년 2기부터 2020년 1기까지는 ‘본세 감액 경정처분’, 가산세 부분은 ‘가산세 부과처분’이라 한다].

마. 원고는 이에 불복하여 2023. 11. 27. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2024. 7. 16. 원고의 심판청구 중 2018년 2기, 2019년 2기 및 2020년 1기 부가가치세의 본세 부분에 관한 부분을 각하하고, 나머지 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 12호증, 을 제1 내지 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 2018년 2기부터 2020년 1기까지의 각 본세 감액경정처분의 취소를 구하는 부분의 적법 여부

가. 관련 법리

감액경정처분은 당초의 신고 또는 부과처분과 별개인 독립의 과세처분이 아니라 그 실질은 당초의 신고 또는 부과처분의 변경이고 그에 의하여 세액의 일부취소라는 납세자에게 유리한 효과를 가져오는 처분이므로 그 경정결정으로도 아직 취소되지 않고 남아 있는 부분이 위법하다 하여 다투는 경우 항고소송의 대상은 당초 신고나 부과처분 중 경정결정에 의하여 취소되지 않고 남은 부분이며, 감액경정결정이 항고소송의 대상이 되는 것은 아니라 할 것이고, 경정처분이 불이익한 것인지 여부는 납세자가 부담하여야 할 세액이 증가하였는지를 기준으로 판단하여야 할 것인바, 신고납부방식의 조세에 있어서 납세자가 당초 신고한 내용대로 과세표준과 세액이 확정된 이후 과세관청이 직권으로 경정결정을 함에 있어 일부 항목에 대한 증액과 다른 항목에 대한 감액을 동시에 한 결과 전체로서 세액이 감소된 때에는 납세자에게 불이익을 미치는 것이 아니므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액경정처분의 취소나 무효확인을 구할 소의 이익이 없다(대법원 1996. 11. 15. 선고 95누8904 판결, 대법원 2024. 10. 31. 선고 2022두65160 판결 등 참조).

나. 판단

1) 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제21조 제2항 제4호에 따르면 부가가치세를 납부할 의무는 과세기간이 끝나는 때 성립하므로 과세기간별 부가가치세 납세의무는 각각 별개의 조세채무에 해당한다. 따라서 피고가 2016년 2기부터 2020년 1기까지의 부가가치세 과세기간에 대하여 어느 과세기간에 대하여는 증액경정처분을, 어느 과세기간에 대하여는 감액경정처분을 하고 그 결과를 합산하여 원고에게 증액된 총액의 납부를 고지하였다 하더라도, 원칙적으로 위와 같은 증액경정처분과 감액경정처분은 각 과세기간별 조세채무에 관한 별개의 과세처분에 해당한다고 보아야 한다. 그런데 원고는 앞서 본 <표1> 기재에 따른 피고의 과세처분에 대하여 과세기간별로 개별적으로 취소를 구하지 아니하고 ‘2016년 2기부터 2020년 1기까지의 부가가치세 합계 264,215,198원’의 부과처분 일체에 대한 취소를 구하고 있으므로, 위 청구에는 각 과세기간별 부가가치세(본세)의 증액경정처분은 물론 감액경정처분의 취소를 구하는 취지도 포함되어 있다고 볼 수밖에 없다.

2) 한편 피고가 2018년 2기부터 2020년 1기까지의 각 부가가치세(본세) 세액을 감액하는 경정처분을 한 사실 1) 은 앞서 본 바와 같은데, 이와 같이 원고가 당초 신고한 내용대로 확정된 위 과세기간별 각 부가가치세(본세) 세액이 피고의 경정 결과 감소하게 된 때에는 그러한 경정으로 인하여 원고에게 어떤 불이익이 발생하는 것이 아니므로, 원고로서는 위 각 감액경정처분의 취소를 구할 소의 이익이 있다고 할 수 없다. 따라서 이 사건 소 중 2018년 2기부터 2020년 1기까지의 각 본세 감액경정처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하다.

3) 그렇다면 이 사건에서 본안판단의 대상이 되는 처분은, 앞서 본 <표1> 기재에 따른 피고의 과세처분 중 ① 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 본세 증액경정처분, ② 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분, ③ 2018년 2기부터 2020년 1기까지의 각 가산세 부과처분이다(이하 통칭하여 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

4. 본안에 관한 판단

가. 원고의 주장 요지

1) 의약품의 안전한 유통과 건전한 판매질서 유지를 위하여 약사법에서는 의약품의 판매, 취득 등을 엄격히 규율하고 있는데 원고는 이 사건 매입처와의 의약품 거래에 있어 약사법상 관련 규정을 모두 준수하였고, 단지 이 사건 매입처로부터 매수한 의약품을 현실 인도받지 않고 민법상 점유개정의 방법으로 이 사건 매입처의 창고에 보관하였던 것일 뿐, 원고와 이 사건 매입처 사이의 거래가 가공거래라고 할 수는 없으므로, 이 사건 매입세금계산서를 허위의 매입세금계산서라고 볼 수 없다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

2) 원고가 이 사건 매출세금계산서를 발급하거나 이 사건 매입세금계산서를 수취하면서 처음부터 조세포탈의 구체적 의도나 인식이 있었던 것은 아니므로, 피고가 이 사건 각 처분을 함에 있어 원고의 행위가 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급’에 해당함을 전제로 부가가치세(가산세 포함)에 관하여 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제1호에서 정하는 10년의 부과제척기간을 적용한 것은 위법하다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

3) 원고는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’로 국세를 포탈하거나 환급·공제를 받은 경우에 해당하지 않으므로, 이 사건 각 처분 중 구 국세기본법 제47조의3 제1항 제1호 (가)목에서 정하는 40%의 세율을 적용한 부정과소신고가산세 부과처분은 위법하다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

4) 원고는 이 사건 매입처로부터 이 사건 매입세금계산서를 수취하면서 실물이 실제 입고되지 않더라도 관련 법령에 따라 이 사건 매입처에서 일련번호를 부착하여 의약품 관리센터에 보고하면 해당 의약품의 소유권이 원고에게 귀속되는 것으로 인식하였을 뿐이므로, 원고에게는 의무를 이행하지 아니한 데에 정당한 사유가 있다. 그럼에도 이러한 사정을 고려하지 아니한 피고의 가산세 부과처분에는 비례원칙을 위반하여 재량권을 일탈·남용한 위법이 있다(이하 ‘제4주장’이라 한다).

5) 원고는 이 사건 매입세금계산서를 월 합계 세금계산서의 형태로 수취하였으므로 발행된 매입세금계산서를 월별 1장으로 합산하여 가산세를 부과하여야 함에도, 이와 다른 전제에서 한 피고의 세금계산서불성실가산세 부과처분은 위법하다(이하 ‘제5주장’이라 한다).

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 본세 증액경정처분에 관한 판단

1) 이 사건 매입세금계산서가 허위의 세금계산서에 해당하는지 여부(제1주장 관련)

가) 관련 법리

(1) 일반적으로 세금부과처분취소소송에 있어서 과세요건사실에 관한 입증책임은 과세권자에게 있다 할 것이나, 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 과세요건사실이 추정되는 사실이 밝혀지면 상대방이 문제로 된 당해 사실이 경험칙 적용의 대상적격이 되지 못하는 사정을 입증하지 않는 한 당해 과세처분을 과세요건을 충족시키지못한 위법한 처분이라고 단정할 수는 없으므로(대법원 2012. 3. 29. 선고 2011두26695 판결 등 참조), 과세권자가 합리적으로 수긍할 수 있을 정도로 세금계산서의 허위성에 관하여 상당한 정도의 입증을 한 경우라면 그 세금계산서가 허위가 아니라고 주장하면서 과세처분의 위법성을 다투는 납세의무자로서는 관련된 증명과 자료를 제시하기가 용이한 지위에 있음을 감안해 볼 때 자신의 주장에 부합하는 증명을 할 필요가 있다(대법원 2006. 4. 14. 선고 2005두16406 판결, 대법원 2009. 8. 20. 선고 2007두1439판결 등 참조).

(2) 또한 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자 측으로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 시인하는 내용의 확인서 등을 작성·교부받았다면, 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 또는 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서 등의 증거가치를 함부로 부정하여서는 아니 된다(대법원 2006. 2. 24. 선고 2005두12589 판결, 대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 등 참조).

(3) 재화나 용역을 공급하기로 하는 계약을 체결하는 등 실물거래가 있다는 것은 당사자 사이에 재화나 용역을 공급하기로 하는 구속력 있는 합의가 있음을 의미하는 것으로서, 부가가치세법 제32조 제1항 제3호 , 제5호, 부가가치세법 시행령 제67조 제2항 제3호 , 제4호에서 세금계산서에 기재할 사항 중의 하나로 규정하고 있는 공급가액, 공급품목, 단가, 수량 등에 관하여도 합의가 있어야 한다(대법원 2012. 11. 15. 선고 2010도11382 판결 등 참조).

나) 구체적 판단

앞서 든 증거들, 을 제6 내지 10호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 매입세금계산서는 재화나 용역의 공급 없이 수수된 허위의 세금계산서라고 봄이 타당하다. 따라서 이와 다른 전제에 선 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(1) A은 2020. 2. 28. 경영진 교체 후 2016년 ∼ 2019년 사업연도에 대한 회계감사를 실시한 결과 재화의 공급 없이 매출을 인식한 사실을 확인하고, 2020. 8. 20. ○○세무서장에게 2016년 2기부터 2020년 1기까지의 부가가치세와 이에 대한 가산세(세금계산서불성실가산세, 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세)에 대하여 수정신고 및 경정청구를 하였고, ○○지방국세청장은 A에 대한 세무조사를 실시하여 A이 원고에게 실물거래 없이 사실과 다른 세금계산서를 발급한 것으로 판단하였다. 이를 계기로 피고의 원고에 대한 세무조사가 이루어졌고, A의 전 경영진 중 일부는 ○○지방국세청장의 고발에 따라 조세범처벌법위반, 특정범죄가중처벌등에관한법률위반(허위세금계산서교부등) 혐의로 공소가 제기되어 형사처벌을 받았다.

(2) 원고는 세무조사 과정에서 A과의 거래에 관하여 ‘최초 거래는 A의 영업사원이 매출실적이 필요해서 원고에게 먼저 제의를 하였다. 이후 거래는 원고의 의사와 상관없이 A에서 당초 발급된 매출세금계산서 금액 범위 내에서 수시로 취소 발급하고 품목을 달리하여 매출거래를 다시 발생시키는 형태로 진행되었으며, 결과적으로 조사대상기간 내 통산하면 2백만 원 정도가 실제 매입이다’고 진술하였고, E로부터 발급받은 매입세금계산서도 동일한 거래형태로 이루어졌다는 사실을 인정하면서, E과의 물품거래계약서는 존재하지 않는 점, E으로부터 매입한 의약품 실물이 원고의 의약품 창고에 실제 입고된 사실이 없는 점, 원고와 E 사이에 해당 거래와 관련하여 거래대금을 지급하거나 지급받은 사실이 없는 점, E으로부터 수취한 매입세금계산서가 실물거래 없이 수취한 사실과 다른 세금계산서인 점 등을 모두 인정한다고 진술하였다. 또한 원고는 이 사건 매입세금계산서를 실물거래 없이 수취하다 보니 매출 자료가 필요해서 이 사건 매출처의 허락을 받고 이 사건 매출세금계산서를 발급하게 되었다고 진술하였다. 원고의 위와 같은 진술이 원고의 의사에 반하여 강제로 이루어졌다거나 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 증명자료로 삼기 어렵다고 볼 만한 사정은 발견되지 않는다.

(3) 원고는 이 사건 매입처로부터 의약품을 현실 인도받지는 않았더라도 민법상 점유개정의 방법으로 인도받아 이 사건 매입처의 창고에 보관하였으므로 원하는 경우 언제든지 해당 의약품을 인도받을 수 있었다고 주장하나, 원고는, 실제로 원고와 이 사건 매입처 사이에 점유개정의 방법으로 물품을 인도받기로 하는 내용의 합의(미인도청구약정 등)가 성립하였다는 점, 원고가 추후 이 사건 매입처로부터 실제로 해당 물품을 인도받은 사실이 있다는 점, 이 사건 매입처에 거래대금을 지급한 사실이 있다는 점, 이 사건 매입처가 해당 물품의 보관용역을 제공한 것에 대한 대가를 원고로부터 지급받았다는 점 등을 뒷받침할만한 객관적 자료를 제출하지 못하였다.

(4) A이 전 경영진을 상대로 제기한 손해배상청구소송에서 A의 전 경영진 역시 원고의 이 부분 주장과 유사한 주장을 하였으나, 위 사건의 제1심 및 항소심 법원은 ‘실제로 매매거래가 없었음에도 매매거래가 있었던 것처럼 세금계산서가 발급되었다’고 판단하여 위와 같은 주장을 배척하였고, A의 전 경영진에 대한 형사사건의 제1심 및 항소심 법원도 ‘A의 미송매출은 당사자 사이에 구속력 있는 합의가 존재하지 않는 가공매출이고, 그에 관하여 발급한 매출세금계산서가 전부 가공 또는 거짓 기재의 세금계산서이며, 여기에 정상매출이 내역에 포함되어 있을 가능성은 없어 보인다’고 판단하였다.

2) 부과제척기간 도과 여부(제2주장 관련)

가) 관련 규정 및 법리

(1) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 은 제3호에서 상속세·증여세 이외의 국세부과제척기간을 원칙적으로 해당 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간으로 규정하는 한편 제1호에서 ‘납세자가 대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에는 그 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고 있다.

(2) 납세자가 실물거래 없이 발행된 허위의 세금계산서를 교부받아 매입세액의 공제 또는 환급을 받은 경우, 그러한 행위가 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 가 정한 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 국세를 포탈하거나 환급·공제받은 경우’에 해당한다고 하여 10년의 부과제척기간을 적용하기 위해서는, 납세자에게 허위의 세금계산서로 매입세액의 공제 또는 환급을 받는다는 인식 외에, 허위의 세금계산서를 발급한 자가 그 세금계산서상의 매출세액을 제외하고 부가가치세의 과세표준 및 납부세액을 신고·납부하거나 그 세금계산서상의 매출세액 전부를 신고·납부한 후 경정청구를 하여 이를 환급받는 등의 방법으로 그 세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 납세자가 그 매입세액의 공제를 받는 것이 결과적으로 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있어야 한다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두19516 판결, 대법원 2021. 12. 30. 선고 2021두33371 판결 등 참조).

앞서 든 증거들, 을 제11 내지 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 원고에게 이 사건 매입처가 이 사건 매입세금계산서상의 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 원고가 매입세액 공제를 받는 것 또는 이 사건 매출처에 이 사건 매출세금계산서를 발급하는 것이 결과적으로 국가 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 관한 인식이 있었다고 보기 어렵다. 따라서 이 사건 매출세금계산서의 발급, 이 사건 매입세금세의 수취에 따른 원고의 부가가치세 납부의무에 관하여는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에서 정한 10년의 부과제척기간이 적용될 수 없고 같은 항 제3호에 따라 5년의 부과제척기간이 적용되어야 한다. 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(1) 부가가치세의 납세의무는 전단계세액공제방식을 취하고 있어 부가가치세의 담세자는 최종소비자이므로 중간사업자들 단계에서 어느 사업자의 과소납부 부가가치세가 그 다음 단계 사업자의 과다납부 부가가치세로 서로 상쇄된다면 전체적으로 부가가치세의 포탈이 있었다고 보기 어렵다. 그런데 허위의 세금계산서인 이 사건 매입세금계산서의 발급 및 수취로 이 사건 매입처의 매출이 부풀려지는 결과가 발생하였고, 이 사건 매입처는 과다계상된 매출액을 기초로 산정된 부가가치세를 모두 납부한 것으로 보인다. 사정이 이러하다면, 설령 원고가 이 사건 매입세금계산서를 기초로 매입세액의 공제를 받았다고 하더라도 이 사건 매입세금계산서를 발급 및 수취한 행위로 인하여 전체적으로 국가의 조세수입이 감소되는 결과가 발생하였다고 볼 수는 없으므로, 이를 조세의 부과·징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 행위로 볼 수 없다(이 사건 매출세금계산서의 발급행위의 경우도 마찬가지이다).

(2) 이 사건 매입처가 이 사건 매입세금계산서를 발급함으로써 허위로 일으킨 매출 중 일부를 허위로 반품하는 음수의 수정세금계산서를 발급하였고 원고가 이를 수취였다고 하더라도, 그로 인해 이 사건 매입처가 그 음수의 거래가액에 해당하는 부가가치세 납부의무를 면함과 동시에 원고가 같은 금액에 해당하는 부가가치세 납부의무를 부담하게 되므로, 여기에 기존의 허위 매출을 취소하는 의미 외에 부가가치세를 환급받음으로써 조세를 포탈하려는 목적이 있었다고 보기는 어렵다. 이 사건 매입처나 원고가 이를 바로 잡는 과정에서 일부 과세기간에 과소신고 내지 과다신고의 결과가 발생했다고 하더라도 이는 허위의 세금계산서를 취소하는 과정에서 발생하는 상황일 뿐 그로 인하여 국가의 조세수입의 감소를 가져올 우려가 있다고 볼 수 없다.

(3) 한편, 매출실적이 필요하다는 이 사건 매입처 영업사원의 부탁을 받고 이 사건 매입세금계산서를 수취한 원고에게 실제 재화를 공급받지 않은 채 사실과 다른 매입세금계산서를 수취한다는 인식이 있었음은 분명해 보인다. 그러나 앞서 본 바와 같이 이 사건 매입처가 이 사건 매입세금계산서와 관련된 부가가치세를 모두 납부한 이상, 원고에게 이 사건 매입세금계산서와 관련된 부가가치세 납부의무를 면탈함으로써 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식까지 있었다고 보기는 어렵고, 달리 원고에게 부가가치세 포탈 목적이 있었다고 볼만한 사정이 엿보이지 않는다(원고에 대하여 이 사건 매입세금계산서의 수취가 조세포탈 행위에 해당함을 전제로 한 형사절차가 진행된 사실도 없다).

(4) 피고는, A이 2020. 8. 20. ○○세무서장에게 2016년 2기부터 2020년 1기까지의 부가가치세에 대한 경정청구를 하였고 2020. 10. 22. 위 경정청구에 따라 합계 750,410,340원을 환급받은 사실에 비추어 보면, 원고에게는 처음부터 이 사건 매입세금계산서에 기초하여 매입세액의 공제를 받는 것이 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 있었던 것으로 보아야 한다고 주장한다. 그러나 위와 같은 사정은 A의 경영진이 교체된 이후에 발생한 사후적인 사실관계에 불과하고, 이 사건 매입세금계산서를 수취할 당시를 기준으로 원고가 추후 위와 같은 경정청구와 환급이 이루어질 것이라 점을 인식하였다고 볼만한 사정이 없는 이상, 경정청구와 환급이 이루어졌다는 결과만을 근거로 원고에게 처음부터 조세포탈의 의도나 국가의 조세수입 감소에 대한 인식이 있었다고 추단할 수는 없으므로, 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.

3) 소결론

이상 살펴본 바와 같이 원고의 부과가치세 납부의무에 관하여는 5년의 부과제척기간이 적용되어야 하는바, 이 사건 각 처분의 처분일자가 2023. 9. 6.인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 이 사건 각 처분 중 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 본세 증액경정처분은 부가가치세 신고납부기한인 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2016년 2기분의 경우 2017. 1. 26., 2017년 1기분의 경우 2017. 7. 26., 2017년 2기분의 경우 2018. 1. 26., 2018년 1기분의 경우 2018. 7. 26.)부터 5년이 경과한 이후에 이루어졌음이 역수상 명백하다. 따라서 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 본세 증액경정처분은 국세부과의 제척기간이 지난 다음에 이루어진 부과처분이어서 위법하므로 취소되어야 한다.

라. 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분에 관한 판단

1) 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분

(1) 구 국세기본법 제47조 제2항 본문에서 ‘가산세는 해당 의무가 규정된 세법의 해당 국세의 세목으로 한다’고 규정하는 등 가산세는 징수절차상의 편의를 위해 세법이 정하는 국세의 세목으로 세법에 의하여 산출한 본세의 세액에 가산하여 함께 징수하는 행정상 제재의 일종이다(대법원 1995. 11. 7. 선고 95누92 판결 등 참조).

(2) 한편, 가산세는 ① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세와 ② 가산세 부과의 근거가 되는 법률규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세(무신고, 과소신고, 납부불성실가산세 등)로 분류된다(대법원 2019. 2. 14. 선고 2015두52616 판결 등 참조).

나) 부과제척기간 도과 여부

(1) 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분 중 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분은 앞서 본 가산세 중 ‘② 가산세 부과의 근거가 되는 법률 규정에서 본세의 세액이 유효하게 확정되어 있을 것을 전제로 납세의무자가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않은 것을 요건으로 하는 가산세’에 해당한다. 따라서 ‘① 본세 납세의무와 무관하게 별도의 협력의무 위반에 대한 제재로서 부과되는 가산세’가 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에도 별도로 부과할 수 있는 것과 달리, 일반과소신고가산세, 부정과소신고가산세 및 납부불성실가산세는 본세의 납세의무가 성립하지 않는 경우에 따로 부과할 수 없으므로, 종속성이 더욱 강하게 인정된다.

(2) 또한 부정과소신고가산세 및 납부불성실가산세의 입법취지가 법정기한까지 과세표준과 세액을 제대로 신고하거나 납부하지 않는 납세자에게 제재를 가하여 의무이행을 확보하려는 데에 있는 만큼, 납세자가 본세에 대해 부과제척기간을 도과하여 납세의무를 면하게 되면 위와 같은 종류의 가산세도 부과할 수 없다고 보는 것이 위 입법취지에 부합한다.

(3) 위와 같은 사정 등을 고려하면, 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 부가가치세 본세에 관한 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세의 부과제척기간은 본세의 부과제척기간과 동일한 5년으로 봄이 타당하다.

다) 소결론

따라서 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분 중 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분은 국세부과의 제척기간이 지난 다음에 이루어진 부과처분이어서 위법하므로 취소되어야 한다(이러한 이유로 원고의 이 부분 주장을 받아들이는 이상 부정과소신고가산세에 관한 제3주장, 과소신고가산세 및 납부불성실가산세에 관한 제4주장은 더 나아가 살펴보지 않는다).

2) 세금계산서불성실가산세 부분

가) ‘부정행위’에 해당하는지 여부

(1) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호 (다)목은 ‘납세자가 부정행위 2) 로 부가가치세법 제60조 제3항 에 따른 가산세 부과대상이 되는 경우’ 그 가산세의 부과제척기간을 해당 가산세를 부과할 수 있는 날부터 10년간으로 규정하고 있다. 구 국세기본법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30400호로 개정되기 전의 것) 제12조의2 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위란 조세범처벌법 제3조 제6항 에 해당하는 행위를 말한다’고 규정하고 있고, 조세범처벌법 제3조 제6항 은 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’의 유형 중 하나로 제2호에서 ‘거짓 증빙 또는 거짓 문서의 작성 및 수취’를, 제5호에서 ‘고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작’을 각 규정하고 있다.

(2) 위 각 규정에 비추어 살피건대, 원고가 재화나 용역의 공급 없이 이 사건 매출세금계산서를 발급하거나 이 사건 매입세금계산서를 수취한 행위는 ‘거짓 문서의 작성 및 수취’ 또는 ‘고의적으로 세금계산서를 조작’하는 행위로서, 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1의2호 (다)목에서 정하는 ‘부정행위’에 해당한다고 봄이 타당하다.

(3) 이에 대하여 원고는 위와 같은 행위가 부정행위에 해당하지 않는다고 인식한 데에 정당한 사유가 있어 구 국세기본법 제48조 제1항 제2호 에서 정하는 가산세 면제 사유가 있다는 취지로 주장하나(제4주장), 앞서 본 바와 같이 이 사건 매출세금계산서 및 이 사건 매입세금계산서에 관한 거래의 동기와 경위 등에 비추어 보면 원고에게는 실제 재화를 공급받지 않은 채 사실과 다른 세금계산서를 발급하거나 수취한다는 인식이 있었던 것으로 보일 뿐 아니라, 설령 원고가 나름의 판단으로 그 세금계산서의 발급이나 수취가 적법한 것으로 인식하였다고 하더라도 이는 단순한 법률의 부지나 오해에 불과하여 가산세 면제의 정당한 사유가 있는 경우라고 볼 수 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

(1) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 에 따른 장기부과제척기간이 적용되기 위해서는 해당 부정행위를 하는 납세자에게 조세포탈의 목적 또는 국가의 조세수입 감소를 가져오게 될 것이라는 점에 대한 인식이 필요하다는 점은 앞서 본 바와 같다. 그런데 2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되어 신설된 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2는, 가산세에 대한 장기부과제척기간에 관하여 부정행위로 각 목에 따른 가산세 부과대상이 되는 것만을 요건으로 정하고 있을 뿐, 본세에 대한 조세포탈을 위 장기부과제척기간의 적용 요건으로 정하고 있지 아니하다. 그 개정이유는 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위로 부가가치세법에 따른 세금계산서교부불성실가산세 등이 부과될 경우 본세액의 포탈이 없더라도 10년의 국세부과제척기간이 적용되도록 한다.’라는 것이다. 이러한 규정의 문언과 입법 취지, 관련 규정의 체계 등을 종합하면, 납세자가 부정행위로 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2 각 목에 따른 가산세 부과대상이 될경우에는, 본세 자체에 조세포탈이 존재하거나 이에 대한 납세자의 인식이 있었는지 여부와 무관하게 위 제1호의2에 규정된 바에 따라 그 가산세에 대하여 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 보아야 한다(대법원 2025. 5. 29. 선고 2023두41314 판결 등 참조).

(2) 위 법리에 비추어 살피건대, 원고가 부정행위로 부가가치세법 제60조 제3항 제1호 , 제2호에 따른 허위 세금계산서를 발급하거나 수취한 이상 본세인 부가가치세 자체의 포탈 여부와 상관없이, 원고에 대한 세금계산서불성실가산세에 대하여는 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 의2 (다)목에 따라 10년의 장기부과제척기간이 적용된다고 봄이 타당하다.

(3) 이 사건 각 처분의 처분일자가 2023. 9. 6.인 사실은 앞서 본 바와 같으므로, 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분 중 세금계산서불성실가산세 부분은 부가가치세 신고납부기한인 ’그 과세기간이 끝난 후 25일‘의 다음 날(2016년 2기분의 경우 2017. 1. 26., 2017년 1기분의 경우 2017. 7. 26., 2017년 2기분의 경우 2018. 1. 26., 2018년 1기분의 경우 2018. 7. 26.)부터 기산하여 10년이 지나지 아니한 시점에 이루어진 것이 역수상 명백하다. 따라서 이 부분 가산세 부과처분은 적법하다.

다) 세액 산정의 적법 여부(제5주장 관련)

(1) 부가가치세법 제60조 제3항 제1호 및 제2호는 사업자가 재화 또는 용역을 공급하거나 공급받지 아니하고 세금계산서를 발급하거나 교부받은 경우 그 공급가액에 3퍼센트를 곱한 금액 3) 을 세금계산서불성실가산세로 부과하도록 규정하고 있다. 이는 세금계산서 제도가 당사자 사이의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐만 아니라 소득세와 법인세의 세원 포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 갖고 있음을 감안하여, 과세권의 적정한 행사와 조세채권의 용이한 실현을 위하여 부가가치세 납세의무를 지는 사업자로 하여금 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 발행 또는 수취하지 않도록 할 의무를 부과하고, 사업자가 정당한 사유 없이 이에 위배하여 재화나 용역의 공급 없이 세금계산서를 수수할 경우에는 행정상 제재로 세금계산서불성실가산세를 부과하도록 한 것이다(대법원 2016. 11. 10. 선고 2016두31920 판결 등 참조).

(2) 원고의 이 부분 주장(제5주장)을 선해해 보면, 원고는 매월 말 이 사건 매입처로부터 월 합계 세금계산서를 매입세금계산서(공급가액이 양수)와 환입세금계산서(공급가액이 음수)로 구분하여 총 2건씩 발급받았고, 이를 합산한 금액을 기준으로 세금계산서불성실가산세를 부과하여야 한다는 것으로 보이나, 4) 이러한 원고의 주장대로라면 가공거래에 해당하는 공급가액이 정당한 이유 없이 상쇄되는 효과가 발생할 수 있어 부당할 뿐 아니라, 앞서 본 부가가치세법 제60조 제3항 제1호 및 제2호의 문언이나 입법취지에 부합할 수 없으므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

라) 소결론

따라서 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분 중 세금계산서불성실가산세 부분은 적법하다.

마. 2018년 2기부터 2020년 1기까지의 각 가산세(세금계산서불성실가산세) 부과처분에 관한 판단

이 부분에 관하여 적을 이유는 위 라. 2)항 기재와 같으므로, 이 부분 가산세(세금계산서불성실가산세) 부과처분은 적법하다.

바. 정당한 세액의 계산

이상 살펴본 바에 따라 정당한 세액의 구체적 내역을 계산하면 아래 <표2> 기재와 같다.

5. 결론

그렇다면 ① 이 사건 소 중 2018년 2기부터 2020년 1기까지의 각 본세 감액경정처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 각하하고, 원고의 청구 중 ② 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 본세 증액경정처분, 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분 중 부정과소신고가산세, 납부불성실가산세 부분의 취소를 구하는 부분은 이유 있으므로 인용하며, ③ 2016년 2기부터 2018년 1기까지의 각 가산세 부과처분 중 세금계산서불성실가산세 부분의 취소를 구하는 부분, 2018년 2기부터 2020년 1기까지의 각 가산세(세금계산서불성실가산세) 부과처분의 취소를 구하는 부분은 이유 없으므로 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 가산세의 부과와 본세의 부과는 별개의 과세처분이므로(대법원 1995. 4. 25. 선고 95누917 판결 등 참조), 경정처분으로 본세의 세액이 감액되고 가산세가 새롭게 부과되어 본세와 가산세를 합한 금액이 증액되었더라도 해당 경정처분은 본세에 관한 한 감액경정처분으로 보아야 한다(이 사건의 경우 2019년 1기 부가가치세에 관한 피고의 경정처분이 이에 해당한다).

2) 구 국세기본법 제26조의2 제1항 제1호 는 ‘대통령령으로 정하는 사기나 그 밖의 부정한 행위’를 ‘부정행위’로 정의하고 있다.

3) 2016년부터 2020년까지 사이에 위 법조항이 수회 개정되었으나 내용은 거의 동일하였고, 다만 2017년까지는‘공급가액에 2퍼센트를 곱한 금액’을, 2018년부터는 ‘공급가액에 3퍼센트를 곱한 금액’을 가산세로 부과하도록 규정하였다(2026년부터는 ‘공급가액에 4퍼센트를 곱한 금액’으로 개정되었다).

4) 예를 들어, 원고는 2017. 9. 30. 서울제약으로부터 2건의 매입세금계산서를 수취하였는데, 그 금액은 각각 80,525,956원, -87,792,029원이고(을 제3호증의 1 매입세금계산서 목록 참조). 이를 합산하면 –,266,073원이 되어, 원고는 이 금액을 기준으로 세금계산서불성실가산세를 부과하여야 한다고 주장하는 것으로 보인다.