매매사례가액을 시가로 보아 부당행위계산부인을 적용하기 위해서는 시가의 변동이 없었다는 사실을 과세관청이 입증하여야 함

이 사건 아파트의 매매시점과 매매사례 시점 사이의 3개월간 시세사이트를 기준으로 보아도 상당한 폭의 시세 상승이 있었던바, 피고가 그 사이의 시가가 상승하지 않았다는 사실을 입증하지 못하였으므로 부당행위계산부인을 적용할 수 없음

사 건

024구합66946 법인세부과처분취소

원 고

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 18.

판 결 선 고

2025. 10. 30.

주 문

1. 피고가 2023. 8. XX. 원고에 대하여 한 2020 사업연도 법인세 84,000,000원, 가산세22,659,840원의 부과처분을 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2008. 3. XX. 경영 및 경영컨설팅, 부동산 매매 및 임대업 등을 목적으로 설립된 주식회사로, 2013. 11. XX. C(원고의 대표자 B의 어머니)로부터 서울 ○○ 구 ○○ 동 소재 아파트(이하 ‘이 사건 아파트’라 한다)를 매수하여 2013. 11. XX. 원고 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 이 사건 아파트의 시가를 3,600,000,000원으로 보고, 2020. 9. XX. 특수관계인인 원고의 대표자 B에게 이 사건 아파트 중 7/10 지분을 매매대금 2,520,000,000원(이하 ‘이 사건 거래가액’이라 한다)에 매도하였고(잔금 지급일은 2020. 9. XX.로 정하였다), 2020. 10. XX. B에게 소유권일부이전등기를 마쳐주었다(이하 ‘이 사건거래’라 한다).

다. 원고는 이 사건 거래로 취득한 매매대금 2,520,000,000원을 2020 사업연도 소득금액에 포함하여, 2021. 3. XX. 피고에게 2020 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

라. ●●지방국세청장은 피고에 대한 종합감사를 실시하여, 이 사건 아파트와 같은 단지 내에 있는 서울특별시 강남구 소재 아파트(이하‘이 사건 비교대상 아파트’라 한다)가 2020. 12. XX. 거래가액 4,200,000,000원에 양도 된 사실을 확인하고, 위 금액의 7/10인 2,940,000,000원(이하 ‘이 사건 매매사례가액’이 라 한다)을 이 사건 아파트 중 7/10 지분의 시가로 확정한 후, 2023. 6. XX. 피고에게 구 법인세법(2020. 8. 19. 법률 제17476호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제52조 및 제55조의2를 적용하여 원고에 대한 2020 사업연도 법인세를 증액 경정할 것을 통지하였다.

마. 한편, 원고는 2023. 3. XX. 구 법인세법 제55조의2 에 따른 토지등 양도소득에 대한 2020 사업연도 법인세를 312,182,690원(세율 20%를 적용하여 산정, 총 납부세액: 507,575,908원)으로 수정신고·납부하였다가, 2023. 4. XX. 위 규정에 따른 법인세를 169,753,070원(세율 10%를 적용하여 산정, 총 납부세액: 365,146,222원)으로 변경하여 재차 수정신고하였다.

바. 피고는 ●●지방국세청장의 위 통지에 따라 부당행위계산 부인에 관하여 정하고있는 구 법인세법 제52조 및 토지등 양도소득에 대한 과세특례를 정하고 있는 구 법인세법 제55조의2 를 적용하여, 2023. 8. XX. 원고의 2020 사업연도 소득에 대한 법인세를 471,811,282원으로 산정하고 원고에게 위 신고납부세액 365,146,222원과의 차액인 106,659,840원(본세 84,000,000원, 가산세 22,659,840원)을 세액으로 결정·고지하였다(이 하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

사. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 11. XX. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 2. XX. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 4, 5호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이 하 같다), 을 제1 내지 6, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지

피고는 이 사건 거래 후 약 3개월이 지나 형성된 1건의 매매사례가액을 이 사건 아파트 중 7/10 지분의 시가로 인정하고 이를 기초로 이 사건 처분을 하였으나, 이 사건거래가 이루어졌던 2020년 하반기는 부동산 가격이 급등하던 시기였으므로 이 사건매매사례가액은 이 사건 아파트 중 7/10 지분의 객관적 시가로 볼 수 없고 이 사건 아파트에 관한 감정평가액도 존재하지 않으므로, 이 사건 거래 당시 이 사건 아파트의 시가는 2020. 1. XX. 기준 공동주택가격 1) 을 기준으로 산정하여야 하는바, 이 사건 거래가액은 위 공동주택가격보다 높은 금액이어서 이 사건 거래는 부당행위계산 부인의 대상인 ‘특수관계인에 대한 저가 양도’에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

<별지 생략>

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 관련 규정 및 법리

1) 구 법인세법 제52조 제1항 은 ‘납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 특수관계인과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산과 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산한다’고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호 , 제3항에 따르면, 여기서 조세 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 ‘자산을 시가보다 낮은 가 액으로 양도한 경우(다만, 시가와 거래가액의 차액이 3억 원 이상이거나 시가의 100분의 5에 상당하는 금액 이상인 경우에 한한다)’가 포함된다.한편 구 법인세법 제52조 제2항 은 ‘제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(시가)을 기준으로 한다‘고 규정하고 있고, 구 법인세법 시행령 제89조 제1항 , 제2항, 상속세 및 증여세법 제61조 제1항 제4호 에 따르면, 시가는 ① 해당거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격을 따르되, 시가가 불분명한 경우에는 ② 감정평가업자가 감정한 가액이 있는 경우 그 가액, ③ 위와 같은 감정가액도 없다면 부동산 가격공시에 관한 법률에 따른 개별주택가격 또는 공동주택가격에 의하여야 한다.

2) 구 법인세법 제52조 제2항 에서 정하는 ‘시가’란 원칙적으로 정상적인 거래에 의 하여 형성된 객관적인 교환가격을 말하는 것으로 거래가액을 증여 당시의 시가라고 할 수 있기 위해서는 객관적으로 보아 그 거래가액이 일반적이고도 정상적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다고 볼 사정이 있어야 하고(대법원 2007. 8. 23. 선고 2005두5574 판결 등 참조), 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제3호 에서 말하는 저가양도 여부를 판정함에 있어 그 양도자산의 시가에 대한 증명책임은 과세관청에 있으며(대법원 1996. 5. 10. 선고 95누5301 판결 등 참조), 여기서 시가를 산정함에 있어서는 당해 토지, 건물의 위치 등의 입지조건, 지목 기타 사용용도, 면적, 이용상황, 인접 및 유사 지역 내의 유사 토지의 적정거래가격 등을 종합적으로 참작하여 산정한 가격을 기준으로 하여야 할 것이고, 한편 부동산의 경우 그 객관적인 교환가치는 시간의 경과와 주위 환경의 변화 등 여러 가지 사정에 따라 수시로 변동할 수 있는 것이므로 평가기준일 이후에 있은 매매가액을 공급 당시의 시가로 볼 수 있으려면 당해 부동산에 관하여 그 사이 아무런 가격변동이 없었다는 점을 과세관청이 아울러 주장·증명하여야 한다(대법원 1996. 1. 23. 선고 95누12408 판결 등 참조).

나. 판단

앞서 든 증거들, 갑 제3, 8, 9, 10호증, 을 제9호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 제출된 증거들만으로는 이 사건 매매사례가액을 이 사건 거래와 ‘유사한 상황에서 제3자간에 일반적으로 거래된 가격’이라고 인정하기에 부족하고 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 매매사례가액을 이 사건 아파트 중 7/10 지분의 정당한 시가로 인정하는 전제에서, 이 사건거래를 구 법인세법 제52조 제1항 에 따른 부당행위계산 부인의 대상으로 보고, 이 사건 매매사례가액과 이 사건 거래가액의 차액을 익금에 산입하여 원고의 2020 사업연도 법인세액을 산정한 이 사건 처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

1) 이 사건 비교대상아파트는 이 사건 아파트와 같은 단지 내에 위치하고 있고, 주거전용면적이 동일하며 층수에 큰 차이가 없고, 고시주택가격도 동일한 것으로 보여, 일응 유사거래사례로 인정될 수 있는 요건을 갖추고 있는 것으로 보인다.

2) 그러나 특정 거래사례가액이 대상 부동산의 교환가치를 객관적이고 합리적으로 반영하지 못하다고 볼 수 있는 사정이 인정된다면, 단지 그 거래 목적물의 물리적 조건이 유사하다는 사정만으로 그 거래사례가액이 ’해당 거래와 유사한 상황에서 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격‘으로서 대상 부동산의 시가에 해당한다고 평가하기는 어렵다. 부동산 시장의 특성을 고려할 때, 단기간에 부동산 시세가 급등할 경우 매물이 품귀현상을 보이면서 동일한 시점에도 동일 단지 또는 인근 단지의 유사 매물 사이에도 매매가액의 편차가 매우 크게 벌어지는 경우가 드물지 않게 발생하고(매도자가 실거래가가 등록되지 않은 급등 시세정보를 제대로 파악하지 못하는 경우 저가거래가 이루어지기도 하며, 매수자가 시장상황을 선제적으로 파악한 상태에서 가격상승 예상분까지 반영하여 매수하는 경우 고가거래가 이루어지기도 한다), 한 달이 나 심지어 1, 2주 사이에도 상당한 수준으로 매매가액의 격차가 벌어지는 경우도 많이 발생하므로, 당시 시장상황이 단기간에 부동산이 급등하는 상황이었다면 기준시점 전후 3개월 내에 특정한 매매사례가 존재한다고 하여 해당 매매사례가액을 곧바로 대상부동산의 시가인 것으로 인정하기보다는 해당 거래사례가 대상 부동산의 시가를 합리적이고 객관적으로 반영하는 것인지를 신중히 검증할 필요가 있다.

3) 한편, 2012년부터 2021년까지 10년간 이 사건 아파트의 공시주택가격의 변동추이는 아래와 같은데, 2016년부터 공시주택가격이 급등하는 추세임을 알 수 있고, 특히 이 사건 거래 당시인 2020년에는 공시주택가격이 전년대비 약 26.85% 상승하였음을 알 수 있다.

4) 또한 이 사건 거래가 이루어졌던 2020. 9.경과 이 사건 비교대상 아파트에 대한거래가 이루어졌던 2020. 12.경 사이 이 사건 아파트의 시세 변동 추이는 아래와 같은 데, 약 3개월이라는 비교적 단기간이라는 점을 고려하면, 상당한 폭의 시세 상승이 있었음을 알 수 있다.

5) 위와 같이 이 사건 거래가 이루어질 당시에는 이 사건 아파트의 가격 변동 폭이 상당하였던 것으로 보이는바, 이러한 사정을 고려하면 이 사건 거래 시점으로부터 약 3개월 후 이 사건 비교대상아파트에 관하여 1회적으로 형성된 이 사건 매매사례가액은 이 사건 거래 당시 이 사건 아파트의 시가를 객관적이고 합리적으로 반영하고 있다고 평가하기 어렵다.

결 론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

1) 부동산 가격공시에 관한 법률에 따라 매년 1. 1.을 기준으로 국토교통부장관이 고시하는 가격을 말한다.