원고는 재단법인이 아니어서 원고 명의로 납골당 분양업을 영위할 수 없으며, 납골당 분양대행업은 면세사업에 해당하지 않으므로 이 사건 매입세액을 면세사업 관련 매입세액으로 보기 어려움

원고는 민법에 따라 봉안시설의 설치ㆍ관리를 목적으로 설립된 재단법인이 아니어서 원고 명의로 납골당 분양업을 영위할 수 없으므로 원고의 사업은 면세사업이 아닌 납골당 분양대행업에 해당하며, 이 사건 세액이 부가가치세법 제39조 제7호에 따른 공제하지 아니하는 매입세액으로서 면세사업인 납골당 분양업 내지 납골당 분양업을 위한 투자에 관련된 매입세액에 해당한다고 보기 어려움

사 건

2024구합12646 부가가치세환급 거부 및 부가가치세가산세부과처분 취소

원 고

주식회사 A

피 고

○○○세무서장

변 론 종 결

2025. 10. 21.

판 결 선 고

2026. 1. 13.

주 문

1. 피고가 2023. 8. 28. 원고에 대하여 한 2022년 2기분 부가가치세 환급신청 거부처분 및 2022년 2기분 부가가치세 초과환급신고가산세 5,273,636원의 부과처분을 모두 취소한다.

2. 소송비용은 피고가 부담한다.

청 구 취 지

주문과 같다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 건설시행 및 부동산컨설팅업, 납골당 분양 및 관리사업 등을 목적으로 1991. 3. 28. 설립된 주식회사이다.

나. 원고의 사업자등록상 사업의 종류는 ‘건설(건설시행), 도소매(무역), 서비스(납골당 분양 및 인테리어)’로 기재되어 있다.

다. 원고는 2022년 2기 부가가치세 과세기간 중인 2022. 8. 11.부터 2022. 12. 21. 까지 사이에 법무법인 BB로부터 법률서비스 용역(이하 ‘이 사건 용역’이라 한다)을 공급 받고, 아래 표 기재와 같이 공급가액 합계 536,363,631원의 매입세금계산서를 수취하였다.

라. 원고는 2023. 1. 17. 피고에게 2022년 2기 부가가치세와 관련하여 법무법인 BB로부터 수취한 위 각 세금계산서의 매입세액 합계 53,636,369원(이하 ‘ 이 사건 세액 ’ 이라 한다)에 대한 환급신청을 하였다.

마. 피고는 이 사건 세액은 부가가치세가 면제되는 면세사업인 납골당 분양업과 관련된 매입세액에 해당한다는 이유로 이 사건 세액을 불공제하고 초과환급신고가산세를 포함하여 2023. 8. 28. 원고에 대하여 2022년 2기 부가가치세 5,273,630원을 경정ㆍ고지(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)하였다.

바. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2023. 11. 3. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2024. 1. 19. 원고의 위 심판청구를 기각하였다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2, 5호증 및 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

이 사건 처분은 다음과 같은 이유로 위법하므로 취소되어야 한다.

가. 이 사건 세액은 부가가치세가 과세되는 건설시행 및 부동산컨설팅업 등과 관련된 매입세액에 해당한다.

나. 원고는 납골당 분양업을 영위할 수 있는 지위에 있지 않고, 납골당 분양업으로 인하여 수익을 얻은 바도 없어 원고에 대하여 이 사건 세액이 면세사업인 납골당 분양업과 관련된 매입세액에 해당함을 전제로 위 세액에 관한 부가가치세 환급 신고를 하지 않을 것에 대한 기대가능성이 있다고 보기 어려우므로, 원고에게는 불성실신고가산세를 부과하지 아니할 정당한 사유가 있다. 그럼에도 피고는 이 사건 세액이 면세사업인 납골당 분양업에 국한된 매입세액에 해당함을 전제로 이 사건 처분을 하였는바, 이 사건 처분은 조세공평주의 및 비례의 원칙에 위반된다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 구체적 판단

가. 관련 법리

민사소송법 규정이 준용되는 행정소송에서의 증명책임은 원칙적으로 민사소송 일반 원칙에 따라 당사자 간에 분배되고, 항고소송의 경우에는 그 특성에 따라 처분의 적법성을 주장하는 피고에게 그 적법사유에 대한 증명책임이 있다(대법원 2016. 10. 27. 선고 2015두42817 판결 등 참조).

나. 인정사실

앞서 든 증거들, 갑 제6, 7, 9, 10, 11, 14 내지 16호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 다음 사실이 인정된다.

1) 원고는 2005. 12. 8. 사업자등록상 상호를 ‘D종합개발 주식회사’에서 ‘주식회사 E 추모 공원’으로, 2005. 12. 9. 부업종을 ‘운수(자동차운수)’에서 ‘도소매(무역), 서비스(납골당 분양 등)’으로 각 변경하였다가, 2007. 1. 22. 상호를 ‘주식회사 E추모공원’에서 현재의 상호인 ‘주식회사 A’로 변경하였다.

2) 원고 법인등기사항증명서에는 원고의 사업목적으로 ‘건설시행 및 부동산컨설팅업’, ‘납골당 분양 및 관리사업’, ‘장의업 및 장의차량 운송업’, ‘건설 시공업’, ‘장례토탈서비스업’, ‘상조회운영’이 각 등기되어 있다.

3) 원고는 2005. 10. 29. 박CC으로부터 양주시 △△동 4xx-x, 4xx-x, 4xx-x(이하 ‘이 사건 사업부지’라고 한다)에 진행 중이던 봉안시설의 설치 및 분양사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 62억 원에 양수하고, F건설 주식회사(이하 ‘F건설’이라 한다)를 시공사로 선정하여 관련 공사를 진행하였으나, 2007. 5. 25. 법률 제8489호로 전부개정된 구 장사 등에 관한 법률 제15조 제3항 1) 에서 ‘유골 500구 이상을 안치할 수 있는 사설봉안시설을 설치ㆍ관리하려는 자는 민법에 따라 봉안시설의 설치ㆍ관리를 목적 으로 하는 재단법인을 설립하여야 한다’고 규정함에 따라, 원고는 이 사건 사업의 진행을 위하여 2007. 10. 24. 재단법인 K공원묘원(이하 ‘K공원묘원’이라 한다)을 인수하였다.

4) K공원묘원은 2009. 5. 19. 주식회사 P저축은행(이하 ‘P저축은행’이라 한다)로부터 120억 원을 대출(이하 ‘이 사건 대출’이라고 한다)받으면서 P저축은행 등과 ‘K공원묘원이 재단법인을 새로 설립하여 이 사건 사업을 진행하되, K공원묘원이 이 사건 사 업에 따른 분양수익금 계좌를 관리하며 분양수익금의 일정비율을 이 사건 대출의 상환에 사용하는 내용과 원고, 박QQ, 박RR, 노SS이 이 사건 대출에 대해 공동연대보증을 하는 내용 등을 정한 약정 (이하 ‘1차 약정’이라고 한다)을 체결하였는데, 1차 약정 제6조 제1항 가목은 ‘이 사건 사업으로 인한 분양수입금을 입금받기 위하여 P저축은행 및 신설재단법인의 공동명의, P저축은행 및 신설재단법인의 공동인감으로 하는 보통예금계좌 또는 이와 유사한 기능을 하는 요구불예금계좌를 개설하기로 하며, 위 계좌통장에 대한 관리는 P저축은행이 한다’라고 정하고 있다.

5) 이 사건 사업 진행 중 하수급업체인 주식회사 H이엔씨(이하 ‘H이엔씨’라 한다) 등이 F건설로부터 공사대금 등을 지급받지 못하였음을 이유로 이 사건 사업 부지에 신축된 봉안시설을 가압류하는 등의 문제가 발생하여 공사가 재차 중단되는 사태가 발생 하자, 원고와 P저축은행 등은 2011. 7. 4. H이엔씨 등까지 당사자로 포함하여 이 사건 사업의 진행 및 이해관계인들의 채권 정산에 관한 내용 등을 담은 새로운 약정 (이하 ‘2차 약정’이라 한다) 을 체결하였는데, 그 중 이 사건과 관련된 부분은 다음과 같다(‘갑’은 원고를, ‘ 을’은 P저축은행을, ‘병’은 농업협동조합중앙회 및 주식회사 I자산운용을, ‘정’은 F건설을, ‘무’는 K공원묘원을, ‘기’는 H이엔씨, 이LL, 김MM을, ‘경’은 엄NN, 박RR, 이장 등을 각 지칭한다).

제9조(분양수입금 등 자금관리계좌 지정 및 자금집행 순서)

① 이 사건 사업 추진으로 진행되는 분양대금은 모두 ‘을’이 '가칭 하◇◇ 재단법인' 명의로 ‘을’에 개설하여 정한 자금관리계좌로만 입금되어야 한다.

② ‘을’은 제1항에 의하여 입금되는 분양수입금을 다음 각 호의 순서로 지급한다.

1. 재단경비

2. ‘을’의 채권 원금에 대한 이자

3. 도로공사비

4. ‘을’과 ‘채권단’의 채권

제14조('을'의 대출원리금 완제 후 '을'의 의무)

'을'은 여하한 사유로 대출약정서에 의한 '무' 또는 '가칭 하◇◇ 재단법인'의 '을'에 대한 채무가 전액 변제된 경우, 즉시 '을'의 이 사건 사업 및 대출약정서에 의한 모든 권리를 포기하고, '가칭 하◇◇ 재단법인' 또는 '무' 재단법인의 이사장 및 이사로서의 지위 및 권한, 자금관리의 책임과 권한을 포기한다.

제15조('을'의 대출원리금 완제 후 '을'의 책임과 권한 포기 후 책임과 권한)

제14조에 의하여 '을'이 책임과 권한을 포기한 후 이에 관한 모든 책임과 권한은 '병', '정', '무', '기', ‘경' 중 '을'의 채권이 전액 변제된 당시 보유하는 채권금액이 가장 많은 자에게 주어지며 그 책임과 권한을 부여받은 자의 채무가 전액 변제된 경우 그 책임과 권한을 포기한다. (후략)

6) 그 후, 2차 약정 당사자들은 가칭 하◇◇ 재단법인의 설립이 곤란해지자 재단법인 J공원(이하 ‘J공원’이라 한다)을 인수하여 사업을 진행하기로 하고, K공원묘원은 2012. 8. 1. 이 사건 사업부지, 건물, 관련 인ㆍ허가권 일체를 J공원에 매도하였으며, J공원은 2013. 1. 29. 양주시로부터 이 사건 사업부지에 ‘하◇◇ 추모공원’ 이라는 사설봉안시설(이하 ‘이 사건 봉안시설’이라 한다)의 사용승인을 받아 위 봉안시설을 계속해서 운영하고 있다.

7) 원고는 P저축은행을 상대로 하여 서울중앙지방법원 2023가합46xxx호로 채무부 존재 확인 등을 구하는 소를, 같은 법원 2022가합52xxxx호로 손해배상금의 지급을 구하는 소를 각 제기 하고, 주식회사 P저축은행 외 12인 1) 을 상대로 하여 같은 법원 2023가합46xxx호로 정산금 등의 지급을 구하는 소를 제기하였으며(이하 위 각 민사소송을 통 칭하여 ‘관련 민사소송’ 이라 한다), 원고의 대표이사 내지 이사였던 이YY, 김MM과 이YY의 배우자이자 K공원묘원의 이사장인 박QQ가 공모하여 원고의 업무상 임무에 위배하여 이 사건 사업권을 J공원에 저가에 매도함으로써 원고에게 재 산상 손해를 가하였다는 특정경제범죄 가중처벌등에관한 법 률위반(배임)의 혐의로 이YY, 김MM, 박QQ를 고소하였고 , 이YY, 김MM, 박QQ는 2022. 9. 5. 특정경제범죄가중처벌등에관한법률위반(배임)의 공소 사실로 의정부지방법원에 공소제기 되었다(이하 ‘관련 형사소송’이라 한다).

8) 원고는 관련 민ㆍ형사소송 과정에서 법무법인 BB로부터 이 사건 용역을 공급받고, 공급 가액 합계 536,363,631원의 매입세금계산서를 수취하였다.

다. 구체적 판단

위 인정사실, 앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 들을 종합하여 보면, 이 사건 세액이 오로지 면세사업인 납골당 분양업에만 관련된 매입세액에 해당한다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 이와 전제를 달리 하는 이 사건 처분은 위법하여 취소되어야 한다. 따라서 원고의 이 부분 주장은 이유 있다 (원고의 이 부분 주장을 받아들이므로, 나머지 주장에 관하여는 나아가 판단하지 않는다).

① 관련 민사소송에서 제기된 원고 주장의 주요 내용은 다음과 같다.

ⓐ 서울중앙지방법원 2023가합46xxx호 채무부존재확인 등

1차 약정에 따른 원고의 P저축은행에 대한 연대보증채무의 이행기가 도래하지 않았고, 이 사건 사업에 관한 모든 인허가 명의가 J공원으로 이전되었으므로, 원고의 P저축은행에 대한 연대보증채무는 1차 약정 또는 P저축은행의 면제 또는 포기의 의사표시에 따라 면 제되었거나, 1차 약정, J공원의 채무인수 또는 변제, 5년의 상사소멸시효기간 도과로 인 하여 소멸되었다. 따라서 1차 약정에 기한 원고의 P저축은행에 대한 연대보증채무는 존재 하지 않는다.

ⓑ 서울중앙지방법원 2022가합527xxx호 손해배상(기)

P저축은행은 1, 2차 약정에 따라 이 사건 봉안시설 분양수익금을 P저축은행 및 다른 채권자들에 대한 채무 변제를 위하여 정산하고, 정산이 완료되면 이 사건 사업에 관한 권리와 J공원의 이사장 및 이사로서의 지위와 권한을 포기함과 동시에 원고에게 J공원에 대한 자금관리권을 반환하고, 남은 분양수익금을 지급할 의무가 있음에도 고의로 분양수 익 금을 정산하지 않음으로써 원고에게 J공원에 대한 자금관리권 등을 반환하지 않고 있다. 따라서 P저축은행은 원고에게 1, 2차 약정에 따라 정산 후 남은 분양수익금, 1, 2차 약정에 따른 P저축은행의 채무불이행으로 인한 손해배상금, 사기 또는 배임의 불 법 행위로 인한 손해배 상금을 지급할 의무가 있고, J공원의 이사장 및 이사로서의 지위와 권한, 자금관리의 책임과 권한을 포기하여야 한다.

ⓒ 서울중앙지방법원 2023가합46xxx호 정산금 등

2차 약정에 따른 이 사건 봉안시설 분양수익금 정산으로 P저축은행 외 12인의 채무가 모두 변제되었음에도 불구하고, P저축은행 외 12인은 계속하여 분양수익금을 분배받거나, 분양수익금이 원고에게 귀속됨을 알면서도 분양수익금의 일부를 사용하여 부당이득을 얻었으므로, 초과 지급받거나 사용한 분양수익금을 원고에게 반환할 의무가 있다.

② 피고는 원고가 이 사건 봉안시설 분양수익금의 반환과 관련된 분쟁을 해결하기 위 하여 법무법인 BB로부터 이 사건 용역을 공급받았음을 이 사건 처분의 근거로 주장 하나, 관련 민사소송에서 제기된 원고의 주장 내용에 비추어 보면, 원고는 K공원 묘원이 P저축은행으로부터 대출을 받는 과정에서 원고와 P저축은행 사이에 체결된 1차 약정에 따른 연 대보증채무의 부존재 확인을 구하고, 2차 약정에 따라 P저축은행 에 부여되어 있던 J공원의 이사장 지위 및 이사 임면권, 자금관리권 회복을 위하여 관련 민ㆍ형사소송을 제기한 것으로도 볼 수 있어 피고의 주장과 같이 원고가 이 사건 봉안시설의 분양수익금의 정산 내지 반환만을 구하거나, 이를 주된 목적으로 하여 관련 민ㆍ형사소송을 제기하고, 그 과정에서 법무법인 BB로부터 이 사건 용역을 공급받았 다고 단정하기는 어렵다.

③ 부가가치세법 제2조 제3호 는 ‘사업자’를 ‘사업 목적이 영리이든 비영리이든 관계없이 사업상 독립적으로 재화 또는 용역을 공급하는 자’를 말한다고 규정하고 있고, 부가 가치세법 시행령 제35조 제7호는 ‘장사 등에 관한 법률(이하 ’장사법‘이라 한다) 제14조 부터 제16조까지의 규정에 따라 사설묘지, 사설화장시설, 사설봉안시설 또는 사설자연장지를 설치ㆍ관리 또는 조성하는 자가 제공하는 묘지분양, 화장, 유골 안치, 자연장지분양 및 관리업 관련 용역’을 면세하는 의료보건 용역으로 규정하고 있으므로, 원고가 납골당 분양 업을 영위하는 ‘사업자’에 해당한다고 하기 위해서는 원고가 부가가치세법 시행령 제35조 제7호가 규정하고 있는 ‘묘지분양, 화장, 유골 안치, 자연장지분양및 관리업 관련 용역‘을 사업상 독립적으로 공급하였어야 한다.

그런데, 이 사건 사업권은 원고, K공원묘원, J공원으로 순차 양도되었고, 이 사건 봉안 시설은 J공원이 양주시로부터 사용승인을 얻은 2013. 1. 29. 비로소 그 운영을 시작 하였을 것으로 보이므로, 원고가 이 사건 봉안시설의 설치ㆍ관리 또는 조성하는 자로서 위 봉안시설 이 용객들에게 묘지분양, 화장, 유골 안치, 자연장지분양 및 관리업 관련 용역을 제공하였다고 볼 수 없어 원고가 면세사업인 납골당 분양업을 영위하는 ‘사업자’에 해당한다고 보기 어렵다.

④ 또한, 관련 민ㆍ형사소송을 통하여 원고가 이 사건 사업권을 회복하여 이 사건 봉안 시설에 대한 직접적인 관리ㆍ운영권한이나 그에 직ㆍ간접적으로 관여할 권한을 얻게 된다고 하더라도 장사법 제15조 제4항 본문이 ‘유골 500구 이상을 안치할 수 있는 사설 봉안시설을 설치ㆍ관리하려는 자는 민법에 따라 봉안시설의 설치ㆍ관리를 목적으로 하는 재단법인을 설립하여야 한다 ’ 고 규정하고 있으므로, 민법에 따라 봉안시설의 설치ㆍ관 리를 목적으로 설립된 재단법인이 아닌 원고로서는 원고 명의로 납골당 분양업을 영위할 수도 없어 결국 납골당 분양대행업 등을 통하여 이 사건 사업을 할 수 있다고할 것인데, 납골당 분양대행업은 면세사업에 해당하지 않는다. 따라서 이 사건 세액이 부가가치세법 제39조 제7호에 따른 공제 하지 아니하는 매입세액으로서 면세사업인 납 골당 분양업 내지 납골당 분양업을 위한 ‘ 투자 ’ 에 관련된 매입세액에 해당한다고 보기도 어렵다.

⑤ 피고는 2016 내지 2022년 부가가치세 과세기간 중 과세사업인 건설업 관련 매출이 없음을 이 사건 처분의 근거로 주장하나, 원고의 법인등기사항증명서상 사업 목적으로 건설업 이외에 부동산컨설팅업도 등기되어 있고, 위 부동산컨설팅업은 과세사업에 해당 하며, 원고, K공원묘원, J공원에 순차로 양도된 이 사건 사업은 이 사건 봉안시설 관리 ㆍ운영뿐만 아니라 이 사건 사업부지에 이 사건 봉안시설을 신축하는 것도 그 내용으로 하고 있으므로, 이 사건 사업권의 회복을 위한 관련 민ㆍ형사소송 과정에서 발생한 이 사건 세액이 건설업 내지 부동산컨설팅업 관련 매입세액에 해당될 여지도 있다고 보이므로, 피고가 주장하는 위와 같은 사정만으로 이 사건 세액이 납골당 분양업에 국한된 매입세액에 해당한다고 단정하기는 어렵다.

⑥ 부가가치세법 제40조 는 ‘사업자가 과세사업과 면세사업등을 겸영(兼營)하는 경우에 과세사업과 면세사업 등에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속(實地歸屬)에 따라 하되, 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 등 대통령령으로 정하는 기준(이하 “공통매입세액 안분기준” 이라 한다)을 적용하여 대통령령으로 정하는 바에 따라 안분(按分)하여 계산한다’고 규정하고 있는바, 설령 원고가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 사업자에 해당하고, 이 사건 세액을 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액으로 본다고 하더라도, 총공급가액에 대한 면세 공급가액의 비율에 의해 계산하여야 하는데, 원고는 과세공급가액만 있을 뿐 면세공급가 액이 전혀 없으므로, 이 사건 세액은 환급대상에 해당하게 되는바, 이러한 측면에서 보더 라도 이 사건 처분은 부당하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있어 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다

1) 현행 장사법 제15조 제4항 본문과 그 내용이 동일하다.

2) 주식회사 P저축은행, F건설 주식회사, 주식회사 하나□□□□자산운용, H이엔씨 주식회사, 이LL, 김MM, 노SS, 주식회사 하◇◇추모공원, 주식회사 쿠□□□□, 주식회사 하□□, 주식회사 나□□□, 주식회사 지□□□, 재단법인 J공원