연구인력개발비를 계산할 때 사업양수법인의 경우 사업양도인으로부터 발생한 연구개발비는 사업양수법인에서 발생한 것으로 봄.

증가분 방식으로 사업양수법인의 직전년도 연구인력개발비 산정시 사업양도인으로부터 발생한 연구인력개발비를 합산하여 연구인력개발비 증액분을 산정한 것은 정당함

사 건

2024구합20408 법인세등부과처분등취소청구

원 고

○○ 주식회사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 10.

판 결 선 고

2025. 11. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

1. 피고가 20○○. ○○. ○○. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 2016 사업연도 법인세 부과처분 0,000,000,000원에서 피고가 직권취소한 000,000,000원을 제외한 나머지 0,000,000,000원 중 0,000,000,000원을 초과하는 부분(0,000,000,000원, 가산세 포함)을 취소한다.

2. 피고가 20○○. ○○. ○○. 원고에 대하여 한 별지 1 목록 기재 법인세 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 당사자 지위 등

원고 및 원고의 관계회사인 주식회사 ○○, 주식회사 ○○, 주식회사 ○○(이하 각각 ‘○○’, ‘○○’, ‘○○’이라고만 한다) 3개사(이하 ‘램프 3사’라 한다)는 자동차 램프를 개발 및 제조하여 ○○ 주식회사 등에 납품하는 업체로, 원고는 2016년 말 기준 ○○ 지분을 21.67%, ○○ 지분을 29.59%, ○○ 지분을 34.29% 각 보유하고 있었다.

나. 원고와 램프 3사 연구소 통합

1) 원고 및 램프3사는 각각 기업부설연구소(이하 ‘연구소’라고만 한다)를 설립·운영하면서 조세특례제한법 제10조 의 연구·인력개발비(이하 ‘연구개발비’라 한다)에 대한 세액공제를 적용받기 위해 연구개발비를 자체적으로 각 신고하여 왔다.

2) 원고 및 램프 3사는 램프 3사의 각 연구소를 폐쇄하고 원고의 연구소에 통합하기로 하면서 2016. ○○. ○○. 램프 3사가 원고로부터 자동차 부품 제조, 판매 관련 라이선스, 기술정보 및 노하우를 제공받고 원고에게 일정한 로열티를 지급하기로 하는 내용의 기술사용계약을 각 체결하였고(이하 ‘이 사건 기술사용계약’이라 한다), 같은 날 원고가 램프 3사 연구소에서 사용하던 장비 등 연구용 자산을 양수하기로 하는 내용의 연구소 자산 매각 계약을 각 체결한 후 자산을 순차로 인수하였고, 램프 3사의 연구 인력들의 고용을 승계하였다(이하 ‘이 사건 자산양수’라 한다).

다. 원고의 2016 및 2017 사업연도 세액공제 신고 및 법인세 부과

1) 원고는 2016 사업연도 법인세 신고 당시 구 조세특례제한법(2016. 12. 20. 법률 제14390호로 일부 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 제3호 (가)목(이하 ‘증가분 방식’이라 한다)을 적용하여 연구개발비 세액공제를 신고하였다. 증가분 방식은 해당 연도의 연구개발비에서 직전 과세연도 연구개발비를 공제하고 남은 연구개발비에 40/100을 곱한 금액을 세액공제 받는 것인데, 원고는 2016년도 연구개발비로 000억 0,000만 원을 신고하면서 직전연도 연구개발비 000억 0,000만 원을 공제한 00억 000만 원의 40%인 00억 00000만 원의 세액공제를 적용하였다(원고와 피고 모두 100만 원을 최소 단위로 변론에 임하고 있어, 이하에서는 특별한 사정이 없는 한 100만 원을 최소 단위로 한다).

2) 원고는 2017 사업연도 중 지출한 연구개발비에 대하여 구 조세특례제한법 (2017. 12. 19. 법률 제15227호로 일부 개정되기 전의 것) 제10조 제1항 제3호 (나)목(이하 ‘발생분 방식’이라 한다)을 적용하여 세액공제를 신고하였다. 발생분 방식은 해당 연도에 발생한 연구개발비 중 일정 비율의 연구개발비를 세액공제받는 방식인데, 원고는 000억 0,000만 원 중 3%를 적용한 00억 0,000만 원의 세액공제를 적용하였다.

3) ○○지방국세청은 원고의 2016 사업연도부터 2019 사업연도에 대한 법인세 통합조사를 실시하였는데, 원고가 이 사건 자산양수를 통하여 램프 3사의 각 연구소를 사업양수도를 통하여 통합한 것으로 보고 증가분 방식이 아닌 발생분 방식에 따라 세액공제액을 산정하여야 한다는 등의 이유로 피고에게 각 사업연도 법인세 과세표준 및세액을 증액경정 하라고 통보하였고, 이에 피고는 2021. ○○. ○○. 원고에게 별지 2 법인세 부과 내역 중 ‘증액경정’란 기재 각 돈과 같이 2016 사업연도부터 2019 사업연도 각 법인세를 부과·고지하였고, 원고가 이에 대하여 조세심판을 제기하였다.

4) 위 조세심판이 진행 중이던 2022. ○○. ○○. 피고는 원고의 2016년도 연구개발비에 램프 3사의 1개월분(2016. 12. 1.부터 같은 달 31.까지) 상당의 연구개발비가 포함되어 있다는 이유로, 원고의 2016년도 연구개발비에 램프 3사의 1개월분 상당의 연구개발비(램프 3사의 2016 사업연도 연구개발비의 1/12)를 더한 000억 0,000만 원을 기준으로 직전연도 연구개발비(원고의 2015년도 연구개발비와 램프 3사의 2015년도 연구개발비 중 1/12를 합한 000억 0,000만 원)와 비교하는 증가분 방식을 적용하여 00억 000만 원을 정당한 세액공제액으로 판단하였고 그에 따른 법인세액 000,000,000원을 직권으로 감액경정 하였다(이하 2021. ○○. ○○.자 2016 사업연도 법인세 부과처분액 0,000,000,000원 중 피고가 직권취소한 위 000,000,000원을 제외한 나머지 0,000,000,000원 부분을 ‘이 사건 부과처분’이라 한다).

5) 원고는 2022. ○○. ○○. 2017년도 연구개발비 000억 0,000만 원에서 원고의 직전연도 연구개발비 000억 0,000만 원을 공제하여 증가분 방식으로 세액공제를 하면 000억 0,000만 원을 세액공제를 받을 수 있다고 보고, 2017 사업연도 연구개발비 세액공제액 000억 0,000만 원을 추가로 공제하여 주고, 2017 사업연도 연구개발비 경정 인용시에 미환류소득 이월분 경정으로 인한 세액공제액을 2018, 2019 사업연도로 이월하여 공제할 것을 피고에게 경정청구하였다.

피고는 2022. ○○. ○○. 이 사건 자산양수를 구 조세특례제한법 시행령(2020. 2. 11. 대통령령 제30393호로 일부 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제9조 제6항의 사업양수도로 보면, 원고의 직전 사업연도인 2016년도 연구개발비에 램프 3사의 2016년도 연구개발비(2016. 1. 1.부터 같은 해 11. 30.까지 발생한 연구개발비)를 포함하면 000억 000만 원이 되므로, 종전 발생분 방식에 의한 세액공제가 증가분 방식에 의한 세액공제보다 원고에게 더 유리하다는 이유로 경정을 거부하였다(이하 ‘이 사건 경정거부처분’이라 하고, 이 사건 부과처분과 합하여 ‘이 사건 처분’이라 한다).

라. 조세심판

원고는 이 사건 처분에 불복하여 2022. ○○. ○○. 및 같은 해 ○○. ○○. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2023. ○○. ○○. 위 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1, 3, 4, 6 내지 11호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 원고의 주장은 2016년도 세액공제액 부분과 2017년도 세액공제액 부분으로 나눌 수 있다.

1) 이 사건 부과처분과 관련하여 2016 사업연도 세액공제액 산정 시, 피고는 이 사건 자산양수가 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 의 ‘사업양도’에 해당한다고 보고, 원고의 2016년 사업년도 세액공제액 산정시 직전 과세연도인 2015 사업연도의 연구개발비에 램프 3사의 2015 사업연도 연구개발비 합계액의 1/12 상당액을 합산하여 증가분을 계산하였는데, 이러한 피고의 방식은 근거가 없다.

2) 이 사건 처분과 관련하여 2017 사업연도 세액공제액 산정 시, 피고는 이 사건 자산양수를 사업양도로 보고, 직전 과세연도인 2016년도의 연구개발비에 램프 3사의 2016년도(2016. 1. 1.부터 같은 해 11. 30.까지)의 연구개발비를 합산하여, 증가분 방식으로 이를 계산하였다.

그러나 ① 원고 회계법인들이 원고가 연구개발비를 일괄 부담하고 그에 대한 대가를 받는 방식으로 개편할 것을 권고함에 따라 램프 3사의 각 연구소를 폐쇄하고 원고 산하 연구소로 통합하기 위해 원고가 램프 3사의 연구용 자산 일부를 양수하고 인력을 전입 받은 것으로서 개별적인 자산의 양수도에 불과한 점, ② 애당초 램프 3사의 연구소는 조직화된 인적·물적 시설의 유기적 결합체로서 램프 3사와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있는 사업이라고 보기 어려운 점(각 사의 연구소는 자동차부품 제조업을 영위하기 위한 목적에서 운영해 온 내부 조직에 불과하다), ③ 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 의 입법취지 및 관련 규정의 해석상 사업양도는 연구개발 조직과 구분되는 본래의 수익 사업을 양도하는 경우를 전제하는 것으로 보아야 하는데 이 사건 자산양수는 그 자체로 수익을 창출할 수 없는 법인 내부 연구개발 조직의 개편에 불과한 점 등에 비추어 보면, 이 사건 자산양수는 램프 3사 산하 연구소들의 개별 자산이 양도된 경우로서 이를 사업양도라고 볼 수 없다.

나. 따라서 이 사건 자산양수가 있기 전인 2015 사업연도 기간 및 2016. 1. 1.부터 2016. 11. 30.까지의 기간은 램프 3사의 각 연구소들이 별도로 운영된 기간인바, 위 기간 동안 램프 3사의 연구개발비를 원고의 2015 사업연도 및 2016 사업연도 연구개발비에 임의로 합산할 수는 없다.

3. 관련 법령

별지 3 기재와 같다.

4. 판단

가. 이 사건의 전제되는 쟁점의 정리

구 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 본문은 특정 연구개발비의 경우 (가)목 증가분 방식과 (나)목 발생분 방식 중 선택하는 방식에 따라 산정한 금액을 세액에서 공제할 수 있도록 정하고 있고, 위 조항 단서는 직전 과세연도에 발생한 연구개발비가 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 연 평균 발생액보다 적은 경우에는 발생분 방식에 의하여 세액공제액을 산정하도록 정하고 있다. 한편, 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 은 위 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 일반연구·인력개발비의 합계액을 계산할 때 사업양수법인의 경우에는 사업양도를 하기 전에 사업양도인으로부터 발생한 연구개발비는 사업양수법인에서 발생한 것으로 본다고 정하고 있다.

따라서 구 조세제한특례법 제10조 제1항 제3호 본문 및 단서 조항, 같은 법 시행령 제9조 제6항의 체계적인 해석상 우선 원고는 증가분 방식 혹은 발생분 방식에 따라 세액공제액 중 유리한 방식을 선택할 수 있는 것이 원칙이다.

하지만 이 사건 자산양도가 사업양도에 해당할 경우에는, 직전 연도 연구개발비가 해당 과세연도 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구개발비의 연 평균 발생액보다 적은 경우에는 발생분 방식에 의한 세액공제액을 계산하여야 하고, 이때에는 사업양도인의 연구개발비를 포함하여 이를 계산하여야 한다.

다만 원고는 이 사건 처분이 이 사건 자산양수를 사업양수임을 전제로 한 것이라고 다투면서도 2016년 및 2017년 세액공제액을 계산함에 있어서 발생분 방식을 주장하지 않고 증가분 방식을 주장하면서, 램프 3사의 사업양수를 부정하여 직전연도의 연구개발비에 램프 3사의 연구개발비를 제외하여 세액공제액을 최대화하는 주장을 하고 있다. 이렇듯이 증가분 방식으로 세액공제액을 계산할 경우 직전 과세연도 연구개발비 지출액이 감소할수록 증가분 방식으로 인한 세액공제액이 증가하게 되므로, 이 사건 자산양수를 사업양도로 보아 원고의 직전 과세연도(2015 사업연도 및 2016 사업연도) 연구개발비에 램프 3사의 직전 과세연도 연구개발비를 포함시킬 것인지 여부, 즉 이 사건 자산양수가 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 이 정한 ‘사업양도’에 해당하는지 여부가 이 사건의 쟁점이다.

나. 관련 법리

구 조세특례제한법상 연구개발비 세액공제 제도는 기업의 연구개발전담부서에서 소요되는 일정 범위의 인건비 등이 있는 경우에는 기업의 기술인력개발을 장려하려는 목적에서 일정 범위의 금액을 해당 과세연도의 소득세 또는 법인세에서 공제하도록 하는데 그 취지가 있다(대법원 2001. 1. 19. 선고 99두8718 판결 참조).

또한, 사업의 양도란 ‘사업장별로 그 사업에 관한 모든 권리와 의무를 포괄적으로 승계시키는 것’이라고 규정하고 있는바, 여기서 말하는 '사업의 양도'라 함은 사업용 재산을 비롯한 물적·인적시설 및 권리의무를 포괄적으로 양도하여 사업의 동일성을 유지하면서 경영주체만을 교체시키는 것을 뜻한다고 할 것이므로, 그 사업은 인적·물적시설의 유기적 결합체로서 경영주체와 분리되어 사회적으로 독립성을 인정받을 수 있어야 하고(대법원 1998. 7. 10. 선고 97누12778 판결, 대법원 2006. 4. 28. 선고 2004두8422 판결 등 부가가치세 관련 판결 참조), 이러한 법리는 법인세 부과처분 시 연구개발비 세액공제를 함에 있어서 사업양도인지 여부에 관한 판단에도 그대로 적용할 수 있을 것으로 보인다.

한편, 상법상 영업의 양도란 일정한 영업목적에 의하여 조직화된 업체, 즉 인적․물적 조직을 그 동일성을 유지하면서 일체로서 이전하는 것으로서 영업의 일부만의 양도도 가능하고, 이러한 영업양도가 이루어진 경우에는 원칙적으로 해당 근로자들의 근로관계가 양수하는 기업에 포괄적으로 승계된다(대법원 1991. 8. 9. 선고 91다15225 판결 등 참조). 영업의 양도로 인정되는지는 단지 어떠한 영업재산이 어느 정도로 이전되어 있는가에 의하여만 결정되는 것이 아니고, 종래의 영업조직이 유지되어 그 조직이 전부 또는 중요한 일부로서 기능할 수 있는가에 의하여 결정되어야 한다. 영업재산의 일부만을 양도했어도 그 부분만으로도 종래의 조직이 유지되어 있다고 사회통념상 인정되면 영업의 양도로 인정할 수 있지만, 영업재산의 전부를 양도했어도 그 조직을 해체하여 양도했다면 영업의 양도로 인정되지 않는다(대법원 2001. 7. 27. 선고 99두2680 판결, 대법원 2005. 6. 9. 선고 2002다70822 판결 등 참조).

다. 이 사건 자산양수가 사업양수에 해당하는 지에 대한 판단

1) 인정되는 사실

앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하면 아래와 같은 사실을 인정할 수 있다.

가) 이 사건 자산양수 이전에 원고 및 램프 3사는 개별적으로 기업부설연구소를 신고·등록하고 연구개발비 세액공제 역시 개별적으로 적용·신고하여 왔는데, 원고 및 램프 3사의 각 연구소는 모두 동일한 원고 소유의 진량 공장 건물에 위치하고 있었다. 다만 램프 3사는 고객과 차종에 따라 서로 다른 램프를 연구개발 하였으며, 연구소마다 전용 연구공간을 갖추고 있었고, 독립적으로 연구개발활동을 해 왔다.

나) 원고의 해외 계열사들은 원고 및 램프 3사의 연구소로부터 기술을 제공받고 있음에도 불구하고 원고에게만 연구개발대가를 지급하고 램프 3사에는 대가를 지급하지 아니하고 있었다.

다) 원고는 이 사건 자산양수로 램프 3사의 연구소 소속 직원 000명 전원 및 주요 물적 시설 대부분을 그대로 양수하였고, 램프 3사의 직원들은 연구소 통합 후에도 이전과 동일한 연구를 수행하였다. 다만, 이 사건 자산양수 당시 원고와 램프 3사는 램프 3사가 양수 이전부터 보유하고 있던 연구개발 결과물 등의 지적재산권에 대한 별도의 양수도 계약을 체결하지 않았다.

라) 2012 사업연도부터 2017 사업연도까지 원고 및 램프 3사의 연구개발비 내역은 아래와 같다.

<표 내용 생략>

마) 한편, 이 사건 자산양수 이후 ○○은 2017. 4. 1. ○○과 ○○을 합병하였고, 원고는 2019. 4. 1. ○○을 합병하였다.

2) 판단

위 인정사실에 앞서 든 증거와 갑 제2, 22호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들을 종합하면 이 사건 자산양수는 구 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 에서 정한 ‘사업양도’에 해당한다. 따라서 피고가 원고의 2016년, 2017년 연구개발비를 계산함에 있어서 램프 3사의 연구개발비를 포함하여 증가분 방식으로 계산한 것은 정당하다.

가) 연구개발비 세액공제는 기업이 보다 더 많은 연구개발비를 투자하도록 유인하기 위하여 조세특례제한법 제10조 제1항 제3호 에서 직전 4년간 평균발생액 대비 당해 연구개발비를 더 많이 지출한 경우 직전년 대비 증액된 연구개발비의 40%(2016 과세연도의 경우) 또는 30%(2017 과세연도의 경우)를 공제받도록 규정하면서, 다만 합병 등의 사유로 합병법인 등의 연구개발비가 급증한 것처럼 일시적인 착시현상이 발생하여 부당하게 과도한 세액공제액이 발생하는 것을 방지하지 위하여 같은 법 시행령 제9조 제6항은 피합병법인의 연구개발비를 합병법인의 연구개발비에 포함하여 증가여부를 비교하도록 하고 있다.

나) 다음과 같은 사정들에 의하면, 원고가 램프 3사의 사업 부분인 연구소의 물적·인적시설 및 권리의무를 포괄적으로 양수한 것으로 평가할 수 있다.

○ 앞서 살핀 바와 같이 원고는 램프 3사의 연구소 소속 직원 전원 및 주요 물적 시설 전부를 양수하였고 위 직원들은 연구소 통합 후에도 사실상 동일한 연구를 수행하였고, 연구소 부분의 경영주체만 원고로 변경되었다.

○ 원고는 이 사건 자산양수 후 원고와 램프 3사 연구조직을 전면적으로 새롭게 구성하였다고 하나 대략적으로 보아 원고와 램프 3사 전체를 두고 이 사건 자산양수 이전과 이후를 비교하면 원고와 램프 3사 연구소의 주요 고객은 여전히 ○○, ○○, ○○ 등으로 변동이 거의 없다.

○ 원고와 램프 3사 사이에 램프 3사가 보유한 지적재산권 등 연구개발 결과물에 대한 별도의 양수도계약이 없기는 하였으나 이는 이 사건 자산양수 이전에 이미 램프 3사 연구소의 연구개발 결과물에 대하여는 원고 명의로 특허 등 등록을 하였거나 해외계열사들이 램프 3사의 기술을 사용하더라도 그 대가는 원고에게만 지급하여 왔기때문에 원고에게 이를 이전할 필요가 없었기 때문이다.

○ 원고는, 각 연구소는 자동차 램프 판매라는 영업목적을 위한 사업의 구성요소일 뿐 독립적으로는 수익을 창출할 수 없어 조직의 일부에 불과하고 양도의 대상이 되는 사업이 아니라고 주장한다.

그러나, 원고는 이 사건 자산양수 당시 램프 3사가 원고로부터 자동차 부품 제조, 판매 관련 라이선스, 기술정보 및 노하우를 제공받고 일정한 로열티를 지급하기로 하는 내용의 이 사건 기술사용계약을 각 체결하면서 램프 3사로부터 로열티를 받을 수 있게 되었는데, 이는 이 사건 자산양수가 단순히 연구소의 물적·인적 통합에 그친 것이 아니라 연구소 자체로도 지적재산권 관련된 수익을 창출할 수 있는 하나의 사업 부분임을 의미한다.

○ 따라서 조세특례제한법 시행령 제9조 제6항 에서 ‘사업양도’라는 표현을 사용하고 있기는 하나, 위와 같은 사정들에 비추어 보면 이 사건 자산양수는 원고 및 램프 3사의 단순한 내부조직에 불과한 연구소를 통합한 것이 아니고, 일정한 영업목적에 의하여 조직화된 업체, 즉 인적ㆍ물적 조직 및 권리의무를 그 동일성을 유지하면서 일체로서 이전하여 사실상 경영주체만이 변경된 것으로 사실상 영업의 일부를 포괄적으로 양도한 것에 해당된다고 봄이 타당하다.

다) 원고의 경우 2016. 12. 1. 연구소 통합으로 2016년도에 램프 3사의 연구원 12월분 급여 및 램프 3사에서 진행하던 프로젝트 관련 연구개발비가 지출되면서 약 000억 원에서 약 000억 원으로 연구개발비가 크게 증액되었고, 2017년도에는 000억 원으로 연구개발비가 크게 증액되기는 하였으나, 실제 원고 및 램프 3사 연구인력 수 및 무형자산 등은 앞서 살핀 바와 같이 거의 변동이 없었고, 원고 및 램프 3사의 연구개발비 합계액 역시 2015년 000억 원에서 2016년 000억 원, 2017년 000억 원으로 각 증가한 것에 불과하여 크게 변동이 없었다. 이런 상황 속에서 2016년도와 2017년도에 증액된 원고의 연구개발비를 전액 증액분으로 보아 세액공제를 허용하는 것은, 기업의 기술인력 및 개발 투자를 장려하려는 증가분 방식의 연구개발비 세액공제를 허용하는 취지에 부합하지 않는다.

라) 원고는 이 사건 자산양수의 동기는 경영 합리화를 위한 조치로서 2015. 12.경 개정된 국제조세조정에 관한 법률에 따라 관계사 간 거래(특히 무형자산)에 적용되는 이전가격에 대한 과세가 강화되자 이에 대응하기 위하여 원고가 관계사들로부터 연구개발을 위탁받아 수행하는 방식으로 재편하여 무형자산 거래를 간소하게 하고 해당 무형자산 거래에 대해서는 정당한 보상체계를 수립하기로 하면서 램프 3사의 개별연구소의 연구기능을 원고 연구소로 이전하기로 결정한 것이고, 원고가 연구개발비를 통한 세액공제를 받기 위하여 이 사건 자산양수를 한 것이 아니고, 단순한 경영 개선을 위한 개별적인 자산의 이전에 불과하다고 주장한다.

살피건대 원고가 2016. 5.경 ○○회계법인과 ○○회계법인에게 의뢰한 자문 결과 보고서인 「이전가격 위험진단 및 정책수립 검토 보고자료」(갑 제22호증)에 의하면, 위 이전의 기대효과로 ‘연구결과물 소유관계의 단순화 가능’, ‘연구개발세액공제를 통한 절세효과 증대’, 고려사항으로 ‘포괄적 영업양수도 적정 영업권 대가의 산정(개별양수도 고려 필요)’ 등이 각 기재되어 있고(제10면), 이를 토대로 원고가 2016. 9. 28.경 작성한「연구소 통합 실행안 검토」(갑 제2호증)에 의하면, 이전 방법으로 램프 3사를 포괄적으로 양수할 것인지 아니면 해당 연구소의 인적·물적 설비를 개별로 순차적으로 양수할 것인지 검토한다고 기재되어 있다(‘포괄양수도 vs. 개별양수도’, 제8면). 이에 대하여 원고는, 위 ‘포괄양수도 vs. 개별양수도’는 램프 3사의 과거 연구개발 결과물의 이전 여부를 고려하여야 한다는 취지이지 증가분 방식으로 연구개발비 세액공제를 더 많이 받기 위하여 포괄양수도가 아닌 개별양수도를 선택하라는 취지는 아니었다고 주장하나, 포괄양수도이든 개별양수도이든 연구소 통합을 통해 달성하고자 하는 여러 목적 중 하나로 연구개발비 세액공제를 통한 절세를 위해 이 사건 자산양수가 행해진 것은 분명하다.

라. 피고의 2016년도 세액공제 방식의 당부에 대한 판단

앞서 본 바와 같이, 피고는 2020. 00. 00. 직권으로 원고의 2016년도 세액공제액을 증가분 방식으로 계산하면서 원고의 2016년도 연구개발비 000억 0,000만원(원고 및 램프 3사의 2016년 연구개발비 중 1/12을 합한 금액)과 비교할 직전 과세연도의 연구개발비를 계산함에 있어서 원고의 2015년도 연구개발비 000억 0,000만 원과 램프 3사의 2015년 연구개발비 중 1/12인 00억 0,000만 원을 더한 합계 000억 0,000만 원을 공제하여 세액공제액을 산출하였다[(000억 0,000만 원-000억 0,000만 원=00억 0,000만×0.4 = 00억 000만 원].

원고는, 피고의 이러한 계산방법은 잘못된 것으로, 이 사건 자산양수 이전에는 각기 별도로 운영되던 램프 3사의 2015년도 연구개발비 중 1/12인 00억 0,000만 원을 추가하지 않아야 한다고 주장한다.

이에 대하여, 피고는 유사 쟁점 판결(수원고등법원 2021. 3. 31. 선고 2020누12052)를 인용하면서 증가분 방식에 따른 연구개발비 세액공제 산정시 세액공제 대상인 증가분의 계산은 해당 연도에 대응하는 직전 연도의 연구개발비와 비교하여 산정하여야 하므로 월할 계산을 하는 것이 타당하다고 주장한다.

살피건대, 구 조세제한특례법 제10조 제1항 제3호 (가)목은 “해당 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비가 직전 과세연도에 발생한 일반연구ㆍ인력개발비를 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 30”에 해당하는 금액을 세액공제를 하도록 규정하고 있을 뿐이다. 이 사건과 같이 원고가 2016년 12월에 램프 3사를 합병한 것처럼 과세연도의 중간에 사업을 양수한 후 증가분 방식에 의한 세액공제를 신청할 경우에는 비교대상이 되는 직전연도의 연구개발비에 사업양도인의 연구개발비까지 포함할 것인지에 관하여는 아무런 규정이 없다.

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2020. 7. 29. 선고 2019두56333 판결 등 참조).

이 사건에 있어서는 다음과 같은 사정들들 보태어 보면, 피고가 2016년도 연구개발비 세액공제액을 계산함에 있어서 직전 연도인 2015년도 연구개발비에 원고뿐만 아니라 사업양도인인 램프 3사의 연구개발비 중 월할 계산한 1/12을 더한 연구개발비를 포함시킨 것은 관련 법규들을 합목적적으로 해석한 것이라고 할 것이므로, 피고의 이와 같은 조치는 타당하다.

○ 원고의 2016 사업연도 연구개발비 세액공제 신청에는 램프 3사의 2016년도의 연구개발비 중 월할 계산한 금액이 포함된 반면, 비교 대상인 원고의 2015 사업연도 연구개발비에는 램프 3사의 연구개발비가 포함되어 있지 않아서, 증가분 방식으로 그대로 계산할 경우 원고는 램프 3사의 2016년도 연구개발비에 대하여 제한 없이 추가공제를 받을 가능성이 있어 이를 제한할 필요가 있다.

○ 앞서 본 바와 같이 구 조세특례법 제10조 제1항 제3호 , 같은 법 제2항, 같은 법 시행령 제5항은 사업양수 시에는 사업양도인의 연구개발비를 포함하여 소급하여 4년간 연구개발비를 고려하여 발생분 방식이 적용되는 경우를 규정하고 있는데, 이는 사업양수인이 사업양도법인의 연구개발비를 포함시켜 증가분 방식을 이용하여 과다한 세액공제를 받을 것을 방지하려고 한 것으로 보이는 점 등에 비추어 보았을 때에 위 조항들의 입법취지를 고려할 필요가 있다.

○ 램프 3사의 2015년도 연구개발비 중 1/12을 추가하여 계산한 것은 원고의 세액공제액을 계산하기 위한 방편에 불과하고, 기존에 램프 3사가 받은 세액공제 등에는 아무런 영향을 주지 않기 때문에 법적 안정성에 별다른 문제는 없다.

마. 피고의 2017년도 세액공제 방식의 당부에 대한 판단

앞서 본 바와 같이, 원고는 2017년도 연구개발비 000억 0,000만 원에 대하여 증가분 방식으로 경정 청구함에 대하여, 피고는 사업양도인인 램프 3사의 연구개발비를 포함하여 세액공제액을 계산하면 증가분 방식에 의하더라도 원고가 최초 신고시 공제받은 00억 0,000만 원(000억 0,000만 원의 × 0.03)을 초과하는 환급세액이 발생하지 않는다고 보아 원고의 경정청구를 기각하고, 그 후속 사업연도의 경정청구들도 모두 기각하였다.

우선, 원고는 이 사건 자산양수는 사업양수가 아니므로, 램프 3사의 연구개발비를 직전 과세연도의 연구개발비로 포함하지 않아야 한다고 주장하나, 앞서 본 바와 같이 이 사건 자산양수는 사업양수이므로, 2017년도 연구개발비 세액공제액을 계산함에 있어서 사업양도인인 램프 3사의 연구개발비를 포함한다는 것은 이미 본 바와 같으므로, 원고의 주장은 이유 없다.

그 다음으로, 피고의 증가분 방식에 따른 계산에 의하더라도 환급세액이 발생하지 않는지에 관하여 검토한다. 원고 및 램프 3사가 신고한 2012년 내지 2017년 사업연도의 연구개발비 내역은 다음 표와 같다.

원고의 2017년도 연구개발비 세액공제액을 계산함에 있어서, 2017년도의 직전 연 도인 2016년의 원고 및 램프 3사의 연구개발비 합계는 000억 000만 원이고, 2013년부터 2016년까지의 연구개발비의 연 평균액은 000억 0,000만 원이므로, 원고의 해당 연도의 직전 연도 연구개발비 000억 000만 원은 소급한 4년간 연구개발비의 연 평균액보다 더 많은 경우에 해당한다. 따라서 원고는 증거분방식과 발생분 방식 중 유리한 방식을 선택할 수 있으나, 원고는 증가분 방식으로 경정을 청구하고 있다.

이럴 경우에는, 원고의 2017년도 연구개발비 000억 0,000만 원에서 직전연도 원고 및 램프 3사의 연구개발비 합께 000억 000만 원을 공제하면 증가액은 00억 0,000만 원이고 이에 대하여 당시 공제율 30%를 곱하면 약 0억 0,000만 원[(000억 0,000만 원–000억 000만 원)=00억 0,000만 원×0.3]이 증가분 방식에 의한 세액공제액이 된다.

원고는 최초 2017 사업연도 법인세 신고 당시 발생분 방식으로 00억 0,000만 원의 세액공제를 이미 받았으므로, 결국 증가분 방식으로 재계산하더라도 추가로 환급받을 세액은 없다.

따라서, 피고가 원고의 2017년도 연구개발비에 대한 경정청구 및 그 후속 사업연도에 대한 경정청구를 거부한 것은 정당하다.

바. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바 주문과 같이 판결한다.