공공기관이 혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우 혁신도시 등으로 이전하는 경우 법인세 등 감면을 받을 수 없음

과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있으므로 명문의 규정이 없는 예외적 사유를 인정하여 법인세 감면혜택을 부여하는 것은 타당하지 아니한바 공공기관이 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 못한 데 정당한 사유가 있는지 여부는 법인세 감면혜택 대상인지 여부를 좌우하는 사유가 되지 못함

사 건

2024구합22817 법인세경정거부처분

원 고

○○ 주식회사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 9. 17.

판 결 선 고

2025. 11. 12.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. ○○. ○○. 원고에 대하여 한 2017년도 법인세 0,000,000,000원, 2018년도 법인세 0,000,000,000원, 2019년도 법인세 0,000,000,000원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고의 본사 이전 등

1) 원고는 19○○. ○○. ○○. 국내·외 원자력 및 기타의 발전사업에 필요한 엔지니어링 용역사업 수행 등을 목적으로 설립된 법인으로, 공공이관의 운영에 관한 법률에 따른 ‘준시장형 공기업’으로 지정된 공공기관이다.

2) 원고는 2015. 8. 17. 구 국가균형발전 특별법(2023. 6. 9. 법률 제19430호로 폐지되기 전의 것) 제18조 및 구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법(2017. 12. 26. 법률 제15309호로 제명 변경되기 전의 것, 이하 ‘구 혁신도시법’이라 한다)에 따라 본사를 ○○시에서 ○○시 혁신로 ○○(이하 ‘○○혁신도시’라 한다)로 이전하였다.

나. 원고의 2015 내지 2019 사업연도 법인세 신고·납부 등

1) 구 조세특례제한법(2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법’이라 한다) 제62조 제4항은 성장관리권역에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2015. 12. 31.까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우 법인세를 감면하도록 규정하고 있는데, 원고는 2015 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 위와 같이 본사를 ○○혁신도시로 이전하였음을 이유로, 구 조세특례제한법 제62조 제4항 을 적용하여 ‘해당 과세연도의 과세표준에서 토지·건물 및 부동산을 취득할 수 있는 권리의 양도차익 및 대통령령으로 정하는 소득을 뺀 금액’에 ‘해당 과세연도의 혁신도시로 이전한 본사 근무인원이 법인 전체 근무인원에서 차지하는 비율’을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득에 대한 법인세 0,000,000,000원을 감면받았다.

2) 원고는 ○○혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 ○○시 소재 종전 본사의 건물과 대지를 양도하지 못하였고, 이에 2017 사업연도 법인세를 신고·납부하면서 구 조세특례제한법 제62조 제4항 을 적용하지 아니하는 한편, 같은 조 제7항 제2호 및 구 조세특례제한법 시행령(2015. 11. 20. 대통령령 제26659호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 조세특례제한법 시행령’이라 합니다) 제58조 제8항 제2호(이하 ‘이 사건 시행령 조항’이라 합니다)에 따라 위 감면받은 법인세액 0,000,000,000원과 이자 상당의 가산액 000,000,000원 합계 0,000,000,000원을 2017사업연도 법인세로 추가 납부하였다.

다. 원고의 경정청구와 피고의 거부처분

1) 그 후 원고는, 원고가 ○○혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 ○○시 소재 종전 본사의 건물과 대지를 양도하지 못한 데에는 정당한 사유가 있는바 원고에게 이 사건 시행령 조항을 적용하여 구 조세특례제한법 제62조 제4항 의 법인세 감면 규정의 적용을 배제할 수는 없다고 주장하면서, 피고에게 20○○. ○○. ○○. 2017 사업연도 법인세 0,000,000,000원의 환급을, 20○○. ○○. ○○. 2018 사업연도 법인세 0,000,000,000원 및 2019 사업연도 법인세 0,000,000,000원의 환급을 각 구하는 취지의 경정청구를 하였다.

2) 이에 대하여 피고는 20○○. ○○. ○○. 이 사건 시행령 조항의 예외를 인정할 명문규정이 존재하지 않음을 이유로 원고의 위 경정청구를 모두 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

3) 원고는 이에 불복하여 20○○. ○○. ○○. 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 20○○. ○○. ○○. 원고의 청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼이 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 11호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 이 사건 시행령 규정의 해석에 관하여

구 조세특례제한법 제62조 제1항 은 “본사”란 ‘본점 또는 주사무소’, “종전부동산”이란 ‘공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 제6호의 종전부동산으로서 대통통령으로 정하는 부동산’이라고 규정하고 있고, 구 혁신도시법 제2조 제6호 에 의하면 “종전부동산”이란 ‘수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지’라고 규정하고 있다.

따라서 조세법규의 엄격해석 내지 문리해석의 원칙상 이 사건 시행령 조항의 “수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우”란 ‘수도권 안의 본점 또는 주사무소를 양도하지 아니한 경우’를 뜻한다고 봄이 타당하고, 원고는 2015. ○○. ○○. 이미 원고의 본점을 ○○혁신도시로 완전히 이전하였으므로 양도하여야 할 수도권 안의 본사라는 것은 더 이상 존재하지 않고, 종전의 본사 건물과 부지만 남아 있었을 분이다. 그럼에도 불구하고 피고는 위 시행령 조항을 ‘수도권 안의 종전부동산을 양도하지 아니한 경우’로 유추해석 하여 이 사건 처분을 하였는바 이는 조세법률주의에 반하여 위법하다(이하 ‘제1주장’이라 한다).

나. 이 사건 시행령 규정의 효력에 관하여

구 조세특례제한법 제62조 제7항 은 공공기관의 본사가 실질적으로 성장관리권역 밖으로 이전되지 않음으로써 이전공공기관의 본사 또는 주사무소 및 그 기능의 수행을 위한 조직을 지방으로 이전하려는 목적이 달성되지 못하는 경우를 방지하기 위하여 이전공공기관에게 사후관리의무를 부여하고 그 위반사유가 발생하는 경우 과세특례를 박탈하는 규정으로 이해되는바, 구 조제특례제한법 제62조 제7항 제2호의 “본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”란 본사가 실질적으로 성장관리권역 밖으로 이전되었다고 보기 어려운 경우를 전제로 한다. 따라서 원고처럼 본사를 혁신도시로 이전한 경우에는 이 사건 시행령이 적용될 수 없다.

그럼에도 불구하고, 이 사건 시행령 규정의 “수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우”를 ‘수도권 안의 종전부동산을 양도하지 아니한 경우’로 해석한다면, 이 사건 시행령 규정은 모법의 위임범위를 벗어난 것으로 무효이다(이하 ‘제2주장’이라 한다).

다. ‘정당한 사유’ 존부에 관한 주장

법령에 ‘정당한 사유’를 추징배제 요건으로 명시하지 않은 경우에도 납세자에게 책임을 돌릴 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 감면된 세액을 추징할 수 없는바, 총 22차례 매각입찰공고 진행, 국토교통부장관에게 매입공공기관 또는 지방공기업에 의한 종전부동산의 매입 요청, 부동산 컨설팅사에 매각 컨설팅 의뢰 등 원고는 종전부동산을 매각하기 위하여 할 수 있는 모든 노력을 다하였음에도 불구하고 시간적 여유가 없거나 원고가 책임질 수 없는 객관적 사정으로 인하여 부득이 매각하지 못하였다.

따라서 설령 이 사건 시행령 조항이 ‘수도권 안의 종전부동산’ 그 자체를 양도할 것을 요구하는 규정이라고 하더라도, 원고가 2년 이내에 종전부동산을 매각하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 시행령 조항을 적용하여 법인세 감면 혜택을 배제할 수는 없다(이하 ‘제3주장’이라 한다).

3. 관련 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 제1주장에 관한 판단

1) 관련 법리

조세법률주의의 원칙상 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 않지만, 법규 상호 간의 해석을 통하여 그 의미를 명백히 할 필요가 있는 경우에는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것은 불가피하다(대법원 2008. 2. 15. 선고 2007두4438 판결 등 참조).

법령의 해석은 어디까지나 법적 안정성을 해치지 않는 범위 내에서 구체적 타당성을 찾는 방향으로 이루어져야 한다. 이를 위해서는 가능한 한 원칙적으로 법령에 사용된 문언의 통상적인 의미에 충실하게 해석하고, 나아가 당해 법령의 입법 취지와 목적, 그 제·개정 연혁, 법질서 전체와의 조화, 다른 법령과의 관계 등을 고려하는 체계적·논리적 해석방법을 추가적으로 동원함으로써, 위와 같은 타당성 있는 법령 해석의 요청에 부응하여야 한다(대법원 2009. 4. 23. 선고 2006다81035 판결, 대법원 2010. 12. 23. 선고 2010다81254 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

가) 구 조세특례제한법 제62조 제1항 은 “본사”란 ‘본점 또는 주사무소’를 의미한다고 규정하고 있고, “종전부동산”이란 ‘공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 제2조 제6호의 종전부동산으로서 대통통령으로 정하는 부동산’이라고 규정하고 있으며, 구 혁신도시법 제2조 제6호 에 의하면 “종전부동산”이란 ‘수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지’라고 규정하고 있다.

이에 반하여 이 사건에서는 문제되는 구 조세특례제한법 제62조 제4항 은 성장관리권역에 본사가 소재하는 이전공공기관이 2015. 12. 31.까지 혁신도시로 본사를 이전하는 경우, 법소정의 산식에 따라 계산된 소득에 대하여 이전일 이후 이전공공기관에서 최초로 소득이 발생한 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 2년 이내에 끝나는 과세연도까지는 법인세의 전액을, 그 다음 2년 이내에 끝나는 과세연도에는 법인세의 50%를 감면한다고 규정하고 있다. 위와 같은 법인세액 감면 혜택에 대한 사후관리 규정으로서 구 조세특례제한법 제62조 제7항 제2호 , 이 사건 시행령 조항 및 구 조세특례제한법 시행령 제58조 제10항 제2호 는 ‘법 제4항에 따라 법인세를 감면받은 이전공공기관이 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 그 사유에 해당하게 된 날부터 소급하여 5년 이내에 감면받은 세액을 법인세로 납부하여야 한다.’고 규정하고 있다.

이 사건 시행령 조항의 “수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우”란 문언 그대로 해석할 경우 ‘수도권 안의 본점 또는 주사무소를 양도하지 아니한 경우’로 해석되는데, 통상 회사의 영업을 총괄하는 장소를 일컫는 본점이나 주사무소는 포괄적이고 일반적인 개념에 불과하여, 그 구성요소인 사무소 건물과 대지, 영업권, 비품 등 동산, 사용인 등이 구체적으로 양도의 대상이 되는 것에 비하여 본점을 양도한다는 것은 법률적으로 그 의미가 명확하지 않을 수 있다. 하지만 이 사건 시행령 조항은 혁신도시 이전으로 인하여 감면받은 법인세를 환수하는 조항으로서 그 조항의 효력을 발생하기 위하여는 조세법률주의가 지향하는 법적 안정성 및 예측가능성을 해치지 않는 범위 내에서 입법 취지 및 목적 등을 고려한 합목적적 해석을 하는 것이 불가피하다.

나) 살피건대, 앞서 든 증거와 을 제3, 4호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항의 “수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우”란 ‘수도권 안의 종전부동산을 양도하지 아니한 경우’라고 해석함이 타당하므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들이지 아니한다.

① 구 조세특례제한법 제62조 의 기본적인 입법취지 내지 목적은 불가역적으로 혁신도시로 이전하는 공공기관에 대하여 일정한 세제상의 지원을 함으로써 공공기관의 본사를 수도권 밖으로 이전하도록 유도하기 위함에 있고, 그 목적 달성을 위하여 종전부동산의 처분을 요구하고 있다고 해석함이 타당하다.

구체적으로 보건대, 구 혁신도시법은 국가균형발전 특별법 제18조 의 규정에 따른 공공기관 지방이전 시책 등에 따라 수도권에서 수도권이 아닌 지역으로 이전하는 공공기관 등을 수용하는 혁신도시의 건설을 위하여 필요한 사항과 해당 공공기관 및 그 소속 직원에 대한 지원에 관한 사항을 규정함으로써 공공기관의 지방이전을 촉진하고 국가균형발전과 국가경쟁력 강화에 이바지함을 그 목적으로 하고 있는데(제1조), 같은 법 제43조 제1항은 이전공공기관의 장으로 하여금 이전비용의 조달 및 국가균형발전 등을 고려하여 ‘종전부동산의 매각시기 및 방법’, ‘종전부동산 중 일부 또는 전부를 매각하지 못하는 경우 구체적인 사유 및 활용방법’을 포함하는 종전부동산 처리계획을 수립하도록 규정하고 있고, 구 공공기관 지방이전에 따른 혁신도시 건설 및 지원에 관한 특별법 시행령(2018. 2. 27. 대통령령 제28686호로 제명 변경되기 전의 것, 이하 ‘구 혁신도시법 시행령’이라 합니다) 제35조 제2항은 종전부동산의 매각시기는 지방이전계획에서 정한 이전완료일로부터 1년 이내로 함을 원칙으로 하고 있다.

이처럼 이전공공기관에 대한 지원에 관한 전반적인 사항을 규정하고 있는 구 혁신도시법 자체에서 이미 종전부동산이 부동산투기에 악용되거나 비생산적인 형태로 방치되는 것을 방지하여 공공기관 지방이전의 본뜻을 살리기 위해 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지를 이전완료일로부터 1년 이내에 매각할 것을 원칙적인 모습으로 예정하고 있다.

② 구 조세특례제한법 제62조 제1항 은 이전공공기관이 본사를 혁신도시로 이전하기 위하여 종전부동산을 2015. 12. 31.까지 양도함으로써 발생하는 양도차익에 대해서는 양도일이 속하는 해당 사업연도의 소득금액을 계산할 때 익금에 산입하지 아니할 수 있도록 규정하면서 위 사업연도 종료일 이후 5년이 되는 날이 속하는 사업연도부터 과세이연을 허용하고 있는데, 위 조항의 위임을 받은 같은 법 시행령 제58조 제2항 및 제57조 제4항은 과세이연이 허용되는 금액의 범위에 관하여 ‘본사의 양도가액’, ‘본사의 양도일’이라는 표현을 사용하고 있는바, 이는 ‘본사’와 ‘종전부동산’에 관한 같은 법 제62조 제1항 정의에도 불구하고 ‘종전부동산의 양도가액’과 ‘종전부동산의 양도일’을 뜻함은 문언상 분명하다.

③ 연혁적으로 보아도 이 사건 시행령 조항은 이전공공기관에게 본사 건물과 부지의 양도를 요구한다고 해석된다.

구 조세특례제한법 제62조 는 2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되면서 신설되었는데, 당시 시행 중이던 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 조세특례제한법’이라 한다) 제63조의2에 의하면, 수도권 과밀억제권역에 공장 및 본사를 둔 일반법인이 수도권 밖으로 이전하는 경우 법인세 감면혜택을 부여하여 왔는데, 법 개정으로 공공기관이 혁신도시로 이전할 경우에도 법인세 감면혜택을 부여하기로 하고 다만 일반법인들과의 형평성을 고려하여 그 감면혜택은 일반법인들 감면혜택보다 축소하기로 하면서 구 조세특례제한법 제62조 가 신설된 것이다.

그런데 개정 전 구 조세특례제한법 제63조의2 제5항 역시 ‘본사를 양도함으로써 발생한 양도차익’이라고 하여 본사를 양도한다고 문언으로 규정되어 있기는 하나, 위 조항이 준용하고 있는 같은 법 제61조 제3항은 ‘수도권 과밀억제권역에 본점이나 주사무소를 둔 법인이 본점이나 주사무소를 수도권과밀억제권역 밖으로 이전하기 위하여 본점 또는 주사무소의 대지와 건물을 양도하여 발생한 양도차익’이라고 하여 양도의 대상은 대지와 건물임을 명시적으로 규정하고 있다.

또한, 개정 전 구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 의 위임에 따른 구 조세특례제한법 시행령(2012. 1. 25. 법률 제23535호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘개정 전 구 조세특례제한법 시행령’이라 한다) 제60조의2 제4항 제3호, 제4호는 본사를 이전하는 법인의 요건에 관하여 ‘수도권 과밀억제권역안의 본사를 양도하거나 본사외의 용도로 전환할 것’이라고 규정하고 있는바, 이는 법인세 감면혜택이 부동산투기에 악용되거나 기존 본사의 대지와 건물이 비생산적으로 방치되는 것을 방지하여 법인세 감면의 본뜻을 살리고자 하는 데 그 취지가 있는 것으로 이해된다.

이러한 구 조세특례제한법 제62조 가 신설된 입법취지, 입법경과 및 위 조항이 신설되기 전의 일반법인들 법인세 감면혜택에 관한 개정 전 구 조세특례법 제63조의2 및 같은 법 시행령 제60조의2 규정 내용 등에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항에서 양도를 요구하는 대상은 일반법인에게 기존 수도권 과밀억제권역안 본사의 대지와 건물을 양도하거나 본사외의 용도로 전환할 것을 요구하고 있는 것과 마찬가지로 이전공공기관에게도 본사의 건물과 부지의 양도를 요구하고 있다고 해석하는 것이 형평에 부합하여 보인다.

④ 한편, 원고는 이 사건 시행령 조항을 종전부동산의 2년 내 양도를 강제하는 내용으로 해석하여 과세처분을 하는 것은 실질적인 본사이전을 보장한다는 입법목적에 반하여 과세의 형평을 해치고 공공기관 이전정책의 목적과 관련 없는 사유로 계약자유를 제한하는 것으로 비례원칙에 반한다고 주장한다.

그러나 앞서 살핀 바와 같이 구 혁신도시법이 이전공공기관으로 하여금 기존 건축물과 부지를 매각하도록 하고 그 매각 방법을 구체적으로 마련해 두고 있는 것 자체가 기존 본사 건물과 대지의 매각으로 공공기관의 혁신도시로의 이전에 소용되는 막대한 양의 재원을 조달한 경우에 세법상의 혜택을 제공함으로써 공공기관의 이전이라는 정책 목적 달성을 실질적으로 보장하는 측면이 존재하는 점, 일반법인의 지방이전에 대한 세제지원제도와 달리 유독 이전공공기관에 대해서만 위와 같은 특별한 취급을 베풀어야 할 근거가 없는 점 등에 비추어 보면, 수권규정의 입법목적을 오로지 본사 기능의 수행을 위한 조직의 이전 보장에만 있다고 협소하게 볼 필요가 없고, 이와 같은 해석을 전제로 한 원고의 위 주장 역시 이유 없다.

⑤ 원고가 이 사건에 이르게 된 것은 앞서 본 바와 같이 본사를 혁신도시로 이전하고도 2년 이내에 종전부동산을 제때에 처분하지 않았기 때문이고, 이 사건 시행령의 해석이 잘못 되어서가 아니다.

나. 제2주장에 관한 판단

법규명령이 법률의 위임 범위를 벗어났는지 여부는 직접적인 위임 법률조항의 형식과 내용뿐만 아니라 그 밖에 법률의 전반적인 체계와 취지, 목적 등도 아울러 고려하여 법률의 위임의 범위나 한계를 객관적으로 확정한 다음 그 법규명령의 내용과 비교하여 판단하여야 하는 것이므로 그 법규명령의 내용이 위와 같이 확정된 법률의 위임 범위 내에 있다고 인정되거나 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 인정되면 그 법규명령은 무효로 되지 않는다(대법원 2020. 6. 18. 선고 2016두43411 전원합의체 판결 참조).

또한, 국가의 법체계는 그 자체로 통일체를 이루고 있으므로 상·하규범 사이의 충돌은 최대한 배제하여야 하고, 또한 규범이 무효라고 선언될 경우에 생길 수 있는 법적 혼란과 불안정 및 새로운 규범이 제정될 때까지의 법적 공백 등으로 인한 폐해를 피하여야 할 필요성에 비추어 보면, 하위법령의 규정이 상위법령의 규정에 저촉되는지 여부가 명백하지 않은 경우에, 관련 법령의 내용과 입법 취지 및 연혁 등을 종합적으로 살펴 하위법령의 의미를 상위법령에 합치되는 것으로 해석하는 것이 가능한 경우라면, 하위법령이 상위법령에 위반된다는 이유로 쉽게 무효를 선언할 것은 아니다(대법원 2018. 6. 21. 선고 2015두48655 전원합의체 판결 참조).

구 조세특례제한법 제62조 제7항 은 “제4항에 따라 법인세를 감면받은 이전공공기관이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 대통령령으로 정하는 바에 따라 계산한 세액을 법인세로 납부하여야 한다.”고 하면서, 그 제2호에서 “본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 등 대통령령으로 정하는 경우”를 규정하고 있고, 이 사건 시행령 조항은 위 “대통령령으로 정하는 경우” 중의 하나로 “혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우”를 규정하고 있다.

위 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 이 사건 시행령 조항은 구 조세특례제한법 제62조 제7항 제2호 의 위임범위 내에서 그 위임 취지를 구체적으로 명확하게 한 것으로 볼 수 있는바, 그 위임범위를 벗어난 무효의 규정이라는 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 아니한다.

① 모법 수권규정인 구 조세특례제한법 제62조 제7항 제2호 는 “본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우 등”이라고 하여 법인세 감면혜택 배제·박탈 사유에 관하여 포괄적으로 규정하고 있고, 위임한 법인세 감면혜택 배제·박탈 사유는 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시하지 아니한 경우에 준하는 사유일 것이다.

아래에서 살피는 바와 같이 혁신도시로 본사를 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 종전부동산을 양도하지 아니한 경우도 그 사유로 포섭시키는 것이 수권규정이 명시적으로 규정한 위 사유와 규범적 가치를 구체화한 것이라고 할 것이다.

② 원고는 이 사건 시행령 조항을 종전부동산의 무조건적인 양도를 강제하는 내용으로 해석하는 것은 본사 기능 및 사업조직의 이전을 보장하려는 수권규정의 위임범위 및 취지를 벗어나는 것이라고 주장한다.

그러나 구 혁신도시법 자체에서 이미 종전부동산이 부동산투기에 악용되거나 비생산적인 형태로 방치되는 것을 방지하여 공공기관 지방이전의 본뜻을 살리기 위해 수도권에 있는 이전공공기관의 청사 등의 건축물과 그 부지를 이전완료일로부터 1년 이내에 매각할 것을 원칙적인 모습으로 예정하고 있었던 것은 앞서 살핀 바와 같은바(구 혁신도시법 시행령 제35조 제2항 ), 이 사건 시행령 조항이 종전부동산을 일정한 기한 내에 양도하는 아니하는 경우를 법인세 감면혜택 배제·박탈사유로 규정한 것을 두고 상위법령의 규정에 명백히 저촉되는 것이라거나 예측가능성을 벗어났다고 볼 수는 없다.

③ 또한, 개정 전 구 조세특례제한법 제63조의2 제1항 및 개정 전 구 조세특례제한법 시행령 제60조의2 제4항 은 지방이전법인이 법인세 감면혜택을 받기 위해서는 단순히 수도권 밖으로 본사를 이전하여 사업을 개시할 것만이 아니라 기존 수도권 과밀억제권역안 본사의 대지와 건물을 일정기한 내에 양도하거나 본사외의 용도로 전환할 것을 아울러 요구하고 있는 것과 달리, 앞서 살핀 바와 같이 당초 2011년경 조세특례제한법 제62조 를 입법하는 과정에서 이전공공기관이 종전부동산을 매각하지 아니하는 경우까지도 법인세 감면혜택을 부여한 것이라고 보기는 어려운바, 위와 같이 관련 법령의 내용과 입법 취지 및 연혁 등을 종합적으로 살펴보면 이 사건 시행령 조항은 구 조세특례제한법 제62조 제7항 제2호 의 위임 범위 내에 있다고 인정되거나 위 법률이 예정하고 있는 바를 구체적으로 명확하게 한 것으로 평가할 수 있다.

다. 제3주장에 관한 판단

조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다 할 것이고(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조), 과세처분 취소소송에서 비과세요건이나 공제요건 등에 대한 증명책임은 원칙적으로 납세의무자에게 있다(대법원 2009. 7. 9. 선고 2007두4049 판결 등 참조).

이 사건 시행령 조항은 법인세 감면혜택 배제사유에 대한 예외를 두고 있지 아니하고 있으나, 원고는 2년 이내에 종전부동산을 매각하지 못한 데에는 정당한 사유가 있으므로 이 사건 시행령 조항을 적용하여 법인세 감면 혜택을 배제할 수는 없다고 주장하고 있고, 국세기본법 제18조 제1항 은 세법을 해석·적용할 때에는 과세의 형평과 해당 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당하게 침해되지 아니하도록 하여야 한다고 규정하고 있는바, 일정한 경우에는 세법에 명문의 규정이 없음에도 납세자에게 책임지울 수 없는 장애사유 및 특별한 사정 등이 있는 경우에 정당한 사유를 예외적으로 인정할 여지가 있어 보이기는 한다.

그러나 앞서 살핀 법리에 비추어 살피건대, 앞서 든 증거들과 을 제5, 6호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정들에 비추어 보면, 명문의 규정이 없는 예외적 사유를 인정하여 법인세 감면혜택을 부여하는 것은 타당하지 아니한바 이 사건에서 정당한 사유가 있는지 여부는 법인세 감면혜택 대상인지 여부를 좌우하는 사유가 되지 못한다. 설령 정당한 사유가 있는 경우 이 사건 시행령 조항의 적용을 배제할 수 있다고 보더라도 원고가 제출한 증거들만으로는 원고가 2년 이내에 종전부동산을 매각하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 보기도 어려우므로, 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

가) 이 사건 시행령 조항 및 구 조세특례제한법 시행령 제58조 제10항 제2호 는 ‘법인세를 감면받은 이전공공기관이 본사를 혁신도시로 이전하여 사업을 개시한 날부터 2년 이내에 수도권 안의 본사를 양도하지 아니한 경우 그 사유에 해당하게 된 날부터 소급하여 4년 이내에 감면받은 세액을 법인세로 납부하여야 한다’고 규정하고 있는바, 이는 이미 감면받은 법인세에 대한 추징근거규정일 뿐만 아니라 구 조세특례제한법 제62조 제4항 의 법인세 감면혜택을 배제하는 근거규정이기도 하다.

원고는 이 사건에서 법인세 감면혜택 요건을 충족하지 못했던 2017 내지 2019사업연도 법인세에 관하여 정당한 사유가 있음을 이유로 법인세 감면혜택을 부여해 달라고 주장하고 있으나, 앞서 살핀 법리에 의하면 이는 비과세 특례라는 조세감면의 특혜를 적용해 달라는 것으로 엄격하게 해석하여야 한다. 즉, 추징이나 중과 등과 같이 기본 과세요건을 벗어나는 것이 아닌 사안에서는 국세기본법 제18조 제1항 에 근거하여 과세의 형평과 해당 조합의 합목적성에 비추어 정당한 사유를 인정할 여지가 있기는 하나, 이 사건과 같이 정당한 사유를 인정하면 기본 과세요건을 벗어나 비과세나 감면을 받게 되는 사례는 합법성을 우선시하여 더욱 엄격하게 해석할 필요가 있다.

나) 설령 예외적으로 ‘정당한 사유’가 있는 경우 이 사건 시행령 조항의 적용을 배제할 수 있는 여지가 있다고 하더라도 다음과 같은 사정들에 비추어 보면 원고가 2년 이내에 종전부동산을 매각하지 못한 것에 정당한 사유가 있다고 보기도 어렵다.

① 정부의 공공기관 지방이전 정책에 따라 ○○혁신도시로의 본사 이전이 결정되자, 원고는 2010. 4.경 구 혁신도시법 제43조 에 따라 2012년 하반기에 자체매각 또는 정부투자기관 의뢰 매각의 방식으로 매각한다는 내용의 종전부동산 처리계획을 수립하여 국토해양부장관에게 제출하였다(갑 제8호증). 그 후 원고의 본사가 2015. ○○. ○○. 경 ○○혁신도시로 이전하고 이 사건 시행령 조항이 규정한 2년의 기한까지 종전부동산을 매각하는데 대략 7년의 기간이 주어졌다고 보이는바 원고 주장과 같이 종전부동산을 매각하는데 시간적 여유가 없었다고 보이지는 않는다.

② 원고는 2014년경 국내 부동산시장이 침체기를 겪고 있었던 점, 종전부동산 자체가 열악한 입지 조건을 갖고 있었다는 점 등의 사정을 들고 있기는 하나, 원고가 지적하는 위와 같은 사정들은 부동산 거래의 일반적인 특성일 뿐 종전부동산 매각 자체에 대한 특별한 사정은 아니고 원고가 종전부동산을 타에 매각하는 데 있어서 법령상의 제한 내지 사실상의 장애사유가 있었다고 볼 만한 사정은 없는바, 위와 같은 사정들만으로 법인세 감면혜택 배제 규정의 예외를 인정하기에는 어렵고, 나아가 원고가 원하는 가격에 종전부동산을 매도하리라는 기대는 조세법률주의와 합법성의 원칙보다 보호가치가 높다고 볼 수 없다.

라. 소결론

따라서 이 사건 처분은 적법하다.

5. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바 주문과 같이 판결한다.