원고가 운영한 위 업체가 사실상 동일한 사업장이라는 판단 또는 일반과세자로의 과세유형 전환시 간이과세자 적용을 받는 기간 등과 관련된 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있었음

피고의 부가가치세 과세처분은 원고가 운영한 위 업체가 사실상 동일한 사업장이라는 판단 또는 일반과세자로의 과세유형 전환시 간이과세자 적용을 받는 기간 등과 관련된 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있었고 그것이 과세대상이 되는지의 여부는 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하므로부가가치세 처분에 하자가 외관상 명백하여 무효라고 볼 수는 없음

사 건

2025누6309 부가가치세부과처분 무효확인

원 고

김AA

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2025. 8. 29.

판 결 선 고

2025. 9. 26.

주 문

1. 원고의 항고를 기각한다.

2. 항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 20xx. x. xx. 원고에게 한 20xx년도 제x기 부가가치세x,xxx,xxx원 및 20xx. x. xx. 원고에게 한 20xx년도 제x기 부가가치세 xxx,xxx,xxx원의 각 부과처분은 무효임을 확인한다.

이 유

1. 제1심판결의 인용

이 법원이 이 사건에 관하여 기재할 이유는 아래 제2항과 같이 일부 고쳐 쓰거나 추가하고, 원고가 새로이 추가한 주장에 관하여 아래 제3항과 같이 추가로 판단하는 외에는 제1심판결 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

2. 고쳐 쓰거나 추가하는 부분

○ 제1심판결 제2면 제13~14행의 “(이하 ‘이 사건 각 처분이라 한다)”를 “(이하 20xx년 x기 부가가치세 부과처분을 ’20xx년 x기 부가가치세 처분‘, 20xx년 x기 부가가치세 부과처분을 ’20xx년 x기 부가가치세 처분‘이라 하고, 이를 통틀어 ’이 사건 각 처분‘이라 한다)”로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제3면 제5행 다음에 아래와 같은 내용을 추가한다.

『2. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.』

○ 제1심판결 제3면 제6행의 “2.”를 “3.”으로 고쳐 쓴다.

○ 제1심판결 제3면 제12행부터 제4면 제10행까지를 아래와 같이 고쳐 쓴다.

『1) 관련 법리

가) 국세기본법 등이 과세전적부심사를 거치지 않고 곧바로 과세처분을 할 수 있거나 과세전적부심사에 대한 결정이 있기 전이라도 과세처분을 할 수 있는 예외사유로 정하고 있다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 세무조사 결과에 대한 서면통지 후 과세전적부심사 청구나 그에 대한 결정이 있기도 전에 과세처분을 하는 것은 원칙적으로 과세전적부심사 이후에 이루어져야 하는 과세처분을 그보다 앞서 함으로써 과세전적부심사 제도 자체를 형해화시킬 뿐만 아니라 과세전적부심사 결정과 과세처분 사이의 관계 및 그 불복절차를 불분명하게 할 우려가 있으므로, 그와 같은 과세처분은 납세자의 절차적 권리를 침해하는 것으로서 그 절차상 하자가 중대하고도 명백하여 무효이다(대법원 2016. 4. 15. 선고 2015두52326 판결, 대법원 2023. 11. 2. 선고 2021두37748 판결 등 참조).

나) 행정처분의 당연무효를 주장하여 그 무효확인을 구하는 행정소송에 있어서는 원고에게 그 행정처분이 무효인 사유를 주장․증명할 책임이 있다(대법원 2010. 5. 13.선고 2009두3460 판결 등 참조).

다) 처분서가 처분상대방의 주소지에 송달되는 등 사회통념상 처분이 있음을 처분 상대방이 알 수 있는 상태에 놓인 때에는 반증이 없는 한 처분상대방이 처분이 있음을 알았다고 추정할 수 있다(대법원 1999. 12. 28. 선고 99두9742 판결 등 참조). 또한 우편물이 등기취급의 방법으로 발송된 경우 그것이 도중에 유실되었거나 반송되었다는 등의 특별한 사정에 대한 반증이 없는 한 그 무렵 수취인에게 배달되었다고 추정할 수 있다(대법원 1992. 3. 27. 선고 91누3819 판결, 대법원 2017. 3. 9. 선고 2016두60577 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거와 갑 제2, 3호증, 을 제3, 5호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 보태어 인정되거나 이에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정을 종합하면, 피고가 원고에게 이 사건 각 처분에 대한 과세예고 통지를 발송하여 그 무렵 원고가 이를 알 수 있는 상태에 놓였다고 봄이 타당하고, 이와 달리 원고가 제출한 증거와 그 주장사유만으로는 과세관청인 피고가 과세예고 통지를 하지 아니한 채 이 사건 각 처분을 하였다고 단정하기 어렵다.

가) 원고는 간이과세자로 사업자등록을 개설한 뒤 20xx년, 20xx년 부가가치세를 아예 신고하지 않았는데, 이후 신용카드 발행금액 신고누락분이 확인되었다. 즉 원고의 사업장 ‘BB’에서 20xx년 x기 과세기간 동안 xxx,xxx,xxx원의 매출이 발생하였고, 원고의 사업장 ‘CCC’에서는 2012년 2기 과세기간 동안 ,xxxx,xxx,xxx원의 매출이 발생하였음에도, 원고는 위 각 매출에 대한 부가가치세 신고를 하지 않아 이 사건 각 처분에 이르게 된 것이었다.

나) 이 사건 각 처분에 대한 과세예고 통지 무렵 원고는 ‘xx시 xx구 xx대로 xxx번길 xx-x(xx동)’을 주민등록상 주소지로 두고 있었다. 피고는 20xx. x. xx..경 및 20xx. x. xx.경 이 사건 각 처분의 독촉장을 원고의 위 주소지로 등기우편 방식으로 발송하였으며, 원고는 이를 직접 수령하였다(다툼 없는 사실). 앞서 본 바와 같이 이 사건 각 처분은 20xx. x. xx.과 20xx. x. xx.원고의 고지서 전자발송(이메일) 신청에 따라 전자고지의 형태로 각 송달되었고, 이 사건 처분에 대한 독촉장이 등기우편 방식으로 송달되어 원고가 이를 직접 수령하였는데, 당시 원고가 이 사건 각 처분에 대한 이의를 제기한 바는 없었다.

다) 국세청 통합전산망(을 제5호증)에는, 원고와 관련된 20xx년 x기 부가가치세 처분(‘BB’에 관한 처분)에 대하여 과세유형이 ‘간이’로, 과세예고통보일자가 ‘20xx. x. xx’로 각 입력되어 있고, 20xx년 x기 부가가치세 처분(‘CCC’에 관한 처분)에 대하여 과세유형이 ‘일반’으로, 과세예고통보일자가 ‘20xx. x. xx.’로 각 기재되어 있음이 확인되고, 위 전산망에 기재되어 있는 내용이 조작되었다거나 위 과세예고 통지서가 반송되었다는 등의 자료는 찾아볼 수 없다(위 과세예고 통지서 발송 당시에는 피고의 전산시스템에 과세예고에 대한 내용을 입력하고 과세예고 통지서를 서면으로 출력한 후 등기우편으로 발송하는 형태로 관련 업무를 처리하였던 것으로 보인다).

라) 이 사건 각 처분은 국세청 통합전산망에 입력․저장되어 있는 각 과세예고 통지일로부터 30일 이상이 지난 20xx. x. xx.과 20xx. x. xx.에 이루어졌다. 앞서 본 과세예고 통지일자와 이 사건 각 처분일자 등에 비추어 볼 때, 이는 피고가 과세전적부심사의 기회를 주기 위해 납세자에게 통상 과세예고 통지 후 30일 이상이 지나서 과세처분을 하는 관행에도 부합한다.

마) 한편 원고는 이 사건 각 처분일로부터 약 7~8년이 경과한 후인 20xx. x. xx. 국세청 이의신청 제도를 통해 이 사건 부과처분의 무효를 주장하였는데, 그 과정에서도‘① 재화의 공급이 수반되지 않은 가공의 세금계산서만을 발행ㆍ교부하였기 때문에 근원적으로 부가가치세 납세의무가 존재하지 않는다거나, ② 처분청이 조사과정을 통해 이미 쟁점사업체가 자료상이라는 실체를 확인하였으며, 이는 조세범처벌법으로 다루어져야 할 문제일 뿐이어서 이 사건 각 처분은 그 하자가 중대ㆍ명백하여 당연무효’라는 취지의 주장을 하였던 것으로 보이나, 이 사건 각 처분에 대한 과세예고 통지가 누락되었다는 취지의 주장은 하지 않았던 것으로 보인다(을 제4호증 참조). 더욱이 원고는 위 이의신청을 스스로 취하한 것으로 보이고, 이후 20xx년경 정보공개청구를 통해 ‘체납세금에 대한 고지내역 및 전자발송 요청동의서 자료’는 제공받았지만, ‘과세예고 통지내역은 보존기한 경과로 폐기되어 제공불가하다’는 취지의 통지를 받게 되자 이 사건 각 처분이 그 과세예고 통지가 없어 무효라는 주장을 하기에 이른 것으로 보인다.

바) 원고는, 원고가 주소지에 거주하고 있으면서 이 사건 각 처분에 대한 과세예고통지서만 수령하지 않을 이유가 없고, 국세청 통합전산망에 기재된 내용은 이 사건 각 처분을 위한 결의서를 작성하면서 과세예고 통지서를 함께 작성하였다는 의미에 불과하며, 피고가 그 결의서는 보관하고 있으면서 과세예고 통지서를 보관하고 있지 아니한 것은 이를 발송하지 않았기 때문이라는 취지로 주장하기도 한다. 그러나 앞서 본 국세청 통합전산망에는 ‘과세예고통지서 작성일자’가 아니라 ‘과세예고통보일자’를 입력하도록 되어 있음이 명백한 점(을 제5호증 참조), 이 사건 각 처분에 대한 과세예고 통지서의 송달내역 관련 서류는 공공기록물 관리에 관한 법률 시행령 제26조 (보존기간) 제1항 및 [별표1]에 따른 5년의 보존기간 경과로 적법하게 폐기되어 이를 확인할 수 없는 상황인 점, 피고는 위 각 과세예고통보일자에 과세예고 통지서를 등기우편으로 발송한 것으로 보이고 그 통지서가 반송되었다고 볼 만한 자료나 정황도 찾아보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.』

3. 추가 판단

가. 원고의 주장 요지

원고의 ‘CCC’ 사업장은 20xx. x. xx. 신규 개업을 하였고, 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제4항에 따라 간이과세를 적용받는 대상임에도, 피고는 원고가 일반과세자임을 전제로 20xx년 x기 부가가치세 처분을 하였는바, 이는 그 하자가 중대ㆍ명백하여 무효이다.

나. 판단

1) 과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 과세관청이 이를 잘못 해석하여 과세처분을 하였더라도 이는 과세요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결 등 참조).

2) 앞서 든 증거에 의하여 인정되거나 이에 비추어 알 수 있는 다음과 같은 사실 또는 사정들을 종합하면, 이 사건 처분에 원고가 주장하는 중대ㆍ명백한 하자가 있어 무효라고 보기는 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

가) 원고가 운영한 사업체인 ‘BB’와 ‘CCC’의 개업일, 폐업일, 업종(업종코드), 사업장 주소는 아래 표 기재와 같다. 원고는 ‘BB’에 대한 사업자등록을 개설하면서 과세유형을 ‘간이과세자’로 신청하였는데, 이를 약 x개월간 운영하다가 폐업하면서 그 폐업신고일로부터 불과 2일 후 동일 주소지에서 동일 업종을 영위하는 ‘CCC’에 대한 사업자등록을 개설하였을 뿐 아니라 그 과세유형도 ‘간이과세자’로 다시 신청하였다. 유형을 ‘간이과세자’로 신청하였는데, 이를 약 4개월간 운영하다가 폐업하면서 그 폐업신고일로부터 불과 2일 후 동일 주소지에서 동일 업종을 영위하는 ‘CCC’에 대한 사업자등록을 개설하였을 뿐 아니라 그 과세유형도 ‘간이과세자’로 다시 신청하였다.

나) 관계 법령에 따르면, 간이과세는 원칙적으로 연간 재화와 용역의 공급대가(부가가치세 포함)가 4,800만 원에 미달하는 개인사업자를 대상으로 적용하되, 신규로 사업을 개시하는 개인사업자가 사업을 개시한 날이 속하는 1역년에 있어서 공급대가 합계액이 4,800만 원에 미달될 것으로 예상되어 사업자등록 신청시에 간이과세적용신고서를 사업장 관할세무서장에게 제출한 경우 최초의 과세기간은 간이과세가 적용된다.

부가가치세법상 납세의무자는 원칙적으로 1역년의 공급대가를 기준으로 일반과세자와 간이과세자로 구분적용하는데, 사업자가 사업을 영위하던 중 일반과세자가 간이과세자의 기준이 되는 금액에 미달하거나 간이과세자가 일반과세자의 기준이 되는 금액 이상되는 경우 등 사유가 발생하면 과세유형의 전환이 이루어지게 된다. 신규사업자의 과세유형 판정은 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산하는데, 간이과세자에 대하여 결정·경정한 공급대가가 그 적용기준금액 이상인 경우에는 그 결정·경정한 날이 속하는 과세기간까지 간이과세자로 본다.

이 사건의 경우, 앞서 본 바와 같이 원고가 위 각 업체를 운영하는 기간 동안 신용카드 발행금액 신고누락 금액으로 확인된 매출액은 ‘BB’ 사업장에서의 약 4개월간 매출액만으로도 이미 간이사업자 적용기준을 훨씬 초과한 상태였고, 원고는 최초의 과세기간이 끝난 직후 ‘BB’ 사업장을 폐업하고, 그로부터 불과 이틀 뒤 동일 사업장 주소지에서 동일 업종의 ‘CCC’ 사업자등록을 개설하였음이 확인되었다. 피고는 원고에 대하여 20xx년 x기 및 20xx년 x기의 과세유형은 ‘간이과세자’로, 20xx년 x기의 과세유형은 ‘일반과세자’로 적용한 뒤 관계 법령에 따라 해당 과세기간별 부가가치세를 산정하여 원고에게 이 사건 각 처분을 하였다. 즉 20xx년 x기 부가가치세의 경우 구 부가가치세법(2013. 1. 1. 법률 제11608호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제25조 제1항, 제6항, 제26조 제7항, 제17조, 같은 법 시행령 제74조의3 제8항 등에 따라 원고가 신규로 사업을 개시한 ‘CC’ 사업장에서의 부가가치세 확정신고 후 개시되는 과세기간인 20xx년 x기부터 일반과세자 계산방식에 의해 납부세액이 결정된 것으로 보인다.

다) 이에 대하여 원고는, ‘BB’와 ‘CCC’은 동일한 사업장이 아니며 원고가 ‘BB’를 폐업하고 ‘CCC’에 대한 사업자등록을 새로이 개설한 이상, 20xx년 x기 부가가치세액은 일반과세자가 아닌 간이과세자로 계산방식으로 산정되었어야 하므로, 위 부과처분에는 중대ㆍ명백한 하자가 있다는 취지로 주장한다.

살피건대, 피고가 원고에 대한 20xx년 x기 부가가치세와 관련하여 과세유형을‘일반과세자’로 보아 그 부과처분에 이르게 된 것은, 원고가 운영한 위 각 업체 사업장의 업종과 주소 및 사업자가 완전히 동일한 점, 원고가 당초 ‘BB’에 대한 사업자등록을 개설하면서 그 과세유형을 간이과세자로 신청하였지만 ‘BB’를 운영한 4개월간의 매출액만으로도 이미 간이사업자 적용대상이 아니었음에도 굳이 ‘BB’를 폐업하고 불과 이틀만에 동일한 업종의 ‘CCC’을 개업할 만한 특별한 사유가 확인되지 않는 점 등에 비추어 원고의 사업장은 간이과세를 적용받기 위해 단지 폐업 및 개업의 형식을 취한 것일 뿐 그 업체의 연속성이 인정된다고 판단하여 위 부과처분에 이르렀던 것으로 보인다.

국세기본법 제14조 제1항 , 제2항이 천명하고 있는 실질과세의 원칙은 헌법상의 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있다(대법원 2012. 1. 19. 선고 2008두8499 전원합의체 판결 등 참조). 또한 국세기본법 제14조 제3항 은 과세대상이 되는 행위 또는 거래를 우회하거나 변형하여 여러 단계의 거래를 거침으로써 부당하게 조세를 감소시키는 조세회피행위에 대처하기 위하여 여러 단계의 거래 형식을 부인하고 실질에 따라 과세대상인 하나의 행위 또는 거래로 보아 과세할 수 있도록 규정하고 있기도 하다(대법원2017. 12. 22. 선고 2017두57516 판결 등 참조). 이러한 실질과세원칙은 사법상 효력이 인정되지 않는 가장행위에 해당하는 경우에만 적용될 수 있는 것은 아니고 그러한 정도에는 이르지 못하지만 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하였다고 볼만한 조세회피행위의 경우에도 적용될 수 있다(대법원 2025. 3. 27. 선고 2023두37865판결 등 참조).

위와 같은 법리와 앞서 살펴본 여러 정황 등을 종합하면, 피고의 20xx년 x기 부가가치세 과세처분은, 적어도 원고가 운영한 위 업체가 사실상 동일한 사업장이라는 판단 또는 일반과세자로의 과세유형 전환시 간이과세자 적용을 받는 기간 등과 관련된 법률관계나 사실관계에 대하여 이를 과세대상이 되는 것으로 오인할 만한 객관적인 사정이 있었고 그것이 과세대상이 되는지의 여부는 그 사실관계를 정확히 조사하여야 비로소 밝혀질 수 있는 경우에 해당한다고 봄이 타당하다. 아울러 이러한 사실관계에 대하여 앞서 본 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 이미 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없다고 보기도 어렵다. 따라서 설령 20xx년 x기 부가가치세 처분에 어떠한 하자가 있다고 하더라도 그 하자가 외관상 명백하여 무효라고 볼 수는 없다.

라) 구 부가가치세법 시행령(2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제74조의2 제4항은 구 부가가치세법 제25조 에 의하여 간이과세자에서 일반과세자로 전환되는 경우라도 동법 시행령 제74조의2 제2항에 따라 관할 세무서장으로부터 과세유형전환의 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 간이과세자에 관한 규정을 적용하도록 규정하고 있다. 이러한 규정의 취지는 납세자의 성실한 과세표준 신고를 전제로 하여 납세자가 그 과세유형이 변경되었음을 알지 못함으로 인하여 입게 될 불측의 피해를 방지하고 납세자의 권리를 보호하고자 함에 있다고 할 것이다. 그런데 사업자가 과세표준을 아예 누락하거나 간이과세 적용범위 이내로 과소신고한 경우에는, 관할 세무서장으로서도 해당 사업자가 일반과세자로 전환되는지를 바로 알 수 없어 위 시행령 규정에 따른 과세유형전환통지를 하기 어려운 점 등을 고려하면, 과세표준을 아예 누락하거나 간이과세 적용범위 이내로 과소신고한 사업자가 위와 같은 과세유형전환 통지가 없음을 내세워 간이과세자에 관한 규정이 계속 적용되어야 한다는 등의 주장을 하는 것은 허용되지 않는다고 해석함이 타당하다.

이 사건에 제출된 증거들만으로는 원고가 피고로부터 간이과세자에서 일반과세자로 전환된다는 과세유형전환의 통지를 받았는지 여부를 확인하기 어렵다. 그러나 원고는 위 각 사업장에서의 부가가치세 과세표준을 아예 신고하지 않았고, 피고는 이후 원고의 신용카드 발행금액 신고누락분을 확인하게 됨에 따라 이 사건 각 부과처분에 이르게 되었음을 감안하면, 설령 위 시행령 규정에 따른 과세유형전환통지가 없었다고 하더라도 그러한 사유만으로 원고의 20xx년 x기 부가가치세를 일반과세자 계산방식에 따라 산정한 납부세액 부과처분이 위법하다고 보기는 어렵고, 가사 그러한 과세처분에 어떠한 하자가 있다고 하더라도 그 하자가 외관상 명백하여 무효라고 보기도 어렵다.

4. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.