이 사건 증액경정처분에 대한 불복기간이 이미 경과하여 더 이상 다툴 수 없게 되었으므로 그 취소를 구할 수 없음

이 사건 증액경정처분에 대한 불복기간이 이미 경과하여 더 이상 다툴 수 없게 되었으므로 그 취소를 구할 수 없음

사 건

2024누10556 부가가치세경정거부처분취소

원 고

주식회사 AA

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 10. 17.

판 결 선 고

2025. 11. 28.

주 문

1. 피고의 항소를 각하한다.

2. 피고가 2022. 3. 7. 원고에 대하여 한 XXX원의 부가가치세 경정청구 거부처분 중 별지1 순번 4, 5항 기재 각 부가가치세에 관한 부분이 무효임을 확인한다.

3. 원고의 항소와 이 법원에서 추가한 나머지 예비적 청구를 모두 기각한다.

4. 총소송비용 중 85/100은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청 구 취 지

[청구취지 및 원고 항소취지]

제1심판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 주위적으로, 피고가 2022. 3. 7. 원고에 대하여 한 XXX원의 부가가치세 경정청구 거부처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 취소한다. 예비적으로, 주문 제2항 및 이 사건 처분 중 별지1 순번 1 내지 3항 기재 각 부가가치세에 관한 부분이 무효임을 확인한다.

[피고 항소취지]

제1심판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기

각한다.

이 유

1. 처분의 경위

이 법원이 이 부분에 관하여 기재할 이유는 제1심판결의 ‘1. 처분의 경위’란 기재 이유와 같으므로, 약어를 포함하여 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

2. 피고 항소의 적법 여부에 대한 판단

행정처분이 취소되면 그 처분은 효력을 상실하여 더 이상 존재하지 않게 되는데, 피고가 이 법원 소송계속 중인 2024. 12. 13. 제1심판결 중 피고 패소 부분을 직권으로 취소한 사실은 앞서 살펴 본 바와 같으므로, 피고의 항소는 위 직권취소로 심판대상에서 제외된 처분에 대한 것으로서 항소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 원고의 주장

가. 주위적 청구(이 사건 처분의 취소)

이 사건 출자전환에 의한 이 사건 차액은 ‘회수불능으로 확정된 채권으로서 대손금’에 해당하지 않으므로 이와 다른 전제에 따른 이 사건 처분은 위법하다. 그런데 경정청구기간 5년 이내에는 제소기간과 관계없이 이 사건 증액경정 부분에 대하여 다툴수 있을 뿐만 아니라, 유사한 쟁점이 문제된 관련 사건에서 이 사건 처분이 위법하다는 취지의 판결이 선고되어 이를 후발적 경정사유로도 볼 수 있으므로, 결국 이 사건 처분에 대한 제소기간은 경과하지 않았으므로 이 사건 처분은 취소되어야 한다.

나. 예비적 청구(이 사건 처분의 무효확인)

이 사건 처분 이전에도 이 사건 출자전환에 의한 이 사건 차액은 ‘회수불능으로 확정된 채권으로서 대손금에 해당하지 않는다’는 취지의 판결이 다수 선고되었던 바 있는바, 그럼에도 이와 다른 전제에서 법령을 잘못 해석하여 적용한 이 사건 처분에는 중대하고도 명백한 하자가 있어 당연무효라고 보아야 한다.

4. 판단

가. 관련 법령

별지2와 같다.

나. 이 사건 처분의 취소 사유 여부(원고의 주위적 청구에 관한 판단)

1) 관련 법리

통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법사유를 취소 원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이므로, 그 과세표준 및 세액의 인정이 위법하다고 내세우는 개개의 위법사유는 자기의 청구가 정당하다고 주장하는 공격방어방법에 불과한 점(대법원 2020. 6. 25. 선고 2017두58991 판결 참조), 과세처분에 대한 취소소송과 경정청구는 모두 정당한 과세표준 및 세액의 존부를 정하고자 하는 동일한 목적을 가진 불복수단이므로, 납세자로 하여금 과세관청의 증액경정사유에 대하여는 취소소송으로써, 과다신고사유에 대하여는 경정청구로써 각각 다투게 하는 것은 납세자의 권익보호나 소송경제에 부합하지 않는 점(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 참조) 등에 비추어 보면, 납세자는 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 당초 신고에 대한 과다신고사유뿐만 아니라 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다. 다만, 증액경정처분에 대한 불복기간이 경과한 경우에는 이 사건 단서규정에 따라 ‘경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액’에 관하여는 취소를 구할 수 없고, 당초 신고한 과세표준 및 세액을 한도로 하여서만 취소를 구할 수 있을 따름이다(대법원 2024. 6. 27. 선고 2021두39997 판결 참조).

2) 구체적 판단

위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건에 제출된 증거에 변론 전체의 취지를 더하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 의하면, 이 사건 처분에 대한 불복기간이 이미 경과하여 더 이상 다툴 수 없게 되었으므로. 그 취소를 구할 수 없다.

① 원고에 대한 2016년 2기분 부가가치세를 증액하는 이 사건 처분 중 이 사건 1차 경정처분은 2018. 2. 20., 이 사건 2차 경정처분은 2018. 10. 17., 이 사건 3차 경정처분은 2019. 1. 8., 이 사건 4차 경정처분은 2019. 11. 12., 이 사건 5차 경정처분은 2020. 2. 11. 각 고지서가 원고에게 송달되었고, 원고는 위 각 고지서 송달일로부터 90일이 경과하였음이 역수상 명백한 2022. 1. 24. 이 사건 처분의 경정을 구하는 경정청구를 제기하였다.

② 국세기본법 제22조의3 의 제1항은 ‘세법에 따라 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정은 당초 확정된 세액에 관한 이 법 또는 세법에서 규정하는 권리·의무관계에 영향을 미치지 아니한다.’고 하여 증액경정이 있더라도 이미 확정된 세액에 대하여는 영향이 없다고 규정하였고, 구 국세기본법(2019. 12. 31. 법률 제16841호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제1항 본문도 ‘과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 5년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다’고 규정하면서도 같은 항 단서에서 ‘다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 경정을 청구할 수 있다.’고 하여 증액경정으로 증가된 세액에 대하여는 그 처분이 있음을 안 날 또는 처분의 통지를 받은 날로부터 90일 이내에만 경정을 청구할 수 있다고 규정하였는바, 이는 증액경정처분이 있어 당초 신고 내지 결정이 증액경정처분에 흡수되어 그 증액경정처분만이 항고소송의 대상이 되고 그 항고소송에서 당초 신고나 결정에 대한 위법사유도 함께 주장할 수 있으나, 이미 불복기간이 경과하여 다툴 수 없게 된 세액에 대하여는 불복을 제한하려는 취지이다.

③ 위 대법원 2021두39997 판결 역시 이 사건과 같은 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송에서 과세관청의 증액경정사유도 함께 주장하여 다툴 수 있다고 보면서도 증액경정처분에 대한 불복기간이 이미 경과한 경우에는 경정으로 인하여 증가된 세액에 관하여 취소를 구할 수 없다고 보았는바, 이는 증액경정처분의 불복기간 도과로 인한 불가쟁력은 불복사유가 아닌 불복세액에 발생하는 것이므로(대법원 2013. 4. 18. 선고 2010두11733 전원합의체 판결 참조) 불복기간이 이미 경과한 경우에도 그 불복사유에는 제한이 없고 다만 이미 불가쟁력이 발생한 불복세액에 대하여는 다툴 수 없다고 본 것이다.

④ 원고는 위 대법원 2021두39997 판결은 법인세 부과에 관한 것이어서 부가가치세 부과에 관한 이 사건의 경우에는 그대로 적용될 수 없다는 취지로도 주장하나, 앞서 살펴 본 국세기본법 관련 규정은 비록 당초 확정된 세액을 증가시키는 경정이 있더라도 이미 불복기간이 경과하여 더이상 다툴 수 없게 된 세액에 대하여는 불복을 제한하려는 취지라고 보아야 하는 점, 대법원 2021두39997 판결 역시 이와 같은 취지로 판시하였고 다만 납세자가 당초 신고한 과세표준 및 세액에 대하여는 불가쟁력이 발생하였다고 보기 어려우므로 그 액수의 한도에서만 취소를 구할 수 있다고 보았던 것에 불과한 점, 원고의 주장과 같이 국세기본법 제45조의2 제1항 제1호 의 납세자의 과다신고에 따른 경정청구가 아닌 같은 항 제2호의 환급세액 과소신고에 따른 경정청구의 경우에는 제소기간의 제한 없이 경정청구기간 내에 모든 증액경정 세액을 다툴 수 있다고 본다면 위와 같은 국세기본법의 규정 취지에 반할 뿐만 아니라 법적안정성을 고려하여 정한 제소기간이 사실상 무력화되는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장은 받아들이기 어렵다.

⑤ 한편, 원고는 이 사건과 유사한 쟁점이 문제된 관련 판결(창원지방법원 2021.12. 23. 선고 2020구합○○ 판결)에서 ‘회생계획에 따른 출자전환이 대손세액 공제 사유에 해당하지 않는다.’는 취지의 판결이 선고되었고, 원고는 그로부터 약 1달 이후인 2022. 1. 24. 이 사건 경정청구를 하였으므로 이는 구 국세기본법(2022. 12. 31. 법률 제19189호로 개정되기 전의 것) 제45조의2 제2항 제1호 ’최초의 신고·결정 또는 경정에서 과세표준 및 세액의 계산 근거가 된 거래 또는 행위 등이 그에 관한 소송에 대한

판결에 의하여 다른 것으로 확정되었을 때’ 내지 같은 항 제5호 ‘제1호부터 제4호까지와 유사한 사유로서 대통령령으로 정하는 사유가 해당 국세의 법정신고기한이 지난 후

에 발생하였을 때’에 해당하여 후발적 경정청구 사유에 해당한다는 취지로도 주장한다. 그러나 입법자가 납세자의 권리구제를 확대하기 위하여 후발적 경정청구제도를 마련하

면서도 조세법률관계의 안정성을 확보하기 위하여 법령에서 열거한 일정한 후발적 사유로 말미암아 과세표준 및 세액의 산정기초에 변동이 생긴 경우로 후발적 경정청구사유를 제한하고 있는 점에 비추어 볼 때, 당사자가 다르나 쟁점이 유사한 별개의 관련 사건에서 납세자에게 유리한 취지의 하급심 판결이 선고되었다는 사정만으로는 위 ‘증액경정의 계산 근거가 된 거래 또는 행위가 그에 관한 소송에 대한 판결에 의하여 다른 것으로 “확정”되었을 때’ 해당한다고 보기 어려울 뿐만 아니라, 원고의 주장에 의한

다면 일단 부과된 세액이 확정되었더라도 그 이후 유사한 쟁점이 문제된 사건에서 이미 확정된 세액의 부과 근거와 다른 취지의 판결이 선고될 경우 언제라도 후발적 경정사유에 해당할 수 있다는 것이어서 조세법률관계의 안정성에 현저한 침해가 발생하므로 받아들이기 어렵다.

다. 이 사건 처분의 무효 사유 여부(원고의 예비적 청구에 관한 판단)

과세처분이 당연무효라고 하기 위하여는 그 처분에 위법사유가 있다는 것만으로 는 부족하고 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지를 판별할 때에는 과세처분의 근거가 되는 법규의 목적·의미·기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰하여야 한다. 그리고 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법령의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져서 해석에 다툼의 여지가 없음에도 과세관청이 그 법령의 규정을 적용하여 과세처분을 하였다면 그 하자는 중대하고도 명백하다(대법원 2018. 7. 19. 선고 2017다242409 전원합의체 판결, 대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결 등 참조).

위 법리에 비추어 살피건대, 이 사건에 제출된 증거 및 변론 전체의 취지로 알 수 있는 다음과 같은 사실 및 사정에 의하면, 이 사건 처분 중 별지1 순번 4, 5항 기재 부분(이하 ‘순번 4, 5항 처분’이라 한다)의 하자는 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로 객관적으로 명백한 것이어서 당연무효에 해당하나, 나머지 순번 1 내지 3항 기재 부분(이하 ‘순번 1 내지 3항 처분’이라 한다)의 하자는 당연무효에 해당하지 않는다.

① 종전 법령에 의하면 이 사건 차액이 구 법인세법 시행령 제19조의2 제1항 제5호 에서 대손금으로 정하고 있는 ‘회생계획인가의 결정 또는 법원의 면책결정에 따라 회수불능으로 확정된 채권’에 해당한다고 보기 어려우므로, 이 사건 처분에는 ‘이 사건 차액이 회수불능으로 확정된 채권으로서 대손금에 해당한다’는 잘못된 전제에 따른 하자가 존재한다는 점에 대하여는 제1심판결의 판단과 같으나 그러한 하자로 인하여 이 사건 처분이 당연무효에 해당하는지 여부는 별개로 판단하여야 한다.

② 2019. 2. 12. 개정된 구 부가가치세법 시행령(대통령령 제29535호) 제87조 제1항은 “법 제45조 제1항 본문에서 ‘파산·강제집행이나 그 밖에 대통령령으로 정하는 사유’란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.”라고 규정하면서 “채무자 회생 및 파산에 관한 법률에 따른 법원의 회생계획인가 결정에 따라 채무를 출자전환 하는 경우. 이 경우 대손되어 회수할 수 없는 금액은 출자전환하는 시점의 출자전환된 매출채권 장부가액과 출자전환으로 취득한 주식 또는 출자지분의 시가와의 차액으로 한다.”라는 규정(제2호)을 신설하여 ‘회생계획인가결정에 따라 채권을 출자전환하는 경우 채권의 장부가액과 주식의 시가와의 차액을 대손금으로 본다’는 취지로 규정하였고, 다만 위 개정 시행령 부칙(2019. 2. 12. 대통령령 제29535호) 제2조에 의하면 “이 영은 이 영 시행 이후 재화나 용역을 공급하거나 공급받는 분 또는 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다.”라고 규정하여 원고에 대한 2016년 2기분 부가가치세 세액에 관한 이 사건 처분의 적법성 판단에 직접 적용되지는 않는다.

③ 서울고등법원 2018. 12. 5. 2015누60657 판결에서는 ‘부가가치세가 거래세 성격을 가진다는 점에 비추어, 법인의 소득에 대한 과세를 규율하는 법인세법에서조차 대손금으로 인정하지 않은 사유를 부가가치세에 있어서 대손세액 공제 사유로 해석하는 것은 특별한 사정이 없는 한 허용되어서는 안 된다’는 전제 하에 ‘회생계획인가결정에 따라 채권을 출자전환하는 경우 채권의 장부가액과 주식의 시가와의 차액을 대손금으로 볼 수 없다’는 취지로 판결하였고, 이는 이후 상고심에서 심리불속행 기각되어 확정되었다(대법원 2019. 5. 10.자 2019두31853 판결, 이하 ‘관련 판결’이라 한다).

④ 이 사건 처분 중 순번 1 내지 3항 처분은 관련 판결이 확정되기 이전인 각 2018. 2. 20., 2018. 10. 17., 2019. 1. 8. 원고에게 납세고지서가 송달되었는바, 관련판결 확정 이전에는 회생계획인가결정에 따라 채권을 출자전환하는 경우 채권의 장부가액과 주식의 시가와의 차액을 대손금으로 보아 과세관청이 부가가치세를 부과하였던 것으로 보이고, 실제로 앞서 살펴본 바와 같이 2019. 2.경에는 부가가치세 관련 법령이 과세관청의 종전 부과 사례와 같은 내용으로 개정된 것으로 보이므로, 과세관청으로서는 회생계획인가결정에 따라 채권을 출자전환하는 경우 채권의 장부가액과 주식의 시가와의 차액을 대손금으로 볼 수 있는지 여부에 관하여 그 해석의 다툼의 여지가 충분히 있었다고 보인다.

⑤ 그러나 이 사건 처분 중 순번 4, 5항 처분은 관련 판결이 이미 확정되고 그로부터 각 6개월 및 9개월이 경과한 이후인 2019. 11. 12., 2020. 2. 11. 비로소 원고에게 납세고지서가 송달되었는바, 앞서 살펴 본 관련 판결의 내용에 비추어 볼 때 과세관청으로서는 적어도 위 개정 부가가치세 관련 법령이 적용되지 않는 이 사건 처분에 있어서는 회생계획인가결정에 따라 채권을 출자전환하는 경우 채권의 장부가액과 주식의 시가와의 차액을 대손금으로 볼 수 없다는 점이 객관적으로 명백히 밝혀져 있어 더 이상 그 해석에 다툼의 여지가 있었다고 할 수 없다.

5. 결론

그렇다면 원고의 주위적 청구 부분은 부적법하여 각하하고(제1심판결은 이와 결론을 같이하여 정당하다), 원고가 이 법원에서 추가한 예비적 청구 중 순번 4, 5항 처분 부분은 이유 있어 인용하고 나머지 순번 1 내지 3항 처분 부분은 이유 없으므로 기각하며, 피고의 항소는 부적법하므로 각하하여 주문과 같이 판결한다.