사실과 다른 세금계산서 여부 및 면세사업 해당 여부

원고들 사이에 작성된 계약서 등에 형식적인 기재내용에도 불구하고 계약서나 이 사건 세금계산서의 기재사항은 사실과 다른 것으로 보이므로 이 사건 처분은 적법하며, 이 사건 홍보계약은 면세사업인 국민주택규모 이하인 주택의 건설용역에 관하여 체결되었으므로 홍보용역에 대한 매입세액 불공제 처분 역시 적법함.

사 건

2024구합201757

원 고

OO주택협동조합

피 고

OO세무서장

변 론 종 결

2025. 11. 12.

판 결 선 고

2026. 1. 14.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 8. 1. 원고들에 대하여 한 별지1 기재 각 부가가치세부과처분(가산세 포함)을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고 AA주택협동조합(이하 ‘원고 협동조합’이라 한다)은 20xx. x. xx. 설립 신고를 하고 OO시에 민간임대주택단지인 OO OOOO 단지를 조성하는 사업(이하‘이 사건 사업’이라 한다)을 추진하던 중 20xx. xx.경 이를 중단하였다.

나. 피고는 원고 협동조합과 원고 주식회사 BB연구소(이하 ‘주식회사’ 부분은 생략하고, 다음에 나오는 다른 주식회사들도 모두 ‘주식회사’ 부분은 생략한다), 원고 CCC이앤비(변경 전 상호: DDD생명공학)에 대하여 2022년 2기 과세기간 부가가치세 세목별 조사를 실시한 결과, 20xx. x. x. 원고들이 이 사건 사업 과정에서 수목·자연석 및 그림·조형물과 관련하여 다음 표와 같이 실제 재화나 용역의 공급 없이 가공의 세금계산서(이하 ‘이 사건 세금계산서’라 한다)를 수수하였고, 이 사건 사업이 면세사업에해당함에도 원고 협동조합과 원고 AA연구소가 이와 관련하여 수취한 매입세금계산서상의 매입세액을 공제(원고 협동조합 1,101,000,000원, 원고 AA연구소 161,000,000원)받았다고 판단하였다.

다. 피고는 위와 같은 세무조사 결과를 바탕으로 20xx. x. x. 별지 1 기재와 같이 원고 협동조합에 대하여 57,064,290원, 원고 AA연구소에 대하여 36,204,840원, 원고CCC이앤비에 대하여 27,880,000원의 2022년 2기분 부가가치세(가산세 포함)를 부과하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고들은 20xx. xx. xx. 국세청장에게 이 사건 각 처분에 대한 심사 청구를 하였으나 20xx. xx. xx. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호를 포함한다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

가. 가공세금계산서 관련 주장

원고 협동조합은 이 사건 사업 추진 과정에서 소외 호텔EE으로부터 수목과자연석을 매수하기로 하였는데, 원고 협동조합이 수목과 자연석의 품질을 검수할 능력이 없었던 관계로 원고 CCC이앤비와 원고 AA연구소에게 위와 같은 검수 용역을 맡기기로 하였다. 다만 그 법적 형식은 호텔EE과 원고 협동조합 사이에 수목과 자연석에 대한 매매계약을 체결하고 원고 협동조합과 원고 CCC이앤비, AA연구소 사이에 각 검수 용역계약을 체결하는 것이 아니라, 원고 CCC이앤비가 호텔EE으로부터 수목과 자연석을 매수한 후 그 중 일부는 원고 AA연구소에 매도하고, 원고 CCC이앤비와 원고 AA연구소가 각 매수한 수목과 자연석에 대한 검수를 마친 후 기존 매매대금에 검수 용역대금을 가산한 금액으로 원고 협동조합에게 이를 재판매하는 형식을 취하였다.

또한 원고 협동조합은 호텔EE에게 수목과 자연석의 매수 대가로 그림 및 조형물을 지급하였는데, 원고 AA연구소는 위 그림 및 조형물 중 일부를 원고 협동조합으로부터 양도받은 후 여기에 일정 금액을 가산하여 호텔EE에 재판매하는 방식으로수목·자연석 검수 용역에 대한 대가 중 일부를 수수하였다.

한편 원고 협동조합은 소외 FFFF으로부터 인테리어 용역을, 소외 GG로부터 컨설팅 용역을 각 제공받고 그림을 그 대가로 지급하였던바, 원고들과 호텔EE, FFFF, GG 사이에 수수된 이 사건 세금계산서는 위와 같은 실질거래에 부합하는 것으로서 가공세금계산서에 해당하지 않는다.

나. 면세사업 관련 주장

피고는 원고 협동조합 및 원고 AA연구소가 소외 HH플래닛과 사이에 체결한 주택단지 홍보계약(이하 ‘이 사건 홍보계약’이라 한다)이 면세사업인 국민주택 건설용역에 관한 것으로서 그 홍보용역에 대한 매입세액이 매입세액 불공제대상에 해당한다고 판단하였으나, 이 사건 홍보계약은 종합레저타운 건설에 관한 것으로서 면세사업에 관한 것이 아니고, 비록 위 종합레저타운단지 내에 협동조합형 공공지원 민간임대주택이 들어서기로 예정되어 있었기는 하나 그 평형이 국민주택규모로 정하여져 있지도 않았다.

3. 관계 법령

별지 2 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 이 사건 세금계산서가 가공세금계산서에 해당하는지 여부에 대한 판단

1) 관련 법리

전 단계 세액공제법을 채택하고 있는 부가가치세법 아래에서 세금계산서 제도는 당사자 간의 거래를 노출시킴으로써 부가가치세뿐 아니라 소득세와 법인세의 세원포착을 용이하게 하는 납세자 간 상호검증의 기능을 하므로, 사업자등록과 함께 부가가치세 제도를 효과적으로 시행하기 위한 필수적인 요소이다. 이러한 취지를 반영하여 부가가치세법령에서는 세금계산서의 필수적 기재사항을 정하는 한편, 이러한 필수적 기재사항이 세금계산서에서 누락되거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제할 수 없도록 규정하고 있다. 구체적으로 부가가치세법 제32조 제1 항은 세금계산서의 기재사항으로 ‘공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭(제1호)’, ‘공급받는 자의 등록번호(제2호)’를 들고 있고, 제39조 제1항 제2호는 발급받은 세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있다. 그리고 여기에서 ‘사실과 다르다’는 의미는, 세금계산서의 필요적 기재사항의 내용이, 재화 등에 관한 당사자 사이에 작성된 거래계약서 등 형식적인 기재내용에도 불구하고, 그 재화 등을 실제로 공급하거나 공급받는 주체나 가액, 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 가리킨다(대법원 2025. 5.29. 선고 2023두41314 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

갑 제5호증과 을 제3호증의 1 내지 6의 각 기재에 의하면, 원고들과 호텔EE 사이에 원고 CCC이앤비가 호텔EE으로부터 수목·자연석을 매수한 후 원고 협동조합 및 원고 AA연구소에 재판매하는 내용의 계약서 및 원고 협동조합이 원고 AA연구소와 호텔EE에 그림·조형물을 판매하는 내용의 계약서 등이 작성되는 등 원고들 사이에 작성된 계약서의 형식적인 기재내용이 이 사건 세금계산서의 기재에 부합하는것으로 보이기는 한다.

그러나 다른 한편으로 앞서 본 법리 및 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면 위 계약서나 이사건 세금계산서의 기재사항은 사실과 다른 것으로 보이므로, 같은 전제에서 이루어진 이 사건 처분은 적법하다고 보아야 한다. 따라서 원고들의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 만약 원고들의 주장과 같이 원고 협동조합이 호텔EE으로부터 수목과 자연석을 매수하면서 원고 CCC이앤비와 원고 AA연구소에게 이에 대한 검수 용역을 맡기기로 한 것이라면 그 사실관계에 부합하도록 원고 협동조합이 호텔EE으로부터 수목·자연석을 매수하는 계약을 체결하고, 한편 원고 협동조합이 원고 CCC이앤비, 원고 AA연구소에게 그 검수 용역을 맡기는 계약을 체결하여 그에 따른 세금계산서를 발급하면 될 것이지, 원고들이 주장하는 바와 같은 방식으로 계약서를 작성하고 세금계산서를 발급할 이유가 없다고 보인다.

그리고 원고들의 주장에 의하면 원고 협동조합이 호텔EE으로부터 매수하려는 수목과 자연석의 품질을 검수할 능력이 없어 원고 CCC이앤비와 원고 AA연구소에게 그 검수 용역을 맡기게 되었다는 것이나, 2022년경 원고 CCC이앤비에는 사내이사 조II 외에 다른 근로자가 고용되어 있지 않았고 원고 AA연구소에는 조II의 어머니인 도영애 외의 다른 근로자가 존재하지 않아서, 원고들이 주장하는 것처럼 원고 CCC이앤비와 AA연구소에 수목과 자연석의 품질을 검수할 능력이 있었다고 보이지도 않는다. 또한 원고들과 호텔EE 사이에 수목·자연석 거래와 관련하여 작성된 계약서(을 제3호증의 1 내지 4)를 살펴보면 그 계약일자가 2022. 1. 13.에서 같은달 28일 사이로 기재되어 있는데, 원고 협동조합은 그보다 약 4달 뒤인 2022. 5. 20.비로소 설립 신고가 이루어졌던바, 위와 같은 계약서들의 신빙성을 믿기 어렵다.

또한 위와 같은 수목·자연석의 거래과정이 의심되는 이상, 그 대가 지불을 위하여 이루어졌ㄷ다는 그림·조형물 거래 역시 그 실질을 인정하기 어렵다.

나) 실제로도 이 사건 세금계산서에 원고 협동조합에 인도된 것으로 기재된 수목·자연석 중 수목 70그루 중 10그루 정도만이 이 사건 사업 예정부지에 식재되었고, 나머지 수목 60그루와 자연석은 여전히 호텔EE 부지에 남아 있는 것으로 보인다

(원고들은 나머지 수목·자연석에 대하여 원고 협동조합과 호텔EE 사이에 묵시적인 점유개정의 약정이 있었다는 취지로도 주장하나, 이를 뒷받침할 아무런 객관적인 자료가 존재하지 않는다).

한편 원고들은 원고 협동조합이 호텔EE에 그림·조형물을 현실로 인도하였다고 주장하면서 OO시 지하철 주택조합 명의의 물품보관확인서(갑 제7호증) 및 호텔EE 현장관리자가 원고 협동조합이 보유한 조형물을 인수하였다는 내용으로 작성한 물품인수증(갑 제8호증의 1)을 증거로 제출하였으나, 위 물품보관확인서는 OO시지하철 주택조합이 위탁인인 호텔EE 외 2인(그 2인이 누구인지도 특정되어 있지 않다)으로부터 그림을 수탁받아 보관하고 있음을 확인한다는 내용이어서 그 기재만으로는 호텔EE이 원고 협동조합으로부터 그림을 인도받았음을 인정하기 어렵다. 또한 조형물 3점에 관한 것이라는 물품인수증(갑 제8호증의 1)의 기재만으로는 원고들의 주장사실을 인정하기에 부족하고, 피고가 이 사건 처분 과정에서 이미 호텔EE 부지를 방문하여 실물이 실제로 확인된 조형물 부분은 가공거래에서 제외한 후 이 사건 처분을한 것으로 보인다.

다) 원고들은 원고 협동조합이 FFFF으로부터 인테리어 용역을, 에이에이로부터 컨설팅 용역을 각 제공받고 그림을 그 대가로 지급하였다고도 주장하고 있으나, 원고 협동조합과 FFFF, 에이에이 사이에 위와 같은 용역거래가 존재하였음을뒷받침할 만한 아무런 자료를 제출하지 못하였을 뿐더러, FFFF, 에이에이에 지급하였다는 그림·조형물을 특정하지도 못하였다.

라) 이 사건 세금계산서가 발행된 2023. 1.경 원고들, FFFF, GG의 대표자는 조II로 모두 동일하고 원고들의 주소지도 AA특별자치시 한누리대로 XXX, X층 XXX호로 동일하였으며, 이 사건 세금계산서는 20xx. x. xx.부터 같은 달 19일 사이에 동일한 IP와 랜카드, CPU 고유번호를 사용하여 한꺼번에 발급되었다. 또한 조II의 아버지이자 원고들의 자금 및 영업책임자인 조성진은 AA세무서에서 이루어진 조세범처벌법 혐의에 대한 심문 과정에서 원고들과 FFFF, 에이에이는 모두 동일한 회사이고, 호텔EE으로부터도 세금계산서를 임의로 발급해도 된다는 허락을 받아 실무자에게 지시하여 이 사건 세금계산서를 발급하게 된 것이며, 수목·자연석 및 그림·조형물의 가액은 객관적인 증빙자료 없이 협의 하에 임의 책정된 것이라는 취지로 진술하였던바(을 제1호증), 이 역시 이 사건 세금계산서가 거래의 실질에 관계없이 임의로 발급되었음을 뒷받침하는 사정이라 할 것이다.

나. 이 사건 홍보계약이 면세사업에 관한 것인지 여부에 대한 판단

1) 관련 규정

부가가치세법 제39조 제1항 제7호 는 면세사업등에 관련된 매입세액의 경우 매출세액에서 공제하지 아니하도록 규정하고 있고, 구 조세특례제한법(2022. 12. 31.법률 제19199호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항은 ‘대통령령으로 정하는 국민주택 및 그 주택의 건설용역’을 부가가치세 면세사업으로 규정하고 있다. 한편 그 위임을 받은 구 조세특례제한법 시행령(2025. 12. 30. 대통령령 제35947호로 개정되기 전의 것) 제106조 제1항은 위 ‘대통령령으로 정하는 국민주택’을 ‘ 주택법 제2조 제1호 에 따른 주택으로서 그 규모가 같은 조 제6호에 따른 국민주택규모 이하인 주택’으로 규정하고 있고, 주택법 제2조 제6호 에 따른 국민주택규모는 주거의 용도로만 쓰이는 면적(주거전용면적)이 1호 또는 1세대당 85제곱미터 이하인 주택을 말한다.

위와 같은 규정 및 다음과 같은 사정들을 종합하여 보면, 이 사건 홍보계약은 면세사업인 국민주택규모 이하인 주택의 건설용역에 관하여 체결되었다고 봄이 타당하므로, 이를 다투는 원고들의 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 홍보계약(을 제6호증의 1 내지 3)은 HH플래닛이 원고 협동조합 또는 원고 AA연구소에 홍보용역을 제공하여야 할 대상을 ‘충주 OO OOOO 프로젝트’ 내지 ‘OO 타운하우스 프로젝트’로 규정하고 있는바, 원고 협동조합이 위 홍보계약 체결 후인 20xx. xx. xx. OO시장에게 ‘OO OOOO’이라는 이름으로 협동조합형 민간임대주택 건설사업과 관련하여 공동주택 800세대를 건축하여 공급하겠다면서 민간임대주택에 관한 특별법 제5조의3 에 따른 조합원 모집신고를 하였으나 2022. 11.29. 불수리된 점(을 제2호증) 등에 비추어 보면, 이 사건 홍보계약은 원고 협동조합이 추진하는 민간건설임대주택의 건설에 관하여 체결되었다고 봄이 타당하다[원고들은 이를 반박할 목적으로 원고 협동조합이 20xx. x. xx. ‘OO시 OO지구 휴양관광단지조성 사업’에 대하여 작성한 사업개요서(갑 제11호증)를 제출하였으나 이후 위 개요서대로사업이 추진되었다고 볼 만한 자료가 부족할 뿐만 아니라, 위 개요서에도 ‘국내 최초 협동조합형 공공지원 임대주택 공급’이라고 부제목이 기재되어 있다].

나) 한편 민간임대주택에 관한 특별법 제5조의4 제1항 제7호 는 ‘조합원 모집 신고를 하고 조합원을 모집하는 민간임대협동조합은 가입 계약 체결 시 조합가입신청자에게 민간임대협동조합의 사업추진 및 운영을 위하여 필요한 사항으로서 대통령령으로 정하는 사항을 설명하고 이를 확인받아야 한다’고 규정하고 있고, 그 위임을 받은 민간임대주택에 관한 특별법 시행령 제4조의4 제1항 제1호 는 ‘민간임대협동조합의 사업개요’를 설명하여야 할 사항 중 하나로 규정하고 있다. 그런데 원고 협동조합이 조합원 모집신고를 한 후 이루어진 언론보도(을 제7호증의 1, 2)에 의하면 원고 협동조합이 추진한 민간건설임대주택은 59㎡·84㎡ 형의 5층 이하 테라스하우스 주택인 것으로 보이므로 이 사건 홍보계약은 국민주택규모(1세대 당 85㎡) 이하인 주택의 건설용역에 관하여 체결되었다고 봄이 타당하고, 원고들이 주장하는 것처럼 추후 조합원들의 의사에 따라 임대주택의 면적이 85㎡를 초과하는 것으로 변경될 여지가 있었다는 사정만으로는 달리 보기 어렵다.

5. 결론

원고들의 청구는 이유 없으므로 모두 기각한다.