토지 인도소송은 소유권에 관한 소송으로 볼 수 없어 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제7호의 사유로 볼 수 없고, 토지만을 사용할 목적으로 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거한 경우 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제9호의 사유로 볼 수 없으며, 스스로 공유물분할소송을 제기한 사정만으로는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호의 사유로 볼 수 없어 비사업용 토지 양도소득세 중과 예외사유에 해당하지 않음

토지 인도소송은 소유권에 관한 소송으로 볼 수 없어 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제7호의 사유로 볼 수 없고, 토지만을 사용할 목적으로 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거한 경우 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제9호의 사유로 볼 수 없으며, 스스로 공유물분할소송을 제기한 사정만으로는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호의 사유로 볼 수 없어 비사업용 토지 양도소득세 중과 예외사유에 해당하지 않음

사 건

2024구합22854 법인세부과처분취소

원 고

주식회사 ○○공영

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 29.

판 결 선 고

2026. 1. 29.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 1. 3. 원고에 대하여 한 2021 사업연도 법인세 1,970,279,590(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 4. 26. 설립되어 부동산 임대업, 부동산 개발업, 부동산 시행 및 분양업 등을 영위하는 법인이다.

나. 원고는 ① 2018. 2. 28. ○○시 ○○구 ○○동(이하 ‘○○동’이라 함) ○○-○ 대 2,962.1㎡(이하 ‘○○동 ○○-○ 토지’라 함) 중 35/100 지분(이하 위 토지의 원고 지분을 ‘○○동 ○○-○ 토지 지분’이라 함)을, ② 2019. 5. 8. ○○동 ○○-○ 대 2,963㎡(이하 ‘○○동 ○○-○ 토지’라 하고, ○○동 ○○-○ 토지와 함께 ‘이 사건 제1토지’, ○○동 ○○-○ 토지 지분과 함께 ‘원고 소유 이 사건 제1토지’라 함) 중 69,943/148,150 지분을, ③ 2019. 5. 29. ○○동 ○○-○ 토지 중 8,264/296,300 지분을, ④ 2020. 6. 30. ○○동 ○○-○ 토지 중 1/2 지분을 각 취득하였다.

다. 원고는 2015. 9.경부터 2020. 4.경까지 부산 ○○구 ○○동 일대의 토지(이하 위 토지를 일괄하여 ‘이 사건 제2토지’라 함) 및 그 지상 건물(이하 ‘이 사건 제2토지 건물’이라 함)을 취득하였는데, 이 사건 제2토지 및 이 사건 제2토지 건물의 각 지번 및 취득일 등은 [별지2] ‘이 사건 제2토지 및 지상 건물’ 목록 기재와 같다.

라. 원고는 이 사건 제1토지에서 생활형 숙박시설 신축·분양사업(이하 ‘이 사건 제1토지 사업’이라 함)을, 이 사건 제2토지에서 주거용 건물 신축·분양사업(이하 ‘이 사건 제2토지 사업’이라 함)을 각 추진하다가, ① 2021. 2. 10. 주식회사 ○○개발에 이 사건 제2토지를 31,300,000,000원(토지 19,750,000,000원, 사업권 11,500,000,000원)에 양도하고(이하 ‘이 사건 제2토지 양도’라 함), ② 2021. 5. 28. ○○○○○개발 주식회사에 이 사건 제1토지를 28,788,750,000원(토지 20,250,000,000원, 사업권 8,538,750,000원)에 양도하였다(이하 ‘이 사건 제1토지 양도’라 하고, 이 사건 제2토지 양도와 합쳐 ‘이 사건 각 토지 양도’라 함).

마. 원고는 2021 사업연도 법인세 신고 시 이 사건 각 토지 양도에 따른 양도소득과 관련하여 법인세를 납부하지 않았다. ○○지방국세청장은 2022. 8. 16.부터 2022. 11. 16.까지 원고의 2021 사업연도 법인세 신고에 대한 확인을 실시하였고, 그 결과 이 사건 각 토지 양도는 비사업용 토지의 양도에 해당하므로 법인세법 제55조의2 에 따른 법인세 추가납부대상인 것으로 보고 피고에 법인세 과세자료를 통보하였다.

바. 피고는 2023. 1. 9. 원고에게 2021 사업연도 법인세 1,970,279,590원을 경정·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 함). 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판을 청구하였으나, 조세심판원은 2024. 5. 20. 원고의 청구를 기각하였다.

사. 이 사건 관계 법령은 [별지1] 기재와 같다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제3호증, 갑제10호증 내지 갑제12호증, 을제1호증, 을제2호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부에 관한 판단

가. 원고의 주장

(1) 이 사건 제1토지 양도에 관한 주장(제1주장)

(가) 이 사건 제1토지는 그 소유 기간 중 이 사건 제1토지에 관한 토지인도소송이 계속되었으므로 그 소송의 진행 기간 동안에는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제7호 사유가 인정된다고 할 것이고, 게다가 원고는 이 사건 제1토지상 장애 사유의 해소를 위해 진지하게 노력하였음에도 불구하고 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 못하였기에 그 사유 발생 기간 동안에는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 사유가 인정된다고 할 것이므로, 이 사건 제1토지의 양도는 비사업용 토지의 양도에 해당하지 않는다.

(나) 원고가 주장하는 이 사건 제1토지를 사업에 사용하지 못한 사유는 아래와 같이 요약할 수 있다.

(2) 이 사건 제2토지 양도에 관한 주장(제2주장)

(가) 이 사건 제2토지는 그 지상 건물 및 무허가건축물(이하 위 무허가건축물을 ‘이 사건 제2토지 무허가건축물’이라 함)이 원고에 의해 철거되었으므로 철거한 날로부터 2년 동안에는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제9호 사유가 인정된다고 할 것이고, 게다가 이 사건 제2토지와 관련한 공유물분할소송, 민원 제기 등의 사유로 인하여 이 사건 제2토지를 사업에 정당하게 사용하지 못하였기에 그 사유 발생 기간 동안에는 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 사유가 인정된다고 할 것이므로, 이 사건 제2토지의 양도도 비사업용 토지의 양도에 해당하지 않는다.

(나) 원고가 주장하는 이 사건 제2토지를 사업에 사용하지 못한 사유는 아래와 같이 요약할 수 있다.

나. 관련 법리

(1) 조세법률주의의 원칙상 과세요건이나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2009. 8. 20. 선고 2008두11372 판결 등 참조). 또한 비사업용 토지에 해당한다는 점에 대한 증명책임은 과세관청에 있으나, 비사업용 토지 제외사유는 납세의무자가 증명책임을 부담하고, 토지 등 양도소득에 대한 과세특례제도의 입법취지에 비추어 그 제외사유는 사안별로 신중하고 엄격하게 판단하여야 한다(대법원 2023. 6. 29. 선고 2023두34637 판결 등 참조).

(2) 비사업용 토지에 대한 양도소득세 중과제도는 법인이 실수요에 따라 생산적인 용도로 사용하지 않고 재산증식 수단으로 보유하다가 양도하는 토지를 비사업용 토지로 분류하여 양도소득세를 중과함으로써 토지에 대한 투기수요를 억제하는 데 그 입법 목적이 있다(대법원 2012. 10. 25. 선고 2010두17281 판결 참조).

(3) 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단하는 기준으로서의 ‘정당한 사유’라 함은 법령 또는 도시계획변경에 의한 금지, 제한 등 그 법인이 마음대로 할 수 없는 외부적 사유는 물론 업무에 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였음에도 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함하고, 정당한 사유의 유무를 판단하는 데에는 비사업용 토지의 양도에 양도소득세를 중과하는 비업무용 부동산의 보유를 법인의 차입금에 대한 지급이자의 손금 불산입 요건으로 하고 있는 입법취지를 충분히 고려하면서 해당 법인이 영리법인인지 아니면 비영리법인인지 여부, 부동산의 취득목적에 비추어 업무에 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 업무에 사용할 수 없는 법령상·사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다(대법원 2002. 5. 2. 선고 2000두4989 판결, 대법원 2004. 2. 13. 선고 2002두11479 판결 등 참조).

(4) 비업무용 부동산에서 제외되는 구 법인세법 시행규칙 제26조 제5항 제16호 의 ‘당해 건축물이 멸실·철거되거나 무너진 날부터 5년이 경과되지 아니한 토지’에서의 ‘철거’는 건물을 사용하다가 예상하지 못한 사정으로 철거된 경우를 의미하고, 토지만을 사용할 목적으로 건물이 있는 토지를 취득하여 건물을 철거한 경우까지 포함한다고 볼 수 없다(대법원 2014. 2. 27. 선고 2013두12324 판결 참조).

다. 제1주장에 관한 판단

(1) 추가로 인정되는 사실

(가) 이 사건 제1토지 사업의 경과

① 이 사건 제1토지 사업은 그 지상에 오피스텔인 ○○하니엘을 신축하는 사업으로서, 주식회사 ○○홀딩스(이하 ‘○○홀딩스’라 함)가 시행사, 주식회사 ○○종합건설(대표이사가 원고 대표이사의 배우자임. 이하 ‘○○종합건설’이라 함)이 시공사였다. 원고는 ○○홀딩스에 5,100,000,000원을 대여하였다.

② ○○동 ○○-○ 토지를 소유하고 있던 ○○홀딩스는 2016. 9. 9. 주식회사 ○○○자산신탁(이하 ‘○○○자산신탁’이라 함)에 위 토지를 신탁하였고, 2016. 9. 13. 위 토지에 관하여 ○○○자산신탁 앞으로 소유권이전등기가 마쳐졌으며, 같은 날 원고와 ○○종합건설은 위 토지의 공동 제2순위 수익자가 되었다.

③ 원고는 ○○○자산신탁에 신탁된 ○○동 ○○-○ 토지 중 2015. 11. 18. 1/2 및 8,264/296,300 각 지분에 관하여, 2016. 9. 20. 69,943/148,150 지분에 관하여 각 제1순위 수익자가 되었다.

④ ○○홀딩스는 2017. 1. 10. ○○시장으로부터 이 사건 제1토지 위에 지하 4층, 지상 37층 건물(생활숙박시설 188실, 판매시설 및 근린생활시설)을 신축하는 내용의 건축허가를 받았고, 2017. 11. 20. 위 건축허가의 건축주 명의를 ○○○자산신탁으로 변경하였다.

⑤ ○○○자산신탁은 2017. 12. 4. ○○홀딩스에 ‘○○동 ○○-○ 토지 담보신탁과 관련하여 부동산담보신탁계약의 우선수익자인 채무자 ○○미래신협으로부터 신탁부동산 공매요청 공문이 접수되었다. 채무불이행이 해소되지 않는 한 신탁부동산 처분절차가 개시될 수 있다. 2017. 12. 12.까지 대출금상환 등의 방법을 통하여 공매개시요건을 해소하기 바라며, 그렇지 않을 경우 신탁부동산의 처분절차가 진행된다’는 내용의 통지를 하였다.

⑥ 위와 같은 통지에도 불구하고 ○○홀딩스가 대출원리금을 상환하지 못하자 ○○○자산신탁은 2018. 2. 8. ○○동 ○○-○ 토지를 매각하는 내용의 신탁부동산 공매공고를 하여 공매절차를 진행하였고, 위 공매절차에서 2018. 2. 28. 원고가 위 토지 중 35/100 지분을, ○○종합건설이 위 토지 중 65/100 지분을 각 취득하였다. 이후 이 사건 제1토지 사업의 건축주는 2018. 4. 26. ○○○자산신탁에서 원고와 ○○종합건설로 변경되었다.

(나) 이 사건 제1토지 관련 ○○○와의 분쟁

① ○○○는 2018. 1.경 ○○○자산신탁을 상대로 서울중앙지방법원 0000카합00000호로 ○○동 ○○-○ 토지에 관한 처분금지가처분을 신청하였고, 위 법원은 2018. 2. 22. 이를 인용하는 결정(이하 ‘이 사건 가처분결정’이라 함)을 하였다. ○○○자산신탁은 2018. 12. 4. 서울중앙지방법원 0000카합00000호로 이 사건 가처분결정에 대한 가처분이의 신청을 하였으나(위 이의사건에서 원고, ○○종합건설이 채무자인 ○○○자산신탁의 승계참가인으로 참가하였다), 위 법원은 2018. 12. 3. 이 사건 가처분결정을 인가하였다. 이에 원고, ○○종합건설이 위 인가결정에 서울고등법원 0000라00000호로 불복하였는데, 위 법원은 2019. 4. 11. 원고, ○○종합건설이 담보를 제공하는 것을 조건으로 이 사건 가처분결정을 취소하고 ○○○의 가처분신청을 기각하였으며, 이 결정은 ○○○의 항고가 기각됨에 따라 그대로 확정되었다(대법원 2019. 6. 5. 선고 0000마0000 결정).

② ○○○는 2018. 4. 10.경 ○○홀딩스로부터 ○○동 ○○-○ 토지를 기간 2020. 4. 9.까지로 정하여 임차하여 2018. 4. 12.부터 이 사건 제1토지에서 주차장 영업을 하면서 점유·사용하였고, ○○동 ○○-○ 토지 중 면적 18㎡ 지상에 컨테이너를 설치하여 소유하였다.

③ 원고, ○○종합건설, ○○○자산신탁은 2019. 9. 4. ○○○를 상대로 창원지방법원 0000가합00000호로 부동산 인도 및 부당이득반환청구 소송(이하 ‘이 사건 제1토지 인도 소송’이라 함)을 제기하였고, 위 법원은 2020. 4. 16. ○○○에게 ○○동 ○○-○ 지상 컨테이너를 취거하고, 원고, ○○종합건설에게 이 사건 제1토지를 인도하고, 원고, ○○종합건설, ○○○자산신탁에게 부당이득금을 지급하라(다만, 위 사건 임료감정촉탁결과에 따라 위 사건 원고들이 주장한 임차료 중 일부만 인정되었다)는 판결을 하였다. ○○○는 위 판결에 불복하여 부산고등법원(창원) 0000나00000호로 항소하였으나 2020. 9. 2. 위 항소를 취하하였다.

(다) 이 사건 제1토지 사업을 위한 계약 체결

원고와 ○○종합건설은 2019. 7. 2.경부터 2020. 10.경까지 이 사건 제1토지 사업을 위해 [별지3] ‘이 사건 제1토지 사업 관련 체결 계약’ 목록 기재와 같이 15건의 계약을 체결하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제1호증, 갑제3호증 내지 갑제9호증, 갑제12호증, 갑제14호증, 갑제20호증, 갑제21호증, 갑제25호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재, 이 법원에 현저한 사실, 변론 전체의 취지

(2) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제7호 (이하 ‘이 사건 규칙 제7호’라 함) 사유 인정 여부

(가) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 은 ‘다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지는 해당 각 호에서 규정한 기간 동안 법 제55조의2 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하는 토지로 보아 같은 항에 따른 비사업용 토지에 해당하는지 여부를 판단한다’고 정하고 있고, 이 사건 규칙 제7호에서 ‘당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지: 법원에 소송이 계속되거나 법원에 의하여 사용이 금지된 기간’이라고 정하고 있다.

(나) 원고가 2018. 2. 28. ○○동 ○○-○ 토지 지분을 취득하였고, ○○동 ○○-○ 토지 중 2019. 5. 8. 69,943/148,150 지분을, 2019. 5. 29. 8,264/296,300 지분을, 2020. 6. 30. 1/2 지분을 각 취득하여 단독 소유하게 된 사실, 원고, ○○종합건설, ○○○자산신탁이 2019. 9. 4. ○○○를 상대로 이 사건 제1토지 인도 소송을 제기하여 2020. 9. 2. 위 소송이 종결된 사실은 앞서 본 바와 같다. 위 사실에 의하면, ○○동 ○○-○ 토지의 경우, 원고가 2020. 6. 30. 취득한 1/2 지분에 관하여는, 원고가 위 지분을 취득하기 전부터 이 사건 제1토지 인도 소송이 계속되었다고 할 것이므로, 이 사건 규칙 제7호의 ‘당해 토지를 취득한 후 소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지’로 볼 수 없다.

이에 대하여 원고는 위 소송이 계속 되기 전 원고가 ○○동 ○○-○ 토지를 ‘사실상 취득’하였으므로, 이 사건 규칙 제7호 사유에 해당된다고 주장하나, 이는 법령의 문언을 합리적 이유 없이 확장해석 하는 것으로서 받아들일 수 없다.

(다) 원고가 2019. 9. 4. 이전에 취득한 ○○동 ○○-○ 토지 중 1/2 지분 및 ○○동 ○○-○ 토지 지분에 관하여 살피건대, 원고가 위 각 토지를 취득한 후 이 사건 제1토지 인도 소송이 계속된 것은 앞에서 본 바와 같다. 하지만 이 사건 규칙 제7호는 그 소송이 ‘소유권에 관한 소송’일 것을 요구하고 있는데, 그 입법취지는 소유권에 관한 소송이 계속 중인 토지의 경우 그 소유자는 장차 그 토지의 소유권을 상실할 위험이 있으므로 그 토지를 사업용으로 사용할 수 없는 부득이한 사유가 있는 것으로 보겠다는 것이므로, 이러한 점을 고려하면 이 사건 규칙 제7호의 ‘소유권에 관한 소송’은 소유권 자체에 대한 소송으로 보아야 할 것이다. 따라서 위 각 토지와 관련하여 원고의 소유권 자체에 대한 소송이 아닌 토지 인도 소송은 이 사건 규칙 제7호가 정하고 있는 소송으로 볼 수 없다.

이에 대하여 원고는 이 사건 규칙 제7호의 ‘소유권에 관한 소송’은 ‘소유권자가 자신의 소유권을 기초로 하여 소유권의 실현을 목적으로 행사하는 소송’을 포함하는 것으로 해석하여야 한다고 주장하나, 이와 같이 해석하는 경우 ‘소유권에 관한 소송’ 요건이 불분명해지고 지나치게 확대될 우려가 있으므로 위 주장은 받아들일 수 없다.

(라) 결국 원고 소유 이 사건 제1토지에 관하여 이 사건 규칙 제7호가 정한 사유를 인정할 수 없다.

(3) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제13호 (이하 ‘이 사건 규칙 제13호’라 함) 사유 인정 여부

(가) 법인세법 이 사건 규칙 제13호는 ‘당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지: 당해 사유가 발생한 기간’이라고 정하고 있다.

(나) ○○○가 2018. 4. 12.부터 이 사건 제1토지를 점유·사용한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 위와 같은 사정은 원고가 ○○동 ○○-○ 토지를 취득하기 이전에 발생한 사유이므로, ○○동 ○○-○ 토지는 이 사건 규칙 제13호의 ‘당해 토지를 취득한 후 제1호 내지 제12호의 사유 외에 도시계획의 변경 등 정당한 사유로 인하여 사업에 사용하지 아니하는 토지’로 볼 수 없다.

(다) 원고가 2018. 4. 12. 이전에 취득한 ○○동 ○○-○ 토지 지분에 관하여 살핀다.

① 이 사건 규칙 제13호가 정하고 있는 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’에 대하여, 원고는 정당한 사유를 판단함에 있어 사실상의 장애사유 및 장애정도, 당해 법인이 부동산을 업무에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부를 살펴야 한다고 주장하고, 피고는 위 조항이 ‘도시계획의 변경 등’이라고 정하고 있으므로 위 조항에서의 사유는 처분성을 갖는 행정작용에 한정되어야 한다고 주장한다. 살피건대, 위 규정에서 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’라고 정한 것은 도시계획의 변경과 같이 법인의 내부적인 사유가 아닌 외부에서 토지 사용 장애 사유가 발생하여 법인의 노력으로는 해소할 수 없어 토지를 사업에 사용할 수 없었던 경우까지 비사업용 토지로 보아 중과세를 하는 것은 타당하지 않다는 취지로 해석되는바, 반드시 그 사유가 처분성을 갖는 행정작용에 한정되어야 하는 것으로 보이지 않는다. 피고의 이 부분 주장은 받아들이지 않는다.

② 위와 같은 ‘도시계획의 변경 등 정당한 사유’에 대한 해석을 전제로 이 사건에 관하여 살피건대, 2018. 4. 12.부터 계속된 ○○○의 ○○동 ○○-○ 토지 점유·사용이라는 사정은, 비록 ○○○의 점유·사용이 적법하게 이루어진 것이 아니라고 하더라도 원고의 자력으로 그 점유·사용을 배제할 수 없는, 외부에서 발생한 장애 사유로 보이기는 한다. 하지만 원고는 ○○○와 토지 인도에 관한 합의를 이루거나, 즉각적으로 ○○○를 상대로 토지 인도 소송을 제기함으로써 장애 사유를 해소할 수 있었음에도 불구하고, 2018. 4. 12.로부터 1년 5개월이 지난 2019. 9. 4.에서야 원고 소유 이 사건 제1토지 인도 소송을 제기하였는바, 그렇다면 위 소송을 제기하기 전 1년 5개월의 기간 동안은 정당한 사유가 있었다고 보기 어렵다고 할 것이고, 이와 관련하여 원고는 원고 소유 이 사건 제1토지 인도 소송을 제기하기 전까지 ○○○와 협의를 진행하여 왔다고 주장하나, 이를 인정할 아무런 증거가 없다.

(라) 그러므로 ① ○○동 ○○-○ 토지에 관하여는 이 사건 규칙 제13호 사유를 인정할 수 없고, ② ○○동 ○○-○ 토지 지분에 관하여는 2018. 4. 12.부터 2019. 9. 4.까지의 기간에 대해서는 이 사건 규칙 제13호 사유를 인정할 수 없지만, 원고가 원고 소유 이 사건 제1토지 인도 소송을 제기한 2019. 9. 4.부터 위 소송이 종결된 2020. 9. 2.까지의 기간에 대해서는 이 사건 규칙 제13호 사유를 인정할 수 있다고 할 것이다.

이에 대하여 원고는 이 사건 제1토지 전체를 단일한 사업을 위해 취득한 것인 이상, 지번별로 나누어 이 사건 규칙 제13호 사유 인정 여부를 판단하여서는 안 되고, ○○동 ○○-○ 토지 지분에 관하여 이 사건 규칙 제13호 사유가 인정된다면, 그 이후에 취득된 ○○동 ○○-○ 토지에 관하여도 위 사유가 인정되는 것으로 보아야 한다고 주장하나, 비사업용토지 해당 여부는 아래 (4)항에서 살핀 바와 같이 법인세법 제55조의2 제2항 , 동법 시행령 제92조의3에 따라 토지의 취득일, 이 사건 규칙 각호 사유 인정 여부 등에 따라 판단되는 것이므로, 원고의 이 부분 주장은 받아들일 수 없다.

(4) ○○동 ○○-○ 토지 지분이 비사업용 토지에 해당하는지 여부

앞서 본 바와 같이 ○○동 ○○-○ 토지 지분에 관하여 2019. 9. 4.부터 2020. 9. 2.까지의 기간 동안은 이 사건 규칙 제13호의 사유를 인정할 수 있다. 그런데 법인세법 제55조의2 제2항 은 ‘제1항 제3호에서 비사업용 토지란 토지를 소유하는 기간 중 대통령령으로 정하는 기간 동안 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 토지를 말한다’고 규정하고 있고, 위 규정과 관하여 법인세법 시행령 제92조의3 은 ‘법 제55조의 제2항 각 호 외에 부분에서 대통령령으로 정하는 기간이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 기간을 말한다‘고 규정하고 있다.

살피건대 원고는 2020. 9. 3.경 ○○○로부터 원고 소유 이 사건 제1토지를 인도받은 후 기존에 체결한 [별지3] ‘이 사건 제1토지 사업 관련 체결 계약’ 목록 기재 계약들에 따라 이 사건 제1사업을 추진하였던 것으로 보이므로, 원고 소유 이 사건 제1토지는 2020. 9. 3.부터 이 사건 제1토지 양도일인 2021. 5. 28.까지만 사업에 사용한 것으로 보인다. 그런데 원고의 ○○동 ○○-○ 토지 지분에 대한 비사업용 토지 소유 기간은 아래와 같이 법인세법 제55조의2 제2항 , 동법 시행령 제92조의3에 따른 요건에 포함되므로, 결국 ○○동 ○○-○ 토지 지분의 양도에 관해서는 비사업용 토지의 양도에 해당한다고 봄이 타당하다.

(5) 소결론

그러므로 이 사건 제1토지의 양도가 비사업용 토지의 양도에 해당하지 않는다는 원고의 주장은 이유 없다.

라. 제2주장에 관한 판단

(가) 부산 ○○구 ○○동 산○○-○ 임야 3,112㎡(이하 ‘○○동 산○○-○ 토지’라 함)에 관한 소송

① 원고는 2015. 7. 16. ○○○자산신탁으로부터 부산 ○○구 ○○동 산○○ 임야 3,967㎡(이하 ‘○○동 산○○’ 토지‘라 함) 중 31,362/39,670 지분을 매수한 다음 2015. 9. 21. 위 토지 지분에 관하여 소유권이전등기를 마쳤다. 원고는 2018. 1. 24. 부산지방법원 0000가합00000호로 위 토지의 나머지 공유지분권자들을 상대로 공유물분할소송을 제기하였다. 위 법원은 2018. 1. 24. ○○동 산○○ 토지를 분할하라는 판결을 하였으나, 원고는 위 판결에서 박○○의 소유로 분할하라고 한 부분이 건축법 및 부산광역시 건축조례에 따른 일반주거지역 최소면적인 60㎡에 못 미치는 38㎡여서 분할이 불가하다는 사실을 알게 되어, 2018. 7. 11. 부산지방법원 0000가합00000호로 다시 공유물분할 소송을 제기하였고, 위 법원은 2019. 4. 17. ○○동 산○○ 토지를 박○○ 소유의 38㎡를 제외하고 나머지 부분에 대하여 부산지방법원 0000가합00000호 판결과 같이 분할하라는 판결을 선고하였고, 이 판결은 2019. 6. 8. 확정되었다.

② ○○동 산○○ 토지는 2019. 7. 24. 부산지방법원 0000가합00000호 판결에 따라 ○○동 산○○ 토지 및 산 ○○-○ 토지로 분할되었는데, 그중 ○○동 산○○-○ 토지가 원고의 소유로 되었다. 원고는 2019. 11. 20.경 위 공유물분할을 원인으로 ○○동 산○○ 토지의 공에 상당하는 기간{474일(=1,186일×0.4)}을 초과하므로, 요건 충족유자들 전원으로부터 원고의 지분에 관한 소유권을 이전받아 ○○동 산○○-○ 토지에 관하여 원고 단독 소유로 등기를 마쳤다.

③ ○○동 산○○ 토지의 공유지분권자였던 정○○는 원고를 상대로 2020. 8. 6. 부산지방법원 0000가단00000호로 ○○동 산○○-○ 토지에 관한 원고의 소유권이전등기 말소 소송을 제기하였고, 위 법원은 2020. 11. 10. 정○○의 청구를 기각하는 판결을 선고하였다.

(나) 이 사건 제2토지 주변 거주민들의 민원 관련

① 박○○ 외 25명은 2016. 4. 6. 부산광역시 시장, ○○구청장, ○○구의회 의장 등에게 ○○ ○○구 ○○동 ○○○-○ 토지 위에 있는 무허가 건물에서 생활하고 있는 26세대는 ○○동 ○○○-○ 토지의 공유권자가 건물철거 등 소를 제기하여 생존권이 위협받고 있으므로, 이를 해결해 달라는 취지의 민원신청서(이하 ’이 사건 각 민원신청서‘라 함)를 제출하였다.

② 원고는 2021. 3. 23.경 최○○로부터 ’○○동 산○○-○번지 및 ○○동 주변일대 부동산과 관련하여 최○○가 현재까지 무단으로 점용한 농작물에 대해 원고는 비용청구를 하지 않고, 이에 관한 확인서 작성 이후 원고는 농작물 철거를 하고 최○○는 더 이상 무단으로 토지를 사용하지 않는 조건으로 원고가 최○○에게 100,000원을 지급한다’는 내용의 확인서를 교부 받았다.

(다) 이 사건 제2토지 건물 및 무허가건축물 철거 관련

① ○○종합건설은 2020. 4.경 주식회사 ○○○건설사업(이하 ‘○○○건설사업’이라 함)과 ‘○○시 ○○구 ○○동 산○○번지(이하 ’○○동 산○○번지 토지‘라 함) 외 석면해체 및 철거공사’에 관한 하도급계약(발주자 원고)을 체결하고, 2020. 5.경 변경계약을 체결하였으며, 2020. 5. 및 6.경 ○○○건설사업으로부터 전자세금계산서를 발급받았다.

② 원고는 2020. 4. 28. 건축사사무소○○○과 ‘용역명: ○○구 ○○동 산○○번지 일원 석면해체, 제거공사 감리용역, 현장위치: ○○구 ○○동 산○○번지 일원, 석면해제제거작업 감리 기간: 2020. 5. 4. ~ 2020. 5. 31., 계약금액: 4,400,000원’으로 하는 감리계약을 체결하였다.

③ 2020. 5. 20.경 작성된 ‘○○동 건물 철거현황’ 목록에 기재된 지번 및 배치도, 이 사건 제2토지 지적편집도, 항공사진 등에 비추어 보면, 위 철거 대상에는 ㉠ [별지2] ‘이 사건 제2토지 및 지상 건물’ 목록 기재 순번 4 토지(이하 ‘○○동 ○○○-○○ 토지’ 라 함) 위에 있는 순번 5 내지 8 건물 및 순번 11 토지(이하 ‘○○동 ○○○-○○○ 토지’라 함) 위에 있는 순번 12 건물과 ㉡ 이 사건 제2토지 무허가건물이 포함되었는데, 그중 무허가건축물 철거는 주로 아래 이 사건 제2토지 지적편집도상 ○○동 산○○ 토지 중 빨간색 원 표시 부분 지역의 무허가건축물을 대상으로 이루어진 것으로 보인다.

(라) 이 사건 제2토지 사업을 위한 계약 체결

원고는 2016. 3. 30.경부터 2020. 6. 30.경까지 이 사건 제2토지 사업을 위해 다음과 같이 계약을 체결하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑제15호증 내지 갑제19호증, 갑제23호증, 갑제24호증, 을제3호증, 을제4호증(가지번호 있는 경우 각 가지번호 포함)의 각 기재 및 영상, 변론 전체의 취지

(2) 법인세법 시행규칙 제46조의2 제1항 제9호 (이하 ‘이 사건 규칙 제9호’라 함) 사유 인정 여부

이 사건 규칙 제9호는 ‘건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지: 당해 건축물이 멸실· 철거되거나 무너진 날부터 2년’이라고 정하고 있다. 앞서 본 법리에 의하면, 이 사건 규칙 제9호에서 ‘건축물이 멸실·철거되거나 무너진 토지’란 건물을 사용하다가 예상하지 못한 사정으로 멸실·철거되거나 무너진 경우를 의미하는 것으로 봄이 타당하고, 이는 사업을 위해 건축물이 있는 토지를 취득하였는데 그 건축물이 멸실·철거되거나 무너져 사업에 사용하지 못하게 된 경우까지 비사업용 토지로 보아 중과세를 하는 것은 타당하지 않다는 취지라고 할 것이다.

살피건대, 원고가 2020. 5.경 이 사건 제2토지 중 ○○동 산○○ 토지 위에 있던 무허가건축물을 철거한 사실은 앞서 본 바와 같으나, 원고는 이 사건 제2토지 사업을 위해 위 건물을 취득한 것이 아니라 단지 토지만을 사용할 목적으로 위 건물이 있는 토지를 취득하여 이를 철거한 것으로 보일 뿐이다. 그러므로 이 사건 제2토지 중 ○○동 ○○○-○○ 및 ○○○-○○○ 각 토지 위에 있던 건물을 철거한 부분에 대하여는 이 사건 규칙 제9호 사유를 인정할 여지가 있다고 할 것이나, 이를 제외한 나머지 토지에 대하여는 위 사유를 인정할 수 없다.

(3) 이 사건 규칙 제13호 사유 인정 여부

살피건대, 원고가 2015. 9. 21. 이 사건 제2토지 중 ○○동 산○○ 토지의 지분을 취득하였고, 공유물분할을 통해 ○○동 산○○-○ 토지의 소유권을 취득하기 위하여 2018. 1. 24.부터 2019. 6. 8.까지 위 토지의 공유지분권자들을 상대로 공유물분할소송을 한 사실은 앞서 본 바와 같다. 하지만 이는 ○○동 산○○ 토지의 지분을 취득한 원고가 ○○동 산○○-○ 토지를 분할하여 취득하기 위해 스스로 위 공유물분할소송을 제기한 것이므로, 이를 두고 이 사건 제2토지를 취득한 후 도시계획변경과 같이 외부적인 사유로 사업에 사용하지 못하였다고 하기는 어렵다. 그리고 이 사건 각 민원신청서의 기재만으로는 위 민원의 내용과 이 사건 제2토지 사업과의 관련성을 인정하기 어렵고, 달리 이 사건 제2토지 주변 거주민들이 이 사건 제2토지 사업을 방해하기 위한 민원을 계속 제기한 관계로 원고가 사업을 진행할 수 없었다고 볼 만한 사정은 보이지 않는다.

한편, 앞서 인정된 사실에 의하면, 이 사건 제2토지에서 최○○처럼 무단으로 농작물을 경작하던 일부 사람이 있었던 것으로 보이기는 하나, 이러한 사정은 도시계획의 변경과 같이 법인의 노력으로는 해소할 수 없는 사유라고 보기 어렵다.

결국 이 사건 제2토지에 관하여는 이 사건 규칙 제13호 사유를 인정할 수 없다.

(4) ○○동 ○○○-○○ 및 ○○○-○○○ 각 토지가 비사업용 토지에 해당하는지 여부

앞서 본 바와 같이 원고가 ○○동 ○○○-○○ 및 ○○○-○○○ 각 토지 위에 있던 건물을 철거한 것이 이 사건 규칙 제9호 사유에 해당하는 것으로 볼 여지는 있으나, 그렇다 하더라도 원고의 위 각 토지에 대한 비사업용 토지 소유 기간은 아래와 같이 법인세법 제55조의2 제2항 , 동법 시행령 제92조의3에 따른 요건에 포함되므로, 결국 각 토지의 양도에 관해서는 비사업용 토지의 양도에 해당한다고 봄이 타당하다.

그러므로 이 사건 제2토지의 양도가 비사업용 토지의 양도에 해당하지 않는다는 원고의 주장도 이유 없다.

3. 결론

따라서 원고의 청구는 이유 없으므로 기각하여, 주문과 같이 판결한다.