익금불산입 대상인“주식의 포괄적 교환차익”에 포함되는 자기주식처분손익은 별도로 세무조정을 통해 익금산입 또는 손금산입할 필요가 없음

○주식의 포괄적 교환 대가로 완전모회사가 교부한 자기주식(신주 포함)의 양도가액은, 교환으로 취득하는 완전자회사 주식의 시가이며, 이 사건 자기주식의 양도가액인 주식의 포괄적 교환으로 취득한 완전자회사 주식의 시가는 주식 교환비율 산정을 위해 계산한 가액으로 보는 것이 타당함

○주식의 포괄적 교환 대가로 완전모회사가 교부한 자기주식의 처분손익은 익금불산입되는 주식의 포괄적 교환차손익에 포함되므로, 이를 별도로 익금산입 또는 손금산입하는 세무조정은 필요하지 않음

사 건

2024구합55952 법인세경정거부처분취소

원 고

주식회사 ○○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 7. 10.

판 결 선 고

2025. 8. 28.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청구취지

피고가 2022. 7. 11. 원고에게 한 2020 사업연도 귀속 법인세 00,000,000,000원의 경정거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2001. 9. 1. 금융지주회사법에 따라 설립된 금융지주회사로서 2019. 2. ㅇㅇㅇㅇ생명보험 주식회사1)(이하 ‘ㅇㅇㅇ’라 한다)의 지분 59.15%를 취득하여 보유하던 중 ㅇㅇㅇ의 잔여지분 40.85% 전부를 포괄적 교환계약을 통하여 인수하기로 하였다.

나. 원고는 2019. 11. 14. 이사회를 개최하여 ㅇㅇㅇ와 사이에 아래와 같은 내용의 포괄적 주식교환계약(이하 ‘이 사건 계약’이라 한다) 체결을 승인한 후 같은 날 한국증권거래소 (이하 ‘거래소’라 한다) 거래시간 종료 후인 17:49경 이 사건 계약에 관한 공시를 하였다 .

원고와 ㅇㅇㅇ는 모두 거래소에 주권이 상장된 법인이었으므로 자본시장과 금융투자업에 관한 법률(이하 ‘자본시장법’이라 한다) 제165조의4 제1항 제3호, 구 자본시장과 금융투자업에 관한 법률 시행령(2024. 11. 26. 대통령령 제35018호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 자본시장법 시행령’이라 한다) 제176조의6 제2항, 제176조의5 제1항 제1호에 따라 위와 같은 교환가격을 산정하였다.

다. 원고와 ㅇㅇㅇ는 공시한대로 2019. 11. 19. 이 사건 계약을 체결하였고, 2020. 1. 28. 주식교환을 이행하였다(이하 ‘이 사건 교환’이라 한다). 원고가 이 사건 계약에 따라 교부한 자기주식 13,882,062주(이하 ‘이 사건 자기주식’이라 한다)는 2018년부터 자사주신탁을 통하여 취득한 것으로 원고는 교부 당시의 자기주식의 시가(1주당 40,150원)와 장부가액(1주당 약 43,221원)의 차액인 42,635,193,050원을 자기주식처분손실(이하 ‘이 사건 자기주식처분손실’이라 한다)로 하여 자본조정의 차감항목으로 회계처리 하였다. 원고의 이 사건 교환과 관련한 회계처리는 다음과 같다.

라. 이후 원고는 2022. 4. 29. 피고에게 이 사건 자기주식처분손실은 법인세법상 손금에 해당하므로 이를 각 사업연도 소득에서 차감하여 2020 사업연도 귀속 법인세 00,000,000,000원을 감액경정하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다. 그러나 피고는 2022. 7. 11. 이 사건 자기주식처분손실이 법인세법상 손금에 해당하지 않는다는 이유로 원고의 청구를 거부하는 처분을 하였다(이하 ‘이 사건 거부처분’이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 4호증(가지번호 포함, 이하 같다), 을 제1, 2, 8호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 거부처분의 위법 여부

가. 원고 주장의 요지

이 사건 자기주식의 양도가액은 이 사건 교환일 당시 취득한 ㅇㅇㅇ 주식의 시가로 산정되고, 이 사건 교환일 당시 취득한 ㅇㅇㅇ 주식의 시가는 이 사건 교환일의 ㅇㅇㅇ 주식의 거래소 종가인 1주당 27,500원이다. 원고가 이 사건 자기주식을 교부하는 대가로 취득한 ㅇㅇㅇ 주식은 원고의 신주를 교부하고 취득한 12,471,298주(= 신주 8,232,906주÷0.6601483)를 제외한 21,028,702주(= 33,500,000주 –12,471,298주)이므로 이 사건 자기주식의 양도가액은 578,289,305,000원(= 21,028,702주 × 1주당 27,500원)이고, 위 금액에서 이 사건 자기주식의 장부가액 599,999,982,350원(= 약 43,221원 × 13,882,062주)을 차감한 –1,710,677,350원(= 578,289,305,000원 –599,999,982,350원)은 법인세법상 손금산입 되어야 한다.

나. 관계 법령

[별지] 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 이 사건 교환거래 당시 자기주식처분손실이 발생하는지 여부

위 인정사실, 앞서 든 각 증거, 갑 제5호증, 을 제10 내지 12호증의 각 기재, 변론 전체의 취지에 의하여 인정되는 다음과 같은 사정들을 종합하면, 이 사건 교환거래 당시 자기주식처분손실이 발생한다고 할 수 없으므로, 이와 다른 사실을 전제로 한 원고의 주장은 받아들이지 않는다.

가) 이 사건 교환일에 이 사건 자기주식의 양도대가로 취득한 것은 원고의 주장대로 ㅇㅇㅇ 주식 21,028,702주(이하 ‘이 사건 ㅇㅇㅇ 주식’이라 한다)이므로, 이 사건 자기주식의 양도가액은 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 취득가액이 될 것이다. 구 법인세법(2022. 12. 31. 법률 제19193호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제41조 제1항 제3호, 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법 시행령’이라 한다) 제72조 제2항 제7호는 ‘내국법인이 교환에 의하여 취득한 자산의 취득가액은 취득 당시의 시가’로 정하고 있으므로, 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 취득가액은 취득 당시의 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 시가가 된다. 한편, 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 취득시기는 그 자산에 대한 실질적인 처분권을 취득한 때이므로(대법원 2011. 7. 28. 선고 2008두5650 판결 등 참조), 이 사건 교환일인 2020. 1. 28.이라고 보는 것이 타당하다.

나) 구 법인세법 시행령 제14조 는 ‘재산가액의 평가 등’이라는 표제 하에 법인이 구 법인세법 제16조 에 따라 주식배당, 잔여재산분배 등 여러 가지 상황에서 취득하게 되는 재산가액의 평가방법을 정하고 있는데 그중 제1항 제1호 라목은 ‘그 밖의 경우: 취득 당시 법 제52조에 따른 시가(이하 ’시가‘라 한다)’고 정하고 있다. 그러므로 교환에 의하여 취득한 자산가액에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제72조 제2항 제7호 의 ‘취득 당시의 시가’는 해당자산의 취득 당시 법인세법 제52조 에 따른 시가를 의미한다고 할 것이다. 구 법인세법 제52조 제2항 은 ‘시가’에 대해 ‘건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함한다)’으로 정하고 있는데, 위 규정에서 정한 시가는 상장주식의 경우에는 특별한 사정이 없는 한 평가기준일 당일의 거래소 종가로 보고 있다(대법원 2015. 8. 27. 선고 2012두16084 판결 등 참조).

다) 그러나 이 사건 교환일인 2020. 1. 28. 당시 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 시가는 거래소 종가인 1주당 27,500원이라고 할 수 없다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 상장주식의 경우에 구 법인세법 제52조 제2항 에서 정한 시가를 평가기준일 당일의 거래소 종가로 보는 것은 상장주식의 장내 거래는 불특정다수인 간에 성사되는 매매거래로 거래가액에 대한 조작이나 왜곡의 가능성이 낮으므로 그 시점에서 해당 주식의 가치를 가장 합리적으로 반영하고 있다는 사실을 전제로 한다.

(2) 원고는 이 사건 계약 체결에 대한 이사회 승인 직후인 2019. 11. 14. 거래소의 거래시간 종료 후 거래소를 통하여 이 사건 교환계약에 대하여 [표 1]과 같은 내용과 함께 주요 일정에 대해 다음과 같은 내용의 공시를 하였다.

(3) 위와 같은 공시로 인하여 투자자들은 약 2개월 후 이 사건 교환으로 ㅇㅇㅇ의 주식이 1:0.6601483의 비율로 원고의 주식과 교환될 예정이고, 그렇게 되면 ㅇㅇㅇ는 원고의 완전자회사가 되어 상장폐지 된다는 사실, 이 사건 교환에 반대하는 ㅇㅇㅇ의 주주는 1주당 28,235원의 가격으로 주식매수청구권을 행사할 수 있다는 사실을 인지하게 되는바, 그 후로 ㅇㅇㅇ의 주가는 ㅇㅇㅇ라는 기업의 가치를 반영하기보다는 원고의 회사가치와 반대주주 주식매수청구권 행사가 28,235원에 연동될 수밖에 없다고 판단된다. 실제로 위와 같은 공시 다음날인 2019. 11. 15.부터 ㅇㅇㅇ의 주식 거래가 실제로 정지된 2020. 1. 22.8)의 전일인 2020. 1. 21.까지 45거래일간 ㅇㅇㅇ 주식의 종가와 원고 주식의 종가에 교환비율 0.6601483을 곱하여 산정한 가액의 괴리율은 –.014%~0.810%의 범위에서 발생하였고, 괴리율의 평균값은 –.079%였다. 이를 표로 나타내면 다음과 같다.

반면, 이 사건 계약의 공시가 있기 전인 2019. 3.부터 2019. 5.까지 63거래일간 ㅇㅇㅇ 주식의 종가와 원고 주식의 종가에 교환비율 0.6601483을 곱하여 산정한 가액의 괴리율은 3.098%~24.639%의 범위에서 발생하였고, 괴리율의 평균값은 16.426%였다.

(4) 위와 같은 사정들을 고려하면, 2019. 11. 15. 이후 ㅇㅇㅇ의 주가는 원고의 주가에 종속되어 ㅇㅇㅇ의 기업가치를 제대로 반영하지 못한 것으로 보이는바, 이 사건 교환 당일 ㅇㅇㅇ의 주가(2020. 1. 22. 거래가 정지되었으므로 직전일인 2020. 1. 21. 거래소 종가)는 구 법인세법 제52조 제2항 에서 정한 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격으로서 ’시가‘에 해당한다고 볼 수 없다.

라) 이 사건 교환 당일 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 시가는 이 사건 계약 체결 시 산정된 교환가격인 1주당 28,608원으로 보는 것이 타당하다. 그 이유는 다음과 같다.

(1) 당사자 간 거래가격이라도 해당 거래가 일반적이고 정상적인 방법에 의하여 이루어지고 그 거래가격이 당시의 객관적인 교환가치를 적정하게 반영하고 있다면, 이를 구 법인세법 제52조 제2항 에서 정한 ’시가‘로 볼 수 있다.

(2) 이 사건 계약 체결 시 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 교환가격은 자본시장법 제165조의4 제1항 제3호 , 구 자본시장법 시행령 제176조의6 제2항 , 제176조의5 제1항 제1호에 따라 이 사건 계약 체결 승인을 위한 이사회 결의일인 2019. 11. 14.의 전일을 기산일로 최근 1개월간 거래소 평균종가, 최근 1주일간 거래소 평균종가, 최근일의 종가를 산술평균하여 산정한 것으로서 그 가격산정에 당사자들의 자의가 개입될 여지가 없고, 가격산정의 기초가 되는 가액들도 불특정당사자간 거래소의 장내 거래로 형성된 것으로서 ㅇㅇㅇ 주식의 객관적인 가치를 합리적으로 반영하고 있다고 판단된다.

(3) 구 상속세 및 증여세법(2020. 12. 22. 법률 제17654호로 개정되기 전의 것) 제60조 제1항, 제2항, 제63조 제1항 제1호 가목도 해당 재산의 평가기준일 현재의 시가는 불특정 다수인 사이에 자유롭게 거래가 이루어지는 경우에 통상적으로 성립된 다고 인정되는 가액으로 한다고 정하면서도 상장주식의 시가는 평가기준일 전후 2개월 간 평균종가로 산정하고 있는바, 앞서 본 것과 같은 구 자본시장법령상 평가방식과 산술평균하는 기초가액에 약간의 차이가 있으나 크게 다르지 않다.

마) 이 사건 교환 당일 이 사건 ㅇㅇㅇ 주식의 시가를 1주당 28,608원으로 보면 이 사건 자기주식의 양도가액은 601,589,106,816원(= 1주당 28,608원 × 21,028,702주)이 되므로 위 금액에서 이 사건 자기주식의 장부가액 599,999,982,350원을 차감하면 1,589,124,466원의 자기주식처분이익이 발생한다.

2) 포괄적 주식교환거래에서 발생하는 자기주식처분손익이 법인세법상 익금 내지 손금인지 여부

가) 구 법인세법 제15조 제1항 은 ’익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산(純資産)을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 이익 또는 수입[이하 “수익”(收益)이라 한다]의 금액으로 한다.‘고 정하고 있고, 같은 조 제3항은 ’수익의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.’고정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제11조 제2호 의2는 자기주식의 양도금액을 수익에 포함하고 있다. 구 법인세법 제19조 제1항 은 ‘손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것은 제외하고 해당 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손실 또는 비용[이하 “손비”(損費)라 한다]의 금액으로 한다.’고 정하고 있고, 같은 조 제4항은 ‘손비의 범위 및 구분 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.‘고 정하고 있다. 그 위임을 받은 구 법인세법 시행령 제19조 제2호 는 양도한 자산의 양도당시 장부가액을 손금으로 정하고 있다. 그러므로 자기주식의 양도금액과 양도 당시 장부가액의 차액인 자기주식처분손익은 원칙적으로 법인세법상 익금 내지 손금에 해당한다. 그런데 구 법인세법 제17조 제1항 제2호 는 자본거래로 인한 수익의 익금불산입 항목 중 하나로 ’주식의 포괄적 교환차익‘을 정하고 있는바, ① 주식의 포괄적 교환차손을 손비의 손금불산입 항목으로 볼 수 있고, ② 주식의 포괄적 교환에서 발생하는 자기주식처분손익이 위와 같은 주식의 포괄적 교환손익 개념에 포함된다면, 주식의 포괄적 교환에서 발생하는 자기주식처분손익은 법인세법상 익금불산입 내지 손금불산입 항목으로 보는 것이 타당하다.

나) 구 법인세법은 자본의 출자와 납입은 익금을 구성하지 않는다는 원칙(제15조 제1항)에 따라 자본거래로 인한 수익은 익금에 불산입하는 것을 원칙으로 하고 있고(제17조 제1항), 주식의 포괄적 교환차익도 익금불산입 항목의 하나로 정하고 있다(제17조 제1항 제2호). 또한, 구 법인세법은 자본의 출자와 환급, 잉여금의 처분은 손금을 구성하지 않는다는 원칙(제19조 제1항)에 따라 자본거래 등으로 인한 손비는 손금에 불산입하는 것을 원칙으로 하나(제20조), 결산 확정시 잉여금 처분을 손비로 계상한 금액(제20조 제1호)과 주식할인발행차금(제20조 제2호) 외에는 손금불산입 항목을 정하고 있지는 않다. 그러나 구 법인세법이 주식의 포괄적 교환차익을 익금불산입하는 이유가 주식의 포괄적 교환차익이 자본거래에서 발생하는 것으로 실질적인 소득이 아니기 때문이라면 포괄적 교환차손도 자본거래에서 발생하는 것으로 실질적인 손실이라고 할 수 없으므로 구 법인세법 제20조 에서 규정하고 있지 않다고 하더라도 자본거래로 인한 손실로서 손금불산입 항목으로 보는 것이 타당하고, 그와 같이 보는 것이 자본거래의 대칭성 원칙에도 부합한다. 가령 감자차익은 구 법인세법 제17조 제1항 제4호 에서 자본거래로 인한 수익의 익금불산입 항목의 하나로 정하고 있는 반면 감자차손은 구 법인세법 제20조 에서 손금불산입 항목으로 정하고 있지는 않으나 통상 감자차손은 손금불산입 항목으로 본다.

다) 구 법인세법 제17조 제1항 제2호 는 자본거래로 인한 수익의 익금불산입 항목에 주식의 포괄적 교환차익을 포함하고, 주식의 포괄적 교환차익을 ’ 상법 제360조 의 2에 따른 주식의 포괄적 교환을 한 경우로서 같은 법 제360조의7에 따른 자본금 증가의 한도액이 완전모회사의 증가한 자본금을 초과한 경우의 그 초과액‘으로 정하고 있다. 한편 상법 제360조의7 제1항 은 ’완전모회사가 되는 회사의 자본금은 주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액에서 다음 각 호의 금액을 뺀 금액을 초과하여 증가시킬 수 없다.‘고 하면서 제1호로 ’완전자회사가 되는 회사의 주주에 게 제공할 금전이나 그 밖의 재산의 가액‘을, 제2호로 ’제360조의3 제3항 제2호에 따라 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 이전하는 자기주식의 장부가액의 합계액‘을 정하고 있다. 그러므로 구 법인세법 제17조 제1항 제2호 에서 정한 주식의 포괄적 교환차익은 ’완전모회사 자본금 증가 한도액(주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액 - 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산의 가액 - 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 이전하는 자기주식의 장부가액) - 실제로 증가한 완전모회사의 자본금‘이 된다. 상법 제360조의7 의 취지는 완전모회사가 주식의 포괄적 교환의 대가로 발행하는 신주의 규모를 완전자회사로부터 실제로 유입되는 재산의 가액으로 제한하려는 것으로 이는 액면미달발행 또는 현물출자의 과대평가 금지와 같이 자본충실의 원칙을 지키기 위한 것이다. 그런데 주식의 포괄적 교환에 따라 완전자회사로부터 완전모회사에 유입되는 자산, 즉 완전모회사의 장부에 인식되는 자산은 완전자회사의 실제 자산과 부채가 아닌 완전자회사의 주식이고, 완전자회사의 주식 가치는 완전자회사의 자본의 가치, 즉 완전자회사의 순자산액(= 자산 –부채)이므로, 결국 상법 제360조의7 에서 완전모사의 자본금 증가의 한도액 계산의 기준이 되는 ’주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액‘이란 주식의 포괄적 교환을 통하여 완전모회사가 취득하는 완전자회사 주식의 가치를 의미하는 것으로 보아야 한다. 한편, 주식교환일에 완전자회사에 현존하는 순자산액은 자본충실의 원칙상 주식교환일의 시가로 평가하는 것이 타당하고, 완전모회사가 취득하는 완전자회사 주식의 취득가액은 취득 당시의 시가로 평가함은 앞서 본 바와 같으므로, 주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액은 완전모회사가 취득하는 완전자회사 주식의 주식교환일의 시가와 동일한 것으로 판단된다.

라) 그렇다면, 구 법인세법 제17조 제1항 제2호 에서 정한 주식의 포괄적 교환차익, 즉 ’주식교환의 날에 완전자회사가 되는 회사에 현존하는 순자산액(= 완전자회사 주식의 시가) - (완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제공할 금전이나 그 밖의 재산의 가액 + 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 이전하는 자기주식의 장부가액 + 실제로 증가한 완전모회사의 자본금)‘은 ’완전자회사 주식의 시가 –교환대가[① 신주 액면금액 (완전모회사의 증가한 자본금) + ② 자기주식 장부가액 + ③ 금전 및 기타 재산 장부가액)‘로 정리할 수 있다. 이는 다시 완전자회사 주식의 일정 수량을 취득하기 위하여 지급한 대가의 종류에 따라 ① 신주를 발행한 경우에는 완전자회사 주식의 시가 –신주 액면금액, ② 자기주식을 지급한 경우에는 완전자회사 주식의 시가 –자기주식 장부가액, ③ 기타 재산을 지급한 경우에는 완전자회사 주식의 시가 –기타 재산의 장부가액의 합으로 정리할 수 있고(금전은 완전자회사 주식의 시가만큼 지급하면 되므로 차액이 발생하지 않음), 각각 ① ’완전자회사 주식의 시가 –신주 액면금액‘은 주식액면발행초과금 내지 주식할인발행차금으로, ② ’완전자회사 주식의 시가 –자기주식 장부가액‘은 자기주식처분손익으로, ③ ’완전자회사 주식의 시가 –기타 재산의 장부가액‘은 기타 재산 처분손익으로 볼 수 있으므로, 주식의 포괄적 교환 시에 자기주 식을 지급함에 따라 발생하는 자기주식처분손익은 주식의 포괄적 교환손익에 포함되는 것으로서 구 법인세법상 익금불산입 내지 손금불산입 항목으로 보는 것이 타당하다.

마) 그러므로 자기주식처분손익은 구 법인세법상 포괄적 주식교환손익의 일부로 서 익금불산입 내지 손금불산입 항목이라고 판단된다. 자기주식처분손익은 기업회계상 자본조정 항목인 반면 구 법인세법상으로는 익금 내지 손금 항목이므로 원칙적으로 익금 내지 손금에 산입하는 세무조정을 하여야 하나, 포괄적 주식교환에서 발생하는 자기주식처분손익은 앞서 살핀 바와 같이 구 법인세법상 익금불산입 내지 손금불산입 항목이므로 익금 내지 손금에 산입하는 세무조정을 할 필요가 없다. 이는 포괄적 주식교환에서 발생하는 기타 재산 처분손익의 경우 기업회계상 손익거래 항목이므로 구 법인세법상 익금불산입 내지 손금불산입으로 세무조정을 할 필요가 있는 것과는 다르다.

3) 소결론

따라서 이 사건 교환거래의 자기주식 처분과 관련하여서는 자기주식처분손실이 아닌 자기주식처분이익이 발생하였을 뿐이고, 설령 자기주식처분손실이 발생하였다고 하더라도 이는 구 법인세법상 손금불산입 대상이므로, 이 사건 자기주식처분손실이 법인세법상 손금에 해당하지 않는다는 전제에서 한 이 사건 거부처분은 위법하지 않다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 주장은 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.