위탁개발비용(건축설계비)이 연구인력개발비 세액공제 대상인지 여부

원고의 주장처럼 기존 건축물에서 종전에 시도하지 않던 새로운 방식을 적용하였다거나 이 사건 사업이 디자인 관련 수상을 한 바 있다 하더라도, 이는 통상적인 건축디자인 활동을 수행한 것에 불과하고 그러한 사정만으로 이 사건 비용이 과학적․기술적 진전을 위한 것으로서 세액공제 대상인 연구개발비에 해당한다고는 볼 수 없다.

원고는 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호에 해당하는 법인으로, 구 조세특례제한법 제100조의32 제1항 제1호 다목에 따라 미환류소득에 대한 법인세 납부 대상에서 제외된다. 그러나 원고는 2019 사업연도 귀속 법인세로 미환류소득에 대한 법인세 169,580,039원(이하 ‘이 사건 납부액’이라 한다)을 이미 납부하였으므로, 적어도 그 환급을 구하는 경정청구 부분은 받아들여져야 한다.

사 건

2024누12227 법인세경정거부처분취소

원 고

aaa 주식회사

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

2025. 5. 14.

판 결 선 고

2025. 6. 18.

주 문

1. 제1심판결을 다음과 같이 변경한다.

가. 피고가 2021. 11. 10. 원고에게 한 2019 사업연도 귀속 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 90%는 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

청구취지 및 항소취지

제1심판결을 취소한다. 피고가 2021. 11. 10. 원고에게 한 2018 내지 2019 사업연도 귀속 법인세 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위, 2. 관계 법령

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 제1심판결에 첨부된 별지 내용에 이어 이 판결 별지 기재와 같은 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 각 해당 부분 기재(제2면 5행부터 제3면 9행까지)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 약어와 별지를 포함하여 이를 그대로 인용한다.

3. 이 사건 경정거부처분의 적법 여부

가. 연구·인력개발비 관련 부분

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 다음과 같이 일부 내용을 추가하는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재(제1심판결 제3면 12행부터 제11면 표 까지)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제11면 표 아래에 다음의 기재를 추가한다.

『 ⑤원고는, 기존 설계를 다소 변용하였다고 하더라도 이것이 범용화된 기존 디자인을 모방한 것이 아니라면 그 고유성을 인정할 수 있고, 고유디자인 개발비용으로 인정받기 위해 특허에 필요한 신규성이나 진보성까지 요구되는 것은 아니므로, 원고가 이 사건 사업에서 전형적인 국내 아파트, 주상복합건물의 디자인을 모방하지 아니하고 상가, 조경, 커뮤니티 시설, 평면계획 등의 측면에서 기존 주거용 건물과의 차별화를 도모한 이상 이 사건 비용은 고유디자인 개발 비용에 해당한다고 주장한다.

그러나 건축디자인 분야는 기존 건축물과 다른 고유함과 독창성을 추구하는 과정에서 새로운 디자인을 시도하게 되고, 이는 디자인이 창작활동이라는 점에 비추어 보면 해당 분야에 내재된 당연한 특성이다. 원고의 주장처럼 기존 건축물에서 종전에 시도하지 않던 새로운 방식을 적용하였다거나 이 사건 사업이 디자인 관련 수상을 한 바 있다 하더라도, 이는 통상적인 건축디자인 활동을 수행한 것에 불과하고 그러한 사정만으로 이 사건 비용이 과학적․기술적 진전을 위한 것으로서 세액공제 대상인 연구개발비에 해당한다고는 볼 수 없다. 만일 건축디자인에 소요된 비용의 세액공제 산입 여부를 엄격하여 해석하지 않는다면, 당해 디자인이 특정 건축물을 그대로 모방하는 등의 특별한 사정이 없는 한 건축디자인 비용 대부분이 세액공제 대상에 편입되게 되는 바, 이는 앞서 본 연구․개발비 세액공제 규정의 취지와 부합하지 않는다.』

나. 중소기업 관련 부분

이 법원이 이 부분에 적을 이유는 다음과 같이 일부 내용을 고쳐 쓰는 외에는 제1심판결 이유 중 해당 부분 기재(제1심판결 제11면 마지막 행부터 제13면 3행까지)와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제420조 본문에 따라 이를 그대로 인용한다.

○ 제1심판결 제12면 하2행 “원고가”부터 제13면 1행 “없고,”까지를 다음과 같이 고쳐쓴다.

『원고의 주장에 의하더라도, 원고는 2016 과세연도까지 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 에서 정한 ‘중소기업’에 해당하지 않았다는 것이고, 2017 과세연도 종료일 기준 자산총액이 5천억 원을 초과하여 원고가 2017 과세연도에 ‘중소기업’ 요건을 충족하지 못하였음은 앞서 본 바와 같으므로, 결국 원고는 2016년 이전부터 2017 과세연도까지 계속하여 위 조항에서 말하는 중소기업에 해당하지 않았다고 보아야 한다. 이에 대하여 원고는, 법인세법 제63조의2 제1항 제2호 에 의하면, 해당 중간예납기간의 법인세액을 기준으로 중간예납세액을 계산하는 경우 해당 중간예납기간을 1사업연도로 간주하게 되고, 원고는 1사업연도로 간주되는 중간예납기간(2017. 1. 1.~2017. 6. 30.) 종료일까지는 자산총액이 5천억 원 미만이었으므로 위 기간에는 원고가 중소기업에 해당하였다는 취지로 다툰다.

그러나 법인세법 제63조의2 제1항 제2호 는 중간예납기간의 법인세액을 해당 중간예납기간의 법인세액을 기준으로 계산하기로 선택하는 경우 해당 중간예납기간을 1사업연도로 간주하여 법인세액을 산출한다는 계산방법을 정하는 규정일 뿐, 이를 원고의 주장과 같이 구 조세특례제한법 시행령 제2조 에 따른 중소기업의 범위를 판단하는 경우에까지 확대하여 적용하여야 한다고 볼 아무런 근거가 없다. 구 조세특례제한법 시행령 제2조 제1항 단서, 같은 법 시행규칙 제2조 제5항이 중소기업의 자산총액 요건을 규정하면서 당해 과세연도에 중소기업에 해당하는지 여부는 ‘과세연도 종료일의 자산총액’을 기준으로 판단한다고 명시하고 있으므로, 당해 과세연도 중간예납기간동안 일시적으로 중소기업의 요건을 충족한 적이 있었다 하더라도 과세연도 종료일을 기준으로 그 요건을 충족하지 못하는 경우에는 구 조세제한특례법 시행령 제2조 제2항에 따른 유예기간이 적용된다고 볼 수 없다.』

다. 투자회사에 대한 미환류소득 법인세 납부 제외 관련 부분

1) 원고의 주장 요지

원고는 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 에 해당하는 법인으로, 구 조세특례제한법 제100조의32 제1항 제1호 다목에 따라 미환류소득에 대한 법인세 납부 대상에서 제외된다. 그러나 원고는 2019 사업연도 귀속 법인세로 미환류소득에 대한 법인세169,580,039원(이하 ‘이 사건 납부액’이라 한다)을 이미 납부하였으므로, 적어도 그 환급을 구하는 경정청구 부분은 받아들여져야 한다.

2) 판단

원고가 피고에게 당초 경정청구를 하였던 당시에는 2019 사업연도 귀속 법인세에 대하여 미환류소득에 대한 법인세 납부 면제 주장을 하지 아니하였으나, 이 법원에서 이 부분 경정사유를 새로이 추가하였다. 원고로서는 감액경정청구에서 주장하지 아니한 사유라 하더라도 경정거부처분 취소소송에서 이를 주장할 수 있으므로(대법원2004. 8. 16. 선고 2002두9261 판결 참조), 이에 관하여 본다.

가) 구 조세특례제한법 제100조의32 제1항 제1호 는 그 본문에서 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억 원을 초과하는 법인에 대하여 ‘미환류소득에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 법인세법 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다’고 규정하면서, 같은 호 단서 및 다목에서 법인세법 제51조의2 제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인은 그 대상에서 제외한다고 규정하고 있다.

나) 원고가 구 법인세법 제51조의2 제1항 제9호 (이하 ‘이 사건 조항’이라 한다) 각목의 요건을 갖춘 투자회사라는 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 앞서 든 증거들 및 갑 제98 내지 103호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사실에 의하여 이를 인정할 수 있다.

(1) 원고는 상법의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립되었고(라목), 원고의 정관(갑 제98호증)에 따르면, 원고는 본점 외의 지점, 기타 영업소를 두지 않고(제3조 제2항), 직원과 상근 임원을 두지 않는다(제4조)고 정하고 있다(나목).

(2) 원고의 법인등기부등본(갑 제1호증)에 의하면 원고는 ‘회사의 자산을 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업인 이 사건 사업의 시행 등에 운용하고, 그 수익을 회사의 주주들에게 배분함’을 그 목적으로 하고 있으며(가목), 원고의 존립기간은 회사성립일인 2014. 12. 19.부터 20년간이다(다목).

(3) 원고가 ① 그 발기인들이 기업구조조정투자회사법 제4조 제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 않고, 발기인 중 1인인 ○○신탁 주식회사는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자1)로서 자본금 중 100분의 5 이상을 출자하였으므로, 이로써 이 사건 조항 마목 및 구 법인세법 시행령 제86조의2 제4항 제1호 가목의 요건을 갖추었고(마목), ② 그 이사들과 감사가 기업구조조정투자회사법 제12조 , 제17조의 요건에 부합한다(바, 사목)고 주장하는 데 대하여, 피고가 이를 다투지 않는다.

(4) 이 사건 조항 아목은 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 구 법인세법 시행령 제86조의2 제5항 각 호의 요건을 충족할 것을 규정하고 있다. 원고는, ① 원고의 자본금이 50억 원이고(제1호), ② 원고에 출자한 ○○인베스트먼트 유한회사 및 ○○ 유한회사에게 자산관리업무를 위탁하였으며(제2호), ③ 자산관리회사와 자금관리사무수탁회사인 ○○신탁 주식회사가 동일인이 아니고(제6호), ④ 원고는 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업을 영위하는 금융회사인 ○○신탁 주식회사에 자금관리업무를 위탁하였고(제3호), ○○신탁 주식회사는 구 법인세법 시행령 제86조의2 제4항 에 따라 원고에게 자본금 중 5%를 출자하였으며(제4호), ⑤ 원고는 같은 항 제5호에 따른 신고절차를 이행함으로써 위 법인세법 시행령 제86조의2 제5항 각 호의 요건을 모두 충족하였다고 주장하고, 피고가 이를 다투지 않는다.

다) 소결론

원고가 이 사건 조항 각 목의 요건을 갖춘 법인에 해당하는 이상 구 조세특례제한법 제100조의32 제1항 제1호 단서 및 다목에 따라 미환류소득에 대한 법인세 납부 대상에서 제외된다고 볼 것이다. 한편 구 조세특례제한법 제100조의32 제1항 은 2019. 12. 31. 개정되어 그 부칙 제29조에 따라 개정법 시행일인 2020. 1. 1. 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용되므로, 원고가 2020. 3. 31. 신고 납부한 이 사건 납부액에 대하여는 그 적용이 있다.

4. 결 론

원고의 이 사건 청구 중 2019 사업연도 귀속 법인세 경정청구 거부처분 취소 부분은 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 이를 기각하여야 한다. 제1심판결은 이와 결론을 일부 달리하여 부당하므로, 제1심판결을 주문과 같이 변경한다.

별지

[투자회사에 대한 미환류소득 법인세 납부 제외 관련 부분]

■ 구 조세특례제한법(2020. 12. 29. 법률 제17759호로 개정되기 전의 것)

제100조의32(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 제2항제1호가목부터 다목까지의 규정에 따른 투자, 임금 등으로 환류하지 아니한 소득이 있는 경우에는 같은 항에 따른 미환류소득(제5항에 따른 차기환류적립금과 제7항에 따라 이월된 초과환류액을 공제한 금액을 말한다)에 100분의 20을 곱하여 산출한 세액을 미환류소득에 대한 법인세로 하여 「법인세법」 제13조 에 따른 과세표준에 같은 법 제55조에 따른 세율을 적용하여 계산한 법인세액에 추가하여 납부하여야 한다. <개정 2019.12.31.>

1. 각 사업연도 종료일 현재 대통령령으로 정하는 자기자본이 500억원을 초과하는 법인. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 법인은 제외한다. 다. 「법인세법」 제51조의2제1항 각 호의 어느 하나에 해당하는 법인

② 제1항 각 호에 따른 내국법인은 다음 각 호의 방법 중 어느 하나를 선택하여 산정한 금액(산정한 금액이 양수인 경우에는 "미환류소득"이라 하고, 산정한 금액이 음수인 경우에는 음의 부호를 뗀 금액을 "초과환류액"이라 한다. 이하 이 조에서 같다)을 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월( 「법인세법」 제76조의17 에 따라 법인세의 과세표준과 세액을 신고하는 경우에는 각 연결사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 4개월) 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다. (각호 생략)

■ 조세특례제한법 부칙(2019. 12. 31.)

제1조(시행일)

이 법은 2020년 1월 1일부터 시행한다. (이하 생략)

제29조(투자ㆍ상생협력 촉진을 위한 과세특례에 관한 적용례)

제100조의32제1항의 개정규정은 이 법 시행 이후 과세표준을 신고하는 분부터 적용한다.

■ 구 법인세법(2020. 12. 22. 법률 제17652호로 개정되기 전의 것)

제51조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제)

① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 내국법인이 대통령령으로 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 해당 사업연도의 소득금액에서 공제한다.

1. 「자산유동화에 관한 법률」에 따른 유동화전문회사

2. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 투자회사, 투자목적회사, 투자유한회사, 투자합자회사(같은 법 제9조제19항제1호의 경영참여형 사모집합투자기구는 제외한다) 및 투자유한책임회사

3. 「기업구조조정투자회사법」에 따른 기업구조조정투자회사

4. 「부동산투자회사법」에 따른 기업구조조정 부동산투자회사 및 위탁관리 부동산투자회사

5. 「선박투자회사법」에 따른 선박투자회사

6. 「민간임대주택에 관한 특별법」 또는 「공공주택 특별법」에 따른 특수 목적 법인 등으로서 대통령령으로 정하는 법인

7. 「문화산업진흥 기본법」에 따른 문화산업전문회사

8. 「해외자원개발 사업법」에 따른 해외자원개발투자회사

9. 제1호부터 제8호까지와 유사한 투자회사로서 다음 각 목의 요건을 갖춘 법인일 것

가. 회사의 자산을 설비투자, 사회간접자본 시설투자, 자원개발, 그 밖에 상당한 기간과 자금이 소요되는 특정사업에 운용하고 그 수익을 주주에게 배분하는 회사일 것

나. 본점 외의 영업소를 설치하지 아니하고 직원과 상근하는 임원을 두지 아니할 것

다. 한시적으로 설립된 회사로서 존립기간이 2년 이상일 것

라. 「상법」이나 그 밖의 법률의 규정에 따른 주식회사로서 발기설립의 방법으로 설립할 것

마. 발기인이 「기업구조조정투자회사법」 제4조제2항 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니하고 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

바. 이사가 「기업구조조정투자회사법」 제12조 각 호의 어느 하나에 해당하지 아니할 것

사. 감사는 「기업구조조정투자회사법」 제17조 에 적합할 것. 이 경우 "기업구조조정투자회사" 는 "회사"로 본다. 아. 자본금 규모, 자산관리업무와 자금관리업무의 위탁 및 설립신고 등에 관하여 대통령령으로 정하는 요건을 충족할 것

■ 구 법인세법 시행령(2021. 2. 17. 대통령령 제31443호로 개정되기 전의 것)

제61조(대손충당금의 손금산입)

② (본문 기재 생략) 12. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업자

제86조의2(유동화전문회사 등에 대한 소득공제)

④ 법 제51조의2제1항제9호마목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 발기인 중 1인 이상이 다음 각 목의 어느 하나에 해당할 것

가. 제61조제2항제1호부터 제13호까지 및 제24호의 어느 하나에 해당하는 금융회사 등

2. 제1호가목 또는 나목에 해당하는 발기인이 100분의 5(제1호가목 또는 나목에 해당하는 발기인이 다수인 경우에는 이를 합산한다) 이상의 자본금을 출자할 것

⑤ 법 제51조의2제1항제9호아목에서 "대통령령으로 정하는 요건"이란 다음 각 호의 요건을 말한다.

1. 자본금이 50억원 이상일 것. 다만, 「사회기반시설에 대한 민간투자법」 제4조제2호 의 규정에 의한 방식으로 민간투자사업을 시행하는 투자회사의 경우에는 10억원 이상일 것

2. 자산관리ㆍ운용 및 처분에 관한 업무를 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 자(이하 이 조에서 "자산관리회사"라 한다)에게 위탁할 것. 다만, 제6호 단서의 경우 「건축물의 분양에 관한 법률」 제4조제1항제1호 에 따른 신탁계약에 관한 업무는 제3호에 따른 자금관리사무수탁회사에 위탁할 수 있다.

가. 당해 회사에 출자한 법인

나. 당해 회사에 출자한 자가 단독 또는 공동으로 설립한 법인

3. 「자본시장과 금융투자업에 관한 법률」에 따른 신탁업을 영위하는 금융회사 등(이하 이 조에서 "자금관리사무수탁회사"라 한다)에 자금관리업무를 위탁할 것

4. 주주가 제4항 각 호의 요건을 갖출 것. 이 경우 "발기인"을 "주주"로 본다. 5. 법인설립등기일부터 2월 이내에 다음 각목의 사항을 기재한 명목회사설립신고서에 기획재정부령이 정하는 서류를 첨부하여 납세지 관할세무서장에게 신고할 것

가. 정관의 목적사업

나. 이사 및 감사의 성명ㆍ주민등록번호

다. 자산관리회사의 명칭

라. 자금관리사무수탁회사의 명칭

6. 자산관리회사와 자금관리사무수탁회사가 동일인이 아닐 것. 다만, 해당 회사가 자금관리사무수탁회사(해당 회사에 대하여 지배주주등이 아닌 경우로서 출자비율이 100분의 10 미만일 것)와 「건축물의 분양에 관한 법률」 제4조제1항제1호 에 따라 신탁계약과 대리사무계약을 체결한 경우는 그러하지 아니하다.

■ 기업구조조정투자회사법

제4조(발기인)

② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 발기인이 될 수 없다.

1. 미성년자ㆍ피성년후견인ㆍ피한정후견인

2. 파산선고를 받은 자로서 복권되지 아니한 자

3. 금고 이상의 실형의 선고를 받거나 이 법 기타 대통령령이 정하는 금융관련법령(이에 상당하는 외국의 법령을 포함한다. 이하 같다)에 의하여 벌금형 이상의 형을 선고받고 그 집행이 종료(집행이 종료된 것으로 보는 경우를 포함한다)되거나 면제된 후 5년이 경과되지 아니한 자

4. 금고 이상의 형의 집행유예의 선고를 받고 그 유예기간중에 있는 자

5. 이 법 기타 대통령령이 정하는 금융관련법령에 의하여 영업의 허가ㆍ인가 또는 등록 등이 취소된 법인 또는 회사의 임ㆍ직원이었던 자(그 허가 등의 취소사유의 발생에 관하여 직접 또는 이에 상응하는 책임이 있는 자로서 대통령령이 정하는 자에 한한다)로서 당해 법인 또는 회사에 대한 취소가 있은 날부터 5년이 경과되지 아니한 자

6. 이 법 기타 대통령령이 정하는 금융관련법령을 위반하여 해임되거나 면직된 후 5년이 경과되지 아니한 자

제12조(이사의 자격)

다음 각호의 1에 해당하는 자는 이사가 될 수 없다.

1. 제4조제2항 각호의 1에 해당하는 자

2. 자산관리회사의 발행주식총수의 100분의 1 이상의 주식을 소유하고 있는 자(이하 "주요주주"라 한다) 및 대통령령이 정하는 특수관계인

3. 자산관리회사로부터 계속적으로 보수를 지급받고 있는 자

제17조 (감사의 자격)

① 감사는 공인회계사법에 의한 회계법인에 소속된 공인회계사이어야 한다. ② 다음 각호의 1에 해당하는 자는 감사가 될 수 없다.

2. 당해 기업구조조정투자회사와 관련하여 공인회계사법 제 21조의 규정에 의하여 감사가 제한되거나 동법 제33조의 규정에 의하여 직무가 제한되는 회계법인에 소속된 자

3. 직무정지기간중에 있는 자

4. 업무정지기간중인 회계법인에 소속된 자

5. 다음 각목의 1에 해당하는 자로부터 공인회계사업무외의 업무와 관련하여 계속적으로 보수를 받고 있는 자 및 그 배우자

(각 목 생략). 끝.