종합소득세 경정 시에 처분취소에 해당하는 양도소득세를 기납부세액공제로 적용한 처분은 소의 이익이 없어 부적법

과세관청이 양도로 인한 소득에 대하여 양도소득세 부과처분을 하였다가 다시 종합소득세 부과처분을 하면서 기납부 양도소득세액을 공제한 사실을 납세고지서에 기재하여 통지한 경우에 양도소득세 부과처분이 취소된 것으로 볼 수 있음

사 건

2025구합53288 양도소득세경정거부처분취소

원 고

○○○

피 고

○○세무서장

변 론 종 결

판 결 선 고

2025. 12. 12.

주 문

1. 이 사건 소 중 2018년 귀속 양도소득세 ***원의 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분을 각하한다.

2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 6. 24. 원고에 대하여 한 2018년 귀속 양도소득세 ***원의 경정청구 거부처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2009. 9. 30. aaaa 주식회사(이하 ‘aaaa’이라 한다)의 주식(이하 ‘이 사건 주식’이라 한다) 117,870주를 1주당 10,000원에 취득하였다. 이후 원고는 2018. 10. 10. 특수관계에 있는 bbbb 주식회사(이하 ‘bbbb’이라 한다)에 이 사건 주식 117,870주를 1주당 37,200원으로 하여 총 4,384,764,000원에 양도하였다. 원고는 위 양도거래에 관하여 2018년 귀속 양도소득세 636,328,020원(이하 ‘이 사건 양도소득세’라 한다)을 신고·납부하였다(이하 ‘이 사건 신고·납부’라 한다).

나. 한편 bbbb은 aaaa에 2018. 10. 31. 이 사건 주식 60,000주를, 2018. 11. 30. 이 사건 주식 40,000주를 양도하였고, aaaa은 2018. 12. 12. 이 사건 주식 중 60,000주를, 2019. 11. 10. 나머지 40,000주를 소각하였다.

다. 피고는 위와 같은 일련의 거래 중 이 사건 주식 100,000주에 관한 부분(이하 ‘이 사건 거래’라 한다)의 실질은 의제배당에 해당한다는 전제에서 2021. 7. 16. 원고에게 2018년 귀속 종합소득세 40,639,203원, 2019년 귀속 종합소득세 447,270,318원을 각 결정·고지(이하 ‘이 사건 종합소득세 부과처분’이라 한다)하면서 이 사건 신고·납부 과정에서 원고가 과다 납부한 세액(이 사건 주식 중 100,000주 부분에 해당하는 539,855,790원)을 기납부세액으로 공제하였다.

라. 원고는 2024. 5. 28.경 피고에게 이 사건 신고·납부액 636,328,020원의 환급을 구하는 경정청구를 하였는데, 피고는 2024. 6. 24. ‘위 금액 중 539,855,790원은 이 사건 종합소득세 부과처분 과정에서 종합소득세 기납부세액으로 공제되었고, 나머지 세액 96,472,230원은 적정하게 납부된 양도소득세이므로 환급할 세액이 없다’는 이유로 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑 제1호증, 을 제2, 3호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소 중 2018년 귀속 양도소득세 539,855,790원 부분의 적법 여부

가. 관련 법리

과세관청이 양도로 인한 소득에 대하여 양도소득세 부과처분을 하였다가 다시 종합소득세 부과처분을 하면서 기납부 양도소득세액을 공제한 사실을 납세고지서에 기재하여 통지한 경우에 양도소득세 부과처분이 취소된 것으로 볼 수 있고(대법원 2001. 4. 24. 선고 99두5412 판결 등 참조), 위와 같은 법리는 납세의무자가 양도소득세를 신고·납부하였으나, 과세관청이 해당 양도 거래에 관하여 종합소득세 부과처분을 하면서 기납부 양도소득세액을 공제한 사실을 납세고지서에 기재하여 통지한 경우에도 적용된다고 보는 것이 타당하다.

나. 판단

앞서 든 증거들에 변론 전체의 취지를 종합하여 보면, 피고는 이 사건 거래의 실질이 의제배당에 해당한다는 전제에서 이에 관하여 종합소득세 부과처분을 하면서 원고가 이 사건 주식 100,000주에 관하여 기납부한 양도소득세액 539,855,790원을 기납부세액으로 공제한 사실을 납세고지서에 기재하여 원고에게 통지하였다. 이에 비추어보면, 이 사건 양도소득세 중 이 사건 주식 100,000주에 관한 539,855,790원 부분은 피고가 직권으로 감액경정하였다고 보는 것이 타당하다. 그러므로 이미 감액경정된 부분에 대한 경정거부의 취소를 구하는 이 부분 소는 소의 이익이 없어 부적법하다.

3. 이 사건 처분 중 나머지 부분의 위법 여부

원고는 원고가 이 사건 양도소득세를 신고·납부하였음에도 이를 그대로 둔 채 이 사건 종합소득세 부과처분을 한 것은 중복 과세로 위법하다거나, 이 사건 종합소득세 부과처분을 통해 원고가 납부의무가 없는 이 사건 양도소득세를 납부한 것이 확인되었으므로, 이 사건 양도소득세 전부에 대한 경정청구가 인용되어야 한다는 등의 취지로 주장한다.

그러나 피고는 원고의 이 사건 주식 양도에 관한 일련의 거래 중 이 사건 거래에 해당하는 부분에 한정하여 그 실질이 의제배당에 해당한다는 전제에서 이 사건 종합소득세 부과처분을 하였고, 이는 앞서 본 바와 같이 이 사건 양도소득세 중 이 사건 주식 100,000주에 해당하는 부분에 대한 감액경정과 결부하여 이루어진 것이다. 반면 피고는 원고가 양도한 이 사건 주식 중 나머지 17,870주(= 117,870주 –100,000주)에 관한 양도소득세에 관하여는 별도로 경정 등을 한 바 없고, 이에 관한 세액이 잘못 계산되었다고 볼 만한 사정도 찾아볼 수 없으므로 이에 관하여 중복 과세가 있다거나, 환급되어야 할 세액이 있다고 볼 수 없다. 원고가 이 사건 주식 117,870주를 양도한 거래 중 이 사건 거래 부분을 분리하여 이 사건 종합소득세 부과처분을 한 것이 적법한지 여부는 이 사건 종합소득세 부과처분에 대한 항고소송 등을 통해 다툴 수 있는 것일 뿐, 이 부분 처분의 위법 여부와는 특별한 관련이 없다. 그러므로 이와 다른 전제에 있는 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 2018년 귀속 양도소득세 ***원 경정청구 거부처분의 취소를 구하는 부분은 부적법하므로 이를 각하하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.