제2차 납세의무를 부담하는 과점주주의 요건

제출된 증거들만으로는 원고들이 실질주주가 아닌 형식상 주주명부에 주주로 등재된 것에 불과하다는 사실이 증명되었다고 보기 부족하고, 과점주주로 보아 제2차 납세의무자로 지정하여 부가가치세 부과처분한 것은 적법함

사 건

2022구합81293 부가가치세등부과처분취소

원 고

AAA 외 2명

피 고

ㅇㅇㅇ세무서장

변 론 종 결

2023.11.16.

판 결 선 고

2024.1.25.

주 문

1. 원고들의 청구를 모두 기각한다.

2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

청 구 취 지

피고가,

1. 원고 BBB에 대하여

가. 2021. 8. 9. 한 2016년도 1기분 부가가치세 2,431,570원, 2016년도 2기분 부가

가치세 6,989,960원, 2017년도 1분기 부가가치세 457,740원, 2017년도 2기분 부

가가치세 2,212,420원의 각 부과처분,

나. 2021. 9. 15. 한 2016년도 2기분 부가가치세 3,127,680원, 2017년도 2기분 부가

가치세 1,031,890원의 각 부과처분,

2. 원고 CCC에 대하여 2021. 8. 9. 한 2016년도 1기분 부가가치세 2,431,570

원, 2016년도 2기분 부가기치세 6,989,960원, 2017년도 1기분 부가가치세 457,740

원, 2017년도 2기분 부가가치세 2,212,420원의 각 부과처분,

3. 원고 AAA에 대하여 2021. 9. 15. 한 2016년도 2기분 부가가치세 4,691,520

원, 2017년도 2기분 부가가치세 1,547,840원의 각 부과처분을

각 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 1)　 DDD은 주식회사 ㅁㅁㅁㅁ(이하 ‘ㅁㅁㅁㅁ’라 한다), 주식회사 *****이

비즈연구원(이하 ‘*****이비즈연구원’이라 하고, ㅁㅁㅁㅁ와 통틀어 ‘이 사건 각

회사’라 한다) 등을 설립하여 운영하였다. DDD은 2017. 7. 25.경 뇌출혈을 일으켜

2018. 6. 14.경 뇌실내 뇌내출혈 및 상세불명의 혈관성 치매 진단을 받았다.

2) 원고 AAA은 위 DDD의 배우자, 원고 BBB, CCC은 위 DDD의 자녀이

다.

3) ㅁㅁㅁㅁ와 *****이비즈연구원의 2016년 및 2017년의 주주 구성은 아래

표와 같다.

나. 피고는 2021. 4. 5.부터 2021. 5. 20.까지 이 사건 각 회사의 가공세금계산서 발

행 및 수취 혐의에 대해 세무조사를 실시하고, 이 사건 각 회사 등이 실질거래 없이

매출·매입세금계산서를 발급·수취한 것으로 보아 2021. 7.경 *****이비즈연구원에

게 2016년 2기분 부가가치세, 2017년 2기분 부가가치세 합계 20,246,200원을, 엠씨아

이에게 2016년 1기분, 2016년 2기분, 2017년 1기분, 2017년 2기분 부가가치세 합계

47,470,890원을 경정·고지하였다.

다. 1) 피고는 2021. 8. 9. 국세기본법 제39조 에 따라 원고 BBB, CCC을 엠씨아

이의 제2차 납세의무자로 지정하고, 위 원고들에 대하여 ㅁㅁㅁㅁ의 2016년 1기분 부

가가치세 미납액 9,832,520원 중 각 위 원고들의 지분 비율인 24.73%에 해당하는 각

2,431,570원, ㅁㅁㅁㅁ의 2016년 2기분 부가가치세 미납액 28,265,150원 중 각 24.73%

인 각 6,989,960원, ㅁㅁㅁㅁ의 2017년 1기분 부가가치세 미납액 1,850,960원 중 각

24.73%인 각 457,740원, ㅁㅁㅁㅁ의 2017년 2기분 부가가치세 미납액 8,946,370원 중

각 24.73%인 각 2,212,420원의 각 부과처분을 하였다.

2) 피고는 2021. 9. 15. 국세기본법 제39조 에 따라 원고 BBB을 *****이비

즈연구원의 제2차 납세의무자로 지정하고, 위 원고에 대하여 *****이비즈연구원

의 2016년 2기분 부가가치세 미납액 15,638,430원 중 위 원고의 지분 비율인 20%에

해당하는 3,127,680원, *****이비즈연구원의 2017년 2기분 부가가치세 미납액

5,159,480원 중 20%인 1,031,890원의 각 부과처분을 하였다.

피고는 2021. 9. 15. 국세기본법 제39조 에 따라 원고 AAA을 *****이비

의 2016년 2기분 부가가치세 미납액 15,638,430원 중 위 원고의 지분 비율인 30%에

해당하는 4,691,520원, *****이비즈연구원의 2017년 2기분 부가가치세 미납액

5,159,480원 중 30%인 1,547,840원의 각 부과처분을 하였다(이하 위 1), 2)항의 각 부

과처분을 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다).

라. 원고들은 이 사건 각 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나 2022.

10. 21. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 6, 14, 15, 16호증, 을 제1, 2호증(가지번호 있

는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고들 주장의 요지

이 사건 각 회사는 DDD의 계산으로 설립되었고, 원고들은 전업주부이거나 취업준

비생이었으므로 자신의 계산으로 이 사건 각 회사의 자본금을 납입하거나 이 사건 각

회사의 주식을 취득한 사실이 없다. 원고들은 이 사건 각 회사들로부터 급여를 받은

사실도 없다. 따라서 원고들은 형식상 주주명부에 등재되었을 뿐인바, 원고들이 이 사

건 각 회사의 실제 주주임을 전제로 한 이 사건 각 처분은 위법하다.

3. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

4. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 관련 법리

국세기본법 제39조 제2호 , 국세기본법 시행령 제20조 , 제18조의2 제1호에 따라 출

자자로서 제2차 납세의무를 지는 과점주주는 주주 1인이 100분의 50을 초과하는 주식

에 관한 권리를 실질적으로 행사할 것을 요구하는 것은 아니고, 그 주식에 관한 권리

행사는 반드시 현실적으로 주주권을 행사한 실적이 있어야 할 것을 요구하는 것도 아

니며, 납세의무 성립일 현재 소유하고 있는 주식에 관하여 주주권을 행사할 수 있는

지위에 있으면 족하다고 할 것이다(대법원 2003. 7. 8. 선고 2001두5354 판결, 대법원

2004. 10 15. 선고 2003두8418 판결, 대법원 2008. 1. 10. 선고 2006두19105 판결 등

참조). 그러므로 구체적으로 회사경영에 관여한 사실이 없다고 하더라도 그것만으로 과

점주주가 아니라고 판단할 수 없으며, 주식의 소유사실은 과세관청이 주주명부나 주식

등 변동상황명세서 또는 법인등기부등본 등 자료에 의하여 이를 입증하면 된다. 다만

위 자료에 비추어 일견 주주로 보이는 경우에도 실은 주주명의를 도용당하였거나 실질

소유주의 명의가 아닌 차명으로 등재되었다는 등의 사정이 있는 경우에는 단지 그 명

의만으로 주주에 해당한다고 볼 수는 없으나 이는 주주가 아님을 주장하는 그 명의자

가 입증하여야 한다(대법원 2004. 7. 9. 선고 2003두1615 판결 등 참조).

나. 구체적 판단

위 인정사실을 위 관련 법리에 비추어 보면, 원고 AAA, BBB이 *****이

비즈연구원의 주주로, 원고 BBB, CCC이 ㅁㅁㅁㅁ의 주주로 각 등재되어 있었던

이상, 위 원고들은 이 사건 각 회사의 실질적인 주주가 아니라 형식상 주주명부에 주

주로 등재되어 있다는 사정에 관한 증명책임을 부담한다. 그런데 갑 제9, 14, 15호증,

을 제3, 4호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사

정들에 비추어 보면, 원고들이 제출한 증거들만으로는 원고들이 이 사건 각 회사의 실

질적인 주주가 아니라 형식상 주주명부에 주주로 등재된 것에 불과하다는 사실이 증명

되었다고 보기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 원고들이 국세기본법

제39조 제2호의 과점주주에 해당한다고 보아 이루어진 이 사건 각 처분은 적법하다.

① ㅁㅁㅁㅁ는 2010. 7. 19. 설립되었고, 2016. 11. 11.경 그 발행주식의 총수는

1,273,800주, 자본금은 636,900,000원이 되었다. *****이비즈연구원은 2003. 10.

15. 발행주식의 총수 5,000주, 자본금 5,000만 원으로 설립된 회사로서, 2006. 4. 18.

발행주식이 10,000주로, 자본금이 1억 원으로 증가되었고, 2017. 12. 11. 상법 제520조

의2 제1항에 의해 해산간주되었다.

② 원고 AAA은 1950. 7. 14.생, 원고 BBB은 1979. 1. 20.생, 원고 CCC은

1981. 9. 3.생으로, *****이비즈연구원이 설립된 2003. 10. 15.경 및 증자가 이루

어진 2006. 4. 18.경 원고들 모두 성인이었다. ㅁㅁㅁㅁ에 원고 BBB, CCC 명의의

주금이 처음 납입된 2014. 4. 17.경 원고 BBB은 만 35세, 원고 CCC은 만 32세의

성인이었다.

③ 원고 AAA은 2006. 3. 30. *****이비즈연구원의 이사로 취임하여 2009.

2. 16., 2012. 3. 28. 사내이사로 중임되었다(2009. 2. 16.에는 *****이비즈연구원

의 대표이사로 취임하였다가 2011. 3. 24. 사임하기도 하였다). 원고 BBB은 2006. 3.

30., 2009. 2. 16., 2012. 3. 28. 3회에 걸쳐 *****이비즈연구원의 감사로 중임되었

다. 원고 BBB, CCC은 2013. 7. 19. ㅁㅁㅁㅁ의 사내이사로 중임되었다가 2016. 3.

29. 사임하였고, 같은 날 다시 ㅁㅁㅁㅁ의 사내이사로 취임하였다. 원고 AAA은

2013. 3. 31. 및 2016. 3. 29. ㅁㅁㅁㅁ의 감사로 중임되었다. 이러한 사정에 비추어,

원고들이 이 사건 각 회사의 운영에 관여하지 않았다고 단정하기 어렵다.

④ 원고들은 *****이비즈연구원에서 근로소득을 받은 것으로 신고된 사실도

있다.

⑤ 원고들이 그 명의의 주식에 대하여 주주권을 행사하는 데 어떠한 제약이 있었

다고 볼 만한 자료가 없다.

⑥ 설령 원고들 주장과 같이 DDD이 주금을 실제 납입하였다고 하더라도, 위에

서 본 사정에 비추어 보면 그러한 사정만으로 DDD이 원고들 명의 주식에 대한 실질

주주라고 단정하기 어렵다.

5. 결론

그렇다면 원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이

판결한다.