채무의 자본전환은 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례에서 말하는 증자대금의 납입 방법에 해당하지 않음

조세특례제한법 제13조의2 제1항 제1호의 ‘출자’는 증자대금을 납입하는 방법을 의미하고, 채무의 자본 전환은 위 출자에 해당하지 않으므로, 토지의 매매대금 채권의 변제에 갈음하여 유상증자에 따라 AAA의 신주를 발행받은 것은 조세특례제한법 제13조의2에서 규정하고 있는 ‘출자’라고 할 수 없음

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2023. 6. 21. 원고에 대하여 한 2021년 사업연도 법인세 600,000,000원의 경정거부처분 중 120,000,000원을 초과하는 부분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2013. 8. 26. 목재 임가공업 등을 목적으로 설립된 내국법인이고, 주식회사 AAA(이하 ‘AAA’라 한다)는 2017. 7. 6. 컴퓨터 및 주변장치, 소프트웨어 도매업 등을 목적으로 설립된 회사이며, 2021. 9. 14.부터 2024. 9. 13.까지 벤처기업육성에 관한 특별조치법에 따른 벤처기업에 해당하는 회사이다.

나. 원고는 2021. 12. 10. AAA에게 별지1 목록 기재 토지(이하 ‘이 사건 토지’라고 한다)를 대금 277억 원에 매도하면서, 그중 17억 원은 2021. 12. 15.까지 현금으로 지급하고, 94억 원은 이 사건 토지에 설정되어 있는 근저당권의 피담보채무를 매수인인 AAA가 인수하여 대위변제하는 것으로 갈음하며, 120억 원은 AAA가 원고에게 보통주를 발행하여 주는 것으로, 46억 원은 2023. 12. 15.까지 현금으로 지급하는 것으로 각 정하였다.

다. 한편 이 사건 토지 지상에는 원고의 대표자가 운영하는 회사가 소유하는 별지2 목록 기재 각 건물이 있었는데, 2021. 12. 10. AAA에게 위 각 건물을 대금 25억 3,000만 원(부가세 포함)에 매도하였다.

라. AAA는 2021. 12. 8. 이사회를 개최하여 제3자 배정방식의 기명식 보통주식 40만 주를 1주당 3만 원(액면가 500원), 신주의 납입총액 120억 원, 청약기간 2021. 12. 9.부터 2021. 12. 22.까지, 신주의 주금납입일을 2021. 12. 23.로 정하여 신주발행하기로 의결하고, 위 나. 및 다.항 기재 각 매매계약 체결에 관하여 의결하였다.

마. AAA는 이 사건 토지에 관하여 2021. 12. 10. 매매를 원인으로 창원지방법원 사천등기소 2021. 12. 15. 접수 제28297호로 소유권이전등기를 마쳤다.

바. AAA의 2021. 12. 15. 당시 주주명부상 AAA대표, AAA, 원고의 각 보유주식수는 다음과 같았다.

성명

주식종류

보유주식수

보유금액

비율

AAA의 대표

보통주

301,250

150,625,000

22.24%

AAA

6,000

3,000,000

0.44%

원고

400,000

200,000,000

29.53%

사. 원고와 AAA의 대표자는 2021. 12. 30. 원고가 위 AAA의 대표에게 AAA 보통주 8만 주를 주당 3만 원, 총 대금 24억 원에 매도하는 내용의 주식매매계약서를 작성하였다. 위 계약서의 특약사항 중 주요 내용은 다음과 같다.

제2조 본 매매계약에 있어 매매대금은 미지급채무로 하되, 그 매매대금 지급은 2024년 12월 30일로 한다. 다만, 대상회사(AAA)의 주식시장 상장 및 지분매각(M&A)에 따라, 현금이 확보되는 경우 최우선적으로 위 미지급채무를 상환하여야 한다.

제5조 을(AAA의 대표)은 매매대금을 지급하기 전까지 갑(원고)의 동의 없이 대상주식을 타인에게 양도, 담보제공, 기타 처분하는 등 제한 부담을 하여서는 안 되며, 대상주식이 압류 또는 가압류되는 등 제3자에 의해 처분될 수 있는 상태에 놓이도록 하여서는 안 된다.

아. AAA의 2021. 12. 30. 당시 주주명부상 원고의 보유주식수는 8만주가 AAA의 대표 명의로 이전되어 32만 주로 기재되어 있다.

자. 원고는 2023. 4. 28. 피고에게 AAA가 발행한 위 보통주 40만 주의 대금 120억 원에 관하여 2021사업연도 내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제 6억 원을 주장하며 법인세 경정을 청구하였으나, 피고는 2023. 6. 21. 원고에게 “벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제 요건을 충족하나, 청구법인은 공제대상 사업연도에 피출자법인의 지배주주에 해당하여 세액공제액 상당액에 대하여 추가납부세액이 발생되므로 경정청구 거부함”을 이유로 위 경정청구 거부처분을 하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

차. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 이 사건 처분의 취소를 구하는 심판을 청구하였으나, 2024. 3. 8. 기각결정을 받았다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 7, 8, 10, 11호증, 을 제1호증의 각 기재(가지번호 있는 경우 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 원고 주장의 요지

가. 이 사건 토지의 매매잔대금의 지급일은 2023. 12. 15.이므로, 피고가 2023. 12. 15. 원고에게 잔금 46억 원을 지급하여야 비로소 현물출자가 이행된다. 따라서 신주의 주금납입일인 2021. 12. 23.을 기준으로 원고가 AAA의 주식을 취득하였다고 볼 수 없으므로, 원고는 지배주주의 지위에 있지 아니하였다.

나. 지배주주인지 여부는 당사자의 의사와 계약 체결의 경위, 대금의 결제 방법, 거래의 경과 등 거래의 전체 과정을 실질적으로 파악하여 판단하여야 하는바, 원고는 이 사건 토지의 매매계약과 관련하여 그 대금을 지급받는 방법으로 AAA의 보통주 40만 주를 인수하기로 하였으므로, 원고는 AAA의 실질적인 지배주주가 아니다.

다. 이 사건 처분의 근거법령으로 기재된 구 조세특례제한법(2021. 12. 28. 법률 제18634호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제13조의2 제3항은 이미 법인세를 공제받은 법인에 관한 사후관리를 규정한 조문으로서, 원고와 같이 법인세를 공제받지 못한 법인에 관한 조문이 아니다. 이 사건 처분은 법령상 근거가 없어 위법하다.

라. 설령 피고의 주장과 같이 원고가 7일간 AAA의 지배주주 지위에 있었다고 하더라도, 원고는 지배주주로서 어떠한 영향력도 행사하지 아니하였는바, 법인세 6억 원을 환급하지 않겠다는 이 사건 처분은 비례의 원칙에 위반한 위법한 처분이다.

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 판단

가. 처분사유의 추가·변경에 관하여

1) 당사자 주장의 요지

피고는 이 사건 소송에 이르러서야 채무의 출자전환은 조세특례제한법 제13조의2 제2항 의 ‘증자대금의 납입’ 방법에 해당하지 아니하므로, 같은 조 제1항의 규정이 적용될 수 없고, 따라서 원고의 감액경정청구를 받아들이지 아니한 이 사건 처분은 적법하다고 주장하였고, 이에 대하여 원고는 위 변경된 처분사유는 이 사건 처분의 처분사유와 기본적 사실관계의 동일성이 없으므로 처분사유 변경이 허용되지 않는다고 주장한다.

2) 관련 법리

감액경정청구를 받은 과세관청으로서는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는지 여부에 관하여 조사·확인할 의무가 있다. 그러므로 통상의 과세처분 취소소송에서와 마찬가지로 감액경정청구에 대한 거부처분 취소소송 역시 그 거부처분의 실체적·절차적 위법 사유를 취소원인으로 하는 것으로서 그 심판의 대상은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부이고, 경정청구가 이유 없다고 내세우는 개개의 거부처분사유는 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 의하여 신고하여야 할 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는 것이 아니라고 주장하는 공격방어방법에 불과한 것이다. 따라서 과세관청은 당초 내세웠던 거부처분사유 이외의 사유도 그 거부처분 취소소송에서 새로이 주장할 수 있다(대법원 2008. 12. 24. 선고 2006두13497 판결 등 참조).

3) 구체적 판단

살피건대, 이 사건의 경우 심판의 대상은 법인세 과세표준 및 세액신고서에 기재된 과세표준 및 세액의 객관적인 존부로서, 조세특례제한법 제13조의2 제4항 은 “제1항을 적용받으려는 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 세액공제신청을 하여야 한다.”고 규정하고 있고, 법인세 과세표준 및 세액신고서에 첨부되는 ‘법인세 과세표준 및 세액조정계산서’ 제5항에서 ‘토지 등 양도소득에 대한 법인세 계산’ 제143항으로 공제세액을 기재하도록 정하고 있는바(갑 제9호증), 이 사건 처분에 관한 ‘벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제 요건을 충족하나 피출자법인의 지배주주에 해당하여 세액공제액 상당액에 대하여 추가납부세액이 발생되므로 경정청구를 거부한다’는 종전 사유와 ‘벤처기업 등에의 출자에 대한 세액공제 요건을 충족하지 못한다’는 새로운 사유는 모두 종전 법인세 부과처분상의 과세표준 및 세액이 객관적으로 정당한 과세표준 및 세액을 초과하는 것이 아니라고 주장하는 공격방어방법에 해당하고, 따라서 피고로서는 위 새로운 사유를 들어 이 사건 처분이 정당하다고 주장할 수 있다.

한편 조세소송에서 필요적으로 전심절차를 거치도록 하는 것은 과세처분은 다른 행정처분과는 달리 대량으로 행하여질 뿐만 아니라 전문적이고 기술적인 성질을 가지므로 행정청 내부에서 지시·감독권을 행사하여 스스로 잘못을 시정함으로써 능률적이고 통일적인 과세행정의 확립을 꾀함과 아울러 법원의 부담을 줄이려는 데 그 이유가 있는 점(대법원 1986. 9. 9. 선고 86누254 판결, 대법원 1989. 10. 10. 선고 88누11292 판결 등 참조), 과세처분취소소송의 소송물은 그 취소원인이 되는 위법성 일반이고 그 심판의 대상은 과세처분에 의하여 확인된 조세채무인 과세표준 및 세액의 객관적 존부인 점(대법원 1990. 3. 23. 선고 89누5386 판결, 대법원 1997. 5. 16. 선고 96누8796 판결 등 참조) 등에 비추어, 피고가 조세심판 절차에서 주장하지 아니하였던 사유를 행정소송 과정에서 새로 주장함으로써 원고가 새로운 주장에 대하여 조세심판 절차에서 다툴 기회를 한 차례 상실하였다고 하더라도 그러한 사정만으로 피고의 처분사유 추가·변경이 허용되지 않는다고 볼 수는 없다. 결국 이 부분 원고의 주장은 받아들일 수 없다.

나. 이 사건 처분의 적법 여부

AAA가 발행한 위 보통주 40만 주의 대금 120억 원이 원고가 AAA에게 ‘출자’한 것에 해당하여 조세특례제한법 제13조의2 제1항 의 법인세 공제 대상이 되는지 여부에 관하여 본다.

1) 관련 법리

조세법률주의 원칙은 과세요건 등 국민의 납세의무에 관한 사항을 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률을 집행하는 경우에도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용을 허용하지 아니함을 뜻한다(대법원 2021. 9. 9. 선고 2019두35695 전원합의체 판결 참조). 조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석할 것이고, 합리적 이유 없이 확장해석하거나 유추해석하는 것은 허용되지 아니하며, 특히 감면요건 규정 가운데에 명백히 특혜규정이라고 볼 수 있는 것은 엄격하게 해석하는 것이 조세공평의 원칙에도 부합한다(대법원 2022. 12. 29. 선고 2022다218585 판결, 대법원 2002. 4. 12. 선고 2001두731 판결 등 참조).

2) 구체적 판단

조세특례제한법 제13조의2 제1항 은 “대통령령으로 정하는 내국법인이 2022년 12월 31일까지 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 주식 또는 출자지분 취득가액의 100분의 5에 상당하는 금액을 해당 사업연도의 법인세에서 공제한다. 다만, 대통령령으로 정하는 특수관계인의 주식 또는 출자지분을 취득하는 경우 그 금액에 대해서는 공제하지 아니한다.”고 규정하면서 제1호에서 “창업자, 신기술사업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분”이라 규정하고 있고, 같은 조 제2항은 “제1항 각 호의 규정을 적용할 때 출자는 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법으로 주식 또는 출자지분을 취득하는 것으로 하되, 타인 소유의 주식 또는 출자지분을 매입에 의하여 취득하는 경우는 제외한다.”고 규정하면서 제1호에서 “해당 기업의 설립 시에 자본금으로 납입하는 방법”을, 제2호에서 “해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 유상증자하는 경우로서 증자대금을 납입하는 방법”을 각 규정하고 있다. 살피건대, 다음과 같은 점에 비추어 보면, 이 사건에서 조세특례제한법 제13조의2 제1항 제1호 의 ‘출자’는 증자대금을 납입하는 방법을 의미하고, 채무의 자본 전환은 위 출자에 해당하지 않는다고 할 것이다. 따라서 원고가 이 사건 토지의 매매대금 채권의 변제에 갈음하여 유상증자에 따라 AAA의 신주를 발행받은 것을 조세특례제한법 제13조의2 에서 규정하고 있는 ‘출자’라고 할 수 없으므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 더 나아가 살필 필요 없이 이유 없고, 결국 이 사건 처분은 적법하다.

○ 앞서 본 바와 같이, 조세특례제한법 제13조의2 제2항 의 문언상 ‘출자’의 의미에 관하여 자본금의 납입 또는 증자대금의 납입이라고 규정하고 있는바, 증자대금의 납입이 없는 ‘현물출자’ 또는 ‘채무를 자본으로 전환하는 방법’은 위 출자에 해당하지 아니한다고 봄이 타당하다. 조세특례제한법은 제2절에서 연구 및 인력개발에 대한 조세특례를 규정하면서 제13조에서 제16조에 걸쳐 과세특례를 규정하고 있는데, 각 조항마다 ‘출자’의 의미를 명확하게 정하고 있다. 즉 조세특례제한법 제13조의2 에서 정하고 있는 ‘내국법인의 벤처기업 등에의 출자에 대한 과세특례’와 유사한 취지로 중소기업창업투자회사 등의 주식양도차익 등에 대한 비과세를 정하고 있는 같은 법 제13조는 제2항에서 주식 또는 출자지분의 취득에 관하여 ‘자본금의 납입 또는 증자대금의 납입(제1호 및 제2호)’을 규정하면서도 “해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 잉여금을 자본으로 전입(轉入)하는 방법(제3호)” 및 “해당 기업이 설립된 후 7년 이내에 채무를 자본으로 전환하는 방법(제4호)”을 명시하여 규정하고 있다. 따라서 조세특례제한법 제13조의2 제1항 제1호 의 ‘출자’에 ‘채무를 자본으로 전환하는 방법’이 포함된다고 볼 수는 없다.

○ 조세특례제한법 제13조의2 는 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되면서 신설된 조문으로서, 내국법인의 벤처기업 등에의 출자를 활성화시키기 위하여 입법되었다. 이와 같이 내국법인에 관한 법인세 특례가 신설되기 이전에도 조세특례제한법은 벤처기업에 대한 설립과 투자를 촉진하기 위하여 벤처기업 주식 등의 양도차익 등에 대한 비과세(제13조), 창업자 등에의 출자에 관한 과세특례(제14조), 중소기업창업투자조합 출자 등에 대한 소득공제(제16조) 등을 규정하고 있었다. 이에 관하여 대법원은 위와 같은 벤처기업 등에 관한 과세특례는 ‘벤처기업이 창업자금 및 신기술사업화 자금 등을 원활하게 공급받을 수 있도록 벤처기업에 투자하는 모험자본에 대한 과세특례를 부여하고자 하는 것’에 입법취지가 있으므로, 조세특례제한법 제13조 제2항 각 호의 ‘출자’의 의미를 ‘실제로 금전 등의 지출을 수반하거나 이에 준하는 방법으로 주식을 취득하는 새로운 출자를 규정한 것’으로 보아야 한다고 판시한 바 있다(대법원 2014. 10. 27. 선고 2013두6633 판결).

○ 반면 이 사건의 경우, 원고는 AAA에 이 사건 토지를 매도하면서 그 매매대금을 지급받기 위한 목적에서 외형상 출자의 형태를 갖추고, 그 채무를 자본으로 전환하였을 뿐, 조세특례제한법 제13조의2 제2항 에서 규정하고 있는 ‘증자대금의 납입’을 수반하지 아니하고 있고, 이를 증자대금의 납입에 준하는 ‘새로운’ 출자라고 볼 수도 없으므로, 이를 같은 법 제13조의2 제1항에 따른 법인세 공제의 대상이 되는 벤처기업에의 출자라 할 수 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.