원고는 이 사건 사업장의 단독대표자로 볼 수 있음.

사 건 2025구합50586 종합소득세부과처분취소

원 고 D

피 고 AA세무서장

판 결 선 고 2025. 11. 14.

주 문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2024. 8. 1. 원고에 대하여 한 2014년도 종합소득세 175,235,260원의 부과처분을 취소한다.

이 유

1. 처분의 경위

가. 주식회사 A 1) (변경 전 상호: 주식회사 ▲▲▲, 이하 ‘이 사건 법인’이라한다)은 2013. 9. 24. 설립되어 ㅇㅇ시 ㅇㅇ로 ㅇㅇ에서 수산물 무역업, 수산물 도소매업 등을 영위하던 회사이며, 2014. 3. 31.부터 2014. 10. 31.까지 H이 운영하는 개인 사업체 ‘B‘(이하 ’이 사건 거래처‘라 한다)으로부터 공급가액 합계558,990,000원의 세금계산서 7매를 수취하였다.

나. ㅇㅇ세무서장은 2020. 5.경 H에 대한 개인통합조사를 실시한 결과, 위 세금계산서 중 511,890,000원의 부분(이하 ’이 사건 세금계산서‘라 한다)을 실물거래 없이 발급한 가공계산서로 확정하여 이 사건 법인의 관할세무서인 AA세무서로 과세자료를 통보하였다.

다. AA세무서장은 이 사건 법인에 대하여 위 511,890,000원을 손금불산입 하여 2014 사업연도 법인세 223,825,710원을 경정·고지하였고, 2014년 당시 이 사건 법인의 대표이사로 등재되어 있었던 C에게 이 사건 세금계산서상 공급가액 511,890,000원을 상여로 소득처분 하여 C의 주소지 관할세무서인 BB세무서에 과세자료를 통보하였고, BB세무서장은 C에게 위 인정상여액을 C의 종합소득금액에 합산하여 종합소득세에 대한 과세예고를 통지하였다. C는 이에 불복하여 과세전적부심사를 청구하면서 이 사건 법인의 실제 대표자가 원고라고 주장하였고, BB세무서장은 이 사건 법인의 실제 대표자를 원고로 보아 위 청구를 채택하였으며, 관련 과세자료를 피고에게 통보하였다.

라. 피고는 2024. 8. 1. 이 사건 법인의 실제 대표자를 원고로 보고 이 사건 세금계산서상 공급가액 511,890,000원을 상여로 소득처분하고 원고의 종합소득금액에 합산하여 원고에게 2014년 귀속 종합소득세 175,235,260원을 경정·고지하였다(이하 ’이 사건 처분‘이라 한다).

마. 원고는 이에 불복하여 2024. 10. 18. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2025. 2. 4. 위 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 3, 18호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 관계 법령

별지 기재와 같다.

3. 원고의 주장

가. 이 사건 법인이 2014년 이 사건 거래처에 지급한 거래대금 511,890,000원(이하 ’이 사건 거래대금‘이라 한다)은 모두 이 사건 법인에 반환되어 이 사건 법인의 비용으로 사용되었는바, 이 사건 거래대금이 사외로 유출되었거나 그 귀속이 불분명한 경우라고 할 수도 없다.

나. 이 사건 법인은 원고가 단독으로 운영한 것이 아니라 E, G과 함께 3인이 공동으로 운영하였는바, 이 사건 거래처에 지급한 이 사건 거래대금(511,890,000원)전부를 원고에 대해서만 상여로 소득처분 하여 이 사건 처분을 한 것은 부당하다.

4. 판 단

가. 인정사실

아래와 같은 사실은 당사자 사이에 다툼이 없거나, 갑 제2, 3, 18호증, 을 제1, 2호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 인정된다.

1) E의 배우자 C는 2013. 9. 24.부터 2015. 8. 13.까지 이 사건 법인의 대표이사로 재직하였으며, 원고의 아들 F는 2015. 8. 13.부터 2020. 6. 30.까지 이 사건 법인의 대표이사로 재직하였다.

2) 이 사건 법인의 2013년, 2014년 주주 구성은 아래 표 기재와 같다.

3) 원고는 이 사건 법인으로부터 2013년 20,400,000원을, 2014년 38,400,000원을,2015년 38,400,000원을 각 급여로 지급받았다.

4) C는 2013년말경부터 2016년말경까지 이 사건 법인으로부터 매월 급여로얼마 지나지 않아 원고 및 원고 가족들의 거주지인 ㅇㅇ이나 ㅇㅇ에 위치한 ATM에서 대부분 인출되었으며, C의 주소지(ㅇㅇ시 ㅇㅇ구) 인근에서 해당 급여가 인출된 기록은 없다.

5) 원고가 2014. 4. 10. E, G과 사이에 체결한 합의서의 내용은 다음과 같다.

1. 원고, E, G은 ▲▲▲, ■■■, 이 사건 법인에서 발생한 아래 부분에 대하여 공동으로 책임을 진다.

아 래

가. 2013년 ■■■ 소득세 및 조정료(향후 정산 부분)

나. 2014년 ■■■, 이 사건 법인 예상 소득세 및 조정료(향후 정산 부분)

다. 유ㅇㅇ 건(향후 정산 부분)

라. 선진국 ㅇㅇ마당 ㅇㅇ, ㅇㅇ, ㅇㅇ, ㅇㅇ 건(향후 정산 부분)

마. 악성 미수금 건(향수 정산 부분)

바. 정산 차입금 금융비용(기 집행 부분)

위 내용 중 추후 변동이 발생되는 부분은 협의하여 정산한다.

2. 원고, E, G은 ▲▲▲, ■■■, 이 사건 법인에서 2014년 4월 10일 이전 에 발생한 건으로 민, 형사상의 문제가 발생할 경우 법적, 물질적 문제를 향후 공동으로 모든 책임을 진다.

3. 원고, E, G은 추후 발생되는 운영상의 상황에 대하여 전적으로 협조를 하고, 운영상의 문제에 대하여는 이의를 제기하지 않는다.

6) 이 사건 거래처는 이 사건 법인에게 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 발행하였다.

7) 이 사건 세금계산서와 관련하여, 이 사건 법인은 2014. 6. 23. 이 사건 거래처에 246,990,000원을 송금하였으나, 이 사건 거래처는 같은 날 ① 원고의 매제인 H의 기업은행 계좌로 60,000,000원을, ② 원고의 배우자 I의 농협계좌로 55,000,000원을, ③ C의 기업은행 계좌로 61,490,000원을, ④ 원고의 자녀 F의 국민은행 계좌로 58,000,000원(합계 234,490,000원)을 다시 송금하였고, 이 사건 법인이 2014. 11. 7. 이 사건 거래처에 312,000,000원을 송금하였으나, 이 사건 거래처는 같은 날 ① E 기업은행 계좌로 72,000,000원을, ② 원고의 매제인 H 기업은행 계좌로 70,000,000원을, ③ 원고의 농협 계좌로 70,400,000원을, ④ 이 사건 법인의 직원인 J 기업은행 계좌로 65,000,000원(합계 277,400,000원)을 다시 송금하였다(총 합계액 511,890,000원).

나. 이 사건 거래대금의 사외유출 내지 귀속 불분명 여부에 관한 판단

1) 관련 법리

가) 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제67조, 구 법인세법 시행령 제106조 제1항 제1호 단서는 ‘법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액 중 사외유출된 것이 분명하나 귀속이 불분명한 금액은 대표자에게 귀속된 것으로 본다.’는 취지로 규정하고 있는바, 이와 같은 법인세법상의 대표자 인정상여제도는 그 대표자에게 그러한 소득이 발생한 사실에 바탕을 두는 것이 아니라 세법상의 부당행위를 방지하기 위하여 그러한 행위로 인정될수 있는 일정한 사실에 대하여 그 실질에 관계없이 무조건 대표자에 대한 상여로 간주하도록 하는 데 그 취지가 있는 것이므로, 이 경우 대표자는 위 익금산입액의 귀속이 분명하다는 점을 증명하지 못하는 한 그 금원이 현실적으로 자신에게 귀속되었는지 여부에 관계없이 갑종근로소득세를 납부할 의무가 있다(대법원 2008. 9. 18. 선고 2006다 49789 전원합의체 판결 등 참조). 법인이 가공의 비용을 장부에 계상한 경우 특별한 사정이 없는 한 가공비용 상당의 법인의 수익은 사외로 유출된 것으로 보아야 하고, 이 경우 그 수익 전액이 사외로 유출된 것이 아니라고 볼 특별한 사정은 이를 주장하는 납세의무자 측에서 증명할 필요가 있다(대법원 1999. 12. 24. 선고 98두16347 판결 등 참조).

나) 납세의무자가 비용만큼은 누락 없이 전부 신고하는 것이 통상적이므로 비용 과다계상액 중 일부가 법인의 채무에 충당되었다고 하더라도 법인이 손금에 산입할 비용에 해당하는 그와 같은 금액을 스스로 누락하여 과소 신고하였다는 특별한 사정이 없는 이상 비용과다계상으로 인하여 손금에 산입하지 아니한 금액에는 아무런 영향을 미칠 수 없다. 또한 소득처분의 대상은 당해 과다계상한 비용 자체가 아니라 비용과다계상으로 인하여 손금에 산입되지 아니한 금액이고, 대표자 인정 상여처분에 있어서도 과다계상한 비용 자체의 귀속이 불분명한 경우 당해 비용과다계상한 지출금을 대표자에 대한 상여로 간주하는 것이 아니라 비용과다계상으로 인하여 손금에 산입되지 아니한 금액의 귀속이 불분명한 경우 그 손금에 산입되지 아니한 금액을 대표자에 대한 상여로 간주하는 것이다. 따라서 법인이 비용과다계상한 지출금 중 일부가 법인의 비용 등으로 사용되어 그 귀속이 밝혀진 경우라고 하더라도, 그 비용 등이 과세표준 등 신고 당시 누락되었다는 특별한 사정이 없는 이상, 손금에 산입되지 아니한 금액의 귀속이 밝혀진 것이라고 볼 수는 없다(대법원 2008. 6. 26. 선고 2007두3855 판결의 취지 참조).

2) 구체적 판단

앞서 든 증거, 갑 제12 내지 17호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하면, 이 사건 세금계산서와 관련하여 이 사건 거래처가 원고와 C 등에게 반환한 이 사건 거래대금(511,890,000원)이 2014. 7. 1 내지 2014. 11. 11.경 다시 이 사건 법인에게 송금된 사실, 이 사건 법인이 2014. 7. 1. LG(수입화물선취보증서) 발급비용 48,055,473원, 2014. 7. 2. 수입신용장 결제대금 65,292,132원, 2014. 7. 4. 직원들 급여 22,527,110원, 2014. 7. 8. 대지급회수채무 변제대금 134,565,209원, 2014. 7. 14. 수입신용장 결제대금 156,574,362원, 2014. 11. 10. 수입신용장 결제대금 188,054,267원, 2014. 11. 11. 수입신용장 결제대금 170,468,700원, 2014. 11. 13. 낙지통관대금,38,445,593원(합계 823,982,846원, 이하 ‘이 사건 비용’이라 한다) 등을 지출한 사실을 인정할 수 있으며, 이 사건 법인에게 반환된 이 사건 거래대금(511,890,000원)은 이 사건 비용의 일부로 사용된 것으로 보인다. 그러나 앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사정을 앞서 본 법리에 비추어 보면, 위 인정사실 및 원고가 제출한 증거들만으로 손금불입된 이 사건 거래대금의 귀속이 밝혀졌다고 인정하기 부족하고, 달리 이를 인정할 증거가 없는바, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

가) 이 사건 세금계산서가 실물거래 없이 발급된 가공계산서에 해당한다는 사실은 앞서 본 바와 같은바, 이 사건 법인의 장부에 비용으로 계상된 이 사건 거래대금은 특별한 사정이 없는 한 사외로 유출된 것으로 볼 수 있다.

나) 이 사건 비용을 손금에 산입하지 않아 해당 비용이 과세표준 등 신고 당시 누락되었다고 볼 만한 특별한 사정이 있다고 보기 어려운바, 이 사건 거래대금이 이 사건 비용의 일부로 사용되었다고 하더라도, 이 사건 비용이 이 사건 법인의 2014년도 귀속 과세표준 등 신고 시에 비용으로 신고됨으로써 손금에서 누락되지 아니한 이상, 손금불산입된 이 사건 거래대금의 귀속이 밝혀진 것이라고 볼 수는 없다.

다) 구 법인세법 시행령 제106조 제4항 본문은 ‘법인이 국세기본법 제45조 의 수정신고기한 내에 매출누락, 가공경비 등 부당하게 사외유출된 금액을 회수하고 세무조정으로 익금에 산입하여 신고하는 경우의 소득처분은 사내유보로 한다.’고 규정하고 있다. 이는 해당 법인에게 자발적인 자기시정의 기회를 주기 위한 취지에서 규정된 것으로, 사외유출된 이 사건 거래대금을 위 조항에 따라 사내유보로 처리하려면, 이 사건 법인이 이를 회수하여 장부상 계상하는 것만으로는 부족하고 회수한 금액을 수정신고기한 내에 세무조정으로 익금에 산입하여 당해 사업연도 법인세의 수정신고를 하였어야 하는데, 이 사건 법인이 2014 사업연도 법인세와 관련하여 수정신고하였다고 볼 만한 사정 이 없으므로, 위 규정이 적용될 수도 없다.

다. E, G이 이 사건 법인의 실질적 공동 대표자에 해당하는지 여부 판단

가) 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제106조 제1항 제1호 단서(이하 ‘이 사건 단서 조항’이라 한다)는 사외유출된 금액의 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 하면서, 괄호 안에 ‘소액주주등이 아닌 주주등인 임원 및 그와 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 해당 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 한다’고 규정하여 대표자가 아니면서 위 규정의 적용을 받는 대표자의 의미를 따로 정하고 있다. 따라서 위 규정상 대표자는 법인등기부상 대표자로 등재되어 있는 자이거나, 위 괄호 안의 요건을 갖춘 주주등인 임원 중 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 자라야 하므로, 법인등기부상 대표자로 등재되어 있지 아니하고 괄호 안의 주주등인 임원으로서의 요건도 갖추지 못한 자의 경우에는 설령 그 자가 법인의 경영을 사실상 지배하고 있다고 하더라도 위 규정에서 말하는 대표자에 해당한다고 할 수 없다(대법원 2017. 9. 7. 선고 2016두57298 판결 등 참조).

나) 한편 국세기본법 제14조 제1항 은 ‘과세의 대상이 되는 소득․수익․재산․행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다’고 하여 실질과세의 원칙을 천명하고 있다. 따라서 소득이나 수익, 재산, 행위 또는 거래 등의 과세대상에 관하여 귀속 명의와 달리 실질적으로 이를 지배․관리하는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라, 실질과세의 원칙에 따라 실질적으로 해당 과세대상을 지배․관리하는 자를 납세의무자로 삼아야 하고, 그러한 경우에 해당하는지는 명의사용의 경위와 당사자의 약정 내용, 명의자의 관여 정도와 범위, 내부적인 책임과 계산 관계, 과세대상에 대한 독립적인 관리․처분 권한의 소재 등 여러 사정을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다. 그리고 소득 등의 귀속 명의와 실질적인 귀속주체가 다르다는 점에 관하여는 과세처분을 받은 명의자가 법관으로 하여금 상당한 의문을 갖게 할 정도로 주장ㆍ증명할 필요가 있다(대법원 2014. 5.16. 선고 2011두9935 판결 등 참조).

앞서 인정한 사실, 앞서 든 증거, 을 제1 내지 3호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지에 의하여 알 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정에 비추어 보면, 갑 제2호증(인증서)을 포함하여 원고가 제출한 증거만으로 E, G이 이 사건 거래대금이 이 사건 법인에서 유출될 당시인 2014년경 이 사건 단서 조항에서 정하고 있는 이 사건 법인의 실질적 공동 대표자에 해당하였다고 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다. 따라서 원고의 이 부분 주장 역시 받아들이지 않는다.

가) G 혹은 그 친족 기타 특수관계인이 2014년경 이 사건 법인의 총발행주식 중 30% 이상을 보유한 사실이 인정되지 않으므로, 설령 G이 이 사건 거래대금이 이 사건 법인에서 유출될 당시인 2014년경 당시 이 사건 법인의 경영을 사실상 지배하고 있었다고 하더라도 이 사건 단서 조항에서 말하는 대표자에 해당한다고 볼 수 없다.

나) 원고의 주장대로 이 사건 법인 설립 당시에는 E이 C 명의로 이 사건 법인의 자본금 1억 원을 전부 부담하였더라도, E의 배우자 C는 2013년 말경부터 이 사건 법인의 주식 3,000주(30%)만을 보유하였을 뿐이며, 이 사건 거래대금이 이 사건 법인에서 유출될 당시인 2014년경 원고의 배우자, 아들, 딸이 합계 7,000주(70%)에 달하는 이 사건 법인의 주식을 보유하고 있었기에, E이 배우자 C 소유의 주식에 기한 주주권 행사만으로 이 사건 법인의 경영을 사실상 지배하기는 어 려웠을 것으로 보인다. 한편, 원고는 진술서(갑 제21호증)에서 배우자, 아들 명의의 이 사건 법인 주식4,000주의 실질적 소유주가 자신임을 인정하면서도, 딸 D 명의의 이 사건 법인의 주식 3,000주는 D의 의사와 관계없이 D 명의로 양도된 것으로, 원고 혹은 D이 해당 주식의 실질적 주주라고 할 수 없다고 주장하나, 갑 제21, 22호증(유권형, D 진술서)의 각 기재만으로 위 주장을 인정하기에 부족하고, 달리 이를 인정할 만한 증거가 없다.

다) 이 사건 법인의 형식상 내지 명의상 대표이사였던 C의 급여통장은 원고 측이 관리하였던 것으로 보이는데, E이 이 사건 법인을 실질적으로 경영하였다면 배우자인 C의 급여통장을 자신이 아닌 원고 측에게 맡겼을 것으로 보이지않는다.

라) 이 사건 법인의 사업용 계좌인 기업은행 계좌번호를 원고의 핸드폰 번호와 연동하여 사용하였는바, 이 사건 법인의 계좌 역시 원고가 지배·관리하였던 것으로 보이고, H과 E의 2023. 11. 13. 자 통화내역 녹취록(을 제3호증)에 의하면 H은 원고의 요청으로 이 사건 세금계산서를 이 사건 법인에 발행하였으며, 그 과정에서 E의 관여가 있었던 것으로 보이지는 않는다[원고는 E이 F에게 보낸 문자메시지(갑 제11호증)를 근거로 이 사건 세금계산서와 관련한 E의 관여가 있었다는 취지로 주장하나, 해당 문자메시지는 이 사건 세금계산서 발행 이후인 2019. 3.16.에 전송된 것으로 이 사건 세금계산서와는 관련이 없어 보인다].

마) 원고, E, G이 2014. 4. 10. 체결한 합의서(갑 제2호증)의 내용은 이 사건 법인 등의 2014년 소득세, 이 사건 법인 등에서 2014. 4. 10. 이전에 발생한 민·형사상 문제에 대해서 공동으로 책임을 진다는 것으로, 이 사건 법인을 포함한 사업체들에 관한 책임의 내용, 범위를 정하는 약정서에 불과한바, 위 합의서의 내용만으로원고, E, G이 공동으로 이 사건 법인을 경영할 것을 약정하였다고 보기 어렵다.

바) E이 거래처에 식자재를 발주하고, 해외 납품 거래처 발굴을 위해 이메일을 보내는 등 업무를 수행하는 과정에서 ‘이사’라는 직함을 사용하였을 뿐, 이 사건 법인의 대표이사 내지 대표자로 오인할 만한 직함을 사용한 사실은 없는 것으로 보이며, E이 이 사건 거래처에 대한 세무조사에 대응하기 위해서 수행하였던 업무 역시 이 사건 법인에서 담당하고 있는 행정업무의 일환으로 볼 여지가 상당하다.

5. 결 론

원고의 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.